The energetics of small internal loops in RNA

Biopolymers

Volumn 52, Issue 4, 1999, Pages 157-167

  Schroeder, Susan J ^a   Burkard, Mark E ^a   Turner, Douglas H ^a  

^a UNIVERSITY OF ROCHESTER   (United States)

Author keywords

Free energy; Internal loops; RNA; RNA folding

Indexed keywords

DATABASE SYSTEMS; FREE ENERGY; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR STRUCTURE;

BACKBONE DISTORTION; DRUG TARGET SITES;

RNA;

RNA;

ARTICLE; BASE PAIRING; ENERGY; HYDROGEN BOND; MOLECULAR INTERACTION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; RNA STRUCTURE; STRUCTURE ACTIVITY RELATION; THREE DIMENSIONAL IMAGING;

BASE PAIRING; HUMANS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RNA; THERMODYNAMICS;

EID: 0000731487     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1097-0282(1999)52:4<157::AID-BIP1001>3.0.CO;2-E     Document Type: Article

References (74)

1. Tinoco, I., Jr.; Uhlenbeck, O. C.; Levine, M. D. Nature (London) 1971, 230, 362-367.
2. Jaeger, J. A.; Turner, D. H.; Zuker, M. Proc Natl Acad Sci USA 1989, 86, 7706-7710.
3. Walter, A. E.; Turner, D. H.; Kim, J.; Lyttle, M. H.; Müller, P.; Mathews, D. H.; Zuker, M. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, 9218-9222.
4. Mathews, D. H.; Sabina, J.; Zuker, M.; Turner, D. H. J Mol Biol 1999, 288, 911-940.
5. Kierzek, R.; Caruthers, M. H.; Longfellow, C. E.; Swinton, D.; Turner, D. H.; Freier, S. M. Biochemistry 1986, 25, 7840-7846.
6. Usman, N.; Ogilvie, K. K.; Jiang, M. Y.; Cedergren, R. J. J Am Chem Soc 1987, 109, 7845-7854.
7. Wincott, F.; DiRenzo, A.; Shaffer, C.; Grimm, S.; Tracz, D.; Workman, C.; Sweedler, D.; Gonzalez, C.; Scaringe, S.; Usman, N. Nucleic Acids Res 1995, 23, 2677-2684.
8. Zuker, M. Science 1989, 244, 48-52.
9. Turner, D. H.; Sugimoto, N.; Freier, S. M. Ann Rev Biophys Biophys Chem 1988, 17, 167-192.
10. Longfellow, C. E.; Kierzek, R.; Turner, D. H. Biochemistry 1990, 29, 278-285.
11. SantaLucia, J., Jr.; Kierzek, R.; Turner, D. H. Biochemistry 1990, 29, 8813-8819.
12. Peritz, A. E.; Kierzek, R.; Sugimoto, N.; Turner, D. H. Biochemistry 1991, 30, 6428-6436.
13. SantaLucia, J., Jr.; Kierzek, R.; Turner, D. H. Biochemistry 1991, 30, 8242-8251.
14. He, L.; Kierzek, R.; SantaLucia, J., Jr.; Walter, A. E.; Turner, D. H. Biochemistry 1991, 30, 11124-11132.
15. Walter, A. E.; Wu, M.; Turner, D. H. Biochemistry 1994, 33, 11349-11354.
16. Walter, A. E.; Turner, D. H. Biochemistry 1994, 33, 12715-12719.
17. Serra, M. J.; Axenson, T. J.; Turner, D. H. Biochemistry 1994, 33, 14289-14296.
18. Wu, M.; McDowell, J. A.; Turner, D. H. Biochemistry 1995, 34, 3204-3211.
19. Kim, J.; Walter, A. E.; Turner, D. H. Biochemistry 1996, 35, 13753-13761.
20. Schroeder, S.; Kim, J.; Turner, D. H. Biochemistry 1996, 35, 16105-16109.
21. Xia, T.; McDowell, J. A.; Turner, D. H. Biochemistry 1997, 36, 12486-12497.
22. Xia, T.; SantaLucia, J., Jr.; Burkard, M. E.; Kierzek, R.; Schroeder, S. J.; Jiao, X.; Cox, C.; Turner, D. H. Biochemistry 1998, 37, 14719-14735.
23. Kierzek, R.; Burkard, M. E.; Turner, D. H. Biochemistry 1999, 38, 14214-14223.
24. Schroeder, S. J.; Turner, D. H. Biochemistry 2000, 39, 9257-9274.
25. Burkard, M. E.; Turner, D. H. Biochemistry 2000, 39, 11748-11762.
26. Groebe, D. R.; Uhlenbeck, O. C. Nucleic Acids Res 1988, 16, 11725-11735.
27. Serra, M. J.; Barnes, T. W.; Betschart, K.; Gutierrez, M. J.; Sprouse, K. J.; Riley, C. K.; Stewart, L.; Temel, R. E. Biochemistry 1997, 36, 4844-4851.
28. Giese, M. R.; Betschart, K.; Dale, T.; Riley, C. K.; Rowan, C.; Sprouse, K. J.; Serra, M. J. Biochemistry 1998, 37, 1094-1100.
29. Borer, P. N.; Dengler, B.; Tinoco, I., Jr.; Uhlenbeck, O. C. J Mol Biol 1974, 86, 843-853.
30. Gray, D. M. Biopolymers 1997, 42, 783-793.
31. Antao, V. P.; Tinoco, I., Jr. Nucleic Acids Res 1992, 20, 819-824.
32. Laing, L. G.; Hall, K. B. Biochemistry 1996, 35, 13586-13596.
33. Shu, Z.; Bevilacqua, P. Biochemistry 1999, 38, 15369-15379.
34. Szewczak, A. A.; Cech, T. R. RNA 1997, 3, 838-349.
35. Cate, J. H.; Gooding, A. R.; Podell, E.; Zhou, K.; Golden, B. L.; Szewczak, A. A.; Kundrot, C. E.; Cech, T. R.; Doudna, J. A. Science 1996, 273, 1678-1685.
36. Strobel, S. A.; Ortoleva-Donnelly, L.; Ryder, S. P.; Cate, J. H.; Moncoeur, E. Nat Struct Biol 1998, 5, 60-66.
37. Costa, M.; Michel, F. EMBO J 1995, 14, 1276-1285.
38. Gubser, C. C.; Varani, G. Biochemistry 1996, 35, 2253-2267.
39. Kalurachchi, K.; Nikonowicz, E. P. J Mol Biol 1998, 280, 639-654.
40. Battiste, J. L.; Mao, H.; Rao, N. S.; Tan, R.; Munandiram, D. R.; Kay, L. E.; Frankel, A. D.; Williamson, J. R. Science 1996, 273, 1547-1551.
41. Peterson, R. D.; Feigon, J. J Mol Biol 1996, 264, 863-877.
42. Fourmy, D.; Recht, M. I.; Puglisi, J. D. J Mol Biol 1998, 277, 347-362.
43. Fourmy, D.; Yoshizawa, S.; Puglisi, J. D. J Mol Biol 1998, 277, 333-345.
44. Woodcock, J.; Moazed, D.; Cannon, M.; Davies, J.; Noller, H. F. EMBO J 1991, 10, 3099-3103.
45. Moazed, D.; Noller, H. F. Nature 1987, 327, 389-394.
46. Davies, J.; Davies, B. D. J Biol Chem 1968, 243, 3312-3316.
47. Gralla, J.; Crothers, D. M. J Mol Biol 1973, 78, 301-319.
48. Turner, D. H.; Sugimoto, N.; Kierzek, R.; Dreiker, S. D. J Am Chem Soc 1987, 109, 3783-3785.
49. SantaLucia, J., Jr.; Kierzek, R.; Turner, D. H. Science 1992, 256, 217-219.
50. SantaLucia, J., Jr.; Turner, D. H. Biochemistry 1993, 32, 12612-12623.
51. Wu, M.; Turner, D. H. Biochemistry 1996, 35, 9677-9689.
52. Wu, M.; SantaLucia, J., Jr.; Turner, D. H. Biochemistry 1997, 36, 4449-4460.
53. Lietzke, S. E.; Barnes, C. L.; Berglund, J. A.; Kundrot, C. E. Structure 1996, 4, 917-930.
54. Heus, H. A.; Wijmenga, S. S.; Hoppe, H.; Hilbers, C. W. J Mol Biol 1997, 271, 147-158.
55. Baeyens, K. J.; DeBondt, H. L.; Holbrook, S. R. Struct Biol 1995, 2, 56-62.
56. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science 2000, 289, 905-920.
57. Ye, X.; Gorin, A.; Ellington, A. D.; Patel, D. H. Nat Struct Biol 1996, 3, 1026-1033.
58. Agalarov, S. C.; Prasad, G. S.; Funke, P. M.; Stout, C. D.; Williamson, J. R. Science 2000, 288, 107-112.
59. Butcher, S. E.; Dieckmann, T.; Feigon, J. EMBO J 1997, 16, 7490-7499.
60. Fourmy, D.; Recht, M. I.; Blanchard, S. C.; Puglisi, J. D. Science 1996, 274, 1367-1371.
61. Butcher, S. E.; Allain, F. H.-T.; Feigon, J. Natl Struct Biol 1999, 6, 212-216.
62. Legault, P.; Hoogstraten, C. G.; Metlitzky, E.; Pardi, A. J Mol Biol 1998, 284, 325-335.
63. Mao, H.; White, S. A.; Williamson, J. R. Natl Struct Biol 1999, 6, 1139-1147.
64. Smith, J. S.; Nikonowicz, E. P. Biochemistry 1998, 37, 13486-13498.
65. Schmitz, U.; Behrens, S.; Freymann, D. M.; Keenan, R. J.; Lukavsky, P.; Walter, P.; James, T. L. RNA 1999, 5, 1419-1429.
66. Batey, R. T.; Rambo, R. P.; Lucast, L.; Rha, B.; Doudna, J. A. Science 2000, 287, 1232-1238.
67. Zeffman, A.; Hassard, S.; Varani, G.; Lever, A. J Mol Biol 2000, 297, 879-893.
68. Zimmerman, G. R.; Jenison, R. D.; Wick, C. C.; Simorre, J.-P.; Pardi, A. Nat Struct Biol 1997, 4, 644-649.
69. Feigon, J.; Dieckmann, T.; Smith, F. W. Chem Biol 1996, 3, 611-617.
70. Yan, Y.; Kochoyan, M.; Burgstaller, P.; Westof, E.; Famulok, M. Science 1996, 272, 1343-1346.
71. Mathews, D. H.; Banerjee, A. R.; Luan, D. D.; Eickbush, T. H.; Turner, D. H. RNA 1997, 3, 1-16.
72. Luck, R.; Steger, G.; Reisner, D. J Mol Biol 1996, 258, 831-826.
73. Papanicolau, C.; Guoy, M.; Ninio, J. Nucleic Acids Res 1984, 12, 31-43.
74. Burkard, M. E.; Xia, T.; Turner, D. H. Biochemistry 2001, in press.