Searching for a needle in a stack of needles: Challenges in metaproteomics data analysis

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 4, 2013, Pages 578-585

  Muth, Thilo ^a   Benndorf, Dirk ^b   Reichl, Udo ^a,b   Rapp, Erdmann ^a   Martens, Lennart ^c,d  

^a MAX PLANCK INSTITUTE FOR DYNAMICS OF COMPLEX TECHNICAL SYSTEMS   (Germany)

^b OTTO VON GUERICKE UNIVERSITY   (Germany)

^c DEPARTMENT OF PLANT SYSTEMS BIOLOGY   (Belgium)

^d GHENT UNIVERSITY   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER PROGRAM; DATA MINING; HUMAN; METHODOLOGY; PROTEOMICS; REVIEW; WORKFLOW;

DATA MINING; HUMANS; PROTEOMICS; SOFTWARE; WORKFLOW;

EID: 84874875475     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25415h     Document Type: Review

References (108)

1. J. Singh A. Behal N. Singla A. Joshi N. Birbian S. Singh V. Bali N. Batra Biotechnol. J. 2009 4 480 494
2. S. G. Tringe C. von Mering A. Kobayashi A. A. Salamov K. Chen H. W. Chang M. Podar J. M. Short E. J. Mathur J. C. Detter P. Bork P. Hugenholtz E. M. Rubin Science 2005 308 554 557
3. P. Wilmes P. L. Bond Environ. Microbiol. 2004 6 911 920
4. J. F. Banfield N. C. Verberkmoes R. L. Hettich M. P. Thelen OMICS 2005 9 301 333
5. K. Gevaert P. Van Damme B. Ghesquiere F. Impens L. Martens K. Helsens J. Vandekerckhove Proteomics 2007 7 2698 2718
6. M. Vaudel A. Sickmann L. Martens Expert Rev. Proteomics 2012 9 519 532
7. A. I. Nesvizhskii R. Aebersold Mol. Cell Proteomics 2005 4 1419 1440
8. F. Bäckhed R. E. Ley J. L. Sonnenburg D. A. Peterson J. I. Gordon Science 2005 307 1915 1920
9. R. Kuhn D. Benndorf E. Rapp U. Reichl L. L. Palese A. Pollice Proteomics 2011 11 2738 2744
10. A. Hanreich R. Heyer D. Benndorf E. Rapp M. Pioch U. Reichl M. Klocke Can. J. Microbiol. 2012 58 917 922
11. C. A. Kolmeder M. de Been J. Nikkilä I. Ritamo J. Mättö L. Valmu J. Salojärvi A. Palva A. Salonen M. W. de Vos PLoS One 2012 7 e29913
12. K. Chourey J. Jansson N. VerBerkmoes M. Shah K. L. Chavarria L. M. Tom E. L. Brodie R. L. Hettich J. Proteome Res. 2010 9 6615 6622
13. L. Giagnoni F. Magherini L. Landi S. Taghavi A. Modesti L. Bini P. Nannipieri D. Van der lelie G. Renella Eur. J. Soil Sci. 2011 62 74 81
14. M. Margulies M. Egholm W. E. Altman S. Attiya J. S. Bader L. A. Bemben J. Berka M. S. Braverman Y. J. Chen Z. Chen S. B. Dewell L. Du J. M. Fierro X. V. Gomes B. C. Godwin W. He S. Helgesen C. H. Ho G. P. Irzyk S. C. Jando M. L. Alenquer T. P. Jarvie K. B. Jirage J. B. Kim J. R. Knight J. R. Lanza J. H. Leamon S. M. Lefkowitz M. Lei J. Li K. L. Lohman H. Lu V. B. Makhijani K. E. McDade M. P. McKenna E. W. Myers E. Nickerson J. R. Nobile R. Plant B. P. Puc M. T. Ronan G. T. Roth G. J. Sarkis J. F. Simons J. W. Simpson M. Srinivasan K. R. Tartaro A. Tomasz K. A. Vogt G. A. Volkmer S. H. Wang Y. Wang M. P. Weiner P. Yu R. F. Begley J. M. Rothberg Nature 2005 437 376 380
15. M. L. Metzker Nat. Rev. Genet. 2010 11 31 46
16. J. Shendure H. Ji Nat. Biotechnol. 2008 26 1135 1145
17. D. R. Bentley Curr. Opin. Genet. Dev. 2006 16 545 552
18. H. Noguchi T. Taniguchi T. Itoh DNA Res. 2008 15 387 396
19. K. J. Hoff T. Lingner P. Meinicke M. Tech Nucleic Acids Res. 2009 37 W101 W105
20. W. Zhu A. Lomsadze M. Borodovsky Nucleic Acids Res. 2010 38 e132
21. N. G. Yok G. L. Rosen BMC Bioinf. 2011 12 20
22. F. Meyer D. Paarmann M. D'Souza R. Olson E. Glass M. Kubal T. Paczian A. Rodriguez R. Stevens A. Wilke J. Wilkening R. Edwards BMC Bioinf. 2008 9 386
23. J. C. Wooley A. Godzik I. Friedberg PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000667
24. T. Thomas J. Gilbert F. Meyer Microb. Inf. Exp. 2012 2 3
25. J. W. H. Wong M. J. Sullivan H. M. Cartwright G. Cagney BMC Bioinf. 2007 8 51
26. K. Flikka L. Martens J. Vandekerckhove K. Gevaert I. Eidhammer Proteomics 2006 6 2086 2094
27. A. I. Nesvizhskii F. F. Roos J. Grossmann M. Vogelzang J. S. Eddes W. Gruissem S. Baginsky R. Aebersold Mol. Cell Proteomics 2006 5 652 670
28. K. Flikka J. Meukens K. Helsens J. Vandekerckhove I. Eidhammer K. Gevaert L. Martens Proteomics 2007 7 3245 3258
29. A. M. Frank N. Bandeira Z. Shen S. Tanner S. P. Briggs R. D. Smith P. A. Pevzner J. Proteome Res. 2008 7 113 122
30. J. K. Eng A. L. McCormack J. R. Yates J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994 5 976 989
31. D. N. Perkins D. J. Pappin D. M. Creasy J. S. Cottrell Electrophoresis 1999 20 3551 3567
32. R. Craig R. C. Beavis Bioinformatics 2004 20 1466 1467
33. L. Y. Geer S. P. Markey J. A. Kowalak L. Wagner M. Xu D. M. Maynard X. Yang W. Shi S. H. Bryant J. Proteome Res. 2004 3 958 964
34. D. L. Tabb C. G. Fernando M. C. Chambers J. Proteome Res. 2007 6 654 661
35. C. Y. Park A. A. Klammer L. Käll M. J. MacCoss W. S. Noble J. Proteome Res. 2008 7 3022 3027
36. S. Tanner H. Shu A. Frank L.-C. Wang E. Zandi M. Mumby P. A. Pevzner V. Bafna Anal. Chem. 2005 77 4626 4639
37. M. Vaudel J. M. Burkhart A. Sickmann L. Martens R. P. Zahedi Proteomics 2011 11 2105 2114
38. A. Keller A. I. Nesvizhskii E. Kolker R. Aebersold Anal. Chem. 2002 74 5383 5392
39. B. Y. Renard W. Timm M. Kirchner J. A. Steen F. A. Hamprecht H. Steen Anal. Chem. 2010 82 4314 4318
40. J. E. Elias S. P. Gygi Nat. Methods 2007 4 207 214
41. L. Martens H. Hermjakob Mol. Biosyst. 2007 3 518 522
42. L. Käll J. D. Storey W. S. Noble Bioinformatics 2008 24 i42 i48
43. L. Käll J. D. Canterbury J. Weston W. S. Noble M. J. MacCoss Nat. Methods 2007 4 923 925
44. N. Colaert S. Degroeve K. Helsens L. Martens J. Proteome Res. 2011 10 5555 5561
45. K. Krug S. Nahnsen B. Macek Mol. Biosyst. 2011 7 284 291
46. D. Shteynberg E. W. Deutsch H. Lam J. K. Eng Z. Sun N. Tasman L. Mendoza R. L. Moritz R. Aebersold A. I. Nesvizhskii Mol. Cell Proteomics 2011 10 M111.007690
47. T. Kwon H. Choi C. Vogel A. I. Nesvizhskii E. M. Marcotte J. Proteome Res. 2011 10 2949 2958
48. E. A. Kapp F. Schutz L. M. Connolly J. A. Chakel J. E. Meza C. A. Miller D. Fenyo J. K. Eng J. N. Adkins G. S. Omenn R. J. Simpson Proteomics 2005 5 3475 3490
49. C. Stephan K. A. Reidegeld M. Hamacher A. van Hall K. Marcus C. Taylor P. Jones M. Muller R. Apweiler L. Martens G. Korting D. C. Chamrad H. Thiele M. Bluggel D. Parkinson P. A. Binz A. Lyall H. E. Meyer Proteomics 2006 6 5015 5029
50. H. Lam E. W. Deutsch J. S. Eddes J. K. Eng N. King S. E. Stein R. Aebersold Proteomics 2007 7 655 667
51. R. Craig J. C. Cortens D. Fenyo R. C. Beavis J. Proteome Res. 2006 5 1843 1849
52. S. Stein D. Scott J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994 5 859 866
53. H. Lam E. W. Deutsch J. S. Eddes J. K. Eng S. E. Stein R. Aebersold Nat. Methods 2008 5 873 875
54. K. R. Coombes J. S. Morris J. Hu S. R. Edmonson K. A. Baggerly Nat. Biotechnol. 2005 23 291 292
55. S. Pevtsov I. Fedulova H. Mirzaei C. Buck X. Zhang J. Proteome Res. 2006 5 3018 3028
56. K. Ning N. Ye H. W. Leong J. Bioinf. Comput. Biol. 2008 6 467 492
57. A. Frank P. Pevzner Anal. Chem. 2005 77 964 973
58. B. Ma K. Zhang C. Hendrie C. Liang M. Li A. Doherty-Kirby G. Lajoie Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003 17 2337 2342
59. J. Allmer Expert Rev. Proteomics 2011 8 645 657
60. S. F. Altschul W. Gish W. Miller E. W. Myers D. J. Lipman J. Mol. Biol. 1990 215 403 410
61. A. Shevchenko S. Sunyaev A. Loboda P. Bork W. Ens K. G. Standing Anal. Chem. 2001 73 1917 1926
62. B. L. Cantarel A. R. Erickson N. C. VerBerkmoes B. K. Erickson P. A. Carey C. Pan M. Shah E. F. Mongodin J. K. Jansson C. M. Fraser-Liggett R. L. Hettich PLoS One 2011 6 e27173
63. M. Vaudel A. Sickmann L. Martens Proteomics 2010 10 650 670
64. S. P. Gygi B. Rist S. A. Gerber F. Turecek M. H. Gelb R. Aebersold Nat. Biotechnol. 1999 17 994 999
65. P. L. Ross Y. N. Huang J. N. Marchese B. Williamson K. Parker S. Hattan N. Khainovski S. Pillai S. Dey S. Daniels S. Purkayastha P. Juhasz S. Martin M. Bartlet-Jones F. He A. Jacobson D. J. Pappin Mol. Cell Proteomics 2004 3 1154 1169
66. H. Choi D. Fermin A. I. Nesvizhskii Mol. Cell Proteomics 2008 7 2373 2385
67. H. Liu R. G. Sadygov J. R. Yates Anal. Chem. 2004 76 4193 4201
68. B. Zybailov A. L. Mosley M. E. Sardiu M. K. Coleman L. Florens M. P. Washburn J. Proteome Res. 2006 5 2339 2347
69. D. H. Huson A. F. Auch J. Qi S. C. Schuster Genome Res. 2007 17 377 386
70. D. H. Huson S. Mitra Methods Mol. Biol. 2012 856 415 429
71. T. Schneider K. M. Keiblinger E. Schmid K. Sterflinger-Gleixner G. Ellersdorfer B. Roschitzki A. Richter L. Eberl S. Zechmeister-Boltenstern K. Riedel ISME J. 2012 6 1749 1762
72. R. Apweiler A. Bairoch C. H. Wu W. C. Barker B. Boeckmann S. Ferro E. Gasteiger H. Huang R. Lopez M. Magrane M. J. Martin D. A. Natale C. O'Donovan N. Redaschi L.-S. L. Yeh Nucleic Acids Res. 2004 32 D115 D119
73. R. L. Tatusov E. V. Koonin D. J. Lipman Science 1997 278 631 637
74. R. L. Tatusov N. D. Fedorova J. D. Jackson A. R. Jacobs B. Kiryutin E. V. Koonin D. M. Krylov R. Mazumder S. L. Mekhedov A. N. Nikolskaya B. S. Rao S. Smirnov A. V. Sverdlov S. Vasudevan Y. I. Wolf J. J. Yin D. A. Natale BMC Bioinf. 2003 4 41
75. A. Schlüter T. Bekel N. N. Diaz M. Dondrup R. Eichenlaub K.-H. Gartemann I. Krahn L. Krause H. Krömeke O. Kruse J. H. Mussgnug H. Neuweger K. Niehaus A. Pühler K. J. Runte R. Szczepanowski A. Tauch A. Tilker P. Viehöver A. Goesmann J. Biotechnol. 2008 136 77 90
76. M. Ashburner C. A. Ball J. A. Blake D. Botstein H. Butler J. M. Cherry A. P. Davis K. Dolinski S. S. Dwight J. T. Eppig M. A. Harris D. P. Hill L. Issel-Tarver A. Kasarskis S. Lewis J. C. Matese J. E. Richardson M. Ringwald G. M. Rubin G. Sherlock Nat. Genet. 2000 25 25 29
77. S. Bauer S. Grossmann M. Vingron P. N. Robinson Bioinformatics 2008 24 1650 1651
78. D. W. Huang B. T. Sherman Q. Tan J. R. Collins W. G. Alvord J. Roayaei R. Stephens M. W. Baseler H. C. Lane R. A. Lempicki Genome Biol. 2007 8 R183
79. R. Apweiler T. K. Attwood A. Bairoch A. Bateman E. Birney M. Biswas P. Bucher L. Cerutti F. Corpet M. D. Croning R. Durbin L. Falquet W. Fleischmann J. Gouzy H. Hermjakob N. Hulo I. Jonassen D. Kahn A. Kanapin Y. Karavidopoulou R. Lopez B. Marx N. J. Mulder T. M. Oinn M. Pagni F. Servant C. J. Sigrist E. M. Zdobnov InterPro Consortium Bioinformatics 2000 16 1145 1150
80. C. J. A. Sigrist L. Cerutti N. Hulo A. Gattiker L. Falquet M. Pagni A. Bairoch P. Bucher Briefings Bioinf. 2002 3 265 274
81. T. K. Attwood M. E. Beck A. J. Bleasby D. J. Parry-Smith Nucleic Acids Res. 1994 22 3590 3596
82. J. Schultz F. Milpetz P. Bork C. P. Ponting Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 5857 5864
83. A. Bateman E. Birney R. Durbin S. R. Eddy K. L. Howe E. L. Sonnhammer Nucleic Acids Res. 2000 28 263 266
84. C. Bru E. Courcelle S. Carrère Y. Beausse S. Dalmar D. Kahn Nucleic Acids Res. 2005 33 D212 D215
85. M. Kanehisa S. Goto Nucleic Acids Res. 2000 28 27 30
86. Y. Moriya M. Itoh S. Okuda A. C. Yoshizawa M. Kanehisa Nucleic Acids Res. 2007 35 W182 W185
87. J. D. Thompson, T. J. Gibson and D. G. Higgins, Curr. Protoc. Bioinformatics, 2002, ch. 2, Unit 2.3
88. J. E. Stajich D. Block K. Boulez S. E. Brenner S. A. Chervitz C. Dagdigian G. Fuellen J. G. R. Gilbert I. Korf H. Lapp H. Lehväslaiho C. Matsalla C. J. Mungall B. I. Osborne M. R. Pocock P. Schattner M. Senger L. D. Stein E. Stupka M. D. Wilkinson E. Birney Genome Res. 2002 12 1611 1618
89. D. Croft G. O'Kelly G. Wu R. Haw M. Gillespie L. Matthews M. Caudy P. Garapati G. Gopinath B. Jassal S. Jupe I. Kalatskaya S. Mahajan B. May N. Ndegwa E. Schmidt V. Shamovsky C. Yung E. Birney H. Hermjakob P. D'Eustachio L. Stein Nucleic Acids Res. 2011 39 D691 D697
90. C. J. Krieger P. Zhang L. A. Mueller A. Wang S. Paley M. Arnaud J. Pick S. Y. Rhee P. D. Karp Nucleic Acids Res. 2004 32 D438 D442
91. R. Caspi H. Foerster C. A. Fulcher P. Kaipa M. Krummenacker M. Latendresse S. Paley S. Y. Rhee A. G. Shearer C. Tissier T. C. Walk P. Zhang P. D. Karp Nucleic Acids Res. 2008 36 D623 D631
92. J. Peterson S. Garges M. Giovanni P. McInnes L. Wang J. A. Schloss V. Bonazzi J. E. McEwen K. A. Wetterstrand C. Deal C. C. Baker V. Di Francesco T. K. Howcroft R. W. Karp R. D. Lunsford C. R. Wellington T. Belachew M. Wright C. Giblin H. David M. Mills R. Salomon C. Mullins B. Akolkar L. Begg C. Davis L. Grandison M. Humble J. Khalsa A. R. Little H. Peavy C. Pontzer M. Portnoy M. H. Sayre P. Starke-Reed S. Zakhari J. Read B. Watson M. Guyer Genome Res. 2009 19 2317 2323
93. J. D. Rudney H. Xie N. L. Rhodus F. G. Ondrey T. J. Griffin Mol. Oral Microbiol. 2010 25 38 49
94. W. W. Goh Y. H. Lee M. Chung L. Wong Proteomics 2012 12 550 563
95. A. Rauch M. Bellew J. Eng M. Fitzgibbon T. Holzman P. Hussey M. Igra B. Maclean C. W. Lin A. Detter R. Fang V. Faca P. Gafken H. Zhang J. Whiteaker J. Whitaker D. States S. Hanash A. Paulovich M. W. McIntosh J. Proteome Res. 2006 5 112 121
96. K. Helsens N. Colaert H. Barsnes T. Muth K. Flikka A. Staes E. Timmerman S. Wortelkamp A. Sickmann J. Vandekerckhove K. Gevaert L. Martens Proteomics 2010 10 1261 1264
97. J. Hartler G. G. Thallinger G. Stocker A. Sturn T. R. Burkard E. Körner R. Rader A. Schmidt K. Mechtler Z. Trajanoski BMC Bioinf. 2007 8 197
98. P. Poullet S. Carpentier E. Barillot Proteomics 2007 7 2553 2556
99. M. Sturm A. Bertsch C. Gröpl A. Hildebrandt R. Hussong E. Lange N. Pfeifer O. Schulz-Trieglaff A. Zerck K. Reinert O. Kohlbacher BMC Bioinf. 2008 9 163
100. C. Piggee Anal. Chem. 2008 80 4801 4806
101. C. Stephan M. Kohl M. Turewicz K. Podwojski H. E. Meyer M. Eisenacher Proteomics 2010 10 1230 1249
102. L. Martens H. Hermjakob P. Jones M. Adamski C. Taylor D. States K. Gevaert J. Vandekerckhove R. Apweiler Proteomics 2005 5 3537 3545
103. R. Craig J. P. Cortens R. C. Beavis J. Proteome Res. 2004 3 1234 1242
104. E. W. Deutsch H. Lam R. Aebersold EMBO Rep. 2008 9 429 434
105. L. Ji T. Barrett O. Ayanbule D. B. Troup D. Rudnev R. N. Muertter M. Tomashevsky A. Soboleva D. J. Slotta Nucleic Acids Res. 2010 38 D731 D735
106. J. A. Mead L. Bianco C. Bessant Proteomics 2009 9 861 881
107. M. Riffle J. K. Eng Proteomics 2009 9 4653 4663
108. J. A. Vizcaino J. M. Foster L. Martens J. Proteomics 2010 73 2136 2146