A DFT-based QM-MM approach designed for the treatment of large molecular systems: Application to chorismate mutase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 49, 2003, Pages 13728-13736

  Crespo, Alejandro ^a,c   Scherlis, Damián A ^a,b   Martí, Marcelo A ^a   Ordejón, Pablo ^b   Roitberg, Adrián E ^c   Estrin, Darío A ^a  

^a UNIVERSIDAD DE BUENOS AIRES   (Argentina)

^b INSTITUT DE CIÈNCIA DE MATERIALS DE BARCELONA ICMAB CSIC   (Spain)

^c University of Florida ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ENERGY; CATALYSIS; CATALYST ACTIVITY; COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR STRUCTURE; NUMERICAL ANALYSIS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; QUANTUM THEORY;

CHORISMATE MUTASE; LENNARD-JONES POTENTIAL INTERACTIONS; MOLECULAR MECHANICAL SCHEME;

ENZYMES;

EID: 0346885688     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp036236h     Document Type: Article

References (49)

1. Scuseria, G. E. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 4782.
2. Gogonea, V.; Merz, K. M., Jr. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 5171.
3. Greatbanks, S. P.; Gready, J. E.; Limaye, A. C.; Rendell, A. P. J. Comput. Chem. 2000, 21, 788.
4. York, D.; Lee, T.; Yang, W. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 5011.
5. Lewis, J. P.; Carter, C. W., Jr.; Hermans, J.; Pan, W.; Lee, T.; Yang, W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5407.
6. Khandogin, J.; York, D. M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7693.
7. Merz, K. M., Jr. Encycl. Comput. Chem. 1998, 4, 2330.
8. Monard, G.; Merz, K. M., Jr. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 904.
9. Walker, R. C.; de Souza, M. M.; Mercer, I. P.; Gould, I. R.; Klug, D. R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11658.
10. Bruice, T. C. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 139.
11. Orozco, M.; Luque, F. J. Chem. Rev. 2000, 100, 4187.
12. Kohanoff, J.; Koval, S.; Estrin, D. A.; Laria, D.; Abaskin, Y. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9498.
13. Elola, M. D.; Laria, D.; Estrin, D. A. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 5105.
14. Soler, J. M.; Artacho, E.; Gale, J. D.; García, A.; Junquera, J.; Ordejón, P.; Sánchez-Portal, D. J. Phys.: Condens. Matter 2002, 14, 2745.
15. Reich, S.; Thomsen, C.; Ordejón, P. Phys. Rev. B 2002, 65, 155411.
16. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
17. Bartlett, P. A.; Nakagawa, Y.; Johnson, C. R.; Reich, S. H.; Luis, A. J. J. Org. Chem. 1988, 53, 3195.
18. Haslam, E. Shikimic Acid: Metabolism and Metabolites; John Wiley & Sons: New York, 1993.
19. Andrews, P. R.; Smith, G. D.; Young, I. G. Biochemistry 1973, 18, 3492.
20. Galopin, C. C.; Zhang, S.; Wilson, D. B.; Ganem, B. Tetrahedron Lett. 1996, 37, 8675.
21. Wiest, O.; Houk, K. N. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11628.
22. Wiest, O.; Montiel, D. C.; Houk, K. N. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8378.
23. Kast, P.; Tewari, Y. B.; Wiest, O.; Hilvert, D.; Houk, K. N.; Goldberg, R. N. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10976.
24. Davidson, M. M.; Guest, J. M.; Craw, J. S.; Hillier, I. H.; Vincent, M. A. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1997, 1395.
25. Khanjin, N. A.; Snyder, J. P.; Menger, F. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11831.
26. Martí, S.; Andrés, J.; Moliner, V.; Silla, E.; Tuñon, I.; Bertrán, J.; Field, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1709.
27. Martí, S.; André, J.; Moliner, V.; Silla, E.; Tuñon, I.; Bertrán, J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11308.
28. Worthington, S. E.; Roitberg, A. E.; Krauss, M. J. Phys. Chem. B 2001, 103, 7087.
29. Roitberg, A. E.; Worthington, S. E.; Holden, M. J.; Mayhew, M. P.; Krauss, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7312.
30. Lee, Y. S.; Worthington, S. E.; Krauss, M.; Brooks, B. R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 12059.
31. Woodcock, H. L.; Hodoscek, M.; Sherwood, P.; Lee, Y. S.; Schaefer, H. F., III; Brooks, B. R. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 140.
32. Carlson, H. A.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8475.
33. Repasky, M. P.; Guimarães, C. R. W.; Chandrasekhar, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6663.
34. Guimarães, C. R. W.; Repasky, M. P.; Chandrasekhar, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6892.
35. Gou, H.; Cui, Q.; Lipscomb, W. N.; Karplus, M. Biochemistry 2001, 98, 9032.
36. Sánchez-Portal, D.; Ordejón, P.; Artacho, E.; Soler, J. M. Int. J. Quantum Chem. 1997, 65, 453.
37. Artacho, E.; Sánchez-Portal, D.; Ordejón, P.; García, A.; Soler, J. M. Phys. Status Solidi B 1999, 215, 809.
38. Sankey, O. F.; Niklewski, D. J. Phys. Rev. B 1989, 40, 3979.
39. Kleinman, L.; Bylander, D. M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1425.
40. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
41. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335.
42. Reuter, N.; Dejaegere, A.; Maigret, B.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 2002, 104, 1720.
43. Eichinger, M.; Tavan, P.; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10452.
44. Rovira, C.; Schultze, B.; Eichinger, M.; Evanseck, J. D.; Parrrinello, M. J. Biophys. J. 2001, 81, 435.
45. (a) Becke, A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
46. (b) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
47. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R.; Burant, J.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Rev. A7, Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
48. Baker, J.; Muir, M.; Andzelm, J. J. Chem. Phys. 1995, 102, 2063.
49. Chook, Y. M.; Gray, J. V.; Ke, H.; Lipscomb, W. N. J. Mol. Biol. 1994, 240, 476.