A predictive model of strong hydrogen bonding in proteins: The Nδ1-H-Oδ1 hydrogen bond in low-pH α-chymotrypsin and α-lytic protease

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 25, 2003, Pages 6226-6233

  Molina, Pablo A ^a   Jensen, Jan H ^a  

^a E11 SSH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; COMPUTATIONAL METHODS; FRACTIONATION; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PH; VIBRATION CONTROL;

CHEMICAL SHIFT;

ENZYMES;

EID: 0038112245     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0340663     Document Type: Article

References (37)

1. Harris, T. K.; Mildvan, A. S. Proteins 1999, 35, 275-282.
2. Bachovchin, W. W. Magn. Reson. Chem. 2001, 39, S199-S213.
3. Westler, W. M.; Frey, P. A.; Lin, J.; Wemmer, D. E.; Morimoto, H.; Williams, P. G.; Markley, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4196-4197.
4. Robillard, G.; Shulman, R. G. J. Mol. Biol 1972, 71, 507-511.
5. Hibbert, F.; Emsley, J. Adv. Phys. Org. Chem. 1990, 26, 255-379.
6. Frey, P. A.; Whitt, S. A.; Tobin, J. B. Science 1994, 264, 1927-1930.
7. Markley, J. L.; Westler, W. M. Biochemistry 1996, 35, 11092-11097.
8. Cassidy, C. S.; Lin, J.; Frey, P. A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 273, 789-792.
9. Barich, D. H.; Nicholas, J. B.; Haw, J. F. J. Phys. Chem. A 2001, 705, 4708-4715.
10. Garcia-Viloca, M.; Gelabert, R.; Gonzalez-Lafont, A.; Moreno, M.; Lluch, J. M. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8727-8733.
11. Westler, W. M.; Weinhold, F.; Markley, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14373-14381.
12. Edison, A. S.; Weinhold, F.; Markley, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9619-9624.
13. Gordon, M. S.; Freitag, M. A.; Bandyopadhyay, P.; Jensen, J. H.; Kairys, V.; Stevens, W. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 293-307.
14. Li, H.; Jensen, J. H. Theo. Chem. Acc. 2002, 107, 211-219.
15. Chaban, G. M.; Jung, J. O.; Gerber, R. B. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1823-1829.
16. Rablen, P. R.; Pearlman, S. A.; Finkbiner, J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 7357-7363.
17. Molina, P. A.; Sikorski, R. S.; Jensen, J. H. Theo. Chem. Acc. 2003, 109, 100-107.
18. Minikis, R. M.; Kairys, V.; Jensen, J. H. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 3829-3837.
19. Kairys, V.; Jensen, J. H. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6656-6665.
20. Blevins, R. A.; Tulinsky, A. J. Biol. Chem. 1985, 260, 4264-4275.
21. Fujinaga, M.; Delbaere, L. T.; G. D., B.; James, M. N. J. Mol. Biol. 1985, 183.
22. Bellido, M. N.; Rullmann, J. A. C. J. Comput. Chem. 1989, 10, 479-487.
23. Molina, P. A.; Li, H.; Jensen, J. H. J. Comput. Chem. 2003, accepted.
24. Graul, S. T.; Brickhouse, M. D.; Squires, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 631-639.
25. Kakiuchi, M. Geochim. Cosmochim. Acta 2000, 64, 1485-1492.
26. Chesnut, D. B. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Eds.; 1996; Vol. 8, pp 245-297.
27. Karadakov, P. B.; Morokuma, K. Chem. Phys. Lett. 2000, 377, 589-596.
28. Chesnut, D. B.; Rusiloski, B. E.; Moore, K. D.; Egolf, D. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1364-1375.
29. Mennucci, B.; Martinez, J. M.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 7287-7296.
30. Porubcan, M. A.; Neves, D. E.; Rausch, S. K.; Markley, J. L. Biochemistry 1978, 17, 4640-4647.
31. Harris, R. K.; Becker, E. D.; Cabral de Menezes, S. M.; Goodfellow, R.; Granger, P. Pure Appl. Chem. 2002, 73, 1795-1818.
32. Altman, L. J.; Laungani, D.; Gunnarsson, G.; Wennerstrom, H.; Forsen, S. J. Am. Chem. Soc. 1978, 100, 8264-8266.
33. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
34. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.6; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
35. Bao, D. H.; Huskey, W. P.; Kettner, C. A.; Jordan, F. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4684-4689.
36. Weil, D. A.; Dixon, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 6859-6865.
37. Zhao, X.; Sudmeier, J. L.; Bachovchin, W. W.; Levin, M. H. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11097-11098.