Expansion of the ion library for mining SWATH-MS data through fractionation proteomics

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 15, 2014, Pages 7242-7246

  Zi, Jin ^a   Zhang, Shenyan ^a   Zhou, Ruo ^a   Zhou, Baojin ^a   Xu, Shaohang ^a   Hou, Guixue ^a   Tan, Fengji ^a   Wen, Bo ^a   Wang, Quanhui ^a,b   Lin, Liang ^a   Liu, Siqi ^a,b  

^a BGI SHENZHEN   (China)

^b Chinese Academy of Sciences   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DATA HANDLING; ELECTROPHORESIS; LIBRARIES; MOLECULAR BIOLOGY; PEPTIDES; SODIUM DODECYL SULFATE;

CRITICAL ELEMENTS; FRAGMENT IONS; ITERATIVE PROCESS; LABEL FREE; REFERENCE MAP; RETENTION TIME; SODIUM DODECYL SULFATE-POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; SPECTRAL LIBRARIES;

IONS;

EID: 84905695342     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac501828a     Document Type: Article

References (15)

1. Egertson, J. D.; Kuehn, A.; Merrihew, G. E.; Bateman, N. W.; MacLean, B. X.; Ting, Y. S.; Canterbury, J. D.; Marsh, D. M.; Kellmann, M.; Zabrouskov, V.; Wu, C. C.; MacCoss, M. J. Nat. Methods 2013, 10 (8) 744-746
2. Gillet, L. C.; Navarro, P.; Tate, S.; Rost, H.; Selevsek, N.; Reiter, L.; Bonner, R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11 (6) O111 016717
3. Liu, Y.; Huttenhain, R.; Surinova, S.; Gillet, L. C.; Mouritsen, J.; Brunner, R.; Navarro, P.; Aebersold, R. Proteomics 2013, 13 (8) 1247-1256
4. Findlay, G. M.; Smith, M. J.; Lanner, F.; Hsiung, M. S.; Gish, G. D.; Petsalaki, E.; Cockburn, K.; Kaneko, T.; Huang, H.; Bagshaw, R. D.; Ketela, T.; Tucholska, M.; Taylor, L.; Bowtell, D. D.; Moffat, J.; Ikura, M.; Li, S. S.; Sidhu, S. S.; Rossant, J.; Pawson, T. Cell 2013, 152 (5) 1008-1020
5. Collins, B. C.; Gillet, L. C.; Rosenberger, G.; Rost, H. L.; Vichalkovski, A.; Gstaiger, M.; Aebersold, R. Nat. Methods 2013, 10, 1246-1253
6. Lambert, J. P.; Ivosev, G.; Couzens, A. L.; Larsen, B.; Taipale, M.; Lin, Z. Y.; Zhong, Q.; Lindquist, S.; Vidal, M.; Aebersold, R.; Pawson, T.; Bonner, R.; Tate, S.; Gingras, A. C. Nat. Methods 2013, 10, 1239-1245
7. Stasyk, T.; Huber, L. A. Proteomics 2004, 4 (12) 3704-3716
8. Wang, J.; Zhao, C.; Meng, B.; Xie, J.; Zhou, C.; Chen, X.; Zhao, K.; Shao, J.; Xue, Y.; Xu, N.; Ma, Y.; Liu, S. Proteomics 2007, 7 (9) 1409-1419
9. Chen, Z.; Wen, B.; Wang, Q.; Tong, W.; Guo, J.; Bai, X.; Zhao, J.; Sun, Y.; Tang, Q.; Lin, Z.; Lin, L.; Liu, S. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12 (8) 2266-2277
10. Zi, J.; Zhang, J.; Wang, Q.; Zhou, B.; Zhong, J.; Zhang, C.; Qiu, X.; Wen, B.; Zhang, S.; Fu, X.; Lin, L.; Liu, S. PloS One 2013, 8 (9 e74229
11. Qian, Z.; Meng, B.; Wang, Q.; Wang, Z.; Zhou, C.; Wang, Q.; Tu, S.; Lin, L.; Ma, Y.; Liu, S. Microbiology 2009, 155 (Pt 5) 1717-1725
12. Zi, J.; Zhang, J.; Wang, Q.; Lin, L.; Tong, W.; Bai, X.; Zhao, J.; Chen, Z.; Fu, X.; Liu, S. Electrophoresis 2012, 33 (7) 1129-1138
13. Tang, W. H.; Shilov, I. V.; Seymour, S. L. J. Proteome Res. 2008, 7 (9) 3661-3667
14. Escher, C.; Reiter, L.; MacLean, B.; Ossola, R.; Herzog, F.; Chilton, J.; MacCoss, M. J.; Rinner, O. Proteomics 2012, 12 (8) 1111-1121
15. Ting, L.; Rad, R.; Gygi, S. P.; Haas, W. Nat. Methods 2011, 8 (11) 937-940