Site-specific analysis of gas-phase hydrogen/deuterium exchange of peptides and proteins by electron transfer dissociation

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 4, 2012, Pages 1931-1940

  Rand, Kasper D ^a   Pringle, Steven D ^b   Morris, Michael ^b   Brown, Jeffery M ^b  

^a UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

^b MICROMASS UK LTD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTICAL TOOL; BIOANALYTICAL; CYTOCHROME C; DIFFERENT SIZES; ELECTRON TRANSFER DISSOCIATION; ELECTROSPRAYS; FRAGMENT IONS; GASPHASE; HYDROGEN/DEUTERIUM EXCHANGE; ION GUIDE; ION MOBILITY; MASS ANALYSIS; MODEL PEPTIDES; ON-THE-FLY; PEPTIDE IONS; PROTEIN IONS; SIDE-CHAINS; SITE-SPECIFIC; SOLUTION CONDITIONS; SPECTROMETRY TECHNIQUE; STRUCTURAL FEATURE; TRAVELING WAVE; UBIQUITIN; WEALTH OF INFORMATION;

DEUTERIUM; DISSOCIATION; GASES; HYDROGEN; IONS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES;

IONIZATION OF GASES;

CYTOCHROME C; DEUTERIUM; HYDROGEN; PEPTIDE FRAGMENT; UBIQUITIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; DEUTERIUM HYDROGEN EXCHANGE; ELECTRON TRANSPORT; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; HUMAN;

CYTOCHROMES C; DEUTERIUM; DEUTERIUM EXCHANGE MEASUREMENT; ELECTRON TRANSPORT; HUMANS; HYDROGEN; PEPTIDE FRAGMENTS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; UBIQUITIN;

EID: 84863346540     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac202918j     Document Type: Article

References (67)

1. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64-71.
2. Bohrer, B. C.; Mererbloom, S. I.; Koeniger, S. L.; Hilderbrand, A. E.; Clemmer, D. E. Annu. Rev. Anal. Chem. 2008, 1, 293-327.
3. Gross, D. S.; Schnier, P. D.; Rodriguez-Cruz, S. E.; Fagerquist, C. K.; Williams, E. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 1996, 93, 3143-3148.
4. Loo, R. R. O.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc., Mass Spectrom. 1994, 5, 1064-1071.
5. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 954-961.
6. Breuker, K.; McLafferty, F. W. Angew. Chem., Int. Ed. 2005; 44: 4911-4914.
7. Breuker, K.; Oh, H. B.; Horn, D. M.; Cerda, B. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6407-6420.
8. Ly, T.; Julian, R. R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 8602-9.
9. Cheng, X.; Fenselau, C. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1992, 122, 109-119.
10. Suckau, D.; Shi, Y.; Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M. 3rd; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 790-3.
11. Freitas, M. A.; Hendrickson, C. L.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 187, 565-575.
12. Geller, O.; Lifshitz, C. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2217-2222.
13. Rand, K. D.; Pringle, S. D.; Murphy, J. P.; Fadgen, K. E.; Brown, J.; Engen, J. R. Anal. Chem. 2009, 81, 10019-28.
14. Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3558.
15. Winger, B. E.; Light-Wahl, K. J.; Rockwood, A. L.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5897.
16. Wright, P. J.; Zhang, J.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1906-1913.
17. Badman, E. R.; Hoaglund-Hyzer, C. S.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2001, 73, 6000-6007.
18. Myung, S.; Badman, E. R.; Lee, Y. J.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9976-9982.
19. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
20. Breuker, K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2008, 105, 18145-18152.
21. Breuker, K.; Bruschweiler, S.; Tollinger, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 873-877.
22. Benesch, J. L. P.; Ruotolo, B. T.; Simmons, D. A.; Robinson, C. V. Chem. Rev. 2007, 107, 3544.
23. Heck, A. J. R. Nat. Meth. 2008, 5, 927-933.
24. Wales, T. E.; Engen, J. R. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 158-170.
25. Konermann, L.; Pan, J.; Liu, Y. H. Chem. Soc. Rev. 2010, 40, 1224-34.
26. Chung, K. Y.; Rasmussen, S. G.; Liu, T.; Li, S.; DeVree, B. T.; Chae, P. S.; Calinski, D.; Kobilka, B. K.; Woods, V. L. Jr.; Sunahara, R. K. Nature 2011, 477, 611-5.
27. Houde, D.; Demarest, S. J. Structure 2011, 19, 890-900.
28. Iacob, R. E.; Zhang, J.; Gray, N. S.; Engen, J. R. PloS One 2011, 6, e15929.
29. Kim, M.; Sun, Z. Y.; Rand, K. D.; Shi, X.; Song, L.; Cheng, Y.; Fahmy, A. F.; Majumdar, S.; Ofek, G.; Yang, Y.; Kwong, P. D.; Wang, J. H.; Engen, J. R.; Wagner, G.; Reinherz, E. L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011.
30. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2004, 101, 9528-9533.
31. Rand, K. D.; Adams, C. M.; Zubarev, R. A.; Jorgensen, T. J. D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 1341-1349.
32. Pan, J.; Han, J.; Borchers, C. H.; Konermann, L. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 11574-11575.
33. Bache, N.; Rand, K. D.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. D. Anal. Chem. 2008, 80, 6431-6435.
34. Zehl, M.; Rand, K. D.; Jensen, O. N.; Jørgensen, T. J. D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17453-17459.
35. Abzalimov, R. R.; Kaplan, D. A.; Easterling, M. L.; Kaltashov, I. A. J. Am. Soc. Mass. Spectrom 2009, 20, 1514-7.
36. Rand, K. D.; Zehl, M.; Jensen, O. N.; Jørgensen, T. J. D. Anal. Chem. 2009, 81, 5577-5584.
37. Pan, J.; Han, J.; Borchers, C. H.; Konermann, L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12801-8.
38. Rand, K. D.; Zehl, M.; Jensen, O. N.; Jorgensen, T. J. Anal. Chem. 2010, 82, 9755-62.
39. Rand, K. D.; Pringle, S. D.; Morris, M.; Engen, J. R.; Brown, J. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1784-93.
40. Giles, K.; Pringle, S. D.; Worthington, K. R.; Little, D.; Wildgoose, J. L.; Bateman, R. H. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2401-2414.
41. Pringle, S. D.; Giles, K.; Wildgoose, J. L.; Williams, J. P.; Slade, S. E.; Thalassinos, K.; Bateman, R. H.; Bowers, M. T.; Scrivens, J. H. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 261, 1-12.
42. Fang, J.; Rand, K. D.; Silva, M. C.; Wales, T. E.; Engen, J. R.; Beuning, P. J. J. Mol. Biol. 2010, 398, 40-53.
43. Campbell, S.; Rodgers, M. T.; Marzluff, E. M.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12840-12854.
44. Geller, O.; Lifshitz, C. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 233, 125-129.
45. Williams, J. P.; Brown, J. M.; Campuzano, I.; Sadler, P. J. Chem. Commun. 2010, 46, 5458-60.
46. Badman, E. R.; Myung, S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1493-1497.
47. Campbell, S.; Rodgers, M. T.; Marzluff, E. M.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 9765-9766.
48. Dookeran, N. N.; Harrison, A. G. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 666-674.
49. Lin, C.; Cournoyer, J. J.; O'Connor, P. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1605-1615.
50. Gray, T. M.; Matthews, B. W. J. Mol. Biol. 1984, 175, 75-81.
51. Kaltashov, I. A.; Fenselau, C. Prot. Struct. Funct. Bioinf. 1997, 27, 165-170.
52. Huang, Y.; Marini, J.; McLean, J.; Tichy, S.; Russell, D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 2049-2057.
53. Prell, J. S.; O,ÄǒBrien, J. T.; Steill, J. D.; Oomens, J.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 11442-11449.
54. Mertens, L. A.; Marzluff, E. M. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 9180-9187.
55. Compton, P. D.; Zamdborg, L.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2011, 83, 6868-74.
56. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M.; Wu, C.; Sweet, S. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; Leduc, R. D.; Compton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011.
57. Horn, D. M.; Breuker, K.; Frank, A. J.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9792-9.
58. Chen, J.; Shiyanov, P.; Zhang, L.; Schlager, J. J.; Green-Church, K. B. Anal. Chem. 2010, 82, 6079-6089.
59. Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6503-7.
60. Briggs, M. S.; Roder, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 2017-2021.
61. Roder, H.; Elove, G. A.; Englander, S. W. Nature 1988, 335, 700-704.
62. Oh, H.; Breuker, K.; Sze, S. K.; Ge, Y.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15863-8.
63. Jarrold, M. F. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 179-207.
64. Pitteri, S. J.; Chrisman, P. A.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2005, 77, 5662-9.
65. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Wirtala, M.; Schwartz, J. C.; Syka, J. E.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 477-85.
66. Vijay-Kumar, S.; Bugg, C. E.; Wilkinson, K. D.; Cook, W. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 3582-5.
67. Pan, J.; Heath, B. L.; Jockusch, R. A.; Konermann, L. Anal. Chem. 2012, 1, 373-78.