The NMR structure of a DNA dodecamer in an aqueous dilute liquid crystalline phase

Journal of the American Chemical Society

Volumn 122, Issue 26, 2000, Pages 6190-6200

  Tjandra, Nico ^a   Tate, Shin Ichi ^b,c   Ono, Akira ^c   Kainosho, Masatsune ^c   Bax, Ad ^d  

^a NATIONAL HEART LUNG AND BLOOD INSTITUTE   (United States)

^b JAPAN ADVANCED INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Japan)

^c TOKYO METROPOLITAN UNIVERSITY   (Japan)

^d NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA;

AQUEOUS SOLUTION; ARTICLE; CHEMICAL BOND; CRYSTALLIZATION; DIPOLE; DNA STRUCTURE; ELECTRICITY; HYDROGEN BOND; LIQUID CRYSTAL; MAGNETIC FIELD; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT;

EID: 0034608901     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja000324n     Document Type: Article

References (91)

1. Ernst, R. R.; Bodenhausen, G.; Wokaun, A. Principles of nuclear magnetic resonance in one and two dimensions; Clarendon Press: Oxford, U.K., 1987.
2. Wüthrich, K. NMR of proteins and nucleic acids: Wiley: New York, 1986.
3. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 849-853.
4. Ikura, M.; Kay, L. E.; Bax, A. Biochemistry 1990, 29., 4659-4667.
5. Ippel, J. H.; Wijmenga, S. S.; deJong, R.; Heus, H. A.; Hilbers, C. W.; deVroom, E.; vanderMarel, G. A.; vanBoom, J. H. Magn. Reson. Chem. 1996, 34, S156-S176.
6. Schmitz, U.; James, T. L. Methods Enzymol. 1995, 261, 3-44.
7. Allain, F. H. T.; Varani, G. J. Mol. Biol. 1997, 267, 338-351.
8. Tonelli, M.; James, T. L. Biochemistry 1998, 37, 11478-11487.
9. Leijon, M.; Zdunek, J.; Fritzsche, H.; Sklenar, H.; Grasland, A. Eur. J. Biochem. 1995, 234, 832-842.
10. Vanwijk, J.; Huckriede, B. D.; Ippel, J. H.; Altona, C. Method Enzymol. 1992, 211, 286-306.
11. Zimmer, D. P.; Marino, J. P.; Griesinger, C. Magn. Reson. Chem. 1996, 34, S177-S186.
12. Dickerson, R. E.; Goodsell, D. S.; Kopka, M. L.; Pjura, P. E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1987, 5, 557-579.
13. Digabriele, A. D.; Sanderson, M. R.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 1816-1820.
14. Wing, R.; Drew, H.; Takano, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Nature 1980, 287, 755-758.
15. Dickerson, R. E.; Drew, H. R. J. Mol. Biol. 1981, 149, 761-786.
16. Shui, X. Q.; Sines, C. C.; McFail-Isom, L.; VanDerveer, D.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 16877-16887.
17. Shui, X. Q.; McFail-Isom, L.; Hu, G. G.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 8341-8355.
18. Tereshko, V.; Minasov, G.; Egli, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 470-471.
19. Minasov, G.; Tereshko, V.; Egli, M. J. Mol. Biol. 1999, 291, 83-99.
20. Hud, N. V.; Sklenar, V.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 1999, 286, 651-660.
21. Chiu, T. K.; Kaczor-Grzeskowiak, M.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1999, 292, 589-608.
22. Hare, D. R.; Wemmer, D. E.; Chou, S. H.; Drobny, G.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1983, 171, 319-336.
23. Broido, M. S.; James, T. L.; Zon, G.; Keepers, J. W. Eur. J. Biochem. 1985, 150, 117-128.
24. Patel, D. J.; Shapiro, L.; Hare, D. J. Biol. Chem. 1986, 261, 1223-1229.
25. Nerdal, W.; Hare, D. R.; Reid, B. R. Biochemistry 1989, 28, 10008-10021.
26. Denisov, A. Y.; Zamaratski, E. V.; Maltseva, T. V.; Sandstrom, A.; Bekiroglu, S.; Altmann, K. H.; Egli, M.; Chattopadhyaya, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 547-568.
27. Lane, A. N.; Jenkins, T. C.; Brown, T.; Neidle, S. Biochemistry 1991, 30, 1372-1385.
28. Olson, W. K.; Zhurkin, V. B. In Biological Structure and Dynamics; Sarma, R. H., Sarma, M. H., Eds.; Adenine Press: Albany, NY, 1995; pp 341-370.
29. Ulyanov, N. B.; James, T. L. Method Enzymol. 1995, 261, 90-120.
30. Crothers, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 15163-15165.
31. Haran, T. E.; Kahn, J. D.; Crothers, D. M. J. Mol. Biol. 1994, 244, 135-143.
32. Gorin, A. A.; Zhurkin, V. B.; Olson, W. K. J. Mol. Biol. 1995, 247, 34-48.
33. Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. Biophys. J. 1997, 73, 2313-2336.
34. Gayathra, C.; Bothner-By, A. A.; van Zijl, P. C. M.; MacLean, C. Chem. Phys. Lett. 1982, 87, 192-196.
35. Kung, H. C.; Wang, K. Y.; Goljer, I.; Bolton, P. H. J. Magn. Reson. Ser. B 1995, 109, 323-325.
36. Tolman, J. R.; Flanagan, J. M.; Kennedy, M. A.; Prestegard, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 9279-9283.
37. Tjandra, N.; Grzesiek, S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 6264-6272.
38. Bax, A.; Tjandra, N. J. Biomol. NMR 1997, 10, 289-292.
39. Tjandra, N.; Omichinski, J. G.; Gronenborn, A. M.; Clore, G. M.; Bax, A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 732-738.
40. Beger, R. D.; Marathias, V. M.; Volkman, B. F.; Bolton, P. H. J. Magn. Reson. 1998, 135, 256-259.
41. Gochin, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3377-3378.
42. Sanders, C. R.; Schwonek, J. P. Biochemistry 1992, 31, 8898-8905.
43. Tjandra, N.; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-1114.
44. Clore, G. M.; Starich, M. R., Gronenborn, A. M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10571-10572.
45. Hansen, M. R.; Mueller, L.; Pardi, A. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 1065-1074.
46. Hansen, M. R.; Rance, M.; Pardi, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11210-11211.
47. Ottiger, M.; Tjandra, N.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9825-9830.
48. Clore, G. M.; Starich, M. R.; Bewley, C. A.; Cai, M. L.; Kuszewski, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6513-6514.
49. Bayer, P.; Varani, L.; Varani, G. J. Biomol. NMR 1999, 14, 149-155.
50. Ottiger, M.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1998, 12, 361-372.
51. Tjandra, N.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1997, 124, 512-515.
52. Ono, A. M.; Oogo, Y.; Tate, S.; Ono, A.; Kainosho, M. Nucleic Acids Symp. Ser. 1997, 37, 73-74.
53. Ono, A. M.; Shiina, T.; Ono, A.; Kainosho, M. Tetrahedron Lett. 1998, 39, 2793-2796.
54. Ottiger, M.; Delaglio, P.; Marquardt, J. L.; Tjandra, N.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1998, 134, 365-369.
55. Bax, A.; Lerner, L. J. Magn. Reson. 1988, 79, 429-438.
56. Sklenar, V.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 7525-7526.
57. Tjandra, N.; Marquardt, J.; Clore, G. M. J. Magn. Reson., 2000, 142, 393-396.
58. Brunger, A. T. XPLOR Manual Version 3.1; Yale University: New Haven, CT, 1993.
59. Dingley, A. J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8293-8297.
60. Pervushin, K.; Ono, A.; Fernandez, C.; Szyperski, T.; Kainosho, M.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 14147-14151.
61. Dingley, A. J.; Masse, J. E.; Peterson, R. D.; Barfield, M.; Feigon, J.; Grzesiek, S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 6019-6027.
62. Rajagopal, P.; Gilbert, D. E.; Vandermarel, G. A.; Vanboom, J. H.; Feigon, J. J. Magn. Reson. 1988, 78, 526-537.
63. Roongta, V. A.; Jones, C. R.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 5245-5258.
64. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R.; Olafson, B.; States, D.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
65. Reiher, W. E. Ph.D. Thesis; Harvard University: Cambridge, MA, 1985.
66. Nilsson, L.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1986, 7, 591-616.
67. Varani, G.; Aboulela, F.; Allain, F. H. T. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1996, 29, 51-127.
68. Arnott, S.; Hukins, D. W. L. Biochem. Biophys. Res. Comm. 1972, 47, 1504-1510.
69. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1998, 133, 216-221.
70. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546-4558.
71. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Tjandra, N. J. Magn. Reson. 1998, 131, 159-162.
72. Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1988, 6, 63-91.
73. Sanderson, M. R.; Mellema, J. R.; van der Marel, G. A.; Wille, G.; van Boom, J. H.; Altona, C. Nucleic Acids Res. 1983, 11, 3333-3346.
74. Rinkel, L. J.; Altona, C. J. Biomol. Struct. Dyn. 1987, 4, 621-649.
75. Rinkel, L. J.; Vandermarel, G. A.; Vanboom, J. H.; Altona, C. Eur. J. Biochem. 1987, 166, 87-101.
76. Zhurkin, V. B.; Lysov, Y. P.; Florentiev, V. L.; Ivanov, V. I. Nucleic Acids Res. 1982, 10, 1811-1830.
77. Emsley, J. W. In Encyclopedia of Nuclear Magnetic Resonance; Grant, D. M., Harris, R. K., Eds.; Wiley: Chichester, U.K. 1996; Vol. 4, pp 2781-2787.
78. Macarthur, M. W.; Thornton, J. M. Prot. Struct. Func. Genet. 1993, 17, 232-251.
79. Doreleijers, J. F.; Rullmann, J. A. C.; Kaptein, R. J. Mol. Biol. 1998, 281, 149-164.
80. Doreleijers, J. F.; Vriend, G.; Raves, M. L.; Kaptein, R. Prot. Struct. Func. Genet. 1999, 37, 404-416.
81. McFail-Isom, L.; Shui, X.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 17105-17111.
82. Kabsch, W.; Sander, C.; Trifonov, E. N. Nucleic Acids Res. 1982, 10, 1097-1104.
83. Bolshoy, A.; McNamara, P.; Harrington, R. E.; Trifonov, E. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 2312-2316.
84. Crothers, D. M.; Haran, T. E.; Nadeau, J. G. J. Biol. Chem. 1990, 265, 7093-7096.
85. Borgias, B. A.; James, T. L. Methods Enzymol. 1989, 176, 169-183.
86. Boelens, R.; Koning, T. M. G.; Kaptein, R. J. Mol. Struct. 1988, 173, 299-311.
87. Delaglio, F.; Kontaxis, G.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2142-2143.
88. Banci, L.; Bertini, I.; Savellini, G. G.; Romagnoli, A.; Turano, P.; Cremonini, M. A.; Luchinat, C.; Gray, H. B. Prot. Struct. Func. Genet. 1997, 29, 68-76.
89. Tu, K.; Gochin, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9276-9285.
90. Marion, D.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1988, 80, 528-533.
91. Zweckstetter, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3791-3792.