Bottom-Up Proteomics (2013-2015): Keeping up in the Era of Systems Biology

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 1, 2016, Pages 95-121

  Mayne, Janice ^a   Ning, Zhibin ^a   Zhang, Xu ^a   Starr, Amanda E ^a   Chen, Rui ^a   Deeke, Shelley ^a   Chiang, Cheng Kang ^a   Xu, Bo ^a   Wen, Ming ^a   Cheng, Kai ^a   Seebun, Deeptee ^a   Star, Alexandra ^a   Moore, Jasmine I ^a   Figeys, Daniel ^a  

^a UNIVERSITY OF OTTAWA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ANIMAL; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; PROTEOMICS; SYSTEMS BIOLOGY;

ANIMALS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; PROTEINS; PROTEOMICS; SYSTEMS BIOLOGY;

EID: 84953432599     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b04230     Document Type: Review

References (270)

1. Wisniewski, J. R.; Mann, M. Anal. Chem. 2012, 84, 2631-2637 10.1021/ac300006b
2. Wisniewski, J. R.; Prus, G. Anal. Chem. 2015, 87, 6861-6867 10.1021/acs.analchem.5b01215
3. Hughes, C. S.; Foehr, S.; Garfield, D. A.; Furlong, E. E.; Steinmetz, L. M.; Krijgsveld, J. Mol. Syst. Biol. 2014, 10, 757 10.15252/msb.20145625
4. Kulak, N. A.; Pichler, G.; Paron, I.; Nagaraj, N.; Mann, M. Nat. Methods 2014, 11, 319-324 10.1038/nmeth.2834
5. Zaccaria, A.; Roux-Dalvai, F.; Bouamrani, A.; Mombrun, A.; Mossuz, P.; Monsarrat, B.; Berger, F. Int. J. Nanomed. 2015, 10, 1869-1883 10.2147/IJN.S70503
6. Fischer, R.; Kessler, B. M. Proteomics 2015, 15, 1224-1229 10.1002/pmic.201400436
7. Hosp, F.; Scheltema, R. A.; Eberl, H. C.; Kulak, N. A.; Keilhauer, E. C.; Mayr, K.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2030-2041 10.1074/mcp.O115.049460
8. Binai, N. A.; Marino, F.; Soendergaard, P.; Bache, N.; Mohammed, S.; Heck, A. J. J. Proteome Res. 2015, 14, 977-985 10.1021/pr501011z
9. Hørning, O. B.; Kjeldsen, F.; Theodorsen, S.; Vorm, O.; Jensen, O. N. J. Proteome Res. 2008, 7, 3159-3167 10.1021/pr700865c
10. Falkenby, L. G.; Such-Sanmartin, G.; Larsen, M. R.; Vorm, O.; Bache, N.; Jensen, O. N. J. Proteome Res. 2014, 13, 6169-6175 10.1021/pr5008575
11. Li, J.; Zhou, L.; Wang, H.; Yan, H.; Li, N.; Zhai, R.; Jiao, F.; Hao, F.; Jin, Z.; Tian, F.; Peng, B.; Zhang, Y.; Qian, X. Analyst 2015, 140, 1281-1290 10.1039/c4an02092h
12. Jiang, S.; Zhang, Z.; Li, L. Journal of chromatography. A 2015, 1412, 75-81 10.1016/j.chroma.2015.07.121
13. Fang, P.; Liu, M.; Xue, Y.; Yao, J.; Zhang, Y.; Shen, H.; Yang, P. Analyst 2015, 140, 7613-7621 10.1039/c5an01505g
14. Stevens, T. J.; Arkin, I. T. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000, 39, 417-420 10.1002/(SICI)1097-0134(20000601)39:4<417::AID-PROT140>3.0.CO;2-Y
15. Lin, Y.; Wang, K.; Liu, Z.; Lin, H.; Yu, L. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2015, 1002, 144-151 10.1016/j.jchromb.2015.08.019
16. Lin, Y.; Zhou, J.; Bi, D.; Chen, P.; Wang, X.; Liang, S. Anal. Biochem. 2008, 377, 259-266 10.1016/j.ab.2008.03.009
17. Smolders, K.; Lombaert, N.; Valkenborg, D.; Baggerman, G.; Arckens, L. Sci. Rep. 2015, 5, 10917 10.1038/srep10917
18. Ning, Z.; Hawley, B.; Seebun, D.; Figeys, D. J. Membr. Biol. 2014, 247, 941-947 10.1007/s00232-014-9668-6
19. Berggard, T.; Linse, S.; James, P. Proteomics 2007, 7, 2833-2842 10.1002/pmic.200700131
20. Morris, J. H.; Knudsen, G. M.; Verschueren, E.; Johnson, J. R.; Cimermancic, P.; Greninger, A. L.; Pico, A. R. Nat. Protoc. 2014, 9, 2539-2554 10.1038/nprot.2014.164
21. Marcon, E.; Jain, H.; Bhattacharya, A.; Guo, H.; Phanse, S.; Pu, S.; Byram, G.; Collins, B. C.; Dowdell, E.; Fenner, M.; Guo, X.; Hutchinson, A.; Kennedy, J. J.; Krastins, B.; Larsen, B.; Lin, Z. Y.; Lopez, M. F.; Loppnau, P.; Miersch, S.; Nguyen, T.; Olsen, J. B.; Paduch, M.; Ravichandran, M.; Seitova, A.; Vadali, G.; Vogelsang, M. S.; Whiteaker, J. R.; Zhong, G.; Zhong, N.; Zhao, L.; Aebersold, R.; Arrowsmith, C. H.; Emili, A.; Frappier, L.; Gingras, A. C.; Gstaiger, M.; Paulovich, A. G.; Koide, S.; Kossiakoff, A. A.; Sidhu, S. S.; Wodak, S. J.; Graslund, S.; Greenblatt, J. F.; Edwards, A. M. Nat. Methods 2015, 12, 725-731 10.1038/nmeth.3472
22. Roux, K. J.; Kim, D. I.; Raida, M.; Burke, B. J. Cell Biol. 2012, 196, 801-810 10.1083/jcb.201112098
23. Lambert, J. P.; Mitchell, L.; Rudner, A.; Baetz, K.; Figeys, D. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 870-882 10.1074/mcp.M800447-MCP200
24. Lambert, J. P.; Tucholska, M.; Pawson, T.; Gingras, A. C. J. Proteomics 2014, 100, 55-59 10.1016/j.jprot.2013.12.022
25. Lambert, J. P.; Tucholska, M.; Go, C.; Knight, J. D.; Gingras, A. C. J. Proteomics 2015, 118, 81-94 10.1016/j.jprot.2014.09.011
26. Lambert, J. P.; Ivosev, G.; Couzens, A. L.; Larsen, B.; Taipale, M.; Lin, Z. Y.; Zhong, Q.; Lindquist, S.; Vidal, M.; Aebersold, R.; Pawson, T.; Bonner, R.; Tate, S.; Gingras, A. C. Nat. Methods 2013, 10, 1239-1245 10.1038/nmeth.2702
27. Zhang, Y.; Fonslow, B. R.; Shan, B.; Baek, M. C.; Yates, J. R., 3rd. Chem. Rev. 2013, 113, 2343-2394 10.1021/cr3003533
28. Olsen, J. V.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3444-3452 10.1074/mcp.O113.034181
29. Gajadhar, A. S.; White, F. M. Curr. Opin. Biotechnol. 2014, 28, 83-87 10.1016/j.copbio.2013.12.009
30. Zhang, Y.; Muller, M.; Xu, B.; Yoshida, Y.; Horlacher, O.; Nikitin, F.; Garessus, S.; Magdeldin, S.; Kinoshita, N.; Fujinaka, H.; Yaoita, E.; Hasegawa, M.; Lisacek, F.; Yamamoto, T. Proteomics 2015, 15, 2568-2579 10.1002/pmic.201400454
31. Hunter, T. Cell 2000, 100, 113-127 10.1016/S0092-8674(00)81688-8
32. Zhou, H. J.; Ye, M. L.; Dong, J.; Corradini, E.; Cristobal, A.; Heck, A. J. R.; Zou, H. F.; Mohammed, S. Nat. Protoc. 2013, 8, 461-480 10.1038/nprot.2013.010
33. Larsen, M. R.; Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. D. Molecular & Cellular Proteomics 2005, 4, 873-886 10.1074/mcp.T500007-MCP200
34. Xiong, Z. C.; Zhang, L. Y.; Fang, C. L.; Zhang, Q. Q.; Ji, Y. S.; Zhang, Z.; Zhang, W. B.; Zou, H. F. J. Mater. Chem. B 2014, 2, 4473-4480 10.1039/c4tb00479e
35. He, X. M.; Chen, X.; Zhu, G. T.; Wang, Q.; Yuan, B. F.; Feng, Y. Q. ACS Appl. Mater. Interfaces 2015, 7, 17356-17362 10.1021/acsami.5b04572
36. Zhao, M.; Deng, C. H.; Zhang, X. M. Chem. Commun. 2014, 50, 6228-6231 10.1039/c4cc01038h
37. Chen, Y. J.; Xiong, Z. C.; Peng, L.; Gan, Y. Y.; Zhao, Y. M.; Shen, J.; Qian, J. H.; Zhang, L. Y.; Zhang, W. B. ACS Appl. Mater. Interfaces 2015, 7, 16338-16347 10.1021/acsami.5b03335
38. Yan, Y.; Sun, X.; Deng, C.; Li, Y.; Zhang, X. Anal. Chem. 2014, 86, 4327-4332 10.1021/ac500047p
39. Wan, H.; Li, J. N.; Yu, W. G.; Liu, Z. Y.; Zhang, Q. Q.; Zhang, W. B.; Zou, H. F. Rsc Adv. 2014, 4, 45804-45808 10.1039/c4ra08692a
40. Jabeen, F.; Najam-ul-Haq, M.; Rainer, M.; Guzel, Y.; Huck, C. W.; Bonn, G. K. Anal. Chem. 2015, 87, 4726-4732 10.1021/ac504818s
41. Wang, M. Y.; Deng, C. H.; Li, Y.; Zhang, X. M. ACS Appl. Mater. Interfaces 2014, 6, 11775-11782 10.1021/am502530c
42. Wijeratne, A. B.; Wijesundera, D. N.; Paulose, M.; Ahiabu, I. B.; Chu, W. K.; Varghese, O. K.; Greis, K. D. ACS Appl. Mater. Interfaces 2015, 7, 11155-11164 10.1021/acsami.5b00799
43. Min, Q. H.; Li, S. Y.; Chen, X. Q.; Abdel-Halim, E. S.; Jiang, L. P.; Zhu, J. J. ACS Appl. Mater. Interfaces 2015, 7, 9563-9572 10.1021/acsami.5b01006
44. Chen, X. Q.; Li, S. Y.; Zhang, X. X.; Min, Q. H.; Zhu, J. J. Nanoscale 2015, 7, 5815-5825 10.1039/c4nr07041k
45. Trentini, D. B.; Fuhrmann, J.; Mechtler, K.; Clausen, T. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 1953 10.1074/mcp.O113.035790
46. Song, C. X.; Ye, M. L.; Han, G. H.; Jiang, X. N.; Wang, F. J.; Yu, Z. Y.; Chen, R.; Zou, H. F. Anal. Chem. 2010, 82, 53-56 10.1021/ac9023044
47. Batth, T. S.; Francavilla, C.; Olsen, J. V. J. Proteome Res. 2014, 13, 6176-6186 10.1021/pr500893m
48. Villen, J.; Gygi, S. P. Nat. Protoc. 2008, 3, 1630-1638 10.1038/nprot.2008.150
49. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J. X.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 12130-12135 10.1073/pnas.0404720101
50. Zarei, M.; Sprenger, A.; Metzger, F.; Gretzmeier, C.; Dengjel, J. J. Proteome Res. 2011, 10, 3474-3483 10.1021/pr200092z
51. Han, G. H.; Ye, M. L.; Zhou, H. J.; Jiang, X. N.; Feng, S.; Jiang, X. G.; Tian, R. J.; Wan, D. F.; Zou, H. F.; Gu, J. R. Proteomics 2008, 8, 1346-1361 10.1002/pmic.200700884
52. Alpert, A. J.; Hudecz, O.; Mechtler, K. Anal. Chem. 2015, 87, 4704-4711 10.1021/ac504420c
53. Alpert, A. J. Anal. Chem. 2008, 80, 62-76 10.1021/ac070997P
54. Gan, C. S.; Guo, T. N.; Zhang, H. M.; Lim, S. K.; Sze, S. K. J. Proteome Res. 2008, 7, 4869-4877 10.1021/pr800473j
55. McNulty, D. E.; Annan, R. S. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 971-980 10.1074/mcp.M700543-MCP200
56. Boersema, P. J.; Mohammed, S.; Heck, A. J. R. Anal. Bioanal. Chem. 2008, 391, 151-159 10.1007/s00216-008-1865-7
57. Loroch, S.; Zahedi, R. P.; Sickmann, A. Anal. Chem. 2015, 87, 1596-1604 10.1021/ac502708m
58. Zappacosta, F.; Scott, G. F.; Huddleston, M. J.; Annan, R. S. J. Proteome Res. 2015, 14, 997-1009 10.1021/pr501025e
59. Udeshi, N. D.; Mertins, P.; Svinkina, T.; Carr, S. A. Nat. Protoc. 2013, 8, 1950-1960 10.1038/nprot.2013.120
60. Akimov, V.; Henningsen, J.; Hallenborg, P.; Rigbolt, K. T.; Jensen, S. S.; Nielsen, M. M.; Kratchmarova, I.; Blagoev, B. J. Proteome Res. 2014, 13, 4192-4204 10.1021/pr500549h
61. Min, M.; Mayor, U.; Dittmar, G.; Lindon, C. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2411-2425 10.1074/mcp.M113.033498
62. Porras-Yakushi, T. R.; Sweredoski, M. J.; Hess, S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2015, 26, 1580-1587 10.1007/s13361-015-1168-0
63. Valkevich, E. M.; Sanchez, N. A.; Ge, Y.; Strieter, E. R. Biochemistry 2014, 53, 4979-4989 10.1021/bi5006305
64. Svinkina, T.; Gu, H.; Silva, J. C.; Mertins, P.; Qiao, J.; Fereshetian, S.; Jaffe, J. D.; Kuhn, E.; Udeshi, N. D.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2429-2440 10.1074/mcp.O114.047555
65. Bryson, B. D.; Del Rosario, A. M.; Gootenberg, J. S.; Yaffe, M. B.; White, F. M. Proteomics 2015, 15, 1470-1475 10.1002/pmic.201400401
66. Lai, Z. W.; Gomez-Auli, A.; Keller, E. J.; Mayer, B.; Biniossek, M. L.; Schilling, O. Proteomics 2015, 15, 2470-2478 10.1002/pmic.201500023
67. Wang, H.; Li, H.; Zhang, W.; Wei, L.; Yu, H.; Yang, P. Proteomics 2014, 14, 78-86 10.1002/pmic.201200544
68. Cova, M.; Oliveira-Silva, R.; Ferreira, J. A.; Ferreira, R.; Amado, F.; Daniel-da-Silva, A. L.; Vitorino, R. Methods Mol. Biol. 2015, 1243, 83-100 10.1007/978-1-4939-1872-0-5
69. Ruiz-May, E.; Hucko, S.; Howe, K. J.; Zhang, S.; Sherwood, R. W.; Thannhauser, T. W.; Rose, J. K. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 566-579 10.1074/mcp.M113.028969
70. Zhang, H.; Li, X. J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660-666 10.1038/nbt827
71. Cao, Q.; Ma, C.; Bai, H.; Li, X.; Yan, H.; Zhao, Y.; Ying, W.; Qian, X. Analyst 2014, 139, 603-609 10.1039/c3an01532g
72. Huang, G.; Sun, Z.; Qin, H.; Zhao, L.; Xiong, Z.; Peng, X.; Ou, J.; Zou, H. Analyst 2014, 139, 2199-2206 10.1039/c4an00076e
73. Huang, J.; Qin, H.; Sun, Z.; Huang, G.; Mao, J.; Cheng, K.; Zhang, Z.; Wan, H.; Yao, Y.; Dong, J.; Zhu, J.; Wang, F.; Ye, M.; Zou, H. Sci. Rep. 2015, 5, 10164 10.1038/srep10164
74. Zhang, Z.; Sun, D.; Cong, Y.; Mao, J.; Huang, J.; Qin, H.; Liu, J.; Huang, G.; Wang, L.; Ye, M.; Zou, H. J. Proteome Res. 2015, 14, 3892-3899 10.1021/acs.jproteome.5b00306
75. Chen, R.; Seebun, D.; Ye, M.; Zou, H.; Figeys, D. J. Proteomics 2014, 103, 194-203 10.1016/j.jprot.2014.03.040
76. Wu, S.; Li, X.; Zhang, F.; Jiang, G.; Liang, X.; Yang, B. Analyst 2015, 140, 3921-3924 10.1039/c5an00570a
77. Wang, J.; Wang, Y.; Gao, M.; Zhang, X.; Yang, P. ACS Appl. Mater. Interfaces 2015, 7, 16011-16017 10.1021/acsami.5b04295
78. Li, J.; Wang, F.; Liu, J.; Xiong, Z.; Huang, G.; Wan, H.; Liu, Z.; Cheng, K.; Zou, H. Chem. Commun. 2015, 51, 4093-4096 10.1039/c5cc00187k
79. Ding, P.; Li, X.; Qing, G.; Sun, T.; Liang, X. Chem. Commun. 2015, 51, 16111-16114 10.1039/c5cc06279a
80. Woo, C. M.; Iavarone, A. T.; Spiciarich, D. R.; Palaniappan, K. K.; Bertozzi, C. R. Nat. Methods 2015, 12, 561-567 10.1038/nmeth.3366
81. Khoury, G. A.; Baliban, R. C.; Floudas, C. A. Sci. Rep. 2011, 1, 90 10.1038/srep00090
82. Levy, D.; Liu, C. L.; Yang, Z.; Newman, A. M.; Alizadeh, A. A.; Utz, P. J.; Gozani, O. Epigenet. Chromatin 2011, 4, 19 10.1186/1756-8935-4-19
83. Moore, K. E.; Gozani, O. Biochim. Biophys. Acta, Gene Regul. Mech. 2014, 1839, 1395-1403 10.1016/j.bbagrm.2014.02.008
84. Ong, S. E.; Mittler, G.; Mann, M. Nat. Methods 2004, 1, 119-126 10.1038/nmeth715
85. Liu, H.; Galka, M.; Mori, E.; Liu, X.; Lin, Y. F.; Wei, R.; Pittock, P.; Voss, C.; Dhami, G.; Li, X.; Miyaji, M.; Lajoie, G.; Chen, B.; Li, S. S. Mol. Cell 2013, 50, 723-735 10.1016/j.molcel.2013.04.025
86. Moore, K. E.; Carlson, S. M.; Camp, N. D.; Cheung, P.; James, R. G.; Chua, K. F.; Wolf-Yadlin, A.; Gozani, O. Mol. Cell 2013, 50, 444-456 10.1016/j.molcel.2013.03.005
87. Bremang, M.; Cuomo, A.; Agresta, A. M.; Stugiewicz, M.; Spadotto, V.; Bonaldi, T. Mol. BioSyst. 2013, 9, 2231-2247 10.1039/c3mb00009e
88. Guo, A.; Gu, H.; Zhou, J.; Mulhern, D.; Wang, Y.; Lee, K. A.; Yang, V.; Aguiar, M.; Kornhauser, J.; Jia, X.; Ren, J.; Beausoleil, S. A.; Silva, J. C.; Vemulapalli, V.; Bedford, M. T.; Comb, M. J. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 372-387 10.1074/mcp.O113.027870
89. Cao, X. J.; Arnaudo, A. M.; Garcia, B. A. Epigenetics 2013, 8, 477-485 10.4161/epi.24547
90. Sylvestersen, K. B.; Horn, H.; Jungmichel, S.; Jensen, L. J.; Nielsen, M. L. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2072-2088 10.1074/mcp.O113.032748
91. Wu, Z.; Cheng, Z.; Sun, M.; Wan, X.; Liu, P.; He, T.; Tan, M.; Zhao, Y. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 329-339 10.1074/mcp.M114.044255
92. Bland, C.; Bellanger, L.; Armengaud, J. J. Proteome Res. 2014, 13, 668-680 10.1021/pr400774z
93. Liu, M.; Fang, C.; Pan, X.; Jiang, H.; Zhang, L.; Zhang, L.; Zhang, Y.; Yang, P.; Lu, H. Anal. Chem. 2015, 87, 9916-9922 10.1021/acs.analchem.5b02437
94. Nika, H.; Hawke, D. H.; Angeletti, R. H. J. Biomol Tech 2014, 25, 1-18 10.7171/jbt.14-2501-001
95. Richards, A. L.; Merrill, A. E.; Coon, J. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2015, 24, 11-17 10.1016/j.cbpa.2014.10.017
96. Wisniewski, J. R.; Dus, K.; Mann, M. Proteomics: Clin. Appl. 2013, 7, 225-233 10.1002/prca.201200046
97. Michalski, A.; Cox, J.; Mann, M. J. Proteome Res. 2011, 10, 1785-1793 10.1021/pr101060v
98. Scheltema, R. A.; Hauschild, J. P.; Lange, O.; Hornburg, D.; Denisov, E.; Damoc, E.; Kuehn, A.; Makarov, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 3698-3708 10.1074/mcp.M114.043489
99. Hebert, A. S.; Richards, A. L.; Bailey, D. J.; Ulbrich, A.; Coughlin, E. E.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 339-347 10.1074/mcp.M113.034769
100. Beck, S.; Michalski, A.; Raether, O.; Lubeck, M.; Kaspar, S.; Goedecke, N.; Baessmann, C.; Hornburg, D.; Meier, F.; Paron, I.; Kulak, N. A.; Cox, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2014-2029 10.1074/mcp.M114.047407
101. Deshmukh, A. S.; Murgia, M.; Nagaraj, N.; Treebak, J. T.; Cox, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 841-853 10.1074/mcp.M114.044222
102. Thakur, S. S.; Geiger, T.; Chatterjee, B.; Bandilla, P.; Frohlich, F.; Cox, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110 003699 10.1074/mcp.M110.003699
103. Burgess, M. W.; Keshishian, H.; Mani, D. R.; Gillette, M. A.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 1137-1149 10.1074/mcp.M113.034660
104. Wang, Y.; Yang, F.; Gritsenko, M. A.; Wang, Y.; Clauss, T.; Liu, T.; Shen, Y.; Monroe, M. E.; Lopez-Ferrer, D.; Reno, T.; Moore, R. J.; Klemke, R. L.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Proteomics 2011, 11, 2019-2026 10.1002/pmic.201000722
105. Bian, Y.; Song, C.; Cheng, K.; Dong, M.; Wang, F.; Huang, J.; Sun, D.; Wang, L.; Ye, M.; Zou, H. J. Proteomics 2014, 96, 253-262 10.1016/j.jprot.2013.11.014
106. Krisp, C.; Yang, H.; van Soest, R.; Molloy, M. P. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 1708-1719 10.1074/mcp.M114.046425
107. Orton, D. J.; Wall, M. J.; Doucette, A. A. J. Proteome Res. 2013, 12, 5963-5970 10.1021/pr400738a
108. Baker, E. S.; Livesay, E. A.; Orton, D. J.; Moore, R. J.; Danielson, W. F., 3rd; Prior, D. C.; Ibrahim, Y. M.; LaMarche, B. L.; Mayampurath, A. M.; Schepmoes, A. A.; Hopkins, D. F.; Tang, K.; Smith, R. D.; Belov, M. E. J. Proteome Res. 2010, 9, 997-1006 10.1021/pr900888b
109. Lau, H. T.; Suh, H. W.; Golkowski, M.; Ong, S. E. J. Proteome Res. 2014, 13, 4164-4174 10.1021/pr500630a
110. Frost, D. C.; Greer, T.; Li, L. Anal. Chem. 2015, 87, 1646-1654 10.1021/ac503276z
111. Everley, R. A.; Kunz, R. C.; McAllister, F. E.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2013, 85, 5340-5346 10.1021/ac400845e
112. Hebert, A. S.; Merrill, A. E.; Stefely, J. A.; Bailey, D. J.; Wenger, C. D.; Westphall, M. S.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3360-3369 10.1074/mcp.M113.032011
113. Hebert, A. S.; Merrill, A. E.; Bailey, D. J.; Still, A. J.; Westphall, M. S.; Strieter, E. R.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Nat. Methods 2013, 10, 332-334 10.1038/nmeth.2378
114. Ow, S. Y.; Salim, M.; Noirel, J.; Evans, C.; Rehman, I.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2009, 8, 5347-5355 10.1021/pr900634c
115. McAlister, G. C.; Nusinow, D. P.; Jedrychowski, M. P.; Wuhr, M.; Huttlin, E. L.; Erickson, B. K.; Rad, R.; Haas, W.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2014, 86, 7150-7158 10.1021/ac502040v
116. Cox, J.; Hein, M. Y.; Luber, C. A.; Paron, I.; Nagaraj, N.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2513-2526 10.1074/mcp.M113.031591
117. Schwanhausser, B.; Busse, D.; Li, N.; Dittmar, G.; Schuchhardt, J.; Wolf, J.; Chen, W.; Selbach, M. Nature 2011, 473, 337-342 10.1038/nature10098
118. Lu, P.; Vogel, C.; Wang, R.; Yao, X.; Marcotte, E. M. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 117-124 10.1038/nbt1270
119. Wisniewski, J. R.; Hein, M. Y.; Cox, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 3497-3506 10.1074/mcp.M113.037309
120. Brunner, A.; Kellermann, J.; Lottspeich, F. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2014, 1844, 21-28 10.1016/j.bbapap.2013.02.019
121. Guo, Y.; Miyagi, M.; Zeng, R.; Sheng, Q. BioMed. Res. Int. 2014, 2014, 971857 10.1155/2014/971857
122. Rosenberger, G.; Ludwig, C.; Rost, H. L.; Aebersold, R.; Malmstrom, L. Bioinformatics 2014, 30, 2511-2513 10.1093/bioinformatics/btu200
123. Malm, E. K.; Srivastava, V.; Sundqvist, G.; Bulone, V. BMC Bioinf. 2014, 15, 441 10.1186/s12859-014-0441-8
124. Wang, Y.; Ahn, T. H.; Li, Z.; Pan, C. Bioinformatics 2013, 29, 2064-2065 10.1093/bioinformatics/btt329
125. Bailey, D. J.; Rose, C. M.; McAlister, G. C.; Brumbaugh, J.; Yu, P.; Wenger, C. D.; Westphall, M. S.; Thomson, J. A.; Coon, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 8411-8416 10.1073/pnas.1205292109
126. Graumann, J.; Scheltema, R. A.; Zhang, Y.; Cox, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111 013185 10.1074/mcp.M111.013185
127. Bailey, D. J.; McDevitt, M. T.; Westphall, M. S.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. J. Proteome Res. 2014, 13, 2152-2161 10.1021/pr401278j
128. Palaniappan, K. K.; Pitcher, A. A.; Smart, B. P.; Spiciarich, D. R.; Iavarone, A. T.; Bertozzi, C. R. ACS Chem. Biol. 2011, 6, 829-836 10.1021/cb100338x
129. Gallien, S.; Duriez, E.; Crone, C.; Kellmann, M.; Moehring, T.; Domon, B. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1709-1723 10.1074/mcp.O112.019802
130. Peterson, A. C.; Russell, J. D.; Bailey, D. J.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1475-1488 10.1074/mcp.O112.020131
131. Gillet, L. C.; Navarro, P.; Tate, S.; Rost, H.; Selevsek, N.; Reiter, L.; Bonner, R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, O111.016717 10.1074/mcp.O111.016717
132. Picotti, P.; Clement-Ziza, M.; Lam, H.; Campbell, D. S.; Schmidt, A.; Deutsch, E. W.; Rost, H.; Sun, Z.; Rinner, O.; Reiter, L.; Shen, Q.; Michaelson, J. J.; Frei, A.; Alberti, S.; Kusebauch, U.; Wollscheid, B.; Moritz, R. L.; Beyer, A.; Aebersold, R. Nature 2013, 494, 266-270 10.1038/nature11835
133. Egertson, J. D.; MacLean, B.; Johnson, R.; Xuan, Y.; MacCoss, M. J. Nat. Protoc. 2015, 10, 887-903 10.1038/nprot.2015.055
134. Bruderer, R.; Bernhardt, O. M.; Gandhi, T.; Miladinovic, S. M.; Cheng, L. Y.; Messner, S.; Ehrenberger, T.; Zanotelli, V.; Butscheid, Y.; Escher, C.; Vitek, O.; Rinner, O.; Reiter, L. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 1400-1410 10.1074/mcp.M114.044305
135. Zi, J.; Zhang, S.; Zhou, R.; Zhou, B.; Xu, S.; Hou, G.; Tan, F.; Wen, B.; Wang, Q.; Lin, L.; Liu, S. Anal. Chem. 2014, 86, 7242-7246 10.1021/ac501828a
136. de Graaf, E. L.; Altelaar, A. F.; van Breukelen, B.; Mohammed, S.; Heck, A. J. J. Proteome Res. 2011, 10, 4334-4341 10.1021/pr200156b
137. Ting, Y. S.; Egertson, J. D.; Payne, S. H.; Kim, S.; MacLean, B.; Kall, L.; Aebersold, R. H.; Smith, R. D.; Noble, W. S.; MacCoss, M. J. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2301 10.1074/mcp.O114.047035
138. Escher, C.; Reiter, L.; MacLean, B.; Ossola, R.; Herzog, F.; Chilton, J.; MacCoss, M. J.; Rinner, O. Proteomics 2012, 12, 1111-1121 10.1002/pmic.201100463
139. Kim, S.; Pevzner, P. A. Nat. Commun. 2014, 5, 5277 10.1038/ncomms6277
140. Dorfer, V.; Pichler, P.; Stranzl, T.; Stadlmann, J.; Taus, T.; Winkler, S.; Mechtler, K. J. Proteome Res. 2014, 13, 3679-3684 10.1021/pr500202e
141. Chick, J. M.; Kolippakkam, D.; Nusinow, D. P.; Zhai, B.; Rad, R.; Huttlin, E. L.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2015, 33, 743-749 10.1038/nbt.3267
142. Nahnsen, S.; Sachsenberg, T.; Kohlbacher, O. Proteomics 2013, 13, 1042-1051 10.1002/pmic.201200315
143. Pascal, B. D.; West, G. M.; Scharager-Tapia, C.; Flefil, R.; Moroni, T.; Martinez-Acedo, P.; Griffin, P. R.; Carvalloza, A. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2015, 10.1007/s13361-015-1229-4
144. Abshiru, N.; Caron-Lizotte, O.; Rajan, R. E.; Jamai, A.; Pomies, C.; Verreault, A.; Thibault, P. Nat. Commun. 2015, 6, 8648 10.1038/ncomms9648
145. Fermin, D.; Walmsley, S. J.; Gingras, A. C.; Choi, H.; Nesvizhskii, A. I. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3409-3419 10.1074/mcp.M113.028928
146. Nanni, P.; Panse, C.; Gehrig, P.; Mueller, S.; Grossmann, J.; Schlapbach, R. Proteomics 2013, 13, 2251-2255 10.1002/pmic.201300036
147. He, L.; Xin, L.; Shan, B.; Lajoie, G. A.; Ma, B. J. Proteome Res. 2014, 13, 3881-3895 10.1021/pr401115y
148. Lynn, K. S.; Chen, C. C.; Lih, T. M.; Cheng, C. W.; Su, W. C.; Chang, C. H.; Cheng, C. Y.; Hsu, W. L.; Chen, Y. J.; Sung, T. Y. Anal. Chem. 2015, 87, 2466-2473 10.1021/ac5044829
149. Liu, M.; Zhang, Y.; Chen, Y.; Yan, G.; Shen, C.; Cao, J.; Zhou, X.; Liu, X.; Zhang, L.; Shen, H.; Lu, H.; He, F.; Yang, P. J. Proteome Res. 2014, 13, 3121-3129 10.1021/pr500238v
150. Cheng, K.; Chen, R.; Seebun, D.; Ye, M.; Figeys, D.; Zou, H. J. Proteomics 2014, 110, 145-154 10.1016/j.jprot.2014.08.006
151. Toghi Eshghi, S.; Shah, P.; Yang, W.; Li, X.; Zhang, H. Anal. Chem. 2015, 87, 5181-5188 10.1021/acs.analchem.5b00024
152. Goyallon, A.; Cholet, S.; Chapelle, M.; Junot, C.; Fenaille, F. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2015, 29, 461-473 10.1002/rcm.7125
153. Nesvizhskii, A. I. J. Proteomics 2010, 73, 2092-2123 10.1016/j.jprot.2010.08.009
154. Kall, L.; Storey, J. D.; MacCoss, M. J.; Noble, W. S. J. Proteome Res. 2008, 7, 40-44 10.1021/pr700739d
155. Ivanov, M. V.; Levitsky, L. I.; Lobas, A. A.; Panic, T.; Laskay, U.; Mitulovic, G.; Schmid, R.; Pridatchenko, M. L.; Tsybin, Y. O.; Gorshkov, M. V. J. Proteome Res. 2014, 13, 1911-1920 10.1021/Pr401026y
156. Kelchtermans, P.; Bittremieux, W.; De Grave, K.; Degroeve, S.; Ramon, J.; Laukens, K.; Valkenborg, D.; Barsnes, H.; Martens, L. Proteomics 2014, 14, 353-366 10.1002/pmic.201300289
157. Jian, L.; Niu, X. N.; Xia, Z. H.; Samir, P.; Sumanasekera, C.; Mu, Z.; Jennings, J. L.; Hoek, K. L.; Allos, T.; Howard, L. M.; Edwards, K. M.; Weil, P. A.; Link, A. J. J. Proteome Res. 2013, 12, 1108-1119 10.1021/Pr300631t
158. Kall, L.; Canterbury, J. D.; Weston, J.; Noble, W. S.; MacCoss, M. J. Nat. Methods 2007, 4, 923-925 10.1038/Nmeth1113
159. Gonnelli, G.; Stock, M.; Verwaeren, J.; Maddelein, D.; De Baets, B.; Martens, L.; Degroeve, S. A. J. Proteome Res. 2015, 14, 1792-1798 10.1021/Pr501164r
160. Howbert, J. J.; Noble, W. S. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2467-2479 10.1074/mcp.
161. Cao, J.; Zhang, S. Biometrics 2014, 70, 84-94 10.1111/biom.12122
162. Sun, H.; Wang, H.; Zhu, R.; Tang, K.; Gong, Q.; Cui, J.; Cao, Z.; Liu, Q. Bioinformatics 2014, 30, 737-739 10.1093/bioinformatics/btt576
163. Pathan, M.; Keerthikumar, S.; Ang, C. S.; Gangoda, L.; Quek, C. Y.; Williamson, N. A.; Mouradov, D.; Sieber, O. M.; Simpson, R. J.; Salim, A.; Bacic, A.; Hill, A. F.; Stroud, D. A.; Ryan, M. T.; Agbinya, J. I.; Mariadason, J. M.; Burgess, A. W.; Mathivanan, S. Proteomics 2015, 15, 2597-2601 10.1002/pmic.201400515
164. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Methods Mol. Biol. 2010, 604, 55-71 10.1007/978-1-60761-444-9-5
165. Ashburner, M.; Ball, C. A.; Blake, J. A.; Botstein, D.; Butler, H.; Cherry, J. M.; Davis, A. P.; Dolinski, K.; Dwight, S. S.; Eppig, J. T.; Harris, M. A.; Hill, D. P.; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S.; Matese, J. C.; Richardson, J. E.; Ringwald, M.; Rubin, G. M.; Sherlock, G. Nat. Genet. 2000, 25, 25-29 10.1038/75556
166. Kanehisa, M.; Goto, S. KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes Nucleic Acids Res. 2000, 28, 27-30 10.1093/nar/28.1.27
167. Kumar, A. A.; Holm, L.; Toronen, P. BMC Bioinf. 2013, 14, 242 10.1186/1471-2105-14-242
168. Huang, D. W.; Sherman, B. T.; Lempicki, R. A. Nat. Protoc. 2009, 4, 44-57 10.1038/nprot.2008.211
169. Wu, X.; Hasan, M. A.; Chen, J. Y. J. Theor. Biol. 2014, 362, 44-52 10.1016/j.jtbi.2014.05.031
170. Alexa, A.; Rahnenfuhrer, J.; Lengauer, T. Bioinformatics 2006, 22, 1600-1607 10.1093/bioinformatics/btl140
171. Huang, D. W.; Sherman, B. T.; Tan, Q.; Collins, J. R.; Alvord, W. G.; Roayaei, J.; Stephens, R.; Baseler, M. W.; Lane, H. C.; Lempicki, R. A. Genome Biol. 2007, 8, R183 10.1186/gb-2007-8-9-r183
172. Glass, K.; Girvan, M. Sci. Rep. 2014, 4, 4191 10.1038/srep04191
173. Jaffe, J. D.; Berg, H. C.; Church, G. M. Proteomics 2004, 4, 59-77 10.1002/pmic.200300511
174. Zhang, B.; Wang, J.; Wang, X.; Zhu, J.; Liu, Q.; Shi, Z.; Chambers, M. C.; Zimmerman, L. J.; Shaddox, K. F.; Kim, S.; Davies, S. R.; Wang, S.; Wang, P.; Kinsinger, C. R.; Rivers, R. C.; Rodriguez, H.; Townsend, R. R.; Ellis, M. J.; Carr, S. A.; Tabb, D. L.; Coffey, R. J.; Slebos, R. J.; Liebler, D. C.; NCI CPTAC Nature 2014, 513, 382-387 10.1038/nature13438
175. NCBI Resource Coordinators Nucleic Acids Res. 2015, 43, D6-17 10.1093/nar/gku1130
176. Hamosh, A.; Scott, A. F.; Amberger, J. S.; Bocchini, C. A.; McKusick, V. A. Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), a knowledgebase of human genes and genetic disorders Nucleic acids research 2005, 33, D514-D517 10.1093/nar/gki033
177. Kawabata, T.; Ota, M.; Nishikawa, K. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 355-357 10.1093/nar/27.1.355
178. Tabas-Madrid, D.; Alves-Cruzeiro, J.; Segura, V.; Guruceaga, E.; Vialas, V.; Prieto, G.; Garcia, C.; Corrales, F. J.; Albar, J. P.; Pascual-Montano, A. J. Proteome Res. 2015, 14, 3738-3749 10.1021/acs.jproteome.5b00466
179. Helmy, M.; Sugiyama, N.; Tomita, M.; Ishihama, Y. Front. Plant Sci. 2012, 3, 65 10.3389/fpls.2012.00065
180. Jeong, S. K.; Hancock, W. S.; Paik, Y. K. J. Proteome Res. 2015, 14, 3710-3719 10.1021/acs.jproteome.5b00541
181. Wang, X.; Zhang, B. Bioinformatics 2013, 29, 3235-3237 10.1093/bioinformatics/btt543
182. Zickmann, F.; Renard, B. Y. Bioinformatics 2015, 31, i106-115 10.1093/bioinformatics/btv236
183. Vermillion, K. L.; Jagtap, P.; Johnson, J. E.; Griffin, T. J.; Andrews, M. T. J. Proteome Res. 2015, 14, 4792 10.1021/acs.jproteome.5b00575
184. Risk, B. A.; Spitzer, W. J.; Giddings, M. C. J. Proteome Res. 2013, 12, 3019-3025 10.1021/pr400208w
185. Tovchigrechko, A.; Venepally, P.; Payne, S. H. Bioinformatics 2014, 30, 1469-1470 10.1093/bioinformatics/btu051
186. Kim, H.; Park, H.; Paek, E. J. Proteome Res. 2015, 14, 2784-2791 10.1021/acs.jproteome.5b00047
187. Nagaraj, S. H.; Waddell, N.; Madugundu, A. K.; Wood, S.; Jones, A.; Mandyam, R. A.; Nones, K.; Pearson, J. V.; Grimmond, S. M. J. Proteome Res. 2015, 14, 2255-2266 10.1021/acs.jproteome.5b00029
188. Krasnov, G. S.; Dmitriev, A. A.; Kudryavtseva, A. V.; Shargunov, A. V.; Karpov, D. S.; Uroshlev, L. A.; Melnikova, N. V.; Blinov, V. M.; Poverennaya, E. V.; Archakov, A. I.; Lisitsa, A. V.; Ponomarenko, E. A. J. Proteome Res. 2015, 14, 3729-3737 10.1021/acs.jproteome.5b00490
189. Ghali, F.; Krishna, R.; Perkins, S.; Collins, A.; Xia, D.; Wastling, J.; Jones, A. R. Proteomics 2014, 14, 2731-2741 10.1002/pmic.201400265
190. Crappe, J.; Ndah, E.; Koch, A.; Steyaert, S.; Gawron, D.; De Keulenaer, S.; De Meester, E.; De Meyer, T.; Van Criekinge, W.; Van Damme, P.; Menschaert, G. Nucleic Acids Res. 2015, 43, e29 10.1093/nar/gku1283
191. Nesvizhskii, A. I. Nat. Methods 2014, 11, 1114-1125 10.1038/nmeth.3144
192. Horvatovich, P.; Lundberg, E. K.; Chen, Y. J.; Sung, T. Y.; He, F.; Nice, E. C.; Goode, R. J.; Yu, S.; Ranganathan, S.; Baker, M. S.; Domont, G. B.; Velasquez, E.; Li, D.; Liu, S.; Wang, Q.; He, Q. Y.; Menon, R.; Guan, Y.; Corrales, F. J.; Segura, V.; Casal, J. I.; Pascual-Montano, A.; Albar, J. P.; Fuentes, M.; Gonzalez-Gonzalez, M.; Diez, P.; Ibarrola, N.; Degano, R. M.; Mohammed, Y.; Borchers, C. H.; Urbani, A.; Soggiu, A.; Yamamoto, T.; Salekdeh, G. H.; Archakov, A.; Ponomarenko, E.; Lisitsa, A.; Lichti, C. F.; Mostovenko, E.; Kroes, R. A.; Rezeli, M.; Vegvari, A.; Fehniger, T. E.; Bischoff, R.; Vizcaino, J. A.; Deutsch, E. W.; Lane, L.; Nilsson, C. L.; Marko-Varga, G.; Omenn, G. S.; Jeong, S. K.; Lim, J. S.; Paik, Y. K.; Hancock, W. S. J. Proteome Res. 2015, 14, 3415-3431 10.1021/pr5013009
193. Horvatovich, P.; Vegvari, A.; Saul, J.; Park, J. G.; Qiu, J.; Syring, M.; Pirrotte, P.; Petritis, K.; Tegeler, T. J.; Aziz, M.; Fuentes, M.; Diez, P.; Gonzalez-Gonzalez, M.; Ibarrola, N.; Droste, C.; De Las Rivas, J.; Gil, C.; Clemente, F.; Hernaez, M. L.; Corrales, F. J.; Nilsson, C. L.; Berven, F. S.; Bischoff, R.; Fehniger, T. E.; LaBaer, J.; Marko-Varga, G. J. Proteome Res. 2015, 14, 3441-3451 10.1021/acs.jproteome.5b00486
194. Chang, C.; Li, L.; Zhang, C.; Wu, S.; Guo, K.; Zi, J.; Chen, Z.; Jiang, J.; Ma, J.; Yu, Q.; Fan, F.; Qin, P.; Han, M.; Su, N.; Chen, T.; Wang, K.; Zhai, L.; Zhang, T.; Ying, W.; Xu, Z.; Zhang, Y.; Liu, Y.; Liu, X.; Zhong, F.; Shen, H.; Wang, Q.; Hou, G.; Zhao, H.; Li, G.; Liu, S.; Gu, W.; Wang, G.; Wang, T.; Zhang, G.; Qian, X.; Li, N.; He, Q. Y.; Lin, L.; Yang, P.; Zhu, Y.; He, F.; Xu, P. J. Proteome Res. 2014, 13, 38-49 10.1021/pr4009018
195. Wilmes, P.; Bond, P. L. Environ. Microbiol. 2004, 6, 911-920 10.1111/j.1462-2920.2004.00687.x
196. Clemente, J. C.; Ursell, L. K.; Parfrey, L. W.; Knight, R. Cell 2012, 148, 1258-1270 10.1016/j.cell.2012.01.035
197. Zhao, L. The gut microbiota and obesity: from correlation to causality Nat. Rev. Microbiol. 2013, 11, 639-647 10.1038/nrmicro3089
198. Lichtman, J. S.; Sonnenburg, J. L.; Elias, J. E. ISME J. 2015, 9, 1908-1915 10.1038/ismej.2015.93
199. Huang, H. J.; Chen, W. Y.; Wu, J. H. Int. J. Mol. Sci. 2014, 15, 10169-10184 10.3390/ijms150610169
200. Bastida, F.; Hernandez, T.; Garcia, C. J. Proteomics 2014, 101, 31-42 10.1016/j.jprot.2014.02.006
201. Tanca, A.; Palomba, A.; Pisanu, S.; Addis, M. F.; Uzzau, S. Proteomics 2015, 15, 3474-3485 10.1002/pmic.201400573
202. Xiong, W.; Giannone, R. J.; Morowitz, M. J.; Banfield, J. F.; Hettich, R. L. t. J. Proteome Res. 2015, 14, 133-141 10.1021/pr500936p
203. Turnbaugh, P. J.; Ley, R. E.; Mahowald, M. A.; Magrini, V.; Mardis, E. R.; Gordon, J. I. Nature 2006, 444, 1027-1031 10.1038/nature05414
204. Leary, D. H.; Hervey, W. J. t.; Deschamps, J. R.; Kusterbeck, A. W.; Vora, G. J. Reprint of "Which metaproteome? The impact of protein extraction bias on metaproteomic analyses" Mol. Cell. Probes 2014, 28, 51-57 10.1016/j.mcp.2014.01.002
205. Li, J.; Jia, H.; Cai, X.; Zhong, H.; Feng, Q.; Sunagawa, S.; Arumugam, M.; Kultima, J. R.; Prifti, E.; Nielsen, T.; Juncker, A. S.; Manichanh, C.; Chen, B.; Zhang, W.; Levenez, F.; Wang, J.; Xu, X.; Xiao, L.; Liang, S.; Zhang, D.; Zhang, Z.; Chen, W.; Zhao, H.; Al-Aama, J. Y.; Edris, S.; Yang, H.; Wang, J.; Hansen, T.; Nielsen, H. B.; Brunak, S.; Kristiansen, K.; Guarner, F.; Pedersen, O.; Dore, J.; Ehrlich, S. D.; MetaHIT Consortium; Bork, P.; Wang, J. Nat. Biotechnol. 2014, 32, 834-841 10.1038/nbt.2942
206. Costello, E. K.; Lauber, C. L.; Hamady, M.; Fierer, N.; Gordon, J. I.; Knight, R. Science 2009, 326, 1694-1697 10.1126/science.1177486
207. Qin, J.; Li, R.; Raes, J.; Arumugam, M.; Burgdorf, K. S.; Manichanh, C.; Nielsen, T.; Pons, N.; Levenez, F.; Yamada, T.; Mende, D. R.; Li, J.; Xu, J.; Li, S.; Li, D.; Cao, J.; Wang, B.; Liang, H.; Zheng, H.; Xie, Y.; Tap, J.; Lepage, P.; Bertalan, M.; Batto, J. M.; Hansen, T.; Le Paslier, D.; Linneberg, A.; Nielsen, H. B.; Pelletier, E.; Renault, P.; Sicheritz-Ponten, T.; Turner, K.; Zhu, H.; Yu, C.; Jian, M.; Zhou, Y.; Li, Y.; Zhang, X.; Qin, N.; Yang, H.; Wang, J.; Brunak, S.; Dore, J.; Guarner, F.; Kristiansen, K.; Pedersen, O.; Parkhill, J.; Weissenbach, J.; Bork, P.; Ehrlich, S. D. Nature 2010, 464, 59-65 10.1038/nature08821
208. Xiao, L.; Feng, Q.; Liang, S.; Sonne, S. B.; Xia, Z.; Qiu, X.; Li, X.; Long, H.; Zhang, J.; Zhang, D.; Liu, C.; Fang, Z.; Chou, J.; Glanville, J.; Hao, Q.; Kotowska, D.; Colding, C.; Licht, T. R.; Wu, D.; Yu, J.; Sung, J. J.; Liang, Q.; Li, J.; Jia, H.; Lan, Z.; Tremaroli, V.; Dworzynski, P.; Nielsen, H. B.; Backhed, F.; Dore, J.; Le Chatelier, E.; Ehrlich, S. D.; Lin, J. C.; Arumugam, M.; Wang, J.; Madsen, L.; Kristiansen, K. Nat. Biotechnol. 2015, 33, 1103 10.1038/nbt.3353
209. Erickson, A. R.; Cantarel, B. L.; Lamendella, R.; Darzi, Y.; Mongodin, E. F.; Pan, C.; Shah, M.; Halfvarson, J.; Tysk, C.; Henrissat, B.; Raes, J.; Verberkmoes, N. C.; Fraser, C. M.; Hettich, R. L.; Jansson, J. K. PLoS One 2012, 7, e49138 10.1371/journal.pone.0049138
210. Noble, W. S. Nat. Methods 2015, 12, 605-608 10.1038/nmeth.3450
211. Jagtap, P.; Goslinga, J.; Kooren, J. A.; McGowan, T.; Wroblewski, M. S.; Seymour, S. L.; Griffin, T. J. Proteomics 2013, 13, 1352-1357 10.1002/pmic.201200352
212. Dancik, V.; Addona, T. A.; Clauser, K. R.; Vath, J. E.; Pevzner, P. A. J. Comput. Biol. 1999, 6, 327-342 10.1089/106652799318300
213. Muth, T.; Kolmeder, C. A.; Salojarvi, J.; Keskitalo, S.; Varjosalo, M.; Verdam, F. J.; Rensen, S. S.; Reichl, U.; de Vos, W. M.; Rapp, E.; Martens, L. Proteomics 2015, 15, 3439 10.1002/pmic.201400560
214. Suomi, T.; Corthals, G. L.; Nevalainen, O. S.; Elo, L. L. J. Proteome Res. 2015, 14, 4564 10.1021/acs.jproteome.5b00363
215. Muth, T.; Benndorf, D.; Reichl, U.; Rapp, E.; Martens, L. Mol. BioSyst. 2013, 9, 578-585 10.1039/C2MB25415H
216. Mesuere, B.; Debyser, G.; Aerts, M.; Devreese, B.; Vandamme, P.; Dawyndt, P. Proteomics 2015, 15, 1437-1442 10.1002/pmic.201400361
217. Huson, D. H.; Auch, A. F.; Qi, J.; Schuster, S. C. Genome Res. 2007, 17, 377-386 10.1101/gr.5969107
218. Tanca, A.; Palomba, A.; Deligios, M.; Cubeddu, T.; Fraumene, C.; Biosa, G.; Pagnozzi, D.; Addis, M. F.; Uzzau, S. PLoS One 2013, 8, e82981 10.1371/journal.pone.0082981
219. Tatusov, R. L.; Fedorova, N. D.; Jackson, J. D.; Jacobs, A. R.; Kiryutin, B.; Koonin, E. V.; Krylov, D. M.; Mazumder, R.; Mekhedov, S. L.; Nikolskaya, A. N.; Rao, B. S.; Smirnov, S.; Sverdlov, A. V.; Vasudevan, S.; Wolf, Y. I.; Yin, J. J.; Natale, D. A. BMC Bioinf. 2003, 4, 41 10.1186/1471-2105-4-41
220. Powell, S.; Forslund, K.; Szklarczyk, D.; Trachana, K.; Roth, A.; Huerta-Cepas, J.; Gabaldon, T.; Rattei, T.; Creevey, C.; Kuhn, M.; Jensen, L. J.; von Mering, C.; Bork, P. Nucleic Acids Res. 2014, 42, D231-239 10.1093/nar/gkt1253
221. Galperin, M. Y.; Makarova, K. S.; Wolf, Y. I.; Koonin, E. V. Nucleic Acids Res. 2015, 43, D261-269 10.1093/nar/gku1223
222. Szklarczyk, D.; Franceschini, A.; Wyder, S.; Forslund, K.; Heller, D.; Huerta-Cepas, J.; Simonovic, M.; Roth, A.; Santos, A.; Tsafou, K. P.; Kuhn, M.; Bork, P.; Jensen, L. J.; von Mering, C. Nucleic Acids Res. 2015, 43, D447-452 10.1093/nar/gku1003
223. Huang, D. W.; Sherman, B. T.; Lempicki, R. A. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 1-13 10.1093/nar/gkn923
224. Letunic, I.; Yamada, T.; Kanehisa, M.; Bork, P. Trends Biochem. Sci. 2008, 33, 101-103 10.1016/j.tibs.2008.01.001
225. Klaassens, E. S.; de Vos, W. M.; Vaughan, E. E. Appl. Environ. Microbiol. 2007, 73, 1388-1392 10.1128/AEM.01921-06
226. Verberkmoes, N. C.; Russell, A. L.; Shah, M.; Godzik, A.; Rosenquist, M.; Halfvarson, J.; Lefsrud, M. G.; Apajalahti, J.; Tysk, C.; Hettich, R. L.; Jansson, J. K. ISME J. 2009, 3, 179-189 10.1038/ismej.2008.108
227. Florens, L.; Carozza, M. J.; Swanson, S. K.; Fournier, M.; Coleman, M. K.; Workman, J. L.; Washburn, M. P. Methods 2006, 40, 303-311 10.1016/j.ymeth.2006.07.028
228. Umbarger, H. E. Annu. Rev. Biochem. 1978, 47, 533-606 10.1146/annurev.bi.47.070178.002533
229. Hui, S.; Silverman, J. M.; Chen, S. S.; Erickson, D. W.; Basan, M.; Wang, J.; Hwa, T.; Williamson, J. R. Mol. Syst. Biol. 2015, 11, 784 10.15252/msb.20145697
230. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 6591-6596 10.1073/pnas.96.12.6591
231. Eckburg, P. B.; Bik, E. M.; Bernstein, C. N.; Purdom, E.; Dethlefsen, L.; Sargent, M.; Gill, S. R.; Nelson, K. E.; Relman, D. A. Science 2005, 308, 1635-1638 10.1126/science.1110591
232. Turnbaugh, P. J.; Ridaura, V. K.; Faith, J. J.; Rey, F. E.; Knight, R.; Gordon, J. I. Sci. Transl. Med. 2009, 1, 6ra14 10.1126/scitranslmed.3000322
233. Rauniyar, N.; McClatchy, D. B.; Yates, J. R., 3rd. Methods (Amsterdam, Neth.) 2013, 61, 260-268 10.1016/j.ymeth.2013.03.008
234. Boersema, P. J.; Raijmakers, R.; Lemeer, S.; Mohammed, S.; Heck, A. J. Nat. Protoc. 2009, 4, 484-494 10.1038/nprot.2009.21
235. Waldor, M. K.; Tyson, G.; Borenstein, E.; Ochman, H.; Moeller, A.; Finlay, B. B.; Kong, H. H.; Gordon, J. I.; Nelson, K. E.; Dabbagh, K.; Smith, H. PLoS Biol. 2015, 13, e1002050 10.1371/journal.pbio.1002050
236. Pérez-Cobas, A. E.; Gosalbes, M. J.; Friedrichs, A.; Knecht, H.; Artacho, A.; Eismann, K.; Otto, W.; Rojo, D.; Bargiela, R.; von Bergen, M.; Neulinger, S. C.; Daumer, C.; Heinsen, F. A.; Latorre, A.; Barbas, C.; Seifert, J.; Dos Santos, V. M.; Ott, S. J.; Ferrer, M.; Moya, A. Gut 2013, 62, 1591-1601 10.1136/gutjnl-2012-303184
237. Deatherage Kaiser, B. L.; Li, J.; Sanford, J. A.; Kim, Y. M.; Kronewitter, S. R.; Jones, M. B.; Peterson, C. T.; Peterson, S. N.; Frank, B. C.; Purvine, S. O.; Brown, J. N.; Metz, T. O.; Smith, R. D.; Heffron, F.; Adkins, J. N. PLoS One 2013, 8, e67155 10.1371/journal.pone.0067155
238. Lassek, C.; Burghartz, M.; Chaves-Moreno, D.; Otto, A.; Hentschker, C.; Fuchs, S.; Bernhardt, J.; Jauregui, R.; Neubauer, R.; Becher, D.; Pieper, D. H.; Jahn, M.; Jahn, D.; Riedel, K. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 989-1008 10.1074/mcp.M114.043463
239. Wolstencroft, K.; Haines, R.; Fellows, D.; Williams, A.; Withers, D.; Owen, S.; Soiland-Reyes, S.; Dunlop, I.; Nenadic, A.; Fisher, P.; Bhagat, J.; Belhajjame, K.; Bacall, F.; Hardisty, A.; Nieva de la Hidalga, A.; Balcazar Vargas, M. P.; Sufi, S.; Goble, C. Nucleic Acids Res. 2013, 41, W557-561 10.1093/nar/gkt328
240. Boekel, J.; Chilton, J. M.; Cooke, I. R.; Horvatovich, P. L.; Jagtap, P. D.; Kall, L.; Lehtio, J.; Lukasse, P.; Moerland, P. D.; Griffin, T. J. Nat. Biotechnol. 2015, 33, 137-139 10.1038/nbt.3134
241. Warr, W. A. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2012, 26, 801-804 10.1007/s10822-012-9577-7
242. Lettre, G.; Palmer, C. D.; Young, T.; Ejebe, K. G.; Allayee, H.; Benjamin, E. J.; Bennett, F.; Bowden, D. W.; Chakravarti, A.; Dreisbach, A.; Farlow, D. N.; Folsom, A. R.; Fornage, M.; Forrester, T.; Fox, E.; Haiman, C. A.; Hartiala, J.; Harris, T. B.; Hazen, S. L.; Heckbert, S. R.; Henderson, B. E.; Hirschhorn, J. N.; Keating, B. J.; Kritchevsky, S. B.; Larkin, E.; Li, M.; Rudock, M. E.; McKenzie, C. A.; Meigs, J. B.; Meng, Y. A.; Mosley, T. H.; Newman, A. B.; Newton-Cheh, C. H.; Paltoo, D. N.; Papanicolaou, G. J.; Patterson, N.; Post, W. S.; Psaty, B. M.; Qasim, A. N.; Qu, L.; Rader, D. J.; Redline, S.; Reilly, M. P.; Reiner, A. P.; Rich, S. S.; Rotter, J. I.; Liu, Y.; Shrader, P.; Siscovick, D. S.; Tang, W. H.; Taylor, H. A.; Tracy, R. P.; Vasan, R. S.; Waters, K. M.; Wilks, R.; Wilson, J. G.; Fabsitz, R. R.; Gabriel, S. B.; Kathiresan, S.; Boerwinkle, E. PLoS Genet. 2011, 7, e1001300 10.1371/journal.pgen.1001300
243. Presley, L. L.; Ye, J.; Li, X.; Leblanc, J.; Zhang, Z.; Ruegger, P. M.; Allard, J.; McGovern, D.; Ippoliti, A.; Roth, B.; Cui, X.; Jeske, D. R.; Elashoff, D.; Goodglick, L.; Braun, J.; Borneman, J. Inflamm Bowel Dis 2012, 18, 409-417 10.1002/ibd.21793
244. Mischak, H.; Allmaier, G.; Apweiler, R.; Attwood, T.; Baumann, M.; Benigni, A.; Bennett, S. E.; Bischoff, R.; Bongcam-Rudloff, E.; Capasso, G.; Coon, J. J.; D'Haese, P.; Dominiczak, A. F.; Dakna, M.; Dihazi, H.; Ehrich, J. H.; Fernandez-Llama, P.; Fliser, D.; Frokiaer, J.; Garin, J.; Girolami, M.; Hancock, W. S.; Haubitz, M.; Hochstrasser, D.; Holman, R. R.; Ioannidis, J. P.; Jankowski, J.; Julian, B. A.; Klein, J. B.; Kolch, W.; Luider, T.; Massy, Z.; Mattes, W. B.; Molina, F.; Monsarrat, B.; Novak, J.; Peter, K.; Rossing, P.; Sanchez-Carbayo, M.; Schanstra, J. P.; Semmes, O. J.; Spasovski, G.; Theodorescu, D.; Thongboonkerd, V.; Vanholder, R.; Veenstra, T. D.; Weissinger, E.; Yamamoto, T.; Vlahou, A. Sci. Transl. Med. 2010, 2, 46ps42 10.1126/scitranslmed.3001249
245. Skates, S. J.; Gillette, M. A.; LaBaer, J.; Carr, S. A.; Anderson, L.; Liebler, D. C.; Ransohoff, D.; Rifai, N.; Kondratovich, M.; Tezak, Z.; Mansfield, E.; Oberg, A. L.; Wright, I.; Barnes, G.; Gail, M.; Mesri, M.; Kinsinger, C. R.; Rodriguez, H.; Boja, E. S. J. Proteome Res. 2013, 12, 5383-5394 10.1021/pr400132j
246. Gemoll, T.; Epping, F.; Heinrich, L.; Fritzsche, B.; Roblick, U. J.; Szymczak, S.; Hartwig, S.; Depping, R.; Bruch, H. P.; Thorns, C.; Lehr, S.; Paech, A.; Habermann, J. K. Oncotarget 2015, 6, 16517-16526 10.18632/oncotarget.4140
247. Chaker, S.; Kashat, L.; Voisin, S.; Kaur, J.; Kak, I.; MacMillan, C.; Ozcelik, H.; Siu, K. W.; Ralhan, R.; Walfish, P. G. Proteomics 2013, 13, 771-787 10.1002/pmic.201200356
248. Ralhan, R.; Veyhl, J.; Chaker, S.; Assi, J.; Alyass, A.; Jeganathan, A.; Somasundaram, R. T.; MacMillan, C.; Freeman, J.; Vescan, A. D.; Witterick, I. J.; Walfish, P. G. Thyroid 2015, 25, 1224 10.1089/thy.2015.0114
249. Birse, C. E.; Lagier, R. J.; FitzHugh, W.; Pass, H. I.; Rom, W. N.; Edell, E. S.; Bungum, A. O.; Maldonado, F.; Jett, J. R.; Mesri, M.; Sult, E.; Joseloff, E.; Li, A.; Heidbrink, J.; Dhariwal, G.; Danis, C.; Tomic, J. L.; Bruce, R. J.; Moore, P. A.; He, T.; Lewis, M. E.; Ruben, S. M. Clin. Proteomics 2015, 12, 18 10.1186/s12014-015-9090-9
250. Shipitsin, M.; Small, C.; Choudhury, S.; Giladi, E.; Friedlander, S.; Nardone, J.; Hussain, S.; Hurley, A. D.; Ernst, C.; Huang, Y. E.; Chang, H.; Nifong, T. P.; Rimm, D. L.; Dunyak, J.; Loda, M.; Berman, D. M.; Blume-Jensen, P. Br. J. Cancer 2014, 111, 1201-1212 10.1038/bjc.2014.396
251. Surinova, S.; Radova, L.; Choi, M.; Srovnal, J.; Brenner, H.; Vitek, O.; Hajduch, M.; Aebersold, R. EMBO Mol. Med. 2015, 7, 1153-1165 10.15252/emmm.201404874
252. Surinova, S.; Choi, M.; Tao, S.; Schuffler, P. J.; Chang, C. Y.; Clough, T.; Vyslouzil, K.; Khoylou, M.; Srovnal, J.; Liu, Y.; Matondo, M.; Huttenhain, R.; Weisser, H.; Buhmann, J. M.; Hajduch, M.; Brenner, H.; Vitek, O.; Aebersold, R. EMBO Mol. Med. 2015, 7, 1166-1178 10.15252/emmm.201404873
253. Mebazaa, A.; Vanpoucke, G.; Thomas, G.; Verleysen, K.; Cohen-Solal, A.; Vanderheyden, M.; Bartunek, J.; Mueller, C.; Launay, J. M.; Van Landuyt, N.; D'Hondt, F.; Verschuere, E.; Vanhaute, C.; Tuytten, R.; Vanneste, L.; De Cremer, K.; Wuyts, J.; Davies, H.; Moerman, P.; Logeart, D.; Collet, C.; Lortat-Jacob, B.; Tavares, M.; Laroy, W.; Januzzi, J. L.; Samuel, J. L.; Kas, K. Eur. Heart J. 2012, 33, 2317-2324 10.1093/eurheartj/ehs162
254. Lake, D. F.; Faigel, D. O. Antioxid. Redox Signaling 2014, 21, 485-496 10.1089/ars.2013.5572
255. Radon, T. P.; Massat, N. J.; Jones, R.; Alrawashdeh, W.; Dumartin, L.; Ennis, D.; Duffy, S. W.; Kocher, H. M.; Pereira, S. P.; Guarner, L.; Murta-Nascimento, C.; Real, F. X.; Malats, N.; Neoptolemos, J.; Costello, E.; Greenhalf, W.; Lemoine, N. R.; Crnogorac-Jurcevic, T. Clin. Cancer Res. 2015, 21, 3512-3521 10.1158/1078-0432.CCR-14-2467
256. Suresh, C. P.; Saha, A.; Kaur, M.; Kumar, R.; Dubey, N. K.; Basak, T.; Tanwar, V. S.; Bhardwaj, G.; Sengupta, S.; Batra, V. V.; Upadhyay, A. D. Clin. Exp. Nephrol. 2015, 10.1007/s10157-015-1162-7
257. De Marchi, T.; Liu, N. Q.; Stingl, C.; Timmermans, M. A.; Smid, M.; Look, M. P.; Tjoa, M.; Braakman, R. B.; Opdam, M.; Linn, S. C.; Sweep, F. C.; Span, P. N.; Kliffen, M.; Luider, T. M.; Foekens, J. A.; Martens, J. W.; Umar, A. Mol. Oncol. 2015, 10.1016/j.molonc.2015.07.004
258. Campone, M.; Valo, I.; Jezequel, P.; Moreau, M.; Boissard, A.; Campion, L.; Loussouarn, D.; Verriele, V.; Coqueret, O.; Guette, C. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2936 10.1074/mcp.M115.048967
259. Dunne, J. C.; Lamb, D. S.; Delahunt, B.; Murray, J.; Bethwaite, P.; Ferguson, P.; Nacey, J. N.; Sondhauss, S.; Jordan, T. W. Clin. Proteomics 2015, 12, 24 10.1186/s12014-015-9096-3
260. Park, J.; Yun, H. S.; Lee, K. H.; Lee, K. T.; Lee, J. K.; Lee, S. Y. Cancer Res. 2015, 75, 3227-3235 10.1158/0008-5472.CAN-14-2896
261. Christin, C.; Hoefsloot, H. C.; Smilde, A. K.; Hoekman, B.; Suits, F.; Bischoff, R.; Horvatovich, P. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 263-276 10.1074/mcp.M112.022566
262. Lin, H.; Zhou, L.; Peng, H.; Zhou, X.-H. Canadian Journal of Statistics 2011, 39, 324-343 10.1002/cjs.10107
263. Taguchi, F.; Solomon, B.; Gregorc, V.; Roder, H.; Gray, R.; Kasahara, K.; Nishio, M.; Brahmer, J.; Spreafico, A.; Ludovini, V.; Massion, P. P.; Dziadziuszko, R.; Schiller, J.; Grigorieva, J.; Tsypin, M.; Hunsucker, S. W.; Caprioli, R.; Duncan, M. W.; Hirsch, F. R.; Bunn, P. A., Jr.; Carbone, D. P. J. Natl. Cancer Inst 2007, 99, 838-846 10.1093/jnci/djk195
264. Carbone, D. P.; Ding, K.; Roder, H.; Grigorieva, J.; Roder, J.; Tsao, M. S.; Seymour, L.; Shepherd, F. A. J. Thorac. Oncol. 2012, 7, 1653-1660 10.1097/JTO.0b013e31826c1155
265. Gautschi, O.; Dingemans, A. M.; Crowe, S.; Peters, S.; Roder, H.; Grigorieva, J.; Roder, J.; Zappa, F.; Pless, M.; Brutsche, M.; Baty, F.; Bubendorf, L.; Hsu Schmitz, S. F.; Na, K. J.; Carbone, D.; Stahel, R.; Smit, E. Lung Cancer 2013, 79, 59-64 10.1016/j.lungcan.2012.10.006
266. Stinchcombe, T. E.; Roder, J.; Peterman, A. H.; Grigorieva, J.; Lee, C. B.; Moore, D. T.; Socinski, M. A. J. Thorac. Oncol. 2013, 8, 443-451 10.1097/JTO.0b013e3182835577
267. Gregorc, V.; Novello, S.; Lazzari, C.; Barni, S.; Aieta, M.; Mencoboni, M.; Grossi, F.; De Pas, T.; de Marinis, F.; Bearz, A.; Floriani, I.; Torri, V.; Bulotta, A.; Cattaneo, A.; Grigorieva, J.; Tsypin, M.; Roder, J.; Doglioni, C.; Levra, M. G.; Petrelli, F.; Foti, S.; Vigano, M.; Bachi, A.; Roder, H. Lancet Oncol. 2014, 15, 713-721 10.1016/S1470-2045(14)70162-7
268. Zhang, Z.; Chan, D. W. Cancer Epidemiol., Biomarkers Prev. 2010, 19, 2995-2999 10.1158/1055-9965.EPI-10-0580
269. Hathout, Y.; Brody, E.; Clemens, P. R.; Cripe, L.; DeLisle, R. K.; Furlong, P.; Gordish-Dressman, H.; Hache, L.; Henricson, E.; Hoffman, E. P.; Kobayashi, Y. M.; Lorts, A.; Mah, J. K.; McDonald, C.; Mehler, B.; Nelson, S.; Nikrad, M.; Singer, B.; Steele, F.; Sterling, D.; Sweeney, H. L.; Williams, S.; Gold, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 112, 7153-7158 10.1073/pnas.1507719112
270. Subbannayya, T.; Leal-Rojas, P.; Barbhuiya, M. A.; Raja, R.; Renuse, S.; Sathe, G.; Pinto, S. M.; Syed, N.; Nanjappa, V.; Patil, A. H.; Garcia, P.; Sahasrabuddhe, N. A.; Nair, B.; Guerrero-Preston, R.; Navani, S.; Tiwari, P. K.; Santosh, V.; Sidransky, D.; Prasad, T. S.; Gowda, H.; Roa, J. C.; Pandey, A.; Chatterjee, A. BMC Cancer 2015, 15, 843 10.1186/s12885-015-1855-z