The crystal structure of human endonuclease VIII-like 1 (NEIL1) reveals a zincless finger motif required for glycosylase activity

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 101, Issue 28, 2004, Pages 10284-10289

  Doublié, Sylvie ^a   Bandaru, Viswanath ^a   Bond, Jeffrey P ^a   Wallace, Susan S ^a  

^a UNIVERSITY OF VERMONT COLLEGE OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

8 HYDROXYGUANINE; DNA GLYCOSYLTRANSFERASE; ENDONUCLEASE; ENDONUCLEASE VIII; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CRYSTAL STRUCTURE; DNA DAMAGE; ENZYME ACTIVITY; ENZYME STRUCTURE; GENE IDENTIFICATION; GENE SEQUENCE; GENETIC CONSERVATION; HUMAN; HUMAN CELL; HUMAN GENOME; MULTIGENE FAMILY; PRIORITY JOURNAL; PROKARYOTE; SEQUENCE ALIGNMENT; STRUCTURE ANALYSIS; ZINC FINGER MOTIF;

CRYSTALLOGRAPHY; DNA GLYCOSYLASES; ENZYME ACTIVATION; HUMANS; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP; ZINC FINGERS;

ESCHERICHIA COLI; PROKARYOTA;

EID: 3142702720     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0402051101     Document Type: Article

References (62)

1. Wallace, S. S. (1998) Radiat. Res. 150, Suppl., S60-S79.
2. Wallace, S. S. (2002) Free Radical Biol. Med. 33, 1-14.
3. Wilson, D. M., III, Sofinowski, T. M. & McNeill, D. R. (2003) Front. Biosci. 8, 963-981.
4. Krokan, H. E., Standal, R. & Slupphaug, G. (1997) Biochem. J. 325, 1-16.
5. McCullough, A. K., Dodson, M. L. & Lloyd, R. S. (1999) Annu. Rev. Biochem. 68, 255-285.
6. Wallace, S. S., Bandaru, V., Kathe, S. & Bond, J. P. (2003) DNA Repair 2, 441-453.
7. Izumi, T., Wiederhold, L. R., Roy, G., Roy, R., Jaiswal, A., Bhakat, K. K., Mitra, S. & Hazra, T. K. (2003) Toxicology 193, 43-65.
8. Jiang, D., Hatahet, Z., Blaisdell, J. O., Melamede, R. J. & Wallace, S. S. (1997) J. Bacteriol. 179, 3773-3782.
9. Saito, Y., Uraki, F., Nakajima, S., Asaeda, A., Ono, K., Kubo, K. & Yamamoto, K. (1997) J. Bacteriol. 179, 3783-3785.
10. Wallace, S. S., Harrison, L., Jiang, D., Blaisdell, J. O., Purmal, A. A. & Hatahet, Z. (1999) in Advances in DNA Damage and Repair: Oxygen Radical Effects, Cellular Protection, and Biological Consequences, eds. Dizaroglu, M. & Karakaya, A. E. (Plenum, New York), Vol. A302, pp. 419-430.
11. Blaisdell, J. O., Hatahet, Z. & Wallace, S. S. (1999) J. Bacteriol. 181, 6396-6402.
12. Zharkov, D. O., Shoham, G. & Grollman, A. P. (2003) DNA Repair 2, 839-862.
13. Zharkov, D. O., Rieger, R. A., Iden, C. R. & Grollman, A. P. (1997) J. Biol. Chem. 272, 5335-5341.
14. Sidorkina, O. M. & Laval, J. (2000) J. Biol. Chem. 275, 9924-9929.
15. Rieger, R. A., McTigue, M. M., Kycia, J. H., Gerchman, S. E., Grollman, A. P. & Iden, C. R. (2000) J. Am. Soc. Mass Spectrom. 11, 505-515.
16. Bailly, V., Verly, W. G., O'Connor, T. & Laval, J. (1989) Biochem. J. 262, 581-589.
17. O'Connor, T. R. & Laval, J. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 5222-5226.
18. Graves, R. J., Felzenszwalb, I., Laval, J. & O'Connor, T. R. (1992) J. Biol. Chem. 267, 14429-14435.
19. Jiang, D., Hatahet, Z., Melamede, R. J., Kow, Y. W. & Wallace, S. S. (1997) J. Biol. Chem. 272, 32230-32239.
20. Zharkov, D. O., Golan, G., Gilboa, R., Fernandes, A. S., Gerchman, S. E., Kycia, J. H., Rieger, R. A., Grollman, A. P. & Shoham, G. (2002) EMBO J. 21, 789-800.
21. Sugahara, M., Mikawa, T., Kumasaka, T., Yamamoto, M., Kato, R., Fukuyama, K., Inoue, Y. & Kuramitsu, S. (2000) EMBO J. 19, 3857-3869.
22. Gilboa, R., Zharkov, D. O., Golan, G., Fernandes, A. S., Gerchman, S. E., Matz, E., Kycia, J. H., Grollman, A. P. & Shoham, G. (2002) J. Biol. Chem. 277, 19811-19816.
23. Serre, L., Pereira de Jesus, K., Boiteux, S., Zelwer, C. & Castaing, B. (2002) EMBO J. 21, 2854-2865.
24. Fromme, J. C. & Verdine, G. L. (2002) Nat. Struct. Biol. 9, 544-552.
25. Chung, M. H., Kasai, H., Jones, D. S., Innoue, H., Ishikawa, H., Ohtsuka, E. & Nishimura, S. (1991) Mutat. Res. 254, 1-12.
26. Tchou, J., Kasai, H., Shibutani, S., Chung, M. H., Laval, J., Grollman, A. P. & Nishimura, S. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 4690-4694.
27. Melamede, R. J., Hatahet, Z., Kow, Y. W., Ide, H. & Wallace, S. S. (1994) Biochemistry 33, 1255-1264.
28. Purmal, A. A., Lampman, G. W., Bond, J. P., Hatahet, Z. & Wallace, S. S. (1998) J. Biol. Chem. 273, 10026-10035.
29. Dizdaroglu, M., Burgess, S. M., Jaruga, P., Hazra, T. K., Rodriguez, H. & Lloyd, R. S. (2001) Biochemistry 40, 12150-12156.
30. Hazra, T. K., Izumi, T., Boldogh, I., Imhoff, B., Kow, Y. W., Jaruga, P., Dizdaroglu, M. & Mitra, S. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 3523-3528.
31. Hazra, T. K., Kow, Y. W., Hatahet, Z., Imhoff, B., Boldogh, I., Mokkapati, S. K., Mitra, S. & Izumi, T. (2002) J. Biol. Chem. 277, 30417-30420.
32. Bandaru, V., Sunkara, S., Wallace, S. S. & Bond, J. P. (2002) DNA Repair 1, 517-529.
33. Morland, I., Rolseth, V., Luna, L., Rognes, T., Bjørås, M. & Seeberg, E. (2002) Nucleic Acids Res. 30, 4926-4936.
34. Dou, H., Mitra, S. & Hazra, T. K. (2003) J. Biol. Chem. 278, 49679-49684.
35. Miller, H., Fernandes, A. S., Zaika, E., McTigue, M. M., Torres, M. C., Wente, M., Iden, C. R. & Grollman, A. P. (2004) Nucleic Acids Res. 32, 338-345.
36. Katafuchi, A., Nakano, T., Masaoka, A., Terato, H., Iwai, S., Hanaoka, F. & Ide, H. (2004) J. Biol. Chem. 279, 14464-14471.
37. Takao, M., Kanno, S. I., Shiromoto, T., Hasegawa, R., Ide, H., Ikeda, S., Sarker, A. H., Seki, S., Xing, J. Z., Le, X. C., et al. (2002) EMBO J. 21, 3486-3493.
38. Elder, R. H. & Dianov, G. L. (2002) J. Biol. Chem. 277, 50487-50490.
39. Ocampo, M. T., Chaung, W., Marenstein, D. R., Chan, M. K., Altamirano, A., Basu, A. K., Boorstein, R. J., Cunningham, R. P. & Teebor, G. W. (2002) Mol. Cell. Biol. 22, 6111-6121.
40. Takao, M., Kanno, S. I., Kobayashi, K., Zhang, Q. M., Yonei, S., van der Horst, G. T. J. & Yasui, A. (2002) J. Biol. Chem. 277, 42205-42213.
41. Rosenquist, T. A., Zaika, E., Fernandes, A. S., Zharkov, D. O., Miller, H. & Grollman, A. P. (2003) DNA Repair 2, 581-591.
42. Bandaru, V., Cooper, W., Wallace, S. S. & Doublié, S. (2004) Acta Crystallogr. D 60, 1142-1144.
43. Dauter, Z. & Dauter, M. (2001) Structure (London) 9, R21-R26.
44. Brünger, A. T., Adams, P. D., Clore, G. M., DeLano, W. L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R. W., Jiang, J. S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N. S., et al. (1998) Acta Crystallogr. D 54, 905-921.
45. Tchou, J. & Grollman, A. P. (1995) J. Biol. Chem. 270, 11671-11677.
46. Terwilliger, T. C. & Berendzen, J. (1999) Acta Crystallogr. D 55, 849-861.
47. Terwilliger, T. C. (2002) Acta Crystallogr. D 59, 34-44.
48. Jones, T. A., Zou, J. Y., Cowan, S. W. & Kjeldgaard. (1991) Acta Crystallogr. A 47, 110-119.
49. Altschul, S. F., Madden, T. L., Schaffer, A. A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W. & Lipman, D. J. (1997) Nucleic Acids Res. 25, 3389-3402.
50. Thompson, J. D., Higgins, D. G. & Gibson, T. J. (1994) Nucleic Acids Res. 22, 4673-4680.
51. Felsenstein, J. (1989) Cladistics 5, 164-166.
52. Evans, S. V. (1993) J. Mol. Graphics 11, 134-138.
53. Holm, L. & Sander, C. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 316-319.
54. Strimmer, K. & von Haeseler, A. (1996) Mol. Biol. Evol. 13, 964-969.
55. Kumar, R. A., Koc, A., Cerny, R. L. & Gladyshev, V. N. (2002) J. Biol. Chem. 277, 37527-37535.
56. Miller, J., McLachlan, A. D. & Klug, A. (1985) EMBO J. 4, 1609-1614.
57. Struthers, M. D., Cheng, R. P. & Imperiali, B. (1996) Science 271, 342-345.
58. Dahiyat, B. I. & Mayo, S. L. (1997) Science 278, 82-87.
59. Fromme, J. C. & Verdine, G. L. (2003) J. Biol. Chem. 278, 51543-51548.
60. O'Connor, T. R., Graves, R. J., de Murcia, G., Castaing, B. & Laval, J. (1993) J. Biol. Chem. 268, 9063-9070.
61. Tchou, J., Michaels, M. L., Miller, J. H. & Grollman, A. P. (1993) J. Biol. Chem. 268, 26738-26744.
62. Kabsch, W. & Sander, C. (1983) Biopolymers 22, 2577-2637.