RNA polymerase II transcription elongation control

Chemical Reviews

Volumn 113, Issue 11, 2013, Pages 8583-8603

  Guo, Jiannan ^a   Price, David H ^a  

^a UNIVERSITY OF IOWA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELL IDENTITY; CELLULAR ENVIRONMENT; FUNCTIONAL PRODUCTS; GENETIC INFORMATION; MULTISUBUNIT COMPLEXES; RNA POLYMERASE II;

GENES; RNA;

TRANSCRIPTION;

MESSENGER RNA; RNA POLYMERASE II; SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN;

ANIMAL; CHROMATIN; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; PROMOTER REGION; REVIEW; RNA SPLICING; TRANSCRIPTION ELONGATION;

ANIMALS; CHROMATIN; HUMANS; PROMOTER REGIONS, GENETIC; RIBONUCLEOPROTEINS, SMALL NUCLEAR; RNA POLYMERASE II; RNA SPLICING; RNA, MESSENGER; TRANSCRIPTION ELONGATION, GENETIC;

EID: 84889026690     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr400105n     Document Type: Review

References (408)

1. Sharp, P. A. Cell 2009, 136, 577
2. Loven, J.; Orlando, D. A.; Sigova, A. A.; Lin, C. Y.; Rahl, P. B.; Burge, C. B.; Levens, D. L.; Lee, T. I.; Young, R. A. Cell 2012, 151, 476
3. Young, R. A. Cell 2011, 144, 940
4. Vannini, A.; Cramer, P. Mol. Cell 2012, 45, 439
5. Lariviere, L.; Seizl, M.; Cramer, P. Curr. Opin. Cell Biol. 2012, 24 (3) 305 10.1016/j.ceb.2012.01.007
6. Treutlein, B.; Muschielok, A.; Andrecka, J.; Jawhari, A.; Buchen, C.; Kostrewa, D.; Hog, F.; Cramer, P.; Michaelis, J. Mol. Cell 2012, 46, 136
7. Cheung, A. C.; Cramer, P. Cell 2012, 149, 1431
8. Price, D. H. Mol. Cell 2008, 30, 7
9. Bentley, D. L.; Groudine, M. Nature 1986, 321, 702
10. Kao, S. Y.; Calman, A. F.; Luciw, P. A.; Peterlin, B. M. Nature 1987, 330, 489
11. Rougvie, A. E.; Lis, J. T. Cell 1988, 54, 795
12. Zeitlinger, J.; Stark, A.; Kellis, M.; Hong, J.-W.; Nechaev, S.; Adelman, K.; Levine, M.; Young, R. A. Nat. Genet. 2007, 39, 1512
13. Guenther, M. G.; Levine, S. S.; Boyer, L. A.; Jaenisch, R.; Young, R. A. Cell 2007, 130, 77
14. Muse, G. W.; Gilchrist, D. A.; Nechaev, S.; Shah, R.; Parker, J. S.; Grissom, S. F.; Zeitlinger, J.; Adelman, K. Nat. Genet. 2007, 39, 1507
15. Hargreaves, D. C.; Horng, T.; Medzhitov, R. Cell 2009, 138, 129
16. Lin, C. Y.; Loven, J.; Rahl, P. B.; Paranal, R. M.; Burge, C. B.; Bradner, J. E.; Lee, T. I.; Young, R. A. Cell 2012, 151, 56
17. Hah, N.; Danko, C. G.; Core, L.; Waterfall, J. J.; Siepel, A.; Lis, J. T.; Kraus, W. L. Cell 2011, 145 (4) 622 10.1016/j.cell.2011.03.042
18. Marshall, N. F.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 1995, 270, 12335
19. Marshall, N. F.; Peng, J.; Xie, Z.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 1996, 271, 27176
20. Ardehali, M. B.; Lis, J. T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 1123
21. Palangat, M.; Larson, D. R. Biochim. Biophys. Acta 2012, 1819, 667
22. Danko, C. G.; Hah, N.; Luo, X.; Martins, A. L.; Core, L.; Lis, J. T.; Siepel, A.; Kraus, W. L. Mol. Cell 2013, 50 (2) 212 10.1016/j.molcel.2013.02.015
23. Henriques, T.; Adelman, K. Mol. Cell 2013, 50, 159
24. Hsin, J. P.; Manley, J. L. Genes Dev. 2012, 26, 2119
25. Moore, M. J.; Proudfoot, N. J. Cell 2009, 136, 688
26. Perales, R.; Bentley, D. Mol. Cell 2009, 36, 178
27. Zhou, Q.; Li, T.; Price, D. H. Annu. Rev. Biochem. 2012, 81, 119 10.1146/annurev-biochem-052610-095910
28. Luo, Z.; Lin, C.; Shilatifard, A. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012, 13, 543
29. Jiang, Y.; Liu, M.; Spencer, C. A.; Price, D. H. Mol. Cell 2004, 14, 375
30. Rondon, A. G.; Mischo, H. E.; Kawauchi, J.; Proudfoot, N. J. Mol. Cell 2009, 36, 88
31. Proudfoot, N. J.; Furger, A.; Dye, M. J. Cell 2002, 108, 501
32. Richard, P.; Manley, J. L. Genes Dev. 2009, 23, 1247
33. Kaplan, N.; Moore, I. K.; Fondufe-Mittendorf, Y.; Gossett, A. J.; Tillo, D.; Field, Y.; LeProust, E. M.; Hughes, T. R.; Lieb, J. D.; Widom, J.; Segal, E. Nature 2009, 458, 362
34. Struhl, K.; Segal, E. Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20 (3) 267 10.1038/nsmb.2506
35. Kornberg, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 12955
36. Thomas, M. C.; Chiang, C. M. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2006, 41, 105
37. Smale, S. T.; Kadonaga, J. T. Annu. Rev. Biochem. 2003, 72, 449
38. Juven-Gershon, T.; Kadonaga, J. T. Dev. Biol. 2010, 339, 225
39. Deaton, A. M.; Bird, A. Genes Dev. 2011, 25, 1010
40. Hoiby, T.; Zhou, H.; Mitsiou, D. J.; Stunnenberg, H. G. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1769, 429
41. Murakami, K.; Calero, G.; Brown, C. R.; Liu, X.; Davis, R. E.; Boeger, H.; Kornberg, R. D. J. Biol. Chem. 2013, 288, 6325
42. Buratowski, S.; Hahn, S.; Guarente, L.; Sharp, P. A. Cell 1989, 56, 549
43. Kostrewa, D.; Zeller, M. E.; Armache, K. J.; Seizl, M.; Leike, K.; Thomm, M.; Cramer, P. Nature 2009, 462, 323
44. Liu, X.; Bushnell, D. A.; Wang, D.; Calero, G.; Kornberg, R. D. Science 2010, 327, 206
45. Sainsbury, S.; Niesser, J.; Cramer, P. Nature 2012, 493 (7432) 437 10.1038/nature11715
46. Cabart, P.; Ujvari, A.; Pal, M.; Luse, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 15786
47. Yan, Q.; Moreland, R. J.; Conaway, J. W.; Conaway, R. C. J. Biol. Chem. 1999, 274, 35668
48. Kim, T. K.; Ebright, R. H.; Reinberg, D. Science 2000, 288, 1418
49. He, Y.; Fang, J.; Taatjes, D. J.; Nogales, E. Nature 2013, 495, 481
50. Sikorski, T. W.; Buratowski, S. Curr. Opin. Cell. Biol. 2009, 21, 344
51. Dvir, A. Biochim. Biophys. Acta 2002, 1577, 208
52. Kornberg, R. D. Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 235
53. Conaway, R. C.; Conaway, J. W. Semin. Cell. Dev. Biol. 2011, 22, 729
54. Fondell, J. D. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1830, 3867
55. Bernecky, C.; Grob, P.; Ebmeier, C. C.; Nogales, E.; Taatjes, D. J. PLoS Biol. 2011, 9, e1000603
56. Ebmeier, C. C.; Taatjes, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 11283
57. Kagey, M. H.; Newman, J. J.; Bilodeau, S.; Zhan, Y.; Orlando, D. A.; van Berkum, N. L.; Ebmeier, C. C.; Goossens, J.; Rahl, P. B.; Levine, S. S.; Taatjes, D. J.; Dekker, J.; Young, R. A. Nature 2010, 467, 430
58. Malik, S.; Roeder, R. G. Nat. Revi. Genet. 2010, 11, 761
59. Hu, X.; Malik, S.; Negroiu, C. C.; Hubbard, K.; Velalar, C. N.; Hampton, B.; Grosu, D.; Catalano, J.; Roeder, R. G.; Gnatt, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 9506
60. Cheng, B.; Li, T.; Rahl, P. B.; Adamson, T. E.; Loudas, N. B.; Guo, J.; Varzavand, K.; Cooper, J. J.; Hu, X.; Gnatt, A.; Young, R. A.; Price, D. H. Mol. Cell 2012, 45, 38
61. Jishage, M.; Malik, S.; Wagner, U.; Uberheide, B.; Ishihama, Y.; Hu, X.; Chait, B. T.; Gnatt, A.; Ren, B.; Roeder, R. G. Mol. Cell 2012, 45, 51
62. Wu, Y. M.; Chang, J. W.; Wang, C. H.; Lin, Y. C.; Wu, P. L.; Huang, S. H.; Chang, C. C.; Hu, X.; Gnatt, A.; Chang, W. H. EMBO J. 2012, 31 (17) 3575 10.1038/emboj.2012.205
63. Maldonado, E.; Drapkin, R.; Reinberg, D. Methods Enzymol. 1996, 274, 72
64. Cheng, B.; Price, D. H. Methods 2009, 48, 346
65. Adamson, T. E.; Shore, S. M.; Price, D. H. Methods Enzymol. 2003, 371, 264
66. An, W.; Roeder, R. G. Methods Enzymol. 2004, 377, 460
67. Ujvari, A.; Pal, M.; Luse, D. S. J. Biol. Chem. 2011, 286, 23160
68. Izban, M. G.; Samkurashvili, I.; Luse, D. S. J. Biol. Chem. 1995, 270, 2290
69. Chen, Y.; Yamaguchi, Y.; Tsugeno, Y.; Yamamoto, J.; Yamada, T.; Nakamura, M.; Hisatake, K.; Handa, H. Genes Dev. 2009, 23, 2765
70. Dignam, J. D.; Lebovitz, R. M.; Roeder, R. G. Nucleic Acids Res. 1983, 11, 1475
71. Price, D. H.; Sluder, A. E.; Greenleaf, A. L. J. Biol. Chem. 1987, 262, 3244
72. Cheng, B.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 2007, 282, 21901
73. Cheng, B.; Price, D. H. Nucleic Acids Res. 2008, 36, e135
74. Missra, A.; Gilmour, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 11301
75. Furey, T. S. Nat. Rev. Genet. 2012, 13, 840
76. Karolchik, D.; Hinrichs, A. S.; Kent, W. J. The UCSC Genome Browser, in Current protocols in bioinformatics; Baxevanis, A. D., Ed.; 2012; Chapter 1, Unit 14, doi: 10.1002/0471250953.bi0104s40.
77. Wang, Z.; Gerstein, M.; Snyder, M. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 57
78. Sauliere, J.; Murigneux, V.; Wang, Z.; Marquenet, E.; Barbosa, I.; Le Tonqueze, O.; Audic, Y.; Paillard, L.; Roest Crollius, H.; Le Hir, H. Nat. Struct. Mol. Biol. 2012, 19, 1124
79. Licatalosi, D. D.; Mele, A.; Fak, J. J.; Ule, J.; Kayikci, M.; Chi, S. W.; Clark, T. A.; Schweitzer, A. C.; Blume, J. E.; Wang, X.; Darnell, J. C.; Darnell, R. B. Nature 2008, 456, 464
80. Hafner, M.; Landthaler, M.; Burger, L.; Khorshid, M.; Hausser, J.; Berninger, P.; Rothballer, A.; Ascano, M., Jr.; Jungkamp, A. C.; Munschauer, M.; Ulrich, A.; Wardle, G. S.; Dewell, S.; Zavolan, M.; Tuschl, T. Cell 2010, 141, 129
81. Hafner, M.; Landthaler, M.; Burger, L.; Khorshid, M.; Hausser, J.; Berninger, P.; Rothballer, A.; Ascano, M.; Jungkamp, A. C.; Munschauer, M.; Ulrich, A.; Wardle, G. S.; Dewell, S.; Zavolan, M.; Tuschl, T. J. Visualized Exp.: JoVE 2010, 41, 2034 10.3791/2034
82. Core, L. J.; Waterfall, J. J.; Lis, J. T. Science 2008, 322, 1845
83. Core, L. J.; Waterfall, J. J.; Gilchrist, D. A.; Fargo, D. C.; Kwak, H.; Adelman, K.; Lis, J. T. Cell Rep. 2012, 2, 1025
84. Kwak, H.; Fuda, N. J.; Core, L. J.; Lis, J. T. Science 2013, 339, 950
85. Churchman, L. S.; Weissman, J. S. Nature 2011, 469, 368
86. Martinez-Rucobo, F. W.; Cramer, P. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1829, 9
87. Nudler, E.; Mustaev, A.; Lukhtanov, E.; Goldfarb, A. Cell 1997, 89, 33
88. Adamson, T. E.; Price, D. H. Mol. Cell. Biol. 2003, 23, 4046
89. Renner, D. B.; Yamaguchi, Y.; Wada, T.; Handa, H.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 2001, 276, 42601
90. Price, D. H.; Sluder, A. E.; Greenleaf, A. L. Mol. Cell. Biol. 1989, 9, 1465
91. Rougvie, A. E.; Lis, J. T. Mol. Cell. Biol. 1990, 10, 6041
92. Marshall, N. F.; Price, D. H. Mol. Cell. Biol. 1992, 12, 2078
93. Nechaev, S.; Adelman, K. Cell Cycle 2008, 7, 1539
94. Rhee, H. S.; Pugh, B. F. Nature 2012, 483, 295
95. Kim, H.; Erickson, B.; Luo, W.; Seward, D.; Graber, J. H.; Pollock, D. D.; Megee, P. C.; Bentley, D. L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 1279
96. Mayer, A.; Lidschreiber, M.; Siebert, M.; Leike, K.; Soding, J.; Cramer, P. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17 (10) 1272 10.1038/nsmb.1903
97. Gaertner, B.; Johnston, J.; Chen, K.; Wallaschek, N.; Paulson, A.; Garruss, A. S.; Gaudenz, K.; De Kumar, B.; Krumlauf, R.; Zeitlinger, J. Cell Rep. 2012, 2, 1670
98. Seila, A. C.; Calabrese, J. M.; Levine, S. S.; Yeo, G. W.; Rahl, P. B.; Flynn, R. A.; Young, R. A.; Sharp, P. A. Science 2008, 322, 1849
99. He, Y.; Vogelstein, B.; Velculescu, V. E.; Papadopoulos, N.; Kinzler, K. W. Science 2008, 322, 1855
100. Preker, P.; Nielsen, J.; Kammler, S.; Lykke-Andersen, S.; Christensen, M. S.; Mapendano, C. K.; Schierup, M. H.; Jensen, T. H. Science 2008, 322, 1851
101. Flynn, R. A.; Almada, A. E.; Zamudio, J. R.; Sharp, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 10460
102. Rahl, P. B.; Lin, C. Y.; Seila, A. C.; Flynn, R. A.; McCuine, S.; Burge, C. B.; Sharp, P. A.; Young, R. A. Cell 2010, 141, 432
103. Almada, A. E.; Wu, X.; Kriz, A. J.; Burge, C. B.; Sharp, P. A. Nature 2013, 499 (7458) 360 10.1038/nature12349
104. Sigova, A. A.; Mullen, A. C.; Molinie, B.; Gupta, S.; Orlando, D. A.; Guenther, M. G.; Almada, A. E.; Lin, C.; Sharp, P. A.; Giallourakis, C. C.; Young, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 2876
105. Xu, Z.; Wei, W.; Gagneur, J.; Perocchi, F.; Clauder-Munster, S.; Camblong, J.; Guffanti, E.; Stutz, F.; Huber, W.; Steinmetz, L. M. Nature 2009, 457, 1033
106. Neil, H.; Malabat, C.; d/'Aubenton-Carafa, Y.; Xu, Z.; Steinmetz, L. M.; Jacquier, A. Nature 2009, 457, 1038
107. FitzGerald, P. C.; Sturgill, D.; Shyakhtenko, A.; Oliver, B.; Vinson, C. Genome Biol. 2006, 7, R53
108. Yamaguchi, Y.; Shibata, H.; Handa, H. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1829, 98
109. Hartzog, G. A.; Fu, J. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1829, 105
110. Tomar, S. K.; Artsimovitch, I. Chem. Rev. 2013.
111. Werner, F. J. Mol. Biol. 2012, 417, 13
112. Egyhazi, E.; Ossoinak, A.; Pigon, A.; Holmgren, C.; Lee, J. M.; Greenleaf, A. L. Chromosoma 1996, 104, 422
113. Sehgal, P. B.; Darnell, J. E., Jr.; Tamm, I. Cell 1976, 9, 473
114. Chodosh, L. A.; Fire, A.; Samuels, M.; Sharp, P. A. J. Biol. Chem. 1989, 264, 2250
115. Wada, T.; Takagi, T.; Yamaguchi, Y.; Ferdous, A.; Imai, T.; Hirose, S.; Sugimoto, S.; Yano, K.; Hartzog, G. A.; Winston, F.; Buratowski, S.; Handa, H. Genes Dev. 1998, 12, 343
116. Yamaguchi, Y.; Takagi, T.; Wada, T.; Yano, K.; Furuya, A.; Sugimoto, S.; Hasegawa, J.; Handa, H. Cell 1999, 97, 41
117. Wu, C. H.; Yamaguchi, Y.; Benjamin, L. R.; Horvat-Gordon, M.; Washinsky, J.; Enerly, E.; Larsson, J.; Lambertsson, A.; Handa, H.; Gilmour, D. Genes Dev. 2003, 17, 1402
118. Fujinaga, K.; Irwin, D.; Huang, Y.; Taube, R.; Kurosu, T.; Peterlin, B. M. Mol. Cell. Biol. 2004, 24, 787
119. Yamada, T.; Yamaguchi, Y.; Inukai, N.; Okamoto, S.; Mura, T.; Handa, H. Mol. Cell 2006, 21, 227
120. Li, J.; Gilmour, D. S. EMBO J. 2013, 32 (13) 1829 10.1038/emboj.2013.111
121. Li, J.; Liu, Y.; Rhee, S.; Ghosh, S. K. B.; Bai, L.; Pugh, F.; Gilmour, D. S. Mol. Cell 2013, 50, 711
122. Natori, S.; Takeuchi, K.; Mizuno, D. J. Biochem. 1973, 74, 1177
123. Reines, D.; Mote, J., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 1917
124. Fish, R. N.; Kane, C. M. Biochim. Biophys. Acta 2002, 1577, 287
125. Adelman, K.; Marr, M. T.; Werner, J.; Saunders, A.; Ni, Z.; Andrulis, E. D.; Lis, J. T. Mol. Cell 2005, 17, 103
126. Nechaev, S.; Fargo, D. C.; dos Santos, G.; Liu, L.; Gao, Y.; Adelman, K. Science 2010, 327, 335
127. Gilmour, D. S.; Lis, J. T. Mol. Cell. Biol. 1986, 6, 3984
128. Lagha, M.; Bothma, J. P.; Esposito, E.; Ng, S.; Stefanik, L.; Tsui, C.; Johnston, J.; Chen, K.; Gilmour, D. S.; Zeitlinger, J.; Levine, M. S. Cell 2013, 153, 976
129. Boettiger, A. N.; Levine, M. Science 2009, 325, 471
130. Gilchrist, D. A.; Nechaev, S.; Lee, C.; Ghosh, S. K.; Collins, J. B.; Li, L.; Gilmour, D. S.; Adelman, K. Genes Dev. 2008, 22, 1921
131. Chopra, V. S.; Cande, J.; Hong, J. W.; Levine, M. Genes Dev. 2009, 23, 1505
132. Zhu, Y.; Pe'ery, T.; Peng, J.; Ramanathan, Y.; Marshall, N.; Marshall, T.; Amendt, B.; Mathews, M. B.; Price, D. H. Genes Dev. 1997, 11, 2622
133. Peng, J.; Marshall, N. F.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 1998, 273, 13855
134. Peng, J.; Zhu, Y.; Milton, J. T.; Price, D. H. Genes Dev. 1998, 12, 755
135. Liu, Y.; Warfield, L.; Zhang, C.; Luo, J.; Allen, J.; Lang, W. H.; Ranish, J.; Shokat, K. M.; Hahn, S. Mol. Cell. Biol. 2009, 29, 4852
136. Keogh, M. C.; Podolny, V.; Buratowski, S. Mol. Cell. Biol. 2003, 23, 7005
137. Qiu, H.; Hu, C.; Gaur, N. A.; Hinnebusch, A. G. EMBO J. 2012, 31, 3494
138. Peng, J.; Liu, M.; Marion, J.; Zhu, Y.; Price, D. H. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1998, 63, 365
139. Sehgal, P. B.; Derman, E.; Molloy, G. R.; Tamm, I.; Darnell, J. E. Science 1976, 194, 431
140. Chao, S. H.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 2001, 276, 31793
141. Maiuri, P.; Knezevich, A.; De Marco, A.; Mazza, D.; Kula, A.; McNally, J. G.; Marcello, A. EMBO Rep. 2011, 12 (12) 1280 10.1038/embor.2011.196
142. Singh, J.; Padgett, R. A. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 1128
143. Wada, Y.; Ohta, Y.; Xu, M.; Tsutsumi, S.; Minami, T.; Inoue, K.; Komura, D.; Kitakami, J.; Oshida, N.; Papantonis, A.; Izumi, A.; Kobayashi, M.; Meguro, H.; Kanki, Y.; Mimura, I.; Yamamoto, K.; Mataki, C.; Hamakubo, T.; Shirahige, K.; Aburatani, H.; Kimura, H.; Kodama, T.; Cook, P. R.; Ihara, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 18357
144. Luse, D. S.; Studitsky, V. M. RNA Biol. 2011, 8, 581
145. Bintu, L.; Kopaczynska, M.; Hodges, C.; Lubkowska, L.; Kashlev, M.; Bustamante, C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 1394
146. Petesch, S. J.; Lis, J. T. Trends Genet. 2012, 28, 285
147. Bondarenko, V. A.; Steele, L. M.; Ujvari, A.; Gaykalova, D. A.; Kulaeva, O. I.; Polikanov, Y. S.; Luse, D. S.; Studitsky, V. M. Mol. Cell 2006, 24, 469
148. Yen, K.; Vinayachandran, V.; Batta, K.; Koerber, R. T.; Pugh, B. F. Cell 2012, 149, 1461
149. Kulaeva, O. I.; Hsieh, F. K.; Chang, H. W.; Luse, D. S.; Studitsky, V. M. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1829, 76
150. Shilatifard, A.; Lane, W. S.; Jackson, K. W.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W. Science 1996, 271, 1873
151. Lin, C.; Smith, E. R.; Takahashi, H.; Lai, K. C.; Martin-Brown, S.; Florens, L.; Washburn, M. P.; Conaway, J. W.; Conaway, R. C.; Shilatifard, A. Mol. Cell 2010, 37, 429
152. Biswas, D.; Milne, T. A.; Basrur, V.; Kim, J.; Elenitoba-Johnson, K. S.; Allis, C. D.; Roeder, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 15751
153. Lin, C.; Garrett, A. S.; De Kumar, B.; Smith, E. R.; Gogol, M.; Seidel, C.; Krumlauf, R.; Shilatifard, A. Genes Dev. 2011, 25, 1486
154. He, N.; Chan, C. K.; Sobhian, B.; Chou, S.; Xue, Y.; Liu, M.; Alber, T.; Benkirane, M.; Zhou, Q. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, E636
155. Liu, M.; Hsu, J.; Chan, C.; Li, Z.; Zhou, Q. Mol. Cell 2012, 46, 325
156. Smith, E. R.; Lin, C.; Garrett, A. S.; Thornton, J.; Mohaghegh, N.; Hu, D.; Jackson, J.; Saraf, A.; Swanson, S. K.; Seidel, C.; Florens, L.; Washburn, M. P.; Eissenberg, J. C.; Shilatifard, A. Mol. Cell 2011, 44, 954
157. Luo, Z.; Lin, C.; Guest, E.; Garrett, A. S.; Mohaghegh, N.; Swanson, S.; Marshall, S.; Florens, L.; Washburn, M. P.; Shilatifard, A. Mol. Cell. Biol. 2012, 32, 2608
158. Lin, C.; Garruss, A. S.; Luo, Z.; Guo, F.; Shilatifard, A. Cell 2013, 152 (1-2) 144 10.1016/j.cell.2012.12.015
159. Jaehning, J. A. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1799, 379
160. Zhu, B.; Mandal, S. S.; Pham, A. D.; Zheng, Y.; Erdjument-Bromage, H.; Batra, S. K.; Tempst, P.; Reinberg, D. Genes Dev. 2005, 19, 1668
161. Wade, P. A.; Werel, W.; Fentzke, R. C.; Thompson, N. E.; Leykam, J. F.; Burgess, R. R.; Jaehning, J. A.; Burton, Z. F. Protein Expression Purif. 1996, 8, 85
162. Shi, X.; Finkelstein, A.; Wolf, A. J.; Wade, P. A.; Burton, Z. F.; Jaehning, J. A. Mol. Cell. Biol. 1996, 16, 669
163. Kim, J.; Guermah, M.; Roeder, R. G. Cell 2010, 140, 491
164. Sopta, M.; Carthew, R. W.; Greenblatt, J. J. Biol. Chem. 1985, 260, 10353
165. Burton, Z. F.; Killeen, M.; Sopta, M.; Ortolan, L. G.; Greenblatt, J. Mol. Cell. Biol. 1988, 8, 1602
166. Luse, D. S. Transcription 2012, 3, 156
167. Flores, O.; Maldonado, E.; Reinberg, D. J. Biol. Chem. 1989, 264, 8913
168. Chen, Z. A.; Jawhari, A.; Fischer, L.; Buchen, C.; Tahir, S.; Kamenski, T.; Rasmussen, M.; Lariviere, L.; Bukowski-Wills, J. C.; Nilges, M.; Cramer, P.; Rappsilber, J. EMBO J. 2010, 29, 717
169. Cojocaru, M.; Jeronimo, C.; Forget, D.; Bouchard, A.; Bergeron, D.; Cote, P.; Poirier, G. G.; Greenblatt, J.; Coulombe, B. Biochem. J. 2008, 409, 139
170. Sluder, A. E.; Price, D. H.; Greenleaf, A. L. J. Biol. Chem. 1988, 263, 9917
171. Gu, W.; Reines, D. J. Biol. Chem. 1995, 270, 11238
172. Kettenberger, H.; Armache, K. J.; Cramer, P. Mol. Cell 2004, 16, 955
173. Sigurdsson, S.; Dirac-Svejstrup, A. B.; Svejstrup, J. Q. Mol. Cell 2010, 38, 202
174. Wang, D.; Bushnell, D. A.; Huang, X.; Westover, K. D.; Levitt, M.; Kornberg, R. D. Science 2009, 324, 1203
175. Cheung, A. C.; Cramer, P. Nature 2011, 471, 249
176. Palangat, M.; Renner, D. B.; Price, D. H.; Landick, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 15036
177. Sijbrandi, R.; Fiedler, U.; Timmers, H. T. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 2290
178. Shema, E.; Kim, J.; Roeder, R. G.; Oren, M. Mol. Cell 2011, 42, 477
179. Taatjes, D. J. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 315
180. Bourbon, H. M.; Aguilera, A.; Ansari, A. Z.; Asturias, F. J.; Berk, A. J.; Bjorklund, S.; Blackwell, T. K.; Borggrefe, T.; Carey, M.; Carlson, M.; Conaway, J. W.; Conaway, R. C.; Emmons, S. W.; Fondell, J. D.; Freedman, L. P.; Fukasawa, T.; Gustafsson, C. M.; Han, M.; He, X.; Herman, P. K.; Hinnebusch, A. G.; Holmberg, S.; Holstege, F. C.; Jaehning, J. A.; Kim, Y. J.; Kuras, L.; Leutz, A.; Lis, J. T.; Meisterernest, M.; Naar, A. M.; Nasmyth, K.; Parvin, J. D.; Ptashne, M.; Reinberg, D.; Ronne, H.; Sadowski, I.; Sakurai, H.; Sipiczki, M.; Sternberg, P. W.; Stillman, D. J.; Strich, R.; Struhl, K.; Svejstrup, J. Q.; Tuck, S.; Winston, F.; Roeder, R. G.; Kornberg, R. D. Mol. Cell 2004, 14, 553
181. Sato, S.; Tomomori-Sato, C.; Parmely, T. J.; Florens, L.; Zybailov, B.; Swanson, S. K.; Banks, C. A.; Jin, J.; Cai, Y.; Washburn, M. P.; Conaway, J. W.; Conaway, R. C. Mol. Cell 2004, 14, 685
182. Takahashi, H.; Parmely, T. J.; Sato, S.; Tomomori-Sato, C.; Banks, C. A.; Kong, S. E.; Szutorisz, H.; Swanson, S. K.; Martin-Brown, S.; Washburn, M. P.; Florens, L.; Seidel, C. W.; Lin, C.; Smith, E. R.; Shilatifard, A.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W. Cell 2011, 146, 92
183. Huang, Y.; Li, W.; Yao, X.; Lin, Q. J.; Yin, J. W.; Liang, Y.; Heiner, M.; Tian, B.; Hui, J.; Wang, G. Mol. Cell 2012, 45, 459
184. Yin, J. W.; Liang, Y.; Park, J. Y.; Chen, D.; Yao, X.; Xiao, Q.; Liu, Z.; Jiang, B.; Fu, Y.; Bao, M.; Huang, Y.; Liu, Y.; Yan, J.; Zhu, M. S.; Yang, Z.; Gao, P.; Tian, B.; Li, D.; Wang, G. Genes Dev. 2012, 26, 2192
185. Hashimoto, S.; Boissel, S.; Zarhrate, M.; Rio, M.; Munnich, A.; Egly, J. M.; Colleaux, L. Science 2011, 333, 1161
186. Zhou, H.; Spaeth, J. M.; Kim, N. H.; Xu, X.; Friez, M. J.; Schwartz, C. E.; Boyer, T. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 19763
187. Makinen, N.; Mehine, M.; Tolvanen, J.; Kaasinen, E.; Li, Y.; Lehtonen, H. J.; Gentile, M.; Yan, J.; Enge, M.; Taipale, M.; Aavikko, M.; Katainen, R.; Virolainen, E.; Bohling, T.; Koski, T. A.; Launonen, V.; Sjoberg, J.; Taipale, J.; Vahteristo, P.; Aaltonen, L. A. Science 2011, 334, 252
188. Huang, S.; Holzel, M.; Knijnenburg, T.; Schlicker, A.; Roepman, P.; McDermott, U.; Garnett, M.; Grernrum, W.; Sun, C.; Prahallad, A.; Groenendijk, F. H.; Mittempergher, L.; Nijkamp, W.; Neefjes, J.; Salazar, R.; Ten Dijke, P.; Uramoto, H.; Tanaka, F.; Beijersbergen, R. L.; Wessels, L. F.; Bernards, R. Cell 2012, 151, 937
189. Feliciano, P. Nat. Genet. 2012, 45, 11
190. Knuesel, M. T.; Meyer, K. D.; Donner, A. J.; Espinosa, J. M.; Taatjes, D. J. Mol. Cell. Biol. 2009, 29, 650
191. Galbraith, M. D.; Donner, A. J.; Espinosa, J. M. Transcription 2010, 1, 4
192. Knuesel, M. T.; Meyer, K. D.; Bernecky, C.; Taatjes, D. J. Genes Dev. 2009, 23, 439
193. Donner, A. J.; Szostek, S.; Hoover, J. M.; Espinosa, J. M. Mol. Cell 2007, 27, 121
194. Donner, A. J.; Ebmeier, C. C.; Taatjes, D. J.; Espinosa, J. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 194
195. Li, T.; Price, D. Transcription 2012, 3, 177
196. Espinosa, J. M. Mol. Cell 2012, 45, 3
197. Gilchrist, D. A.; Dos Santos, G.; Fargo, D. C.; Xie, B.; Gao, Y.; Li, L.; Adelman, K. Cell 2010, 143, 540
198. Gilchrist, D. A.; Adelman, K. Biochim. Biophys. Acta 2012, 1819, 700
199. Guermah, M.; Kim, J.; Roeder, R. G. Methods 2009, 48, 353
200. Luse, D. S.; Spangler, L. C.; Ujvari, A. J. Biol. Chem. 2011, 286, 6040
201. Orphanides, G.; Wu, W. H.; Lane, W. S.; Hampsey, M.; Reinberg, D. Nature 1999, 400, 284
202. Belotserkovskaya, R.; Oh, S.; Bondarenko, V. A.; Orphanides, G.; Studitsky, V. M.; Reinberg, D. Science 2003, 301, 1090
203. Hsieh, F. K.; Kulaeva, O. I.; Patel, S. S.; Dyer, P. N.; Luger, K.; Reinberg, D.; Studitsky, V. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110 (19) 7654 10.1073/pnas.1222198110
204. Orphanides, G.; LeRoy, G.; Chang, C. H.; Luse, D. S.; Reinberg, D. Cell 1998, 92, 105
205. Smolle, M.; Workman, J. L. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1829, 84
206. Selth, L. A.; Sigurdsson, S.; Svejstrup, J. Q. Annu. Rev. Biochem. 2010, 79, 271
207. Petesch, S. J.; Lis, J. T. Cell 2008, 134, 74
208. Orphanides, G.; Reinberg, D. Nature 2000, 407, 471
209. Schwabish, M. A.; Struhl, K. Mol. Cell. Biol. 2004, 24, 10111
210. Kristjuhan, A.; Svejstrup, J. Q. EMBO J. 2004, 23, 4243
211. Teves, S. S.; Henikoff, S. Biochem. Cell Biol. 2013, 91, 42
212. Li, Q.; Price, J. P.; Byers, S. A.; Cheng, D.; Peng, J.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 2005, 280, 28819
213. Chen, R.; Liu, M.; Li, H.; Xue, Y.; Ramey, W. N.; He, N.; Ai, N.; Luo, H.; Zhu, Y.; Zhou, N.; Zhou, Q. Genes Dev. 2008, 22, 1356
214. Chen, R.; Yang, Z.; Zhou, Q. J. Biol. Chem. 2004, 279, 4153
215. Nguyen, V. T.; Kiss, T.; Michels, A. A.; Bensaude, O. Nature 2001, 414, 322
216. Yang, Z.; Zhu, Q.; Luo, K.; Zhou, Q. Nature 2001, 414, 317
217. Peterlin, B. M.; Brogie, J. E.; Price, D. H. Wiley Interdiscip. Rev.: RNA 2012, 3, 92
218. Nguyen, D.; Krueger, B. J.; Sedore, S. C.; Brogie, J. E.; Rogers, J. T.; Rajendra, T. K.; Saunders, A.; Matera, A. G.; Lis, J. T.; Uguen, P.; Price, D. H. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 5283
219. Garriga, J.; Peng, J.; Parreno, M.; Price, D. H.; Henderson, E. E.; Grana, X. Oncogene 1998, 17, 3093
220. Haaland, R. E.; Herrmann, C. H.; Rice, A. P. AIDS 2003, 17, 2429
221. Marz, M.; Donath, A.; Verstraete, N.; Nguyen, V. T.; Stadler, P. F.; Bensaude, O. Mol. Biol. Evol. 2009, 26, 2821
222. Wassarman, D. A.; Steitz, J. A. Mol. Cell. Biol. 1991, 11, 3432
223. Krueger, B. J.; Varzavand, K.; Cooper, J. J.; Price, D. H. PLoS One 2010, 5, e12335
224. Diribarne, G.; Bensaude, O. RNA Biol. 2009, 6, 122
225. Byers, S. A.; Price, J. P.; Cooper, J. J.; Li, Q.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 2005, 280, 16360
226. Yik, J. H.; Chen, R.; Pezda, A. C.; Zhou, Q. J. Biol. Chem. 2005, 280, 16368
227. Michels, A. A.; Fraldi, A.; Li, Q.; Adamson, T. E.; Bonnet, F.; Nguyen, V. T.; Sedore, S. C.; Price, J. P.; Price, D. H.; Lania, L.; Bensaude, O. EMBO J. 2004, 23, 2608
228. Krueger, B. J.; Jeronimo, C.; Roy, B. B.; Bouchard, A.; Barrandon, C.; Byers, S. A.; Searcey, C. E.; Cooper, J. J.; Bensaude, O.; Cohen, E. A.; Coulombe, B.; Price, D. H. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 2219
229. Peterlin, B. M.; Price, D. H. Mol. Cell 2006, 23, 297
230. Blazek, D.; Barboric, M.; Kohoutek, J.; Oven, I.; Peterlin, B. M. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 7000
231. Dulac, C.; Michels, A. A.; Fraldi, A.; Bonnet, F.; Nguyen, V. T.; Napolitano, G.; Lania, L.; Bensaude, O. J. Biol. Chem. 2005, 280, 30619
232. Schulte, A.; Czudnochowski, N.; Barboric, M.; Schonichen, A.; Blazek, D.; Peterlin, B. M.; Geyer, M. J. Biol. Chem. 2005, 280, 24968
233. Yik, J. H.; Chen, R.; Nishimura, R.; Jennings, J. L.; Link, A. J.; Zhou, Q. Mol. Cell 2003, 12, 971
234. Michels, A. A.; Nguyen, V. T.; Fraldi, A.; Labas, V.; Edwards, M.; Bonnet, F.; Lania, L.; Bensaude, O. Mol. Cell. Biol. 2003, 23, 4859
235. Li, Q.; Cooper, J. J.; Altwerger, G. H.; Feldkamp, M. D.; Shea, M. A.; Price, D. H. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 2503
236. Sedore, S. C.; Byers, S. A.; Biglione, S.; Price, J. P.; Maury, W. J.; Price, D. H. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 4347
237. Fujimoto, Y.; Nakamura, Y.; Ohuchi, S. Biochimie 2012, 94, 1900
238. Lebars, I.; Martinez-Zapien, D.; Durand, A.; Coutant, J.; Kieffer, B.; Dock-Bregeon, A. C. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 7749
239. Egloff, S.; Van Herreweghe, E.; Kiss, T. Mol. Cell. Biol. 2006, 26, 630
240. Belanger, F.; Baigude, H.; Rana, T. M. J. Mol. Biol. 2009, 386, 1094
241. Fujinaga, K.; Barboric, M.; Li, Q.; Luo, Z.; Price, D. H.; Peterlin, B. M. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 9160
242. Yoshikawa, N.; Shimizu, N.; Sano, M.; Ohnuma, K.; Iwata, S.; Hosono, O.; Fukuda, K.; Morimoto, C.; Tanaka, H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008, 371, 44
243. Shimizu, N.; Ouchida, R.; Yoshikawa, N.; Hisada, T.; Watanabe, H.; Okamoto, K.; Kusuhara, M.; Handa, H.; Morimoto, C.; Tanaka, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 8555
244. Mascareno, E. J.; Belashov, I.; Siddiqui, M. A.; Liu, F.; Dhar-Mascareno, M. The Prostate 2012, 72, 1035
245. Lew, Q. J.; Chia, Y. L.; Chu, K. L.; Lam, Y. T.; Gurumurthy, M.; Xu, S.; Lam, K. P.; Cheong, N.; Chao, S. H. J. Biol. Chem. 2012, 287, 36443
246. Lau, J.; Lew, Q. J.; Diribarne, G.; Michels, A. A.; Dey, A.; Bensaude, O.; Lane, D. P.; Chao, S. H. Cell Cycle 2009, 8, 2247
247. Kusuhara, M.; N., K.; Kimura, K.; Maass, N.; Manabe, T.; Ishikawa, S.; Aikawa, M.; Miyazaki, K.; Yamaguchi, K. Biomed. Res. 1999, 20, 273
248. Ghatpande, S.; Goswami, S.; Mathew, S.; Rong, G.; Cai, L.; Shafiq, S.; Siddiqui, M. A. Dev. Biol. 1999, 208, 210
249. Espinoza-Derout, J.; Wagner, M.; Shahmiri, K.; Mascareno, E.; Chaqour, B.; Siddiqui, M. A. Cardiovasc. Res. 2007, 75, 129
250. Dey, A.; Chao, S. H.; Lane, D. P. Cell Cycle 2007, 6, 1856
251. Sano, M.; Schneider, M. D. Circ. Res. 2004, 95, 867
252. Yoshikawa, N.; Shimizu, N.; Maruyama, T.; Sano, M.; Matsuhashi, T.; Fukuda, K.; Kataoka, M.; Satoh, T.; Ojima, H.; Sawai, T.; Morimoto, C.; Kuribara, A.; Hosono, O.; Tanaka, H. PLoS One 2012, 7, e52522
253. Galatioto, J.; Mascareno, E.; Siddiqui, M. A. J. Cell Sci. 2010, 123, 3789
254. Hong, P.; Chen, K.; Huang, B.; Liu, M.; Cui, M.; Rozenberg, I.; Chaqour, B.; Pan, X.; Barton, E. R.; Jiang, X. C.; Siddiqui, M. A. J. Clin. Invest. 2012, 122, 3873
255. Mascareno, E.; Galatioto, J.; Rozenberg, I.; Salciccioli, L.; Kamran, H.; Lazar, J. M.; Liu, F.; Pedrazzini, T.; Siddiqui, M. A. J. Biol. Chem. 2012, 287, 13084
256. Ketchart, W.; Smith, K. M.; Krupka, T.; Wittmann, B. M.; Hu, Y.; Rayman, P. A.; Doughman, Y. Q.; Albert, J. M.; Bai, X.; Finke, J. H.; Xu, Y.; Exner, A. A.; Montano, M. M. Oncogene 2012, 10.1038/onc.2012.405
257. Ketchart, W.; Ogba, N.; Kresak, A.; Albert, J. M.; Pink, J. J.; Montano, M. M. Oncogene 2011, 30, 3563
258. Gupta, S.; Busch, R. K.; Singh, R.; Reddy, R. J. Biol. Chem. 1990, 265, 19137
259. Jeronimo, C.; Forget, D.; Bouchard, A.; Li, Q.; Chua, G.; Poitras, C.; Therien, C.; Bergeron, D.; Bourassa, S.; Greenblatt, J.; Chabot, B.; Poirier, G. G.; Hughes, T. R.; Blanchette, M.; Price, D. H.; Coulombe, B. Mol. Cell 2007, 27, 262
260. Xue, Y.; Yang, Z.; Chen, R.; Zhou, Q. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 360
261. Cosgrove, M. S.; Ding, Y.; Rennie, W. A.; Lane, M. J.; Hanes, S. D. Wiley Interdiscip. Rev.: RNA 2012, 3, 633
262. He, N.; Jahchan, N. S.; Hong, E.; Li, Q.; Bayfield, M. A.; Maraia, R. J.; Luo, K.; Zhou, Q. Mol. Cell 2008, 29, 588
263. Markert, A.; Grimm, M.; Martinez, J.; Wiesner, J.; Meyerhans, A.; Meyuhas, O.; Sickmann, A.; Fischer, U. EMBO Rep. 2008, 9, 569
264. Barboric, M.; Lenasi, T.; Chen, H.; Johansen, E. B.; Guo, S.; Peterlin, B. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 7798
265. Bayfield, M. A.; Yang, R.; Maraia, R. J. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1799, 365
266. Alazami, A. M.; Al-Owain, M.; Alzahrani, F.; Shuaib, T.; Al-Shamrani, H.; Al-Falki, Y. H.; Al-Qahtani, S. M.; Alsheddi, T.; Colak, D.; Alkuraya, F. S. Hum. Mutat. 2012, 33, 1429
267. Cheng, Y.; Jin, Z.; Agarwal, R.; Ma, K.; Yang, J.; Ibrahim, S.; Olaru, A. V.; David, S.; Ashktorab, H.; Smoot, D. T.; Duncan, M. D.; Hutcheon, D. F.; Abraham, J. M.; Meltzer, S. J.; Mori, Y. Lab. Invest. 2012, 92, 1013
268. Barrandon, C.; Bonnet, F.; Nguyen, V. T.; Labas, V.; Bensaude, O. Mol. Cell. Biol. 2007, 27, 6996
269. Van Herreweghe, E.; Egloff, S.; Goiffon, I.; Jady, B. E.; Froment, C.; Monsarrat, B.; Kiss, T. EMBO J. 2007, 26, 3570
270. Tahirov, T. H.; Babayeva, N. D.; Varzavand, K.; Cooper, J. J.; Sedore, S. C.; Price, D. H. Nature 2010, 465, 747
271. Yang, Z.; Yik, J. H.; Chen, R.; He, N.; Jang, M. K.; Ozato, K.; Zhou, Q. Mol. Cell 2005, 19, 535
272. Casse, C.; Giannoni, F.; Nguyen, V. T.; Dubois, M. F.; Bensaude, O. J. Biol. Chem. 1999, 274, 16097
273. Bartholomeeusen, K.; Xiang, Y.; Fujinaga, K.; Peterlin, B. M. J. Biol. Chem. 2012, 287, 36609
274. Kim, Y. J.; Greer, C. B.; Cecchini, K. R.; Harris, L. N.; Tuck, D. P.; Kim, T. H. Oncogene 2013, 32, 2828
275. Biglione, S.; Byers, S. A.; Price, J. P.; Nguyen, V. T.; Bensaude, O.; Price, D. H.; Maury, W. Retrovirology 2007, 4, 47
276. Jang, M. K.; Mochizuki, K.; Zhou, M.; Jeong, H. S.; Brady, J. N.; Ozato, K. Mol. Cell 2005, 19, 523
277. D'Orso, I.; Frankel, A. D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 815
278. Prasanth, K. V.; Camiolo, M.; Chan, G.; Tripathi, V.; Denis, L.; Nakamura, T.; Hubner, M. R.; Spector, D. L. Mol. Biol. Cell 2010, 21, 4184
279. Meinhart, A.; Kamenski, T.; Hoeppner, S.; Baumli, S.; Cramer, P. Genes Dev. 2005, 19, 1401
280. Buratowski, S. Mol. Cell 2009, 36, 541
281. Heidemann, M.; Hintermair, C.; Voss, K.; Eick, D. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1829, 55
282. Baskaran, R.; Dahmus, M. E.; Wang, J. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 11167
283. Mayer, A.; Heidemann, M.; Lidschreiber, M.; Schreieck, A.; Sun, M.; Hintermair, C.; Kremmer, E.; Eick, D.; Cramer, P. Science 2012, 336, 1723
284. Baskaran, R.; Chiang, G. G.; Mysliwiec, T.; Kruh, G. D.; Wang, J. Y. J. Biol. Chem. 1997, 272, 18905
285. Blazek, D.; Kohoutek, J.; Bartholomeeusen, K.; Johansen, E.; Hulinkova, P.; Luo, Z.; Cimermancic, P.; Ule, J.; Peterlin, B. M. Genes Dev. 2011, 25, 2158
286. Bartkowiak, B.; Liu, P.; Phatnani, H. P.; Fuda, N. J.; Cooper, J. J.; Price, D. H.; Adelman, K.; Lis, J. T.; Greenleaf, A. L. Genes Dev. 2010, 24, 2303
287. Hintermair, C.; Heidemann, M.; Koch, F.; Descostes, N.; Gut, M.; Gut, I.; Fenouil, R.; Ferrier, P.; Flatley, A.; Kremmer, E.; Chapman, R. D.; Andrau, J. C.; Eick, D. EMBO J. 2012, 31, 2784
288. Akhtar, M. S.; Heidemann, M.; Tietjen, J. R.; Zhang, D. W.; Chapman, R. D.; Eick, D.; Ansari, A. Z. Mol. Cell 2009, 34, 387
289. Glover-Cutter, K.; Larochelle, S.; Erickson, B.; Zhang, C.; Shokat, K.; Fisher, R. P.; Bentley, D. L. Mol. Cell. Biol. 2009, 29, 5455
290. Kim, M.; Suh, H.; Cho, E. J.; Buratowski, S. J. Biol. Chem. 2009, 284, 26421
291. Liao, S. M.; Zhang, J.; Jeffery, D. A.; Koleske, A. J.; Thompson, C. M.; Chao, D. M.; Viljoen, M.; van Vuuren, H. J.; Young, R. A. Nature 1995, 374, 193
292. Sun, X.; Zhang, Y.; Cho, H.; Rickert, P.; Lees, E.; Lane, W.; Reinberg, D. Mol. Cell 1998, 2, 213
293. Dahmus, M. E. J. Biol. Chem. 1996, 271, 19009
294. Chesnut, J. D.; Stephens, J. H.; Dahmus, M. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 10500
295. Cho, H.; Kim, T. K.; Mancebo, H.; Lane, W. S.; Flores, O.; Reinberg, D. Genes Dev. 1999, 13, 1540
296. Lin, P. S.; Dubois, M. F.; Dahmus, M. E. J. Biol. Chem. 2002, 277, 45949
297. Ghosh, A.; Shuman, S.; Lima, C. D. Mol. Cell 2008, 32, 478
298. Hausmann, S.; Shuman, S. J. Biol. Chem. 2002, 277, 21213
299. Cho, E. J.; Kobor, M. S.; Kim, M.; Greenblatt, J.; Buratowski, S. Genes Dev. 2001, 15, 3319
300. Sun, Z. W.; Hampsey, M. Mol. Cell. Biol. 1996, 16, 1557
301. Krishnamurthy, S.; He, X.; Reyes-Reyes, M.; Moore, C.; Hampsey, M. Mol. Cell 2004, 14, 387
302. Xiang, K.; Nagaike, T.; Xiang, S.; Kilic, T.; Beh, M. M.; Manley, J. L.; Tong, L. Nature 2010, 467 (7316) 729 10.1038/nature09391
303. Zhang, D. W.; Mosley, A. L.; Ramisetty, S. R.; Rodriguez-Molina, J. B.; Washburn, M. P.; Ansari, A. Z. J. Biol. Chem. 2012, 287, 8541
304. Xiang, K.; Manley, J. L.; Tong, L. Genes Dev. 2012, 26, 2265
305. Yeo, M.; Lin, P. S.; Dahmus, M. E.; Gill, G. N. J. Biol. Chem. 2003, 278, 26078
306. Kamenski, T.; Heilmeier, S.; Meinhart, A.; Cramer, P. Mol. Cell 2004, 15, 399
307. Zhang, Y.; Kim, Y.; Genoud, N.; Gao, J.; Kelly, J. W.; Pfaff, S. L.; Gill, G. N.; Dixon, J. E.; Noel, J. P. Mol. Cell 2006, 24, 759
308. Mosley, A. L.; Pattenden, S. G.; Carey, M.; Venkatesh, S.; Gilmore, J. M.; Florens, L.; Workman, J. L.; Washburn, M. P. Mol. Cell 2009, 34, 168
309. Egloff, S.; Zaborowska, J.; Laitem, C.; Kiss, T.; Murphy, S. Mol. Cell 2012, 45, 111
310. Xiang, K.; Manley, J. L.; Tong, L. Nat. Commun. 2012, 3, 946
311. Shatkin, A. J. Cell 1976, 9, 645
312. Rasmussen, E. B.; Lis, J. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 7923
313. Moteki, S.; Price, D. Mol. Cell 2002, 10, 599
314. Shatkin, A. J.; Manley, J. L. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 838
315. Topisirovic, I.; Svitkin, Y. V.; Sonenberg, N.; Shatkin, A. J. Wiley Interdiscip. Rev.: RNA 2011, 2, 277
316. Ghosh, A.; Lima, C. D. Wiley Interdiscip. Rev.: RNA 2010, 1, 152
317. Ghosh, A.; Shuman, S.; Lima, C. D. Mol. Cell 2011, 43, 299
318. McCracken, S.; Fong, N.; Rosonina, E.; Yankulov, K.; Brothers, G.; Siderovski, D.; Hessel, A.; Foster, S.; Shuman, S.; Bentley, D. L. Genes Dev. 1997, 11, 3306
319. Cho, E. J.; Takagi, T.; Moore, C. R.; Buratowski, S. Genes Dev. 1997, 11, 3319
320. Ho, C. K.; Shuman, S. Mol. Cell 1999, 3, 405
321. Suh, M. H.; Meyer, P. A.; Gu, M.; Ye, P.; Zhang, M.; Kaplan, C. D.; Lima, C. D.; Fu, J. J. Biol. Chem. 2010, 285, 34027
322. Wen, Y.; Shatkin, A. J. Genes Dev. 1999, 13, 1774
323. Mandal, S. S.; Chu, C.; Wada, T.; Handa, H.; Shatkin, A. J.; Reinberg, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7572
324. Cowling, V. H.; Cole, M. D. Genes Cancer 2010, 1, 576
325. Cole, M. D.; Cowling, V. H. Oncogene 2009, 28, 1169
326. Jiao, X.; Chang, J. H.; Kilic, T.; Tong, L.; Kiledjian, M. Mol. Cell 2013, 50, 104
327. Chang, J. H.; Jiao, X.; Chiba, K.; Oh, C.; Martin, C. E.; Kiledjian, M.; Tong, L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2012, 19, 1011
328. Jiao, X.; Xiang, S.; Oh, C.; Martin, C. E.; Tong, L.; Kiledjian, M. Nature 2010, 467, 608
329. Jurica, M. S.; Moore, M. J. Mol. Cell 2003, 12, 5
330. Zhou, Z.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P.; Reed, R. Nature 2002, 419, 182
331. Jurica, M. S.; Licklider, L. J.; Gygi, S. R.; Grigorieff, N.; Moore, M. J. RNA 2002, 8, 426
332. Mortillaro, M. J.; Blencowe, B. J.; Wei, X.; Nakayasu, H.; Du, L.; Warren, S. L.; Sharp, P. A.; Berezney, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8253
333. Hirose, Y.; Tacke, R.; Manley, J. L. Genes Dev. 1999, 13, 1234
334. Misteli, T.; Spector, D. L. Mol. Cell 1999, 3, 697
335. David, C. J.; Manley, J. L. Transcription 2011, 2, 221
336. David, C. J.; Boyne, A. R.; Millhouse, S. R.; Manley, J. L. Genes Dev. 2011, 25, 972
337. Fong, Y. W.; Zhou, Q. Nature 2001, 414, 929
338. Lin, S.; Coutinho-Mansfield, G.; Wang, D.; Pandit, S.; Fu, X. D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 819
339. Montes, M.; Cloutier, A.; Sanchez-Hernandez, N.; Michelle, L.; Lemieux, B.; Blanchette, M.; Hernandez-Munain, C.; Chabot, B.; Sune, C. Mol. Cell. Biol. 2012, 32, 751
340. Ip, J. Y.; Schmidt, D.; Pan, Q.; Ramani, A. K.; Fraser, A. G.; Odom, D. T.; Blencowe, B. J. Genome Res. 2011, 21, 390
341. Kornblihtt, A. R. Adv. Exp. Med. Biol. 2007, 623, 175
342. Nogues, G.; Kadener, S.; Cramer, P.; de la Mata, M.; Fededa, J. P.; Blaustein, M.; Srebrow, A.; Kornblihtt, A. R. IUBMB Life 2003, 55, 235
343. Shukla, S.; Oberdoerffer, S. Biochim. Biophys. Acta 2012, 1819, 673
344. Close, P.; East, P.; Dirac-Svejstrup, A. B.; Hartmann, H.; Heron, M.; Maslen, S.; Chariot, A.; Soding, J.; Skehel, M.; Svejstrup, J. Q. Nature 2012, 484, 386
345. Proudfoot, N. Cell 1996, 87, 779
346. Colgan, D. F.; Manley, J. L. Genes Dev. 1997, 11, 2755
347. Shi, Y.; Di Giammartino, D. C.; Taylor, D.; Sarkeshik, A.; Rice, W. J.; Yates, J. R., III; Frank, J.; Manley, J. L. Mol. Cell 2009, 33, 365
348. Dominski, Z.; Marzluff, W. F. Gene 2007, 396, 373
349. Dominski, Z. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2007, 42, 67
350. Marzluff, W. F.; Wagner, E. J.; Duronio, R. J. Nat. Rev. Genet. 2008, 9, 843
351. Tan, D.; Marzluff, W. F.; Dominski, Z.; Tong, L. Science 2013, 339, 318
352. Sullivan, K. D.; Steiniger, M.; Marzluff, W. F. Mol. Cell 2009, 34, 322
353. Dominski, Z.; Yang, X. C.; Marzluff, W. F. Cell 2005, 123, 37
354. Adamson, T. E.; Shutt, D. C.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 2005, 280, 32262
355. McCracken, S.; Fong, N.; Yankulov, K.; Ballantyne, S.; Pan, G.; Greenblatt, J.; Patterson, S. D.; Wickens, M.; Bentley, D. L. Nature 1997, 385, 357
356. Meinhart, A.; Cramer, P. Nature 2004, 430, 223
357. Licatalosi, D. D.; Geiger, G.; Minet, M.; Schroeder, S.; Cilli, K.; McNeil, J. B.; Bentley, D. L. Mol. Cell 2002, 9, 1101
358. Ahn, S. H.; Kim, M.; Buratowski, S. Mol. Cell 2004, 13, 67
359. Ni, Z.; Schwartz, B. E.; Werner, J.; Suarez, J. R.; Lis, J. T. Mol. Cell 2004, 13, 55
360. Guo, J.; Garrett, M.; Micklem, G.; Brogna, S. Mol. Cell. Biol. 2011, 31, 639
361. Kim, M.; Ahn, S. H.; Krogan, N. J.; Greenblatt, J. F.; Buratowski, S. EMBO J. 2004, 23, 354
362. Glover-Cutter, K.; Kim, S.; Espinosa, J.; Bentley, D. L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 71
363. Dantonel, J. C.; Murthy, K. G.; Manley, J. L.; Tora, L. Nature 1997, 389, 399
364. El Kaderi, B.; Medler, S.; Raghunayakula, S.; Ansari, A. J. Biol. Chem. 2009, 284, 25015
365. Sheldon, K. E.; Mauger, D. M.; Arndt, K. M. Mol. Cell 2005, 20, 225
366. Rosonina, E.; Manley, J. L. Mol. Cell 2005, 20, 167
367. Penheiter, K. L.; Washburn, T. M.; Porter, S. E.; Hoffman, M. G.; Jaehning, J. A. Mol. Cell 2005, 20, 213
368. Nagaike, T.; Logan, C.; Hotta, I.; Rozenblatt-Rosen, O.; Meyerson, M.; Manley, J. L. Mol. Cell 2011, 41, 409
369. Martincic, K.; Alkan, S. A.; Cheatle, A.; Borghesi, L.; Milcarek, C. Nat. Immunol. 2009, 10, 1102
370. Hara, R.; Selby, C. P.; Liu, M.; Price, D. H.; Sancar, A. J. Biol. Chem. 1999, 274, 24779
371. Szalontai, T.; Gaspar, I.; Belecz, I.; Kerekes, I.; Erdelyi, M.; Boros, I.; Szabad, J. Genetics 2009, 181, 367
372. Shermoen, A. W.; O'Farrell, P. H. Cell 1991, 67, 303
373. Liu, M.; Xie, Z.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 1998, 273, 25541
374. Xie, Z.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 1998, 273, 3771
375. Xie, Z.; Price, D. H. J. Biol. Chem. 1996, 271, 11043
376. Ganesan, A.; Spivak, G.; Hanawalt, P. C. Prog. Mol. Biol. Transl. Sci. 2012, 110, 25
377. Brannan, K.; Kim, H.; Erickson, B.; Glover-Cutter, K.; Kim, S.; Fong, N.; Kiemele, L.; Hansen, K.; Davis, R.; Lykke-Andersen, J.; Bentley, D. L. Mol. Cell 2012, 46, 311
378. LaCava, J.; Houseley, J.; Saveanu, C.; Petfalski, E.; Thompson, E.; Jacquier, A.; Tollervey, D. Cell 2005, 121, 713
379. Wyers, F.; Rougemaille, M.; Badis, G.; Rousselle, J. C.; Dufour, M. E.; Boulay, J.; Regnault, B.; Devaux, F.; Namane, A.; Seraphin, B.; Libri, D.; Jacquier, A. Cell 2005, 121, 725
380. Vasiljeva, L.; Kim, M.; Terzi, N.; Soares, L. M.; Buratowski, S. Mol. Cell 2008, 29, 313
381. Thiebaut, M.; Kisseleva-Romanova, E.; Rougemaille, M.; Boulay, J.; Libri, D. Mol. Cell 2006, 23, 853
382. Steinmetz, E. J.; Conrad, N. K.; Brow, D. A.; Corden, J. L. Nature 2001, 413, 327
383. Vasiljeva, L.; Kim, M.; Mutschler, H.; Buratowski, S.; Meinhart, A. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 795
384. Gudipati, R. K.; Villa, T.; Boulay, J.; Libri, D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 786
385. Porrua, O.; Hobor, F.; Boulay, J.; Kubicek, K.; D'Aubenton-Carafa, Y.; Gudipati, R. K.; Stefl, R.; Libri, D. EMBO J. 2012, 31, 3935
386. Porrua, O.; Libri, D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20 (7) 884 10.1038/nsmb.2592
387. Skourti-Stathaki, K.; Proudfoot, N. J.; Gromak, N. Mol. Cell 2011, 42, 794
388. Connelly, S.; Manley, J. L. Genes Dev. 1988, 2, 440
389. Proudfoot, N. J. Trends Biochem. Sci. 1989, 14, 105
390. West, S.; Gromak, N.; Proudfoot, N. J. Nature 2004, 432, 522
391. Kim, M.; Krogan, N. J.; Vasiljeva, L.; Rando, O. J.; Nedea, E.; Greenblatt, J. F.; Buratowski, S. Nature 2004, 432, 517
392. Zhang, Z.; Fu, J.; Gilmour, D. S. Genes Dev. 2005, 19, 1572
393. Zhang, Z.; Gilmour, D. S. Mol. Cell 2006, 21, 65
394. Luo, W.; Johnson, A. W.; Bentley, D. L. Genes Dev. 2006, 20, 954
395. Tan-Wong, S. M.; Zaugg, J. B.; Camblong, J.; Xu, Z.; Zhang, D. W.; Mischo, H. E.; Ansari, A. Z.; Luscombe, N. M.; Steinmetz, L. M.; Proudfoot, N. J. Science 2012, 338, 671
396. Singh, B. N.; Hampsey, M. Mol. Cell 2007, 27, 806
397. O'Sullivan, J. M.; Tan-Wong, S. M.; Morillon, A.; Lee, B.; Coles, J.; Mellor, J.; Proudfoot, N. J. Nat. Genet. 2004, 36, 1014
398. Edelman, L. B.; Fraser, P. Curr. Opin. Genet. Dev. 2012, 22, 110
399. Rieder, D.; Trajanoski, Z.; McNally, J. G. Frontiers in genetics 2012, 3, 221
400. Deng, B.; Melnik, S.; Cook, P. R. Semin. Cancer Biol. 2013, 23 (2) 65 10.1016/j.semcancer.2012.01.003
401. Jackson, D. A.; Hassan, A. B.; Errington, R. J.; Cook, P. R. EMBO J. 1993, 12, 1059
402. Wansink, D. G.; Schul, W.; van der Kraan, I.; van Steensel, B.; van Driel, R.; de Jong, L. J. Cell Biol. 1993, 122, 283
403. Iborra, F. J.; Pombo, A.; Jackson, D. A.; Cook, P. R. J. Cell Sci. 1996, 109 (Pt 6) 1427
404. Hozak, P.; Jackson, D. A.; Cook, P. R. J. Cell Sci. 1994, 107 (Pt 8) 2191
405. Melnik, S.; Deng, B.; Papantonis, A.; Baboo, S.; Carr, I. M.; Cook, P. R. Nat. Methods 2011, 8, 963
406. Mitchell, J. A.; Fraser, P. Genes Dev. 2008, 22, 20
407. Ferrai, C.; Xie, S. Q.; Luraghi, P.; Munari, D.; Ramirez, F.; Branco, M. R.; Pombo, A.; Crippa, M. P. PLoS Biol. 2010, 8, e1000270
408. Larkin, J. D.; Cook, P. R.; Papantonis, A. Mol. Cell. Biol. 2012, 32, 2738