Spatially resolved protein hydrogen exchange measured by subzero-cooled chip-based nanoelectrospray ionization tandem mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 10, 2012, Pages 4467-4473

  Amon, Sabine ^a   Trelle, Morten B ^a   Jensen, Ole N ^a   Jørgensen, Thomas J D ^a  

^a UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE HYDROGENS; DEUTERATED PROTEINS; DEUTERATIONS; DEUTERIUM CONTENT; DYNAMIC BEHAVIORS; ELECTRON TRANSFER DISSOCIATION; EXCHANGE REACTION; FRAGMENT IONS; GASPHASE; HYDROGEN EXCHANGE; HYDROGEN SCRAMBLING; LOW LEVEL; NANOELECTROSPRAY IONIZATION; NANOELECTROSPRAY IONIZATION MASS SPECTROMETRY; PHYSIOLOGICAL CONDITION; SPATIALLY RESOLVED; SUB-ZERO TEMPERATURES; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TOPDOWN; UBIQUITIN;

AMIDES; DEUTERIUM; HYDROGEN; IONIZATION OF GASES; MASS SPECTROMETRY; STRUCTURAL DYNAMICS;

PROTEINS;

BETA 2 MICROGLOBULIN; DEUTERIUM; HYDROGEN; PROTEIN; UBIQUITIN;

ARTICLE; CHEMICAL ANALYSIS; CHEMISTRY; DEUTERIUM HYDROGEN EXCHANGE; NANOTECHNOLOGY; PH; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TEMPERATURE;

BETA 2-MICROGLOBULIN; CHEMISTRY TECHNIQUES, ANALYTICAL; DEUTERIUM; DEUTERIUM EXCHANGE MEASUREMENT; HYDROGEN; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; NANOTECHNOLOGY; PROTEINS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TEMPERATURE; UBIQUITIN;

EID: 84861181306     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac300268r     Document Type: Article

References (59)

1. James, L. C.; Roversi, P.; Tawfik, D. S. Science 2003, 299, 1362-1367
2. Hauge, C.; Antal, T. L.; Hirschberg, D.; Doehn, U.; Thorup, K.; Idrissova, L.; Hansen, K.; Jensen, O. N.; Jorgensen, T. J.; Biondi, R. M.; Frodin, M. EMBO J. 2007, 26, 2251-2261
3. Hindie, V.; Stroba, A.; Zhang, H.; Lopez-Garcia, L. A.; Idrissova, L.; Zeuzem, S.; Hirschberg, D.; Schaeffer, F.; Jorgensen, T. J. D.; Engel, M.; Alzari, P. M.; Biondi, R. M. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 758-764
4. Rand, K. D.; Jorgensen, T. J. D.; Olsen, O. H.; Persson, E.; Jensen, O. N.; Stennicke, H. R.; Andersen, M. D. J. Biol. Chem. 2006, 281, 23018-23024
5. Konermann, L.; Pan, J. X.; Liu, Y. H. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 1224-1234
6. Wales, T. E.; Engen, J. R. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 158-170
7. Milne, J. S.; Mayne, L.; Roder, H.; Wand, A. J.; Englander, S. W. Protein Sci. 1998, 7, 739-745
8. Katta, V.; Chait, B. T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 214-217
9. Zhang, Z.; Smith, D. L. Protein Sci. 1993, 2, 522-531
10. Johnson, R. S.; Walsh, K. A. Protein Sci. 1994, 3, 2411-2418
11. Emmett, M. R.; Kazazic, S.; Marshall, A. G.; Chen, W.; Shi, S. D. H.; Bolanos, B.; Greig, M. J. Anal. Chem. 2006, 78, 7058-7060
12. Abzalimov, R. R.; Kaplan, D. A.; Easterling, M. L.; Kaltashov, I. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1514-1517
13. Charlebois, J. P.; Patrie, S. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2003, 75, 3263-3266
14. Konermann, L.; Tong, X.; Pan, Y. J. Mass Spectrom. 2008, 43, 1021-1036
15. Pan, J.; Han, J.; Borchers, C. H.; Konermann, L. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 11574-11575
16. Pan, J. X.; Han, J.; Borchers, C. H.; Konermann, L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12801-12808
17. Pan, J. X.; Han, J.; Borchers, C. H.; Konermann, L. Anal. Chem. 2010, 82, 8591-8597
18. Pan, J. X.; Han, J.; Borchers, C. H.; Konermann, L. Anal. Chem. 2011, 83, 5386-5393
19. Stefanowicz, P.; Petry-Podgorska, I.; Kowalewska, K.; Jaremko, L.; Jaremko, M.; Szewczuk, Z. Biosci. Rep. 2010, 30, 91-99
20. Sterling, H. J.; Williams, E. R. Anal. Chem. 2010, 82, 9050-9057
21. Kaltashov, I. A.; Bobst, C. E.; Abzalimov, R. R. Anal. Chem. 2009, 81, 7892-7899
22. Rand, K. D.; Bache, N.; Nedertoft, M. M.; Jorgensen, T. J. D. Anal. Chem. 2011, 83, 8859-8862
23. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
24. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
25. Eyles, S. J.; Speir, J. P.; Kruppa, G. H.; Gierasch, L. M.; Kaltashov, I. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 495-500
26. Iavarone, A. T.; Jurchen, J. C.; Williams, E. R. Anal. Chem. 2001, 73, 1455-1460
27. Zhang, S.; Van Pelt, C. K.; Henion, J. D. Electrophoresis 2003, 24, 3620-3632
28. Van Pelt, C. K.; Zhang, S.; Henion, J. D. J. Biomol. Tech. 2002, 13, 72-84
29. Rand, K. D.; Zehl, M.; Jensen, O. N.; Jorgensen, T. J. D. Anal. Chem. 2009, 81, 5577-5584
30. Bai, Y.; Milne, J. S.; Mayne, L.; Englander, S. W. Proteins 1993, 17, 75-86
31. Brutscher, B.; Bruschweiler, R.; Ernst, R. R. Biochemistry 1997, 36, 13043-13053
32. Pan, Y. Q.; Briggs, M. S. Biochemistry 1992, 31, 11405-11412
33. Wilkinson, K. D.; Mayer, A. N. Arch. Biochem. Biophys. 1986, 250, 390-399
34. Hoerner, J. K.; Xiao, H.; Kaltashov, I. A. Biochemistry 2005, 44, 11286-11294
35. Katou, H.; Kanno, T.; Hoshino, M.; Hagihara, Y.; Tanaka, H.; Kawai, T.; Hasegawa, K.; Naiki, H.; Goto, Y. Protein Sci. 2002, 11, 2218-2229
36. Platt, G. W.; McParland, V. J.; Kalverda, A. P.; Homans, S. W.; Radford, S. E. J. Mol. Biol. 2005, 346, 279-294
37. Jorgensen, T. J. D.; Cheng, L.; Heegaard, N. H. H. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 268, 207-216
38. Bougault, C.; Feng, L. M.; Glushka, J.; Kupce, E.; Prestegard, J. H. J. Biomol. NMR 2004, 28, 385-390
39. Johnson, E. C.; Lazar, G. A.; Desjarlais, J. R.; Handel, T. M. Struct. Folding Des. 1999, 7, 967-976
40. Brand, T.; Cabrita, E. J.; Morris, G. A.; Gunther, R.; Hofmann, H. J.; Berger, S. J. Magn. Reson. 2007, 187, 97-104
41. Lange, O. F.; Lakomek, N. A.; Fares, C.; Schroder, G. F.; Walter, K. F. A.; Becker, S.; Meiler, J.; Grubmuller, H.; Griesinger, C.; de Groot, B. L. Science 2008, 320, 1471-1475
42. Bache, N.; Rand, K. D.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. D. Anal. Chem. 2008, 80, 6431-6435
43. Bache, N.; Rand, K. D.; Roepstorff, P.; Ploug, M.; Jorgensen, T. J. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1719-1725
44. Jorgensen, T. J. D.; Bache, N.; Roepstorff, P.; Gardsvoll, H.; Ploug, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1910-1919
45. Rand, K. D.; Adams, C. M.; Zubarev, R. A.; Jorgensen, T. J. D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 1341-1349
46. Rand, K. D.; Jorgensen, T. J. D. Anal. Chem. 2007, 79, 8686-8693
47. Rand, K. D.; Lund, F. W.; Amon, S.; Jorgensen, T. J. D. Int. J. Mass Spectrom. 2011, 302, 110-115
48. Rand, K. D.; Zehl, M.; Jensen, O. N.; Jorgensen, T. J. D. Anal. Chem. 2010, 82, 9755-9762
49. Zehl, M.; Rand, K. D.; Jensen, O. N.; Jorgensen, T. J. D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 17453-17459
50. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563-573
51. Horn, D. M.; Ge, Y.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 4778-4784
52. Rand, K. D.; Pringle, S. D.; Morris, M.; Engen, J. R.; Brown, J. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1784-1793
53. Keppel, T. R.; Jacques, M. E.; Young, R. W.; Ratzlaff, K. L.; Weis, D. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1472-1476
54. Sterling, H. J.; Daly, M. P.; Feld, G. K.; Thoren, K. L.; Kintzer, A. F.; Krantz, B. A.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1762-1774
55. Davidovic, M.; Mattea, C.; Qvist, J.; Halle, B. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1025-1036
56. Ibarra-Molero, B.; Makhatadze, G. I.; Sanchez-Ruiz, J. M. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1429, 384-390
57. Bielski, B. H. J.; Freed, S. Biochim. Biophys. Acta 1964, 89, 314 ff
58. Dunn, B. M.; Uversky, V. N. Curr. Protein Pept. Sci. 2009, 10, 408-415
59. Dempsey, C. E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7526-7534