Toward a detailed understanding of base excision repair enzymes: Transition state and mechanistic analyses of N-glycoside hydrolysis and N-glycoside transfer

Chemical Reviews

Volumn 106, Issue 2, 2006, Pages 506-555

  Berti, Paul J ^a,b   McCann, Joe A B ^b  

^a MCMASTER UNIVERSITY   (Canada)

^b MCMASTER UNIVERSITY   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMISTRY; CATALYSIS; CHARGE TRANSFER; CHEMICAL BONDS; DNA; ELECTRON TRANSITIONS; ELECTRONIC STRUCTURE; HYDROLYSIS; MOLECULAR VIBRATIONS; REACTION KINETICS;

BASE EXCISION REPAIR; GLYCOSIDE; MECHANISTIC ANALYSES; TRANSITION STATE;

ENZYMES;

GLYCOSIDASE; GLYCOSIDE;

BINDING SITE; CATALYSIS; CHEMISTRY; CONFORMATION; DNA REPAIR; ENZYME SPECIFICITY; GENETICS; HYDROLYSIS; KINETICS; METABOLISM; REVIEW;

BINDING SITES; CATALYSIS; DNA REPAIR; GLYCOSIDE HYDROLASES; GLYCOSIDES; HYDROLYSIS; KINETICS; MOLECULAR CONFORMATION; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 33644635257     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr040461t     Document Type: Review

References (529)

1. Stivers, J. T.; Jiang, Y. L. Chem. Rev. 2003, 103, 2729.
2. David, S. S.; Williams, S. D. Chem. Rev. 1998, 98, 1221.
3. Lindahl, T. Nature 1993, 362, 709.
4. Fromme, J. C.; Verdine, G. L. Adv. Protein Chem. 2004, 69, 1.
5. McCullough, A. K.; Dodson, M. L.; Lloyd, R. S. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 255.
6. Krokan, H. E.; Standal, R.; Slupphaug, G. Biochem. J. 1997, 325, 1.
7. Capon, B. Chem. Rev. 1969, 69, 407.
8. Sinnott, M. L. Chem. Rev. 1990, 90, 1171.
9. Zechel, D. L.; Withers, S. G. Acc. Chem Res. 2000, 33, 11.
10. Ly, H. D.; Withers, S. G. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 487.
11. Davies, G.; Sinnott, M. L.; Withers, S. G. In Comprehensive Biological Cataysis; Sinnott, M., Ed.; Academic Press: London, 1997; p 120.
12. Berti, P. J.; Tanaka, K. S. E. Adv. Phys. Org. Chem. 2002, 37, 239.
13. Berti, P. J. Methods Enzymol. 1999, 308, 355.
14. Schramm, V. L. Methods Enzymol. 1999, 308, 301.
15. Schramm, V. L. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 556.
16. Schramm, V. L. Biochim. Biophys. Acta 2002, 1587, 107.
17. Schramm, V. L. Acc. Chem. Res. 2003, 36, 588.
18. Schramm, V. L. Arch. Biochem. Biophys. 2005, 433, 13.
19. Schramm, V. L.; Horenstein, B. A.; Kline, P. C. J. Biol. Chem. 1994, 269, 18259.
20. Schramm, V. L.; Shi, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 657.
21. Werner, R. M.; Stivers, J. T. Biochemistry 2000, 39, 14054.
22. Chen, X.-Y.; Berti, P. J.; Schramm, V. L. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6527.
23. McCann and Berti, unpublished results.
24. Chen, X.-Y.; Berri, P. J.. Schramm, V. L. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1609.
25. Kline, P. C.; Schramm, V. L. Biochemistry 1993, 32, 13212.
26. Lewandowicz, A.; Schramm, V. L. Biochemistry 2004, 43, 1458.
27. Mentch, F.; Parkin, D. W.; Schramm, V. L. Biochemistry 1987, 26, 921.
28. Parkin, D. W.; Schramm, V. L. Biochemistry 1987, 26, 913.
29. Parkin, D. W.; Mentch, F.; Banks, G. A.; Horenstein, B. A.; Schramm, V. L. Biochemistry 1991, 30, 4586.
30. Kline, P. C.; Schramm, V. L. Biochemistry 1995, 34, 1153.
31. Horenstein, B. A.; Parkin, D. W.; Estupinan, B.; Schramm, V. L. Biochemistry 1991, 30, 10788.
32. Scheuring, J.; Schramm, V. L. Biochemistry 1997, 36, 8215.
33. Scheuring, J.; Berti, P. J.; Schramm, V. L. Biochemistry 1998, 37, 2748.
34. Parikh, S. L.; Schramm, V. L. Biochemistry 2004, 43, 1204.
35. Berti, P. J.; Blanke, S. R.; Schramm, V. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12079.
36. Rising, K. A.; Schramm, V. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 27.
37. Scheuring, J.; Schramm, V. L. Biochemistry 1997, 36, 4526.
38. Tao, W.; Grubmeyer, C.; Blanchard, J. S. Biochemistry 1996, 35, 14.
39. Unrau, P. J.; Bartel, D. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15393.
40. Parkin, D. W.; Leung, H. B.; Schramm, V. L. J. Biol. Chem. 1984, 259, 9411.
41. Berti, P. J.; Schramm, V. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12069.
42. Several names have been used for the cationic form of sugars after leaving group departure. From newest to oldest, these include oxacarbenium ion, oxocarbenium ion, oxycarbonium ion, oxonium ion, plus several rare variants. The first two terms are now the most common.
43. Jencks, W. P. Chem. Rev. 1985, 85, 511.
44. 1 is the bond length for a single bond between atoms of elements i and j. (a) Sims, L. B.; Lewis, D. E. In Isotope Effects: Recent Developments in Theory and Experiment; Buncel, E., Lee, C. C., Eds.; Elsevier: New York, 1984; Vol. 6.
45. (b) Johnston, H. S. Gas-Phase Reaction Rate Theory; Ronald Press: New York, 1966.
46. N1), with a discrete intermediate formed between leaving group departure and nucleophile approach. The signs "*" or "+" denote, respectively, an intermediate too short-lived for the leaving group to diffuse into solution, or one that is diffusionally equilibrated with solvent. (a) Commission on Physical Organic Chemistry. Pure Appl. Chem. 1989, 61, 57.
47. (b) Commission on Physical Organic Chemistry. Pure Appl. Chem. 1989, 61, 23.
48. Birck, M. R.; Schramm, V. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2447.
49. Bigeleisen, J.; Goeppert Mayer, M. J. Chem. Phys. 1947, 15, 261.
50. Bigeleisen, J.; Wolfsberg, M. Adv. Chem. Phys. 1958, 1, 15.
51. Huskey, W. P. In Enzyme mechanism from isotope effects; Cook, P. F., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 1991; p 37.
52. Suhnel, J.; Schowen, R. L. In Enzyme mechanism from isotope effects; Cook, P. F., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 1991; p 3.
53. Buddenbaum, W. E.; Shiner, V. J., Jr In Isotope effects on enzyme-catalyzed reactions; Cleland, W. W., O'Leary, M. H., Northrop, D. B., Eds.; University Park Press: Baltimore, MD, 1977; p 1.
54. Swain, C. G.; Stivers, E. C.; Reuwer, J. F., Jr.; Schaad, L. J. J. Am. Chem. Soc. 1958, 80, 5885.
55. Stern, M. J.; Vogel, P. C. J. Am. Chem. Soc. 1971, 93, 4664.
56. Hirschi, J.; Singleton, D. A. J. Am. Chem Soc. 2005, 127, 3294.
57. Melander, L.; Saunders: W. H., Jr. Reaction rates of isotopic molecules; John Wiley & Sons: New York, 1980.
58. N mechanisms.
59. Matsson, O.; Westaway, K. C. Adv. Phys. Org. Chem. 1998, 31, 143.
60. Westaway, K. C.; VanPham, T., Fang, Y. R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3670.
61. Glad, S. S.; Jensen, F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 227.
62. Poirier, R. A.; Wang, Y.; Westaway, K. C. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2526.
63. Sunko, D. E.; Szele, I.; Hehre, W. J. J. Am. Chem, Soc. 1977, 99, 5000.
64. Ashwell, M.; Guo, X.; Sinnott, M. L. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10158.
65. Singh, V.; Lee, J. E.; Nunez, S.; Howell, P. L.; Schramm, V. L. Biochemistry 2005, 44, 11647.
66. Birck, M. R.; Schramm, V. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6882.
67. Degano, M.; Almo, S. C.; Sacchettini, J. C.; Schramm, V. L. Biochemistry 1998, 37, 6277.
68. Gawlita, E.; Lantz, M.; Paneth, P.; Bell, A. F.; Tonge, P. J.; Anderson, V. E. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 11660.
69. Saunders, M.; Laidig, K. E.; Wolfsberg, M. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8989.
70. Anisimov, V.; Paneth, P. J. Math Chem. 1999, 26, 75.
71. Glad, S. S.; Jensen, F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16892.
72. Scott, A. P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502.
73. Wong, M. W. Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 391.
74. Johnston, H. S. Gas-Phase Reaction Rate Theory; Ronald Press: New York, 1966.
75. Sims, L. B.; Lewis, D. E. In Isotope Effects: Recent Developments in Theory and Experiment; Buncel, E., Lee, C. C., Eds.; Elsevier: New York, 1984; p 161, Vol. 6.
76. Burton, G. W.; Sims, L. B.; Wilson, J. C.; Fry, A. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 3371.
77. Berti, P. J.; Schramm, V. L. In Transition state modeling for catalysis; Trulhar, D. G., Morokuma, K., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 1999; p 473.
78. Sims, L. B.; Burton, G. W.; Lewis, D. E. BEBOVIB-IV, QCPE No. 337; Quantum Chemistry Program Exchange, Department of Chemistry, University of Indiana: Bloomington, IN, 1977.
79. Huskey, W. P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1663.
80. Casamassina, T. E.; Huskey, W. P. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 14.
81. M for each isotopic label. (Fersht, A. R. Enzyme structure and mechanism, 2nd ed.; W. H. Freeman and Co.: New York, 1985.)
82. This statement applies to multiple turnover experiments only. In single turnover experiments, the first irreversible step is still the relevant step, but the beginning and ending points may be different.
83. Cleland, W. W. Methods Enzymol. 1982, 87, 625.
84. Rose, I. W. Methods Enzymol. 1980, 64, 47.
85. Northrop, D. B. Annu. Rev. Biochem. 1981, 50, 103.
86. Xue, H.; Wu, X.; Huskey, W. P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 5804.
87. Zhou, X. Z.; Toney, M. D. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 13282.
88. Fedorov, A.; Shi, W.; Kicska, G.; Fedorov, E.; Tyler, P. C.; Furneaux, R. H.; Hanson, J. C.; Gainsford, G. J.; Larese, J. Z.; Schramm, V. L.; Almo, S. C. Biochemistry 2001, 40, 853.
89. Wang, F.; Miles, R. W.; Kicska, G.; Nieves, E.; Schramm, V. L.; Angeletti, R. H. Protein Sci. 2000, 9, 1660.
90. Mao, C.; Cook, W. J.; Zhou, M.; Federov, A. A.; Almo, S. C.; Ealick, S. E. Biochemistry 1998, 37, 7135.
91. Kline, P. C.; Schramm, V. L. Biochemistry 1992, 31, 5964.
92. Miles, R. W.; Tyler, P. C.; Furneaux, R. H.; Bagdassarian, C. K.; Schramm, V. L. Biochemistry 1998, 37, 8615.
93. Kicska, G. A.; Long, L.; Horig, H.; Fairchild, C.; Tyler, P. C.; Furneaux, R. H.; Schramm, V. L.; Kaufman, H. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 4593.
94. Shi, W.; Ting, L. M.; Kicska, G. A.; Lewandowicz, A.; Tyler, P. C.; Evans, G. B.; Furneaux, R. H.; Kim, K.; Almo, S. C.; Schramm, V. L. J. Biol. Chem. 2004, 279, 18103.
95. Fujii, T.; Saito, T.; Nakasaka, T. Chem. Pharm. Bull. 1989, 37, 2601.
96. Jiang, D.; Hatahet, Z.; Melamede, R. J.; Kow, Y. W.; Wallace, S. S. J. Biol. Chem. 1997, 272, 32230.
97. Zharkov, D. O.; Rieger, R. A.; Iden, C. R.; Grollman, A. P. J. Biol. Chem. 1997, 272, 5335.
98. Fromme, J. C.; Bruner, S. D.; Yang, W.; Karplus, M.; Verdine, G. L. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 204.
99. Zhang, Q. M.; Miyabe, I.; Matsumoto, Y.; Kino. K.: Sugiyama, H.: Yonei, S. J. Biol. Chem. 2000, 275, 35471.
100. Gilboa, R.; Zharkov, D. O.; Golan, G.; Fernandes, A. S.; Gerchman, S. E.; Matz, E.; Kycia, J. H.; Grollman, A. P.; Shoham, G. J. Biol. Chem. 2002, 277, 19811.
101. McCullough, A. K.; Sanchez, A.; Dodson, M. L.; Marapaka, P.; Taylor, J. S.; Lloyd, R. S. Biochemistry 2001, 40, 561.
102. Lavrukhin, O. V.; Lloyd, R. S. Biochemistry 2000, 39, 15266.
103. Bhagwat, M.; Gerlt, J. A. Biochemistry 1996, 35, 659.
104. Fromme, J. C.; Verdine, G. L. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 544.
105. Fromme, J. C.; Verdine, G. L. J. Biol. Chem. 2003, 278, 51543.
106. Zharkov, D. O.; Rosenquist, T. A.; Gerchman, S. E.; Grollman, A. P. J. Biol. Chem. 2000, 275, 28607.
107. Norman, D. P.; Chung, S. J.; Verdine, G. L. Biochemistry 2003, 42, 1564.
108. Hill, J. W.; Hazra, T. K.; Izumi, T.; Mitra, S. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 430.
109. BeMiller, J. N. Adv. Carbohydr. Chem. Biochem. 1967, 22, 25.
110. Jencks, W. P. Chem. Soc. Rev. 1981, 10, 345.
111. N1-like".
112. Yang, J.; Schenkman, S.; Horenstein, B. A. Biochemistry 2000, 39, 5902.
113. Kline, P. C.; Rezaee, M.; Lee, T. A. Anal. Biochem. 1999, 275, 6.
114. Parkin, D. W.; Schramm, V. L. J. Biol. Chem. 1984, 259, 9418.
115. Lee, J. K.; Bain, A. D.; Berti, P. J. J. Am. Chem Soc. 2004, 126, 3769.
116. Huang, X. C.; Tanaka, K. S. E.; Bennet, A. J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11147.
117. Bruner, M.; Horenstein, B. A. Biochemistry 2000, 39, 2261.
118. Bennet, A. J.; Sinnott, M. L. J. Am. Chem Soc. 1986, 108, 7287.
119. Zhang, Y.; Bommuswamy, J.; Sinnott, M. L. J. Am Chem. Soc. 1994, 116, 7557.
120. Bunton, C. A.; Humeres, E. J. Org. Chem. 1969, 34, 572.
121. Tanaka, K. S. E.; Chen, X.-Y.; Ichikawa, Y.; Tyler, P. C.; Furneaux, R. H.; Schramm, V. L. Biochemistry 2001, 40, 6845.
122. Roday, S.; Amukele, T.; Evans, G. B.; Tyler, P. C.; Furneaux, R. H.; Schramm, V. L. Biochemistry 2004, 43, 4923.
123. Jiang, Y. L.; Ichikawa, Y.; Stivers, J. T. Biochemistry 2002, 41, 7116.
124. Jiang, Y. L.; Cao, C. Y.; Stivers, J. T.; Song, F. H.; Ichikawa, Y. Bioorg. Chem. 2004, 32, 244.
125. Page, M. I.; Jencks, W. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1971, 68, 1678.
126. Kati, W. M.; Wolfenden, R. Science 1989, 243, 1591.
127. Wolfenden, R. Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 647.
128. Lindahl, T.; Nyberg, B. Biochemistry 1972, 11, 3610.
129. Gates, K. S.; Nooner. T.: Dutta, S. Chem. Res. Toxicol. 2004, 17, 839.
130. Lindahl, T.; Karlstrom, O. Biochemistry 1973, 12, 5151.
131. Kampf, G.; Kapinos, L. E.; Griesser, R.; Lippert, B.; Sigel, H. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 2002, 1320.
132. Zoltewicz, J. A.; Clark, D. F.; Sharpless, T. W.; Grahe, G. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 1741.
133. Venner, H. Z. Physiol. Chem. 1964, 339, 14.
134. Cadet, J.; Teoule, R. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 6517.
135. Venner, H. Hoppe-Seyler's Z. Physiol. Chem. 1966, 344, 189.
136. Garrett, E. R.; Seydel, J. K.; Sharpen, A. J. J. Org. Chem. 1966, 31, 2219.
137. Shapiro, R.; Kang, S. Biochemistry 1969, 8, 1806.
138. Shapiro, R.; Danzig, M. Biochemistry 1972, 11, 23.
139. Hevesi, L.; Wolfson-Davidson, E.; Nagy, J. B.; Nagy, O. B.; Bruylants, A. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 4715.
140. Bennet, A. J.; Kitos, T. E. J. Chem Soc., Perkin Trans. 2 2002, 1207.
141. Poulter, C. D.; Frederick, G. D. Tetrahedron Lett. 1975, 2171.
142. Drohat, A. C.; Stivers, J. T. Biochemistry 2000, 39, 11865.
143. Drohat, A. C.; Xiao, G.; Tordova, M.; Jagadeesh, J.; Pankiewicz, K. W.; Watanabe, K. A.; Gilliland, G. L.; Stivers, J. T. Biochemistry 1999, 38, 11876.
144. Dong, J.; Drohat, A. C.; Stivers, J. T.; Pankiewicz, K. W.; Carey, P. R. Biochemistry 2000, 39, 13241.
145. Drohat, A. C.; Jagadeesh, J.; Ferguson, E.; Stivers, J. T. Biochemistry 1999, 38, 11866.
146. Jiang, Y. L.; Drohat, A. C.; Ichikawa, Y.; Stivers, J. T. J. Biol. Chem. 2002, 277, 15385.
147. Lonnberg, H.; Lehikoinen, P. Nucleic Acids Res. 1982, 10, 4339.
148. Chen, X. Y.; Link, T. M.; Schramm, V. L. Biochemistry 1998, 37, 11605.
149. 129,130
150. 130
151. Sedgwick, B. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 148.
152. Pieper, R. O. In DNA Damaga and Repair, Nickoloff, J. A., Hoekstra, M. F., Eds.; Humana Press: Totawa, NJ, 1998; Vol. 2.
153. O'Brien, P. J.; Ellenberger, T. J. Biol. Chem. 2004, 279, 26876.
154. Aamodt, R. M.; Falnes, P. O.; Johansen, R. F.; Seeberg, E.; Bjoras, M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 13601.
155. Fujii, T.; Saito, T.; Date, T. Chem. Pharm. Bull. 1989, 37, 1208.
156. Fujii, T.; Itaya, T. Heterocycles 1998, 48, 1673.
157. Jang, Y. H.; Goddard, W. A.; Noyes, K. T.; Sowers, L. C.; Hwang, S.; Chung, D. S. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 1023.
158. Fujii, T.; Sarro, T.; Iguchi, K. Chem. Pharm. Bull. 1994, 42, 495.
159. Singer, B.; Kroger, M.; Carrano, M. Biochemistry 1978, 17, 1246.
160. Hunt, C.; Gillani, N.; Farone, A.; Rezaei, M.; Kline, P. C. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1751, 140.
161. Remaud, G.; Zhou, X. X.; Chattopadhyaya, J.; Oivanen, M.; Lonnberg, H. Tetrahedron 1987, 43, 4453.
162. Kinjo, Y.; Ji, L. N.; Corfu, N. A.; Sigel, H. Inorg. Chem. 1992, 31, 5588.
163. Knobloch, B.; Da Costa, C. P.; Linert, W.; Sigel, H. Inorg. Chem. Commun. 2003, 6, 90.
164. Remaud, G.; Zhou, X. X.; Chattopadhyaya, J.; Oivanen, M.; Lonnberg, H. Nucleic Acids Symp. Ser. 1987, 145.
165. Major, D. T.; Laxer, A.; Fischer, B. J. Org. Chem. 2002, 67, 790.
166. Hendler, S.; Furer, E.; Srinivasan, P. R. Biochemistry 1970, 9, 4141.
167. Richard, J. P.; Williams, K. B.; Amyes, T. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8403.
168. Richard, J. P. Tetrahedron 1995, 51, 1535.
169. Andrews, C. W.; Bowen, J. P.; Fraser-Reid, B. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1989, 1913.
170. Winkler, D. A.; Holan, G. J. Med. Chem. 1989, 32, 2084.
171. Andrews, C. W.; Fraser-Reid, B.; Bowen, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8293.
172. Kajimoto, T.; Liu, K. K. C.; Pederson, R. L.; Zhong, Z.; Ichikawa, Y.; Porco, J. A., Jr.; Wong, C. H. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6187.
173. Smith, B. J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2699.
174. Namchuk, M. N.; McCarter, J. D.; Becalski, A.; Andrews, T.; Withers, S. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1270.
175. Parikh, S. S.; Walcher, G.; Jones, G. D.; Slupphaug, G.; Krokan, H. E.; Blackburn, G. M.; Tainer, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5083.
176. Bianchet, M. A.; Seiple, L. A.; Jiang, Y. L.; Ichikawa, Y.; Amzel, L. M.; Stivers, J. T. Biochemistry 2003, 42, 12455.
177. Werner, R. M.; Jiang, Y. L.; Gordley, R. G.; Jagadeesh, G. J.; Ladner, J. E.; Xiao, G.; Tordova, M.; Gilliland, G. L.; Stivers, J. T. Biochemistry 2000, 39, 12585.
178. Loverix, S.; Geerlings, P.; McNaughton, M.; Augustyns, K.; Vandemeulebroucke, A.; Steyaert, J.; Versees, W. J. Biol. Chem. 2005, 280, 14799.
179. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
180. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244.
181. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98 (Revision A.6); Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
182. Portmarm, S.; Luthi, H. P. Chimia 2000, 54, 766.
183. Jespersen, T. M.; Dong, W.; Sierks, M. R.; Skrydstrup, T.; Lundt, I.; Bols, M. Angew. Chem, Int. Ed. Engl. 1994, 33, 1778.
184. Ichikawa, Y.; Igarashi, Y. Tetrahedron Len. 1995, 36, 4585.
185. Igarashi, Y.; Ichikawa, M.; Ichikawa, Y. Tetrahedron Lett. 1996, 37, 2707.
186. Bols, M.; Hazell, R. G.; Thomsen, I. B. Chem. - Eur. J. 1997, 3, 940.
187. Bols, M. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 1.
188. Liu, H.; Liang, X.; Shoel, H.; Bülow, A.; Bols, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5116.
189. Parkin, D. W.; Schramm, V. L. Biochemistry 1995, 34, 13961.
190. Legler, G. Adv. Carbohydr. Chem Biochem. 1990, 48, 319.
191. Shi, W.; Li, C. M.; Tyler, P. C.; Furneaux, R. H.; Cahill, S. M.; Girvin, M. E.; Grubmeyer, C.; Schramm, V. L.; Almo, S. C. Biochemistry 1999, 38, 9872.
192. Sauve, A. A.; Cahill, S. M.; Zech, S. G.; Basso, L. A.; Lewandowicz, A.; Santos, D. S.; Grubmeyer, C.; Evans, G. B.; Furneaux, R. H.; Tyler, P. C.; McDermott, A.; Girvin, M. E.; Schramm, V. L. Biochemistry 2003, 42, 5694.
193. Lau, A. Y.; Wyattt, M. D.; Glassner, B. J.; Samson, L. D.; Ellenberger, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13573.
194. Bell, C. E.; Eisenberg, D. Biochemistry 1996, 35, 1137.
195. Inouye, S.; Tsuruoka, T.; Ito, T.; Niida, T. Tetrahedron 1968, 23, 2125.
196. Jeong, J. H.; Murray, B. W.; Takayama, S.; Wong, C. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4227.
197. Hoos, R.; Huixin, J.; Vasella, A.; Weiss, P. Helv. Chim. Acta 1996, 79, 1757.
198. Yagi, M.; Kouno, T.; Aoyagi, Y.; Murai, H. Nippon Nogei Kagaku Kaishi 1976, 50, 571.
199. Legler, G.; Julich, E. Carbohydr. Res. 1984, 128, 61.
200. Evans, S. V.; Fellows, L. E.; Shing, T. K. M.; Fleet, G. W. J. Phytochemistry 1985, 24, 1953.
201. Legler, G.; Pohl, S. Carbohydr. Res. 1986, 155, 119.
202. Winchester, B.; Barker, C.; Baines, S.; Jacob, G. S.; Namgoong, S. K.; Fleet, G. Biochem. J. 1990, 265, 277.
203. Cenci di Bello, I.; Dorling, P.; Fellows, L.; Winchester, B. FEBS Lett. 1984, 176, 61.
204. Hughes, A. B.; Rudge, A. J. Nat. Prod, Rep. 1994, 135.
205. Fromme, J. C.; Banerjee, A., Huang, S. J.: Verdine, G. L. Nature 2004, 427, 652.
206. Raoul, S.; Bardet, M.; Cadet, J. Chem. Res. Toxicol. 1995, 8, 924.
207. Greenberg, M. M.; Hantosi, Z.; Wiederholt, C. J.; Rithner, C. D. Biochemistry 2001, 40, 15856.
208. Kow, Y. W.; Wallace, S. S. Biochemistry 1987, 26, 8200.
209. Purmal, A. A.; Rabow, L. E.; Lampman, G. W.; Cunningham, R. P.; Kow, Y. W. Mutat. Res. 1996, 364, 193.
210. Zharkov, D. O.; Golan, G.; Gilboa, R.; Fernandes, A. S.; Gerchman, S. E.; Kycia, J. H.; Rieger, R. A.: Grollman, A. P.; Shoham. G. EMBO J. 2002, 21, 789.
211. Williams, S. D.; David, S. S. Biochemistry 2000, 39, 10098.
212. Burgess, S.; Jaruga, P.; Dodson, M. L.; Dizdaroglu, M.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 2002, 277, 2938.
213. Doublie, S.; Bandaru, V.; Bond, J. P.; Wallace, S. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 10284.
214. Rabow, L. E.; Kow, Y. W. Biochemistry 1997, 36, 5084.
215. Parikh, S. S.; Mol, C. D.; Slupphaug, G.; Bharati, S.; Krokan, H. E.; Tainer, J. A. EMBO J. 1998, 17, 5214.
216. Drohat, A. C.; Stivers, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1840.
217. Guan, Y.; Manuel, R. C.; Arvai, A. S.; Parikh, S. S.; Mol, C. D.; Miller, J. H.; Lloyd, S.; Tainer, J. A. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 1058.
218. Erion, M. D.; Takabayashi, K.; Smith, H. B.; Kessi, J.; Wagner, S.; Honger, S.; Shames, S. L.; Ealick, S. E. Biochemistry 1997, 36, 11725.
219. O'Brien, P. J.; Ellenberger, T. Biochemistry 2003, 42, 12418.
220. Versees, W.; Decanniere, K.; Pelle, R.; Depoorter, J.; Brosens, E.; Parkin, D. W.; Steyaert, J. J. Mol. Biol. 2001, 307, 1363.
221. Versees, W.; Loverix, S.; Vandemeulebroucke, A.; Geerlings, P.; Steyaert, J. J. Mol. Biol. 2004, 338, 1.
222. Desiraju, G. R. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 441.
223. Desiraju, G. R. Acc. Chem. Res. 1991, 24, 290.
224. Jencks, W. P. Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. 1975, 43, 219.
225. Berti, P. J.; Faerman, C. H.; Storer, A. C. Biochemistry 1991, 30, 1394.
226. Mazzella, L. J.; Parkin, D. W.; Tyler, P. C.; Furneaux, R. H.; Schramm, V. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2111.
227. Miles, R. W.; Tyler, P. C.; Evans, G. B.; Furneaux, R. H.; Parkin, D. W.; Schramm, V. L. Biochemistry 1999, 38, 13147.
228. Basso, L. A.; Santos, D. S.; Shi, W.; Furneaux, R. H.; Tyler, P. C.; Schramm, V. L.; Blanchard, J. S. Biochemistry 2001, 40, 8196.
229. Scharer, O. D.; Nash, H. M.; Jiricny, J.; Laval, J.; Verdine, G. L. J. Biol. Chem. 1998, 273, 8592.
230. Deng, H.; Lewandowicz, A.; Schramm, V. L.; Callender, R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 9516.
231. Shi, W.; Sarver, A. E.; Wang, C. C.; Tanaka, K. S. E.; Almo, S. C.; Schramm, V. L. J. Biol. Chem. 2002, 277, 39981.
232. Vocadlo, D. J.; Davies, G. J.; Laine, R.; Withers, S. G. Nature 2001, 412, 835.
233. Hovel, K.; Shallom, D.; Niefind, K.; Belakhov, V.; Shoham, G.; Baasov, T.; Shoham, Y.; Schomburg, D. EMBO J. 2003, 22, 4922.
234. Guerin, D. M.; Lascombe, M. B.; Costabel, M.; Souchon, H.; Lamzin, V.; Beguin, P.; Alzari, P. M. J. Mol. Biol. 2002, 316, 1061.
235. Varrot, A.; Macdonald, J.; Stick, R. V.; Pell, G.; Gilbert, H. J.; Davies, G. J. Chem. Commun. 2003, 946.
236. Lee, J. E.; Cornell, K. A.; Riscoe, M. K.; Howell, P. L. J. Biol. Chem. 2003, 278, 8761.
237. Shi, W.; Schramm, V. L.; Almo, S. C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 21114.
238. Versees, W.; Decanniere, K.; Van Holsbeke, E.; Devroede, N.; Steyaert, J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 15938.
239. Lau, A. Y.; Scharer, O. D.; Samson, L.; Verdine, G. L.; Ellenberger, E. Cell 1998, 95, 249.
240. Labahn, J.; Scharer, O. D.; Long, A.; EzazNikpay, K.; Verdine, G. L.; Ellenberger, T. E. Cell 1996, 86, 321.
241. Lindahl, T.; Nyberg, B. Biochemistry 1974, 13, 3405.
242. Barnes, D. E.; Lindahl, T. Annu. Rev. Genet. 2004, 38, 445.
243. Shen, J. C.; Rideout, W. M., III.; Jones, P. A. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 972.
244. Cao, C.; Jiang, Y. L.; Stivers, J. T.; Song, F. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 1230.
245. Ghosh, M.; Rumpal, N.; Varshney, U.; Chary, K. V. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 1886.
246. Ghosh, M.; Vinay, K. N.; Varshney, U.; Chary, K. V. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1906.
247. Jiang, Y. L.; McDowell, L. M.; Poliks, B.; Studelska, D. R.; Cao, C.; Potter, G. S.; Schaefer, J.; Song, F.; Stivers, J. T. Biochemistry 2004, 43, 15429.
248. Jiang, Y. L.; Stivers, J. T. Biochemistry 2001, 40, 7710.
249. Putnam, C. D.; Shroyer, M. J.; Lundquist, A. J.; Mol, C. D.; Arvai, A. S.; Mosbaugh, D. W.; Tainer, J. A. J. Mol. Biol. 1999, 287, 331.
250. Ravishankar, R.; Bidya, S. M.; Roy, S.; Purnapatre, K.; Handa, P.; Varshney, U.; Vijayan, M. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 4880.
251. Saikrishnan, K.; Bidya, S. M.; Ravishankar, R.; Roy, S.; Purnapatre, K.; Handa, P.; Varshney, U.; Vijayan, M. Acta Crystallogr., D: Biol. Crystallogr. 2002, 58, 1269.
252. Xiao, G.; Tordova, M.; Jagadeesh, J.; Drohat, A. C.; Stivers, J. T.; Gilliland, G. L. Proteins 1999, 35, 13.
253. Savva, R.; McAuley-Hecht, K.; Brown, T.; Pearl, L. Nature 1995, 373, 487.
254. Jiang, Y. L.; Stivers, J. T. Biochemistry 2002, 41, 11236.
255. Shroyer, M. J.; Bennett, S. E.; Putnam, C. D.; Tainer, J. A.; Mosbaugh, D. W. Biochemistry 1999, 38, 4834.
256. Bellamy, S. R.; Baldwin, G. S. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 3857.
257. Sekino, Y.; Bruner, S. D.; Verdine, G. L. J. Biol. Chem. 2000, 275, 36506.
258. Dinner, A. R.; Blackburn, G. M.; Karplus, M. Nature 2001, 413, 752.
259. Luo, N.; Mehler, E.; Osman, R. Biochemistry 1999, 38, 9209.
260. Stivers, J. T.; Drohat, A. C. Arch. Biochem. Biophys. 2001, 396, 1.
261. Jiang, Y. L.; Ichikawa, Y.; Song, F.; Stivers, J. T. Biochemistry 2003, 42, 1922.
262. Bennett, S. E.; Sanderson, R. J.; Mosbaugh, D. W. Biochemistry 1995, 34, 6109.
263. Chen, C. Y.; Mosbaugh, D. W.; Bennett, S. E. J. Biol. Chem. 2004, 279, 48177.
264. Higley, M.; Lloyd, R. S. Mutat. Res. 1993, 294, 109.
265. Purmal, A. A.; Lampman, G. W.; Pourmal, E. I.; Melamede, R. J.; Wallace, S. S.; Kow, Y. W. J. Biol. Chem. 1994, 269, 22046.
266. Krosky, D. J.; Schwarz, F. P.; Stivers, J. T. Biochemistry 2004, 43, 4188.
267. Jiang, Y. L.; Kwon, K.; Stivers, J. T. J. Biol. Chem. 2001, 276, 42347.
268. Jiang, Y. L.; Stivers, J. T.; Song, F. Biochemistry 2002, 41, 11248.
269. Wong, I.; Lundquist, A. J.; Bernards, A. S.; Mosbaugh, D. W. J. Biol. Chem. 2002, 277, 19424.
270. Handa, P.; Acharya, N.; Varshney, U. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3086.
271. Kavli, B.; Slupphaug, G.; Mol, C. D.; Arvai, A. S.; Peterson, S. B.; Tainer, J. A.; Krokan, H. E. EMBO J. 1996, 15, 3442.
272. Numbering is positive in the 5′-direction from the target U residue and is negative on the 3′-side.
273. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 8205.
274. Gelbin, A.; Schneider, B.; Clowney, L.; Hsieh, S. H.; Olson, W. K.; Berman, H. M. J. Am. Chem Soc. 1996, 118, 519.
275. Kojima, C.; Kawashima, E.; Sekine, T.; Ishido, Y.; Ono, A.; Kainosho, M.; Kyogoku, Y. J. Biomol. NMR 2001, 19, 19.
276. Perrin, C. L. Tetrahedron 1995, 51, 11901.
277. Foloppe, N.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6669.
278. Cloran, F.; Zhu, Y. P.; Osborn, J.; Carmichael, I.; Serianni, A. S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6435.
279. Slupphaug, G.; Mol, C. D.; Kavli, B.; Arvai, A. S.; Krokan, H. E.; Tainer, J. A. Nature 1996, 384, 87.
280. Barrett, T. E.; Savva, R.; Panayotou, G.; Barlow, T.; Brown, T.; Jiricny, J.; Pearl, L. H. Cell 1998, 92, 117.
281. Barrett, T. E.; Scharer, O. D.; Savva, R.; Brown, T.; Jiricny, J.; Verdine, G. L.; Pearl, L. H. EMBO J. 1999, 18, 6599.
282. Wibley, J. E.; Waters, T. R.; Haushalter, K.; Verdine, G. L.; Pearl, L. H. Mol. Cell 2003, 11, 1647.
283. Hoseki, J.; Okamoto, A.; Masui, R.; Shibata, T.; Inoue, Y.; Yokoyama, S.; Kuramitsu, S. J. Mol. Biol. 2003, 333, 515.
284. Shaw, R. W.; Feller, J. A.; Bloom, L. B. DNA Repair 2004, 3, 1273.
285. O'Neill, R. J.; Vorob'eva, O. V.; Shahbakhti, H.; Zmuda, E.; Bhagwat, A. S.; Baldwin, G. S. J. Biol. Chem. 2003, 278, 20526.
286. Abu, M.; Waters, T. R. J. Biol. Chem 2003, 278, 8739.
287. Hardeland, U.; Bentele, M.; Jiricny, J.; Schar, P. J. Biol. Chem. 2000, 275, 33449.
288. Kwon, K.; Jiang, Y. L.; Stivers, J. T. Chem. Biol. 2003, 10, 351.
289. Yamataka, H.; Ando, T. Tetrahedron Lett. 1975, 1059.
290. Bender, M. L.; Hoeg, D. F. J. Am. Chem. Soc. 1957, 79, 5649.
291. Raaen, V. F.; Juhlke, T.; Brown, F. J.; Collins, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 5928.
292. Markham, G. D.; Parkin, D. W.; Mentch, F.; Schramm, V. L. J. Biol. Chem. 1987, 262, 5609.
293. Hegazi, M. F.; Borchardt, R. T.; Schowen, R. L. J. Am. Chem Soc. 1979, 101, 4359.
294. Norman, R. A.; Barry, S. T.; Bate, M.; Breed, J.; Colls, J. G.; Ernill, R. J.; Luke, R. W.; Minshull, C. A.; McAlister, M. S.; McCall, E. J.; McMiken, H. H.; Paterson, D. S.; Timms, D.; Tucker, J. A.; Pauptit, R. A. Structure 2004, 12, 75.
295. Cole, C.; Reigan, P.; Gbaj, A.; Edwards, P. N.; Douglas, K. T.; Stratford, I. J.; Freeman, S.; Jaffar, M. J. Med. Chem. 2003, 46, 207.
296. Mendieta, J.; Martin-Santamaria, S.; Priego, E. M.; Balzarini, J.; Camarasa, M. J.; Perez-Perez, M. J.; Gago, F. Biochemistry 2004, 43, 405.
297. Olsnes, S.; Pihl, A. In Molecular Action of Toxins and Viruses; Cohen, P., van Heyningen, S., Eds.; Elsevier Biomedical: New York, 1982; p 51.
298. Endo, Y.; Tsurugi, K. J. Biol. Chem. 1987, 262, 8128.
299. Endo, Y.; Tsurugi, K. J. Biol. Chem. 1988, 263, 8735.
300. Gluck, A.; Endo, Y.; Wool, I. G. J. Mol. Biol. 1992, 226, 411.
301. Endo, Y.; Gluck, A.; Wool, I. G. J. Mol. Biol. 1991, 221, 193.
302. Orlowski, M.; Orlowski, R.; Chang, J. C.; Wilk, E.; Lesser, M. Mol. Cell. Biochem. 1984, 64, 155.
303. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984.
304. Wolfenden, R.; Lu, X.; Young, G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6814.
305. Miller, D. J.; Ravikumar, K.; Shen, H.; Suh, J. K.; Kerwin, S. M.; Robertus, J. D. J. Med. Chem. 2002, 45, 90.
306. Yan, X. J.; Hollis, T.; Svinth, M.; Day, P.; Monzingo, A. F.; Milne, G. W. A.; Robertus, J. D. J. Mol. Biol. 1997, 266, 1043.
307. Weston, S. A.; Tucker, A. D.; Thatcher, D. R.; Derbyshire, D. J.; Pauptit, R. A. J. Mol. Biol. 1994, 244, 410.
308. Day, P. J.; Ernst, S. R.; Frankel, A. E.; Monzingo, A. F.; Pascal, J. M.; MolinaSvinth, M. C.; Robertus, J. D. Biochemistry 1996, 35, 11098.
309. Monzingo, A. F.; Robertus, J. D. J. Mol. Biol. 1992, 227, 1136.
310. Parkin, D. W.; Horenstein, B. A.; Abdulah, D. R.; Estupinan, B.; Schramm, V. L. J. Biol. Chem. 1991, 266, 20658.
311. Horenstein, B. A.; Schramm, V. L. Biochemistry 1993, 32, 7089.
312. Horenstein, B. A.; Schramm, V. L. Biochemistry 1993, 32, 9917.
313. Horenstein, B. A., Zabinski, R. F., Schramm, V. L. Tetrahedron Lett. 1993, 34, 7213.
314. Boutellier, M.; Horenstein, B. A.; Semenyaka, A.; Schramm, V. L.; Ganem, B. Biochemistry 1994, 33, 3994.
315. Deng, H.; Chan, A. W.-Y.; Bagdassarian, C. K.; Estupinan, B.; Ganem, B.; Callender, R. H.; Schramm, V. L. Biochemistry 1996, 35, 6037.
316. Gopaul, D. N.; Meyer, S. L.; Degano, M.; Sacchettini, J. C.; Schramm, V. L. Biochemistry 1996, 35, 5963.
317. Degano, M.; Gopaul, D. N.; Scapin, G.; Schramm, V. L.; Sacchettini, J. C. Biochemistry 1996, 35, 5971.
318. Bagdassarian, C. K.; Schramm, V. L.; Schwartz, S. D. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8825.
319. Braunheim, B. B.; Schwartz, S. D. Methods Enzymol. 1999, 308, 398.
320. Braunheim, B. B.; Schwartz, S. D. J. Theor. Biol. 2000, 206, 27.
321. Braunheim, B. B.; Miles, R. W.; Schramm, V. L.; Schwartz, S. D. Biochemistry 1999, 38, 16076.
322. Mazumder, D.; Kahn, K.; Bruice, T. C. J. Am Chem. Soc. 2002, 124, 8825.
323. Moodie, S. L.; Thornton, J. M. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 1369.
324. Scapin, G.; Grubmeyer, C.; Sacchettini, J. C. Biochemistry 1994, 33, 1287.
325. Scapin, G.; Ozturk, D. H.; Grubmeyer, C.; Sacchettini, J. C. Biochemistry 1995, 34, 10744.
326. Althaus, F. R.; Richter, C. Mol. Biol. Biochem. Biophys. 1987, 37, 1.
327. Wilson, B. A.; Collier, R. J. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 1992, 175, 27.
328. Zhang, R. G.; Westbrook, M. L.; Westbrook, E. M.; Scott, D. L.; Otwinowski, Z.; Maulik, P. R.; Reed, R. A.; Shipley, G. G. J. Mol. Biol. 1995, 251, 550.
329. McDonald, L. J.; Wainschel, L. A.; Oppenheimer, N. J.; Moss, J. Biochemistry 1992, 31, 11881.
330. Oppenheimer, N. J.; Bodley, J. W. J. Biol. Chem. 1981, 256, 8579.
331. Wilson, B. A.; Reich, K. A.; Weinstein, B. R.; Collier, R. J. Biochemistry 1990, 29, 8643.
332. Stein, P. E.; Boodhoo, A.; Armstrong, G. D.; Cockle, S. A.; Klein, M. H.; Read, R. J. Structure 1994, 2, 45.
333. Antoine, R.; Tallett, A.; van Heyningen, S.; Locht, C. J. Biol. Chem. 1993, 268, 24149.
334. Zharkov, D. O.; Shoham, G.; Grollman, A. P. DNA Repair 2003, 2, 839.
335. Eisen, J. A.; Hanawalt, P. C. Mutat. Res. 1999, 435, 171.
336. Thayer, M. M.; Ahern, H.; Xing, D.; Cunningham, R. P.; Tainer, J. A. EMBO J. 1995, 14, 4108.
337. Wallace, S. S.; Bandaru, V.; Kathe, S. D.; Bond, J. P. DNA Repair 2003, 2, 441.
338. Denver, D. R.; Swenson, S. L.; Lynch, M. Mol. Biol. Evol. 2003, 20, 1603.
339. Pearl, L. H. Mutat. Res. 2000, 460, 165.
340. Aravind, L.; Koonin, E. V. Genome Biol. 2000, 1, RESEARCH0007.
341. Baba, D.; Maita, N.; Jee, J. G.; Uchimura, Y.; Saitoh, H.; Sugasawa, K.; Hanaoka, F.; Tochio, H.; Hiroaki, H.; Shirakawa, M. Nature 2005, 435, 979.
342. Sartori, A. A.; Fitz-Gibbon, S.; Yang, H.; Miller, J. H.; Jiricny, J. EMBO J. 2002, 21, 3182.
343. Neuberger, M. S.; Di Noia, J. M.; Beale, R. C.; Williams, G. T.; Yang, Z.; Rada, C. Nat. Rev. Immunol. 2005, 5, 171.
344. Neddermann, P.; Gallinari, P.; Lettieri, T.; Schmid, D.; Truong, O.; Hsuan, J. J.; Wiebauer, K.; Jiricny, J. J. Biol. Chem. 1996, 271, 12767.
345. Sibghat, U.; Gallinari, P.; Xu, Y. Z.; Goodman, M. F.; Bloom, L. B.; Jiricny, J.; Day, R. S., III. Biochemistry 1996, 35, 12926.
346. Scharer, O. D.; Kawate, T.; Gallinari, P.; Jiricny, J.; Verdine, G. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4878.
347. Liu, P.; Burdzy, A.; Sowers, L. C. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 1001.
348. Saparbaev, M.; Laval, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 8508.
349. Waters, T. R.; Gallinari, P.; Jiricny, J.; Swann, P. F. J. Biol. Chem. 1999, 274, 67.
350. Matsubara, M.; Masaoka, A.; Tanaka, T.; Miyano, T.; Kato, N.; Terato, H.; Ohyama, Y.; Iwai, S.; Ide, H. Biochemistry 2003, 42, 4993.
351. Nilsen, H.; Haushalter, K. A.; Robins, P.; Barnes, D. E.; Verdine, G. L.; Lindahl, T. EMBO J. 2001, 20, 4278.
352. Nilsen, H.; Rosewell, I.; Robins, P.; Skjelbred, C. F.; Andersen, S.; Slupphaug, G.; Daly, G.; Krokan, H. E.; Lindahl, T.; Barnes, D. E. Mol. Cell 2000, 5, 1059.
353. Matsubara, M.; Tanaka, T.; Terato, H.; Ohmae, E.; Izumi, S.; Katayanagi, K.; Ide, H. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 5291.
354. Haushalter, K. A.; Todd Stukenberg, M. W.; Kirschner, M. W.; Verdine, G. L. Curr. Biol. 1999, 9, 174.
355. Masaoka, A.; Matsubara, M.; Hasegawa, R.; Tanaka, T.; Kurisu, S.; Terato, H.; Ohyama, Y.; Karino, N.; Matsuda, A.; Ide, H. Biochemistry 2003, 42, 5003.
356. Hinks, J. A.; Evans, M. C.; De Miguel, Y.; Sartori, A. A.; Jiricny, J.; Pearl, L. H. J. Biol. Chem. 2002, 277, 16936.
357. Sartori, A. A.; Jiricny, J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 24563.
358. Sandigursky, M.; Franklin, W. A. Curr. Biol. 1999, 9, 531.
359. Sandigursky, M.; Faje, A.; Franklin, W. A. Mutat. Res. 2001, 485, 187.
360. Lukianova, O. A.; David, S. S. Curr. Opin. Chem. Biol. 2005, 9, 145.
361. Boal, A. K.; Yavin, E.; Lukianova, O. A.; O'Shea V, L.; David, S. S.; Barton, J. K. Biochemistry 2005, 44, 8397.
362. Chepanoske, C. L.; Lukianova, O. A.; Lombard, M.; Golinelli-Cohen, M. P.; David, S. S. Biochemistry 2004, 43, 651.
363. Doherty, A. J.; Serpell, L. C.; Ponting, C. P. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 2488.
364. Mol, C. D.; Arvai, A. S.; Begley, T. J.; Cunningham, R. P.; Tainer, J. A. J. Mol. Biol. 2002, 315, 373.
365. Williams, S. D.; David, S. S. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 5123.
366. Parker, A. R.; Eshleman, J. R. Cell Mol. Life Sci. 2003, 60, 2064.
367. Klaunig, J. E.; Kamendulis, L. M. Annu. Rev. Pharmacol. 2004, 44, 239.
368. Pouget, J. P.; Frelon, S.; Ravanat, J. L.; Testard, I.; Odin, F.; Cadet, J. Radiat. Res. 2002, 157, 589.
369. Wallace, S. S. Radiat. Res. 1998, 150, S60.
370. European Standards Committee on Oxidative DNA Damage. Carcinogenesis 2002, 23, 2129.
371. Kouchakdjian, M.; Bodepudi, V.; Shibutani, S.; Eisenberg, M.; Johnson, F.; Grollman, A. P.; Patel, D. J. Biochemistry 1991, 30, 1403.
372. McAuley-Hecht, K. E.; Leonard, G. A.; Gibson, N. J.; Thomson, J. B.; Watson, W. P.; Hunter, W. N.; Brown, T. Biochemistry 1994, 33, 10266.
373. Grollman, A. P.; Moriya, M. Trends Genet. 1993, 9, 246.
374. Al-Tassan, N.; Chmiel, N. H.; Maynard, J.; Fleming, N.; Livingston, A. L.; Williams, G. T.; Hodges, A. K.; Davies, D. R.; David, S. S.; Sampson, J. R.; Cheadle, J. P. Nat. Genet. 2002, 30, 227.
375. Cheadle, J. P.; Sampson, J. R. Hum. Mol. Genet. 2003, 12, R159.
376. Chow, E.; Thirlwell, C.; Macrae, F.; Lipton, L. Lancet Oncol. 2004, 5, 600.
377. Lipton, L.; Tomlinson, I. Clin. Gastroenterol. Hepatol. 2004, 2, 633.
378. Lu, A. L.; Fawcett, W. P. J. Biol. Chem. 1998, 273, 25098.
379. Pope, M. A.; David, S. S. DNA Repair 2005, 4, 91.
380. Ma, H.; Lee, H. M.; Englander, E. W. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 4332.
381. Bai, H. B.; Jones, S.; Guan, X.; Wilson, T. M.; Sampson, J. R.; Cheadle, J. P.; Lu, A. L. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 597.
382. Wooden, S. H.; Bassett, H. M.; Wood, T. G.; McCullough, A. K. Cancer Lett. 2004, 205, 89.
383. Manuel, R. C.; Hitomi, K.; Arvai, A. S.; House, P. G.; Kurtz, A. J.; Dodson, M. L.; McCullough, A. K.; Tainer, J. A.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 2004, 279, 46930.
384. Volk, D. E.; House, P. G.; Thiviyanathan, V.; Luxon, B. A.; Zhang, S.; Lloyd, R. S.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 2000, 39, 7331.
385. Gogos, A.; Cillo, J.; Clarke, N. D.; Lu, A. L. Biochemistry 1996, 35, 16665.
386. Chmiel, N. H.; Golinelli, M. P.; Francis, A. W.; David, S. S. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 553.
387. Li, X.; Wright, P. M.; Lu, A. L. J. Biol. Chem. 2000, 275, 8448.
388. Manuel, R. C.; Lloyd, R. S. Biochemistry 1997, 36, 11140.
389. Bernards, A. S.; Miller, J. K.; Bao, K. K.; Wong, I. J. Biol. Chem. 2002, 277, 20960.
390. Lu, A. L.; Tsai-Wu, J. J.; Cillo, J. J. Biol. Chem. 1995, 270, 23582.
391. Hollis, T.; Ichikawa, Y.; Ellenberger, T. EMBO J. 2000, 19, 758.
392. Lingaraju, G. M.; Sartori, A. A.; Kostrewa, D.; Prota, A. E.; Jiricny, J.; Winkler, F. K. Structure 2005, 13, 87.
393. Yang, H.; Clendenin, W. M.; Wong, D.; Demple, B.; Slupska, M. M.; Chiang, J. H.; Miller, J. H. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 743.
394. McCann, J. A. B.; Berti, P. J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 29587.
395. Pope, M. A.; Chmiel, N. H.; David, S. S. DNA Repair 2005, 4, 315.
396. Pope, M. A.; Porello, S. L.; David, S. S. J. Biol. Chem. 2002, 277, 22605.
397. Porello, S. L.; Leyes, A. E.; David, S. S. Biochemistry 1998, 37, 14756.
398. Michaels, M. L.; Cruz, C.; Grollman, A. P.; Miller, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 7022.
399. Radicella, J. P.; Clark, E. A.; Fox, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 9674.
400. Tsai-Wu, J. J.; Liu, H. F.; Lu, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 8779.
401. Sanchez, A. M.; Volk, D. E.; Gorenstein, D. G.; Lloyd, R. S. DNA Repair 2003, 2, 863.
402. Francis, A. W.; David, S. S. Biochemistry 2003, 42, 801.
403. Boon, E. M.; Pope, M. A.; Williams, S. D.; David, S. S.; Barton, J. K. Biochemistry 2002, 41, 8464.
404. Leroy, J. L.; Charretier, E.; Kochoyan, M.; Gueron, M. Biochemistry 1988, 27, 8894.
405. Leroy, J. L.; Kochoyan, M.; Huynhdinh, T.; Gueron, M. J. Mol. Biol. 1988, 200, 223.
406. Coman, D.; Russu, I. M. J. Biol. Chem. 2005, 280, 20216.
407. Bulychev, N. V.; Varaprasad, C. V.; Dorman, G.; Miller, J. H.; Eisenberg, M.; Grollman, A. P.; Johnson, F. Biochemistry 1996, 35, 13147.
408. O'Shea, V. L.; Francis, A. S.; David, S. S. (University of Utah), personal communication.
409. Francis, A. W.; Helquist, S. A.; Kool, E. T.; David, S. S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 16235.
410. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolymers 2001, 61, 3.
411. Begley, T. J.; Haas, B. J.; Morales, J. C.; Kool, E. T.; Cunningham, R. P. DNA Repair 2003, 2, 107.
412. Begley, T. J.; Cunningham, R. P. Protein Eng. 1999, 12, 333.
413. Begley, T. J.; Haas, B. J.; Noel, J.; Shekhtman, A.; Williams, W. A.; Cunningham, R. P. Curr. Biol. 1999, 9, 653.
414. Fondufe-Mittendorf, Y. N.; Harer, C.; Kramer, W.; Fritz, H. J. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 614.
415. Yang, H. J.; Fitz-Gibbon, S.; Marcotte, E. M.; Tai, J. H.; Hyman, E. C.; Miller, J. H. J. Bacteriol. 2000, 182, 1272.
416. Hendrich, B.; Hardeland, U.; Ng, H. H.; Jiricny, J.; Bird, A. Nature 1999, 401, 301.
417. Petronzelli, F.; Riccio, A.; Markham, G. D.; Seeholzer, S. H.; Stoerker, J.; Genuardi, M.; Yeung, A. T.; Matsumoto, Y.; Bellacosa, A. J. Biol. Chem. 2000, 275, 32422.
418. Petronzelli, F.; Riccio, A.; Markham, G. D.; Seeholzer, S. H.; Genuardi, M.; Karbowski, M.; Yeung, A. T.; Matsumoto, Y.; Bellacosa, A. J. Cell Physiol. 2000, 185, 473.
419. Wu, P. Y.; Qiu, C.; Sohail, A.; Zhang, X.; Bhagwat, A. S.; Cheng, X. D. J. Biol. Chem. 2003, 278, 5285.
420. O'Rourke, E. J.; Chevalier, C.; Boiteux, S.; Labigne, A.; Ielpi, L.; Radicella, J. P. J. Biol. Chem. 2000, 275, 20077.
421. Eichman, B. F.; O'Rourke, E. J.; Radicella, J. P.; Ellenberger, T. EMBO J. 2003, 22, 4898.
422. Cao, C. Y.; Kwon, K.; Jiang, Y. L.; Drohat, A. C.; Stivers, J. T. J. Biol. Chem. 2003, 278, 48012.
423. Bjelland, S.; Bjoras, M.; Seeberg, E. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 2045.
424. Alseth, I.; Osman, F.; Korvald, H.; Tsaneva, I.; Whitby, M. C.; Seeberg, E.; Bjoras, M. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 1123.
425. Habraken, Y.; Ludlum, D. B. Carcinogenesis 1989, 10, 489.
426. Bjelland, S.; Seeberg, E. Nucleic Acids Res. 1987, 15, 2787.
427. Bjelland, S.; Seeberg, E. FEBS Lett. 1996, 397, 127.
428. Riazuddin, S.; Lindahl, T. Biochemistry 1978, 17, 2110.
429. Thomas, L.; Yang, C. H.; Goldthwait, D. A. Biochemistry 1982, 21, 1162.
430. Drohat, A. C.; Kwon, K.; Krosky, D. J.; Stivers, J. T. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 659.
431. Tudek, B.; VanZeeland, A. A.; Kusmierek, J. T.; Laval, J. Mutat. Res. - DNA Repair 1998, 407, 169.
432. Mattes, W. B.; Lee, C. S.; Laval, J.; O'Connor, T. R. Carcinogenesis 1996, 17, 643.
433. Terato, H.; Masaoka, A.; Asagoshi, K.; Honsho, A.; Ohyama, Y.; Suzuki, T.; Yamada, M.; Makino, K.; Yamamoto, K.; Ide, H. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 4975.
434. Gasparutto, D.; Dherin, C.; Boiteux, S.; Cadet, J. DNA Repair 2002, 1, 437.
435. Bjelland, S.; Birkeland, N. K.; Benneche, T.; Volden, G.; Seeberg, E. J. Biol. Chem. 1994, 269, 30489.
436. Privezentzev, C. V.; Saparbaev, M.; Sambandam, A.; Greenberg, M. M.; Laval, J. Biochemistry 2000, 39, 14263.
437. Masaoka, A.; Terato, H.; Kobayashi, M.; Honsho, A.; Ohyama, Y.; Ide, H. J. Biol. Chem. 1999, 274, 25136.
438. Berdal, K. G.; Johansen, R. F.; Seeberg, E. EMBO J. 1998, 17, 363.
439. Scharer, O. D.; Ortholand, J. Y.; Ganesan, A.; Ezaznikpay, K.; Verdine, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6623.
440. Yamagata, Y.; Kato, M.; Odawara, K.; Tokuno, Y.; Nakashima, Y.; Matsushima, N.; Yasumura, K.; Tomita, K.; Ihara, K.; Fujii, Y.; Nakabeppu, Y.; Sekiguchi, M.; Fujii, S. Cell 1996, 86, 311.
441. Minowa, O.; Arai, T.; Hirano, M.; Monden, Y.; Nakai, S.; Fukuda, M.; Itoh, M.; Takano, H.; Hippou, Y.; Aburatani, H.; Masumura, K.; Nohmi, T.; Nishimura, S.; Noda, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 4156.
442. Bjoras, M.; Luna, L.; Johnsen, B.; Hoff, E.; Haug, T.; Rognes, T.; Seeberg, E. EMBO J. 1997, 16, 6314.
443. Girard, P. M.; D'Ham, C.; Cadet, J.; Boiteux, S. Carcinogenesis 1998, 19, 1299.
444. Nash, H. M.; Lu, R.; Lane, W. S.; Verdine, G. L. Chem. Biol. 1997, 4, 693.
445. Leipold, M. D.; Muller, J. G.; Burrows, C. J.; David, S. S. Biochemistry 2000, 39, 14984.
446. Nash, H. M.; Bruner, S. D.; Scharer, O. D.; Kawate, T.; Addona, T. A.; Sponner, E.; Lane, W. S.; Verdine, G. L. Curr. Biol. 1996, 6, 968.
447. van der Kemp, P. A.; Thomas, D.; Barbey, R.; de Oliveira, R.; Boiteux, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 5197.
448. Bruner, S. D.; Nash, H. M.; Lane, W. S.; Verdine, G. L. Curr. Biol. 1998, 8, 393.
449. de Oliveira, R.; van der Kemp, P. A.; Thomas, D.; Geiger, A.: Nehls, P.; Boiteux, S. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3760.
450. Senturker, S.; Auffret van der Kemp, P.; You, H. J.; Doetsch, P. W.; Dizdaroglu, M.; Boiteux, S. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 5270.
451. Eide, L.; Bjoras, M.; Pirovano, M.; Alseth, I.; Berdal, K. G.; Seeberg, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 10735.
452. You, H. J.; Swanson, R. L.; Doetsch, P. W. Biochemistry 1998, 37, 6033.
453. Hazra, T. K.; Izumi, T.; Maidt, L.; Floyd, R. A.; Mitra, S. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 5116.
454. Sartori, A. A.; Lingaraju, G. M.; Hunziker, P.; Winkler, F. K.; Jiricny, J. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6531.
455. Bjoras, M.; Seeberg, E.; Luna, L.; Pearl, L. H.; Barrett, T. E. J. Mol. Biol. 2002, 317, 171.
456. Banerjee, A.; Yang, W.; Karplus, M.; Verdine, G. L. Nature 2005, 434, 612.
457. Bruner, S. D.; Norman, D. P.; Verdine, G. L. Nature 2000, 403, 859.
458. Norman, D. P. G.; Bruner, S. D.; Verdine, G. L. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 359.
459. Chung, S. J.; Verdine, G. L. Chem. Biol. 2004, 11, 1643.
460. Warner, H. R.; Demple, B. F.; Deutsch, W. A.; Kane, C. M.; Linn, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1980, 77, 4602.
461. Katcher, H. L.; Wallace, S. S. Biochemistry 1983, 22, 4071.
462. Fromme, J. C.; Verdine, G. L. EMBO J. 2003, 22, 3461.
463. Katafuchi, A.; Nakano, T.; Masaoka, A.; Terato, H.; Iwai, S.; Hanaoka, F.; Ide, H. J. Biol. Chem. 2004, 279, 14464.
464. Ali, M. M.; Hazra, T. K.; Hong, D.; Kow, Y. W. DNA Repair 2005, 4, 679.
465. Aspinwall, R.; Rothwell, D. G.; Roldan-Arjona, T.; Anselmino, C.; Ward, C. J.; Cheadle, J. P.; Sampson, J. R.; Lindahl, T.; Harris, P. C.; Hickson, I. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 109.
466. Miller, H.; Fernandes, A. S.; Zaika, E.; McTigue, M. M.; Torres, M. C.; Wente, M.; Iden, C. R.; Grollman, A. P. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 338.
467. Roldan-Arjona, T.; Anselmino, C.; Lindahl, T. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3307.
468. Dizdaroglu, M.; Laval, J.; Boiteux, S. Biochemistry 1993, 32, 12105.
469. Liu, X.; Roy, R. J. Mol. Biol. 2002, 321, 265.
470. Hazra, T. K.; Muller, J. G.; Manuel, R. C.; Burrows, C. J.; Lloyd, R. S.; Mitra, S. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 1967.
471. Ikeda, S.; Biswas, T.; Roy, R.; Izumi, T.; Boldogh, I.; Kurosky, A.; Sarker, A. H.; Seki, S.; Mitra, S. J. Biol. Chem. 1998, 273, 21585.
472. Dizdaroglu, M.; Karahalil, B.; Senturker, S.; Buckley, T. J.; Roldan-Arjona, T. Biochemistry 1999, 38, 243.
473. Kuo, C. F.; McRee, D. E.; Fisher, C. L.; O'Handley, S. F.; Cunningham, R. P.; Tainer, J. A. Science 1992, 258, 434.
474. Mazumder, A.; Gerlt, J. A.; Absalon, M. J.; Stubbe, J.; Cunningham, R. P.; Withka, J.; Bolton, P. H. Biochemistry 1991, 30, 1119.
475. Miller, N.; Cerutti, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1968, 59, 34.
476. Sugahara, M.; Mikawa, T.; Kumasaka, T.; Yamamoto, M.; Kato, R.; Fukuyama, K.; Inoue, Y.; Kuramitsu, S. EMBO J. 2000, 19, 3857.
477. Sun, B.; Latham, K. A.; Dodson, M. L.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1995, 270, 19501.
478. Chetsanga, C. J.; Lindahl, T. Nucleic Acids Res. 1979, 6, 3673.
479. Chetsanga, C. J.; Lozon, M.; Makaroff, C.; Savage, L. Biochemistry 1981, 20, 5201.
480. Chung, M. H.; Kasai, H.; Jones, D. S.; Inoue, H.; Ishikawa, H.; Ohtsuka, E.; Nishimura, S. Mutat. Res. 1991, 254, 1.
481. Tchou, J.; Kasai, H.; Shibutani, S.; Chung, M. H.; Laval, J.; Grollman, A. P.; Nishimura, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 4690.
482. Hatahet, Z.; Kow, Y. W.; Purmal, A. A.; Cunningham, R. P.; Wallace, S. S. J. Biol. Chem. 1994, 269, 18814.
483. Tchou, J.; Bodepudi, V.; Shibutani, S.; Antoshechkin, I.; Miller, J.; Grollman, A. P.; Johnson, F. J. Biol. Chem. 1994, 269, 15318.
484. Boiteux, S.; Gajewski, E.; Laval, J.; Dizdaroglu, M. Biochemistry 1992, 31, 106.
485. Castaing, B.; Boiteux, S.; Zelwer, C. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 389.
486. Asagoshi, K.; Yamada, T.; Terato, H.; Ohyama, Y.; Monden, Y.; Arai, T.; Nishimura, S.; Aburatani, H.; Lindahl, T.; Ide, H. J. Biol. Chem. 2000, 275, 4956.
487. Zaika, E. I.; Perlow, R. A.; Matz, E.; Broyde, S.; Gilboa, R.; Grollman, A. P.; Zharkov, D. O. J. Biol. Chem. 2004, 279, 4849.
488. Perlow-Poehnelt, R. A.; Zharkov, D. O.; Grollman, A. P.; Broyde, S. Biochemistry 2004, 43, 16092.
489. Fedorova, O. S.; Nevinsky, G. A.; Koval, V. V.; Ishchenko, A. A.; Vasilenko, N. L.; Douglas, K. T. Biochemistry 2002, 41, 1520.
490. Ishchenko, A. A.; Vasilenko, N. L.; Sinitsina, O. I.; Yamkovoy, V. I.; Fedorova, O. S.; Douglas, K. T.; Nevinsky, G. A. Biochemistry 2002, 41, 7540.
491. Serre, L.; Pereira de Jesus, K.; Boiteux, S.; Zelwer, C.; Castaing, B. EMBO J. 2002, 21, 2854.
492. Forsyth, W. R.; Antosiewicz, J. M.; Robertson, A. D. Proteins 2002, 48, 388.
493. Fuxreiter, M.; Warshel, A.; Osman, R. Biochemistry 1999, 38, 9577.
494. Dizdaroglu, M.; Burgess, S. M.; Jaruga, P.; Hazra, T. K.; Rodriguez, H.; Lloyd, R. S. Biochemistry 2001, 40, 12150.
495. Bandaru, V.; Sunkara, S.; Wallace, S. S.; Bond, J. P. DNA Repair 2002, 1, 517.
496. Hazra, T. K.; Kow, Y. W.; Hatahet, Z.; Imhoff, B.; Boldogh, I.; Mokkapati, S. K.; Mitra, S., Izumi, T. J. Biol. Chem. 2002, 277, 30417.
497. Rosenquist, T. A.; Zaika, E.; Fernandes, A. S.; Zharkov, D. O.; Miller, H.; Grollman, A. P. DNA Repair 2003, 2, 581.
498. Hazra, T. K.; Izumi, T.; Venkataraman, R.; Kow, Y. W.; Dizdaroglu, M.; Mitra, S. J. Biol. Chem. 2000, 275, 27762.
499. Golan, G.; Zharkov, D. O.; Fernandes, A. S.; Zaika, E.; Kycia, J. H.; Wawrzak, Z.; Grollman, A. P.; Shoham, G. Acta Crystallogr., D: Biol. Crystallogr. 2004, 60, 1476.
500. Hollis, T.; Lau, A.; Ellenberger, T. Mutat. Res. 2000, 460, 201.
501. O'Brien, P. J.; Ellenberger, T. J. Biol. Chem. 2004, 279, 9750.
502. Saparbaev, M.; Laval, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 5873.
503. Hitchcock, T. M.; Dong, L.; Connor, E. E.; Meira, L. B.; Samson, L. D.; Wyatt, M. D.; Cao, W. G. J. Biol. Chem. 2004, 279, 38177.
504. Gros, L.; Maksimenko, A. V.; Privezentzev, C. V.; Laval, J.; Saparbaev, M. K. J. Biol. Chem. 2004, 279, 17723.
505. Guliaev, A. B.; Hang, B.; Singer, B. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3778.
506. Vallur, A. C.; Feller, J. A.; Abner, C. W.; Tran, R. K.; Bloom, L. B. J. Biol. Chem. 2002, 277, 31673.
507. Xia, L. Q.; Zheng, L.; Lee, H. W.; Bates, S. E.; Federico, L.; Shen, B. H.; O'Connor, T. R. J. Mol. Biol. 2005, 346, 1259.
508. Scharer, O. D.; Nash, H. M.; Jiricny, J.; Laval, J.; Verdine, G. L. J. Biol. Chem. 1998, 273, 8592.
509. Lloyd, R. S. Mutat. Res., in press.
510. Dodson, M. L.; Michaels, M. L.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1994, 269, 32709.
511. Lloyd, R. S. Mutat. Res. - DNA Repair 1998, 408, 159.
512. Morikawa, K.; Matsumoto, O.; Tsujimoto, M.; Katayanagi, K.; Ariyoshi, M.; Doi, T.; Ikehara, M.; Inaoka, T.; Ohtsuka, E. Science 1992, 256, 523.
513. Vassylyev, D. G.; Kashiwagi, T.; Mikami, Y.; Ariyoshi, M.; Iwai, S.; Ohtsuka, E.; Morikawa, K. Cell 1995, 83, 773.
514. McCullough, A. K.; Romberg, M. T.; Nyaga, S.; Wei, Y. F.; Wood, T. G.; Taylor, J. S.; Van Etten, J. L.; Dodson, M. L.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1998, 273, 13136.
515. Garvish, J. F.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1999, 274, 9786.
516. Smith, C. A.; Taylor, J. S. J. Biol. Chem. 1993, 268, 11143.
517. Dizdaroglu, M.; Zastawny, T. H.; Carmical, J. R.; Lloyd, R. S. Mutat. Res. - DNA Repair 1996, 362, 1.
518. Doi, T.; Recktenwald, A.; Karaki, Y.; Kikuchi, M.; Morikawa, K.; Ikehara, M.; Inaoka, T.; Hori, N.; Ohtsuka, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 9420.
519. Nyaga, S. G., Dodson, M. L.; Lloyd, R. S. Biochemistry 1997, 36, 4080.
520. Hori, N.; Doi, T.; Karaki, Y.; Kikuchi, M.; Ikehara, M.; Ohtsuka, E. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 4761.
521. Iwai, S.; Maeda, M.; Shirai, M.; Shimada, Y.; Osafune, T.; Murata, T.; Ohtsuka, E. Biochemistry 1995, 34, 4601.
522. Chepanoske, C. L.; Porello, S. L.; Fujiwara, T.; Sugiyama, H.; David, S. S. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 3197.
523. Stivers, J. T.; Pankiewicz, K. W.; Watanabe, K. A. Biochemistry 1999, 38, 952.
524. Schrock, R. D., 3rd; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1991, 266, 17631.
525. Meador, M. G.; Rajagopalan, L.; Lloyd, R. S.; Dodson, M. L. J. Biol. Chem 2004, 279, 3348.
526. Morikawa, K.; Ariyoshi, M.; Vassylyev, D. G.; Matsumoto, O.; Katayanagi, K.; Ohtsuka, E. J. Mol. Biol. 1995, 249, 360.
527. Vassylyev, D. G.; Kashiwagi, T.; Mikami, Y.; Ariyoshi, M.; Iwai, S.; Ohtsuka, E.; Morikawa, K. Protein Eng. 1995, 8, 64.
528. Manuel, R. C.; Latham, K. A.; Dodson, M. L.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1995, 270, 2652.
529. McCullough, A. K.; Scharer, O.; Verdine, G. L.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1996, 271, 32147.