The evolution of genome mining in microbes-a review

Natural Product Reports

Volumn 33, Issue 8, 2016, Pages 988-1005

  Ziemert, Nadine ^a,b   Alanjary, Mohammad ^a,b   Weber, Tilmann ^c  

^a UNIVERSITY OF TÜBINGEN   (Germany)

^b German Centre for Infection Research (DZIF)   (Germany)

^c Chalmers University of Technology   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL PRODUCT;

BACTERIAL GENOME; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DRUG DEVELOPMENT; EVOLUTION; HIGH THROUGHPUT SEQUENCING; METABOLISM; MULTIGENE FAMILY; PROCEDURES;

BIOLOGICAL EVOLUTION; BIOLOGICAL PRODUCTS; DRUG DISCOVERY; GENOME, BACTERIAL; HIGH-THROUGHPUT NUCLEOTIDE SEQUENCING; MOLECULAR STRUCTURE; MULTIGENE FAMILY;

EID: 84979984723     PISSN: 02650568     EISSN: 14604752     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c6np00025h     Document Type: Review

References (239)

1. G. M. Cragg D. J. Newman Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 2013 1830 3670 3695
2. D. J. Newman G. M. Cragg J. Nat. Prod. 2012 75 311 335
3. G. L. Challis D. A. Hopwood Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 14555 14561
4. L. F. Wright D. A. Hopwood J. Gen. Microbiol. 1976 96 289 297
5. B. A. Rudd D. A. Hopwood J. Gen. Microbiol. 1979 114 35 43
6. F. Malpartida D. A. Hopwood Nature 1984 309 462 464
7. D. A. Hopwood H. M. Wright J. Gen. Microbiol. 1983 129 3575 3579
8. H. Ikeda H. Kotaki S. Omura J. Bacteriol. 1987 169 5615 5621
9. A. Bechthold J. K. Sohng T. M. Smith X. Chu H. G. Floss Mol. Gen. Genet. 1995 248 610 620
10. S. Pelzer R. Süßmuth D. Heckmann J. Recktenwald P. Huber G. Jung W. Wohlleben Antimicrob. Agents Chemother. 1999 43 1565 1573
11. T. Weber K. Welzel S. Pelzer A. Vente W. Wohlleben J. Biotechnol. 2003 106 221 232
12. S. Donadio M. J. Staver J. B. McAlpine S. J. Swanson L. Katz Science 1991 252 675 679
13. S. Bentley K. Chater A.-M. Cerdeño-Tárraga G. L. Challis N. R. Thomson K. D. James D. E. Harris M. A. Quail H. Kieser D. Harper A. Bateman S. Brown G. Chandra C. W. Chen M. Collins A. Cronin A. Fraser A. Goble J. Hidalgo T. Hornsby S. Howarth C.-H. Huang T. Kieser L. Larke L. Murphy K. Oliver S. O'Neil E. Rabbinowitsch M.-A. Rajandream K. Rutherford S. Rutter K. Seeger D. Saunders S. Sharp R. Squares S. Squares K. Taylor T. Warren A. Wietzorrek J. Woodward B. G. Barrell J. Parkhill D. A. Hopwood Nature 2002 417 141 147
14. H. Ikeda J. Ishikawa A. Hanamoto M. Shinose H. Kikuchi T. Shiba Y. Sakaki M. Hattori S. Omura Nat. Biotechnol. 2003 21 526 531
15. B. Gust G. L. Challis K. Fowler T. Kieser K. F. Chater Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 1541 1546
16. J. S. Tuan J. M. Weber M. J. Staver J. O. Leung S. Donadio L. Katz Gene 1990 90 21 29
17. U. J. Kim H. Shizuya P. J. de Jong B. Birren M. I. Simon Nucleic Acids Res. 1992 20 1083 1085
18. V. M. Chauthaiwale A. Therwath V. V. Deshpande Microbiol. Rev. 1992 56 577 591
19. C. M. Farnet and E. Zazopoulos, Improving Drug Discovery From Microorganisms in Natural Products: Drug Discovery and Therapeutic Medicine, ed., L. Zhang, and, A. L. Demain, Humana Press, Totowa, NJ, 2005, pp. 95-106
20. D. G. Gibson L. Young R. Chuang J. C. Venter C. a. Hutchison H. O. Smith Nat. Methods 2009 6 343 345
21. K. Yamanaka K. A. Reynolds R. D. Kersten K. S. Ryan D. J. Gonzalez V. Nizet P. C. Dorrestein B. S. Moore Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 1957 1962
22. N. Kouprina V. Larionov Nat. Protoc. 2008 3 371 377
23. S. H. Sternberg S. Redding M. Jinek E. C. Greene J. A. Doudna Nature 2014 507 62 67
24. Y. Tong P. Charusanti L. Zhang T. Weber S. Y. Lee ACS Synth. Biol. 2015 4 1020 1029
25. E. Zazopoulos K. Huang A. Staffa W. Liu B. O. Bachmann K. Nonaka J. Ahlert J. S. Thorson B. Shen C. M. Farnet Nat. Biotechnol. 2003 21 187 190
26. H. Gross V. O. Stockwell M. D. Henkels B. Nowak-Thompson J. E. Loper W. H. Gerwick Chem. Biol. 2007 14 53 63
27. N. Ziemert S. Podell K. Penn J. H. Badger E. Allen P. R. Jensen PLoS One 2012 7 e34064
28. M. H. Medema K. Blin P. Cimermancic V. de Jager P. Zakrzewski M. a. Fischbach T. Weber E. Takano R. Breitling Nucleic Acids Res. 2011 39 W339 W346
29. R. D. Kersten Y.-L. Yang Y. Xu P. Cimermancic S.-J. Nam W. Fenical M. A. Fischbach B. S. Moore P. C. Dorrestein Nat. Chem. Biol. 2011 7 794 802
30. R. D. Kersten N. Ziemert D. J. Gonzalez B. M. Duggan V. Nizet P. C. Dorrestein B. S. Moore Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 E4407 E4416
31. J. Gubbens H. Zhu G. Girard L. Song B. I. Florea P. Aston K. Ichinose D. V. Filippov Y. H. Choi H. S. Overkleeft G. L. Challis G. P. Van Wezel Chem. Biol. 2014 21 707 718
32. K. R. Duncan M. Crüsemann A. Lechner A. Sarkar J. Li N. Ziemert M. Wang N. Bandeira B. S. Moore P. C. Dorrestein P. R. Jensen Chem. Biol. 2015 22 460 471
33. P. Cruz-Morales C. E. Martínez-Guerrero M. A. Morales-Escalante L. A. Yáñez-Guerra J. F. Kopp J. Feldmann H. E. Ramos-Aboites F. Barona-Gomez bioRxiv 2015 10.1101/020503
34. A. G. McArthur N. Waglechner F. Nizam A. Yan M. A. Azad A. J. Baylay K. Bhullar M. J. Canova G. De Pascale L. Ejim L. Kalan A. M. King K. Koteva M. Morar M. R. Mulvey J. S. O'Brien A. C. Pawlowski L. J. V. Piddock P. Spanogiannopoulos A. D. Sutherland I. Tang P. L. Taylor M. Thaker W. Wang M. Yan T. Yu G. D. Wright Antimicrob. Agents Chemother. 2013 57 3348 3357
35. X. Tang J. Li N. Millán-Aguiñaga J. J. Zhang E. C. O'Neill J. A. Ugalde P. R. Jensen S. M. Mantovani B. S. Moore ACS Chem. Biol. 2015 10 2841 2849
36. M. Spohn W. Wohlleben E. Stegmann Environ. Microbiol. 2016 18 4 1249 1263
37. B. V. Reddy A. Milshteyn Z. Charlop-Powers S. F. Brady Chem. Biol. 2014 21 1023 1033
38. Z. Charlop-Powers S. F. Brady Bioinformatics 2015 1 3
39. A. Calteau D. P. Fewer A. Latifi T. Coursin T. Laurent J. Jokela C. a. Kerfeld K. Sivonen J. Piel M. Gugger BMC Genomics 2014 15 1 14
40. M. Welker E. Dittmann H. Von Döhren Methods Enzymol. 2012 517 23 46
41. S. C. Wenzel and R. Müller, Comprehensive Natural Products II, 2010
42. K. Gerth S. Pradella O. Perlova S. Beyer R. Müller J. Biotechnol. 2003 106 233 253
43. S. C. Wenzel R. Müller Mol. BioSyst. 2009 5 567 574
44. S. Behnken C. Hertweck Appl. Microbiol. Biotechnol. 2012 96 61 67
45. A.-C. Letzel S. J. Pidot C. Hertweck Nat. Prod. Rep. 2013 30 392 428
46. M. Hadjithomas I.-M. A. Chen K. Chu A. Ratner K. Palaniappan E. Szeto J. Huang T. B. K. Reddy P. Cimermancic M. A. Fischbach N. N. Ivanova V. M. Markowitz N. C. Kyrpides A. Pati MBio 2015 6 1 10
47. M. H. Medema R. Kottmann P. Yilmaz M. Cummings J. B. Biggins K. Blin I. de Bruijn Y. H. Chooi J. Claesen R. C. Coates P. Cruz-Morales S. Duddela S. Dusterhus D. J. Edwards D. P. Fewer N. Garg C. Geiger J. P. Gomez-Escribano A. Greule M. Hadjithomas A. S. Haines E. J. Helfrich M. L. Hillwig K. Ishida A. C. Jones C. S. Jones K. Jungmann C. Kegler H. U. Kim P. Kotter D. Krug J. Masschelein A. V. Melnik S. M. Mantovani E. A. Monroe M. Moore N. Moss H. W. Nutzmann G. Pan A. Pati D. Petras F. J. Reen F. Rosconi Z. Rui Z. Tian N. J. Tobias Y. Tsunematsu P. Wiemann E. Wyckoff X. Yan G. Yim F. Yu Y. Xie B. Aigle A. K. Apel C. J. Balibar E. P. Balskus F. Barona-Gomez A. Bechthold H. B. Bode R. Borriss S. F. Brady A. A. Brakhage P. Caffrey Y. Q. Cheng J. Clardy R. J. Cox R. De Mot S. Donadio M. S. Donia W. A. van der Donk P. C. Dorrestein S. Doyle A. J. Driessen M. Ehling-Schulz K. D. Entian M. A. Fischbach L. Gerwick W. H. Gerwick H. Gross B. Gust C. Hertweck M. Hofte S. E. Jensen J. Ju L. Katz L. Kaysser J. L. Klassen N. P. Keller J. Kormanec O. P. Kuipers T. Kuzuyama N. C. Kyrpides H. J. Kwon S. Lautru R. Lavigne C. Y. Lee B. Linquan X. Liu W. Liu A. Luzhetskyy T. Mahmud Y. Mast C. Mendez M. Metsa-Ketela J. Micklefield D. A. Mitchell B. S. Moore L. M. Moreira R. Muller B. A. Neilan M. Nett J. Nielsen F. O'Gara H. Oikawa A. Osbourn M. S. Osburne B. Ostash S. M. Payne J. L. Pernodet M. Petricek J. Piel O. Ploux J. M. Raaijmakers J. A. Salas E. K. Schmitt B. Scott R. F. Seipke B. Shen D. H. Sherman K. Sivonen M. J. Smanski M. Sosio E. Stegmann R. D. Süssmuth K. Tahlan C. M. Thomas Y. Tang A. W. Truman M. Viaud J. D. Walton C. T. Walsh T. Weber G. P. van Wezel B. Wilkinson J. M. Willey W. Wohlleben G. D. Wright N. Ziemert C. Zhang S. B. Zotchev R. Breitling E. Takano F. O. Glöckner Nat. Chem. Biol. 2015 11 625 631
48. S. F. Altschul W. Gish W. Miller E. W. Myers D. J. Lipman J. Mol. Biol. 1990 215 403 410
49. B. Buchfink C. Xie D. H. Huson Nat. Methods 2015 12 59 60
50. R. D. Finn J. Clements S. R. Eddy Nucleic Acids Res. 2011 39 10.1093/nar/gkr367
51. L. L. Ling T. Schneider A. J. Peoples A. L. Spoering I. Engels B. P. Conlon A. Mueller T. F. Schaberle D. E. Hughes S. Epstein M. Jones L. Lazarides V. A. Steadman D. R. Cohen C. R. Felix K. A. Fetterman W. P. Millett A. G. Nitti A. M. Zullo C. Chen K. Lewis T. F. Schaberle D. E. Hughes S. Epstein M. Jones L. Lazarides V. A. Steadman D. R. Cohen C. R. Felix K. A. Fetterman W. P. Millett A. G. Nitti A. M. Zullo C. Chen K. Lewis Nature 2015 517 455 459
52. J. Claesen M. Bibb Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 16297 16302
53. L. C. Foulston M. J. Bibb Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 13461 13466
54. M. Spohn N. Kirchner A. Kulik A. Jochim F. Wolf P. Muenzer O. Borst H. Gross W. Wohlleben E. Stegmann Antimicrob. Agents Chemother. 2014 58 6185 6196
55. N. Ziemert K. Ishida P. Quillardet C. Bouchier C. Hertweck N. T. de Marsac E. Dittmann Appl. 0 2008 74 1791 1797
56. N. Ziemert K. Ishida A. Liaimer C. Hertweck E. Dittmann Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2008 47 7756 7759
57. Z. Xu Z. Sun S. Li Z. Xu C. Cao Z. Xu X. Feng H. Xu Sci. Rep. 2015 5 17400
58. A. de Jong S. a F. T. van Hijum J. J. E. Bijlsma J. Kok O. P. Kuipers Nucleic Acids Res. 2006 34 273 279
59. T. Weber C. Rausch P. Lopez I. Hoof V. Gaykova D. H. Huson W. Wohlleben J. Biotechnol. 2009 140 13 17
60. T. Weber H. U. Kim Synthetic and Systems Biotechnology 2016 1 69 79 10.1016/j.synbio.2015.12.002
61. B. O. Bachmann S. G. Van Lanen R. H. Baltz J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2014 41 175 184
62. C. N. Boddy J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2014 41 443 450
63. E. J. N. Helfrich S. Reiter J. Piel Curr. Opin. Biotechnol. 2014 29 107 115
64. M. H. Medema M. A. Fischbach Nat. Chem. Biol. 2015 11 639 648
65. M. Nett Prog. Chem. Org. Nat. Prod. 2014 99 199 245
66. R. J. Scheffler S. Colmer H. Tynan A. L. Demain V. P. Gullo Appl. Microbiol. Biotechnol. 2013 97 969 978
67. J. I. Tietz D. A. Mitchell Curr. Top. Med. Chem. 2015 16 1645 1694
68. T. Weber Int. J. Med. Microbiol. 2014 304 230 235
69. J. Yaegashi B. R. Oakley C. C. Wang J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2014 41 433 442
70. M. H. Li P. M. Ung J. Zajkowski S. Garneau-Tsodikova D. H. Sherman BMC Bioinf. 2009 10 185
71. C. Rausch T. Weber O. Kohlbacher W. Wohlleben D. H. Huson Nucleic Acids Res. 2005 33 5799 5808
72. M. Röttig M. H. Medema K. Blin T. Weber C. Rausch O. Kohlbacher Nucleic Acids Res. 2011 39 W362 W367
73. M. A. Skinnider C. W. Johnston R. Zvanych N. A. Magarvey ChemBioChem 2015 16 223 227
74. A. Starcevic J. Zucko J. Simunkovic P. F. Long J. Cullum D. Hranueli Nucleic Acids Res. 2008 36 6882 6892
75. A. de Jong A. J. van Heel J. Kok O. P. Kuipers Nucleic Acids Res. 2010 38 W647 W651
76. A. J. van Heel A. de Jong M. Montalban-Lopez J. Kok O. P. Kuipers M. Montalbán-López J. Kok O. P. Kuipers Nucleic Acids Res. 2013 41 W448 W453
77. K. Blin M. H. Medema D. Kazempour M. A. Fischbach R. Breitling E. Takano T. Weber Nucleic Acids Res. 2013 41 W204 W212
78. T. Weber K. Blin S. Duddela D. Krug H. U. Kim R. Bruccoleri S. Y. Lee M. a. Fischbach R. Müller W. Wohlleben R. Breitling E. Takano M. H. Medema Nucleic Acids Res. 2015 43 W237 W243
79. B. Shen Hindra X. Yan T. Huang H. Ge D. Yang Q. Teng J. D. Rudolf J. R. Lohman Bioorg. Med. Chem. Lett. 2015 25 9 15
80. J. B. McAlpine B. O. Bachmann M. Piraee S. Tremblay A. M. Alarco E. Zazopoulos C. M. Farnet J. Nat. Prod. 2005 68 493 496
81. M. Juguet S. Lautru F. X. Francou S. Nezbedova P. Leblond M. Gondry J. L. Pernodet Chem. Biol. 2009 16 421 431
82. F. Karray E. Darbon N. Oestreicher H. Dominguez K. Tuphile J. Gagnat M. H. Blondelet-Rouault C. Gerbaud J. L. Pernodet Microbiology 2007 153 4111 4122
83. L. Laureti L. Song S. Huang C. Corre P. Leblond G. L. Challis B. Aigle Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 6258 6263
84. G. Yadav R. S. Gokhale D. Mohanty Nucleic Acids Res. 2003 31 3654 3658
85. D. W. Udwary L. Zeigler R. N. Asolkar V. Singan A. Lapidus W. Fenical P. R. Jensen B. S. Moore Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 10376 10381
86. C. J. Schulze M. S. Donia J. L. Siqueira-Neto D. Ray J. A. Raskatov R. E. Green J. H. McKerrow M. A. Fischbach R. G. Linington ACS Chem. Biol. 2015 10 2373 2381
87. J. Piel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 14002 14007
88. E. J. N. Helfrich J. Piel Nat. Prod. Rep. 2016 33 231 316
89. R. V. O'Brien R. W. Davis C. Khosla M. E. Hillenmeyer J. Antibiot. 2014 67 89 97
90. T. Nguyen K. Ishida H. Jenke-Kodama E. Dittmann C. Gurgui T. Hochmuth S. Taudien M. Platzer C. Hertweck J. Piel Nat. Biotechnol. 2008 26 225 233
91. D. Pistorius R. Müller ChemBioChem 2012 13 416 426
92. R. Ueoka A. R. Uria S. Reiter T. Mori P. Karbaum E. E. Peters E. J. N. Helfrich B. I. Morinaka M. Gugger H. Takeyama S. Matsunaga J. Piel Nat. Chem. Biol. 2015 11 705 712
93. J. Tian H. Chen Z. Guo N. Liu J. Li Y. Huang W. Xiang Y. Chen Appl. Microbiol. Biotechnol. 2016 100 4189 4199
94. H. Kang S. F. Brady J. Am. Chem. Soc. 2014 136 18111 18119
95. M. Knudsen D. Sondergaard C. Tofting-Olesen F. T. Hansen D. E. Brodersen C. N. Pedersen Bioinformatics 2016 32 325 329
96. B. O. Bachmann J. Ravel Methods Enzymol. 2009 458 181 217
97. D. Baranašić J. Zucko J. Diminic R. Gacesa P. F. Long J. Cullum D. Hranueli A. Starcevic J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2014 41 461 467
98. C. Prieto C. Garcia-Estrada D. Lorenzana J. F. Martin Bioinformatics 2012 28 426 427
99. D. D. Nguyen C.-H. H. Wu W. J. Moree A. Lamsa M. H. Medema X. Zhao R. G. Gavilan M. Aparicio L. Atencio C. Jackson J. Ballesteros J. Sanchez J. D. Watrous V. V. Phelan C. van de Wiel R. D. Kersten S. Mehnaz R. De Mot E. a. Shank P. Charusanti H. Nagarajan B. M. Duggan B. S. Moore N. Bandeira B. Ø. O. Palsson K. Pogliano M. Gutiérrez P. C. Dorrestein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 E2611 E2620
100. A. Ibrahim L. Yang C. Johnston X. Liu B. Ma N. A. Magarvey Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 19196 19201
101. H. Mohimani W. T. Liu R. D. Kersten B. S. Moore P. C. Dorrestein P. A. Pevzner J. Nat. Prod. 2014 77 1902 1909
102. M. H. Medema Y. Paalvast D. D. Nguyen A. Melnik P. C. Dorrestein E. Takano R. Breitling PLoS Comput. Biol. 2014 10 e1003822
103. C. W. Johnston M. A. Skinnider C. A. Dejong P. N. Rees G. M. Chen C. G. Walker S. French E. D. Brown J. Bérdy D. Y. Liu N. A. Magarvey Nat. Chem. Biol. 2016 10.1038/nchembio.2018
104. M. A. Wyatt W. Wang C. M. Roux F. C. Beasley D. E. Heinrichs P. M. Dunman N. A. Magarvey Science 2010 329 80 294 296
105. S. Lautru R. J. Deeth L. M. Bailey G. L. Challis Nat. Chem. Biol. 2005 1 265 269
106. H. Wang D. P. Fewer L. Holm L. Rouhiainen K. Sivonen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 9259 9264
107. M. Begley P. D. Cotter C. Hill R. P. Ross Appl. Environ. Microbiol. 2009 75 5451 5460
108. Y. Goto B. Li J. Claesen Y. Shi M. J. Bibb W. A. van der Donk PLoS Biol. 2010 8 e1000339
109. L. S. Family Y. Goto A. Okesli W. A. van der Donk Biochemistry 2011 50 891 898
110. J. R. Doroghazi W. W. Metcalf BMC Genomics 2013 14 611 623
111. C. L. Cox J. R. Doroghazi D. A. Mitchell BMC Genomics 2015 16 778
112. D. Iftime A. Kulik T. Härtner S. Rohrer T. H. Niedermeyer E. Stegmann T. Weber W. Wohlleben J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2015 43 277 291
113. D. Iftime M. Jasyk A. Kulik J. F. Imhoff E. Stegmann W. Wohlleben R. D. Süssmuth T. Weber ChemBioChem 2015 16 2615 2623
114. J. P. Gomez-Escribano M. J. Bibb Methods Enzymol. 2012 517 279 300
115. H. Mohimani R. D. Kersten W. T. Liu M. Wang S. O. Purvine S. Wu H. M. Brewer L. Pasa-Tolic N. Bandeira B. S. Moore P. A. Pevzner P. C. Dorrestein ACS Chem. Biol. 2014 9 1545 1551
116. J. D. Hegemann M. Zimmermann X. Xie M. A. Marahiel Acc. Chem. Res. 2015 48 1909 1919
117. S. Duquesne D. Destoumieux-Garzon S. Zirah C. Goulard J. Peduzzi S. Rebuffat Chem. Biol. 2007 14 793 803
118. J. O. Solbiati M. Ciaccio R. N. Farias J. E. Gonzalez-Pastor F. Moreno R. A. Salomon J. Bacteriol. 1999 181 2659 2662
119. J. O. Solbiati M. Ciaccio R. N. Farias R. A. Salomon J. Bacteriol. 1996 178 3661 3663
120. T. A. Knappe U. Linne S. Zirah S. Rebuffat X. Xie M. A. Marahiel J Am. Chem. Soc. 2008 130 11446 11454
121. D. W. Christianson Curr. Opin. Chem. Biol. 2008 12 141 150
122. C. Nakano H. K. Kim Y. Ohnishi ChemBioChem 2011 12 1988 1991
123. A. Meguro T. Tomita M. Nishiyama T. Kuzuyama ChemBioChem 2013 14 316 321
124. Y. Matsuda T. Mitsuhashi Z. Quan I. Abe Org. Lett. 2015 17 4644 4647
125. Y. Yamada S. Arima T. Nagamitsu K. Johmoto H. Uekusa T. Eguchi K. Shin-ya D. E. Cane H. Ikeda J. Antibiot. 2015 68 385 394
126. Y. Yamada T. Kuzuyama M. Komatsu K. Shin-Ya S. Omura D. E. Cane H. Ikeda Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 857 862
127. I. Takeda M. Umemura H. Koike K. Asai M. Machida DNA Res. 2014 1 11
128. A. Hornung M. Bertazzo A. Dziarnowski K. Schneider K. Welzel S. E. Wohlert M. Holzenkampfer G. J. Nicholson A. Bechthold R. D. Süßmuth A. Vente S. Pelzer ChemBioChem 2007 8 757 766
129. C. Ross K. Scherlach F. Kloss C. Hertweck Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2014 53 7794 7798
130. X. Zhu M. Su K. Manickam W. Zhang ACS Chem. Biol. 2015 10 2785 2793
131. J. G. Owen Z. Charlop-Powers A. G. Smith M. a. Ternei P. Y. Calle B. V. B. Reddy D. Montiel S. F. Brady Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 201501124
132. T. Weber P. Charusanti E. M. Musiol-Kroll X. Jiang Y. Tong H. U. Kim S. Y. Lee Trends Biotechnol. 2015 33 15 26
133. M. H. Medema E. Takano R. Breitling Mol. Biol. Evol. 2013 30 1218 1223
134. S. Zhao A. Sakai X. Zhang M. W. Vetting R. Kumar B. Hillerich B. San Francisco J. Solbiati A. Steves S. Brown E. Akiva A. Barber R. D. Seidel P. C. Babbitt S. C. Almo J. A. Gerlt M. P. Jacobson eLife 2014 3:e03275
135. H. J. Atkinson J. H. Morris T. E. Ferrin P. C. Babbitt PLoS One 2009 4 e4345
136. J. D. Rudolf X. Yan B. Shen J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2016 43 261 276
137. Y. In M. Doi M. Inoue T. Ishida Y. Hamada T. Shioiri Acta Crystallogr., Sect. C: Cryst. Struct. Commun. 1994 50 432 434
138. E. W. Schmidt S. Sudek M. G. Haygood J. Nat. Prod. 2004 67 1341 1345
139. E. W. Schmidt J. T. Nelson D. A. Rasko S. Sudek J. A. Eisen M. G. Haygood J. Ravel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 7315 7320
140. M. S. Donia E. W. Schmidt Chem. Biol. 2011 18 508 519
141. N. Leikoski D. P. Fewer K. Sivonen Appl. Environ. Microbiol. 2009 75 853 857
142. M. S. Donia B. J. Hathaway S. Sudek M. G. Haygood M. J. Rosovitz J. Ravel E. W. Schmidt Nat. Chem. Biol. 2006 2 729 735
143. B. Philmus G. Christiansen W. Y. Yoshida T. K. Hemscheidt ChemBioChem 2008 9 3066 3073
144. A. R. Weiz K. Ishida K. Makower N. Ziemert C. Hertweck E. Dittmann Chem. Biol. 2011 18 1413 1421
145. N. Ziemert K. Ishida A. Weiz C. Hertweck E. Dittmann Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 3568 3574
146. M. L. Micallef P. M. D'Agostino D. Sharma R. Viswanathan M. C. Moffitt BMC Genomics 2015 16 669
147. I. Takeda M. Umemura H. Koike K. Asai M. Machida DNA Res. 2014 1 11
148. P. Cimermancic M. H. Medema J. Claesen K. Kurita L. C. Wieland Brown K. Mavrommatis A. Pati P. A. Godfrey M. Koehrsen J. Clardy B. W. Birren E. Takano A. Sali R. G. Linington M. A. Fischbach Cell 2014 158 412 421
149. M. S. Donia P. Cimermancic C. J. Schulze L. C. Wieland Brown J. Martin M. Mitreva J. Clardy R. G. Linington M. A. Fischbach Cell 2014 158 1402 1414
150. M. S. Donia M. A. Fischbach Science 2015 349 80 1254766
151. J. R. Doroghazi J. C. Albright A. W. Goering K.-S. S. Ju R. R. Haines K. a. Tchalukov D. P. Labeda N. L. Kelleher W. W. Metcalf Nat. Chem. Biol. 2014 10 963 968
152. C. R. Goodwin B. C. Covington D. K. Derewacz C. R. McNees J. P. Wikswo J. A. McLean B. O. Bachmann Chem. Biol. 2015 22 661 670
153. M. Maansson N. G. Vynne A. Klitgaard J. L. Nybo J. Melchiorsen D. D. Nguyen L. M. Sanchez N. Ziemert P. C. Dorrestein M. R. Andersen L. Gram mSystems 2016 1 e00028-15
154. K. Kleigrewe J. Almaliti I. Y. Tian R. B. Kinnel A. Korobeynikov E. A. Monroe B. M. Duggan V. Di Marzo D. H. Sherman P. C. Dorrestein L. Gerwick W. H. Gerwick J. Nat. Prod. 2015 78 1671 1682
155. M. Bastian, S. Heymann and M. Jacomy, Third Int. AAAI Conf. Weblogs Soc. Media, 2009, pp. 361-362
156. Y. Hu Math. J. 2005 10 37 71
157. Y. M. Chiang E. Szewczyk A. D. Davidson N. Keller B. R. Oakley C. C. Wang J. Am. Chem. Soc. 2009 131 2965 2970
158. L. Song F. Barona-Gomez C. Corre L. Xiang D. W. Udwary M. B. Austin J. P. Noel B. S. Moore G. L. Challis J. Am. Chem. Soc. 2006 128 14754 14755
159. C. Zachow G. Jahanshah I. de Bruijn C. Song F. Ianni Z. Pataj H. Gerhardt I. Pianet M. Lammerhofer G. Berg H. Gross J. M. Raaijmakers Mol. Plant-Microbe Interact. 2015 28 800 810
160. I. de Bruijn M. J. de Kock M. Yang P. de Waard T. A. van Beek J. M. Raaijmakers Mol. Microbiol. 2007 63 417 428
161. M. Z. Ansari G. Yadav R. S. Gokhale D. Mohanty Nucleic Acids Res. 2004 32 405 413
162. H. M. Park B. G. Kim D. Chang S. Malla H. S. Joo E. J. Kim S. J. Park J. K. Sohng P. I. Kim Appl. Microbiol. Biotechnol. 2013 97 1213 1222
163. M. van der Voort H. J. Meijer Y. Schmidt J. Watrous E. Dekkers R. Mendes P. C. Dorrestein H. Gross J. M. Raaijmakers Front. Microbiol. 2015 6 693
164. N. Khaldi F. T. Seifuddin G. Turner D. Haft W. C. Nierman K. H. Wolfe N. D. Fedorova Fungal Genet. Biol. 2010 47 736 741
165. M. Gressler C. Zaehle K. Scherlach C. Hertweck M. Brock Chem. Biol. 2011 18 198 209
166. S. Bergmann J. Schumann K. Scherlach C. Lange A. A. Brakhage C. Hertweck Nat. Chem. Biol. 2007 3 213 217
167. T. Awakawa X. L. Yang T. Wakimoto I. Abe ChemBioChem 2013 14 2095 2099
168. Y. Sun T. Tomura J. Sato T. Iizuka R. Fudou M. Ojika Molecules 2016 21 59
169. X. L. Yang T. Awakawa T. Wakimoto I. Abe ChemBioChem 2014 15 1578 1583
170. C. Wu R. Cichewicz Y. Li J. Liu B. Roe J. Ferretti J. Merritt F. Qi Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 5815 5826
171. P. M. Joyner J. Liu Z. Zhang J. Merritt F. Qi R. H. Cichewicz Org. Biomol. Chem. 2010 8 5486 5489
172. M. Schorn J. Zettler J. P. Noel P. C. Dorrestein B. S. Moore L. Kaysser ACS Chem. Biol. 2014 9 301 309
173. J. D. Hegemann M. Zimmermann X. Xie M. A. Marahiel J. Am. Chem. Soc. 2013 135 210 222
174. T. L. Bailey C. Elkan Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol., 5th 1995 3 21 29
175. T. L. Bailey M. Gribskov J. Comput. Biol. 1998 5 211 221
176. M. O. Maksimov I. Pelczer A. J. Link Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 15223 15228
177. J. D. Hegemann M. Zimmermann S. Zhu D. Klug M. A. Marahiel Biopolymers 2013 100 527 542
178. J. D. Hegemann M. Zimmermann S. Zhu H. Steuber K. Harms X. Xie M. A. Marahiel Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2014 53 2230 2234
179. S. S. Elsayed F. Trusch H. Deng A. Raab I. Prokes K. Busarakam J. A. Asenjo B. A. Andrews P. van West A. T. Bull M. Goodfellow Y. Yi R. Ebel M. Jaspars M. E. Rateb J. Org. Chem. 2015 80 10252 10260
180. N. Leikoski L. Liu J. Jokela M. Wahlsten M. Gugger A. Calteau P. Permi C. A. Kerfeld K. Sivonen D. P. Fewer Chem. Biol. 2013 20 1033 1043
181. C. Nakano M. Oshima N. Kurashima T. Hoshino ChemBioChem 2015 16 772 781
182. Y. Matsuda T. Mitsuhashi Z. Quan I. Abe Org. Lett. 2015 17 4644 4647
183. F. J. Ayala J. Hered. 1975 68 3 10
184. M. A. Fischbach C. T. Walsh J. Clardy Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 4601 4608
185. M. C. Moffitt B. a. Neilan J. Mol. Evol. 2003 56 446 457
186. H. Jenke-Kodama T. Börner E. Dittmann PLoS Comput. Biol. 2006 2 1210 1218
187. H. Jenke-Kodama E. Dittmann Phytochemistry 2009 70 1858 1866
188. J. Zucko P. F. Long D. Hranueli J. Cullum J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2012 39 1541 1547
189. M. H. Medema P. Cimermancic A. Sali E. Takano M. A. Fischbach PLoS Comput. Biol. 2014 10 e1004016
190. I. Schmitt F. K. Barker Nat. Prod. Rep. 2009 26 1585 1602
191. N. Ziemert and P. R. Jensen, in Methods in Enzymology, Elsevier Inc., 2012, vol. 517, pp. 161-182
192. U. R. Abdelmohsen C. Yang H. Horn D. Hajjar T. Ravasi U. Hentschel Mar. Drugs 2014 12 2771 2789
193. N. Ziemert A. Lechner M. Wietz N. Millán-Aguiñaga K. L. Chavarria P. R. Jensen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 E1130 E1139
194. J. R. Doroghazi D. H. Buckley BMC Genomics 2014 15 970
195. M. C. Wilson T. Mori C. Rückert A. R. Uria M. J. Helf K. Takada C. Gernert U. a E. Steffens N. Heycke S. Schmitt C. Rinke E. J. N. Helfrich A. O. Brachmann C. Gurgui T. Wakimoto M. Kracht M. Crüsemann U. Hentschel I. Abe S. Matsunaga J. Kalinowski H. Takeyama J. Piel Nature 2014 506 58 62
196. P. Liras A. Rodríguez-García J. F. Martín Int. Microbiol. 1998 1 271 278
197. J. A. Eisen M. Wu Theor. Popul. Biol. 2002 61 481 487
198. J. A. Eisen C. M. Fraser Science 2003 300 80 1706 1707
199. M. Metsä-Ketelä L. Halo E. Munukka J. Hakala P. Mäntsäla K. Ylihonko Appl. Environ. Microbiol. 2002 68 4472 4479
200. E. a. Gontang S. P. Gaudêncio W. Fenical P. R. Jensen Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 2487 2499
201. H. Morlon T. K. O'Connor J. a. Bryant L. K. Charkoudian K. M. Docherty E. Jones S. W. Kembel J. L. Green B. J. M. Bohannan PLoS One 2015 10 e0130659
202. Z. Charlop-Powers J. G. Owen B. V. B. Reddy M. a. Ternei S. F. Brady Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 3757 3762
203. J. N. Woodhouse L. Fan M. V. Brown T. Thomas B. A. Neilan ISME J. 2013 7 1842 1851
204. F. Y. Chang M. A. Ternei P. Y. Calle S. F. Brady J. Am. Chem. Soc. 2013 135 17906 17912
205. F.-Y. Chang M. A. Ternei P. Y. Calle S. F. Brady J. Am. Chem. Soc. 2015 137 6044 6052
206. V. M. D'Costa C. E. King L. Kalan M. Morar W. W. L. Sung C. Schwarz D. Froese G. Zazula F. Calmels R. Debruyne G. B. Golding H. N. Poinar G. D. Wright Nature 2011 477 457 461
207. G. Cox G. D. Wright Int. J. Med. Microbiol. 2013 303 287 292
208. M. Steffensky A. Mühlenweg Z. X. Wang S. M. Li L. Heide Antimicrob. Agents Chemother. 2000 44 1214 1222
209. R. M. Peterson T. Huang J. D. Rudolf M. J. Smanski B. Shen Chem. Biol. 2014 21 389 397
210. A. Kling P. Lukat D. V. Almeida A. Bauer E. Fontaine S. Sordello N. Zaburannyi J. Herrmann S. C. Wenzel C. Konig N. C. Ammerman M. B. Barrio K. Borchers F. Bordon-Pallier M. Bronstrup G. Courtemanche M. Gerlitz M. Geslin P. Hammann D. W. Heinz H. Hoffmann S. Klieber M. Kohlmann M. Kurz C. Lair H. Matter E. Nuermberger S. Tyagi L. Fraisse J. H. Grosset S. Lagrange R. Muller Science 2015 348 80 1106 1112
211. M. N. Thaker W. Wang P. Spanogiannopoulos N. Waglechner A. M. King R. Medina G. D. Wright Nat. Biotechnol. 2013 31 922 927
212. M. N. Thaker N. Waglechner G. D. Wright Nat. Protoc. 2014 9 1469 1479
213. B. Liu M. Pop Nucleic Acids Res. 2009 37 D443 D447
214. M. A. Skinnider C. A. Dejong P. N. Rees C. W. Johnston H. Li A. L. H. L. H. Webster M. A. Wyatt N. A. Magarvey Nucleic Acids Res. 2015 43 9645 9662
215. G. P. van Wezel K. J. McDowall Nat. Prod. Rep. 2011 28 1311 1333
216. M. J. Bibb Curr. Opin. Microbiol. 2005 8 208 215
217. G. Liu K. F. Chater G. Chandra G. Niu H. Tan Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2013 77 112 143
218. J. Thykaer J. Nielsen W. Wohlleben T. Weber M. Gutknecht A. E. Lantz E. Stegmann Metab. Eng. 2010 12 455 461
219. C. Corre L. Song S. O'Rourke K. F. Chater G. L. Challis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 17510 17515
220. J. H. Shin A. K. Singh D. J. Cheon J. H. Roe J. Bacteriol. 2011 193 75 81
221. M. Craig S. Lambert S. Jourdan E. Tenconi S. Colson M. Maciejewska M. Ongena J. F. Martin G. van Wezel S. Rigali Environ. Microbiol. Rep. 2012 4 512 521
222. E. Michta K. Schad K. Blin R. Ort-Winklbauer M. Röttig O. Kohlbacher W. Wohlleben E. Schinko Y. Mast Environ. Microbiol. 2012 14 3203 3219
223. S. Hiard R. Marée S. Colson P. A. Hoskisson F. Titgemeyer G. P. van Wezel B. Joris L. Wehenkel S. Rigali Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007 357 861 864
224. R. Saha N. Saha R. S. Donofrio L. L. Bestervelt J. Basic Microbiol. 2013 53 303 317
225. E. Ahmed S. J. M. Holmström Microb. Biotechnol. 2014 7 196 208
226. M. F. Fillat Arch. Biochem. Biophys. 2014 546 41 52
227. S. Ranjan S. Yellaboina A. Ranjan Crit. Rev. Microbiol. 2006 32 69 75
228. T. Wolf V. Shelest N. Nath E. Shelest Bioinformatics 2015 32 1138 1143
229. M. R. Andersen J. B. Nielsen A. Klitgaard L. M. Petersen M. Zachariasen T. J. Hansen L. H. Blicher C. H. Gotfredsen T. O. Larsen K. F. Nielsen U. H. Mortensen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 E99 E107
230. M. Umemura H. Koike N. Nagano T. Ishii J. Kawano N. Yamane I. Kozone K. Horimoto K. Shin-ya K. Asai J. Yu J. W. Bennett M. Machida PLoS One 2013 8 e84028
231. M. Umemura H. Koike M. Machida Front. Microbiol. 6 371 10.3389/fmicb.2015.00371
232. T. C. Vesth J. Brandl M. R. Andersen Synthetic and Systems Biotechnology 2016 1 8 10.1016/j.synbio.2016.01.002
233. M. Katz B. M. Hover S. F. Brady J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2015 43 1 13
234. E. W. Schmidt M. S. Donia J. A. McIntosh W. F. Fricke J. Ravel J. Nat. Prod. 2012 75 295 304
235. J. C. Kwan M. S. Donia A. W. Han E. Hirose M. G. Haygood E. W. Schmidt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 20655 20660
236. S. Sudek N. B. Lopanik L. E. Waggoner M. Hildebrand C. Anderson H. Liu A. Patel D. H. Sherman M. G. Haygood J. Nat. Prod. 2007 70 67 74
237. M. F. Freeman C. Gurgui M. J. Helf B. I. Morinaka A. R. Uria N. J. Oldham H.-G. Sahl S. Matsunaga J. Piel Science 2012 338 80 387 390
238. A. C. English S. Richards Y. Han M. Wang V. Vee J. Qu X. Qin D. M. Muzny J. G. Reid K. C. Worley R. A. Gibbs PLoS One 2012 7 e47768
239. E. Karlsson A. Lärkeryd A. Sjödin M. Forsman P. Stenberg Sci. Rep. 2015 5 11996