Conformational properties of the deoxyribose and ribose moieties of nucleic acids: A quantum mechanical study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 102, Issue 34, 1998, Pages 6669-6678

  Foloppe, Nicolas ^a   MacKerell Jr , Alexander D ^a  

^a UNIVERSITY OF MARYLAND SCHOOL OF PHARMACY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000335508     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9818683     Document Type: Article

References (34)

1. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984.
2. Dickerson, R. E.; Drew, H. R.; Conner, B. N.; Wing, R. M.; Fratini, A. V.; Kopka, M. L. Science 1982, 216, 475.
3. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 8205.
4. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 2333.
5. Davies, D. B.; Danyluk, S. S. Biochemistry 1974, 13, 4417.
6. Davies, D. B.; Danyluk, S. S. Biochemistry 1975, 14, 543.
7. Gelbin, A.; Scheider, B.; Clowney, L.; Hsieh, S.-H.; Olson, W. K.; Berman, H. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 519.
8. Olson, W. K. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 278.
9. Olson, W. K.; Sussman, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 270.
10. Röder, O.; Lüdemann, H.; Von Goldammer, E. Eur. J. Biochem. 1975, 53, 517.
11. Wartell, R. M.; Harrell, J. T. Biochemistry 1986, 25, 2664.
12. Pechenaya, V. I.; Serikov, A. A. Biopolymers 1988, 27, 1817.
13. Weisz, K.; Shafer, R. H.; Egan, W.; James, T. L. Biochemistry 1992, 31, 7477.
14. Ulyanov, N. B.; James T. L. Appl. Magn. Reson. 1994, 7, 21.
15. Saran, A.; Perahia, D.; Pullman, B. Theor. Chim. Acta 1973, 30, 31.
16. Levitt, M.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 2607.
17. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A.; 1996, Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA.
18. Berman, H. M.; Olson, W. K.; Beveridge, D. L.; Westbrook, J.; Gelbin, A.; Demeny, T.; Hsieh, S.-H.; Srinivasan, A. R.; Schneider, B. Biophys. J. 1992, 63, 751.
19. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P.v. R.; Pople, J. A.; Ab Initio Molecular Orbital Theory; John Wiley & Sons: New York, 1986.
20. Uesugi, S.; Miki, H.; Ikehara, M.; Iwahashi, H.; Kyogoku, Y. Tetrahedron Lett. 1979, 42, 4073.
21. Guschlbauer, W.; Jankowsky, K. Nucleic Acids Res. 1980, 8, 1421.
22. Foloppe, N.; MacKerell, A. D., Jr. manuscript in preparation.
23. Cremer, D.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 1358.
24. Cadioli, B.; Gallinella, E.; Coulombeau, C.; Jobic, H.; Berthier, G. J. Phys. Chem. 1993, 97, 7844.
25. (a) Cheatham, T. E., III.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4805.
26. (b) Auffinger, P.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 1997, 274, 54.
27. Westhof, E.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 1493.
28. MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 646.
29. Young, M. A.; Jayaram, B.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 59.
30. Feig, M.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1997, 101, 7361.
31. MacKerell, A. D., Jr. Molecular Modeling of Nucleic Acids; Leontis, N. B.; SantaLucia, J., Jr., Eds.; American Chemical Society: Washington, D.C., 1988; 304.
32. Cheatham, T. E., III.; Crowley, M. F.; Fox, T.; Kollman, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 9626.
33. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
34. MacKerell, A. D., Jr.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946.