Food Proteins and Peptides

Comprehensive Analytical Chemistry

Volumn 68, Issue , 2015, Pages 309-357

  Samperi, Roberto ^a   Capriotti, Anna Laura ^a   Cavaliere, Chiara ^a   Colapicchioni, Valentina ^a   Chiozzi, Riccardo Zenezini ^a   Laganà, Aldo ^a  

^a SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME   (Italy)

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Bioactive peptides; Biotic and abiotic stresses; Food processing; Food quality control; Food security; Liquid chromatography mass spectrometry; Quality and authentication; Safety

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EID: 84929316514     PISSN: 0166526X     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/B978-0-444-63340-8.00006-6     Document Type: Chapter

References (272)

1. Lederberg J., McCray A.T. Scientist 2001, 15:8-9.
2. James P., Rev Q. Biophys. 1997, 30:279-331.
3. Pandey A., Mann M. Nature 2000, 405:837-846.
4. Save and Grow. A Policymaker's Guide to the Sustainable Intensification of Smallholder Crop Production 2011, FAO, Rome. http://www.fao.org/ag/save-and-grow/.
5. Global Food Losses and Food Waste. Extent, Causes and Prevention. Food 2011, FAO, Agriculture Organization of the United Nations, Rome. http://www.fao.org/docrep/014/mb060e/mb060e00.pdf.
6. Cifuentes A. J. Chromatogr. A 2009, 1216:7109-7110.
7. Herrero M., Simó C., García-Cañas V., Ibáñez E., Cifuentes A. Mass Spectrom. Rev. 2012, 31:49-69.
8. Panagiotou G., Nielsen J. Annu. Rev. Nutr. 2009, 29:329-339.
9. Picariello G., Mamone G., Nitride C., Addeo F., Ferranti P. Trends Anal. Chem. 2013, 52:120-134.
10. Gordon J.I. Science 2012, 336:1251-1253.
11. Ewaschuk J.B., Diaz H., Meddings L., Diederichs B., Dmytrash A., Backer J., Looijer-van Langen M., Madsen K.L. Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. 2008, 295:G1025-G1034.
12. Kelleher N.L. Anal. Chem. 2004, 76:196A-203A.
13. Reid G.E., McLuckey S.A. J. Mass Spectrom. 2002, 37:663-675.
14. Capriotti A.L., Cavaliere C., Foglia P., Samperi R., Laganà A. J. Chromatogr. A 2011, 1218:8760-8776.
15. Černý M., Skalák J., Cerna H., Brzobohatý B. J. Proteomics 2013, 92:2-27.
16. Tran J.C., Zamdborg L., Ahlf D.R., Lee J.E., Catherman A.D., Durbin K.R., Tipton J.D., Vellaichamy A., Kellie J.F., Li M., Wu C., Sweet S.M.M., Early B.P., Siuti N., Leduc R.D., Compton P.D., Thomas P.M., Kelleher N.L. Nature 2011, 480:254-258.
17. Han X., Jin M., Breuker K., McLafferty F.W. Science 2006, 314:109-112.
18. Macek B., Waanders L.F., Olsen J.V., Mann M. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5:949-958.
19. Page J.S., Tang K., Smith R.D. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 265:244-250.
20. Dixon R.B., Muddiman D.C., Hawkridge A.M., Fedorov A.G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18:1909-1913.
21. Liu J., Huang T.Y., McLuckey S.A. Anal. Chem. 2009, 81:1433-1441.
22. Fagerquist C.K., Garbus B.R., Miller W.G., Williams K.E., Yee E., Bates A.H., Boyle S., Harden L.A., Cooley M.B., Mandrell R.E. Anal. Chem. 2010, 82:2717-2725.
23. Klose J. J. Hum. Genet. 1975, 26:231-243.
24. O'Farrell P.H. J. Biol. Chem. 1975, 250:4007-4021.
25. Bjellqvist B., Ek K., Righetti P.G., Gianazza E., Görg A., Westermeier R., Postel W. J. Biochem. Biophys. Meth. 1982, 6:317-339.
26. Reynolds J.A., Tanford C. J. Biol. Chem. 1970, 245:5161-5165.
27. Görg A., Weiss W., Dunn M.J. Proteomics 2004, 4:3665-3685.
28. Hoving S., Voshol H., van Ostrum J. Electrophoresis 2000, 21:2617-2621.
29. Wildgruber R., Harder A., Obermaier C., Boguth G., Weiss W., Fey S.J., Larsen P.M., Görg A. Electrophoresis 2000, 21:2610-2616.
30. Dowsey A.W., Dunn M.J., Yang G.Z. Proteomics 2003, 3:1567-1596.
31. Anderson N.L., Anderson N.G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1:845-867.
32. Wilkins M.R., Gasteiger E., Sanchez J.C., Bairoch A., Hochstrasser D.F. Electrophoresis 1998, 19:1501-1505.
33. Corthals G.L., Wasinger V.C., Hochstrasser D.F., Sanchez J.C. Electrophoresis 2000, 21:1104-1115.
34. Marengo E., Robotti E., Bobba M. Curr. Proteomics 2007, 4:53-66.
35. Ünlü M., Morgan M.E., Minden J.S. Electrophoresis 1997, 18:2071-2077.
36. Alban A., David S.O., Bjorkesten L., Andersson C., Sloge E., Lewis S., Currie I. Proteomics 2003, 3:36-44.
37. Shaw J., Rowlinson R., Nickson J., Stone T., Sweet A., Williams K., Tonge R. Proteomics 2003, 3:1181-1195.
38. Görg A., Weiss W. Methods Mol. Biol. 1999, 112:189-195.
39. Görg A., Obermaier C., Boguth G., Harder A., Scheibe B., Wildgruber R., Weiss W. Electrophoresis 2000, 21:1037-1053.
40. Gygi S.P., Corthals G.L., Zhang Y., Rochon Y., Aebersold R. Proc. Natl. Acad. Sci. 2000, 17:9390-9395.
41. Panchaud A., Affolter M., Moreillon P., Kussmann M. J. Proteomics 2008, 71:19-33.
42. Görg A., Drews O., Lück C., Weiland F., Weiss W. Electrophoresis 2009, 30:S122-S132.
43. Billeci T.M., Stults J.T. Anal. Chem. 1993, 65:1709-1716.
44. Mann M., Hojrup P., Roepstorff P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22:338-345.
45. Pappin D.J., Hojrup P., Bleasby A.J. Curr. Biol. 1993, 3:327-332.
46. James P., Quadroni M., Carafoli E., Gonnet G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993, 195:58-64.
47. Yates J.R., Speicher S., Griffin P.R., Hunkapiller T. Anal. Biochem. 1993, 214:397-408.
48. Mann M., Wilm M. Anal. Chem. 1994, 66:4390-4399.
49. Eng J.K., McCormack A.L., Yates J.R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5:976-989.
50. Kubota K., Kosaka T., Ichikawa K. J. Chromatogr. B 2005, 815:3-9.
51. Shevchenko A., Loboda A., Shevchenko A., Ens W., Standing K.G. Anal. Chem. 2000, 72:2132-2141.
52. Medzihradszky K.F., Campbell J.M., Baldwin M.A., Falick A.M., Juhasz P., Vestal M.L., Burlingame A.L. Anal. Chem. 2000, 72:552-558.
53. Perkins D.N., Pappin D.J., Creasy D.M., Cottrel J.S. Electrophoresis 1999, 20:3551-3567.
54. Hurkman W.J., Tanaka C.K. J. Cereal Sci. 2004, 40:295-299.
55. Rose J.K.C., Bashir S., Giovannoni J.J., Jahn M.M., Saravanan R.S. Plant J. 2004, 39:715-733.
56. Sentandreu M.A., Fraser P.D., Halket J., Patel R., Bramley P.M. J. Proteome Res. 2010, 9:3374-3383.
57. Barkla B.J., Vera-Estrella R., Hernández-Coronado M., Pantoja O. Plant Cell 2009, 21:4044-4058.
58. Fercha A., Capriotti A.L., Caruso G., Cavaliere C., Gherroucha H., Samperi R., Stampachiacchiere S., Laganà A. J. Proteomics 2013, 91:486-499.
59. Ephritikhine G., Ferro M., Rolland N. Plant Physiol. Biochem. 2004, 42:943-962.
60. Bodzon-Kulakowska A., Bierczynska-Krzysik A., Dylag T., Drabik A., Suder P., Noga M., Jarzebinska J., Silberring J. J. Chromatogr. B 2007, 849:1-31.
61. Cavaliere C., Cucci F., Guarino C., Gubbiotti R., Samperi R., Laganà A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22:1159-1167.
62. Ahmed N., Rice G.E. J. Chromatogr. B 2005, 815:39-50.
63. Cox B., Emili A. Nat. Protoc. 2006, 1:1872-1878.
64. Burgess R.R. Methods Enzymol. 2009, 463:331-342.
65. Mohayeji M., Capriotti A.L., Cavaliere C., Piovesana S., Samperi R., Stampachiacchiere S., Toorchi M., Laganà A. J. Proteomics 2014, 99:101-110.
66. Capriotti A.L., Borrelli G.M., Colapicchioni V., Papa R., Piovesana S., Samperi R., Stampachiacchiere S., Laganà A. Anal. Bioanal. Chem. 2014, 406:1423-1435.
67. Capriotti A.L., Caruso G., Cavaliere C., Foglia P., Piovesana S., Samperi R., Laganà A. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405:9301-9309.
68. Capriotti A.L., Caruso G., Cavaliere C., Piovesana S., Samperi R., Laganà A. Anal. Chim. Acta 2013, 776:57-63.
69. Capriotti A.L., Cavaliere C., Foglia P., Piovesana S., Samperi R., Stampachiacchiere S., Laganà A. Anal. Chim. Acta 2013, 800:36-42.
70. Ganesh V., Hettiarachchy N.S. Biochim. Biophys. Acta 2012, 1824:1107-1117.
71. Zhu P., Boweden P., Zhang D., Marshall J.G. Mass Spectrom. Rev. 2011, 30:685-732.
72. Chertov O., Biragyn A., Kwak L.W., Simpson J.T., Boronina T., Hoang V.M., Prieto D.A., Conrads T.P., Veenstra T.D., Fisher R.J. Proteomics 2004, 4:1195-1203.
73. Krishnan H.B., Natarajan S.S. Phytochemistry 2009, 70:1958-1964.
74. Zheng X., Baker H., Hancock W.S. J. Chromatogr. A 2006, 1120:173-184.
75. Tirumalai R.S., Chan K.C., Prieto D.A., Issaq H.J., Conrads T.P., Veenstra T.D. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2:1096-1103.
76. Capriotti A.L., Caruso G., Cavaliere C., Piovesana S., Samperi R., Laganà A. Anal. Chim. Acta 2012, 740:58-65.
77. Koomen J.M., Li D., Xiao L., Liu T.C., Coombes K.R., Abbruzzese J., Kobayashi R. J. Proteome Res. 2005, 4:972-981.
78. Hu L., Boos K.S., Ye M., Wu R., Zou H. J. Chromatogr. A 2009, 1216:5377-5384.
79. Tian R., Zhang H., Ye M., Jiang X., Hu L., Li X., Bao X., Zou H. Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46:962-965.
80. Marshall J., Jankowski A., Furesz S., Kireeva I., Barker L., Dombrovsky M., Zhu W., Jacks K., Ingratta L., Bruin J., Kristensen E., Zhang R., Stanton E., Takahashi M., Jackowski G. J. Proteome Res. 2004, 3:364-382.
81. Gong Y., Li X., Yang B., Ying W., Li D., Zhang Y., Dai S., Cai Y., Wang J., He F., Qian X. J. Proteome Res. 2006, 5:1379-1387.
82. Pieper R., Su Q., Gatlin C.L., Huang S.T., Anderson N.L., Steiner S. Proteomics 2003, 3:422-432.
83. Brand J., Haslberger T., Zolg W., Pestlin G., Palme S. Proteomics 2006, 6:3236-3242.
84. Sennels L., Salek M., Lomas L., Boschetti E., Righetti P.G., Rappsilber J. J. Proteome Res. 2007, 6:4055-4062.
85. Luchini A., Geho D.H., Bishop B., Tran D., Xia C., Dufour R.L., Jones C.D., Espina V., Patanarut A., Zhou W., Ross M.M., Tessitore A., Petricoin E.F., Liotta L.A. Nano Lett. 2008, 8:350-361.
86. Rainczuk A., Meehan K., Steer D.L., Stanton P.G., Robertson D.M., Stephens A.N. Proteomics 2010, 10:332-336.
87. Tamburro D., Fredolini C., Espina V., Douglas T.A., Ranganathan A., Muto G., Luchini A. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133:19178-19188.
88. Whiteaker J.R., Zhang H., Eng J.K., Fang R., Piening B.D., Feng L.C., Lorentze T.D., Schoenherr R.M., Keane J.F., Holzman T., Fitzgibbon M., Lin C., Zhang H., Cooke K., Liu T., Camp D.G., Anderson L., Watts J., Smith R.D., McIntosh M.W., Paulovich A.G. J. Proteome Res. 2007, 6:828-836.
89. Olsen J.V., Mann M. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12:3444-3452.
90. Silva A.M.N., Vitorino R., Domingues M.R.M., Spickett C.M., Domingues P. Free Radic. Biol. Med. 2013, 65:925-941.
91. Fonslow B.R., Yates J.R. Proteolytic digestion methods for shotgun proteomics. Comprehensive Sampling and Sample Preparation 2012, vol. 3:261-276. Elsevier. J. Pawliszyn (Ed.).
92. Capriotti A.L., Caracciolo G., Cavaliere C., Crescenzi C., Pozzi D., Laganà A. Anal. Bioanal. Chem. 2011, 401:1195-1202.
93. Iwasaki M., Sugiyama N., Tanaka N., Ishihama Y. J. Chromatogr. A 2012, 1228:292-297.
94. Pirmoradian M., Budamgunta H., Chingin K., Zhang B., Astorga-Wells J., Zubarev R.A. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12:3330-3338.
95. Tu C., Mammen M.J., Li J., Shen X., Jiang X., Hu Q., Wang J., Sethi S., Qu J. J. Proteome Res. 2014, 13:627-639.
96. Hsieh E.J., Bereman M.S., Durand S., Valaskovic G.A., MacCoss M.J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24:148-153.
97. de Godoy L.M.F., Olsen J.V., de Souza G.A., Li G., Mortensen P., Mann M. Genome Biol. 2006, 7:R50-R50.15.
98. Cargile B.J., Sevinsky J.R., Essader A.S., Stephenson J.L., Bundy J.L. Biomol. Tech. 2005, 16:181-189.
99. Chen J., Lee C.S., Shen Y., Smith R.D., Baehrecke E.H. Electrophoresis 2002, 23:3143-3148.
100. Opiteck G.J., Jorgenson J.W., Anderegg R.J. Anal. Chem. 1997, 69:2283-2291.
101. Washburn M.P., Wolters D., Yates J.R. Nat. Biotechnol. 2001, 19:242-247.
102. Wolters D.A., Washburn M.P., Yates J.R. Anal. Chem. 2001, 73:5683-5690.
103. Mawuenyega K.G., Kaji H., Yamuchi Y., Shinkawa T., Saito H., Taoka M., Takahashi N., Isobe T. J. Proteome Res. 2003, 2:23-35.
104. Toll H., Oberachera H., Swart R., Huber C.G. J. Chromatogr. A 2005, 1079:274-286.
105. Gilar M., Olivova P., Daly A.E., Gebler J.C. Anal. Chem. 2005, 77:6426-6434.
106. Callipo L., Capriotti A.L., Cavaliere C., Gubbiotti R., Samperi R., Laganà A. Biomed. Chromatogr. 2011, 25:594-599.
107. Motoyama A., Yates J.R. Anal. Chem. 2008, 80:7187-7193.
108. Tang J., Gao M., Deng C., Zhang X. J. Chromatogr. B 2008, 866:123-132.
109. Link A.J., Eng J., Schieltz D.M., Carmack E., Mize G.J., Morris D.R., Garvik B.M., Yates J.R. Nat. Biotech. 1999, 17:676-682.
110. Figeys D., Ducret A., Yates J.R., Aebersold R. Nat. Biotech. 1996, 14:1579-1583.
111. Choudhary G., Wu S.-L., Shieh P., Hancock W.S. J. Proteome Res. 2003, 2:59-67.
112. Higgs R.E., Knierman M.D., Gelfanova V., Butler J.P., Hale J.E. J. Proteome Res. 2005, 4:1442-1450.
113. Smith R.D., Anderson G.A., Lipton M.S., Pasa-Tolic L., Shen Y., Conrads T.P., Veenstra T.D., Udseth H.R. Proteomics 2002, 2:513-523.
114. Chassaigne H., Nørgaard J.V., Van Hengel A.J. J. Agric. Food Chem. 2007, 55:4461-4473.
115. Stapels M.D., Barofsky D.F. Anal. Chem. 2004, 76:5423-5430.
116. Cotter R.J., Griffith W., Jelinek C. J. Chromatogr. B 2007, 855:2-13.
117. Pan S., Aebersold R., Chen R., Rush J., Goodlett D.R., McIntosh M.W., Zhang J., Brentnall T.A. J. Proteome Res. 2009, 8:787-797.
118. Chen W., Lee P.J., Shion H., Ellor N., Gebler J.C. Anal. Chem. 2007, 79:1583-1590.
119. Krutchinsky A.N., Kalkum M., Chait B.T. Anal. Chem. 2001, 73:5066-5077.
120. Hu Q., Noll R.J., Li H., Makarov A., Hardmanc M., Cooksa R.G. J. Mass Spectrom. 2005, 40:430-443.
121. Olsen J.V., de Godoy L.M.F., Li G., Macek B., Mortensen P., Pesch R., Makarov A., Lange O., Horning S., Mann M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4:2010-2021.
122. Olsen J.V., Schwartz J.C., Griep-Raming J., Nielsen M.L., Damoc E., Denisov E., Lange O., Remes P., Taylor D., Splendore M., Wouters E.R., Senko M., Makarov A., Mann M., Horning S. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8:2759-2769.
123. Nagaraj N., Kulak N.A., Cox J., Neuhauser N., Mayr K., Hoerning O., Vorm O., Mann M. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11. M111.013722-1-M111.013722-11.
124. Hebert A.S., Richards A.L., Bailey D.J., Ulbrich A., Coughlin E.E., Westphall M.S., Coon J.J. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13:339-347.
125. Senko M.W., Remes P.M., Canterbury J.D., Mathur R., Song Q., Eliuk S.M., Mullen C., Earley L., Hardman M., Blethrow J.D., Bui H., Specht A., Lange O., Denisov E., Makarov A., Horning S., Zabrouskov V. Anal. Chem. 2013, 85:11710-11714.
126. Zubarev R.A., Makarov A. Anal. Chem. 2013, 85:5288-5296.
127. Kalli A., Hess S. Proteomics 2012, 12:21-31.
128. Cox J., Neuhauser N., Michalski A., Scheltema R.A., Olsen J.V., Mann M. J. Proteome Res. 2011, 10:1794-1805.
129. Higdon R., Hogan J.M., Kolker N., Van Belle G., Kolker E. Omics 2007, 11:351-365.
130. Keller A., Nesvizhskii A.I., Kolker E., Aebersold R. Anal. Chem. 2002, 74:5383-5392.
131. Yocum A.K., Yu K., Oe T., Blair I.A. J. Proteome Res. 2005, 4:1722-1731.
132. Moore R.E., Young M.K., Lee T.D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13:378-386.
133. Käll L., Canterbury J.D., Weston J., Noble W.S., MacCoss M.J. Nat. Methods 2007, 4:923-925.
134. O'Donovan C., Martin M.J., Gattiker A., Gasteiger E., Bairoch A., Apweiler R. Brief. Bioinform. 2002, 3:275-284.
135. Boeckmann B., Bairoch A., Apweiler R., Blatter M.C., Estreicher A., Gasteiger E., Martin M.J., Michoud K., O'Donovan C., Phan I., Pilbout S., Schneider M. Nucleic Acids Res. 2003, 31:365-370.
136. Garcia Castro A., Thoraval S., Garcia L.J., Ragan M.A. BMC Bioinform. 2005, 6:87.
137. Keller A., Eng J., Zhang N., Li X., Aebersold R. Mol. Syst. Biol. 2005, 1:0017.
138. Palagi P.M., Hernandez P., Walther D., Appel R.D. Proteomics 2006, 6:5435-5444.
139. Elias J.E., Haas W., Faherty B.K., Gygi S.P. Nat. Methods 2005, 2:667-675.
140. Perez-Riverol Y., Wang R., Hermjakob H., Müller M., Vesada V., Vizcaíno J.A. Biochim. Biophys. Acta 2014, 1844:63-76.
141. Shteynberg D., Nesvizhskii A.I., Moritz R.L., Deutsch E.W. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12:2383-2393.
142. Hoopmann M.R., Moritz R.L. Curr. Opin. Biotechnol. 2013, 24:31-38.
143. Listgarten J., Emili A. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4:419-434.
144. Lam H., Aebersold R. Methods 2011, 54:424-431.
145. Pasa-Tolic L., Jensen P.K., Anderson G.A., Lipton M.S., Peden K.K., Martinovic S., Tolic N., Bruce J.E., Smith R.D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121:7949-7950.
146. Oda Y., Huang K., Cross F.R., Cowburn D., Chait B.T. Proc. Natl. Acad. Sci. 1999, 96:6591-6596.
147. Gygi S.P., Rist B., Gerber S.A., Turecek F., Gelb M.B., Aebersold R. Nat. Biotechnol. 1999, 17:994-999.
148. Wilm M. Proteomics 2009, 9:4590-4605.
149. Gevaert K., Impens F., Ghesquière B., Van Damme P., Lambrechts A., Vandekerckhove J. Proteomics 2008, 8:4873-4885.
150. Ross P.L., Huang Y.N., Marchese J.N., Williamson B., Parker K., Hattan S., Khainovski N., Pillai S., Dey S., Daniels S., Purkayastha S., Juhasz P., Martin S., Bartlet-Jones M., He F., Jacobson A., Pappin D.J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3:1154-1169.
151. Bondarenko P.V., Chelius D., Shaler T.A. Anal. Chem. 2002, 74:4741-4749.
152. Chelius D., Bondarenko P.V. J. Proteome Res. 2002, 1:317-323.
153. Liu H., Sadygov R.G., Yates J.R. Anal. Chem. 2004, 76:4193-4201.
154. Matzke M.M., Brown J.N., Gritsenko M.A., Metz T.O., Pounds J.G., Rodland K.D., Shukla A.K., Smith R.D., Waters K.M., McDermott J.E., Webb-Robertson B.J. Proteomics 2013, 13:493-503.
155. Bantscheff M., Schirle M., Sweetman G., Rick J., Kuster B. Anal. Bioanal. Chem. 2007, 389:1017-1031.
156. Neilson K.A., Ali N.A., Muralidharan S., Mirzaei M., Mariani M., Assadourian G., Lee A., van Sluyter S.C., Haynes P.A. Proteomics 2011, 11:535-553.
157. Megger D.A., Bracht T., Meyer H.E., Sitek B. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1834:1581-1590.
158. Sandin M., Teleman J., Malmström J., Levander F. Biochim. Biophys. Acta 2014, 1844:29-41.
159. Villanueva J., Carrascal M., Abian J. J. Proteomics 2014, 96:184-199.
160. Boggess M.V., Lippolis J.D., Hurkman W.J., Fagerquist C.K., Briggs S.P., Gomes A.V., Righetti P.G., Bala K. J. Proteomics 2013, 93:20-39.
161. Champagne A., Boutry M. Proteomics 2013, 13:663-673.
162. Carpentler S.C., Panis B., Vertommen A., Swennen R., Sergeant K., Renaut J., Laukens K., Witters E., Samyn B., Devreese B. Mass Spectrom. Rev. 2008, 27:354-377.
163. Yu J., Hu S., Wang J., Wong G.K., Li S., Liu B., Deng Y., Dai L., Zhou Y., Zhang X., Cao M., Liu J., Sun J., Tang J., Chen Y., Huang X., Lin W., Ye C., Tong W., Cong L., Geng J., Han Y., Li L., Li W., Hu G., Huang X., Li W., Li J., Liu Z., Li L., Liu J., Qi Q., Liu J., Li L., Li T., Wang X., Lu H., Wu T., Zhu M., Ni P., Han H., Dong W., Ren X., Feng X., Cui P., Li X., Wang H., Xu X., Zhai W., Xu Z., Zhang J., He S., Zhang J., Xu J., Zhang K., Zheng X., Dong J., Zeng W., Tao L., Ye J., Tan J., Ren X., Chen X., He J., Liu D., Tian W., Tian C., Xia H., Bao Q., Li G., Gao H., Cao T., Wang J., Zhao W., Li P., Chen W., Wang X., Zhang Y., Hu J., Wang J., Liu S., Yang J., Zhang G., Xiong Y., Li Z., Mao L., Zhou C., Zhu Z., Chen R., Hao B., Zheng W., Chen S., Guo WLi Z., Mao L., Zhou C., Zhu Z., Chen R., Hao B., Zheng W., Chen S., Guo W., Li G., Liu S., Tao M., Wang J., Zhu L., Yuan L., Yang H. Science 2002, 296:79-92.
164. Goff S.A., Ricke D., Lan T.H., Presting G., Wang R., Dunn M., Glazebrook J., Sessions A., Oeller P., Varma H., Hadley D., Hutchison D., Martin C., Katagiri F., Lange B.M., Moughamer T., Xia Y., Budworth P., Zhong J., Miguel T., Paszkowski U., Zhang S., Colbert M., Sun W.L., Chen L., Cooper B., Park S., Wood T.C., Mao L., Quail P., Wing R., Dean R., Yu Y., Zharkikh A., Shen R., Sahasrabudhe S., Thomas A., Cannings R., Gutin A., Pruss D., Reid J., Tavtigian S., Mitchell J., Eldredge G., Scholl T., Miller R.M., Bhatnagar S., Adey N., Rubano T., Tusneem N., Robinson R., Feldhaus J., Macalma T., Oliphant A., Briggs S. Science 2002, 296:92-100.
165. Agrawal G.K., Pedreschi R., Barkla B.J., Bindschedler L.V., Cramer R., Sarkar A., Renaut J., Job D., Rakwal R. J. Proteomics 2012, 75:4588-4601.
166. Plant Proteomics: Methods and Protocols 2007, Humana Press, Totowa, New Jersey. H. Thiellement, M. Zivy, C. Damerval, V. Mechin (Eds.).
167. Bindschedler L.V., Cramer R. Proteomics 2011, 11:756-775.
168. Agrawal G.K., Sarkar A., Righetti P.G., Pedreschi R., Carpentier S., Wang T., Barkla B.J., Kohli A., Ndimba B.K., Bykova N.V., Rampitsch C., Zolla L., Rafudeen M.S., Cramer R., Bindschedler L.V., Tsakirpaloglou N., Ndimba R.J., Farrant J.M., Renaut J., Job D., Kikuchi S., Rakwal R. Mass Spectrom. Rev. 2013, 32:335-365.
169. Kosová K., Vítámvás P., Prášil I.T., Renaut J. J. Proteomics 2011, 74:1301-1322.
170. Abreu I.A., Farinha A.P., Negrão S., Gonçalves N., Fonseca C., Rodrigues M., Batista R., Saibo N.J.M., Oliveira M.M. J. Proteomics 2013, 93:145-168.
171. Kim S.T., Kim S.G., Agrawal G.K., Kikuchi S., Rakwal R. Proteomics 2014, 14:593-610.
172. Singh R., Jwa N.S. J. Proteome Res. 2013, 12:4652-4669.
173. Pechanova O., Takáč T., J.Samaj, Pechan T. Proteomics 2013, 13:637-662.
174. Hossain Z., Khatoon A., Komatsu S. J. Proteome Res. 2013, 12:4670-4684.
175. Alvarez S., Choudhury S.R., Pandey S. J. Proteome Res. 2014, 13:1688-1701.
176. Rampitsch C., Bykova N.V. Proteomics 2012, 12:673-690.
177. Mazzeo M.F., Cacace G., Ferriello F., Puopolo G., Zoina A., Ercolano M.R., Siciliano R.A. Plant Physiol. Biochem. 2014, 74:42-49.
178. Li X., Bai T., Li Y., Ruan X., Li H. Proteome Sci. 2013, 11:41.
179. Sun C., Wang L., Hu D., Maquina Riquicho A.R., Liu T., Hou X., Li Y. J. Proteomics 2014, 98:15-30.
180. Molassiotis A., Tanou G., Filippou P., Fotopoulos V. Proteomics 2013, 13:1871-1884.
181. Di Carli M., Benvenuto E., Donini M. J. Proteome Res. 2012, 11:4765-4780.
182. Corrado G., Alagna F., Rocco M., Renzone G., Varricchio P., Coppola V., Coppola M., Garonna A., Baldoni L., Scaloni A., Rao R. BMC Plant Biol. 2012, 12:86.
183. Ferry N., Stavroulakis S., Guan W., Davison G.M., Bell H.A., Weaver R.J., Down R.E., Gatehouse J.A., Gatehouse A.M. Proteomics 2011, 11:1985-2002.
184. Pedreschi R., Lurie S., Hertog M., Nicolaï B., Mes J., Woltering E. Proteomics 2013, 13:1772-1783.
185. Lemaire-Chamley M., Petit J., Garcia V., Just D., Baldet P., Germain V., Fagard M., Mouassite M., Cheniclet C., Rothan C. Plant Physiol. 2005, 139:750-769.
186. Rocco M., D'Ambrosio C., Arena S., Faurobert M., Scaloni A., Marra M. Proteomics 2006, 6:3781-3791.
187. Nogueira S.B., Labate C.A., Gozzo F.C., Pilau E.J., Lajolo F.M., Oliveira do Nascimento J.R. J. Proteomics 2012, 75:1428-1439.
188. De Magalhaes Andrade J., Torres Toledo T., Nogueira S.B., Cordenunsi B.R., Lajolo F.M., Olivera do Nascimento J.R. J. Proteomics 2012, 75:3331-3341.
189. Torres-Toledo T., Beserra Nogueira S., Cordenunsi B.R., Gozzo F.C., Pilau E.J., Lajolo F.M., Olivera do Nascimento J.R. Postharvest Biol. Technol. 2012, 70:51-58.
190. Zhang L., Yu Z., Jiang L., Jiang J., Luo H., Fu L. J. Proteomics 2011, 74:1135-1349.
191. Rajjou L., Lovigny Y., Groot S.P., Belghazi M., Job C., Job D. Plant Physiol. 2008, 148:620-641.
192. Herrero M., Thornton P.K. Proc. Natl. Acad. Sci. 2013, 110:20878-20881.
193. Bendixen E., Danielsen M., Hollung K., Gianazza E., Miller I. J. Proteomics 2011, 74:282-293.
194. J. Proteomics 2012, 75(14).
195. Eckersall P.D., de Almeida A.M., Miller I. J. Proteomics 2012, 75:4187-4189.
196. Rodrigues P.M., Silva T.S., Dias J., Jessen F. J. Proteomics 2012, 75:4325-4345.
197. Hlaváč D., Adámek Z., Hartman P., Másílko J. Aquac. Int. 2014, 22:299-320.
198. Valdés A., Simó C., Ibáñez C., García-Cañas V. Trends Anal. Chem. 2013, 52:2-15.
199. García-Cañas V., Simó C., León C., Ibáñez E., Cifuentes A. Mass Spectrom. Rev. 2011, 30:396-416.
200. Gallardo J.M., Ortea I., Carrera M. Trends Anal. Chem. 2013, 52:135-141.
201. Paredi G., Raboni S., Bendixen E., de Almeida A.M., Mozzarelli A. J. Proteomics 2012, 75:4275-4289.
202. D'Alessandro A., Zolla L. J. Proteomics 2013, 78:558-577.
203. de Almeida A.M., Bendixen E. J. Proteomics 2012, 75:4296-4314.
204. Doherty M.K., McLean L., Hayter J.R., Pratt J.M., Robertson D.H.L., El-Shafei A., Gaskell S.J., Beynon R.J. Proteomics 2004, 4:2082-2093.
205. Hazard D., Fernandez X., Pinguet J., Chambon C., Letisse F., Portais J.C., Wadih-Moussa Z., Rémignon H., Molette C. J. Anim. Sci. 2011, 89:2717-2730.
206. Almeida A.M., Campos A., Francisco R., van Harten S., Cardoso L.A., Coelho A.V. Anim. Genet. 2010, 41:260-272.
207. Pischetsrieder M., Baeuerlein R. Chem. Soc. Rev. 2009, 38:2600-2608.
208. Leitner A., Castro-Rubio F., Marina M.L., Lindner W. J. Proteome Res. 2006, 5:2424-2430.
209. Montowska M., Pospiech E. Food Chem. 2013, 136:1461-1469.
210. Roncada P., Piras C., Soggiu A., Turk R., Urbani A., Bonizzi L. J. Proteomics 2012, 75:4259-4274.
211. Affolter M., Grass L., Vanrobaeys F., Casado B., Kussmann M. J. Proteomics 2010, 73:1079-1088.
212. Chiaradia E., Valiani A., Tartaglia M., Scoppetta F., Renzone G., Arena S., Avellini L., Benda S., Gaiti A., Scaloni A. J. Proteomics 2013, 83:144-159.
213. Calvano C.D., Monopoli A., Loizzo P., Faccia M., Zambonin C. J. Agric. Food Chem. 2013, 61:1609-1617.
214. D'Ambrosio C., Arena S., Scaloni A., Guerrier L., Boschetti E., Mendieta M.E., Citterio A., Righetti P.G. J. Proteome Res. 2008, 7:3461-3474.
215. Mann K., Mann M. Proteome Sci. 2011, 9:7.
216. Qiu N., Ma M., Zhao L., Liu W., Li Y., Mine Y. J. Agric. Food Chem. 2012, 60:7746-7753.
217. Forné I., Abián J., Cerdá J. Proteomics 2010, 10:858-872.
218. Lieschke G.J., Currie P.D. Nat. Rev. Genet. 2007, 8:353-367.
219. Sanchez B.C., Ralston-Hooper K., Sepúlveda M.S. Environ. Toxicol. Chem. 2011, 30:274-282.
220. Ralston-Hooper K.J., Turner M.E., Soderblom E.J., Villeneuve D., Ankley G.T., Moseley M.A., Hoke R.A., Ferguson P.L. Environ. Sci. Technol. 2013, 47:1091-1100.
221. S. Artigaud, R. Lavaud, J. Thébault, F. Jean, Ø. Strand, T. Strohmeier, M. Milan, V. Pichereau, J. Proteomics, in press.
222. Lemeer S., Jopling C., Gouw J., Mohammed S., Heck A.J.R., Slijper M., den Hertog J. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7:2176-2187.
223. Zhong X., Xu Y., Liang Y., Liao T., Wang J. Aquat. Toxicol. 2005, 71:85-95.
224. Carrera M., Cañas B., Gallardo J.M. J. Proteomics 2013, 78:211-220.
225. Carrera M., Cañas B., Gallardo J.M. Food Res. Int. 2013, 54:972-979.
226. Kolditz C.-I., Paboeuf G., Borthaire M., Esquerré D., SanCristobal M., Lefèvre F., Médale F. BMC Genomics 2008, 9:506.
227. Alves R.N., Cordeiro O., Silva T.S., Richard N., de Vareilles M., Marino G., Di Marco P., Rodrigues P.M., Conceição L.E.C. Aquaculture 2010, 299:57-66.
228. Morzel M., Chambon C., Lefevre F., Paboeuf G., Laville E. J. Agric. Food Chem. 2006, 54:2997-3001.
229. Veiseth-Kent E., Grove H., Faergestad E.M., Fjaera S.O. Aquaculture 2010, 309:272-279.
230. Panchaud A., Affolter M., Kussmann M. J. Proteomics 2012, 75:3546-3559.
231. Udenigwe C.C., Aluko R.E. J. Food Sci. 2012, 77:R11-R24.
232. Signoretto C., Canepari P., Stauder M., Vezzulli L., Pruzzo C. Curr. Opin. Biotechnol. 2012, 23:160-167.
233. Turpeinen A.M., Järvenpää S., Kautiainen H., Korpela R., Vapaalo H. Ann. Med. 2013, 45:51-56.
234. Huang W.-Y., Davidge S.T., Wu J. Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 2013, 53:615-630.
235. Marques C., Amorim M.M., Odila Pereira J., Estevez Pintado M., Moura D., Calhau C., Pinheiro H. Curr. Pharm. Des. 2012, 18:4706-4713.
236. Lordan S., Ross R.P., Stanton C. Mar. Drugs 2011, 9:1056-1100.
237. D'Orazio N., Gammone M.A., Gemello E., De Girolamo M., Cusenza S., Riccioni G. Mar. Drugs 2012, 10:812-833.
238. Power O., Jakeman P., Fitzgerald R.J. Amino Acids 2013, 44:797-820.
239. Samaranayaka A.G.P., Li-Chan E.C.Y. J. Funct. Food 2011, 3:229-254.
240. Zhang C., Li X., Se-K K. Food Sci. Biotechnol. 2012, 21:625-631.
241. Toldrá F., Aristoy M.-C., Mora L., Reig M. Meat Sci. 2012, 92:290-296.
242. Zambrowicz A., Timmer M., Polanowski A., Lubec G., Trziszka T. Amino Acids 2013, 44:315-320.
243. Hartmann R., Meisel H. Curr. Opin. Biotechnol. 2007, 18:163-169.
244. Udenigwe C.C. Trends Food Sci. Technol. 2014, 36:137-143.
245. Carrasco-Castilla J., Hernandez-Alvarez A.J., Jimenez-Martinez C., Gutierrez-Lopez G.F., Davila-Ortiz G. Food Eng. Rev. 2012, 4:224-243.
246. Korhonen H., Pihlanto A. Curr. Pharm. Des. 2003, 9:1297-1308.
247. Möller N.P., Scholz-Ahrens K.E., Roos N., Schrezenmeir J. Eur. J. Nutr. 2008, 47:171-182.
248. Walther B., Sieber R. Int. J. Vitam. Nutr. Res. 2011, 81:181-192.
249. Grigorov M.G., Van Bladeren P.J. Curr. Opin. Drug Discov. Dev. 2007, 10:341-346.
250. Lahrichi S.L., Affolter M., Zolezzi I.S., Panchaud A. J. Proteomics 2013, 88:83-91.
251. Udenigwe C.C., Gong M., Wu S. Process. Biochem. 2013, 48:1794-1799.
252. Lacroix I.M., Li-Chan E.C. J. Funct. Food 2012, 4:403-422.
253. Mooney C., Haslam N.J., Pollastri G., Shields D.C. PLoS One 2012, 7:e45012.
254. Foltz M., van der Pijl P.C., Duchateau G.S. J. Nutr. 2010, 140:117-118.
255. Guerra A., Etienne-Mesmin L., Livrelli V., Denis S., Blanquet-Diot S., Alric M. Trends Biotechnol. 2012, 30:591-600.
256. Bauchart C., Morzel M., Chambon C., Mirand P.P., Reynès C., Buffière C., Rémond D. Br. J. Nutr. 2007, 98:1187-1195.
257. Bouzerzour K., Morgan F., Cuinet I., Bonhomme C., Jardin J., Huërou-Luron I.L., Dupont D. Br. J. Nutr. 2012, 108:2105-2114.
258. Sewekow E., Bimczok D., Kähne T., Faber-Zuschratter H., Kessler L.C., Seidel-Morgenstern A., Rothkötter H.J. Br. J. Nutr. 2012, 108:1603-1611.
259. Cavatorta V., Sforza S., Aquino G., Galaverna G., Dossena A., Pastorello E.A., Marchelli R. Mol. Nutr. Food Res. 2010, 54:1452-1457.
260. Rosmilah M., Shahnaz M., Meinir J., Masita A., Noormalin A., Jamaluddin M. Int. Arch. Allergy Immunol. 2013, 162:299-309.
261. Mamone G., Ferranti P., Rossi M., Roepstorff P., Fierro O., Malorni A., Addeo F. J. Chromatogr. B Analyt. Technol. Biomed. Life Sci. 2007, 855:236-241.
262. Choi J., Sabikhi L., Hassan A., Anand S. Int. J. Dairy Technol. 2012, 65:1-12.
263. Raikos V., Dassios T. Dairy Sci. Technol. 2014, 94:91-101.
264. Najafian L., Babji A.S. Peptides 2012, 33:178-185.
265. Capriotti A.L., Cavaliere C., Foglia P., Piovesana S., Samperi R., Zenezini Chiozzi R., Laganà A. Anal. Bional. Chem. 2015, 407:845-854.
266. Castellano P., Aristoy M.C., Sentandreu M.Á., Vignolo G., Toldrá F. J. Proteomics 2013, 89:183-190.
267. Escudero E., Mora L., Fraser P.D., Aristoy M.C., Toldrá F. Food Chem. 2013, 138:1282-1288.
268. Tomatsu M., Shimakage A., Shinbo M., Yamada S., Takahashi S. Food Chem. 2013, 136:612-616.
269. Rao S., Sun J., Liu Y., Zeng H., Su Y., Yang Y. Food Chem. 2012, 135:1245-1252.
270. Nicholson J.K., Holmes E., Kinross J., Burcelin R., Gibson G., Jia W., Pettersson S. Science 2012, 336:1262-1267.
271. Lampe J.W., Navarro S.L., Hullar M.A.J., Shojaie A. Proc. Nutr. Soc. 2013, 72:207-218.
272. Gu Q., Yu L.-R. J. Proteomics 2014, 96:353-359.