Chemistry of glycosylases and endonucleases involved in base-excision repair

Chemical Reviews

Volumn 98, Issue 3, 1998, Pages 1221-1261

  David, Sheila S ^a   Williams, Scott D ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001473891     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr980321h     Document Type: Article

References (293)

1. Lindahl, T. Nature 1993, 362, 709-715.
2. Lehmann, A. R. Trends Biochem. Sci. 1995, 20, 402-405.
3. Friedberg, E. C.; Walker, G. C.; Siede, W. DNA Repair and Mutagenesis; ASM Press: Washington, DC, 1995.
4. Modrich, P.; Lahue, R. Annu. Rev. Biochem. 1996, 65, 101-133.
5. Lu, R.; Nash, H. M.; Verdine, G. L. Curr. Biol. 1997, 7, 397-407.
6. Bowman, K. K.; Sidik, K.; Smith, C. A.; Taylor, J.-S.; Doetsch, P. W.; Freyer, G. A. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3026-3032.
7. Doetsch, P. W. Trends Biochem. Sci. 1995, 20, 384-386.
8. Freyer, G. A.; Davey, S.; Ferrer, J. V.; Martin, A. M.; Beach, D.; Doetsch, P. W. Mol. Cell Biol. 1995, 15, 4572-4577.
9. Yajima, H.; Takao, M.; Yasuhira, S.; Zhao, J. H.; Ishi, C.; Inoue, H.; Yasui, A. EMBO J. 1995, 14, 2393-2399.
10. Takao, M.; Yonemasu, R.; Yamamoto, K.; Yasui, A. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 1267-1271.
11. Yonemasu, R.; McCready, S.; Murray, J. M.; Osman, F.; Takao, M.; Yamamoto, K.; Lehmann, A. R.; Yasui, A. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1553-1558.
12. Sancar, A. Biochemistry 1994, 33, 2-9.
13. Singer, B.; Hang, B. Chem. Res. Toxicol. 1997, 10, 713-732.
14. Krokan, H. E.; Standal, R.; Slupphaug, G. Biochem. J. 1997, 325, 1-16.
15. Singhal, R. K.; Prasad, R.; Wilson, S. H. J. Biol. Chem. 1995, 270, 949-957.
16. Dianov, G.; Lindahl, T. Curr. Biol. 1994, 4, 1069-1076.
17. Dianov, G.; Price, A.; Lindahl, T. Mol. Cell. Biol. 1992, 12, 1605-1612.
18. Wiebauer, K.; Jiricny, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 5842-5845.
19. Wood, R. D.; Shviji, M. K. K. Carcinogenesis 1997, 18, 605-610.
20. Nealon, K.; Nicholl, I. D.; Kenny, M. K. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3763-3770.
21. Bennett, R. O.; Wilson, D. M.; Wong, D.; Demple, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 7166-7169.
22. Caldecott, K. W.; Aoufouchi, S.; Johnson, P.; Shall, S. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 4387-4394.
23. Kubota, Y.; Nash, R. A.; Klungland, A.; Schar, P.; Barnes, D.; Lindahl, T. EMBO J. 1996, 15, 6662-6670.
24. Frosina, G.; Fortini, P.; Rossi, O.; Carrozzino, F.; Raspaglio, G.; Cox, L. S.; Lane, D. P.; Abbondandol, A.; Dogliotti, E. J. Biol. Chem. 1996, 271, 9573-9578.
25. Matsumoto, Y.; Kim, K.; Bogenhagen, D. F. Mol. Cell Biol. 1994, 14, 6187-6197.
26. Klungland, A.; Lindahl, T. EMBO J. 1997, 16, 3341-3348.
27. Lindahl, T.; Nyberg, B. Biochemistry 1974, 13, 3405-3410.
28. Krokan, H. E.; Standal, R.; Bharati, S.; Otterlei, M.; Haug, T.; Slupphaug, G.; Skorpen, F. In Base Excision Repair of DNA Damage; Hickson, I. D., Ed.; Landes Bioscience: Austin, TX, 1997; pp 45-66.
29. Lindahl, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1974, 71, 3649-3653.
30. Tomlin, N. V.; Aprelikova, O. N. Int. Rev. Cytol. 1989, 114, 125-179.
31. Fix, D. F.; Glickman, B. W. Mutat. Res. 1986, 175, 41-45.
32. Olsen, L. C.; Aasland, R.; Wittwer, C. U.; Krokan, H. E.; Heiland, D. E. EMBO J 1989, 8, 3121-3125.
33. Kumar, N. V.; Varshney, U. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3737-3741.
34. Kumar, N. V.; Varshney, U. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 2336-2343.
35. Lindahl, T.; Ljungquist, S.; Siegert, W.; Nyberg, B.; Sperens, B. J. Biol. Chem. 1977, 252, 3286-3294.
36. Varshney, U.; van de Sande, J. H. Biochemistry 1991, 30, 4055-4060.
37. Mauro, D. J.; De Riel, J. K.; Tallarida, R. J.; Sirover, M. A. Mol. Pharmacol. 1993, 43, 854-857.
38. Wurzer, J. C.; Tallarida, R. J.; Sirover, M. A. J. Pharm. Exp. Ther. 1994, 269, 39-43.
39. Dizdaroglu, M.; Karakaya, A.; Jaruga, P.; Slupphaug, G.; Krokan, H. E. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 418-422.
40. Zastawny, T. H.; Doetsch, P. W.; Dizdaroglu, M. FEBS Lett. 1995, 364, 255-258.
41. Hatahet, Z.; Kow, Y. W.; Purmal, A.; Cunningham, R. P.; Wallace, S. S. J. Biol. Chem. 1994, 269, 18814-18820.
42. Krokan, H.; Wittwer, C. U. Nucleic Acids Res. 1981, 9, 2598-2613.
43. Eftedal, I.; Guddal, P. H.; Slupphaug, G.; Volden, G.; Krokan, H. E. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 2095-2101.
44. Bennett, S. E.; Sanderson, R. J. Biochemistry 1995, 34, 6109-6119.
45. Slupphaug, G.; Eftedal, I.; Kavli, B.; Bharati, S.; Helle, N. M.; Haug, T.; Levine, D. W.; Krokan, H. E. Biochemistry 1995, 34, 128-138.
46. Nilsen, H.; Yazdankhah, S. P.; Eftedal, I.; Krokan, H. E. FEBS Lett. 1995, 362, 205-209.
47. Lettieri, T.; Jiricny, J. In Base Excision Repair of DNA Damage; Hickson, I. D., Ed.; Landes Bioscience: Austin, TX, 1997; pp 45-66.
48. Brown, T. C.; Jiricny, J. Cell 1987, 50, 945-950.
49. Jiricny, J.; Hughes, M.; Corman, N.; Rudkin, B. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 8860-8864.
50. Neddermann, P.; Jiricny, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 1642-1646.
51. Nedderman, P.; Jiricny, J. J. Biol. Chem. 1993, 268, 21218-21224.
52. Neddermann, P.; Gallinari, P.; Lettieri, T.; Schmid, D.; Truong, O.; Hsuan, J. J.; Wiebauer, K.; Jiricny, J. J. Biol. Chem. 1996, 271, 12767-12774.
53. Sibghat-Ullah; Day, R. S. I. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 1281-1287.
54. Sibghat-Ullah; Day, R. S. I. Biochemistry 1995, 34, 6869-6875.
55. Sibghat-Ullah; Gallinari, P.; Xu, Y.-Z.; Goodman, M. F.; Bloom, L. E.; Jiricny, J.; Day, R. S. Biochemistry 1996, 35, 12926-12932.
56. Griffin, S.; Branch, P.; Xu, Y.-Z.; Karran, P. Biochemistry 1994, 33, 4787-4793.
57. Sibghat-Ullah; Xu, Y.-Z.; Day, R. S. I. Biochemistry 1995, 34, 7438-7442.
58. Gallinari, P.; Jiricny, J. Nature 1996, 383, 735-738.
59. Seeberg, E.; Berdal, K. G. In Base Excision Repair of DNA Damage; Hickson, I. D., Ed.; Landes Bioscience: Austin, TX, 1997; pp 151-168.
60. Sakumi, K.; Sekiguchi, M. Mutat. Res. 1990, 236, 161-172.
61. Morohoshi, F.; Hayashi, K.; Munakata, N. J. Bacteriology 1993, 175, 6010-6017.
62. Bjørås, M.; Klungland, A.; Johansen, R. F.; Seeberg, E. Bio-chemistry 1995, 34, 4577-4582.
63. Goth-Goldstein, R.; Johnson, P. L. Mol. Gen. Genet. 1990, 221, 353-357,
64. Memisoglu, A.; Samson, L. Gene 1996, 177, 229-235.
65. Margison, G. P.; Pegg, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 861-865.
66. Engelward, B. P.; Boosalis,M. S.; Chen, B. J.; Deng, Z.; Siciliano, M. J.; Samson, L. D. Carcinogenesis 1993, 14, 175-181.
67. Singer, B.; Brent, T. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 856-860.
68. Samson, L.; Derfler, B.; Boosalis, M.; Call, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9127-9131.
69. O'Connor, T. R.; Laval, F. EMBO J. 1990, 9, 3337-3342.
70. Santerre, A.; Britt, A. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 2240-2244.
71. Berdal, K. G.; Bjørås, M.; Bjelland, S.; Seeberg, E. EMBO J. 1990, 9, 4563-4568.
72. Chen, J.; Derfler, B.; Samson, L. EMBO J. 1990, 9, 4569-4575.
73. Matijasevic, Z.; Boosalis, M.; MacKay, W.; Samson, L.; Ludlum, D. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 11855-11859.
74. O'Connor, T. R. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 5561-5569.
75. Nakabeppu, Y.; Miyata, T.; Kondo, H.; Iwanaga, S.; Sekiguchi, M. J. Biol. Chem. 1984, 13736-13790.
76. Vickers, M. A.; Vyas, P.; Harris, P. C.; Simmons, D. L.; Higgs, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 3437-3441.
77. Rydberg, B.; Lindahl, T. EMBO J. 1982, 1, 211-216.
78. Boiteux, S.; Huisman, O.; Laval, J. EMBO J. 1984, 3, 2569-2573.
79. Mattes, W. B.; Lee, C.-S.; Laval, J.; O'Connor, T. R. Carcinogenesis 1996, 17, 643-648.
80. Matijasevic, Z.; Stering, A.; Niu, T.-Q.; Austin-Ritchie, P.; Ludlum, D. B. Carcinogenesis 1996, 17, 2249-2252.
81. Habraken, Y.; Ludlum, D. B. Carcinogenesis 1989, 10, 489-492.
82. Habraken, Y.; Carter, C. A.; Sekiguchi, M.; Ludlum, D. B. Carcinogenesis 1991, 12, 1971-1973.
83. Matijavesic, Z.; Sekiguchi, M.; Ludlum, D. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 9331-9334.
84. Singer, B.; Antoccia, A.; Basu, A. K.; Dosanjh, M. K.; Fraenkel-Conrat, H.; Gallagher, P. E.; Kusmierek, J. T.; Qiu, Z.-H.; Rydberg, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 9386-9390.
85. Saparbaev, M.; Kleibl, K.; Laval, J. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 3750-3755.
86. Dosanjh, M. K.; Roy, R.; Mitra, S.; Singer, B. Biochemistry 1994, 33, 1624-1628.
87. Bjelland, S.; Birkeland, N.-K.; Benneche, T.; Volden, G.; Seeberg, E. J. Biol. Chem. 1994, 269, 30489-30495.
88. Bessho, T.; Roy, R.; Yamamoto, K.; Kasai, H.; Nishimura, S.; Tano, K.; Mitra, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 8901-8904.
89. Bjelland, S.; Bjørås, M.; Seeberg, E. Nucelic Acids Res. 1993, 21, 2045-2049.
90. Sakumi, K.; Nakabeppu, Y.; Yamamoto, Y.; Kawabata, S.-i.; Iwanaga, S.; Sekiguchi, M. J. Biol. Chem. 1986, 261, 15761-15766.
91. Bjelland, S.; Seeberg, E. FEBS Lett. 1996, 397, 127-129.
92. Radman, M. J. Biol. Chem. 1976, 251, 1438-1445.
93. Armel, P. R.; Wallace, S. S. Nucleic Acids Res. 1977, 5, 3347-3356.
94. Breimer, L.; Lindahl, T. Nucleic Acids Res. 1980, 8, 6199-6211.
95. Katcher, H. L.; Wallace, S. S. Biochemistry 1983, 22, 4072-4081.
96. Demple, B.; Linn, S. Nature 1980, 287, 203-208.
97. Boorstein, R. J.; Hilbert, T. P.; Cadet, J.; Cunningham, R. P.; Teebor, G. W. Biochemistry 1989, 28, 6164-6170.
98. Breimer, L. H.; Lindahl, T. J. Biol. Chem. 1984, 259, 5543-5548.
99. Dizdaroglu, M.; Laval, J.; Boiteux, S. Biochemistry 1993, 32, 12105-12111.
100. Wagner, J. R.; Blount, B.C.; Weinfeld, M. Anal. Biochem. 1996, 233, 76-86.
101. Breimer, L. H.; Lindahl, T. Biochemistry 1985, 24, 4018-4022.
102. Jen, J.; Mitchell, D. L.; Cunningham, R. P.; Smith, C. A.; Taylor, J.-S.; Cleaver, J. E. Photochem. Photobiol. 1997, 65, 323-329.
103. Wang, D.; Essigmann, J. M. Biochemistry 1997, 36, 8628-8633.
104. Cunningham, R. P.; Weiss, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 474-478.
105. Gossett, J.; Lee, J.; Cunningham, R. P.; Doetsch, P. W. Biochemistry 1988, 27, 2629-2634.
106. Augeri, L.; Hamilton, K. K.; Martin, A. M.; Yohannes, P.; Doetsch, P. W. Methods Enzymol. 1994, 234, 102-114.
107. Doestch, P. W.; Henner, W. D.; Cunningham, R. P.; Toney, J.; Heiland, D. E. Mol. Cell. Biol. 1987, 7, 26-32.
108. Higgins, S. A.; Frenkel, K.; Cummings, A.; Teebor, G. W. Biochemistry 1987, 26, 1683-1688.
109. Augeri, L.; Lee, Y.-M.; Barton, A. B.; Doetsch, P. W. Biochemistry 1997, 36, 721-729.
110. Eide, L.; Bjørås, M.; Pirovano, M.; Alseth, I.; Berdal, K. G.; Seeberg, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 10735-10740.
111. Roldan-Arjona, T.; Anselmino, C.; Lindahl, T. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3307-3312.
112. Doestch, P. W.; Heiland, D. E.; Haseltine, W. A. Biochemistry 1986, 25, 2212-2220.
113. Hilbert, T. P.; Boostein, R. J.; Kung, H. C.; Bolton, P. H.; Xing, D.; Cunningham, R. P.; Teebor, G. W. Biochemistry 1996, 35, 2505-2511.
114. Hilbert, T. P.; Chaung, W.; Boorstein, R. J.; Cunningham, R. P.; Teebor, G. W. J. Biol. Chem. 1997, 272, 6733-6740.
115. Melamede, R. J.; Hatahet, Z.; Kow, Y. W.; Ide, H.; Wallace, S. S. Biochemistry 1994, 33, 1255-1264.
116. Jiang, D.; Hatahet, Z.; Blaisdell, J. O.; Melamede, R. J.; Wallace, S. S. J. Bacteriol. 1997, 179, 3773-3782.
117. Dodson, M. L.; Lloyd, R. S. Mutat. Res. 1989, 218, 49-65.
118. Yasuda, S.; Sekiguchi, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1970, 67, 1839-1845.
119. Minton, K.; Durphy, M.; Taylor, R.; Friedberg, E. C. J. Biol. Chem. 1975, 250, 2823-2829.
120. Friedberg, E. C.; King, J. J. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1969, 37, 646-651.
121. Friedberg, E. C. Mutat. Res. 1972, 15, 113-123.
122. Radany, E. H.; Friedberg, E. C. Nature 1980, 286, 182-185.
123. McMillan, S.; Edenberg, H. J.; Radany, E. H.; Friedberg, R. C.; Friedberg, E. C. J. Virol. 1981, 40, 211-223.
124. Nakabeppu, Y.; Sekiguchi, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 2742-2746.
125. Seawell, P. C.; Smith, C. A.; Ganesan, A. K. J. Virol. 1980, 35, 790-797.
126. Valerie, K.; Henderson, E. E.; deRiel, J. K. Nucleic Acids Res. 1984, 12, 8085-8097.
127. Riazuddin, S.; Grossman, L. J. Biol. Chem. 1977, 252, 6280-6286.
128. Riazuddin, S.; Grossman, L. J. Biol. Chem. 1977, 252, 6287-6293.
129. Haseltine, W. A.; Gordon, L. K.; Lindan, C. P.; Grafstrom, R. H.; Shaper, N. L.; Grossman, L. Nature 1980, 285, 634-641.
130. Grafstrom, R. H.; Park, L.; Grossman, L. J. Biol. Chem. 1982, 257, 13465-13474.
131. Hamilton, K. K.; Kim, P. M. H.; Doetseh, P. W. Nature 1992, 356, 725-728.
132. Patrick, M. H.; Rahn, R. O. In Photochemistry and Photobiology of Nucleic Acids; Academic Press: New York, 1976; Vol. 2, pp 35-95.
133. Gordon, L. K.; Haseltine, W. A. J. Biol. Chem. 1980, 255, 12047-12050.
134. Piersen, C. E.; Prince, M. A.; Augustine, M. L.; Dodson, M. L.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1995, 270, 23475-23484.
135. Smith, C. A. J. Biol. Chem. 1993, 268, 11143-11151.
136. Dizdaroglu, M.; Zastawny, T.; Carmical, J. R.; Lloyd, R. S. Mutat. Res. 1996, 362, 1-8.
137. Gallagher, P. E.; Duker, N. J. Mol. Cell Biol. 1986, 6, 707-709.
138. Shiota, S.; Nakayama, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 593-598.
139. Chetsanga, C. J.; Lindahl, T. Nucleic Acids Res. 1979, 6, 3673-3683.
140. Laval, J.; Boiteux, S.; O'Connor, T. R. Mutat. Res. 1990, 233, 73-79.
141. Boiteux, S.; Belleney, J.; Roques, B. P.; Laval, J. Nucleic Acids Res. 1984, 12, 5429-5439.
142. O'Connor, T. R.; Boiteux, S.; Laval, J. Nucleic Acids Res. 1988, 16, 5879-5894.
143. Boiteux, S.; O'Connor, T. R.; Lederer, F.; Gouyette, A.; Laval, J. J. Biol. Chem. 1990, 265, 3916-3922.
144. Graves, R. J.; Felzenszwalb, I.; Laval, J.; O'Connor, T. R. J. Biol. Chem. 1992, 267, 14429-14435.
145. Boiteux, S.; Gajewski, E.; Laval, J.; Dizdaroglu, M. Biochemistry 1992, 37, 106-110.
146. Karakaya, A.; Jaruga, P.; Bohr, V. A.; Grollman, A. P.; Dizdaroglu, M. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 474-479.
147. Chetsanga, C. J.; Frenette, G. P. Carcinogenesis 1983, 4, 997-1000.
148. Oleykowski, C. A.; Mayernik, J. A.; Lim, S. E.; Groopman, J. D.; Grossman, L.; Wogan, G. N.; Yeung, A. T. J. Biol. Chem. 1993, 268, 7990-8002.
149. Li, Q.; Laval, J.; Ludlum, D. B. Carcinogenesis 1997, 18, 1035-1038.
150. Chung, M. H.; Kasai, H.; Jones, D. S.; Inoue, H.; Ishikawa, H.; Ohtsuka, E.; Nishimura, S. Mutat. Res. 1991, 254, 1-12.
151. Tchou, J.; Kasai, H.; Shibutani, S.; Chung, M.-H.; Laval, J.; Grollman, A. P.; Nishimura, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 4690-4694.
152. Burrows, C. M.; Muller, J. G. Chem. Rev. 1998, 98, 1109-1151.
153. Grollman, A. P.; Moriya, M. Trends. Genet. 1993, 9, 246-249.
154. Michaels, M. L.; Pham, L.; Cruz, C.; Miller, J. H. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 3629-3632.
155. Michaels, M. L.; Miller, J. H. J. Bacterial. 1992, 174, 6321-6325.
156. Tchou, J.; Grollman, A. P. Mutat. Res. 1993, 299, 277-287.
157. Shibutani, S.; Takeshita, M.; Grollman, A. P. Nature 1991, 349, 431-434.
158. Besho, T.; Tano, K.; Kasai, H.; Nishimura, S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1992, 188, 372-378.
159. Boiteux, S.; O'Connor, T. R.; Laval, J. EMBO J. 1987, 6, 3177-3183.
160. Michaels, M. L.; Tchou, J.; Grollman, A. P.; Miller, J. H. Biochemistry 1992, 31, 10964-10968.
161. Boiteux, S. J. Photochem. Photobiol. 1993, 19, 87-96.
162. Tchou, J.; Bodepudi, V.; Shibutani, S.; Antoscheckin, I.; Miller, J.; Grollman, A. P.; Johnson, F. P. J. Biol. Chem. 1994, 269, 15318-15324.
163. Castaing, B.; Geiger, A.; Seliger, H.; Nehls, P.; Laval, J.; Zelwer, C.; Boiteux, S. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 2899-2905.
164. Graves, R.; Laval, J.; Pegg, A. E. Carcinogenesis 1992, 13, 1455-1459.
165. de Oliviera, R.; van der Kemp, P. A.; Thomas, D.; Geiger, A.; Nehls, P.; Boiteux, S. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3760-3764.
166. van Der Kemp, P. A.; Thomas, D.; Barbey, R.; De Oliveira, R.; Boiteux, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 5197-5202.
167. Nash, H. M.; Bruner, S. D.; Shärer, O. D.; Kawate, T.; Addona, T. A.; Spooner, E.; Lane, W. S.; Verdine, G. L. Curr. Biol. 1996, 6, 1230-1233.
168. Girard, P.-M.; Guibourt, N.; Boiteux, S. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3204-3211.
169. Sandigursky, M.; Yacoub, A.; Kelley, M. R.; Xu, Y.; Franklin, W. A.; Deutsch, W. A. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4557-4561.
170. Radicella, J. P.; Dherin, C.; Desmaze, C.; Fox, M. S.; Boiteux, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 8010-8015.
171. Arai, K.; Morishita, K.; Shinmura, K.; Kohno, T.; Kim, S.-R.; Nohmi, T.; Taniwaki, M.; Ohwada, S.; Yokota, J. Oncogene 1997, 14, 2857-2861.
172. Aburatani, H.; Hippo, Y.; Ishida, T.; Takashima, R.; Matsuba, C.; Kodama, T.; Takao, M.; Yasui, A.; Yamamoto, K.; Asano, M.; Fukusawa, K.; Yoshinari, T.; Inoue, H.; Ohtsuka, E.; Nishimura, S. Cancer Res. 1997, 57, 2151-2157.
173. Bjørås, M.; Luna, L.; Johnsen, B.; Hoff, E.; Haug, T.; Tognes, T.; Seeberg, E. EMBO J. 1997, 16, 6314-6322.
174. Roldan-Arjona, T.; Wei, F.; Carter, K. C.; Klungland, A.; Anselmino, C.; Wang, R.-P.; Augustus, M.; Lindahl, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 8016-8020.
175. Rosenquist, T. A.; Zharkov, D. O.; Grollman, A. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 7429-7434.
176. Shinmura, K.; Kasai, H.; Sasaki, A.; Sugimura, H.; Yokota, J. Mutat. Res. 1997, 385, 75-82.
177. Modrich, P. Annu. Rev. Genet. 1991, 25, 229-253.
178. Su, S.-S.; Lahue, R. S.; Au, K. G.; Modrich, P. J. Biol. Chem. 1988, 263, 6829-6835.
179. Lu, A.-L.; Chang, D.-Y. Genetics 1988, 118, 593-600.
180. Nghiem, Y.; Cabrera, M.; Cupples, C. G.; Miller, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2709-2713.
181. Au, K. G.; Cabrera, M.; Miller, J. H.; Modrich, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 9163-9166.
182. Au, K. G.; Clark, S.; Miller, J. H.; Modrich, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 8877-8881.
183. Lu, A.-L.; Chang, D.-Y. Cell 1988, 54, 805-812.
184. Michaels, M. L.; Cruz, C.; Grollman, A. P.; Miller, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 7022-7025.
185. Radicella, J. P.; Clark, E. A.; Fox, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 9674-9678.
186. Tsai-Wu, J.-J.; Liu, H.-F.; Lu, A.-L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 8779-8783.
187. Lu, A.-L.; Tsai-Wu, J.-J.; Cillo, J. J. Biol. Chem. 1995, 270, 23582-23588.
188. Bulychev, N. V.; Varaprasad, C. V.; Dorman, G.; Miller, J. H.; Eisenberg, M.; Grollman, A. P.; Johnson, F. Biochemistry 1996, 35, 13147-13156.
189. Manuel, R. C.; Lloyd, R. S. Biochemistry 1997, 36, 11140-11152.
190. Porello, S. L.; Williams, S. D.; Kuhn, H.; Michaels, M. L.; David, S. S. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 10684-10692.
191. Porello, S. L.; David, S. S. Unpublished results.
192. Michaels, M. L.; Pham, L.; Nghiem, Y.; Cruz, C.; Miller, J. H. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 3841-3845.
193. Gogos, A.; Cillo, J.; Clarke, N. D.; Lu, A.-L. Biochemistry 1996, 35, 16665-16671.
194. Manuel, R. C.; Czerwinski, E. W.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1996, 271, 16218-16226.
195. McGoldrick, J. P.; Yeh, Y.-C.; Solomon, M.; Essigmann, J. M.; Lu, A.-L. Mol. Cell Biol. 1995, 15, 989-996.
196. Slupska, M. M.; Baikalov, C.; Luther, W. M.; Chiang, J.-H.; Wei, Y.-F.; Miller, J. H. J. Bacteriology 1996, 178, 3885-3892.
197. Mol, C. D.; Arvai, A. S.; Slupphaug, G.; Kavli, B.; Alseth, L; Krokan, H. E.; Tainer, J. A. Cell 1995, 80, 1-20.
198. Savva, R.; McAuley-Hecht, K.; Brown, T.; Pearl, L. Nature 1995, 373, 487-493.
199. Slupphaug, G.; Mol, C. D.; Kavli, B.; Arvai, A. S.; Krokan, H. E.; Tainer, J. A. Nature 1996, 384, 87-92.
200. Vassylyev, D. G.; Morikawa, K. Structure 1996, 4, 1381-1385.
201. Ellenberger, T. Chem. Biol. 1995, 2, 351-354.
202. Kavli, B.; Slupphaug, G.; Mol, C. D.; Arvai, A. S.; Peterson, S.; Tainer, J. A.; Krokan, H. E. EMBO J. 1996, 15, 3442-3447.
203. Yamagata, Y.; Kato, M.; Odawara, K.; Tokuno, Y.; Nakashima, Y.; Matsushima, N.; Yasumura, K.; Tomita, K.-i.; Ihara, K.; Fujii, Y.; Nakabeppu, Y.; Sekiguchi, M.; Fujii, S. Cell 1996, 86, 311-319.
204. Labahn, J.; Schärer, O. D.; Long, A.; Ezaz-Nikpay, K.; Verdine, G. L.; Ellenberger, T. E. Cell 1996, 86, 321-329.
205. Thayer, M. M.; Ahern, H.; Xing, D.; Cunningham, R. P.; Tainer, J. A. EMBO J. 1995, 14, 4108-4120.
206. Doherty, A. J.; Serpell, L. C.; Ponting, C. P. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 2488-2498.
207. Kuo, C.-F.; McRee, D. E.; Fisher, C. L.; O'Handley, S. F.; Cunningham, R. P.; Tainer, J. A. Science 1992, 258, 434-440.
208. Cunningham, R. P.; Asahara, H.; Bank, J. F.; Scholes, C. P.; Salerno, J. C.; Surerus, K.; Munck, E.; McCracken, J.; Peisach, J.; Emptage, M. H. Biochemistry 1989, 28, 4450-4455.
209. Johnson, M. K. Encylcopedia of Inorganic Chemistry; Wiley: New York, 1994.
210. Lovenberg, W. Iron-Sulfur Proteins; Academic Press: New York, 1973-1977; Vols. I and II.
211. Spiro, T. G., Ed. Iron-Sulfur Proteins; Wiley: New York, 1982.
212. Horst, J.-P.; Fritz, H.-J. EMBO J. 1996, 15, 5459-5469.
213. Porello, S. L.; Cannon, M. J.; David, S. S. Biochemistry 1998, in press.
214. O'Connor, T. R.; Graves, R. J.; de Murcia, G.; Castaing, B.; Laval, J. J. Biol. Chem. 1993, 268, 9063-9070.
215. Tchou, J.; Michaels, M. L.; Miller, J. H.; Grollman, A. P. J. Biol. Chem. 1993, 268, 26738-26744.
216. Vassylyev, D. G.; Kashiwagi, T.; Mikami, Y.; Ariyoshi, M.; Iwai, S.; Ohtsuka, E.; Morikawa, K. Cell 1995, 83, 773-782.
217. Morikawa, K.; Matsumoto, O.; Tsujimoto, M.; Katayanagi, K.; Ariyoshi, M.; Doi, T.; Ikehara, M.; Inaoka, T.; Ohtsuka, E. Science 1992, 256, 523-526.
218. von Hippel, P. H.; Berg, O. G. J. Biol. Chem. 1989, 264, 675-678.
219. Lohman, T. M. CRC Crit. Rev. Biochem. 1986, 19, 191-245.
220. Lloyd, R. S.; Hanawalt, P. C.; Dodson, M. L. Nucleic Acids Res. 1980, 8, 5113-5127.
221. Dowd, D. R.; Lloyd, R. S. J. Mol. Biol. 1989, 208, 701-707.
222. Higley, M.; Lloyd, R. S. Mutat. Res. DNA Repair 1993, 294, 109-116.
223. Dowd, D. R.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1990, 265, 3424-3431.
224. Purmal, A. A.; Lampman, G. W.; Pourmal, E. I.; Melamede, R. J.; Wallace, S. S.; Kow, Y. W. J. Biol. Chem. 1994, 269, 22046-22053.
225. Kouchakdijian, M.; Bodepudi, V.; Shibutani, S.; Eisenberg, M.; Johnson, F.; Grollman, A. P.; Patel, D. J. Biochemistry 1991, 30, 1403-1412.
226. McAuley-Hecht, K. E.; Leonard, G. A.; Gibson, N. J.; Thomson, J. B.; Watson, W. P.; Hunter, W. N.; Brown, T. Biochemistry 1994, 33, 10266-10270.
227. Verdine, G. L.; Bruner, S. D. Chem. Biol. 1997, 4, 329-334.
228. Bailly, V.; Verly, W. G.; O'Connor, T.; Laval, J. Biochem. J. 1989, 262, 581-589.
229. Bhagwat, M.; Gerlt, J. A. Biochemistry 1996, 35, 659-665.
230. Latham, K. A.; Lloyd, R. S. Biochemistry 1995, 34, 8796-8803.
231. Manoharan, M.; Ransom, S. C.; Mazumder, A.; Gerlt, J. A. Nucleosides Nucleotides 1989, 8, 879-883.
232. Kim, J.; Linn, S. Nucleic Acids Res. 1988, 16, 1135-1141.
233. Mazumder, A.; Gerlt, J. A.; Absalon, M. J.; Stubbe, J.; Cunningham, R. P.; Withka, J.; Bolton, P. H. Biochemistry 1991, 30, 1119-1126.
234. Mazumder, A.; Gerlt, J. A.; Rabow, L.; Absalon, M. J.; Stubbe, J.; Bolton, P. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8029-8030.
235. Sun, B.; Latham, K. A.; Dodson, M. L.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1995, 270, 19501-19508.
236. Dodson, M. L.; Michaels, M. L.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1994, 269, 32709-32712.
237. Weiss, B.; Grossman, L. Adv. Enzymol. 1987, 60, 1-34.
238. Dodson, M. L.; Schrock, R. D. I.; Lloyd, R. S. Biochemistry 1993, 32, 8284-8290.
239. Schrock, R. D. I.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1991, 266, 17631-17639.
240. Schrock, R. D., III; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1993, 268, 880-886.
241. Tchou, J.; Grollman, A. P. J. Biol. Chem. 1995, 270, 11671-11677.
242. Zharkov, D. O.; Rieger, R. A.; Iden, C., R.; Grollman, A. P. J. Biol. Chem. 1997, 272, 5335-5342.
243. Kow, Y. W.; Wallace, S. S. Biochemistry 1987, 26, 8200-8206.
244. Bailly, V.; Verly, W. G. Biochem. J. 1987, 242, 562-572.
245. Nash, H. M.; Lu, R.; Lane, W. S.; Verdine, G. L. Chem. Biol. 1997, 4, 693-702.
246. Williams, S. D.; David, S. S. Unpublished results.
247. (a) Manuel, R. C.; Latham, K. A.; Dodson, M. L.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1995, 270, 2652-2661.
248. (b) Morikawa, K.; Matsumoto, D.; Tsujimoto, M.; Katayanagi, K.; Ariyoshi, M.; Doi, T.; Ikehara, M.; Inaoka, T.; Ohtsuka, E. Science 1992, 256, 523-526.
249. Hori, N.; Doi, T.; Karaki, Y.; Kikuchi, M.; Ikehara, M.; Ohtsuka, E. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 4761-4764.
250. Latham, K. A.; Manuel, R. C.; Lloyd, R. S. J. Bacteriol. 1995, 177, 5166-5168.
251. Schärer, O. D.; Verdine, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10781-10782.
252. Schärer, O. D.; Kawate, T.; Gallinari, P.; Jiricny, J.; Verdine, G. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 4878-4883.
253. Iwai, S.; Maeda, M.; Shirai, M.; Shimada, Y.; Osafune, T.; Murata, T.; Ohtsuka, E. Biochemistry 1995, 34, 4601-4609.
254. Kubareva, E. A.; Volkov, E. M.; Vinogradova, N. L.; Kanevsky, I. A.; Oretskaya, T. S.; Kuznetsova, S. A.; Brevnov, M. G.; Gromova, E. S.; Nevinsky, G. A.; Shabarova, Z. A. Gene 1995, 157, 167-171.
255. Schärer, O. D.; Ortholand, J.-Y.; Ganesan, A.; Ezaz-Nikpay, K.; Verdine, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6623-6624.
256. Deng, L.; Sharer, O. D.; Verdine, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7865-7866.
257. Horenstein, B. A.; Schramm, V. L. Biochemistry 1993, 32, 7089-7097.
258. Horenstein, B. A.; Schramm, V. L. Biochemistry 1993, 32, 9917-9925.
259. Horenstein, B. A.; Zabinski, R. F.; Schramm, V. L. Tetrahedron Lett. 1993, 34, 7213-7216.
260. McCullough, A. K.; Schärer, O.; Verdine, G. L.; Lloyd, R. S. J. Biol. Chem. 1996, 271, 32147-32152.
261. O'Handley, S.; Scholes, C. P.; Cunningham, R. P. Biochemistry 1995, 34, 2528-2536.
262. Castaing, B.; Boiteux, S.; Zelwer, C. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 389-394.
263. Barzilay, G.; Hickson, I. D. BioEssays 1995, 17, 713-719.
264. Demple, B.; Harrison, L. Annu. Rev. Biochem. 1994, 63, 915-48.
265. Price, A.; Lindahl, T. Biochemistry 1991, 30, 8631-8637.
266. Robson, C. N.; Hickson, I. D. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 5519-5523.
267. Royer-Pokora, B.; Gordon, L. K.; Haseltine, W. A. Nucleic Acids Res. 1981, 9, 4595-4609.
268. Chen, D. S.; Herman, T.; Demple, B. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 5907-5914.
269. Wood, R. D. Annu. Rev. Biochem. 1996, 65, 67-135.
270. (a) Barzilay, G.; Walker, L. J.; Robson, C. N.; Hickson, I. D. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 1544-1550.
271. (b) Demple, B. Gene 1996, 179, 53-57.
272. Doestch, P. W.; Cunningham, R. P. Mutation Res. 1990, 236, 173-201.
273. Agnez, L. F.; Costa de Oliveira, R.; Di Mascio, P.; Menck, C. F. M. Carcinogenesis 1996, 17, 1183-1185.
274. Haring, M.; Rudiger, H.; Demple, B.; Boiteux, S.; Epe, B. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 2010-2015.
275. Takeuchi, M.; Lillis, R.; Demple, B.; Takeshita, M. J. Biol Chem. 1994, 269, 21907-21914.
276. Hang, B.; Chenna, A.; Fraenkel-Conrat, H.; Singer, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 13737-13741.
277. Shida, T.; Noda, M.; Sekiguchi, J. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 4572-4576.
278. Suh, D.; Wilson III, D. M.; Povrik, L. F. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 2495-2500.
279. Chaudhry, M. A.; Weinfeld, M. J. Biol. Chem. 1997, 272, 15650-15655.
280. Rothwell, D. G.; Hickson, I. D. In Base Excision Repair of DNA Damage; Hickson, I. D., Ed.; Landes Bioscience: Austin, TX, 1997; pp 67-80.
281. Levin, J. D.; Shapiro, R.; Demple, B. J. Biol. Chem. 1991, 266, 22893-22898.
282. Mol, C. D.; Kuo, C.-F.; Thayer, M. M.; Cunningham, R. P.; Tainer, J. A. Nature 1995, 374, 381-386.
283. Barzilay, G.; Mol, C. D.; Robson, C. N.; Walker, L. J.; Cunningham, R. P.; Tainer, J. A.; Hickson, I. D. Nature Struct. Biol. 1995, 2, 561-568.
284. Gorman, M. A.; Morera, S.; Rothwell, D.; de La Forteller, E.; Mol, C. D.; Tainer, J. A.; Hickson, I. D.; Freemont, P. S. EMBO J. 1997, 16, 6548-6558.
285. Black, C. H.; Cowan, J. A. Eur. J. Biochem. 1997, 243, 684-689.
286. Rothwell, D. G.; Hickson, I. D. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 4217-4221.
287. Suck, D.; Oefner, C. Nature 1986, 321, 620-625.
288. Fersht, A. Enzyme Structure and Mechanism; W. H. Freeman: New York, 1985.
289. Lahm, A.; Suck, D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 645-667.
290. Weston, S. A.; Lahm, A.; Suck, D. J. Mol. Biol. 1991, 226, 1237-1256.
291. Wilson, D. M.; Takeshita, M.; Demple, B. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 933-939.
292. Wilson, D. M., III; Thompson, L. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 12754-12757.
293. Engelward, B. P.; Weeda, G.; Wyatt, M. D.; Broekhof, J. L.; De Wit, J.; Donker, I.; Allan, J. M.; Gold, B.; Hoeijimakers, J. H. J.; Samson, L. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 13087-13092.