Targeting RNA with small molecules

Chemical Reviews

Volumn 108, Issue 4, 2008, Pages 1171-1224

  Thomas, Jason R ^a   Hergenrother, Paul J ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING SITES; BIOASSAY; CELL CULTURE; LIGANDS; MACROMOLECULES; OPTIMIZATION; SCREENING; THERMODYNAMICS;

RNA-LIGAND INTERACTION; SUBMICROMOLAR BINDING AFFINITIES; SYNTHETIC OPTIMIZATION;

RNA;

AMINOGLYCOSIDE; ANTIINFECTIVE AGENT; ANTIVIRUS AGENT; OXAZOLIDINONE DERIVATIVE; RNA;

CHEMISTRY; CONFORMATION; DRUG EFFECT; METABOLISM; REVIEW; RIBOSOME;

AMINOGLYCOSIDES; ANTI-BACTERIAL AGENTS; ANTIVIRAL AGENTS; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OXAZOLIDINONES; RIBOSOMES; RNA;

EID: 43149103943     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr0681546     Document Type: Review

References (365)

1. Bayne, E. H.; Allshire, R. C. Trends Genet. 2005, 21, 370.
2. Jovanovic, M.; Hengartner, M. O. Oncogene 2006, 25, 6176.
3. Sen, G. L.; Blau, H. M. FASEB J. 2006, 20, 1293.
4. Manche, L.; Green, S. R.; Schmedt, C.; Mathews, M. B. Mol. Cell. Biol. 1992, 12, 5238.
5. Sledz, C. A.; Holko, M.; de Veer, M. J.; Silverman, R. H.; Williams, B. R. Nat. Cell. Biol. 2003, 5, 834.
6. Fedor, M. J.; Williamson, J. R. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2005, 6, 399.
7. Drews, J. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1516.
8. Drews, J.; Ryser, S. Nat. Biotechnol. 1997, 15, 1318.
9. Hopkins, A. L.; Groom, C. R. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 727.
10. Wishart, D. S.; Knox, C.; Guo, A. C.; Shrivastava, S.; Hassanali, M.; Stothard, P.; Chang, Z.; Woolsey, J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D668.
11. Imming, P.; Sinning, C.; Meyer, A. Nat. Rev. Drug Discovery 2006, 5, 821.
12. Zheng, C.; Han, L.; Yap, C. W.; Xie, B.; Chen, Y. Drug Discovery Today 2006, 11, 412.
13. Zheng, C. J.; Han, L. Y.; Yap, C. W.; Ji, Z. L.; Can, Z. W.; Chen, Y. Z. Pharmacol. Rev. 2006, 58, 259.
14. Overington, J. P.; Al-Lazikani, B.; Hopkins, A. L. Nat. Rev. Drug Discovery 2006, 5, 993.
15. Fletcher, S.; Hamilton, A. D. Curr. Opin. Chem. Biol. 2005, 9, 632.
16. Dervan, P. B.; Edelson, B. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 284.
17. Dervan, P. B.; Doss, R. M.; Marques, M. A. Curr. Med. Chem. Anticancer Agents 2005, 5, 373.
18. Dickinson, L. A.; Burnett, R.; Melander, C.; Edelson, B. S.; Arora, P. S.; Dervan, P. B.; Gottesfeld, J. M. Chem. Biol. 2004, 11, 1583.
19. Belitsky, J. M.; Leslie, S. J.; Arora, P. S.; Beerman, T. A.; Dervan, P. B. Bioorg. Med. Chem. 2002, 10, 3313.
20. Best, T. P.; Edelson, B. S.; Nickols, N. G.; Dervan, P. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 12063.
21. Wagner, E. G.; Altuvia, S.; Romby, P. Adv. Genet. 2002, 46, 361.
22. Sevignani, C.; Calin, G. A.; Siracusa, L. D.; Croce, C. M. Mamm. Genome 2006, 17, 189.
23. DeJong, E. S.; Luy, B.; Marino, J. P. Curr. Top. Med. Chem. 2002, 2, 289.
24. Winkler, W. C.; Breaker, R. R. ChemBioChem 2003, 4, 1024.
25. Schroeder, R.; Barta, A.; Semrad, K. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2004, 5, 908.
26. Vicens, Q.; Westhof, E. ChemBioChem 2003, 4, 1018.
27. Tor, Y. Biochimie 2006, 88, 1045.
28. Brisson-Noel, A.; Trieu-Cuot, P.; Courvalin, P. J. Antimicrob. Chemother. 1988, 22 (Suppl B), 13.
29. Brodersen, D. E.; Clemons, W. M., Jr.; Carter, A. P.; Morgan-Warren, R. J.; Wimberly, B. T.; Ramakrishnan, V. Cell 2000, 103, 1143.
30. Bozdogan, B.; Appelbaum, P. C. Int. J. Antimicrob. Agents 2004, 23, 113.
31. Chow, C. S.; Bogdan, F. M. Chem. Rev. 1997, 97, 1489.
32. Turner, J. J.; Fabani, M.; Arzumanov, A. A.; Ivanova, G.; Gait, M. J. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1758, 290.
33. Turner, J. J.; Jones, S.; Fabani, M. M.; Ivanova, G.; Arzumanov, A. A.; Gait, M. J. Blood Cells Mol. Dis. 2007, 38, 1.
34. Paulasova, P.; Pellestor, F. Ann. Genet. 2004, 47, 349.
35. Rao, S. T.; Rossmann, M. G. J. Mol. Biol. 1973, 76, 241.
36. Brion, P.; Westhof, E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 113.
37. Tinoco, I., Jr.; Bustamante, C. J. Mol. Biol. 1999, 293, 271.
38. Shelton, V. M.; Sosnick, T. R.; Pan, T. Biochemistry 1999, 38, 16831.
39. Weeks, K. M.; Crothers, D. M. Science 1993, 261, 1574.
40. Hermann, T.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1999, 294, 829.
41. Chin, K.; Sharp, K. A.; Honig, B.; Pyle, A. M. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 1055.
42. Carlson, C. B.; Stephens, O. M.; Beal, P. A. Biopolymers 2003, 70, 86.
43. Jin, E.; Katritch, V.; Olson, W. K.; Kharatisvili, M.; Abagyan, R.; Pilch, D. S. J. Mol. Biol. 2000, 298, 95.
44. Chen, Q.; Shafer, R. H.; Kuntz, I. D. Biochemistry 1997, 36, 11402.
45. Arya, D. P.; Xue, L.; Willis, B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10148.
46. Autexier, C.; Lue, N. F. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 493.
47. Ogle, J. M.; Ramakrishnan, V. Annu. Rev. Biochem. 2005, 74, 129.
48. Hermann, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 355.
49. Poehisgaard, J.; Douthwaite, S. Nat. Rev. Microbiol. 2005, 3, 870.
50. Hermann, T. Biopolymers 2003, 70, 4.
51. Yoshizawa, S.; Fourmy, D.; Puglisi, J. D. Science 1999, 285, 1722.
52. Carter, A. P.; Clemons, W. M.; Brodersen, D. E.; Morgan-Warren, R. J.; Wimberly, B. T.; Ramakrishnan, V. Nature 2000, 407, 340.
53. Francois, B.; Russell, R. J.; Murray, J. B.; Aboul-ela, F.; Masquida, B.; Vicens, Q.; Westhof, E. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 5677.
54. Shandrick, S.; Zhao, Q.; Han, Q.; Ayida, B. K.; Takahashi, M.; Winters, G. C.; Simonsen, K. B.; Vourloumis, D.; Hermann, T. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2004, 43, 3177.
55. Ogle, J. M.; Brodersen, D. E.; Clemons, W. M., Jr.; Tarry, M. J.; Carter, A. P.; Ramakrishnan, V. Science 2001, 292, 897.
56. Lin, A. H.; Murray, R. W.; Vidmar, T. J.; Marotti, K. R. Antimicrob. Agents Chemother. 1997, 41, 2127.
57. Zhou, C. C.; Swaney, S. M.; Shinabarger, D. L.; Stockman, B. J. Antimicrob. Agents Chemother. 2002, 46, 625.
58. Shinabarger, D. L.; Marotti, K. R.; Murray, R. W.; Lin, A. H.; Melchior, E. P.; Swaney, S. M.; Dunyak, D. S.; Demyan, W. F.; Buysse, J. M. Antimicrob. Agents Chemother. 1997, 41, 2132.
59. Barbachyn, M. R.; Hutchinson, D. K.; Brickner, S. J.; Cynamon, M. H.; Kilburn, J. O.; Klemens, S. P.; Glickman, S. E.; Grega, K. C.; Hendges, S. K.; Toops, D. S.; Ford, C. W.; Zurenko, G. E. J. Med. Chem. 1996, 39, 680.
60. Bobkova, E. V.; Yan, Y. P.; Jordan, D. B.; Kurilla, M. G.; Pompliano, D. L. J. Biol. Chem. 2003, 278, 9802.
61. Jarvest, R. L.; Berge, J. M.; Berry, V.; Boyd, H. F.; Brown, M. J.; Elder, J. S.; Forrest, A. K.; Fosberry, A. P.; Gentry, D. R.; Hibbs, M. J.; Jaworski, D. D.; O'Hanlon, P. J.; Pope, A. J.; Rittenhouse, S.; Sheppard, R. J.; Slater-Radosti, C.; Worby, A. J. Med Chem. 2002, 45, 1959.
62. Ibba, M.; Soll, D. Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 617,
63. Mikkelsen, N. E.; Johansson, K.; Virtanen, A.; Kirsebom, L. A. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 510.
64. Kirk, S. R.; Tor, Y. Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 1979.
65. Walter, F.; Putz, J.; Giege, R.; Westhof, E. EMBO J. J 2002, 21, 760.
66. Kirillov, S.; Vitali, L. A.; Goldstein, B. P.; Monti, F.; Semenkov, Y.; Makhno, V.; Ripa, S.; Pon, C. L.; Gualerzi, C. O. RNA 1997, 3, 905.
67. Henkin, T. M. Mol. Microbiol. 1994, 13, 381.
68. Grundy, F. J.; Henkin, T. M. Cell 1993, 74, 475.
69. Henkin, T. M.; Glass, B. L.; Grundy, F. J. J. Bacteriol. 1992, 174, 1299.
70. Grundy, F. J.; Moir, T. R.; Haldeman, M. T.; Henkin, T. M. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 1646.
71. Gerdeman, M. S.; Henkin, T. M.; Hines, J. V. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 1065.
72. Means, J. A.; Hines, J. V. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 2169.
73. Gerdeman, M. S.; Henkin, T. M.; Hines, J. V. J. Mol. Biol. 2003, 326, 189.
74. Means, J.; Katz, S.; Nayek, A.; Anupam, R.; Hines, J. V.; Bergmeier, S. C. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006, 16, 3600.
75. Frankel, A. D.; Young, J. A. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 1.
76. Jakobovits, A.; Smith, D. H.; Jakobovits, E. B.; Capon, D. J. Mol. Cell. Biol. 1988, 8, 2555.
77. Selby, M. J.; Bain, E. S.; Luciw, P. A.; Peterlin, B. M. Genes Dev. 1989, 3, 547.
78. Richter, S.; Cao, H., Rana, T. M. Biochemistry 2002, 41, 6391.
79. Strebel, K. AIDS 2003, 17 Suppl 4, S25.
80. Delling, U.; Roy, S.; Sumner-Smith, M.; Barnett, R.; Reid, L.; Rosen, C. A.; Sonenberg, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 6234.
81. Roy, S.; Delling, U.; Chen, C. H.; Rosen, C. A.; Sonenberg, N. Genes Dev. 1990, 4, 1365.
82. Weeks, K. M.; Crothers, D. M. Cell 1991, 66, 577.
83. Weeks, K. M.; Crothers, D. M. Biochemistry 1992, 31, 10281.
84. Aboul-ela, F.; Karn, J.; Varani, G. J. Mol. Biol. 1995, 253, 313.
85. Churcher, M. J.; Lamont, C.; Hamy, F.; Dingwall, C.; Green, S. M.; Lowe, A. D.; Butler, J. G.; Gait, M. J.; Karn, J. J. Mol. Biol. 1993, 230, 90.
86. Mei, H. Y.; Mack, D. P.; Galan, A. A.; Halim, N. S.; Heldsinger, A.; Loo, J. A.; Moreland, D. W.; Sannes-Lowery, K. A.; Sharmeen, L.; Truong, H. N.; Czarnik, A. W. Bioorg. Med. Chem. 1997, 5, 1173.
87. Mei, H. Y.; Cui, M.; Heldsinger, A.; Lemrow, S. M.; Loo, J. A.; Sannes-Lowery, K. A.; Sharmeen, L.; Czarnik, A. W. Biochemistry 1998, 37, 14204.
88. Wang, S.; Huber, P. W.; Cui, M.; Czarnik, A. W.; Mei, H. Y. Biochemistry 1998, 37, 5549.
89. Faber, C.; Sticht, H.; Schweimer, K.; Rosch, P. J. Biol. Chem. 2000, 275, 20660.
90. Pollard, V. W.; Malim, M. H. Annu. Rev. Microbiol. 1998, 52, 491.
91. Mann, D. A.; Mikaelian, L; Zemmel, R. W.; Green, S. M.; Lowe, A. D.; Kimura, T.; Singh, M.; Butler, P. J.; Gait, M. J.; Karn, J. J. Mol. Biol. 1994, 241, 193.
92. Luedtke, N. W.; Tor, Y. Biopolymers 2003, 70, 103.
93. Tor, Y. ChemBioChem 2003, 4, 998.
94. Zapp, M. L.; Stern, S.; Green, M. R. Cell 1993, 74, 969.
95. Heaphy, S.; Finch, J. T.; Gait, M. J.; Karn, J.; Singh, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 7366.
96. Ippolito, J. A.; Steitz, T. A. J. Mol. Biol. 2000, 295, 711.
97. Battiste, J. L.; Mao, H.; Rao, N. S.; Tan, R.; Muhandiram, D. R.; Kay, L. E.; Frankel, A. D.; Williamson, J. R. Science 1996, 273, 1547.
98. Kirk, S. R.; Luedtke, N. W.; Tor, Y. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 980.
99. Lacourciere, K. A.; Stivers, J. T.; Marino, J. P. Biochemistry 2000, 39, 5630.
100. Hendrix, M.; Priestley, E. S.; Joyce, G. F.; Wong, C. H. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3641.
101. Cho, J.; Rando, R. R. Biochemistry 1999, 38, 8548.
102. Dworkin, J. P.; Lazcano, A.; Miller, S. L. J. Theor. Biol. 2003, 222, 127.
103. von Ahsen, U.; Davies, J.; Schroeder, R. Nature 1991, 353, 368.
104. Stage, T. K.; Hertel, K. J.; Uhlenbeck, O. C. RNA 1995, 1, 95.
105. Mikkelsen, N. E.; Brannvall, M.; Virtanen, A.; Kirsebom, L. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6155.
106. Rogers, J.; Chang, A. H.; von Ahsen, U.; Schroeder, R.; Davies, J. J. Mol. Biol. 1996, 259, 916.
107. Earnshaw, D. J.; Gait, M. J. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 5551.
108. Racz, Z.; Hamar, P. Curr. Med. Chem. 2006, 13, 2299.
109. Lieberman, J.; Song, E.; Lee, S. K.; Shankar, P. Trends Mol. Med. 2003, 9, 397.
110. Winkler, W. C.; Breaker, R. R. Annu. Rev. Microbiol. 2005, 59, 487.
111. Sudarsan, N.; Barrick, J. E.; Breaker, R. R. RNA 2003, 9, 644.
112. Mandal, M.; Boese, B.; Barrick, J. E.; Winkler, W. C.; Breaker, R. R. Cell 2003, 113, 577.
113. Soukup, G. A.; Breaker, R. R. Trends Biotechnol. 1999, 17, 469.
114. Soukup, G. A.; Breaker, R. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 318.
115. Silverman, S. K. RNA 2003, 9, 377.
116. Breaker, R. R. Nature 2004, 432, 838.
117. Topp, S.; Gallivan, J. P. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 6807.
118. Batey, R. T.; Gilbert, S. D.; Montange, R. K. Nature 2004, 432, 411.
119. Serganov, A.; Yuan, Y. R.; Pikovskaya, O.; Polonskaia, A.; Malinina, L.; Phan, A. T.; Hobartner, C.; Micura, R.; Breaker, R. R.; Patel, D. J. Chem. Biol. 2004, 11, 1729.
120. Thore, S.; Leibundgut, M.; Ban, N. Science 2006, 312, 1208.
121. Serganov, A.; Polonskaia, A.; Phan, A. T.; Breaker, R. R.; Patel, D. J. Nature 2006, 441, 1167.
122. Montange, R. K.; Batey, R. T. Nature 2006, 441, 1172.
123. Edwards, T. E.; Ferre-D'Amare, A. R. Structure 2006, 14, 1459.
124. Winkler, W. C.; Nahvi, A.; Sudarsan, N.; Barrick, J. E.; Breaker, R. R. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 701.
125. Blount, K. F.; Breaker, R. R. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1558.
126. Blount, K. F.; Wang, J. X.; Lim, J.; Sudarsan, N.; Breaker, R. R. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 44.
127. Mayer, G.; Famulok, M. ChemBioChem 2006, 7, 602.
128. Blount, K. F.; Puskarz, I.; Penchovsky, R.; Breaker, R. R. RNA Biol. 2006, 3, 77.
129. Brand, S. Plasmid 2002, 48, 165.
130. Praszkier, J.; Pittard, A. J. Plasmid 2005, 53, 97.
131. Gerdes, K.; Gultyaev, A. P.; Franch, T.; Pedersen, K.; Mikkelsen, N. D. Annu. Rev, Genet. 1997, 31, 1.
132. Franch, T.; Gerdes, K. Curr. Opin. Microbiol. 2000, 3, 159.
133. Denap, J. C.; Hergenrother, P. J. Org. Biomol. Chem. 2005, 3, 959.
134. Denap, J. C.; Thomas, J. R.; Musk, D. J.; Hergenrother, P. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15402.
135. Thomas, J. R.; DeNap, J. C.; Wong, M. L.; Hergenrother, P. J. Biochemistry 2005, 44, 6800.
136. Praszkier, J.; Murthy, S.; Pittard, A. J. J. Bacteriol. 2000, 182, 3972.
137. Praszkier, J.; Pittard, A. J. J. Bacteriol. 2002, 184, 5772.
138. Moritz, E. M.; Hergenrother, P. J. In Antimicrobial Resistance in Bacteria; Horizon Bioscience: Norfolk, 2007; p 25.
139. Chu, E.; Koeller, D. M.; Casey, J. L.; Drake, J. C.; Chabner, B. A.; Elwood, P. C.; Zinn, S.; Allegra, C. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 8977.
140. Chu, E.; Voeller, D.; Koeller, D. M.; Drake, J. C.; Takimoto, C. H.; Maley, G. F.; Maley, F.; Allegra, C. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 517.
141. Chu, E.; Callender, M. A.; Farrell, M. P.; Schmitz, J. C. Cancer Chemother. Pharmacol. 2003, 52 (Suppl 1), S80.
142. Gmeiner, W. H. Curr. Med. Chem. 2005, 12, 191.
143. Carreras, C. W.; Santi, D. V. Annu. Rev. Biochem. 1995, 64, 721.
144. Chu, E.; Koeller, D. M.; Johnston, P. G.; Zinn, S.; Allegra, C. J. Mol. Pharmacol. 1993, 43, 527.
145. Van der Wilt, C. L.; Pinedo, H. M.; Smid, K.; Peters, G. J. Cancer Res. 1992, 52, 4922.
146. Keyomarsi, K.; Samet, J.; Molnar, G.; Pardee, A. B. J. Biol. Chem. 1993, 268, 15142.
147. Tok, J. B.; Cho, J.; Rando, R. R. Biochemistry 1999, 38, 199.
148. Aziz, N.; Munro, H. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 8478.
149. Hentze, M. W.; Caughman, S. W.; Rouault, T. A.; Barriocanal, J. G.; Dancis, A.; Harford, J. B.; Klausner, R. D. Science 1987, 238, 1570.
150. Gray, N. K.; Hentze, M. W. EMBO J. 1994, 13, 3882.
151. Binder, R.; Horowitz, J. A.; Basilion, J. P.; Koeller, D. M.; Klausner, R. D.; Harford, J. B. EMBO J. 1994, 13, 1969.
152. Theil, E. C. Biochem. J. 1994, 304 (Pt 1), 1.
153. Addess, K. J.; Basilion, J. P.; Klausner, R. D.; Rouault, T. A.; Pardi, A. J. Mol. Biol. 1997, 274, 72.
154. Jaffrey, S. R.; Haile, D. J.; Klausner, R. D.; Harford, J. B. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 4627.
155. Tibodeau, J. D.; Fox, P. M.; Ropp, P. A.; Theil, E. C.; Thorp, H. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 253.
156. Kozak, M. Gene 2005, 361, 13.
157. Kozak, M. Gene 2002, 299, 1.
158. Kozak, M. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1986, 83, 2850.
159. Goossen, B.; Hentze, M. W. Mol. Cell. Biol. 1992, 12, 1959.
160. Kozak, M. Mol. Cell. Biol. 1989, 9, 5134.
161. Wang, L.; Wessler, S. R. Plant Physiol. 2001, 125, 1380.
162. Werstuck, G.; Green, M. R. Science 1998, 282, 296.
163. Baird, S. D.; Turcotte, M.; Korneluk, R. G.; Holcik, M. RNA 2006, 12, 1755.
164. Dasgupta, A.; Das, S.; Izumi, R.; Venkatesan, A.; Barat, B. FEMS Microbiol. Lett. 2004, 234, 189.
165. Spriggs, K. A.; Bushell, M.; Mitchell, S. A.; Willis, A. E. Cell Death Differ. 2005, 12, 585.
166. Otto, G. A.; Puglisi, J. D. Cell 2004, 119, 369.
167. Gallego, J.; Varani, G. Biochem. Soc. Trans. 2002, 30, 140.
168. Holcik, M. Curr. Cancer Drug Targets 2004, 4, 299.
169. Jubin, R. Curr. Opin. Investig. Drugs 2003, 4, 162.
170. Neyts, J. Antiviral Res. 2006, 71, 363.
171. Manns, M. P.; McHutchison, J. G.; Gordon, S. C.; Rustgi, V. K.; Shiffman, M.; Reindollar, R.; Goodman, Z. D.; Koury, K.; Ling, M.; Albrecht, J. K. Lancet 2001, 358, 958.
172. Fried, M. W.; Shiffman, M. L.; Reddy, K. R.; Smith, C.; Marinos, G.; Goncales, F. L., Jr.; Haussinger, D.; Diago, M.; Carosi, G.; Dhumeaux, D.; Craxi, A.; Lin, A.; Hoffman, J.; Yu, J. N. Engl. J. Med. 2002, 347, 975.
173. Bukh, J.; Purcell, R. H.; Miller, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 4942.
174. Han, J. H.; Shyamala, V.; Richman, K. H.; Brauer, M. J.; Irvine, B.; Urdea, M. S.; Tekamp-Olson, P.; Kuo, G.; Chou, Q. L.; Houghton, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 1711.
175. Kieft, J. S.; Zhou, K.; Jubin, R.; Doudna, J. A. RNA 2001, 7, 194.
176. Lukavsky, P. J.; Kim, I.; Otto, G. A.; Puglisi, J. D. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 1033.
177. Spahn, C. M.; Kieft, J. S.; Grassucci, R. A.; Penczek, P. A.; Zhou, K.; Doudna, J. A.; Frank, J. Science 2001, 291, 1959.
178. Kozak, M. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 6593.
179. Ren, R. Nat. Rev. Cancer 2005, 5, 172.
180. Sucheck, S. J.; Greenberg, W. A.; Tolbert, T. J.; Wong, C.-H. Angew. Chem., Int. Ed. Eng. 2000, 39, 1080.
181. Barr, F. G. Oncogene 2001, 20, 5736.
182. Takyar, S.; Hickerson, R. P.; Noller, H. F. Cell 2005, 120, 49.
183. Paraskeva, E.; Gray, N. K.; Schlager, B.; Wehr, K.; Hentze, M. W. Mol. Cell. Biol. 1999, 19, 807.
184. Barton, H. A.; Eisenstein, R. S.; Bomford, A.; Munro, H. N. J. Biol. Chem. 1990, 265, 7000.
185. Koeppen, A. H. Cerebellum 2005, 4, 62.
186. Di Prospero, N. A.; Fischbeck, K. H. Nat. Rev. Genet. 2005, 6, 756.
187. Gusella, J. F.; Macdonald, M. E. Trends Biochem. Sci. 2006, 31, 533.
188. Jasinska, A.; Michlewski, G.; de Mezer, M.; Sobczak, K.; Kozlowski, P.; Napierala, M.; Krzyzosiak, W. J. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5463.
189. Broda, M.; Kierzek, E.; Gdaniec, Z.; Kulinski, T.; Kierzek, R. Biochemistry 2005, 44, 10873.
190. Erlitzki, R.; Long, J. C.; Theil, E. C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 42579.
191. Wickens, M.; Anderson, P.; Jackson, R. J. Curr. Opin. Genet. Dev. 1997, 7, 220.
192. Wilkie, G. S.; Dickson, K. S.; Gray, N. K. Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 182.
193. Mazumder, B.; Seshadri, V.; Fox, P. L. Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 91.
194. Chabanon, H.; Mickleburgh, I.; Hesketh, J. Brief Funct. Genomic Proteomic 2004, 3, 240.
195. Ross, A. F.; Oleynikov, Y.; Kislauskis, E. H.; Taneja, K. L.; Singer, R. H. Mol. Cell. Biol. 1997, 17, 2158.
196. Garzon, R.; Fabbri, M.; Cimmino, A.; Calin, G. A.; Croce, C. M. Trends Mol. Med. 2006, 12, 580.
197. He, L.; Hannon, G. J. Nat. Rev. Genet. 2004, 5, 522.
198. Rajewsky, N.; Socci, N. D. Dev. Biol. 2004, 267, 529.
199. Cheng, A. M.; Byrom, M. W.; Shelton, J.; Ford, L. P. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 1290.
200. Karp, X.; Ambros, V. Science 2005, 310, 1288.
201. Chen, C. Z.; Li, L.; Lodish, H. F.; Bartel, D. P. Science 2004, 303, 83.
202. Xu, P.; Guo, M.; Hay, B. A. Trends Genet. 2004, 20, 617.
203. Verhelst, S. H.; Michiels, P. J.; van der Marel, G. A.; van Boeckel, C. A.; van Boom, J. H. ChemBioChem 2004, 5, 937.
204. Wong, C. H.; Hendrix, M.; Priestley, E. S.; Greenberg, W. A. Chem. Biol. 1998, 5, 397.
205. Wang, H.; Tor, Y. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8734.
206. Kaul, M.; Barbieri, C. M.; Kerrigan, J. E.; Pilch, D. S. J. Mol. Biol. 2003, 326, 1373.
207. Kaul, M.; Barbieri, C. M.; Pilch, D. S. J. Mol. Biol. 2005, 346, 119.
208. Pilch, D. S.; Kaul, M.; Barbieri, C. M.; Kerrigan, J. E. Biopolymers 2003, 70, 58.
209. Luedtke, N. W.; Baker, T. J.; Goodman, M.; Tor, Y. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12035.
210. Kaul, M.; Pilch, D. S. Biochemistry 2002, 41, 7695.
211. Yoshizawa, S.; Fourmy, D.; Puglisi, J. D. EMBO J. 1998, 17, 6437.
212. Han, Q.; Zhao, Q.; Fish, S.; Simonsen, K. B.; Vourloumis, D.; Froelich, J. M.; Wall, D.; Hermann, T. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2005, 44, 2694.
213. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144.
214. Klapper, I.; Hagstrom, R.; Fine, R.; Sharp, K.; Honig, B. Proteins 1986, 1, 47.
215. Vicens, Q.; Westhof, E. Biopolymers 2003, 70, 42.
216. Vicens, Q.; Westhof, E. Structure 2001, 9, 647.
217. Hermann, T.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 1998, 276, 903.
218. Hermann, T. Biochimie 2002, 84, 869,
219. Blount, K. F.; Zhao, F.; Hermann, T.; Tor, Y. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9818.
220. Yan, Z.; Baranger, A. M. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2004, 14, 5889.
221. Bradrick, T. D.; Marino, J. P. RNA 2004, 10, 1459.
222. Kirk, S. R.; Luedtke, N. W.; Tor, Y. Bioorg. Med. Chem. 2001, 9, 2295.
223. Llano-Sotelo, B.; Chow, C. S. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1999, 9, 213.
224. Haddad, J.; Kotra, L. P.; Llano-Sotelo, B.; Kim, C.; Azucena, E. F., Jr.; Liu, M.; Vakulenko, S. B.; Chow, C. S.; Mobashery, S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3229.
225. Liu, X.; Thomas, J. R.; Hergenrother, P. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 9196.
226. Thomas, J. R.; Liu, X.; Hergenrother, P. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12434.
227. Tok, J. B.; Bi, L.; Saenz, M. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 827.
228. Wong, C. H.; Liang, F. S. Methods Enzymol. 2003, 362, 340.
229. Thomas, J. R.; Liu, X.; Hergenrother, P. J. Biochemistry 2006, 45, 10928.
230. Blount, K. F.; Tor, Y. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5490.
231. Latham, M. P.; Brown, D. J.; McCallum, S. A.; Pardi, A. Chem-BioChem 2005, 6, 1492.
232. Hajduk, P. J.; Meadows, R. P.; Fesik, S. W. Q. Rev. Biophys. 1999, 32, 211.
233. Johnson, E. C.; Feher, V. A.; Peng, J. W.; Moore, J. M.; Williamson, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15724.
234. Yu, L.; Oost, T. K.; Schkeryantz, J. M.; Yang, J.; Janowick, D.; Fesik, S. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4444.
235. Dalvit, C.; Fogliatto, G.; Stewart, A.; Veronesi, M.; Stockman, B. J. Biomol. NMR 2001, 21, 349.
236. Qin, P. Z.; Dieckmann, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 350.
237. Zidek, L.; Stefl, R.; Sklenar, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 275.
238. Mayer, M.; James, T. L. Methods Enzymol. 2005, 394, 571.
239. Kreutz, C.; Kahlig, H.; Konrat, R.; Micura, R. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2006, 45, 3450.
240. Hofstadler, S. A.; Griffey, R. H. Chem. Rev. 2001, 101, 377.
241. Sannes-Lowery, K. A.; Griffey, R. H.; Hofstadler, S. A. Anal. Biochem. 2000, 280, 264.
242. Griffey, R. H.; Hofstadler, S. A.; Sannes-Lowery, K. A.; Ecker, D. J.; Crooke, S. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 10129.
243. Hofstadler, S. A.; Sannes-Lowery, K. A. Nat. Rev. Drug Discovery 2006, 5, 585.
244. Hofstadler, S. A.; Sannes-Lowery, K. A.; Crooke, S. T.; Ecker, D. J.; Sasmor, H.; Manalili, S.; Griffey, R. H. Anal. Chem. 1999, 71, 3436.
245. Hamasaki, K.; Rando, R. R. Anal. Biochem. 1998, 261, 183.
246. Wang, Y.; Hamasaki, K.; Rando, R. R. Biochemistry 1997, 36, 768.
247. Matsumoto, C.; Hamasaki, K.; Mihara, H.; Ueno, A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000, 10, 1857.
248. Hwang, S.; Tamilarasu, N.; Kibler, K.; Cao, H.; Ali, A.; Ping, Y. H.; Jeang, K. T.; Rana, T. M. J. Biol. Chem. 2003, 278, 39092.
249. MacBeath, G.; Koehler, A. N.; Schreiber, S. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7967.
250. Duffner, J. L.; Clemons, P. A.; Koehler, A. N. Curr. Opin. Chem. Biol. 2007, 11, 74.
251. Hergenrother, P. J.; Depew, K. M.; Schreiber, S. L. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7849.
252. Kuruvilla, F. G.; Sternson, S. M.; Shainji, A. F.; Hergenrother, P. J.; Schreiber, S. L. Nature 2002, 416, 653.
253. Disney, M. D.; Seeberger, P. H. Chem. Eur. J. 2004, 10, 3308.
254. Bryan, M. C.; Wong, C.-H. Tetrahedron Lett. 2004, 45, 3639.
255. Zhou, Y.; Gregor, V. E.; Sun, Z.; Ayida, B. K.; Winters, G. C.; Murphy, D.; Simonsen, K. B.; Vourloumis, D.; Fish, S.; Froelich, J. M.; Wall, D.; Hermann, T. Antimicrob. Agents Chemother. 2005, 49, 4942.
256. Yan, Z.; Ramisetty, S. R.; Bolton, P. H.; Baranger, A. M. Chem-BioChem 2007, 8, 4096.
257. McPike, M. P.; Goodisman, J.; Dabrowiak, J. C. Methods Enzymol. 2001, 340, 431.
258. Nahvi, A.; Sudarsan, N.; Ebert, M. S.; Zou, X.; Brown, K. L.; Breaker, R. R. Chem. Biol. 2002, 9, 1043.
259. Soukup, G. A.; Breaker, R. R. RNA 1999, 5, 1308.
260. Soukup, G. A.; DeRose, E. C.; Koizumi, M.; Breaker, R. R. RNA 2001, 7, 524.
261. Winkler, W.; Nahvi, A.; Breaker, R. R. Nature 2002, 419, 952.
262. Winkler, W. C.; Cohen-Chalamish, S.; Breaker, R. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15908.
263. Luedtke, N. W.; Liu, Q.; Tor, Y. Biochemistry 2003, 42, 11391.
264. Thomas, J. R.; Liu, X.; Hergenrother, P. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12434.
265. Childs-Disney, J. L.; Wu, M.; Pushechnikov, A.; Aminova, O.; Disney, M. D. ACS Chem. Biol. 2007, 2, 745.
266. Liang, F. S.; Greenberg, W. A.; Hammond, J. A.; Hoffmann, J.; Head, S. R.; Wong, C. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 12311.
267. Fierro-Monti, I.; Mathews, M. B. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 241.
268. Nanduri, S.; Carpick, B. W.; Yang, Y.; Williams, B. R.; Qin, J. EMBO J. 1998, 17, 5458.
269. Kharrat, A.; Macias, M. J.; Gibson, T. J.; Nilges, M.; Pastore, A. EMBO J. 1995, 14, 3572.
270. Bycroft, M.; Grunert, S.; Murzin, A. G.; Proctor, M.; St Johnston, D. EMBO J. 1995, 14, 3563.
271. Carlson, C. B.; Spanggord, R. J.; Beal, P. A. ChemBioChem 2002, 3, 859.
272. Katze, M. G.; Wambach, M.; Wong, M. L.; Garfinkel, M.; Meurs, E.; Chong, K.; Williams, B. R.; Hovanessian, A. G.; Barber, G. N. Mol. Cell. Biol. 1991, 11, 5497.
273. de Haro, C.; Mendez, R.; Santoyo, J. FASEB J. 1996, 10, 1378.
274. Clemens, M. J.; Bommer, U. A. Int. J. Biochem. Cell. Biol. 1999, 31, 1.
275. Wilson, W. D.; Ratmeyer, L.; Zhao, M.; Strekowski, L.; Boykin, D. Biochemistry 1993, 32, 4098.
276. Zhao, M.; Janda, L.; Nguyen, J.; Strekowski, L.; Wilson, W. D. Biopolymers 1994, 34, 61.
277. McConnaughie, A. W.; Spychala, J.; Zhao, M.; Boykin, D.; Wilson, W. D. J. Med. Chem. 1994, 37, 1063.
278. Zimmer, C.; Walmert, U. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1986, 47, 31.
279. Zhao, M.; Ratmeyer, L.; Peloquin, R. G.; Yao, S.; Kumar, A.; Spychala, J.; Boykin, D. W.; Wilson, W. D. Bioorg. Med. Chem. 1995, 3, 785.
280. McNaughton, B. R.; Gareiss, P. C.; Miller, B. L. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11306.
281. Nonin, S.; Jiang, F.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1997, 268, 359.
282. Carlson, C. B.; Beal, P. A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000, 10, 1979.
283. Todd, A. K.; Adams, A.; Thorpe, J. H.; Denny, W. A.; Wakelin, L. P.; Cardin, C. J. J. Med. Chem. 1999, 42, 536.
284. Adams, A.; Guss, J. M.; Collyer, C. A.; Denny, W. A.; Wakelin, L. P. Biochemistry 1999, 38, 9221.
285. Malinina, L.; Soler-Lopez, M.; Aymami, J.; Subirana, J. A. Biochemistry 2002, 41, 9341.
286. Carlson C. B., Vuyisich M., Gooch B. D., Beal P. A. Chem. Biol. 2003, 10, 663.
287. Adams, A. Curr. Med. Chem. 2002, 9, 1667.
288. Gooch, B. D., Beal, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10603.
289. Gooch, B. D.; Krishnamurthy, M.; Shadid, M.; Beal, P. A. Chem-BioChem 2005, 6, 2247.
290. Krishnamurthy, M.; Simon, K.; Orendt, A. M.; Beal, P. A. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2007, 46, 7044.
291. Schroeder, S. J.; Burkard, M. E.; Turner, D. H. Biopolymers 1999, 52, 157.
292. Chen, G.; Znosko, B. M.; Jiao, X.; Turner, D. H. Biochemistry 2004, 43, 12865.
293. Kierzek, R.; Burkard, M. E.; Turner, D. H. Biochemistry 1999, 38, 14214.
294. Begg, E. J.; Barclay, M. L. Br. J. Clin. Pharmacol. 1995, 39, 597.
295. Azucena, E.; Mobashery, S. Drug Resis. Update 2001, 4, 106.
296. Sucheck, S. J. W., A. L.; Koeller, K. M.; Boeher, D. D.; Draker, K-A.; Sears, P.; Wright, G. D.; Wong, C.-H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5230.
297. Wu, B.; Yang, J.; Robinson, D.; Hofstadler, S.; Griffey, R.; Swayze, E. E.; He, Y. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 3915.
298. Kotra, L. P.; Haddad, J.; Mobashery, S. Antimicrob. Agents Chemother. 2000, 44, 3249.
299. Russell, R. J.; Murray, J. B.; Lentzen, G.; Haddad, J.; Mobashery, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3410.
300. Kondo, J.; Francois, B.; Russell, R. J.; Murray, J. B.; Westhof, E. Biochimie 2006, 88, 1027.
301. Venot, A.; Swayze, E. E.; Griffey, R. H.; Boons, G. J. ChemBioChem 2004, 5, 1228.
302. ) Rao, Y.; Venot, A.; Swayze, E. E.; Griffey, R. H.; Boons, G. J. Org. Biomol. Chem. 2006, 4, 1328.
303. Francois, B.; Szychowski, J.; Adhikari, S. S.; Pachamuthu, K.; Swayze, E. E.; Griffey, R. H.; Migawa, M. T.; Westhof, E.; Hanessian, S. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2004, 43, 6735.
304. Ding, Y.; Hofstadler, S. A.; Swayze, E. E.; Griffey, R. H. Org. Lett. 2001, 3, 1621.
305. Ding, Y.; Hofstadler, S. A.; Swayze, E. E.; Risen, L.; Griffey, R. H. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2003, 42, 3409.
306. Greenberg, W. A.; Priestley, E. S.; Sears, P.; Alper, P. B.; Rosenbohm, C.; Hendrix, M.; Hung, S. C.; Wong, C. H. J. Am. Chern. Soc. 1999, 121, 6527.
307. Hanessian, S.; Tremblay, M.; Kornienko, A.; Moitessier, N. Tetrahedron 2001, 57, 3221.
308. Wang, X.; Migawa, M. T.; Sannes-Lowery, K. A.; Swayze, E. E. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 4919.
309. Vourloumis, D.; Winters, G. C.; Takahashi, M.; Simonsen, K. B.; Ayida, B. K.; Shandrick, S.; Zhao, Q.; Hermann, T. ChemBioChem 2003, 4, 879.
310. Simonsen, K. B.; Ayida, B. K.; Vourloumis, D.; Winters, G. C.; Takahashi, M.; Shandrick, S.; Zhao, Q.; Hermann, T. ChemBioChem 2003, 4, 886.
311. Barluenga, S.; Simonsen, K. B.; Littlefield, E. S.; Ayida, B. K.; Vourloumis, D.; Winters, G. C.; Takahashi, M.; Shandrick, S.; Zhao, Q.; Han, Q.; Hermann, T. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2004, 14, 713.
312. Swayze, E. E.; Jefferson, E. A.; Sannes-Lowery, K. A.; Blyn, L. B.; Risen, L. M.; Arakawa, S.; Osgood, S. A.; Hofstadler, S. A.; Griffey, R. H. J. Med. Chem. 2002, 45, 3816.
313. He, Y.; Yang, J.; Wu, B.; Robinson, D.; Sprankle, K.; Kung, P. P.; Lowery, K.; Mohan, V.; Hofstadler, S.; Swayze, E. E.; Griffey, R. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2004, 14, 695.
314. Maddaford, S. P.; Motamed, M.; Turner, K. B.; Choi, M. S.; Ramnauth, J.; Rakbit, S.; Hudgins, R. R.; Fabris, D.; Johnson, P. E. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2004, 14, 5987.
315. Foloppe, N.; Chen, I. J.; Davis, B.; Hold, A.; Morley, D.; Howes, R. Bioorg. Med. Chem. 2004, 12, 935.
316. Zapp, M. L.; Young, D. W.; Kumar, A.; Singh, R.; Boykin, D. W.; Wilson, W. D.; Green, M. R. Bioorg. Med. Chem. 1997, 5, 1149.
317. Xiao, G.; Kumar, A.; Li, K.; Rigl, C. T.; Bajic, M.; Davis, T. M.; Boykin, D. W.; Wilson, W. D. Bioorg. Med. Chem. 2001, 9, 1097.
318. Li, K.; Davis, T. M.; Bailly, C.; Kumar, A.; Boykin, D. W.; Wilson, W. D. Biochemistry 2001, 40, 1150.
319. Tor, Y.; Hermann, T.; Westhof, E. Chem. Biol. 1998, 5, R277.
320. Luedtke, N. W.; Carmichael, P.; Tor, Y. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 12374.
321. DeJong, E. S.; Chang, C. E.; Gilson, M. K.; Marino, J. P. Biochemistry 2003, 42, 8035.
322. Nakatani, K.; Sando, S.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2172.
323. Hagibara, S.; Kurnasawa, H.; Goto, Y.; Hayashi, G.; Kobori, A.; Saito, I.; Nakatani, K. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 278.
324. Nakatani, K.; Sando, S.; Kumasawa, H.; Kikuchi, J.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12650.
325. Nakatani, K.; Hagihara, S.; Goto, Y.; Kobori, A.; Hagihara, M.; Hayashi, G.; Kyo, M.; Nomura, M.; Mishima, M.; Kojima, C. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 39.
326. Nakatani, K.; Horie, S.; Goto, Y.; Kobori, A.; Hagihara, S. Bioorg. Med. Chem. 2006, 14, 5384.
327. Cho, J.; Rando, R. R. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 2158.
328. Loontiens, F. G.; Regenfuss, P.; Zechel, A.; Dumortier, L.; Clegg, R. M. Biochemistry 1990, 29, 9029.
329. Znosko, B. M.; Silvestri, S. B.; Volkman, H.; Boswell, B.; Serra, M. J. Biochemistry 2002, 41, 10406.
330. Mathews, D. H,; Sabina, J.; Zuker, M.;Turner, D. H. J. Mol. Biol. 1999, 288, 911.
331. Ratmeyer, L. S.; Vinayak, R.; Zon, G.; Wilson, W. D. J. Med. Chem. 1992, 35, 966.
332. Bailly, C.; Colson, P.; Houssier, C.; Hamy, F. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 1460.
333. Dassonneville, L.; Hamy, F.; Colson, P.; Houssier, C.; Bailly, C. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4487.
334. Hamy, F.; Brondani, V.; Florsheimer, A.; Stark, W.; Blommers, M. J.; Klimkait, T. Biochemistry 1998, 37, 5086.
335. Gelus, N.; Harry, F.; Bailly, C. Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 1075.
336. Peytou, V.; Condom, R.; Patino, N.; Guedj, R.; Aubertin, A. M.; Gelus, N.; Bailly, C.; Terreux, R.; Cabrol-Bass, D. J. Med. Chem. 1999, 42, 4042.
337. Lind, K. E.; Du, Z.; Fujinaga, K.; Peterlin, B. M.; James, T. L. Chem. Biol. 2002, 9, 185.
338. Mayer, M.; James, T. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4453.
339. Du, Z.; Lind, K. E.; James, T. L. Chem. Biol. 2002, 9, 707.
340. Brodsky, A. S.; Williamson, J. R. J. Mol. Biol. 1997, 267, 624.
341. Pitt, S. W.; Zhang, Q.; Patel, D. J.; Al-Hashimi, H. M. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2005, 44, 3412.
342. Davis, B.; Afshar, M.; Varani, G.; Murchie, A. I.; Kam, J.; Lentzen, G.; Drysdale, M.; Bower, J.; Potter, A. J.; Starkey, I. D.; Swarbrick, T.; Aboul-ela, F. J. Mol. Biol. 2004, 336, 343.
343. Murchie, A. I.; Davis, B.; Isel, C.; Afshar, M.; Drysdale, M. J.; Bower, J.; Potter, A. J.; Starkey, I. D.; Swarbrick, T. M.; Mirza, S.; Prescott, C. D.; Vaglio, P.; Aboul-ela, F.; Karn, J. J. Mol. Biol. 2004, 336, 625.
344. Stassinopoulos, A.; Ji, J.; Gao, X.; Goldberg, I. H. Science 1996, 272, 1943.
345. Gao, X.; Stassinopoulos, A.; Ji, J.; Kwon, Y.; Bare, S.; Goldberg, I. H. Biochemistry 2002, 41, 5131.
346. Xi, Z.; Hwang, G. S.; Goldberg, I. H.; Harris, J. L.; Pennington, W. T.; Fouad, F. S.; Qabaja, G.; Wright, J. M.; Jones, G. B. Chem. Biol. 2002, 9, 925.
347. Xiao, Z.; Kappen, L. S.; Goldberg, I. H. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006, 16, 2895.
348. Kappen, L. S.; Lin, Y.; Jones, G. B.; Goldberg, I. H. Biochemistry 2007, 46, 561.
349. Lin, Y.; Jones, G. B.; Hwang, G. S.; Kappen, L. S.; Goldberg, I. H. Org. Lett. 2005, 7, 71.
350. Hwang, G. S.; Jones, G. B.; Goldberg, I. H. Biochemistry 2004, 43, 641.
351. Hwang, G. S.; Jones, G. B.; Goldberg, I. H. Biochemistry 2003, 42, 8472.
352. Xiao, Z.; Zhang, N.; Lin, Y.; Jones, G. B.; Goldberg, I. H. Chem. Commun. 2006, 4431.
353. Cecchetti, V.; Parolin, C.; Moro, S.; Pecere, T.; Filipponi, E.; Calistri, A.; Tabarrini, O.; Gatto, B.; Palumbo, M.; Fravolini, A.; Palu, G. J. Med. Chem. 2000, 43, 3799.
354. Parolin, C.; Gatto, B.; Del Vecchio, C.; Pecere, T.; Tramontano, E.; Cecchetti, V.; Fravolini, A.; Masiero, S.; Palumbo, M.; Palu, G. Antimicrob. Agents Chemother. 2003, 47, 889.
355. Richter, S.; Parolin, C.; Gatto, B.; Del Vecchio, C.; Brocca-Cofano, E.; Fravolini, A.; Palu, G.; Palumbo, M. Antimicrob. Agents Chemother. 2004, 48, 1895.
356. Varani, G.; Cheong, C.; Tinoco, I., Jr. Biochemistry 1991, 30, 3280.
357. Varani, G. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995, 24, 379.
358. Abramovitz, D. L.; Pyle, A. M. J. Mol. Biol. 1997, 266, 493.
359. Proctor, D. J.; Schaak, J. E.; Bevilacqua, J. M.; Falzone, C. J.; Bevilacqua, P. C. Biochemistry 2002, 41, 12062.
360. Gayle, A. Y.; Baranger, A. M. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2002, 12, 2839.
361. Scott, W. G.; Finch, J. T.; Klug, A. Cell 1995, 81, 991.
362. Cate, J, H.; Gooding, A. R.; Podell, E.; Zhou, K.; Golden, B. L.; Kundrot, C. E.; Cech, T. R.; Doudna, J. A. Science 1996, 273, 1678.
363. Nissen, P.; Ippolito, J. A.; Ban, N.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4899.
364. Yan, Z.; Sikri, S.; Beveridge, D. L.; Baranger, A. M. J. Med. Chem. 2007, 50, 4096.
365. Yoshizawa, S.; Fourmy, D.; Eason, R. G.; Puglisi, J. D. Biochemistry 2002, 41, 6263.