Applications of hydrogen/deuterium exchange MS from 2012 to 2014

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 1, 2015, Pages 99-118

  Pirrone, Gregory F ^a   Iacob, Roxana E ^a   Engen, John R ^a  

^a NORTHEASTERN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DEUTERIUM; HYDROGEN;

ANIMAL; CHEMISTRY; DEUTERIUM HYDROGEN EXCHANGE; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; PROCEDURES;

ANIMALS; DEUTERIUM; DEUTERIUM EXCHANGE MEASUREMENT; HUMANS; HYDROGEN; MASS SPECTROMETRY;

EID: 84920474229     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac5040242     Document Type: Review

References (229)

1. Tsutsui, Y.; Dela Cruz, R.; Wintrode, P. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 4467-4472
2. Hu, W.; Walters, B. T.; Kan, Z. Y.; Mayne, L.; Rosen, L. E.; Marqusee, S.; Englander, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 7684-7689
3. Walters, B. T.; Mayne, L.; Hinshaw, J. R.; Sosnick, T. R.; Englander, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 18898-18903
4. Liyanage, R.; Devarapalli, N.; Pyland, D. B.; Puckett, L. M.; Phan, N. H.; Starch, J. A.; Okimoto, M. R.; Gidden, J.; Stites, W. E.; Lay, J. O., Jr. Int. J. Mass Spectrom. 2012, 330-332, 63-70
5. Jankowska, E.; Stefanowicz, P.; Sosnowska, M.; Karpowicz, P.; Radziszewska, K.; Szewczuk, Z.; Szymanska, A. Proteins 2012, 80, 2417-2425
6. Guo, J.; Carta, G. J. Chromatogr., A 2014, 10.1016/j.chroma.2014.06.038
7. Zhang, H.; Wen, J.; Huang, R. Y.; Blankenship, R. E.; Gross, M. L. Int. J. Mass Spectrom. 2012, 312, 78-86
8. Dembinski, H.; Wismer, K.; Balasubramaniam, D.; Gonzalez, H. A.; Alverdi, V.; Iakoucheva, L. M.; Komives, E. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2014, 16, 6480-6485
9. DeNizio, J. E.; Elsasser, S. J.; Black, B. E. Nucleic Acids Res. 2014, 42, 4318-4331
10. Kumar, R.; Moure, C. M.; Khan, S. H.; Callaway, C.; Grimm, S. L.; Goswami, D.; Griffin, P. R.; Edwards, D. P. J. Biol. Chem. 2013, 288, 30285-30299
11. Okiyoneda, T.; Veit, G.; Dekkers, J. F.; Bagdany, M.; Soya, N.; Xu, H.; Roldan, A.; Verkman, A. S.; Kurth, M.; Simon, A.; Hegedus, T.; Beekman, J. M.; Lukacs, G. L. Nat. Chem. Biol. 2013, 9, 444-454
12. Hodkinson, J. P.; Radford, S. E.; Ashcroft, A. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 1783-1792
13. Zhang, Y.; Rempel, D. L.; Zhang, J.; Sharma, A. K.; Mirica, L. M.; Gross, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 14604-14609
14. Pan, J.; Han, J.; Borchers, C. H.; Konermann, L. Biochemistry (U.S.A.) 2012, 51, 3694-3703
15. Mysling, S.; Betzer, C.; Jensen, P. H.; Jorgensen, T. J. Biochemistry (U.S.A.) 2013, 52, 9097-9103
16. Miller, M. B.; Wang, D. W.; Wang, F.; Noble, G. P.; Ma, J.; Woods, V. L., Jr.; Li, S.; Supattapone, S. Structure 2013, 21, 2061-2068
17. Singh, J.; Udgaonkar, J. B. J. Mol. Biol. 2013, 425, 3510-3521
18. Skora, L.; Fonseca-Ornelas, L.; Hofele, R. V.; Riedel, D.; Giller, K.; Watzlawik, J.; Schulz-Schaeffer, W. J.; Urlaub, H.; Becker, S.; Zweckstetter, M. J. Biol. Chem. 2013, 288, 2994-3002
19. Singh, J.; Sabareesan, A. T.; Mathew, M. K.; Udgaonkar, J. B. J. Mol. Biol. 2012, 423, 217-231
20. Ramachandran, G.; Udgaonkar, J. B. Biochemistry (U.S.A.) 2013, 52, 8787-8789
21. Landreh, M.; Stukenborg, J. B.; Willander, H.; Soder, O.; Johansson, J.; Jornvall, H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2012, 418, 489-493
22. French, K. C.; Makhatadze, G. I. Biochemistry (U.S.A.) 2012, 51, 10127-10136
23. Basha, E.; Jones, C.; Blackwell, A. E.; Cheng, G.; Waters, E. R.; Samsel, K. A.; Siddique, M.; Pett, V.; Wysocki, V.; Vierling, E. J. Mol. Biol. 2013, 425, 1683-1696
24. da Silva, V. C.; Cagliari, T. C.; Lima, T. B.; Gozzo, F. C.; Ramos, C. H. Plant Physiol. Biochem. 2013, 68, 16-22
25. Graf, C.; Lee, C. T.; Meier-Andrejszki, E. L.; Nguyen, M. T. N.; Mayer, M. P. Front. Mol. Biosci. 2014, 1, 4, DOI: 10.3389/fmolb.2014.00004.
26. Kirschke, E.; Goswami, D.; Southworth, D.; Griffin, P. R.; Agard, D. A. Cell 2014, 157, 1685-1697
27. Lee, C. T.; Graf, C.; Mayer, F. J.; Richter, S. M.; Mayer, M. P. EMBO J. 2012, 31, 1518-1528
28. Oguchi, Y.; Kummer, E.; Seyffer, F.; Berynskyy, M.; Anstett, B.; Zahn, R.; Wade, R. C.; Mogk, A.; Bukau, B. Nat. Struct. Mol. Biol. 2012, 19, 1338-1346
29. Kummer, E.; Oguchi, Y.; Seyffer, F.; Bukau, B.; Mogk, A. FEBS Lett. 2013, 587, 810-817
30. Zhang, Q.; Chen, J.; Kuwajima, K.; Zhang, H. M.; Xian, F.; Young, N. L.; Marshall, A. G. Sci. Rep. 2013, 3, 1247
31. Georgescauld, F.; Popova, K.; Gupta, A. J.; Bracher, A.; Engen, J. R.; Hayer-Hartl, M.; Hartl, F. U. Cell 2014, 157, 922-934
32. Lee, C. T.; Malzahn, E.; Brunner, M.; Mayer, M. P. J. Mol. Biol. 2014, 426, 601-610
33. Ramirez-Sarmiento, C. A.; Baez, M.; Wilson, C. A.; Babul, J.; Komives, E. A.; Guixe, V. Biophys. J. 2013, 104, 2254-2263
34. Sophocleous, A. M.; Topp, E. M. Mol. Pharmaceutics 2012, 9, 727-733
35. Noble, A. J.; Zhang, Q.; ODonnell, J.; Hariri, H.; Bhattacharya, N.; Marshall, A. G.; Stagg, S. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20, 167-173
36. Haladova, K.; Mrazek, H.; Jecmen, T.; Halada, P.; Man, P.; Novak, P.; Chmelik, J.; Obsil, T.; Sulc, M. J. Struct. Biol. 2012, 179, 10-17
37. Willander, H.; Askarieh, G.; Landreh, M.; Westermark, P.; Nordling, K.; Keranen, H.; Hermansson, E.; Hamvas, A.; Nogee, L. M.; Bergman, T.; Saenz, A.; Casals, C.; Aqvistg, J.; Jornvall, H.; Berglund, H.; Presto, J.; Knight, S. D.; Johansson, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 2325-2329
38. Teze, D.; Hendrickx, J.; Dion, M.; Tellier, C.; Woods, V. L., Jr.; Tran, V.; Sanejouand, Y. H. Biochemistry (U.S.A.) 2013, 52, 5900-5910
39. Bernardes, A.; Batista, F. A.; de Oliveira Neto, M.; Figueira, A. C.; Webb, P.; Saidemberg, D.; Palma, M. S.; Polikarpov, I. PLoS One 2012, 7 e31852
40. Ertekin, A.; Aramini, J. M.; Rossi, P.; Leonard, P. G.; Janjua, H.; Xiao, R.; Maglaqui, M.; Lee, H. W.; Prestegard, J. H.; Montelione, G. T. J. Biol. Chem. 2012, 287, 16541-16549
41. Tsukamoto, K.; Wales, T. E.; Daniels, K.; Pal, R.; Sheng, R.; Cho, W.; Stafford, W.; Engen, J. R.; Krieger, M.; Kocher, O. J. Biol. Chem. 2013, 288, 19845-19860
42. Underbakke, E. S.; Iavarone, A. T.; Marletta, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 6777-6782
43. Lu, H. R.; Gu, M. G.; Huang, Q.; Huang, J. J.; Lu, W. Y.; Lu, H.; Huang, Q. S. Antimicrob. Agents Chemother. 2013, 57, 1872-1881
44. Rodriguez, A. D.; Dunn, S. D.; Konermann, L. Biochemistry (U.S.A.) 2014, 10.1021/bi5004684
45. Lu, W. D.; Liu, T.; Li, S.; Woods, V. L., Jr.; Hook, V. Protein Sci. 2012, 21, 178-187
46. Sitkiewicz, E.; Tarnowski, K.; Poznanski, J.; Kulma, M.; Dadlez, M. PLoS One 2013, 8 e76353
47. Marsh, J. J.; Guan, H. S.; Li, S.; Chiles, P. G.; Tran, D.; Morris, T. A. Biochemistry (U.S.A.) 2013, 52, 5491-5502
48. Fang, J.; Nevin, P.; Kairys, V.; Venclovas, C.; Engen, J. R.; Beuning, P. J. Structure 2014, 22, 572-581
49. Tarnowski, K.; Fituch, K.; Szczepanowski, R. H.; Dadlez, M.; Kaus-Drobek, M. Protein Sci. 2014, 23, 639-651
50. Lee, P. S.; Zhang, H. M.; Marshall, A. G.; Yang, X. L.; Schimmel, P. J. Biol. Chem. 2012, 287, 20504-20508
51. Xu, X. L.; Shi, Y.; Zhang, H. M.; Swindell, E. C.; Marshall, A. G.; Guo, M.; Kishi, S.; Yang, X. L. Nat. Commun. 2012, 3, 681
52. Kim, D. M.; Zheng, H.; Huang, Y. J.; Montelione, G. T.; Hunt, J. F. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 2999-3010
53. Wowor, A. J.; Yan, Y.; Auclair, S. M.; Yu, D.; Zhang, J.; May, E. R.; Gross, M. L.; Kendall, D. A.; Cole, J. L. Biochemistry (U.S.A.) 2014, 53, 3248-3260
54. White, M. A.; Li, S.; Tsalkova, T.; Mei, F. C.; Liu, T.; Woods, V. L., Jr.; Cheng, X. PLoS One 2012, 7 e49932
55. Balchin, D.; Stoychev, S. H.; Dirr, H. W. Biochemistry (U.S.A.) 2013, 52, 9394-9402
56. Kim, M. S.; Jeong, J.; Shin, D. H.; Lee, K. J. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2013, 69, 669-680
57. Mitra, G.; Muralidharan, M.; Narayanan, S.; Pinto, J.; Srinivasan, K.; Mandal, A. K. Bioconjugate Chem. 2012, 23, 2344-2353
58. Sowole, M. A.; Konermann, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 997-1005
59. Weinreb, P. H.; Li, S.; Gao, S. X.; Liu, T.; Pepinsky, R. B.; Caravella, J. A.; Lee, J. H.; Woods, V. L., Jr. J. Biol. Chem. 2012, 287, 32897-32912
60. Li, X.; Khan, M. F.; Schriemer, D. C.; Fliegel, L. J. Mol. Cell. Cardiol. 2013, 61, 153-163
61. Li, J.; Fitzpatrick, P. F. Arch. Biochem. Biophys. 2013, 535, 115-119
62. Yu, Z. H.; Zhang, R. Y.; Walls, C. D.; Chen, L.; Zhang, S.; Wu, L.; Liu, S.; Zhang, Z. Y. Biochemistry (U.S.A.) 2014, 53, 4136-4151
63. Lee, Y.; Villar, M. T.; Artigues, A.; Beamer, L. J. J. Biol. Chem. 2014, 289, 4674-4682
64. Joseph, R. E.; Kleino, I.; Wales, T. E.; Xie, Q.; Fulton, D. B.; Engen, J. R.; Berg, L. J.; Andreotti, A. H. Sci. Signaling 2013, 6, ra76
65. Panjarian, S.; Iacob, R. E.; Chen, S.; Wales, T. E.; Engen, J. R.; Smithgall, T. E. J. Biol. Chem. 2013, 288, 6116-6129
66. Sours, K. M.; Xiao, Y.; Ahn, N. G. J. Mol. Biol. 2014, 426, 1925-1935
67. Shan, Y.; Eastwood, M. P.; Zhang, X.; Kim, E. T.; Arkhipov, A.; Dror, R. O.; Jumper, J.; Kuriyan, J.; Shaw, D. E. Cell 2012, 149, 860-870
68. West, G. M.; Pascal, B. D.; Ng, L. M.; Soon, F. F.; Melcher, K.; Xu, H. E.; Chalmers, M. J.; Griffin, P. R. Structure 2013, 21, 229-235
69. Beckett, D. Hydrogen-deuterium exchange study of an allosteric energy cycle. In Methods in Molecular Biology; Springer: New York, 2012; Vol. 796, pp 261-278.
70. Moorthy, B. S.; Anand, G. S. J. Mol. Biol. 2012, 417, 468-487
71. Winkler, A.; Udvarhelyi, A.; Hartmann, E.; Reinstein, J.; Menzel, A.; Shoeman, R. L.; Schlichting, I. J. Mol. Biol. 2014, 426, 853-868
72. Snijder, J.; Benevento, M.; Moyer, C. L.; Reddy, V.; Nemerow, G. R.; Heck, A. J. J. Mol. Biol. 2014, 426, 1971-1979
73. Veesler, D.; Khayat, R.; Krishnamurthy, S.; Snijder, J.; Huang, R. K.; Heck, A. J.; Anand, G. S.; Johnson, J. E. Structure 2014, 22, 230-237
74. Silva, L. P.; Vanzile, M.; Bavari, S.; Aman, J. M.; Schriemer, D. C. PLoS One 2012, 7 e39978
75. Bale, S.; Dias, J. M.; Fusco, M. L.; Hashiguchi, T.; Wong, A. C.; Liu, T.; Keuhne, A. I.; Li, S.; Woods, V. L., Jr.; Chandran, K.; Dye, J. M.; Saphire, E. O. Viruses 2012, 4, 447-470
76. Olal, D.; Dick, A.; Woods, V. L., Jr.; Liu, T.; Li, S.; Devignot, S.; Weber, F.; Saphire, E. O.; Daumke, O. Nucleic Acids Res. 2014, 42, 6025-6037
77. Bereszczak, J. Z.; Watts, N. R.; Wingfield, P. T.; Steven, A. C.; Heck, A. J. Protein Sci. 2014, 10.1002/pro.2470
78. Bereszczak, J. Z.; Rose, R. J.; van Duijn, E.; Watts, N. R.; Wingfield, P. T.; Steven, A. C.; Heck, A. J. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 6504-6512
79. Khan, A. G.; Whidby, J.; Miller, M. T.; Scarborough, H.; Zatorski, A. V.; Cygan, A.; Price, A. A.; Yost, S. A.; Bohannon, C. D.; Jacob, J.; Grakoui, A.; Marcotrigiano, J. Nature 2014, 509, 381-384
80. Davenport, T. M.; Guttman, M.; Guo, W.; Cleveland, B.; Kahn, M.; Hu, S. L.; Lee, K. K. J. Virol. 2013, 87, 10855-10873
81. Guttman, M.; Garcia, N. K.; Cupo, A.; Matsui, T.; Julien, J. P.; Sanders, R. W.; Wilson, I. A.; Moore, J. P.; Lee, K. K. Structure 2014, 22, 974-984
82. Guttman, M.; Lee, K. K. J. Virol. 2013, 87, 11462-11475
83. Guttman, M.; Weis, D. D.; Engen, J. R.; Lee, K. K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1906-1912
84. Pene-Dumitrescu, T.; Shu, S. T.; Wales, T. E.; Alvarado, J. J.; Shi, H.; Narute, P.; Moroco, J. A.; Yeh, J. I.; Engen, J. R.; Smithgall, T. E. BMC Chem. Biol. 2012, 12, 1
85. Obungu, V. H.; Gelfanova, V.; Huang, L. Methods Mol. Biol. 2013, 988, 291-302
86. Malito, E.; Faleri, A.; Lo Surdo, P.; Veggi, D.; Maruggi, G.; Grassi, E.; Cartocci, E.; Bertoldi, I.; Genovese, A.; Santini, L.; Romagnoli, G.; Borgogni, E.; Brier, S.; Lo Passo, C.; Domina, M.; Castellino, F.; Felici, F.; van der Veen, S.; Johnson, S.; Lea, S. M.; Tang, C. M.; Pizza, M.; Savino, S.; Norais, N.; Rappuoli, R.; Bottomley, M. J.; Masignani, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 3304-3309
87. Pandit, D.; Tuske, S. J.; Coales, S. J.; E, S. Y.; Liu, A.; Lee, J. E.; Morrow, J. A.; Nemeth, J. F.; Hamuro, Y. J. Mol. Recognit. 2012, 25, 114-124
88. Faleri, A.; Santini, L.; Brier, S.; Pansegrau, W.; Lo Surdo, P.; Scarselli, M.; Buricchi, F.; Volpini, G.; Genovese, A.; van der Veen, S.; Lea, S.; Tang, C. M.; Savino, S.; Pizza, M.; Finco, O.; Norais, N.; Masignani, V. FASEB J. 2014, 28, 1644-1653
89. Bloem, E.; van den Biggelaar, M.; Wroblewska, A.; Voorberg, J.; Faber, J. H.; Kjalke, M.; Stennicke, H. R.; Mertens, K.; Meijer, A. B. J. Biol. Chem. 2013, 288, 29670-29679
90. Sevy, A. M.; Healey, J. F.; Deng, W.; Spiegel, P. C.; Meeks, S. L.; Li, R. J. Thromb. Haemostasis 2013, 11, 2128-2136
91. Willison, L. N.; Zhang, Q.; Su, M.; Teuber, S. S.; Sathe, S. K.; Roux, K. H. Mol. Immunol. 2013, 55, 253-263
92. Zhang, Q.; Noble, K. A.; Mao, Y.; Young, N. L.; Sathe, S. K.; Roux, K. H.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1016-1025
93. Panda, S.; Zhang, J.; Yang, L.; Anand, G. S.; Ding, J. L. Sci. Rep. 2014, 4, 3675
94. Sela-Culang, I.; Benhnia, M. R. E.; Matho, M. H.; Kaever, T.; Maybeno, M.; Schlossman, A.; Nimrod, G.; Li, S.; Xiang, Y.; Zajonc, D.; Crotty, S.; Ofran, Y.; Peters, B. Structure 2014, 22, 646-657
95. Lu, Z.; Rynkiewicz, M. J.; Madico, G.; Li, S.; Yang, C. Y.; Perkins, H. M.; Sompuram, S. R.; Kodela, V.; Liu, T.; Morris, T.; Wang, D.; Roche, M. I.; Seaton, B. A.; Sharon, J. PLoS One 2014, 9 e99847
96. Tiyanont, K.; Wales, T. E.; Siebel, C. W.; Engen, J. R.; Blacklow, S. C. J. Mol. Biol. 2013, 425, 3192-3204
97. DArcy, S.; Martin, K. W.; Panchenko, T.; Chen, X.; Bergeron, S.; Stargell, L. A.; Black, B. E.; Luger, K. Mol. Cell 2013, 51, 662-677
98. Ahn, J.; Engen, J. R. Chim. Oggi 2013, 31, 25-28
99. Smith, B. C.; Underbakke, E. S.; Kulp, D. W.; Schief, W. R.; Marletta, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, E3577-3586
100. Jiang, L.; Stanevich, V.; Satyshur, K. A.; Kong, M.; Watkins, G. R.; Wadzinski, B. E.; Sengupta, R.; Xing, Y. Nat. Commun. 2013, 4, 1699
101. Macakova, E.; Kopecka, M.; Kukacka, Z.; Veisova, D.; Novak, P.; Man, P.; Obsil, T.; Obsilova, V. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1830, 4491-4499
102. Chandrasekhar, K.; Wang, J.; Arjunan, P.; Sax, M.; Park, Y. H.; Nemeria, N. S.; Kumaran, S.; Song, J.; Jordan, F.; Furey, W. J. Biol. Chem. 2013, 288, 15402-15417
103. Wang, J.; Nemeria, N. S.; Chandrasekhar, K.; Kumaran, S.; Arjunan, P.; Reynolds, S.; Calero, G.; Brukh, R.; Kakalis, L.; Furey, W.; Jordan, F. J. Biol. Chem. 2014, 289, 15215-15230
104. Kumar, S.; Badireddy, S.; Pal, K.; Sharma, S.; Arora, C.; Garg, S. K.; Alam, M. S.; Agrawal, P.; Anand, G. S.; Swaminathan, K. PLoS One 2012, 7 e43676
105. Singh, H.; Dai, Y.; Outten, F. W.; Busenlehner, L. S. J. Biol. Chem. 2013, 288, 36189-36200
106. Snijder, J.; Burnley, R. J.; Wiegard, A.; Melquiond, A. S.; Bonvin, A. M.; Axmann, I. M.; Heck, A. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 1379-1384
107. Ling, J. M.; Silva, L.; Schriemer, D. C.; Schryvers, A. B. Methods Mol. Biol. 2012, 799, 237-252
108. Lampi, K. J.; Fox, C. B.; David, L. L. Exp. Eye Res. 2012, 104, 48-58
109. Huang, R. Y.; Wen, J.; Blankenship, R. E.; Gross, M. L. Biochemistry (U.S.A.) 2012, 51, 187-193
110. MacDonald, J. A.; Ishida, H.; Butler, E. I.; Ulke-Lemee, A.; Chappellaz, M.; Tulk, S. E.; Chik, J. K.; Vogel, H. J. Biochemistry (U.S.A.) 2012, 51, 2694-2705
111. Snyder, G. A.; Deredge, D.; Waldhuber, A.; Fresquez, T.; Wilkins, D. Z.; Smith, P. T.; Durr, S.; Cirl, C.; Jiang, J.; Jennings, W.; Luchetti, T.; Snyder, N.; Sundberg, E. J.; Wintrode, P.; Miethke, T.; Xiao, T. S. J. Biol. Chem. 2014, 289, 669-679
112. Tamir, S.; Rotem-Bamberger, S.; Katz, C.; Morcos, F.; Hailey, K. L.; Zuris, J. A.; Wang, C.; Conlan, A. R.; Lipper, C. H.; Paddock, M. L.; Mittler, R.; Onuchic, J. N.; Jennings, P. A.; Friedler, A.; Nechushtai, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 5177-5182
113. Burke, J. E.; Williams, R. L. Adv. Biol. Regul. 2013, 53, 97-110
114. Hawse, W. F.; Champion, M. M.; Joyce, M. V.; Hellman, L. M.; Hossain, M.; Ryan, V.; Pierce, B. G.; Weng, Z.; Baker, B. M. J. Immunol. 2012, 188, 5819-5823
115. Hawse, W. F.; Gloor, B. E.; Ayres, C. M.; Kho, K.; Nuter, E.; Baker, B. M. J. Biol. Chem. 2013, 288, 24372-24381
116. Trelle, M. B.; Hirschberg, D.; Jansson, A.; Ploug, M.; Roepstorff, P.; Andreasen, P. A.; Jorgensen, T. J. Biochemistry (U.S.A.) 2012, 51, 8256-8266
117. Malovichko, M. V.; Sabo, T. M.; Maurer, M. C. J. Biol. Chem. 2013, 288, 8667-8678
118. Choi, S. H.; Wales, T. E.; Nam, Y.; ODonovan, D. J.; Sliz, P.; Engen, J. R.; Blacklow, S. C. Structure 2012, 20, 340-349
119. Winkler, A.; Heintz, U.; Lindner, R.; Reinstein, J.; Shoeman, R. L.; Schlichting, I. Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20, 859-867
120. Goswami, D.; Callaway, C.; Pascal, B. D.; Kumar, R.; Edwards, D. P.; Griffin, P. R. Structure 2014, 22, 961-973
121. Li, Z.; Huang, R. Y.; Yopp, D. C.; Hileman, T. H.; Santangelo, T. J.; Hurwitz, J.; Hudgens, J. W.; Kelman, Z. Nucleic Acids Res. 2014, 42, 5776-5789
122. Roberts, V. A.; Pique, M. E.; Hsu, S.; Li, S.; Slupphaug, G.; Rambo, R. P.; Jamison, J. W.; Liu, T.; Lee, J. H.; Tainer, J. A.; Ten Eyck, L. F.; Woods, V. L., Jr. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 6070-6081
123. Trelle, M. B.; Dupont, D. M.; Madsen, J. B.; Andreasen, P. A.; Jorgensen, T. J. ACS Chem. Biol. 2014, 9, 174-182
124. Landgraf, R. R.; Goswami, D.; Rajamohan, F.; Harris, M. S.; Calabrese, M. F.; Hoth, L. R.; Magyar, R.; Pascal, B. D.; Chalmers, M. J.; Busby, S. A.; Kurumbail, R. G.; Griffin, P. R. Structure 2013, 21, 1942-1953
125. Chalmers, M. J.; Wang, Y.; Novick, S.; Sato, M.; Bryant, H. U.; Montrose-Rafizdeh, C.; Griffin, P. R.; Dodge, J. A. ACS Med. Chem. Lett. 2012, 3, 207-210
126. Carson, M. W.; Zhang, J.; Chalmers, M. J.; Bocchinfuso, W. P.; Holifield, K. D.; Masquelin, T.; Stites, R. E.; Stayrook, K. R.; Griffin, P. R.; Dodge, J. A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2014, 10.1016/j.bmcl.2014.05.070
127. Mizwicki, M. T.; Menegaz, D.; Zhang, J.; Barrientos-Duran, A.; Tse, S.; Cashman, J. R.; Griffin, P. R.; Fiala, M. J. Alzheimer's Dis. 2012, 29, 51-62
128. Hughes, T. S.; Giri, P. K.; de Vera, I. M.; Marciano, D. P.; Kuruvilla, D. S.; Shin, Y.; Blayo, A. L.; Kamenecka, T. M.; Burris, T. P.; Griffin, P. R.; Kojetin, D. J. Nat. Commun. 2014, 5, 3571
129. Boerma, L. J.; Xia, G.; Qui, C.; Cox, B. D.; Chalmers, M. J.; Smith, C. D.; Lobo-Ruppert, S.; Griffin, P. R.; Muccio, D. D.; Renfrow, M. B. J. Biol. Chem. 2014, 289, 814-826
130. Nambi, S.; Badireddy, S.; Visweswariah, S. S.; Anand, G. S. J. Biol. Chem. 2012, 287, 18115-18129
131. Krishnamurthy, S.; Moorthy, B. S.; Liqin, L.; Anand, G. S. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1834, 1215-1221
132. Underbakke, E. S.; Iavarone, A. T.; Chalmers, M. J.; Pascal, B. D.; Novick, S.; Griffin, P. R.; Marletta, M. A. Structure 2014, 22, 602-611
133. Sowole, M. A.; Konermann, L. Anal. Chem. 2014, 86, 6715-6722
134. Kang, Y.; Terrier, P.; Ding, C.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 57-67
135. Huang, R. Y.; Hudgens, J. W. Biochemistry (U.S.A.) 2013, 52, 7127-7136
136. Hernychova, L.; Man, P.; Verma, C.; Nicholson, J.; Sharma, C. A.; Ruckova, E.; Teo, J. Y.; Ball, K.; Vojtesek, B.; Hupp, T. R. Proteomics 2013, 13, 2512-2525
137. Brier, S.; Fagnocchi, L.; Donnarumma, D.; Scarselli, M.; Rappuoli, R.; Nissum, M.; Delany, I.; Norais, N. Biochemistry (U.S.A.) 2012, 51, 6738-6752
138. Ghose, S.; Hilmer, J. K.; Bothner, B.; Broderick, J. B. FEBS Lett. 2014, 10.1016/j.febslet.2014.06.011
139. Xiao, H.; Wang, H.; Zhang, X.; Tu, Z.; Bulinski, C.; Khrapunovich-Baine, M.; Hogue Angeletti, R.; Horwitz, S. B. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 744-752
140. Yu, W.; Chory, E. J.; Wernimont, A. K.; Tempel, W.; Scopton, A.; Federation, A.; Marineau, J. J.; Qi, J.; Barsyte-Lovejoy, D.; Yi, J.; Marcellus, R.; Iacob, R. E.; Engen, J. R.; Griffin, C.; Aman, A.; Wienholds, E.; Li, F.; Pineda, J.; Estiu, G.; Shatseva, T.; Hajian, T.; Al-Awar, R.; Dick, J. E.; Vedadi, M.; Brown, P. J.; Arrowsmith, C. H.; Bradner, J. E.; Schapira, M. Nat. Commun. 2012, 3, 1288
141. Zhang, J.; Luo, M.; Marasco, D.; Logsdon, D.; LaFavers, K. A.; Chen, Q.; Reed, A.; Kelley, M. R.; Gross, M. L.; Georgiadis, M. M. Biochemistry (U.S.A.) 2013, 52, 2955-2966
142. Kim, D. G.; Lee, J. Y.; Kwon, N. H.; Fang, P.; Zhang, Q.; Wang, J.; Young, N. L.; Guo, M.; Cho, H. Y.; Mushtaq, A. U.; Jeon, Y. H.; Choi, J. W.; Han, J. M.; Kang, H. W.; Joo, J. E.; Hur, Y.; Kang, W.; Yang, H.; Nam, D. H.; Lee, M. S.; Lee, J. W.; Kim, E. S.; Moon, A.; Kim, K.; Kim, D.; Kang, E. J.; Moon, Y.; Rhee, K. H.; Han, B. W.; Yang, J. S.; Han, G.; Yang, W. S.; Lee, C.; Wang, M. W.; Kim, S. Nat. Chem. Biol. 2014, 10, 29-34
143. Liang, Q.; Dexheimer, T. S.; Zhang, P.; Rosenthal, A. S.; Villamil, M. A.; You, C.; Zhang, Q.; Chen, J.; Ott, C. A.; Sun, H.; Luci, D. K.; Yuan, B.; Simeonov, A.; Jadhav, A.; Xiao, H.; Wang, Y.; Maloney, D. J.; Zhuang, Z. Nat. Chem. Biol. 2014, 10, 298-304
144. Zhang, N.; Du, Y.; Cui, M.; Xing, J.; Liu, Z.; Liu, S. Anal. Chem. 2012, 84, 6206-6212
145. Dong, J.; Callahan, K. L.; Borotto, N. B.; Vachet, R. W. Anal. Chem. 2014, 86, 766-773
146. Asuru, A. P.; An, M.; Busenlehner, L. S. Biochemistry (U.S.A.) 2012, 51, 7116-7127
147. Sowole, M. A.; Alexopoulos, J. A.; Cheng, Y. Q.; Ortega, J.; Konermann, L. J. Mol. Biol. 2013, 425, 4508-4519
148. Walsh, G. Nat. Biotechnol. 2014, 32, 992-1000
149. Houde, D.; Engen, J. R. Methods Mol. Biol. 2013, 988, 269-289
150. Rose, R. J.; van Berkel, P. H.; van den Bremer, E. T.; Labrijn, A. F.; Vink, T.; Schuurman, J.; Heck, A. J.; Parren, P. W. MAbs 2013, 5, 219-228
151. Tang, L.; Sundaram, S.; Zhang, J.; Carlson, P.; Matathia, A.; Parekh, B.; Zhou, Q.; Hsieh, M. C. MAbs 2013, 5, 114-125
152. Zhang, A.; Hu, P.; MacGregor, P.; Xue, Y.; Fan, H.; Suchecki, P.; Olszewski, L.; Liu, A. Anal. Chem. 2014, 86, 3468-3475
153. Pan, L. Y.; Salas-Solano, O.; Valliere-Douglass, J. F. Anal. Chem. 2014, 86, 2657-2664
154. Visser, J.; Feuerstein, I.; Stangler, T.; Schmiederer, T.; Fritsch, C.; Schiestl, M. BioDrugs 2013, 27, 495-507
155. Zhang, A.; Singh, S. K.; Shirts, M. R.; Kumar, S.; Fernandez, E. J. Pharm. Res. 2012, 29, 236-250
156. Iacob, R. E.; Bou-Assaf, G. M.; Makowski, L.; Engen, J. R.; Berkowitz, S. A.; Houde, D. J. Pharm. Sci. 2013, 102, 4315-4329
157. Manikwar, P.; Majumdar, R.; Hickey, J. M.; Thakkar, S. V.; Samra, H. S.; Sathish, H. A.; Bishop, S. M.; Middaugh, C. R.; Weis, D. D.; Volkin, D. B. J. Pharm. Sci. 2013, 102, 2136-2151
158. Houde, D.; Berkowitz, S. A. J. Pharm. Sci. 2012, 101, 1688-1700
159. Nakazawa, S.; Hashii, N.; Harazono, A.; Kawasaki, N. Anal. Biochem. 2012, 420, 61-67
160. Nakazawa, S.; Ahn, J.; Hashii, N.; Hirose, K.; Kawasaki, N. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1834, 1210-1214
161. Ji, C.; Wei, G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013, 27, 2625-2630
162. Tang, L.; Coales, S. J.; Morrow, J. A.; Edmunds, T.; Hamuro, Y. ChemBioChem 2012, 13, 2243-2250
163. Wei, H.; Ahn, J.; Yu, Y. Q.; Tymiak, A.; Engen, J. R.; Chen, G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 498-504
164. Shi, X. E.; Wales, T. E.; Elkin, C.; Kawahata, N.; Engen, J. R.; Annis, D. A. Anal. Chem. 2013, 85, 11185-11188
165. Sophocleous, A. M.; Zhang, J.; Topp, E. M. Mol. Pharmaceutics 2012, 9, 718-726
166. Burke, J. E.; Perisic, O.; Masson, G. R.; Vadas, O.; Williams, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 15259-15264
167. Walser, R.; Burke, J. E.; Gogvadze, E.; Bohnacker, T.; Zhang, X.; Hess, D.; Kuenzi, P.; Leitges, M.; Hirsch, E.; Williams, R. L.; Laffargue, M.; Wymann, M. P. PLoS Biol. 2013, 11 e1001587
168. Chetty, P. S.; Mayne, L.; Kan, Z. Y.; Lund-Katz, S.; Englander, S. W.; Phillips, M. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 11687-11692
169. Chetty, P. S.; Ohshiro, M.; Saito, H.; Dhanasekaran, P.; Lund-Katz, S.; Mayne, L.; Englander, W.; Phillips, M. C. Biochemistry (U.S.A.) 2012, 51, 8993-9001
170. Chetty, P. S.; Nguyen, D.; Nickel, M.; Lund-Katz, S.; Mayne, L.; Englander, S. W.; Phillips, M. C. J. Lipid Res. 2013, 54, 1589-1597
171. Gogonea, V.; Gerstenecker, G. S.; Wu, Z.; Lee, X.; Topbas, C.; Wagner, M. A.; Tallant, T. C.; Smith, J. D.; Callow, P.; Pipich, V.; Malet, H.; Schoehn, G.; DiDonato, J. A.; Hazen, S. L. J. Lipid Res. 2013, 54, 966-983
172. Gauthamadasa, K.; Vaitinadin, N. S.; Dressman, J. L.; Macha, S.; Homan, R.; Greis, K. D.; Silva, R. A. J. Biol. Chem. 2012, 287, 7615-7625
173. Cao, J.; Hsu, Y. H.; Li, S.; Woods, V. L., Jr.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2013, 54, 127-133
174. Bucher, D.; Hsu, Y. H.; Mouchlis, V. D.; Dennis, E. A.; McCammon, J. A. PLoS Comput. Biol. 2013, 9 e1003156
175. Hsu, Y. H.; Bucher, D.; Cao, J.; Li, S.; Yang, S. W.; Kokotos, G.; Woods, V. L., Jr.; McCammon, J. A.; Dennis, E. A. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 1330-1337
176. Karageorgos, I.; Wales, T. E.; Janero, D. R.; Zvonok, N.; Vemuri, V. K.; Engen, J. R.; Makriyannis, A. Biochemistry (U.S.A.) 2013, 52, 5016-5026
177. Nasr, M. L.; Shi, X.; Bowman, A. L.; Johnson, M.; Zvonok, N.; Janero, D. R.; Vemuri, V. K.; Wales, T. E.; Engen, J. R.; Makriyannis, A. Protein Sci. 2013, 22, 774-787
178. Huang, H. K.; Taneva, S. G.; Lee, J.; Silva, L. P.; Schriemer, D. C.; Cornell, R. B. J. Mol. Biol. 2013, 425, 1546-1564
179. Koshy, S. S.; Eyles, S. J.; Weis, R. M.; Thompson, L. K. Biochemistry (U.S.A.) 2013, 52, 8833-8842
180. Lee, S. J.; Lee, J. W.; Choi, T. S.; Jin, K. S.; Lee, S.; Ban, C.; Kim, H. I. Anal. Chem. 2014, 86, 1909-1916
181. Mehmood, S.; Domene, C.; Forest, E.; Jault, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 10832-10836
182. Rey, M.; Forest, E.; Pelosi, L. Biochemistry (U.S.A.) 2012, 51, 9727-9735
183. Pan, Y.; Piyadasa, H.; ONeil, J. D.; Konermann, L. J. Mol. Biol. 2012, 416, 400-413
184. Khanal, A.; Pan, Y.; Brown, L. S.; Konermann, L. J. Mass Spectrom. 2012, 47, 1620-1626
185. Parker, C. H.; Morgan, C. R.; Rand, K. D.; Engen, J. R.; Jorgenson, J. W.; Stafford, D. W. Biochemistry (U.S.A.) 2014, 53, 1511-1520
186. Ahn, J.; Cao, M. J.; Yu, Y. Q.; Engen, J. R. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1834, 1222-1229
187. Ahn, J.; Jung, M. C.; Wyndham, K.; Yu, Y. Q.; Engen, J. R. Anal. Chem. 2012, 84, 7256-7262
188. Rey, M.; Yang, M.; Burns, K. M.; Yu, Y.; Lees-Miller, S. P.; Schriemer, D. C. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 464-472
189. Kraj, A.; Brouwer, H. J.; Reinhoud, N.; Chervet, J. P. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405, 9311-9320
190. Mysling, S.; Salbo, R.; Ploug, M.; Jorgensen, T. J. Anal. Chem. 2014, 86, 340-345
191. Jensen, P. F.; Jorgensen, T. J.; Koefoed, K.; Nygaard, F.; Sen, J. W. Anal. Chem. 2013, 85, 7052-7059
192. Lemaire, P.; Debois, D.; Smargiasso, N.; Quinton, L.; Gabelica, V.; De Pauw, E. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013, 27, 1837-1846
193. Walters, B. T.; Ricciuti, A.; Mayne, L.; Englander, S. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 2132-2139
194. Keppel, T. R.; Weis, D. D. Anal. Chem. 2013, 85, 5161-5168
195. Amon, S.; Trelle, M. B.; Jensen, O. N.; Jorgensen, T. J. Anal. Chem. 2012, 84, 4467-4473
196. Venable, J. D.; Okach, L.; Agarwalla, S.; Brock, A. Anal. Chem. 2012, 84, 9601-9608
197. Abzalimov, R. R.; Bobst, C. E.; Kaltashov, I. A. Anal. Chem. 2013, 85, 9173-9180
198. Bobst, C. E.; Kaltashov, I. A. Anal. Chem. 2014, 86, 5225-5231
199. Yu, H. D.; Ahn, S.; Kim, B. Bull. Korean Chem. Soc. 2013, 34, 1401-1406
200. Wang, G.; Abzalimov, R. R.; Bobst, C. E.; Kaltashov, I. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 20087-20092
201. Rand, K. D.; Pringle, S. D.; Morris, M.; Brown, J. M. Anal. Chem. 2012, 84, 1931-1940
202. Pan, J.; Borchers, C. H. Proteomics 2013, 13, 974-981
203. Landgraf, R. R.; Chalmers, M. J.; Griffin, P. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 301-309
204. Rob, T.; Gill, P. K.; Golemi-Kotra, D.; Wilson, D. J. Lab Chip 2013, 13, 2528-2532
205. Rob, T.; Liuni, P.; Gill, P. K.; Zhu, S. L.; Balachandran, N.; Berti, P. J.; Wilson, D. J. Anal. Chem. 2012, 84, 3771-3779
206. Gospodarek, A. M.; Hiser, D. E.; OConnell, J. P.; Fernandez, E. J. J. Chromatogr., A 2014, 10.1016/j.chroma.2014.06.024
207. Majumdar, R.; Manikwar, P.; Hickey, J. M.; Arora, J.; Middaugh, C. R.; Volkin, D. B.; Weis, D. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 2140-2148
208. Sheff, J. G.; Rey, M.; Schriemer, D. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1006-1015
209. Valeja, S. G.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 699-707
210. Burns, K. M.; Rey, M.; Baker, C. A.; Schriemer, D. C. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 539-548
211. Liu, Q.; Easterling, M. L.; Agar, J. N. Anal. Chem. 2014, 86, 820-825
212. Lindner, R.; Lou, X.; Reinstein, J.; Shoeman, R. L.; Hamprecht, F. A.; Winkler, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 1018-1028
213. Miller, D. E.; Prasannan, C. B.; Villar, M. T.; Fenton, A. W.; Artigues, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 425-429
214. Pascal, B. D.; Willis, S.; Lauer, J. L.; Landgraf, R. R.; West, G. M.; Marciano, D.; Novick, S.; Goswami, D.; Chalmers, M. J.; Griffin, P. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 1512-1521
215. Zhang, Z.; Zhang, A.; Xiao, G. Anal. Chem. 2012, 84, 4942-4949
216. Zhang, J.; Ramachandran, P.; Kumar, R.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 450-453
217. Wales, T. E.; Eggertson, M. J.; Engen, J. R. Methods Mol. Biol. 2013, 1007, 263-288
218. Fajer, P. G.; Bou-Assaf, G. M.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 1202-1208
219. Kan, Z. Y.; Walters, B. T.; Mayne, L.; Englander, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 16438-16443
220. Liu, T.; Pantazatos, D.; Li, S.; Hamuro, Y.; Hilser, V. J.; Woods, V. L., Jr. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 43-56
221. Lobanov, M. Y.; Suvorina, M. Y.; Dovidchenko, N. V.; Sokolovskiy, I. V.; Surin, A. K.; Galzitskaya, O. V. Bioinformatics 2013, 29, 1375-1381
222. Venable, J. D.; Scuba, W.; Brock, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 642-645
223. Bobst, C. E.; Kaltashov, I. A. Methods Mol. Biol. 2012, 896, 375-385
224. Hayashi, N.; Kuyama, H.; Nakajima, C.; Kawahara, K.; Miyagi, M.; Nishimura, O.; Matsuo, H.; Nakazawa, T. Biochemistry (U.S.A.) 2014, 53, 1818-1826
225. Rozbesky, D.; Man, P.; Kavan, D.; Chmelik, J.; Cerny, J.; Bezouska, K.; Novak, P. Anal. Chem. 2012, 84, 867-870
226. Singh, H.; Busenlehner, L. S. Methods Mol. Biol. 2014, 1084, 81-99
227. Suvorina, M. Y.; Surin, A. K.; Dovidchenko, N. V.; Lobanov, M. Y.; Galzitskaya, O. V. Biochemistry (Moscow) 2012, 77, 616-623
228. Tran, D. T.; Banerjee, S.; Alayash, A. I.; Crumbliss, A. L.; Fitzgerald, M. C. Anal. Chem. 2012, 84, 1653-1660
229. Vadas, O.; Dbouk, H. A.; Shymanets, A.; Perisic, O.; Burke, J. E.; Abi Saab, W. F.; Khalil, B. D.; Harteneck, C.; Bresnick, A. R.; Nurnberg, B.; Backer, J. M.; Williams, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 18862-18867