Computational enzymology

Chemical Communications

Volumn 46, Issue 14, 2010, Pages 2354-2372

  Lonsdale, Richard ^a   Ranaghan, Kara E ^a   Mulholland, Adrian J ^a  

^a UNIVERSITY OF BRISTOL   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINE DEHYDROGENASE; ARALKYLAMINE DEHYDROGENASE; CHORISMATE MUTASE; CITRATE SYNTHASE; CYTOCHROME P450; DECAPPING ENZYME; EGG WHITE; ENZYME; FATTY ACID AMIDASE; GLUTATHIONE TRANSFERASE; LYSOZYME; UNCLASSIFIED DRUG;

CALCULATION; CATALYSIS; CATALYST; COMPUTATIONAL ENZYMOLOGY; EMPIRICAL VALENCE BOND MODEL; ENZYME ACTIVE SITE; ENZYME ACTIVITY; ENZYMOLOGY; MOLECULAR MECHANICS; MOLECULAR MODEL; NONHUMAN; QUANTUM CHEMISTRY; QUANTUM MECHANICS; REVIEW; SIMULATION; STRUCTURE ANALYSIS;

EID: 77949787758     PISSN: 13597345     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b925647d     Document Type: Review

References (234)

1. D. J. Vocadlo G. J. Davies R. Laine S. G. Withers Nature 2001 412 835 838
2. A. L. Bowman I. M. Grant A. J. Mulholland Chem. Commun. 2008 4425 4427
3. W. W. Cleland P. A. Frey J. A. Gerlt J. Biol. Chem. 1998 273 25529 25532
4. A. J. Mulholland P. D. Lyne M. Karplus J. Am. Chem. Soc. 2000 122 534 535
5. C. N. Schutz A. Warshel Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 55 711 723
6. P. A. Molina J. H. Jensen J. Phys. Chem. B 2003 107 6226 6233
7. S. Hur T. C. Bruice J. Am. Chem. Soc. 2003 125 10540 10542
8. M. Strajbl A. Shurki M. Kato A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2003 125 10228 10237
9. K. E. Ranaghan A. J. Mulholland Chem. Commun. 2004 1238 1239
10. M. H. M. Olsson W. W. Parson A. Warshel Chem. Rev. 2006 106 1737 1756
11. S. Hammes-Schiffer J. B. Watney Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2006 361 1365 1373
12. L. Masgrau A. Roujeinikova L. O. Johannissen P. Hothi J. Basran K. E. Ranaghan A. J. Mulholland M. J. Sutcliffe N. S. Scrutton D. Leys Science 2006 312 237 241
13. E. Hatcher A. V. Soudackov S. Hammes-Schiffer J. Am. Chem. Soc. 2007 129 187 196
14. H. H. Limbach J. M. Lopez A. Kohen Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2006 361 1399 1415
15. Z. D. Nagel J. P. Klinman Chem. Rev. 2006 106 3095 3118
16. K. E. Ranaghan A. J. Mulholland Interdiscip. Sci. Comput. Life Sci. 2010 2 78 97
17. A. Warshel P. K. Sharma M. Kato Y. Xiang H. Liu M. H. M. Olsson Chem. Rev. 2006 106 3210 3235
18. J. Villa M. Strajbl T. M. Glennon Y. Y. Sham Z. T. Chu A. Warshel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 11899 11904
19. A. J. Mulholland, in Chemical Modelling and Theory, ed., A. Hinchliffe., RSC Specialist Periodical Reports, 2006, pp. 23-68
20. A. J. Mulholland Drug Discovery Today 2005 10 1393 1402
21. M. Garcia-Viloca J. Gao M. Karplus D. G. Truhlar Science 2004 303 186 195
22. A. Warshel Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003 32 425 443
23. R. A. Friesner V. Guallar Annu. Rev. Phys. Chem. 2005 56 389 427
24. T. C. Bruice K. Kahn Curr. Opin. Chem. Biol. 2000 4 540 544
25. S. Martí M. Roca J. Andrés V. Moliner E. Silla I. Tuñón J. Bertrán Chem. Soc. Rev. 2004 33 98 107
26. F. Himo Theor. Chem. Acc. 2006 116 232 240
27. H. M. Senn W. Thiel Top. Curr. Chem. 2007 268 173 290
28. P. E. M. Siegbahn T. Borowski Acc. Chem. Res. 2006 39 729 738
29. M. W. van der Kamp K. E. Shaw C. J. Woods A. J. Mulholland J. R. Soc. Interface 2008 5 S173 190
30. A. Warshel M. Levitt J. Mol. Biol. 1976 103 227 249
31. S. Scheiner W. N. Lipscomb Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1976 73 432 436
32. A. J. Mulholland G. H. Grant W. G. Richards Protein Eng. 1993 6 133 147
33. A. J. Mulholland M. Karplus Biochem. Soc. Trans. 1996 24 247 254
34. J. Åqvist A. Warshel Chem. Rev. 1993 93 2523 2544
35. H. M. Senn W. Thiel Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 1198 1229
36. S. C. L. Kamerlin M. Haranczyk A. Warshel J. Phys. Chem. B 2009 113 1253 1272
37. H. Lin D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 2007 117 185 199
38. F. Claeyssens J. N. Harvey F. R. Manby R. A. Mata A. J. Mulholland K. E. Ranaghan M. Schütz S. Thiel W. Thiel H.-J. Werner Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 6856 6859
39. A. J. Mulholland Chem. Cent. J. 2007 1 19
40. S. Braun-Sand M. H. M. Olsson A. Warshel Adv. Phys. Org. Chem. 2005 40 201 245
41. S. Bjelic J. Åqvist Biochemistry 2004 43 14521 14528
42. L. Ridder J. N. Harvey I. M. C. M. Rietjens J. Vervoort A. J. Mulholland J. Phys. Chem. B 2003 107 2118 2126
43. L. Ridder A. J. Mulholland I. M. C. M. Rietjens J. Vervoort J. Am. Chem. Soc. 2000 122 8728 8738
44. M. Karplus Y. Q. Gao J. P. Ma A. van der Vaart W. Yang Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2005 363 331 355
45. A. Fersht, Structure and Mechanism in Protein Science. A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding, Freeman, New York, 1999
46. M. H. M. Olsson A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2004 126 15167 15179
47. M. Wolf-Watz V. Thai K. Henzler-Wildman G. Hadjipaylou E. Z. Eisenmesser D. Kern Nat. Struct. Mol. Biol. 2004 11 945 949
48. A. Kohen R. Cannio S. Bartolucci J. P. Klinman Nature 1999 399 496 499
49. M. J. Sutcliffe L. Masgrau A. Roujeinikova L. O. Johannissen P. Hothi J. Basran K. E. Ranaghan A. J. Mulholland D. Leys N. S. Scrutton Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2006 361 1375 1386
50. J. Bentzien R. P. Muller J. Florian A. Warshel J. Phys. Chem. B 1998 102 2293 2301
51. S. C. L. Kamerlin J. Cao E. Rosta A. Warshel J. Phys. Chem. B 2009 113 10905 10915
52. G. Y. Hong E. Rosta A. Warshel J. Phys. Chem. B 2006 110 19570 19574
53. A. Warshel, Computer modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, New York, 1997
54. J. Villà A. Warshel J. Phys. Chem. B 2001 105 7887 7907
55. J. Florian M. F. Goodman A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2003 125 8163 8177
56. P. Varnai A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2000 122 3849 3860
57. A. Warshel P. K. Sharma Z. T. Chu J. Åqvist Biochemistry 2007 46 1466 1476
58. S. Bjelic J. Åqvist Biochemistry 2006 45 7709 7723
59. S. Trobro J. Åqvist Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 12395 12400
60. P. K. Sharma Y. Xiang M. Kato A. Warshel Biochemistry 2005 44 11307 11314
61. S. Hammes-Schiffer Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 192 201
62. H. B. Liu A. Warshel J. Phys. Chem. B 2007 111 7852 7861
63. P. K. Sharma Z. T. Chu M. H. M. Olsson A. Warshel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 9661 9666
64. M. Roca A. Vardi-Kilshtain A. Warshel Biochemistry 2009 48 3046 3056
65. M. J. S. Dewar E. G. Zoebisch E. F. Healy J. J. P. Stewart J. Am. Chem. Soc. 1985 107 3902 3909
66. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1989 10 209 220
67. A. van der Vaart V. Gogonea S. L. Dixon K. M. Merz Jr. J. Comput. Chem. 2000 21 1494 1504
68. J. Khandogin D. M. York Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 56 724 737
69. J. Khandogin K. Musier-Forsyth D. M. York J. Mol. Biol. 2003 330 993 1004
70. J. C. Hermann C. Hensen L. Ridder A. J. Mulholland H.-D. Höltje J. Am. Chem. Soc. 2005 127 4454 4465
71. F. Jensen, in Introduction to Computational Chemistry, Wiley, Chichester, 2006, pp. 115-131
72. S. Grimme J. Antony T. Schwabe C. Mueck-Lichtenfeld Org. Biomol. Chem. 2007 5 741 758
73. F. Himo P. E. M. Siegbahn Chem. Rev. 2003 103 2421 2456
74. P. E. M. Siegbahn F. Himo J. Biol. Inorg. Chem. 2009 14 643 651
75. A. Shurki A. Warshel Adv. Protein Chem. 2003 66 249
76. Y. Zhang J. Kua J. A. McCammon J. Phys. Chem. B 2003 107 4459 4463
77. A. Lodola M. Mor J. Żurek G. Tarzia D. Piomelli J. N. Harvey A. J. Mulholland Biophys. J. 2007 92 L20 L22
78. J. L. Gao D. G. Truhlar Annu. Rev. Phys. Chem. 2002 53 467 505
79. C. J. Woods F. R. Manby A. J. Mulholland J. Chem. Phys. 2008 128 014109
80. M. Garcia-Viloca T. D. Poulsen D. G. Truhlar J. Gao Protein Sci. 2004 13 2341 2354
81. K. E. Ranaghan L. Ridder B. Szefczyk W. A. Sokalski J. C. Hermann A. J. Mulholland Mol. Phys. 2003 101 2695 2714
82. H. Lee Woodcock M. Hodoscek P. Sherwood Y. S. Lee H. F. Schaefer B. R. Brooks Theor. Chem. Acc. 2003 109 140 148
83. M. J. Field P. A. Bash M. Karplus J. Comput. Chem. 1990 11 700 733
84. P. D. Lyne M. Hodoscek M. Karplus J. Phys. Chem. A 1999 103 3462 3471
85. Q. Cui M. Elstner E. Kaxiras T. Frauenheim M. Karplus J. Phys. Chem. B 2001 105 569 585
86. M. J. Field J. Comput. Chem. 2002 23 48
87. K. E. Ranaghan A. J. Mulholland Int. Rev. Phys. Chem. 2010 29 65 133
88. K. E. Ranaghan L. Ridder B. Szefczyk W. A. Sokalski J. C. Hermann A. J. Mulholland Org. Biomol. Chem. 2004 2 968 980
89. D. Riccardi P. Schaefer Q. Cui J. Phys. Chem. B 2005 109 17715
90. K. Raha K. M. Merz Jr J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1020
91. S. Marti V. Moliner J. Chem. Theory Comput. 2005 1 1008 1016
92. X. Prat-Resina J. M. Bofill A. Gonzalez-Lafont J. M. Lluch Int. J. Quantum Chem. 2004 98 367 377
93. A. L. Bowman L. Ridder I. M. C. M. Rietjens J. Vervoort A. J. Mulholland Biochemistry 2007 46 6353 6363
94. J. Gao S. Ma D. T. Major K. Nam J. Pu D. G. Truhlar Chem. Rev. 2006 106 3188 3209
95. M. Klahn S. Braun-Sand E. Rosta A. Warshel J. Phys. Chem. B 2005 109 15645 15650
96. D. Bakowies W. Thiel J. Phys. Chem. 1996 100 10580
97. M. Svensson S. Humbel R. D. J. Froese T. Matsubara S. Sieber K. Morokuma J. Phys. Chem. 1996 100 19357
98. W. Yang D. G. Drueckhammer J. Phys. Chem. B 2003 107 5986
99. K. Senthilkumar J. I. Mujika K. E. Ranaghan F. R. Manby A. J. Mulholland J. N. Harvey J. R. Soc. Interface 2008 5 S207 S216
100. I. Antes W. Thiel J. Phys. Chem. A 1999 103 9290
101. L. Jensen P. T. van Duijnen J. Chem. Phys. 2005 123 074307
102. S. P. Greatbanks J. E. Gready A. C. Limaye A. P. Rendell Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999 37 157
103. L. Ridder A. J. Mulholland Curr. Top. Med. Chem. 2003 3 1241 1256
104. C. B. Post M. Karplus J. Am. Chem. Soc. 1986 108 1317 1319
105. K. E. Ranaghan L. Masgrau N. S. Scrutton M. J. Sutcliffe A. J. Mulholland ChemPhysChem 2007 8 1816 1835
106. P. Kast M. Asif-Ullah D. Hilvert Tetrahedron Lett. 1996 37 2691 2694
107. P. D. Lyne A. J. Mulholland W. G. Richards J. Am. Chem. Soc. 1995 117 11345 11350
108. S. Martí J. Andrés V. Moliner E. Silla I. Tuñón J. Bertrán J. Phys. Chem. B 2000 104 11308
109. S. Martí J. Andrés V. Moliner E. Silla I. Tuñón J. Bertrán Theor. Chem. Acc. 2001 105 207 212
110. B. Szefczyk A. J. Mulholland K. E. Ranaghan W. A. Sokalski J. Am. Chem. Soc. 2004 126 16148 16159
111. C. R. W. Guimaraes M. Udier-Blagovic I. Tubert-Brohman W. L. Jorgensen J. Chem. Theory Comput. 2005 1 617 625
112. A. Kienhöfer P. Kast D. Hilvert J. Am. Chem. Soc. 2003 125 3206 3207
113. H. Guo Q. Cui W. N. Lipscomb M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 9032
114. S. Martí J. Andrés V. Moliner E. Silla I. Tuñón J. Bertrán Chem. Eur. J. 2003 9 984
115. C. R. W. Guimarães M. P. Repasky J. Chandrasekhar J. Tirado-Rives W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 2003 125 6892 6899
116. S. Hur T. C. Bruice J. Am. Chem. Soc. 2003 125 5964 5972
117. S. Hur T. C. Bruice J. Am. Chem. Soc. 2003 125 1472 1473
118. J. B. S. Haldane, in Enzymes, Longmans Green and Co., 1930, p. 182
119. F. Claeyssens K. E. Ranaghan F. R. Manby J. N. Harvey A. J. Mulholland Chem. Commun. 2005 5068 5070
120. J. N. Harvey Faraday Discuss. 2004 127 165 177
121. Jaguar 5.5, Schrödinger LLC, Portland, OR, 2001, http://www.schrodinger.com
122. J. W. Ponder, Tinker - Software Tools for Molecular Design, 2004, http://dasher.wustl.edu/tinker/
123. A. Crespo D. A. Scherlis M. A. Marti P. Ordejon A. E. Roitberg D. A. Estrin J. Phys. Chem. B 2003 107 13728 13736
124. Y. S. Lee S. E. Worthington M. Krauss B. R. Brooks J. Phys. Chem. B 2002 106 12059 12065
125. F. Manby H.-J. Werner T. Adler A. May J. Chem. Phys. 2006 124 094103
126. H.-.J. Werner F. Manby P. Knowles J. Chem. Phys. 2003 118 8149
127. D. C. Phillips Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A 1967 57 484 495
128. D. E. Koshland Biol. Rev. 1953 28 416 436
129. A. J. Kirby Nat. Struct. Biol. 2001 8 737 739
130. A. Bottoni G. P. Miscione M. D. Vivo Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 59 118 130
131. A. D. MacKerell D. Bashford R. L. Bellott R. L. Dunbrack J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiorkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
132. D. M. Chipman Biochemistry 1971 10 1714 1722
133. S. J. Remington Curr. Top. Cell. Regul. 1992 33 209
134. M. Karpusas B. Branchaud S. J. Remington Biochemistry 1990 29 2213
135. G. Löhlein-Werhahn E. Bayer B. Bauer H. Eggerer Eur. J. Biochem. 1983 133 665
136. A. J. Mulholland W. G. Richards Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997 27 9
137. A. J. Mulholland W. G. Richards THEOCHEM 1998 427 175
138. M. W. van der Kamp F. Perruccio A. J. Mulholland J. Mol. Graphics Modell. 2007 26 596
139. S. Bjelic B. O. Brandsdal J. Åqvist Biochemistry 2008 47 10049 10057
140. O. Donini T. Darden P. Kollman J. Am. Chem. Soc. 2000 122 12270 12280
141. A. J. Mulholland W. G. Richards J. Phys. Chem. B 1998 102 6635 6646
142. M. W. van der Kamp F. Perruccio A. J. Mulholland Chem. Commun. 2008 1874 1876
143. G. M. Alter J. P. Casazza Z. Wang P. Nemeth P. A. Srere C. T. Evans Biochemistry 1990 29 7557
144. A. Fersht, Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding, W. H. Freeman and Co., New York, 1999
145. L. Kurz G. Drysdale Biochemistry 1987 26 2623 2627
146. L. Kurz J. Ackerman G. Drysdale Biochemistry 1985 24 452 457
147. J. N. Harvey C. M. Bathelt A. J. Mulholland J. Comput. Chem. 2006 27 1352 1362
148. B. Meunier S. P. de Visser S. Shaik Chem. Rev. 2004 104 3947 3980
149. S. Shaik D. Kumar S. P. de Visser A. Altun W. Thiel Chem. Rev. 2005 105 2279 2328
150. F. Ogliaro N. Harris S. Cohen M. Filatov S. P. de Visser S. Shaik J. Am. Chem. Soc. 2000 122 8977 8989
151. N. Harris S. Cohen M. Filatov F. Ogliaro S. Shaik Angew. Chem., Int. Ed. 2000 39 2003
152. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, V. G. Zakrzewski, J. A. Montgomery, R. E. Stratmann, J. C. Burant, S. Dapprich, J. M. Millam, A. D. Daniels, K. N. Kudin, M. C. Strain, O. Farkas, J. Tomasi, V. Barone, M. Cossi, R. Cammi, B. Mennucci, C. Pomelli, C. Adamo, S. Clifford, J. Ochterski, G. A. Petersson, P. Y. Ayala, Q. Cui, K. Morokuma, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. Cioslowski, J. V. Ortiz, A. G. Baboul, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. Gomperts, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, C. Gonzalez, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, J. L. Andres, C. Gonzalez, M. Head-Gordon, E. S. Replogle and J. A. Pople, GAUSSIAN, Inc., Pittsburgh PA, see www.gaussian.com
153. K. Yoshizawa T. Kamachi Y. Shiota J. Am. Chem. Soc. 2001 123 9806 9816
154. S. P. de Visser F. Ogliaro N. Harris S. Shaik J. Am. Chem. Soc. 2001 123 3037 3047
155. S. P. de Visser F. Ogliaro S. Shaik Chem. Commun. 2001 2322 2323
156. F. P. Guengerich Chem. Res. Toxicol. 2001 14 611 650
157. C. M. Bathelt L. Ridder A. J. Mulholland J. N. Harvey J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15004 15005
158. C. M. Bathelt L. Ridder A. J. Mulholland J. N. Harvey Org. Biomol. Chem. 2004 2 2998 3005
159. M. J. de Groot S. B. Kirton M. J. Sutcliffe Curr. Top. Med. Chem. 2004 4 1803 1824
160. J. N. Harvey V. K. Aggarwal C. M. Bathelt J.-L. Carreón-Macedo T. Gallagher N. Holzmann A. J. Mulholland R. Robiette J. Phys. Org. Chem. 2006 19 608 615
161. M. Pirmohamed B. K. Park Toxicology 2003 192 23 32
162. C. M. Bathelt J. Zurek A. J. Mulholland J. N. Harvey J. Am. Chem. Soc. 2005 127 12900 12908
163. C. M. Bathelt A. J. Mulholland J. N. Harvey J. Phys. Chem. A 2008 112 13149 13156
164. V. Nedelcheva I. Gut P. Souek B. Tichavská L. Týnkova J. Mráz F. P. Guengerich M. Ingelman-Sundberg Arch. Toxicol. 1999 73 33 40
165. J. C. Schoneboom S. Cohen H. Lin S. Shaik W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4017 4034
166. V. Guallar M.-H. Baik S. J. Lippard R. A. Friesner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 6998 7002
167. J. C. Schoneboom H. Lin N. Reuter W. Thiel S. Cohen F. Ogliaro S. Shaik J. Am. Chem. Soc. 2002 124 8142 8151
168. J. C. Schoneboom F. Neese W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 2005 127 5840 5853
169. J. C. Schoneboom W. Thiel J. Phys. Chem. B 2004 108 7468 7478
170. H. Lin J. C. Schoneboom S. Cohen S. Shaik W. Thiel J. Phys. Chem. B 2004 108 10083 10088
171. V. Guallar R. A. Friesner J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8501 8508
172. M. Altarsha T. Benighaus D. Kumar W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 2009 131 4755 4763
173. A. Altun V. Guallar R. A. Friesner S. Shaik W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 2006 128 3924 3925
174. V. Guallar B. Olsen J. Inorg. Biochem. 2006 100 755 760
175. A. Altun S. Shaik W. Thiel J. Comput. Chem. 2006 27 1324 1337
176. J. Żurek N. Foloppe J. N. Harvey A. J. Mulholland Org. Biomol. Chem. 2006 4 3931 3937
177. R. Lonsdale J. N. Harvey A. J. Mulholland J. Phys. Chem. B 2010 114 1156 1162
178. S. C. Tsai J. P. Klinman Biochemistry 2001 40 2303
179. J. Basran S. Patel M. J. Sutcliffe N. S. Scrutton J. Biol. Chem. 2001 276 6234
180. P. F. Faulder G. Tresadern K. K. Chohan N. S. Scrutton M. J. Sutcliffe I. H. Hillier N. A. Burton J. Am. Chem. Soc. 2001 123 8604 8605
181. G. Tresadern J. P. McNamara M. Mohr H. Wang N. A. Burton I. H. Hillier Chem. Phys. Lett. 2002 358 489 494
182. G. Tresadern S. Nunez P. F. Faulder H. Wang I. H. Hillier N. A. Burton Faraday Discuss. 2003 122 223 242
183. G. Pierdominici-Sottile J. Echave J. Palma Int. J. Quantum Chem. 2005 105 937 945
184. G. Pierdominici-Sottile J. Echave J. Palma J. Phys. Chem. B 2006 110 11592 11599
185. C. Alhambra M. L. Sanchez J. C. Corchado J. Gao D. G. Truhlar Chem. Phys. Lett. 2002 355 388 394
186. J. Z. Pu J. L. Gao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2004 108 632 650
187. M. Garcia-Viloca C. Alhambra D. G. Truhlar J. Gao J. Chem. Phys. 2001 114 9953
188. C. Alhambra J. Corchado M. L. Sanchez M. Garcia-Viloca J. Gao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. B 2001 105 11326
189. J. K. Hwang Z. T. Chu A. Yadav A. Warshel J. Phys. Chem. 1991 95 8445 8448
190. G. Tresadern H. Wang P. F. Faulder N. A. Burton I. H. Hillier Mol. Phys. 2003 101 2775 2784
191. J. Mavri H. Liu M. H. M. Olsson A. Warshel J. Phys. Chem. B 2008 112 5950 5954
192. G. Pierdominici-Sottile J. Palma Chem. Phys. 2009 363 59 64
193. H. B. Brooks L. H. Jones V. L. Davidson Biochemistry 1993 32 2725 2729
194. L. Masgrau K. E. Ranaghan N. S. Scrutton A. J. Mulholland M. J. Sutcliffe J. Phys. Chem. B 2007 111 3032 3047
195. A. Lodola M. Mor J. C. Hermann G. Tarzia D. Piomelli A. J. Mulholland Chem. Commun. 2005 4399 4401
196. I. Tubert-Brohman O. Acevedo W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 2006 128 16904 16913
197. A. Lodola M. Mor S. Rivara C. Christov G. Tarzia D. Piomelli A. J. Mulholland Chem. Commun. 2008 214 216
198. D. Piomelli G. Tarzia A. Duranti A. Tontini M. Mor T. R. Compton O. Dasse E. P. Monaghan J. A. Parrott D. Putman CNS Drug Rev. 2006 12 21 38
199. A. Bassan M. R. A. Blomberg P. E. M. Siegbahn JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2004 9 439 452
200. K.-B. Cho V. Pelmenschikov A. Gräslund P. E. M. Siegbahn J. Phys. Chem. B 2004 108 2056 2065
201. T. Borowski A. Bassan P. E. M. Siegbahn Biochemistry 2004 43 12331 12342
202. D. Xu Y. Wei J. Wu D. Dunaway-Mariano H. Guo Q. Cui J. Gao J. Am. Chem. Soc. 2004 126 13649 13658
203. G. H. Li Q. Cui J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15028 15038
204. S. Martí V. Moliner I. Tuñón I. H. Williams J. Phys. Chem. B 2005 109 3707 3710
205. G. D. Ruggiero I. H. Williams M. Roca V. Moliner I. Tuñón J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8634 8635
206. H. Park E. N. Brothers K. M. Merz Jr. J. Am. Chem. Soc. 2005 127 4232 4241
207. J. C. Hermann J. Pradon J. N. Harvey A. J. Mulholland J. Phys. Chem. A 2009 113 11984 11994
208. G. A. Cisneros M. Wang P. Silinski M. C. Fitzgerald W. Yang Biochemistry 2004 43 6885 6892
209. D. Riccardi P. König H. Guo Q. Cui Biochemistry 2008 47 2369 2378
210. S. Metz D. Wang W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 2009 131 4628 4640
211. M. W. van der Kamp A. J. Mulholland Nat. Prod. Rep. 2008 25 1001 1014
212. A. Crespo M. A. Martí D. A. Estrin A. E. Roitberg J. Am. Chem. Soc. 2005 127 6940 6941
213. M. E. S. Soliman G. D. Ruggiero J. J. Ruiz Pernía I. R. Greig I. H. Williams Org. Biomol. Chem. 2009 7 460 468
214. C. R. W. Guimarães M. Udier-Blagovi W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 2005 127 3577 3588
215. M. P. Gleeson I. H. Hillier N. A. Burton Org. Biomol. Chem. 2004 2 2275 2280
216. M. Mladenovic K. Ansorg R. F. Fink W. Thiel T. Schirmeister B. Engels J. Phys. Chem. B 2008 112 11798 11808
217. A. R. Dinner G. M. Blackburn M. Karplus Nature 2001 413 752 755
218. M. H. M. Olsson P. K. Sharma A. Warshel FEBS Lett. 2005 579 2026 2034
219. I. Tejero M. Garcia-Viloca A. Gonzalez-Lafont J. M. Lluch D. M. York J. Phys. Chem. B 2006 110 24708 24719
220. M. H. M. Olsson P. E. M. Siegbahn A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2004 126 2820 2828
221. M. H. M. Olsson J. Mavri A. Warshel Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2006 361 1417 1432
222. C. M. Bathelt A. J. Mulholland J. N. Harvey Dalton Trans. 2005 3470 3476
223. S. P. de Visser Biochem. Soc. Trans. 2009 37 373 377
224. L. Ridder I. M. C. M. Rietjens J. Vervoort A. J. Mulholland J. Am. Chem. Soc. 2002 124 9926 9936
225. N. Chen M. A. Walsh Y. Y. Liu R. Parker H. W. Song J. Mol. Biol. 2005 347 707 718
226. M. G. Gu C. Fabrega S. W. Liu H. D. Liu M. Kiledjian C. D. Lima Mol. Cell 2004 14 67 80
227. U. Pentikäinen O. T. Pentikäinen A. J. Mulholland Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 70 498 508
228. M. P. Gleeson D. Gleeson J. Chem. Inf. Model. 2009 49 670 677
229. G. L. Holliday D. E. Almonacid J. B. O. Mitchell J. M. Thornton J. Mol. Biol. 2007 372 1261 1277
230. L. Jiang E. Althoff F. Clemente L. Doyle D. Röthlisberger A. Zanghellini J. Gallaher J. Betker F. Tanaka B. Iii F. Carlos D. Hilvert K. Houk B. Stoddard D. Baker Science 2008 319 1387
231. S. Park J. G. Saven Annu. Rep. Comput. Chem. 2005 1 245
232. B. Kuhlman G. Dantas G. C. Ireton G. Varani B. L. Stoddard D. Baker Science 2003 302 1364 1368
233. D. Röthlisberger O. Khersonsky A. M. Wollacott L. Jiang J. DeChancie J. Betker J. L. Gallaher E. A. Althoff A. Zanghellini O. Dym S. Albeck K. N. Houk D. S. Tawfik D. Baker Nature 2008 453 190 U194
234. A. N. Alexandrova D. Röthlisberger D. Baker W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 2008 130 15907 15915