A model for random sampling and estimation of relative protein abundance in shotgun proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 14, 2004, Pages 4193-4201

  Liu, Hongbin ^a,c   Sadygov, Rovshan G ^a   Yates III, John R ^a,b  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b DIVERSA CORPORATION   (United States)

^c AGILENT TECHNOLOGIES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MATHEMATICAL MODELS; MIXTURES; STATISTICAL METHODS; YEAST;

RANDOM SAMPLING; TANDEM MASS SPECTRA;

PROTEINS;

ARTICLE; CELL LYSATE; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETER; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEGRADATION; PROTEOMICS; RANDOMIZATION; SAMPLING; STATISTICAL MODEL; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

DATA COLLECTION; MODELS, STATISTICAL; PROTEINS; PROTEOMICS;

EID: 3242731195     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0498563     Document Type: Article

References (39)

1. Yates, J. R., 3rd J. Mass Spectrom. 1998, 33, 1-19.
2. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Masselon, C.; Pasa-Tolic, L.; Udseth, H.; Belov, M.; Shen, Y.; Veenstra, T. D. Adv. Protein Chem. 2003, 65, 85-131.
3. Strittmatter, E. F.; Ferguson, P. L.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 980-991.
4. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
5. McCormack, A. L.; Schieltz, D. M.; Goode, B.; Yang, S.; Barnes, G.; Drubin, D.; Yates, I., J. R. Anal. Chem. 1997, 69, 767-776.
6. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
7. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
8. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
9. Geng, M.; Ji, J.; Regnier, F. E. J. Chromatogr., A 2000, 870, 295-313.
10. Zhang, R.; Sioma, C. S.; Wang, S.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2001, 73, 5142-5149.
11. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
12. Schirmer, E. C.; Florens, L.; Guan, T.; Yates, J. R., 3rd; Gerace, L. Science 2003, 301, 1380-1382.
13. Cheeseman, I. M.; Anderson, S.; Jwa, M.; Green, E. M.; Kang, J.; Yates, J. R., 3rd; Chan, C. S.; Drubin, D. G.; Barnes, G. Cell 2002, 111, 163-172.
14. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, R. M.; Grainger, M.; Haynes, J. D.; Moch, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. L.; Witney, A. A.; Wolters, D.; Wu, Y.; Gardner, M. J.; Holder, A. A.; Sinden, R. E.; Yates, J. R.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 520-526.
15. Peng, J.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Cheng, D.; Marsischky, G.; Roelofs, J.; Finley, D.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 921-926.
16. Ideker, T.; Thorsson, V.; Ranish, J. A.; Christmas, R.; Buhler, J.; Eng, J. K.; Bumgarner, R.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Hood, L. Science 2001, 292, 929-934.
17. Lasonder, E.; Ishihama, Y.; Andersen, J. S.; Vermunt, A. M.; Pain, A.; Sauerwein, R. W.; Eling, W. M.; Hall, N.; Waters, A. P.; Stunnenberg, H. G.; Mann, M. Nature 2002, 419, 537-542.
18. Andersen, J. S.; Wilkinson, C. J.; Mayor, T.; Mortensen, P.; Nigg, E. A.; Mann, M. Nature 2003, 426, 570-574.
19. Davis, M. T.; Spahr, C. S.; McGinley, M. D.; Robinson, J. H.; Bures, E. J.; Beierle, J.; Mort, J.; Yu, W.; Luethy, R.; Patterson, S. D. Proteomics 2001, 1, 108-117.
20. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2001, 73, 5683-5690.
21. Gao, J.; Opiteck, G. J.; Friedrichs, M. S.; Dongre, A. R.; Hefta, S. A. J. Proteome Res. 2003, 2, 643-649.
22. Shen, Y.; Zhao, R.; Berger, S. J.; Anderson, G. A.; Rodriguez, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 4235-4249.
23. Bodnar, W. M.; Blackburn, R. K.; Krise, J. M.; Moseley, M. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 971-979.
24. Pang, J. X.; Ginanni, N.; Dongre, A. R.; Hefta, S. A.; Opiteck, G. J. J. Proteome Res. 2002, 1, 161-169.
25. Wang, W.; Zhou, H.; Lin, H.; Roy, S.; Shaler, T. A.; Hill, L. R.; Norton, S.; Kumar, P.; Anderle, M.; Becker, C. H. Anal. Chem. 2003, 75, 4818-4826.
26. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596.
27. Washburn, M. P.; Koller, A.; Oshiro, G.; Ulaszek, R. R.; Plouffe, D.; Deciu, C.; Winzeler, E.; Yates, J. R., 3rd Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3107-3112.
28. Ghaemmaghami, S.; Huh, W.-K.; Bower, K.; Howson, R. W.; Belle, A.; Dephoure, N.; O'Shea, E. K.; Weissman, J. S. Nature 2003, 425, 737-741.
29. Sadygov, R.; J. R. Yates, I. Anal. Chem. 2003, 75, 3792-3798.
30. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 532-538.
31. Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Auberry, D. L.; Battista, J. R.; Daly, M. J.; Fredrickson, J.; Hixson, K. K.; Kostandarithes, H.; Masselon, C.; Markillie, L. M.; Moore, R. J.; Romine, M. F.; Shen, Y.; Stritmatter, E.; Tolic, N.; Udseth, H. R.; Venkateswaran, A.; Wong, K. K.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11049-11054.
32. Ewens, W. J.; Grant, G. R. Statistical Methods in Bioinformatics; Springer-Verlag: New York, 2002.
33. Velculescu, V. E.; Zhang, L.; Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Science 1995, 270, 484-487.
34. Velculescu, V. E.; Zhang, L.; Zhou, W.; Vogelstein, J.; Basrai, M. A.; Bassett, D. E., Jr.; Hieter, P.; Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Cell 1997, 88, 243-251.
35. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 376-386.
36. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2002, 74, 1650-1657.
37. Gerber, S. A.; Rush, J.; Stemman, O.; Kirschner, M. W.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6940-6945.
38. Futcher, B.; Latter, G. I.; Monardo, P.; McLaughlin, C. S.; Garrels, J. I. Mol. Cell Biol. 1999, 19, 7357-7388.
39. Yan, J. X.; Sanchez, J. C.; Tonella, L.; Williams, K. L.; Hochstrasser, D. F. Electrophoresis 1999, 20, 738-742.