NMR structures of damaged DNA

Chemical Reviews

Volumn 106, Issue 2, 2006, Pages 607-686

  Lukin, Mark ^a   de los Santos, Carlos ^a  

^a STONY BROOK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALKYLATION; CONFORMATIONS; CROSSLINKING; DERIVATIVES; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR STRUCTURE; MUTAGENESIS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PHOTOCHEMICAL REACTIONS; REACTION KINETICS; STEREOCHEMISTRY;

DEAMINATION; DNA STRUCTURE; LESION INDUCED MUTAGENESIS; PHOTOCROSSLINK PRODUCTS;

DNA;

DNA; PURINE; PURINE DERIVATIVE; PYRIMIDINE DERIVATIVE;

ALKYLATION; BASE PAIRING; BINDING SITE; CHEMISTRY; CONFORMATION; DEAMINATION; DNA DAMAGE; HYDROGEN BOND; METABOLISM; METHODOLOGY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; OXIDATION REDUCTION REACTION; REVIEW; STEREOISOMERISM;

ALKYLATION; BASE PAIRING; BINDING SITES; DEAMINATION; DNA; DNA DAMAGE; HYDROGEN BONDING; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OXIDATION-REDUCTION; PURINES; PYRIMIDINES; STEREOISOMERISM;

EID: 33644626078     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr0404646     Document Type: Review

References (559)

1. http://www.rcsb.org/pdb/holdings.html (March 8, 2005).
2. Ferre-D' Amare, A. R.; Zhou, K.; Doudna, J. A. J. Mol. Biol. 1998, 279, 621.
3. Batey, R. T.; Battiste, J. L.; Williamson, J. R. Methods Enzymol. 1995, 261, 300.
4. Zimmer, D. P.; Crothers, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 3091.
5. Werner, M. H.; Gupta, V.; Lambert, L. J.; Nagata, T. Methods Enzymol. 2001, 338, 283.
6. Varani, G.; Aboul-ela, F.; Allain, F. H.-T. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1996, 29, 51.
7. Majumdar, A.; Kettani, A.; Skripkin, E. J. Biomol. NMR 1999, 14, 67.
8. Majumdar, A.; Kettani, A.; Skripkin, E.; Patel, D. J. J. Biomol. NMR 1999, 15, 211.
9. Zidek, L.; Stefl, R.; Sklenar, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 275.
10. Trantírek, L.; Štefl, R.; Masse, J. E.; Feigon, J.; Sklenar, V. J. Biomol. NMR 2002, 23, 1.
11. Orrell, K. G.; Sik, V.; Stephenson, D. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1990, 22, 141.
12. Lane, A. N. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1993, 25, 481.
13. Ravindranathan, S.; Kim, C. H.; Bodenhausen, G. J. Biomol. NMR 2003, 27, 365.
14. Zhang, Q.; Throolin, R.; Pitt, S. W.; Serganov, A.; Al-Hashimi, H. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10530.
15. O'Neil-Cabello, E.; Bryce, D. L.; Nikonowicz, E. P.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 66.
16. Boisbouvier, J.; Wu, Z. R.; Ono, A.; Kainosho, M.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2003, 27, 133.
17. Lipsitz, R. S.; Tjandra, N. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 387.
18. Kojima, C.; Ono, A.; Ono, A.; Kainosho, M. Methods Enzymol. 2001, 338, 261.
19. Patel, D. J.; Shapiro, L.; Hare, D. Q. Rev. Biophys. 1987, 20, 35.
20. Van de Ven, F. J. M.; Hilbers, C. W. Eur. J. Biochem. 1988, 178, 1.
21. Majumdar, A.; Hosur, R. V. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1992, 24, 109.
22. de los Santos, C. In Comprehensive Natural Products Chemistry; Kool, E., volume Ed.; Elsevier Science Ltd.: Oxford, 1999; Vol. 7, p 55.
23. Prestegard, J. H.; Bougault, C. M.; Kishore, A. I. Chem. Rev. 2004, 104, 3519.
24. Moe, J. G.; Russu, I. M. Biochemistry 1992, 31, 8421.
25. Goljer, I.; Withka, J. M.; Kao, J. Y.; Bolton, P. H. Biochemistry 1992, 31, 11614.
26. Gonzalez, C.; Stec, W.; Kobylanska, A.; Hogrefe, R. I.; Reynolds, M.; James, T. L. Biochemistry 1994, 33, 11062.
27. Leijon, M.; Leroy, J. L. Biochimie 1997, 79, 775.
28. Palmer, A. G., III. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 129.
29. Isaacs, R. J.; Spielmann, H. P. DNA Repair 2004, 3, 455.
30. Fazakerley, G. V.; Boulard, Y. Methods Enzymol. 1995, 261, 145.
31. Chou, S.-H.; Chin, K.-H.; Wang, A. H.-J. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2461.
32. IUPAC - IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature. Eur. J. Biochem. 1983, 131, 9.
33. Demple, B.; Harrison, L. Annu. Rev. Biochem. 1994, 63, 9154.
34. Nakamura, J.; Walker, V. E.; Upton, P. B.; Chiang, S. Y.; Kow, Y. W.; Swenberg, J. A. Cancer Res. 1998, 58, 222.
35. Fromme, J. C.; Banerjee, A.; Verdine, G. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 43.
36. McCullough, A. K.; Dodson, M. L.; Lloyd, R. S. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 255.
37. Krokan, H. E.; Standal, R.; Slupphaug, G. Biochem. J. 1997, 325, 1.
38. Lindahl, T.; Nyberg, B. Biochemistry 1972, 11, 3610.
39. Kappen, L. S.; Goldberg, I. H. Biochemistry 1989, 28, 1027.
40. Pieters, J. M. L.; Manst, R. M. W.; van den Elst, H.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Altona, C. Nucleic Acids Res. 1989, 17, 4551.
41. Snowden-Ifft, E. A.; Wemmer, D. E. Biochemistry 1990, 29, 6017.
42. Kozerski, L.; Mazurek, A. P.; Kawecki, R.; Bocian, W.; Krajewski, P.; Bednarek, E.; Sitkowski, J.; Williamson, M. P.; Moir, A. J. G.; Hansen, P. E. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 1132.
43. Mills, J. B.: Cooper, J. P.; Hagerman, P. J. Biochemistry 1994, 33, 1797.
44. Singh, S.; Patel, P. K.; Hosur, R. V. Biochemistry 1997, 36, 13214.
45. Roll, C.; Ketterlé, C.; Faibis, V.; Fazakerley, G. V.; Boulard, Y. Biochemistry 1998, 37, 4059.
46. Roll, C.; Ketterlé, C.; Boulard, Y.; Fazakerley, G. V. Biochimie 1997, 79, 593.
47. Roll, C.; Ketterlé, C.; Faibis, V.; Fazakerley, G. V.; Boulard, Y. Eur. J. Biochem. 1999, 264, 120.
48. Claussen, C. A.; Long, E. C. Chem. Rev. 1999, 99, 2797.
49. Junker, H.-D.; Hoehn, S. T.; Bunt, R. C.; Marathius, V.; Chen, J.; Turner, C. J.; Stubbe, J. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 5497.
50. Guo, H.; Tullius, T. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3743.
51. Singh, M. P.; Hill, G. C.; Péoc'h, D.; Rayner, B.; Imbach, J. L.; Lown, J. W. Biochemistry 1994, 33, 10271.
52. Manoharan, M.; Mazumder, A.; Ransom, S. C.; Gerlt, J. A.; Bolton, P. H. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 2690.
53. Kalnik, M. W.; Chang, C.-N.; Johnson, F.; Grollman, A. P.; Patel, D. J. Biochemistry 1989, 28, 3373.
54. Vesnaver, G.; Chang, C.-N.; Eisenberg, M.; Grollman, A. R.; Breslauer, K. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 3614.
55. Kalnik, M. W.; Chang, C. N.; Grollman, A. P.; Patel, D. J. Biochemistry 1988, 27, 924.
56. de los Santos, C.; El-khateeb, M.; Rege, P.; Tian, K.; Johnson, F. Biochemistry 2004, 43, 15349.
57. Manoharan, M.; Ransom, S. C.; Mazumder, A.; Gerlt, J. A.; Wilde, J. A.; Withka, J. A.; Bolton, P. H. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1620.
58. Wilde, J. A.; Bolton, P. H.; Mazumder, A.; Manoharan, M.; Gerlt, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 1894.
59. Beger, R. D.; Bolton, P. H. J. Biol. Chem. 1998, 273, 15565.
60. Goljer, I.; Kumar, S.; Bolton, P. H. J. Biol. Chem. 1995, 270, 22980.
61. Wang, K. Y.; Parker, S. A.; Goljer, I.; Bolton, P. H. Biochemistry 1997, 36, 11629.
62. Hoehn, S. T.; Turner, C. J.: Stubbe. J. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 3413.
63. Cuinasse, P.; Fazakerley, G. V.; Guschlbauer, W.; Kaplan, B. E.; Sowers, L. S. J. Mol. Biol. 1990, 213, 303.
64. Cuinasse, P.; Sowers, L. S.; Eritja, R.; Kaplan, B. E.; Goodman, M. F.; Cognet, J. A. H.; LeBret, M.; Guschlbauer, W.; Fazakerley, G. V. Nucleic Acids Res. 1987, 15, 8003.
65. Coppel, Y.; Berthet, N.; Coulombeau, C.; Coulombeau, C.; Garcia, J.; Lhomme, J. Biochemistry 1997, 36, 4817.
66. Wilson, D. M., III; Takeshita, M.; Grollman. A. P.; Demple, B. J. Biol. Chem. 1995, 270, 16002.
67. Mol, C. D.; Izumi, T.; Mitra, S.; Tainer, J. Nature 2000, 403, 451.
68. Nakano, S.-I.; Chadalavada, D. M.; Bevilaqua, P. C. Science 2000, 287, 1493.
69. Mao, H.; Schnetz-Boutaud, N. C.; Weisenseel, J. P.; Marnett, L. J.; Stone, M. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6615.
70. Jourdan, M.; Garcia, J.; Defrancq, E.; Kotera, M.; Lhomme, J. Biochemistry 1999, 38, 3985.
71. Iakubovskaia, E. A.; Gabibov, A. G. Mol. Biol. (Mosk.) 1999, 33, 368.
72. Kingma, P. S.; Osheroff, N. J. Biol. Chem. 1997, 272, 1148.
73. Cline, S. D.; Jones, W. R.; Stone, M. P.; Osheroff, N. Biochemistry 1999, 38, 15500.
74. Zahn, K.; Blattner, F. R. Science 1987, 236, 416.
75. Schroth, G. P.; Siino, J. S.; Cooney, C. A.; Th'ng, J. P. H.; Ho, P. S.; Bradbury, E. M. J. Biol. Chem. 1992, 267, 9958.
76. Ohyama, T. BioEssays 2001, 23, 708.
77. MacDonald, D.; Herbert, K.; Zhang, X.; Pologruto, T.; Lu, P. J. Mol. Biol. 2001, 306, 1081.
78. Wilson, D. M., III; Barsky, D. Mutat. Res. 2001, 485, 283.
79. Klinedinst, D. K.; Drinkwater, N. R. Mol. Carcinog. 1992, 6, 32.
80. Lawrence, C. W.; Borden, A.; Banerjee, S. K.; LeClerc, J. E. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 2153.
81. Cuniasse, Ph.; Sowers, L. C.; Eritja, R.; Kaplan, B.; Goodman, N. F.; Cognet, J. A. H.; LeBret, M.; Guschlbauer, W.; Fazakerly, G. V. Biochemistry 1989, 28, 2018.
82. Lin, Z.; Hung, K.-N.; Grollman, A. P.; de los Santos, C. Nucleic Acids Res. 1998, 10, 2385.
83. Ward, J. F. Prog. Nucleic Acids Res. Mol. Biol. 1988, 35, 95.
84. Sutherland, B. M.; Bennett, P. V.; Sidorkina, O.; Laval, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 103.
85. Chaudhry, M. A.; Weinfeld, M. J. Biol. Chem. 1997, 272, 15650.
86. David-Cordonnier, M. H.; Cunniffe, S. M.; Hickson, I. D.; O'Neill, P. Biochemistry 2002, 41, 634.
87. Lomax, M. E.; Cunniffe, S.; O'Neill, P. Biochemistry 2004, 43, 11017.
88. Lomax, M. E.; Salje, H.; Cunniffe, S.; O'Neill, P. Radiat. Res. 2005, 163, 79.
89. Lin, Z.; de los Santos, C. J. Mol. Biol. 2001, 308, 341.
90. Hazel, R. D.; Tian, K.; de los Santos, C. Submitted.
91. Woodson, S. A.; Crothers, D. M. Biochemistry 1988, 27, 8904.
92. Kappen, L. S.; Goldberg, I. H. Biochemistry 1997, 36, 14861.
93. Williams, H. E. L.; Colgrave, M. L.; Searle, M. S. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 1726.
94. Williams, H. E.; Searle, M. S. J. Mol. Biol. 1999, 290, 699.
95. Zhang, X. L.; Patel, D. J. Biochemistry 1990, 29, 9451.
96. Hoehn, S. T.; Junker, H. D.; Bunt, R. C.; Turner, C. J.; Stubbe, J. Biochemistry 2001, 40, 5894.
97. Bertrand, J.-R.; Vasseur, J.-J.; Gouyette, A.; Rayner, B.; Imbach, J.-L.; Paoletti, C.; Malvy, C. J. Biol. Chem. 1989, 264, 14172.
98. Matray, T. J.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6191.
99. Matray, T. J.; Kool, E. T. Nature 1999, 399, 704.
100. Smirnov, S.; Matray, T. J.; Kool, E. T.; de los Santos, C. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 5561.
101. Demple, B.; Harrison, L. Annu. Rev. Biochem. 1994, 63, 915.
102. Collins, A. R.; Cadet, J.; Moller, L.; Poulsen, H. E.; Vina, J. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 423, 57.
103. Dizdaroglu, M. Mutat. Res. 2003, 531, 109.
104. Téoule, R. Int. J. Radiat. Res. 1987, 51, 573.
105. Rouet, P.; Essigmann, J. M. Cancer Res. 1985, 45, 6113.
106. Ide, H.; Kow, Y. W.; Wallace, S. S. Nucleic Acids Res. 1985, 13, 8035.
107. Clark, J. M.; Beardsley, G. P. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 737.
108. Basu, A. K.; Loechler, E. L.; Leadon, S. A.; Essigmann, J. M. Proc. Natl. Acad Scl. U.S.A. 1989, 86, 7677.
109. Kao, J. E.; Goljer. I.; Phan, T. A.; Bolton, P. H. J. Biol. Chem. 1993, 268, 17787.
110. Kung, H. C.; Bolton, P. H. J. Biol. Chem. 1997, 272, 9227.
111. Lustig, M. J.; Cadet, J.; Boorstein, R. J.; Teebor, G. W. Nucleic Acids Res. 1992, 25, 4839.
112. Henderson, P. T.; Neeley, W. L.; Delaney, J. C.; Gu, F.; Niles, J. C.; Hah, S. S.; Tannenbaum, S. R.; Essigmann, J. M. Chem. Res. Toxicol. 2005, 18, 12.
113. Cadet, J.; Nardin, R.; Voituriez. L.; Remin, M.; Hruska, F. E. Can. J. Chem. 1981, 59, 3313.
114. Gervais, V.; Guy, A.; Teoule, R.; Fazakerley, G. V. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 6455.
115. Guy, A.; Duplaa, A. M.; Ulrich, J.; Téoule, R. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 5815.
116. Maufrais, C.; Boulard, Y. Can. J. Physiol. Pharmacol. 2002, 80, 609.
117. Maufrais, C.; Fazakerley, G. V.; Cadet, J.; Boulard, Y. Biochemistry 2000, 39, 5614.
118. Maufrais, C.; Fazakerley, G. V.; Guy, A.; Cadet, J.; Boulard, Y. Biochimie 2000, 82, 65.
119. Maufrais, C.; Fazakerley, G. V.; Cadet, J.; Boulard, Y. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5930.
120. Lewis, H. L.; Muhelman, D. R.; Ward, J. F. Radiat. Res. 1978, 75, 305.
121. Teebor, G. W.; Frenkel, K.; Goldstein, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 318.
122. Wagner, R. W.; Matteucci, M. D.; Lewis, J. C.; Gutierrez, A. J.; Moulds, C.; Froehler, B. C. Science 1993, 260, 1510.
123. Langer, P. R.; Waldrop, A. A.; Ward, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 6633.
124. Alexandrova, L. A.; Lukin, M. A.; Rozovskaia, T. A.; Atrazhev, A. M.; Kukhanova, M. K.; Kraevskii, A. A. Mol. Biol. (Mosk.) 1990, 24, 1100.
125. Kallen, R.; Simon, M.; Marmur, J. J. Mol. Biol. 1962, 5, 248.
126. Boorstein, R. J.; Teebor, G. W. Cancer Res. 1988, 48, 5466.
127. Cannon-Carlson, S. V.; Gokhale. H.; Teebor. G. W. J. Biol. Chem. 1989, 264, 13306.
128. Mellac, S.; Fazakerley, G. V.; Sowers, L. S. Biochemistry 1993, 32, 7779.
129. Pasternack, L. B.; Bramham, J.; Mayol, L.; Galeone, A.; Xin Jia, X.; Kearns, D. R. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 2740.
130. Vu, H. M.; Pepe, A.; Mayol, L.; Kearns, D. R. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 4143.
131. Greene, J.; Geiduschek, E. P. EMBO. J. 1985, 4, 1345.
132. Geiduschek, E. P.; Schneider, G. J.; Sayre, M. H. J. Struct. Biol. 1990, 104, 84.
133. Wagner, J. R.; Hu, C. C.; Ames, B. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 3380.
134. Kreutzer, D. A.; Essigmann, J. M. Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 3578.
135. Thiviyanathan, V.; Somasunderam, A.: Volk, D. E.; Gorenstein, D. G. Chem. Commun. 2005, 400.
136. Martinez, G. R.; Loureiro, A. P. M.; Marques, S. A.; Miyamoto, S.; Yamaguchi, L. F.; Onuki, J.; Almeida, E. A.; Garcia, C. C. M.; Barbosa, L. F.; Medeiros, M. H. G.; Di Mascio, P. Mutat. Res. 2003, 544, 115.
137. Shibutani, S.; Takeshita, M.; Grollman, A. P. Nature 1991, 349, 431.
138. Avkin, S.; Livneh, Z. Mutat. Res. 2002, 510, 81.
139. Guschlbauer, W.; Duplaa, A.-M.; Guy, A.; Téoule, R.; Fazakerley, G. V. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 1753.
140. Wood, M. L.; Esteve, A.; Morningstar, M. L.; Kuziemko, G. M.; Essigmann, J. M. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 6023.
141. Kamiya, H.; Miura, H.; Murata-Kamiya, N.; Ishikawa, H.; Sakaguchi, T.; Inoue, H.; Sasaki, T.; Masutanil, C.; Hanaoka, F.; Nishimura, S.; Ohtsuka, E. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 2893.
142. Gannett, P. M.; Sura, T. P. Chem. Res. Toxicol. 1993, 6, 690.
143. Cho, B. P.; Kadlubar, F. F.; Culp, S. J.; Evans, F. E. Chem. Res. Toxicol. 1990, 3, 445.
144. Oda, Y.; Uesugi, S.; Ikehara, M.; Nishimura, S.; Kawase, Y.; Ishikawa, H.; Inoue, H.; Ohtsuka, E. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 1407.
145. Kouchakdjian, M.; Bodepudi, V.; Shibutani, S.; Eisenberg, M.; Johnson, F.; Grollman, A. P.; Patel, D. J. Biochemistry 1991, 30, 1403.
146. Thiviyanathan, V.; Somasunderam, A.; Hazra, T. K.; Mitra, S.; Gorenstein, D. G. J. Mol. Biol. 2003, 325, 433.
147. Chen, H.; Johnson, F.; Grollman, A. P.; Patel, D. J. Magn. Reson. Chem. 1996, 34, 23.
148. Moran, S.; Ren, R. X.-F.; Rumney, S., IV; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2056.
149. Delaney, J. C.; Henderson, P. T.; Helquist, S. A.; Morales, J. C.; Essigmann J. M.; Kool, E. T. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2003, 100, 4469.
150. Yang, X. L.; Sugiyama, H.; Ikeda, S.; Saito, I.; Wang, A. H. J. Biophys. J. 1998, 75, 1163.
151. Sepiol, J.; Kazimierczuk, Z.; Shugar, D. Z. Naturforsch. 1976, 31C, 361.
152. Robinson, H.; Gao, Y. G.; Bauer, C.; Roberts, C.; Switzer, C.; Wang, A. H.-J. Biochemistry 1998, 37, 10897.
153. Bukowska, A. M.; Kusmierek, J. T. Acta Biochim. Pol. 1996, 43, 247.
154. Shapiro, R.; Klein, R. S. Biochemistry 1966, 5, 2358.
155. Carbonnaux, C.; Fazakerley, G. V.; Sowers, L. C. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 4075.
156. Patel, D. J.; Kozlowski, S. A.; Marky, L. A.; Rice, J. A.; Broka, C.; Dallas, J.; Itakura, K.; Breslauer, K. J. Biochemistry 1982, 21, 437.
157. Quignard, E.; Fazakerley, G. V.; van der Marel, G.; van Boom, J. H.; Guschlbauer, W. Nucleic Acids Res. 1987, 15, 3397.
158. Hunter, W. N.; Brown, T.; Kneale, G.; Anand, N. N.; Rabinovich, D.; Kennard, O. J. Biol. Chem. 1987, 262, 9962.
159. Pearl, L. H. Mutat. Res. 2000, 460, 165.
160. Kumar, N. V.; Varshney, U. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 2336.
161. Ghosh, M.; Kumar, N. V.; Varshney, U.; Chary, K. V. R. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 3938.
162. Ghosh, M.; Kumar, N. V.; Varshney, U.; Chary, K. V. R. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1906.
163. Ghosh, M.; Rumpal, N.; Varshney, U.; Chary, K. V. R. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 1886.
164. Pearl, L. H. Mutat. Res. 2000, 460, 165.
165. Jeltsch, A. ChemBioChem 2002, 3, 274.
166. Bae, S.-H.; Cheong, H.-K.; Cheong, C.; Kang, S.; Hwang, D. S.; Choi, B.-S. J. Biol. Chem. 2003, 278, 45987.
167. Lingbeck, J.; Kubinec, M. G.; Miller, J.; Reid, B. R.; Drobny, G. P.; Kennedy, M. A. Biochemistry 1996, 35, 719.
168. Margison, G. P.; Santibanez-Koref, M. F. BioEssays 2002, 24, 255.
169. Ezaz-Nikpay, K.; Verdine, G. L. Chem. Biol. 1994, 1, 235.
170. Loveless, A. Nature 1969, 223, 206.
171. Bignami, M.; O'Driscoll, M.; Aquilina, G.; Karran, P. Mutat. Res. 2000, 462, 71.
172. Gaffney, B. L.; Marky, L. A.; Jones, R. A. Biochemistry 1984, 23, 5686.
173. Spratt, T. E.; Levy, D. E. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3354.
174. Basu, A. K.; Essigmann, J. M. Chem. Res. Toxicol. 1988, 1, 1.
175. Patel, D. J.; Shapiro, L.; Kozlowski, S. A.; Gaffney, B. L.; Jones, R. A. Biochemistry 1986, 25, 1036.
176. Kalnik, M. W.; Li, B. F, L.; Swann, P. F.; Patel, D. J. Biochemistry 1989, 28, 6170.
177. Patel, D. J.; Shapiro, L.; Kozlowski, S. A.; Gaffney, B. L.; Jones, R. A. Biochemistry 1986, 25, 1027.
178. Kalnik, M. W.; Li, B. F. L.; Swann, P. F.; Patel, D. J. Biochemistry 1989, 28, 6182.
179. Leonard, G. A.; Thomson, J.; Watson, W. P.; Brown, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 9573.
180. Gaffney, B. L.; Goswami, B.; Jones, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 12607.
181. Ginell, S. L.; Kuzmich, S.; Jones, R. A.; Berman, H. M. Biochemistry 1990, 29, 10461.
182. Patel, D. J.; Shapiro, L.; Kozlowski, S. A.; Gaffney, B. L.; Jones, R. A. J. Mol. Biol. 1986, 188, 677.
183. Peterson, L. A.; Vu, Ch.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Cosman. M. Biochemistry 2003, 42, 13134.
184. Aboul-ela, F.; Koh, D.; Tinoco, I. J.; Martin, F. H. Nucleic Acids Res. 1985, 13, 4811.
185. Swann, P. F. Mutat. Res. 1990, 233, 81.
186. Goodman, M. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10493.
187. Kalnik, M. W.; Kouchakdjian, M.; Li, B. F. L.; Swann, P. F.; Patel, D. J. Biochemistry 1988, 27, 108.
188. Kalnik, M. W.; Kouchakdjian, M.; Li, B. F. L.; Swann, P. F.; Patel, D. J. Biochemistry 1988, 27, 100.
189. Li, F.; Segal, A.; Solomon, J. J. Chem. Biol. Interact. 1992, 83, 35.
190. Bhanotl, O. S.; Singhs, U. S.; Solomon, J. J. J. Biol. Chem. 1994, 269, 30056.
191. Boulard, Y.; Fazakerley, G. V.; Sowers, L. C. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 1371.
192. Csanady, G. A., Guengerieh, F. P.. Bond, J. A. Carcinogenesis 1992, 13,1143.
193. Selzer, R. R.; Elfarra, A. A. Chem. Res. Toxicol. 1996, 9, 875.
194. Qian, C.; Dipple, A. Chem. Res. Toxicol. 1995, 8, 389.
195. Kanuri, M.; Nechev, L. V.; Tamura, P. J.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Lloyd, S. R. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 1572.
196. Scholdberg, T. A.; Merritt, W. K.; Dean, S. M.; Kowalcyzk, A.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Rizzo, C. J.; Lloyd, R. S.; Stone, M. P. Biochemistry 2005, 44, 3327.
197. Weisenseel, J. P.; Reddy, G. R.; Marnett, L. J.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 127.
198. Carmical, J. R.; Nechev, L. V.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Lloyd, R. S. Environ. Mol. Mutagen. 2000, 35, 48.
199. Merritt, W. K.; Scholdberg, T. A.; Nechev, L. V.; Harris, T. M.; Harris, C. M.; Lloyd, R. S.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 2004, 17, 1007.
200. Scholdberg, T. A.; Nechev, L. V.; Merritt, W. K.; Harris, T. M.; Harris, C. M.; Lloyd, R. S.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 2004, 17, 717.
201. Carmical, J. R.; Nechev, L. V.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Lloyd, R. S. Environ. Mol. Mutagen. 2000, 35, 48.
202. Scholdberg, T. A.; Nechev, L. V.; Merritt, W. K.; Harris, T. M.; Harris, C. M.; Lloyd, R. S.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 2005, 18, 145.
203. Greene, K. L.; Jones, R. L.; Li, Y.; Robinson, J. H.; Wang, A. H.-J.; Zen, G.; Wilson, W. D. Biochemistry 1994, 33, 1053.
204. Barbin, A.; Bartsch, H. The Role of Cyclic Nucleic Acid Adducts in Carcinogenesis and Mutagenesis; I.A.R.C.: Lyon, France, 1986; Vol. 70, p 345.
205. Marnett, L. J. Carcinogenesis 2000, 21, 361.
206. Kouchakdjian, M.; Eisenberg, M.; Yarema, K.; Basu, A.; Essigmann, J.; Patel, D. J. Biochemistry 1991, 30, 1820.
207. de los Santos C.; Kouchakdjian, M.; Yarema, K.; Basu, A.; Essigmann, J.; Patel, D. J. Biochemistry 1991, 30, 1828.
208. Leonard, G. A.; McAuley-Hecht, K. E.; Gibson, N. J.; Brown, T.; Watson, W. P.; Hunter, W. N. Biochemistry 1994, 33, 4755.
209. Korobka, A.; Cullinan, D.; Cosman, M.; Grollman, A. P.; Patel, D. J.; Eisenberg, M.; de los Santos, C. Biochemistry 1996, 35, 13310.
210. Cullinan, D.; Korobka, A.; Grollman, A. P.; Patel, D. J.; Eisenberg, M.; de los Santos, C. Biochemistry 1996, 35, 13319.
211. Cullinan, D.; Grollman, A. P.; Eisenberg, M.; de los Santos, C. Biochemistry 1997, 36, 11933.
212. Cullinan, D.; Johnson, F.; de los Santos, C. J. Mol. Biol. 2000, 296, 851.
213. Saparbaev, M.; Laval, J. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1998, 95, 8508.
214. Barrett, T. E.; Schaerer, O. D.; Savva, R.; Brown, T.; Jiricny, J.; Verdine, G. L.; Pearl, L. H. EMBO J. 1999, 18, 6599.
215. Kouchakdjian, M.; Marinelli, E.; Gao, X.; Johnson, F.; Grollman, A.; Patel, D. Biochemistry 1989, 28, 5647.
216. Kouchakdjian, M.; Eisenberg, M.; Live, D.; Marinelli, E.; Grollman, A. P.; Patel, D. J. Biochemistry 1990, 29, 4456.
217. Huang, P.; Eisenberg, M. Biochemistry 1992, 31, 6518.
218. Huang, P.; Patel, D. J.; Eisenberg, M. Biochemistry 1993, 32, 3852.
219. Singh, U. S.; Moe, J. G.; Reddy, G. R.; Weisenseel, J. P.; Marnett, L. J.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 1993, 6, 825.
220. Kouchakdjian, M.; Eisenberg, M.; Johnson, F.; Grollman, A. P.; Patel, D. J. Biochemistry 1991, 30, 3262.
221. Moe, J. G.; Reddy, G. R.; Marnett, L. J.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 1994, 7, 319.
222. Weisenseel, J. P.; Moe, J. G.; Reddy, G. R.; Marnett, L. J.; Stone, M. P. Biochemistry 1995, 34, 50.
223. Weisenseel, J. P.; Reddy, G. R.; Marnett, L. J.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 140.
224. (a) Mao, H.; Reddy, G. R.; Marnett, L. J.; Stone, M. P. Biochemistry 1999, 38, 13491.
225. (b) Hashim, M. F.; Riggins, J. N.; Schnetz-Boutaud, N.; Voehler, M.; Stone, M. P.; Marnett, L. J. Biochemistry 2004, 43, 11828.
226. Schnetz-Boutaud, N. C.; Saleh, S.; Marnett, L. J.; Stone, M. P. Biochemistry 2001, 40, 15638.
227. de los Santos, C.: Zaliznyak, T.; Johnson, F. J. Biol. Chem. 2000, 276, 9077.
228. Zaliznyak, T.; Johnson, F.; de los Santos, C. In preparation.
229. Mies, L. G.; Dronkert, M. L. G.; Kanaar, R. Mutat. Res. 2001, 486, 217.
230. Noronha, A. M.; Noll, D. M.; Wilds, C. J.; Miller, P. S. Biochemistry 2002, 41, 760.
231. Wilds, C. J.; Noronha, A. M.; Robidoux, S.; Miller, P. S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 9257.
232. da Silva, M. W.; Wilds, C. J.; Noronha, A. M.; Colvin, O. M.; Miller, P. S.; Gamcsik, M. P. Biochemistry 2004, 43, 12549.
233. da Silva, M. W.; Noronha, A. M.; Noll, D. M.; Miller, P. S.; Colvin, O. M.; Gamcsik, M. P. Biochemistry 2002, 41, 15181.
234. Niedernhofer, L. J.; Daniels, J. S.; Rouzer, C. A.; Greene, R. E.; Marnett, L. J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 31426.
235. Dooley, P. A.; Tsarouhtsis, D.; Korbel, G. A.; Nechev, L. V.; Shearer, J.; Zegar, I. S.; Harris, C. M.; Stone, M. P.; Harris, T. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1730.
236. Dooley, P. A.; Zhang, M.; Korbel, G. A.; Nechev, L. V.; Harris, C. M.; Stone, M. P.; Harris, T. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 62.
237. Norman, D.; Live, D.; Sastry, M.; Lipman, R.; Hingerty, B. E.; Tomasz, M.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1990, 29, 2861.
238. Fagan, P. A.; Spielmann, H. P.; Sigurdsson, S. T.; Rink, S. M.; Hopkins, P. B.; Wemmer, D. E. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 1566.
239. Perdiz, D.; Gróf, P.; Mezzina, M.; Nikaido, O.; Moustacchi, E.; Sage, E. J. Biol. Chem. 2000, 275, 26732.
240. Kao, J. L.-F.; Nadji, S.; Taylor, J. S. Chem. Res. Toxicol. 1993, 6, 561.
241. Lingbeck, J. M.; Taylor, J.-S. Biochemistry 1999, 38, 13717.
242. Lemaire, D. G. E.; Ruzsicska, B. P. Biochemistry 1993, 32, 2525.
243. Glickman, B. W.; Schaaper, R. M.; Haseltine, W. A.; Dunn, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6945.
244. Kim, J.-K.; Soni, S.-D.; Wallace, J. C.; Alderfer, J. C. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 2755.
245. Rycyna, R. E.; Alderfer, J. L. Nucleic Acids Res. 1985, 13, 5949.
246. Taylor, J.-S.; Cohrs, M. P. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 2834.
247. Taylor, J.-S.; Brockie, I. R. Nucleic Acids Res. 1988, 16, 5123.
248. Iwai, S.; Mizukishi, T.; Fujiwara, Y.; Masutani, C.; Hanaoka, F.; Hayakawa, Y. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 2299.
249. Hruska, F. E.; Wood, D. J.; Ogilvie, K. K.; Charlton, J. L. Can. J. Chem. 1975, 53, 1193.
250. Cadet, J.; Voituriez, L.; Hruska, F. E.; Grand, A. Biopolymers 1985, 24, 897.
251. Kan, L. S.; Voituriez, L.; Cadet, J. Biochemistry 1988, 27, 5796.
252. Kemmink, J.; Boeleus, R.; Koning, T. M. G.; Kaptein, R.; van der Marel, G.; van Boom, J. H. Eur. J. Biochem. 1987, 162, 37.
253. Taylor, J.-S.; Garrett, D. S.; Brockie, I. R.; Svoboda, D. L.; Telser, J. Biochemistry 1990, 29, 8858.
254. Kim, J.-K.; Patel, D.; Choi, B.-S. Photochem. Photobiol. 1995, 62, 44.
255. Rao, S. N.; Keepers, J. W.; Kollman, P. Nucleic Acids Res. 1984, 12,4789.
256. Lee, H.-M.; Kim, J.-K. Photochem. Photobiol. 2002, 76, 417.
257. Kemmink, J.; Boelens, R.; Koning, T.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Kaptein, R. Nucleic Acids Res. 1987, 15, 4645.
258. Kim, J. K.; Choi, B. S. Eur. J. Biochem. 1995, 228, 849.
259. Hwang, G.-S.; Kim, J.-K.; Choi, B.-S. Eur. J. Biochem. 1996, 235, 359.
260. Lee, J.-H.; Hwang, G.-S.; Kim, J.-K.; Choi, B.-S. FEBS Lett. 1998, 428, 269.
261. Jing, Y.; Kao, J. F.-L.; Taylor, J.-S. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3845.
262. Lee, J. H.; Park, C.-J.; Shin, J.-S.; Ikegami, T.; Akutsu, H.; Choi, B. S. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 2474.
263. Lee, J.-H.; Choi, Y.-J.; Choi, B.-S. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1794.
264. Smith, C. A.; Wang, M.; Jiang, N.; Che, L.; Zhao, X.; Taylor, J.-S. Biochemistry 1996, 35, 4146.
265. Lee, J.-H.; Hwang, G.-S.; Choi, B.-S. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1999, 96, 6632.
266. Lee, J.-H.; Bae, S.-H.; Choi, B.-S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 4591.
267. McAteer, K.; Jing, Y.; Kao, J.; Taylor, J.-S.; Kennedy, M. A. J. Mol. Biol. 1998, 282, 1013.
268. Wang, C. I.; Taylor, J. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9072.
269. Rao, S. N.; Keepers, J. W.; Kollman, P. Nucleic Acids Res. 1984, 12, 4789.
270. Miller, J.; Cooney, M. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1432.
271. Pearlman, D. A.; Holbrook, S. R.; Pirkle, D. H.; Kim, S. H. Science 1985, 227, 1304.
272. Husain, I.; Griffith, J.; Sankar, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2558.
273. Park, H. J.; Zhang, K.; Ren, Y.; Nadji, S.; Sinha, N.; Taylor, J.-S.; Kang, C. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15965.
274. DiGabriele, A. D.; Sanderson, M. R.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 1816.
275. DiGabriele, A. D.; Steitz, T. A. J. Mol. Biol. 1993, 131, 1024.
276. Koo, H.-S.; Drak, J.; Rice, J. A.; Crothers, D. M. Biochemistry 1990, 29, 4227.
277. Dickerson, R. E.; Goodsell, D. S.; Neidle, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 3579.
278. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1993, 17, 412.
279. Yamaguchi, H.; van Aalten, D. M.; Pinak, M.; Furukawa, A.; Osman, R. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 1939.
280. Straub, K.; Kanne, D.; Hearst, J.; Rapoport, H. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 2347.
281. Spielman, H. P.; Sastry, S. S.; Hearst, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 4514.
282. Tomic, M. T.; Wemmer, D. E.; Kim, S.-H. Science 1987, 238, 1722.
283. Hwang, G.-S.; Kim, J.-K.; Choi, B. S. Biochim. Biophys. Res. Commun. 1996, 219, 191.
284. Spielmann, H. P.; Dwyer, T. J.; Sastry, S. S.; Hearst, J. E.; Wemmer, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2345.
285. Spielmann, H. P.; Dwyer, T. D.; Hearst, J. E.; Wemmer, D. E. Biochemistry 1995, 34, 12937.
286. Shi, Y.-B.; Hearst, J. E. Biochemistry 1986, 25, 5895.
287. Wiesehahn, G.; Hearst, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 2703.
288. Jamieson, E. R.; Lippard, S. J. Chem. Rev. 1999, 99, 2467.
289. Fichtinger-Schepman, A. M. J.; van der Veer, J. L.; den Hartog, J. H. J.; Lohman, P. H. M.; Reedijk, J. Biochemistry 1985, 24, 707.
290. Eastman, A. Biochemistry 1986, 25, 3912.
291. Brabec, V.; Leng, M, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5345.
292. Comess, K. M.; Costello, C. E.; Lippard, S. J. Biochemistry 1990, 29, 2102.
293. Sherman, S. E.; Gibson, D.; Wang, A. H.-J.; Lippard, S. J. Science 1985, 230, 412.
294. Kline, T. P.; Marzilli, L. G.; Live, D.; Zon, G. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 7057.
295. Bancroft, D. P.; Lepre, C. A.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6860.
296. Wu, Y.; Pradhan, P.; Havener, J.; Boysen, G.; Swenberg, J. A.; Campbell, Sh. L.; Chaney, S. G. J. Mol. Biol. 2004, 341, 1251.
297. Spingler, B.; Whittington, D. A.; Lippard, S. J. Inorg. Chem. 2001, 40, 5596.
298. Marzilli, L. G.; Saad, J. S.; Kuklenyik, Z.; Keating, K. A.; Xu, Y. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2764.
299. Yang, D.; van Boom, S. S. G. E.; Reedijk, J.; van Boom, J. H.; Wang, A. H.-J. Biochemistry 1995, 34, 12912.
300. Gelasco, A.; Lippard, S. J. Biochemistry 1998, 37, 9230.
301. Takahara, P. M.; Frederick, C. A.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12309.
302. Parkinson, J. A.; Chen, Y.; Murdoch, P. del S.; Guo, Z.; Berners-Price, S. J.; Brown, T.; Sadler, P. J. Chem. - Eur. J. 2000, 6, 3636.
303. Dunham, Sh. U.; Dunham, S. U.; Turner, C. J.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5395.
304. Fouchet, M.-H.; Guittet, E.; Cognet, J. A. H.; Kozelka, J.; Gauthier, C.; Le Bret, M.; Zimmermann, K.; Chottard, J.-C. J. Bioinorg. Chem. 1997, 2, 83.
305. Rice, J. A.; Crothers, D. M.; Pinto, A. L.; Lippard, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 4158.
306. Dunham, S. U.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10702.
307. Huang, H.; Zhu, L.; Reid, B. R.; Drobny, G. P.; Hopkins, P. B. Science 1995, 270, 1842.
308. Paquet, F.; Perez, C.; Leng, M.; Lancelot, G.; Malonge, J. M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 14, 67.
309. Coste, F.; Malinge, J. M.; Serre, L.; Shepard, W.; Roth, M.; Leng, M.; Zelwer, C. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 1837.
310. Paquet, F.; Boudvillain, M., Lancelot, G.; Leng, M. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 4261.
311. Andersen, B.; Sletten, E. J. Inorg. Biochem. 2000, 79, 353.
312. Aich, P.; Labiuk, S. L.; Tari, L. W.; Delbaere, L. J. T.; Roesler, W. J.; Falk, K. J.; Steer, R. P.; Lee, J. S. J. Mol. Biol. 1999, 294, 477.
313. Baruah, H.; Barry, C. G.; Bierbach, U. Curr. Top. Med. Chem. 2004, 1537.
314. Baruah, H.; Rector, C. L.; Monnier, S. M.; Bierbach, U. Biochem. Pharmacol. 2002, 64, 191.
315. Baruah, H.; Wright, M. W.; Bierbach, U. Biochemistry 2005, 44, 6059.
316. Wood, R. D. J. Biol. Chem. 1997, 272, 23465.
317. Geacintov, N. E.; Cosman, M.; Hingerty, B. E.; Amin, S.; Broyde, S.; Patel, D. J. Chem. Res. Toxicol. 1997, 10, 111.
318. Conney, A. H. Cancer Res. 1982, 42, 4875.
319. Beland, F. A.; Kadlubar, F. F. Handbook on Experimental Pharmacology; 1990; Vol. 94/1, p 267.
320. Wolfe, A. R.; Smith, T. J.; Meehan, T. Chem. Res. Toxicol. 2004, 17, 476.
321. Purohit, V.; Basu, A. K. Chem. Res. Toxicol. 2000, 13, 673.
322. Schut, H. A. J.; Snyderwine, E. G. Carcinogenesis 1999, 20, 353.
323. Wood, A. W.; Levin, W.; Chang, G. L.; Lehr, R. E.; Schaefer-Ridder, M.; Kerle, J.; Jerina, D. M.; Conney, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74, 3176.
324. Geacintov, N. E. Carcinogenesis 1986, 7, 759.
325. Wood, A. W.; Wislocki, P. G.; Chang, R. L.; Levin, W.; Lu, A. Y. H.; Yagi, H.; Hernandez, O.; Jerina, D. M.; Cooney, A. H. Cancer Res. 1976, 36, 3358.
326. Xue, W.; Warshawsky, D. Toxicol. Appl. Pharmacol. 2005, 206, 73.
327. Cosman, M.; de los Santos, C.; Fiala, R.; Hingerty, B. E.; Ibanez, V.; Margulis, L. A.; Live, D.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 1914.
328. de los Santos, C.; Cosman, M.; Hingerty, B. E.; Ibanez, V.; Margulis, L. A.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1992, 31, 5245.
329. Graves, D. E.; Stone, M. P.; Krugh, T. R. Biochemistry 1985, 24, 7573.
330. Cheatham, S.; Kook, A.; Hurley, L. H.; Barkley, M. D.; Remers, W. J. Med. Chem. 1988, 31, 583.
331. Krugh, T. R.; Graves, D. E.; Stone, M. P. Biochemistry 1989, 28, 9988.
332. Boyd, F. L.; Stewart, D.; Remers, W. A.; Barkley, M. D.; Hurley, L. H. Biochemistry 1990, 29, 2387.
333. Cosman, M.; de los Santos, C.; Fiala, R.; Hingerty, B. E.; Ibanez, V.; Luna, E.; Harvey, R. G.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1993, 32, 4145.
334. Cosman, M.; Hingerty, B. E.; Luneva, N.; Amin, S.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1996, 35, 9850.
335. Fountain, M. A.; Krugh, T. R. Biochemistry 1995, 34, 3152.
336. Zhang, N.; Lin, C.; Huang, X.; Kolbanovskiy, A.; Hingerty, B. E.; Amin, S.; Broyde, S.; Geacintov, N. E.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 2005, 346, 951.
337. Cosman, M.; Fiala, R.; Hingerty, B. E.; Amin, S.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1994, 33, 11507.
338. Feng, B.; Gorin, A.; Kolbanovskiy, A.; Hingerty, B. E.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1997, 36, 13780.
339. Cosman, M.; Fiala, R.; Hingerty, B. E.; Amin, S.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1994, 33, 11518.
340. Ya, N.-Q.; Smirnov, S.; Cosman, M.; Bhanot, S.; Ibanez, V.; Geacintov, N. E. In. Structural Biology: The State of the Art. Proceedings of the 8th Conversation; Sarma, R. H., Sarma, M. H., Eds.; Adenine Press: Schenectady, NY, 1994; Vol. 2, p 349.
341. Suzuki, N.; Ohashi, E.; Kolbanovskiy, A.; Geacintov, N. E.; Grollman, A. P.; Ohmori, H.; Shibutani, S. Biochemistry 2002, 41, 6100.
342. Cosman, M.; Hingerty, B.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1995, 34, 15334.
343. Feng, B.; Gorin, A.; Hingerty, B. E.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1997, 36, 13769.
344. Hsu, G. W.; Huang, X; Luneva, N. P.; Geacintov, N. E.; Beese, L. S. J. Biol. Chem. 1995, 280, 3764.
345. Kim, H.-Y. H.; Wilkinson, A. S.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 2003, 42, 2328.
346. Cosman, M.; Xu, R.; Hingerty, B. E.; Amin, S.; Harvey, R. G.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1995, 34, 6247.
347. Lin, C. H.; Huang, X.; Kolbanovskii, A.; Hingerty, B. E.; Amin, S.; Broyde, S.; Geacintov, N. E.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 2001, 306, 1059.
348. Zegar, I. S.; Setayesh, F. R.; DeCorte, B. L.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 1996, 35, 4334.
349. Setayesh, F. R.; DeCorte, B. L.; Horton, P.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 1998, 11, 766.
350. Shimotakahara, S.; Gorin, A.; Kolbanovskiy, A.; Kettani, A.; Hingerty, B. E.; Amin, S.; Broyde, S.; Geacintov, N.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 2000, 302, 377.
351. Zaliznyak, T.; Johnson, F.; de los Santos, C. Submitted.
352. Cui, X. S.; Eriksson, L. C.; Moller, L. Mutat. Res. 1999, 442, 9.
353. Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Buterin, T.; Naegeli, H.; Wu, M.; Yan, S.; Patel, D. J. Biopolymers 2002, 65, 202.
354. Sastry, M.; Fiala, R.; Lipman, R.; Tomasz, M.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1995, 247, 338.
355. Boger, D. L.; Ishizaki, T.; Zarrinmayeh, H.; Munk, S. A.; Kitos, P. A.; Suntornwatt, O. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8961.
356. Hurley, L. H.; Lee, C.-S.; McGovren, J. P.; Warpehoski, M. A.; Mitchell, M. A.; Kelly, R. C.; Aristoff, P. A. Biochemistry 1988, 27, 3886.
357. Lin, C. H.; Hurley, L. H. Biochemistry 1990, 29, 9503.
358. Scahill, T. A.; Jensen, R. M.; Swenson, D. H.; Hatzenbuhler, N. T.; Petzold, G.; Wierenga, W.; Brahmel, N. D. Biochemistry 1990, 29, 2852.
359. Lin, C. H.; Beale, J. M.; Hurley, L. H. Biochemistry 1991, 30, 3597.
360. Powers, R.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 9994.
361. Lin, C. H.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1995, 248, 162.
362. Zegar, I. S.; Kim, S. J.; Johansen, T. N.; Horton, P. J.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 1996, 35, 6212.
363. Zegar, I. S.; Chary, P.; Jabil, R. J.; Tamura, P. J.; Johansen, T. N.; Lloyd, R. S.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 1998, 37, 16516.
364. Volk, D. E.; Rice, J. S.; Luxon, B. A.; Yeh, H. J. C.; Liang, C.; Xie, G.; Sayer, J. M.; Jerina, D. M.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 2000, 39, 14040.
365. Mao, B.; Gu, Z.; Gorin, A.; Chen, J.; Hingerty, B. E.; Amin, S.; Broyde, S.; Geacintov, N. E.; Patel, D. J. Biochemistry 1999, 38, 10831,
366. Volk, D. E.; Thiviyanathan, V.; Rice, J. S.; Luxon, B. A.; Shah J. H.; Yagi, H.; Sayer, J. M.; Yeh, H. J. C.; Jerina, D. M.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 2003, 42, 1410.
367. Schurter, E. J.; Sayer, J. M.; Oh-hara, T.; Yeh, H. J. C.; Yagi, H.; Luxon, B. A.; Jerina, D. M.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1995, 34, 9009.
368. Pradhan, P.; Tirumala, S.; Liu, X; Sayer, J. M.; Jerina, D. M.; Yeh, H. J. C. Biochemistry 2001, 40, 5870.
369. Schurter, E. J.; Yeh, H. J. C.; Sayer, J. M.; Lakshman, M. K.; Yagi, H.; Jerina, D. M.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1995, 34, 1364.
370. Yeh, H. J. C.; Sayer, J. M.; Liu, X.; Altieri, A. A.; Byrd, R. A.; Lakshman, M. K.; Yagi, H.; Schurter, E. J.; Gorenstein, D. G.; Jerina, D. M. Biochemistry 1995, 34, 13570.
371. Schwartz, J. L.; Rice, J. S.; Luxon, B. A.; Sayer, J. M.; Xie, G.; Yeh, H. J. C.; Liu, X.; Jerina, D. M.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1997, 36, 11069.
372. Li, Z.; Mao, H.; Kim, H.-Y.; Tamura, P. J.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 1999, 38, 2969.
373. Li, Z.; Kim, H.-Y.; Tamura, P. J.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 1999, 38, 16045.
374. Li, Z.; Tamura, P. J.; Wilkinson, A. S.; Harris. C. M., Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 2001, 40, 6743.
375. Li, Z.; Kim, H.-Y.; Tamura, P. J.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 1999, 38, 14820.
376. Feng, B.; Zhou, L.; Passarelli, M.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 1995, 34, 14021.
377. Feng, B.; Voehler, M.; Zhou, L.; Passarelli, M.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 1996, 35, 7316.
378. Painter, S. L.; Zegar, I. S.; Tamura, P. J.; Bluhm, S.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 1999, 38, 8635.
379. Simeonov, M. F.; Tamura, P. J.; Wilkinson, A. S.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 2000, 39, 924.
380. Hennard, C.; Finneman, J.; Harris, C. M.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 2001, 40, 9780.
381. Cosman, M.; Fiala, R.; Hingerty, B.; Laryea, A.; Lee, H.; Harvey, R. G.; Amin, S.; Geacintov, N. E., Broyde. S.; Patel, D. Biochemistry 1993, 32, 12488.
382. Cosman, M.; Laryea, A.; Fiala, R.; Hingerty, B. E.; Amin, S.; Geacintov, N. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1995, 34, 1295.
383. Suri, A. K.; Mao, B.; Amin, S.; Geacintov, N. E.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1999, 292, 289.
384. Stoychev, G.; Kierdaszuk, B.; Shugar, D. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1544, 74.
385. Tomasz, M.; Lipman, R.; Lee, M. S.; Verdine, G. L.; Nakanishi, K. Biochemistry 1987, 26, 2010.
386. Smela, M. E.; Currier, S. S.; Bailey, E. A.; Essigmann, J. M. Carcinogenesis 2001, 22, 535.
387. Gopalakrishnan, S.; Stone, M. P.; Harris, T. M. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 7232.
388. Gopalakrishnan, S.; Harris, T. M.: Stone, M. P. Biochemistry 1990, 29, 10438.
389. Jones, W. R.; Johnston, D. S.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 1998, 11, 873.
390. Giri, I.; Jenkins, M. D.; Schnetz-Boutaud, N. C.; Stone, M. P. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 638.
391. Giri, I.; Stone, M. P. Biochemistry 2003, 42, 7023.
392. Giri, I.; Johnston, D. S.; Stone, M. P. Biochemistry 2002, 41, 5462.
393. Johnston, D. S.; Stone, M. P. Biochemistry 1995, 34, 14037.
394. Gopalakrishnan, S.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9321.
395. Mao, H.; Deng, Z.; Wang, F.; Harris, T. M.; Stone, M. P. Biochemistry 1998, 37, 4374.
396. Alekseyev, Y. O.; Hamm, M. L.; Essigmann, J. M. Carcinogenesis 2004, 25, 1045.
397. Mori, H.; Sugie, S.; Yoshimi, N.; Kuniyasu, T.; Iwata, H.; Kawai, K.; Hamasaki, T. Carcinogenesis 1988, 9, 1039.
398. Krivobok, S.; Oliver, P.; Marzin, D. R.; Seigle-Murandi, F.; Steiman, R. Mutagenesis 1987, 2, 433.
399. Gopalakrishnan, S.; Xiucai, L.; Patel, D. J. Biochemistry 1992, 31, 10790.
400. Tomasz, M.; Olson, J.; Mercado, C. M. Biochemistry 1972, 11, 1235.
401. Yasuzawa, T.; Saitoh, Y.; Sano, H. J. Antibiot. (Tokyo) 1990, 43, 485.
402. Bennet, G. N. Nucleic Acids Res. 1982, 10, 4581.
403. Sun, D.; Hansen, M.: Hurley, L. H. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2430.
404. Sun, D.; Hansen, M.; Clement, J. J.; Hurley, L. H. Biochemistry 1993, 32, 8068.
405. Hansen, M.; Hurley, L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2421.
406. Hansen, M.; Yun, S.; Hurley, L. Chem. Biol. 1995,
407. Hansen, M.; Yun, S.; Hurley, L. Chem. Biol. 1995, 2, 229.
408. Pavlopoulos, S.; Bicknell, W.; Craik, D. J.; Wickham, G. Biochemistry 1996, 35, 9314.
409. Owen, E. A.; Burley, G. A.; Carver, J. A.; Wickham, G.; Keniry, M. A. Biochim. Biophys. Res. Commun. 2002, 290, 1602.
410. Palom, Y.; Belcourt, M. F.; Kumar, G. S.; Arai, H.; Kasai, M.; Sartorelli, A. C.; Rockwell, S.; Tomasz, M. Oncol. Res. 1998, 10, 509.
411. Subramaniam, G.; Paz, M. M.; Kumar, G. S.; Das, A.; Palom, Y.; Clement, C. C.; Patel, D. J.; Tomasz, M. Biochemistry 2001, 40, 10473.
412. Palom, Y.; Belcourt, M. F.; Tang, L. Q.; Mehta, S. S.; Sartorelli, A. C.; Pritsos, C. A.; Pritsos, K. L.; Rockwell, S.; Tomasz, M. Biochem. Pharmacol. 2001, 61, 1517.
413. Beland, R. A.; Marques, M. M. IARC Sci. Publ. 1994, 125, 229.
414. Heflich, R. H.; Neft, R. E. Mutat. Res. 1994, 318, 73.
415. Purohit, V.; Basu, A. K. Chem. Res. Toxicol. 2000, 13, 675.
416. Hoffman, G. R.; Fuchs, R. P. P. Chem. Res. Toxicol. 1997, 10, 347.
417. Felton, J. S.; Malfatti, M. A.; Knize, M. G.; Salmon, C. P.; Hopmans, E. C.; Wu, R. W. Mutat. Res. 1997, 376, 37.
418. Patel, D. J.; Mao, B.; Gu, Z.; Hingerty, B. E.; Gorin, A.; Basu, A. K.; Broyde, S. Chem. Res. Toxicol. 1998, 11, 391.
419. O'Handley, S. F.; Sanford, D. G.; Xu, R.; Lester, C. C.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Krugh, T. R. Biochemistry 1993, 32, 2481.
420. Grunberger, D.; Nelson, J. H.; Cantor, C. R.; Weinstein, I. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1970, 66, 488.
421. Fuchs, R. P. P.; Daune, M. FEBS Lett. 1971, 14, 206.
422. Fuchs, R. P. P.; Daune, M. Biochemistry 1972, 11, 2659.
423. Cho, B. P.; Zhou, L. Biochemistry 1999, 38, 7572.
424. Milhé, C.; Dhalluin, C.; Fuchs, R. P. P.; Lefevre, J. F. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 4646.
425. Milhé, C.; Fuchs, R. P. P.; Lefevre, J. F. Eur. J. Biochem. 1996, 235, 120.
426. Eckel, L. M.; Krugh, T. R. Nature Struct. Biol. 1994, 1, 89.
427. Eckel, L. M.; Krugh, T. R. Biochemistry 1994, 33, 13611.
428. Cho, B. P.; Beland, F. A.; Marques, M. M. Biochemistry 1994, 33, 1373.
429. Zhou, L.; Rajabzadeh, G.; Traficante, D. D.; Cho, B. P. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5384.
430. Mao, B.; Gu, Z.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1998, 37, 81.
431. Mao, B.; Gu, Z.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1998, 37, 95.
432. Norman, D.; Abuaf, P.; Hingerty, B. E.; Live, D.; Grunberger, D.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1989, 28, 7462.
433. Abuaf, P.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Grunberger, D. Chem. Res. Toxicol. 1995, 8, 369.
434. Mao, B.; Cosman, M.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1995, 34, 6226.
435. Mao, B.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1995, 34, 16641.
436. Mao, B.; Gorin, A.; Gu, Z.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1997, 36, 14479.
437. Bichara, M.; Fuchs, R. P. P. J. Mol. Biol. 1985, 183, 341.
438. Carothers, A. M.; Urlaub, G.; Mucha, J.; Yuan, W.; Chasin. L. A.; Grunberger, D. Carcinogenesis 1993, 14, 2181.
439. Mao, B.; Gu, Z.; Gorin, A.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1997, 36, 14491.
440. Mao, B.; Gu, Z.; Gorin, A.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1999, 38, 10855.
441. Hsu, G. W.; Kiefer, J. R.; Burnouf, D.; Becherel, O. J.; Fuchs, R. P. P.; Beese, L. S. J. Biol. Chem. 2004, 279, 50280.
442. Mao, B.; Vyas, R. R.; Hingerty, B. E.; Broyde, S.; Basu, A. K.; Patel, D. J. Biochemistry 1996, 35, 12659.
443. Gu, Z.; Gorin, A.; Krishnasamy, R.; Hingerty, B. E.; Basu, A. K.; Broyde, S.; Patel, D. J. Biochemistry 1999, 38, 10843.
444. Nolan, S. J.; Vyas, R. R.; Hingerty, B. E.; Ellis, S.; Broyde, S.; Shapiro, R.; Basu, A. K. Carcinogenesis 1996, 17, 133.
445. Cho, B. P.; Beland, F. A.; Marques, M. M. Biochemistry 1992, 31, 9587.
446. Brown, K.; Hingerty, B. E.; Guenther, E. A.; Krishnan, V. V.; Broyde, S.; Turteltaub, K. W.; Cosman, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 8507.
447. Cara, C. J.; Pena, A. S.; Sans, M.; Rodrigo, L.; Guerrero-Esteo, M.; Hinojosa, J.; Garcia-Paredes, J.; Guijarro, L. G. Med. Sci. Monit. 2004, 10, 247.
448. Karran, P.; Offman, J.; Bignami, M. Biochimie 2003, 85, 1149.
449. Marathias, V. M.; Sawicki, M. J.; Bolton, P. H. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 2860.
450. Williamson, J. R.; Raghuraman, M. K.; Cech, T. R. Cell 1989, 59, 871.
451. Sommervile, L.; Krynetski, E. Y.; Krynetskaia, N. F.; Beger, R. D.; Zhang, W.; Marhefka, C. A.; Evans, W. E.; Kriwacki, R. W. J. Biol. Chem. 2003, 278, 1005.
452. Bohon, J.; de los Santos, C. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 1331.
453. Allawi, H. T.; Santa Lucia, J. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 4925.
454. Bohon, J.; de los Santos, C. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2880.
455. Walter, N. G.; Harris, D. A.; Pereira. M. J.; Rueda, D. Biopolymers 2001-2002, 61, 224.
456. Ronen, A. Mutat. Res. 1980, 75, 1.
457. Mhaskar, D. N.; Goodman, M. F. J. Biol. Chem. 1984, 259, 11713.
458. Sowers, L. C.; Fazakarley, G. V.; Eritja, R.; Kaplan, B. E.; Goodman, M. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 5434.
459. Lycksell, P.-O.; Graslund, A.; Claesens, F.; McLaughlin, L. W.; Larsson, U.; Rigler, R. Nucleic Acids Res. 1987, 15, 9011.
460. Sowers, L. C.; Eritja, R.; Chen, F. M.; Khwaja, T.; Kaplan, B. E.; Goodman, M. F.; Fazakerley, G. V. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1989, 165, 89.
461. Fagan, P. A.; Fabrega, C.; Eritja, R.; Goodman, M. F.; Wemmer, D. E. Biochemistry 1996, 35, 4026.
462. Sowers, L. C.; Boulard, Y.; Fazakerley, G. V. Biochemistry 2000, 39, 7613.
463. Eritja, R.; Kaplan, B. E.; Mhaskar, D.; Sowers, L. C.; Petruska, J.; Goodman, M. F. Nucleic Acid Res. 1986, 14, 5869.
464. Fazakerley, G. V.; Sowers, L. C.; Eritja, R.; Kaplan, B. E.; Goodman, M. F. Biochemistry 1987, 26, 5641.
465. Pinedo, H. M.; Peters, G. F. J. Clin. Oncol. 1988, 6, 1653.
466. Nguyen, H. N.; Nordqvist, S. R. Semin. Surg. Oncol. 1999, 16, 247.
467. Weckbecker, G. Pharmacol. Ther. 1991, 50, 367.
468. Kremer, A. B.; Mikita, T.; Beardsley, G. P. Biochemistry 1987, 26, 391.
469. Sowers, L. C.; Eritja, R.; Kaplan, B. E.; Goodman, M. F., Fazakerley, G. V. J. Biol. Chem. 1987, 262, 15436.
470. Kerwood, D. J.; Zon, G.; James, T. L. Eur. J. Biochem. 1991, 197, 583.
471. Stolarski, R.; Egan, W.; James, T. L. Biochemistry 1992, 31, 7027.
472. Sahasrabudhe, P. V.; Pon, R. T.; Gmeiner, W. H. Biochemistry 1996, 35, 13597.
473. Hebener, J. F.; Vo, C. D.; Dinh, B. L.; Gryan, G. P.; Ercolani, L.; Wang, A. H.-J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 1735.
474. Pringle, C. R. J. Virol. 1970, 5, 559.
475. Sowers, L. C.; Eritja, R.; Kaplan, B.; Goodman, M. F.; Fazakerley, G. V. J. Biol. Chem. 1988, 263, 14794.
476. Sowers, L. C.; Goodman, M. F.; Eritja, R.; Kaplan, B.; Fazakerley, G. V. J. Mol. Biol. 1989, 205, 437.
477. Budowsky, E. I. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1976, 16, 125.
478. Budowsky, E. I.; Sverdlov, E. D.; Spasokukotskaya, T. N. FEBS Lett. 1971, 17, 336.
479. Anand, N. N.; Brown, D. M.; Salisbury, S. A. Nucleic Acids Res. 1987, 15, 8167.
480. Morozov, Y. V.; Savin, F. A.; Chekhov, V. O.; Budowsky, E. I.; Yakovlev, D. Y. J. Photochem. 1982, 20, 229.
481. Stone, M. J.; Nedderman, A. N.; Williams, D. H.; Lin, P. K. T.; Brown, D. M. J. Mol. Biol. 1991, 222, 711.
482. Nedderman, A. N.; Stone, M. J.; Williams, D. H.; Lin, P. K. T.; Brown, D. M. J. Mol. Biol. 1993, 230, 1068.
483. Fazakerley, G. V.; Gdaniec, Z.; Sowers, L. C. J. Mol. Biol. 1993, 230, 6.
484. Gdaniec, Z.; Ban, B.; Sowers, L. C.; Fazakerley, G. V. Eur. J. Biochem. 1996, 242, 271.
485. Lin, P. K. T.; Brown, D. M. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 5149.
486. Moore, M. H.; Van Meervel, L.; Salisbury, S. A.; Lin, P. K. T.; Brown, D. M. J. Mol. Biol. 1995, 251, 665.
487. Topal, M. D.; Fresco, J. R. Nature 1976, 263, 285.
488. Newcomb, L. F.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4993.
489. Pang, Y.-P.; Miller, J. L.; Kollman, P. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1717.
490. Hunter, C. A. J. Mol. Biol. 1993, 230, 1025.
491. Engman, K. C.; Sandin, P.; Osborne, S.; Brown, T.; Billeter, M.; Lincoln, P.; Norde, B.; Albinsson, B.; Wilhelmsson, M. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 5087.
492. Nichols, R.; Andrews, P. C.; Zhang, P.; Bergstrom, D. E. Nature 1994, 396, 492.
493. Bergstrom, D. E.; Zhang, P.; Toma, P.; Andrews, P. C.; Nichols, R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1201.
494. Klewer, D. A.; Hoskins, A.; Zhang, P.; Davisson, V. J.; Bergstrom, D. E.; LiWang, A. C. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 4514.
495. Amosova, O.; George, J.; Fresco, J. R. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1930.
496. Kool, E. T.; Morales, J. C.; Guckian, K. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 990.
497. Moran, S.; Ren, R. X.; Kool, E. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10506.
498. Morales, J. C.; Kool, E. T. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 950.
499. Kool, E. T. Biopolymers 1998, 48, 3.
500. Guckian, K. M.; Krugh, T. R.; Kool, E. T. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 954.
501. Guckian, K. M.; Krugh, T. R.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6841.
502. Plavec, J.; Tong, W.; Chattopadhyaya, J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9734.
503. Wiberg, K. B.; Murcko, M. A.; Laidig, K. E.; MacDougall, P. J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 6956.
504. Guschlbauer, W.; Jankowski, K. Nucleic Acids Res. 1980, 8, 1421.
505. Bulychev, N. V.; Chamakura, V. V.; Dorman, G.; Miller, J. H.; Eisenberg, M.; Grollman, A. P.; Johnson, F. Biochemistry 1996, 35, 13147.
506. De Mesmaeker, A.; Häner, R.; Martin, P.; Moser, H. E. Adv. Chem. Res. 1995, 28, 366.
507. Smirnov, S.; Johnson, F.; Marumoto, R.; de los Santos, C. J. Biomol. Struct. Dyn. 2000, 6, 981.
508. Denisov, A. Y.; Zamaratski, E. V.; Maltseva, T. V.; Sandstrom, A.; Bekiroglu, S.; Altmann, K. H.; Egli, M.; Chattopadhyaya, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 3, 547.
509. Isaksson, J.; Zamaratski, E.; Maltseva, T. V.; Agback, P.; Kumar, A.; Chattopadhyaya, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 2001, 6, 783.
510. Tonelli, M.; James, T. L. Biochemistry 1998, 37, 11478.
511. Tolstorukov, M. Y.; Jernigan, R. L.; Zhurkin, V. B. J. Mol. Biol. 2004, 337, 65.
512. Marquez, V. E.; Ezzitouni, A.; Russ, P.; Siddiqui, M. A.; Ford, H.; Feldman, R. J.; Mitsuya, H.; George, C.; Barchi, J. J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2780.
513. Tjandra, N.; Tate, S.-I.; Ono, A.; Kainosho, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6190.
514. Wu, Z.; Maderia, M.; Barchi, J. J., Jr.; Marquez, V. E.; Bax, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 24.
515. Frei, E., III; Bickers, J.; Hewlett, J.; Lane, M.; Leary, W.; Talley, R. Cancer Res. 1969, 29, 1325.
516. Kufe, D. W.; Major, P. P.; Egan, E. M.; Beardsley, G. P. J. Biol. Chem. 1980, 255, 8997.
517. Townsend, A. J.; Cheng, Y.-C. Mol. Pharmacol. 1987, 32, 330.
518. Tougard, P.; Lefebvre-Soubeyran, O. Acta Crystallogr. 1974, B30, 86.
519. Chwang, A. K.; Sundaralingam, M. Nature (London) 1973, 243, 78.
520. Wilds, C. J.; Damha, M. J. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 3625.
521. Schweitzer, B. I.; Mikita, T.; Kellogg, G. W.; Gardner, K. H.; Beardsley, G. P. Biochemistry 1994, 33, 11460.
522. Gao, Y. G.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Wang, A. H.-J. Biochemistry 1991, 30, 9922.
523. Gotfredsen, C. H.; Spielmann, H. P.; Wengel, J.; Jacobsen, J. P. Bioconjugate Chem. 1996, 7, 680.
524. Higashigawa, M.; Ido, M.; Kuwabara, H.; Hori, H.; Ohkubo, T.; Kawasaki, H.; Sakurai, M.; Taniguchi, K.; Hamazaki, M. Leukemia Res. 1991, 15, 255.
525. Ross, D. D.; Cuddy, D. P.; Cohen, N.; Hensley, D. R. Cancer Chemother. Pharmacol. 1992, 31, 61.
526. Ogawa, T.; Okazaki, T. Annu. Rev. Biochem. 1980, 49, 421.
527. Tomkinson, A. E.; Mackey, Z. B. Mutat. Res. 1998, 407, 1.
528. Gmeiner, W. H.; Skradis, A.; Pon, R. T.; Liu, J. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 2359.
529. Gmeiner, W. H.; Konerding, D.; James, T. L. Biochemistry 1999, 38, 1166.
530. Konerding, D.; James, T. L.; Trump, E.; Soto, A. M.; Marky, L. A.; Gmeiner, W. H. Biochemistry 2002, 41, 839.
531. Frank, K. B.; Chiou, J. F.; Cheng, Y. C. J. Biol. Chem. 1984, 259, 1566.
532. Littler, E.; Stuart, A. D.; Chee, M. S. Nature 1992, 358, 160.
533. Sullivan, V.; Talarico, C. L.; Stanat, S. C.; Davis, M.; Coen, D. M.; Biron, K. K. Nature 1992, 358, 162.
534. Ilsley, D. D.; Lee, S. H.; Miller, W. H.; Kuchta, R. D. Biochemistry 1995, 34, 2504.
535. Marshalko, S. J.; Schweitzer, B. I.; Beardsley, G. P. Biochemistry 1995, 34, 9235.
536. Foti, M.; Marshalko, S.; Schurter, E.; Kumar, S.; Beardsley, G. P.; Schweitzer, B. I. Biochemistry 1997, 36, 5336.
537. Mariaggi, N.; Teoule, R.; Cadet, J.; Dickie, H.; Hugues, E. Radiat. Res. 1979, 79, 431.
538. Lesiak, K. B.; Wheeler, K. T. Radiat. Res. 1990, 121, 328.
539. Shimizu, H.; Yagi, R.; Kimura, Y.; Makino, K.; Terato, H.; Ohyama, Y.; Ide, H. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 597.
540. Ide, H.; Shimizu, H.; Kimura, Y.; Sakamoto, S.; Makino, K.; Glackin, M.; Wallace, S. S.; Nakamuta, H.; Sasaki, M.; Sugimoto, N. Biochemistry 1995, 34, 6947.
541. Aramini, J. M.; Cleaver, S. H.; Pon, R. T.; Cunningham, R. P.; Germann, M. W. J. Mol. Biol. 2004, 338, 77.
542. Ide, H.; Tedzuka, K.; Shimizu, H.; Kimura, Y.; Purmal, A. A.; Wallace, S. S.; Kow, Y. W. Biochemistry 1994, 33, 7842.
543. Koga, M.; Moore, M. F.; Beaucage, S. L. J. Org. Chem. 1991, 56, 3757.
544. Vichier-Guerre, S.; Pompon, A.; Lefebvre, I.; Imbach, J. L. Antisense Res. 1994, 4, 9.
545. Koga, M.; Wilk, A.; Moore, M. F.; Scremin, C. L.; Zhou, L.; Beaucage, S. L. J. Org. Chem. 1995, 60, 1520.
546. Aramini, J. M.; Kalisch, B. W.; Pon, R. T.; van de Sande, J. H.; Germann, M. W. Biochemistry 1996, 35, 9355.
547. Aramini, J. M.; van de Sande, J. H.; Germann, M. W. Biochemistry 1997, 36, 9715.
548. Aramini, J. M.; Mujeeb, A.; Germann, M. W. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 5644.
549. Torda, A. E.; Scheek, R. M.; van Gunsteren, W. F. J. Biol. Mol. 1990, 214, 223.
550. Aramini, J. M.; Mujeebb, A.; Ulyanov, N. B.; Germann, M. W. J. Biomol. NMR 2000, 18, 287.
551. Nielsen, P. E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995, 24, 167.
552. Vosberg, H. P.; Eckstein, F. Biochemistry 1977, 16, 3633.
553. Viktorova, L. S.; Dyatkina, N. B.; Mozzherin, D. Ju.; Atrazhev, A. M.; Krayevskii, A. A.; Kukhanova, M. K. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 783.
554. Thiviyanathan, V.; Vyazovkina, K. V.; Gozansky, E. K.; Bichenchova, B.; Abramova, T. V.; Luxon, B. A.; Lebedev, A. V.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 2002, 41, 827.
555. Soliva, R.; Monaco, V.; Gomez-Pinto, I.; Meeuwenoord, N. J.; Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Gonzalez, C.; Orozco, M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 2973.
556. Strauss, J. K.; Maher, L. J., III. Science 1994, 266, 1829.
557. Takahara, P. M.; Rosenzweig, A. C.; Frederick, C. A.; Lippard, S. J. Nature 1995, 377, 649.
558. DeLano Scientific LLC, 400 Oyster Point Blvd., Suite 213, South San Francisco, CA 94080-1918, USA. http://www.pymol.org.
559. MidasPlus: a molecular image representation program from the Computer Graphics Laboratory, University of California, San Francisco. Ferrin, T. E.; Huang, C. C.; Jarvis, L. E.; Langride, R. J. Mol. Graphics 1988, 6, 13.