A genomic approach to the cryptic secondary metabolome of the anaerobic world

Natural Product Reports

Volumn 30, Issue 3, 2013, Pages 392-428

  Letzel, Anne Catrin ^a   Pidot, Sacha J ^a   Hertweck, Christian ^a,b  

^a HANS KNÖLL INSTITUTE   (Germany)

^b FRIEDRICH SCHILLER UNIVERSITY JENA   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL PRODUCT; PEPTIDE SYNTHASE; POLYKETIDE SYNTHASE;

BACTERIUM; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; METABOLOME; REVIEW;

BACTERIA; BIOLOGICAL AGENTS; HUMANS; METABOLOME; MOLECULAR STRUCTURE; PEPTIDE SYNTHASES; POLYKETIDE SYNTHASES;

EID: 84874051724     PISSN: 02650568     EISSN: 14604752     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2np20103h     Document Type: Review

References (323)

1. D. J. Newman G. M. Cragg J. Nat. Prod. 2012 75 311 335
2. M. Nett H. Ikeda B. S. Moore Nat. Prod. Rep. 2009 26 1362 1384
3. S. Donadio P. Monciardini M. Sosio Nat. Prod. Rep. 2007 24 1073 1109
4. J. Zhou Q. He C. L. Hemme A. Mukhopadhyay K. Hillesland A. Zhou Z. He J. D. Van Nostrand T. C. Hazen D. A. Stahl J. D. Wall A. P. Arkin Nat. Rev. Microbiol. 2011 9 452 466
5. J. E. Butler N. D. Young D. R. Lovley BMC Genomics 2009 10 103
6. P. Durre Ann. N. Y. Acad. Sci. 2008 1125 353 362
7. D. L. Stevens M. J. Aldape A. E. Bryant Anaerobe 2012 18 254 259
8. H. Seedorf W. F. Fricke B. Veith H. Bruggemann H. Liesegang A. Strittmatter M. Miethke W. Buckel J. Hinderberger F. Li C. Hagemeier R. K. Thauer G. Gottschalk Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 2128 2133
9. T. Lincke S. Behnken K. Ishida M. Roth C. Hertweck Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 2011 2013
10. J. T. Heap S. A. Kuehne M. Ehsaan S. T. Cartman C. M. Cooksley J. C. Scott N. P. Minton J. Microbiol. Methods 2010 80 49 55
11. M. V. Coppi C. Leang S. J. Sandler D. R. Lovley Appl. Environ. Microbiol. 2001 67 3180 3187
12. J. B. Rollefson C. E. Levar D. R. Bond J. Bacteriol. 2009 191 4207 4217
13. M. Ichimura H. Nakayama-Imaohji S. Wakimoto H. Morita T. Hayashi T. Kuwahara Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 3325 3332
14. D. W. Udwary E. A. Gontang A. C. Jones C. S. Jones A. W. Schultz J. M. Winter J. Y. Yang N. Beauchemin T. L. Capson B. R. Clark E. Esquenazi A. S. Eustaquio K. Freel L. Gerwick W. H. Gerwick D. Gonzalez W. T. Liu K. L. Malloy K. N. Maloney M. Nett J. K. Nunnery K. Penn A. Prieto-Davo T. L. Simmons S. Weitz M. C. Wilson L. S. Tisa P. C. Dorrestein B. S. Moore Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 3617 3625
15. E. A. Emmert A. K. Klimowicz M. G. Thomas J. Handelsman Appl. Environ. Microbiol. 2004 70 104 113
16. C. Hertweck Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 4688 4716
17. K. J. Weissman P. F. Leadlay Nat. Rev. Microbiol. 2005 3 925 936
18. M. B. Austin J. P. Noel Nat. Prod. Rep. 2003 20 79 110
19. J. Staunton K. J. Weissman Nat. Prod. Rep. 2001 18 380 416
20. J. Piel Nat. Prod. Rep. 2010 27 996 1047
21. J. Grunewald M. A. Marahiel Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2006 70 121 146
22. A. Koglin C. T. Walsh Nat. Prod. Rep. 2009 26 987 1000
23. M. Strieker A. Tanovic M. A. Marahiel Curr. Opin. Struct. Biol. 2010 20 234 240
24. L. Du C. Sanchez B. Shen Metab. Eng. 2001 3 78 95
25. F. Lipmann Science 1971 173 875 884
26. T. Stachelhaus H. D. Mootz M. A. Marahiel Chem. Biol. 1999 6 493 505
27. G. L. Challis J. Ravel C. A. Townsend Chem. Biol. 2000 7 211 224
28. G. Yadav R. S. Gokhale D. Mohanty J. Mol. Biol. 2003 328 335 363
29. H. Tae E. B. Kong K. Park BMC Bioinformatics 2007 8 327
30. Y. Minowa M. Araki M. Kanehisa J. Mol. Biol. 2007 368 1500 1517
31. N. Ziemert S. Podell K. Penn J. H. Badger E. Allen P. R. Jensen PLoS One 2012 7 e34064
32. S. Anand M. V. Prasad G. Yadav N. Kumar J. Shehara M. Z. Ansari D. Mohanty Nucleic Acids Res. 2010 38 W487 496
33. M. H. Li P. M. Ung J. Zajkowski S. Garneau-Tsodikova D. H. Sherman BMC Bioinformatics 2009 10 185
34. T. Weber C. Rausch P. Lopez I. Hoof V. Gaykova D. H. Huson W. Wohlleben J. Biotechnol. 2009 140 13 17
35. C. Rausch T. Weber O. Kohlbacher W. Wohlleben D. H. Huson Nucleic Acids Res. 2005 33 5799 5808
36. T. Nguyen K. Ishida H. Jenke-Kodama E. Dittmann C. Gurgui T. Hochmuth S. Taudien M. Platzer C. Hertweck J. Piel Nat. Biotechnol. 2008 26 225 233
37. A. Starcevic J. Zucko J. Simunkovic P. F. Long J. Cullum D. Hranueli Nucleic Acids Res. 2008 36 6882 6892
38. P. Kamra R. S. Gokhale D. Mohanty Nucleic Acids Res. 2005 33 W220 225
39. D. H. Kwan Y. Sun F. Schulz H. Hong B. Popovic J. C. Sim-Stark S. F. Haydock P. F. Leadlay Chem. Biol. 2008 15 1231 1240
40. M. Krzywinski J. Schein I. Birol J. Connors R. Gascoyne D. Horsman S. J. Jones M. A. Marra Genome Res. 2009 19 1639 1645
41. M. H. Medema K. Blin P. Cimermancic V. de Jager P. Zakrzewski M. A. Fischbach T. Weber E. Takano R. Breitling Nucleic Acids Res. 2011 39 W339 346
42. S. J. Moss C. J. Martin B. Wilkinson Nat. Prod. Rep. 2004 21 575 593
43. D. Menche F. Arikan O. Perlova N. Horstmann W. Ahlbrecht S. C. Wenzel R. Jansen H. Irschik R. Muller J. Am. Chem. Soc. 2008 130 14234 14243
44. N. Traitcheva H. Jenke-Kodama J. He E. Dittmann C. Hertweck ChemBioChem 2007 8 1841 1849
45. C. Olano B. Wilkinson S. J. Moss A. F. Brana C. Mendez P. F. Leadlay J. A. Salas Chem. Commun. 2003 2780 2782
46. I. Pagani K. Liolios J. Jansson I. M. Chen T. Smirnova B. Nosrat V. M. Markowitz N. C. Kyrpides Nucleic Acids Res. 2012 40 D571 579
47. H. P. Klenk M. Goker Syst. Appl. Microbiol. 2010 33 175 182
48. D. Wu P. Hugenholtz K. Mavromatis R. Pukall E. Dalin N. N. Ivanova V. Kunin L. Goodwin M. Wu B. J. Tindall S. D. Hooper A. Pati A. Lykidis S. Spring I. J. Anderson P. D'Haeseleer A. Zemla M. Singer A. Lapidus M. Nolan A. Copeland C. Han F. Chen J. F. Cheng S. Lucas C. Kerfeld E. Lang S. Gronow P. Chain D. Bruce E. M. Rubin N. C. Kyrpides H. P. Klenk J. A. Eisen Nature 2009 462 1056 1060
49. S. G. Van Lanen B. Shen Curr. Opin. Microbiol. 2006 9 252 260
50. S. Omura H. Ikeda J. Ishikawa A. Hanamoto C. Takahashi M. Shinose Y. Takahashi H. Horikawa H. Nakazawa T. Osonoe H. Kikuchi T. Shiba Y. Sakaki M. Hattori Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 12215 12220
51. H. Gross Curr. Opin. Drug. Discov. Devel. 2009 12 207 219
52. J. M. Winter S. Behnken C. Hertweck Curr. Opin. Chem. Biol. 2011 15 22 31
53. M. Zerikly G. L. Challis ChemBioChem 2009 10 625 633
54. R. Teta M. Gurgui E. J. Helfrich S. Kunne A. Schneider G. Van Echten-Deckert A. Mangoni J. Piel ChemBioChem 2010 11 2506 2512
55. S. Bergmann J. Schumann K. Scherlach C. Lange A. A. Brakhage C. Hertweck Nat. Chem. Biol. 2007 3 213 217
56. M. Gressler C. Zaehle K. Scherlach C. Hertweck M. Brock Chem. Biol. 2011 18 198 209
57. Y. M. Chiang E. Szewczyk A. D. Davidson N. Keller B. R. Oakley C. C. Wang J. Am. Chem. Soc. 2009 131 2965 2970
58. D. Pistorius R. Muller ChemBioChem 2012 13 416 426
59. L. Laureti L. Song S. Huang C. Corre P. Leblond G. L. Challis B. Aigle Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 6258 6263
60. B. Frank S. C. Wenzel H. B. Bode M. Scharfe H. Blocker R. Muller J. Mol. Biol. 2007 374 24 38
61. J. E. Loper M. D. Henkels B. T. Shaffer F. A. Valeriote H. Gross Appl. Environ. Microbiol. 2008 74 3085 3093
62. I. de Bruijn M. J. de Kock M. Yang P. de Waard T. A. van Beek J. M. Raaijmakers Mol. Microbiol. 2007 63 417 428
63. N. Brendel L. P. Partida-Martinez K. Scherlach C. Hertweck Org. Biomol. Chem. 2007 5 2211 2213
64. K. Ishida T. Lincke S. Behnken C. Hertweck J. Am. Chem. Soc. 2010 132 13966 13968
65. J. B. Biggins M. A. Ternei S. F. Brady J. Am. Chem. Soc. 2012 134 13192 13195
66. J. Franke K. Ishida C. Hertweck Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 11611 11615
67. E. Mahenthiralingam L. Song A. Sass J. White C. Wilmot A. Marchbank O. Boaisha J. Paine D. Knight G. L. Challis Chem. Biol. 2011 18 665 677
68. M. He M. Sebaihia T. D. Lawley R. A. Stabler L. F. Dawson M. J. Martin K. E. Holt H. M. Seth-Smith M. A. Quail R. Rance K. Brooks C. Churcher D. Harris S. D. Bentley C. Burrows L. Clark C. Corton V. Murray G. Rose S. Thurston A. van Tonder D. Walker B. W. Wren G. Dougan J. Parkhill Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 7527 7532
69. G. S. Myers D. A. Rasko J. K. Cheung J. Ravel R. Seshadri R. T. DeBoy Q. Ren J. Varga M. M. Awad L. M. Brinkac S. C. Daugherty D. H. Haft R. J. Dodson R. Madupu W. C. Nelson M. J. Rosovitz S. A. Sullivan H. Khouri G. I. Dimitrov K. L. Watkins S. Mulligan J. Benton D. Radune D. J. Fisher H. S. Atkins T. Hiscox B. H. Jost S. J. Billington J. G. Songer B. A. McClane R. W. Titball J. I. Rood S. B. Melville I. T. Paulsen Genome Res. 2006 16 1031 1040
70. H. Skarin T. Hafstrom J. Westerberg B. Segerman BMC Genomics 2011 12 185
71. S. F. Altschul T. L. Madden A. A. Schaffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. J. Lipman Nucleic Acids Res. 1997 25 3389 3402
72. R. K. Pettit Mar. Biotechnol. 2011 13 1 11
73. Z. E. Wilson M. A. Brimble Nat. Prod. Rep. 2009 26 44 71
74. H. Bruggemann G. Gottschalk Ann. N. Y. Acad. Sci. 2008 1125 73 81
75. M. Q. Wei A. Mengesha D. Good J. Anne Cancer Lett. 2008 259 16 27
76. R. M. Ryan J. Green C. E. Lewis BioEssays 2006 28 84 94
77. N. Gaitatzis B. Silakowski B. Kunze G. Nordsiek H. Blocker G. Hofle R. Muller J. Biol. Chem. 2002 277 13082 13090
78. B. Silakowski G. Nordsiek B. Kunze H. Blocker R. Muller Chem. Biol. 2001 8 59 69
79. S. Keis C. F. Bennett V. K. Ward D. T. Jones Int. J. Syst. Bacteriol. 1995 45 693 705
80. Y. Shi Y. X. Li Y. Y. Li BMC Bioinformatics 2010 11 S9
81. X. H. Chen A. Koumoutsi R. Scholz A. Eisenreich K. Schneider I. Heinemeyer B. Morgenstern B. Voss W. R. Hess O. Reva H. Junge B. Voigt P. R. Jungblut J. Vater R. Sussmuth H. Liesegang A. Strittmatter G. Gottschalk R. Borriss Nat. Biotechnol. 2007 25 1007 1014
82. X. H. Chen A. Koumoutsi R. Scholz K. Schneider J. Vater R. Sussmuth J. Piel R. Borriss J. Biotechnol. 2009 140 27 37
83. G. Bao R. Wang Y. Zhu H. Dong S. Mao Y. Zhang Z. Chen Y. Li Y. Ma J. Bacteriol. 2011 193 5007 5008
84. J. Nolling G. Breton M. V. Omelchenko K. S. Makarova Q. Zeng R. Gibson H. M. Lee J. Dubois D. Qiu J. Hitti Y. I. Wolf R. L. Tatusov F. Sabathe L. Doucette-Stamm P. Soucaille M. J. Daly G. N. Bennett E. V. Koonin D. R. Smith J. Bacteriol. 2001 183 4823 4838
85. S. Hu H. Zheng Y. Gu J. Zhao W. Zhang Y. Yang S. Wang G. Zhao S. Yang W. Jiang BMC Genomics 2011 12 93
86. T. J. Smith K. K. Hill B. T. Foley J. C. Detter A. C. Munk D. C. Bruce N. A. Doggett L. A. Smith J. D. Marks G. Xie T. S. Brettin PLoS One 2007 2 e1271
87. R.-M. Tian T. Li X.-J. Hou Q. Wang K. Cai Y.-N. Liu X. Gao H. Liu L. Xiao W. Tu J. Shi W.-C. Cao H. Wang Genome 2011 54 546 554
88. A. T. Carter B. M. Pearson L. C. Crossman N. Drou D. Heavens D. Baker M. Febrer M. Caccamo K. A. Grant M. W. Peck J. Bacteriol. 2011 193 2351 2352
89. M. Sebaihia M. W. Peck N. P. Minton N. R. Thomson M. T. Holden W. J. Mitchell A. T. Carter S. D. Bentley D. R. Mason L. Crossman C. J. Paul A. Ivens M. H. Wells-Bennik I. J. Davis A. M. Cerdeno-Tarraga C. Churcher M. A. Quail T. Chillingworth T. Feltwell A. Fraser I. Goodhead Z. Hance K. Jagels N. Larke M. Maddison S. Moule K. Mungall H. Norbertczak E. Rabbinowitsch M. Sanders M. Simmonds B. White S. Whithead J. Parkhill Genome Res. 2007 17 1082 1092
90. C. L. Hemme H. Mouttaki Y. J. Lee G. Zhang L. Goodwin S. Lucas A. Copeland A. Lapidus T. Glavina del Rio H. Tice E. Saunders T. Brettin J. C. Detter C. S. Han S. Pitluck M. L. Land L. J. Hauser N. Kyrpides N. Mikhailova Z. He L. Wu J. D. Van Nostrand B. Henrissat Q. He P. A. Lawson R. S. Tanner L. R. Lynd J. Wiegel M. W. Fields A. P. Arkin C. W. Schadt B. S. Stevenson M. J. McInerney Y. Yang H. Dong D. Xing N. Ren A. Wang R. L. Huhnke J. R. Mielenz S. Y. Ding M. E. Himmel S. Taghavi D. van der Lelie E. M. Rubin J. Zhou J. Bacteriol. 2010 192 6494 6496
91. Y. Tamaru H. Miyake K. Kuroda A. Nakanishi Y. Kawade K. Yamamoto M. Uemura Y. Fujita R. H. Doi M. Ueda J. Bacteriol. 2010 192 901 902
92. J. A. Izquierdo L. Goodwin K. W. Davenport H. Teshima D. Bruce C. Detter R. Tapia S. Han M. Land L. Hauser C. D. Jeffries J. Han S. Pitluck M. Nolan A. Chen M. Huntemann K. Mavromatis N. Mikhailova K. Liolios T. Woyke L. R. Lynd Stand. Genomic Sci. 2012 6 104 115
93. M. Sebaihia B. W. Wren P. Mullany N. F. Fairweather N. Minton R. Stabler N. R. Thomson A. P. Roberts A. M. Cerdeno-Tarraga H. Wang M. T. Holden A. Wright C. Churcher M. A. Quail S. Baker N. Bason K. Brooks T. Chillingworth A. Cronin P. Davis L. Dowd A. Fraser T. Feltwell Z. Hance S. Holroyd K. Jagels S. Moule K. Mungall C. Price E. Rabbinowitsch S. Sharp M. Simmonds K. Stevens L. Unwin S. Whithead B. Dupuy G. Dougan B. Barrell J. Parkhill Nat. Genet. 2006 38 779 786
94. R. A. Stabler M. He L. Dawson M. Martin E. Valiente C. Corton T. D. Lawley M. Sebaihia M. A. Quail G. Rose D. N. Gerding M. Gibert M. R. Popoff J. Parkhill G. Dougan B. W. Wren Genome Biol. 2009 10 R102
95. M. Kopke C. Held S. Hujer H. Liesegang A. Wiezer A. Wollherr A. Ehrenreich W. Liebl G. Gottschalk P. Durre Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 13087 13092
96. C. Bettegowda X. Huang J. Lin I. Cheong M. Kohli S. A. Szabo X. Zhang L. A. Diaz, Jr. V. E. Velculescu G. Parmigiani K. W. Kinzler B. Vogelstein S. Zhou Nat. Biotechnol. 2006 24 1573 1580
97. T. Shimizu K. Ohtani H. Hirakawa K. Ohshima A. Yamashita T. Shiba N. Ogasawara M. Hattori S. Kuhara H. Hayashi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 996 1001
98. H. Bruggemann S. Baumer W. F. Fricke A. Wiezer H. Liesegang I. Decker C. Herzberg R. Martinez-Arias R. Merkl A. Henne G. Gottschalk Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 1316 1321
99. S. D. Brown B. Raman C. K. McKeown S. P. Kale Z. He J. R. Mielenz Appl. Biochem. Biotechnol. 2007 137-140 663 674
100. N. Fonknechten S. Chaussonnerie S. Tricot A. Lajus J. R. Andreesen N. Perchat E. Pelletier M. Gouyvenoux V. Barbe M. Salanoubat D. Le Paslier J. Weissenbach G. N. Cohen A. Kreimeyer BMC Genomics 2010 11 555
101. S. Yokoyama K. Oshima I. Nomura M. Hattori T. Suzuki J. Bacteriol. 2011 193 5568 5569
102. R. Gheshlaghi J. M. Scharer M. Moo-Young C. P. Chou Biotechnol. Adv. 2009 27 764 781
103. S. Akira Semin. Immunol. 2004 16 1 2
104. L. A. O'Neill A. G. Bowie Nat. Rev. Immunol. 2007 7 353 364
105. W. Deng H. Wang J. Xie J. Cell. Biochem. 2011 112 2655 2662
106. K. Wu L. Chung W. P. Revill L. Katz C. D. Reeves Gene 2000 251 81 90
107. Y. A. Chan M. T. Boyne, 2nd A. M. Podevels A. K. Klimowicz J. Handelsman N. L. Kelleher M. G. Thomas Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 14349 14354
108. D. G. Olson S. A. Tripathi R. J. Giannone J. Lo N. C. Caiazza D. A. Hogsett R. L. Hettich A. M. Guss G. Dubrovsky L. R. Lynd Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 17727 17732
109. D. A. Argyros S. A. Tripathi T. F. Barrett S. R. Rogers L. F. Feinberg D. G. Olson J. M. Foden B. B. Miller L. R. Lynd D. A. Hogsett N. C. Caiazza Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 8288 8294
110. C. N. Shulse E. E. Allen PLoS One 2011 6 e20146
111. M. Desvaux FEMS Microbiol. Rev. 2005 29 741 764
112. E. Petitdemange F. Caillet J. Giallo C. Gaudin Int. J. Syst. Bacteriol. 1984 34 155 159
113. F. Kloss T. Lincke C. Hertweck Eur. J. Org. Chem. 2011 1429 1431
114. S. Behnken T. Lincke F. Kloss K. Ishida C. Hertweck Angew. Chem., Int. Ed. 2011 51 2425 2428
115. S. Behnken C. Hertweck PLoS One 2011 7 e29609
116. L. Heinlen J. D. Ballard Am. J. Med. Sci. 2010 340 247 252
117. J. Sobel Clin. Infect. Dis. 2005 41 1167 1173
118. P. Katona Anaerobe 2012 18 240 243
119. S. Yokoyama T. Niwa T. Osawa T. Suzuki Arch. Microbiol. 2010 192 15 22
120. C. Atkinson C. L. Frankenfeld J. W. Lampe Exp. Biol. Med. 2005 230 155 170
121. C. L. Frankenfeld Adv. Nutr. 2011 2 317 324
122. H. A. Barker S. M. Taha J. Bacteriol. 1942 43 347 363
123. Z. Heather M. T. Holden K. F. Steward J. Parkhill L. Song G. L. Challis C. Robinson N. Davis-Poynter A. S. Waller Mol. Microbiol. 2008 70 1274 1292
124. W. M. Sattley M. T. Madigan W. D. Swingley P. C. Cheung K. M. Clocksin A. L. Conrad L. C. Dejesa B. M. Honchak D. O. Jung L. E. Karbach A. Kurdoglu S. Lahiri S. D. Mastrian L. E. Page H. L. Taylor Z. T. Wang J. Raymond M. Chen R. E. Blankenship J. W. Touchman J. Bacteriol. 2008 190 4687 4696
125. C. Nakano H. Ozawa G. Akanuma N. Funa S. Horinouchi J. Bacteriol. 2009 191 4916 4923
126. K. Labutti R. Pukall K. Steenblock T. Glavina Del Rio H. Tice A. Copeland J. F. Cheng S. Lucas F. Chen M. Nolan D. Bruce L. Goodwin S. Pitluck N. Ivanova K. Mavromatis G. Ovchinnikova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries P. Chain E. Saunders T. Brettin J. C. Detter C. Han M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk A. Lapidus Stand. Genomic Sci. 2009 1 159 165
127. T. Ezaki Y. Kawamura N. Li Z. Y. Li L. Zhao S. Shu Int. J. Sys. Evol. Microbiol. 2001 51 1521 1528
128. H. Roh H. J. Ko D. Kim D. G. Choi S. Park S. Kim I. S. Chang I. G. Choi J. Bacteriol. 2011 193 307 308
129. K. L. Kavanagh H. Jornvall B. Persson U. Oppermann Cell. Mol. Life Sci. 2008 65 3895 3906
130. S. Wu J. Zhong L. Huan Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006 344 1147 1154
131. A. Barcenilla S. E. Pryde J. C. Martin S. H. Duncan C. S. Stewart C. Henderson H. J. Flint Appl. Environ. Microbiol. 2000 66 1654 1661
132. M. A. Mahowald F. E. Rey H. Seedorf P. J. Turnbaugh R. S. Fulton A. Wollam N. Shah C. Wang V. Magrini R. K. Wilson B. L. Cantarel P. M. Coutinho B. Henrissat L. W. Crock A. Russell N. C. Verberkmoes R. L. Hettich J. I. Gordon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 5859 5864
133. J. R. Sieber D. R. Sims C. Han E. Kim A. Lykidis A. L. Lapidus E. McDonnald L. Rohlin D. E. Culley R. Gunsalus M. J. McInerney Environ. Microbiol. 2010 12 2289 2301
134. M. J. McInerney C. G. Struchtemeyer J. Sieber H. Mouttaki A. J. Stams B. Schink L. Rohlin R. P. Gunsalus Ann. N. Y. Acad. Sci. 2008 1125 58 72
135. M. J. McInerney M. P. Bryant R. B. Hespell J. W. Costerton Appl. Environ. Microbiol. 1981 41 1029 1039
136. W. D. Murray L. Hoffman N. L. Campbell R. H. Madden Syst. Appl. Microbiol. 1986 8 181 184
137. D. A. Miller G. Suen D. Bruce A. Copeland J. F. Cheng C. Detter L. A. Goodwin C. S. Han L. J. Hauser M. L. Land A. Lapidus S. Lucas L. Meincke S. Pitluck R. Tapia H. Teshima T. Woyke B. G. Fox E. R. Angert C. R. Currie J. Bacteriol. 2011 193 2357 2358
138. G. Suen D. M. Stevenson D. C. Bruce O. Chertkov A. Copeland J. F. Cheng C. Detter J. C. Detter L. A. Goodwin C. S. Han L. J. Hauser N. N. Ivanova N. C. Kyrpides M. L. Land A. Lapidus S. Lucas G. Ovchinnikova S. Pitluck R. Tapia T. Woyke J. Boyum D. Mead P. J. Weimer J. Bacteriol. 2011 193 5574 5575
139. T. Iino K. Mori K. Tanaka K. Suzuki S. Harayama Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007 57 1840 1845
140. M. Rogosa Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 1971 21 234 237
141. T. Ezaki, in Bergey's Manual of Systematic Bacteriology: Volume 3: The Firmicutes., ed., P. De Vos, Garrity, Jones, N. R. Krieg, W. Ludwig, F. A. Rainey, K.-H. Schleifer, and, W. B. Whitman, 2009
142. S. Spring A. Lapidus M. Schroder D. Gleim D. Sims L. Meincke T. Glavina Del Rio H. Tice A. Copeland J. F. Cheng S. Lucas F. Chen M. Nolan D. Bruce L. Goodwin S. Pitluck N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries P. Chain E. Saunders T. Brettin J. C. Detter M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk C. Han Stand. Genomic Sci. 2009 1 242 253
143. S. H. Kim C. Harzman J. K. Davis R. Hutcheson J. B. Broderick T. L. Marsh J. M. Tiedje BMC Microbiol. 2012 12 21
144. T. Madsen D. Licht Appl. Environ. Microbiol. 1992 58 2874 2878
145. A. Suyama R. Iwakiri K. Kai T. Tokunaga N. Sera K. Furukawa Biosci., Biotechnol., Biochem. 2001 65 1474 1481
146. C. Han R. Mwirichia O. Chertkov B. Held A. Lapidus M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng R. Tapia L. Goodwin S. Pitluck M. Huntemann K. Liolios N. Ivanova I. Pagani K. Mavromatis G. Ovchinikova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser E. M. Brambilla M. Rohde S. Spring J. Sikorski M. Goker T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk J. C. Detter Stand. Genomic Sci. 2011 4 371 380
147. J. E. Becker R. E. Moore B. S. Moore Gene 2004 325 35 42
148. S. E. Blumer-Schuette I. Ozdemir D. Mistry S. Lucas A. Lapidus J. F. Cheng L. A. Goodwin S. Pitluck M. L. Land L. J. Hauser T. Woyke N. Mikhailova A. Pati N. C. Kyrpides N. Ivanova J. C. Detter K. Walston-Davenport S. Han M. W. Adams R. M. Kelly J. Bacteriol. 2011 193 1483 1484
149. N. M. Mesbah D. B. Hedrick A. D. Peacock M. Rohde J. Wiegel Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007 57 2507 2512
150. H. Marchandin C. Teyssier J. Campos H. Jean-Pierre F. Roger B. Gay J. P. Carlier E. Jumas-Bilak Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010 60 1271 1279
151. T. Goto A. Yamashita H. Hirakawa M. Matsutani K. Todo K. Ohshima H. Toh K. Miyamoto S. Kuhara M. Hattori T. Shimizu S. Akimoto DNA Res. 2008 15 39 47
152. K. Ueda A. Yamashita J. Ishikawa M. Shimada T. O. Watsuji K. Morimura H. Ikeda M. Hattori T. Beppu Nucleic Acids Res. 2004 32 4937 4944
153. O. D. Djao X. Zhang S. Lucas A. Lapidus T. G. Del Rio M. Nolan H. Tice J. F. Cheng C. Han R. Tapia L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova G. Ovchinnikova A. Pati E. Brambilla A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries M. Rohde J. Sikorski S. Spring M. Goker J. C. Detter T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2010 3 268 275
154. W. J. Kelly S. C. Leahy E. Altermann C. J. Yeoman J. C. Dunne Z. Kong D. M. Pacheco D. Li S. J. Noel C. D. Moon A. L. Cookson G. T. Attwood PLoS One 2010 5 e11942
155. Y. Katano S. Fujinami A. Kawakoshi H. Nakazawa S. Oji T. Iino A. Oguchi A. Ankai S. Fukui Y. Terui S. Kamata T. Harada S. Tanikawa K. Suzuki N. Fujita Stand. Genomic Sci. 2012 6 406 414
156. P. Junier T. Junier S. Podell D. R. Sims J. C. Detter A. Lykidis C. S. Han N. S. Wigginton T. Gaasterland R. Bernier-Latmani Environ. Microbiol. 2010 12 2738 2754
157. D. Chivian E. L. Brodie E. J. Alm D. E. Culley P. S. Dehal T. Z. DeSantis T. M. Gihring A. Lapidus L. H. Lin S. R. Lowry D. P. Moser P. M. Richardson G. Southam G. Wanger L. M. Pratt G. L. Andersen T. C. Hazen F. J. Brockman A. P. Arkin T. C. Onstott Science 2008 322 275 278
158. H. Nonaka G. Keresztes Y. Shinoda Y. Ikenaga M. Abe K. Naito K. Inatomi K. Furukawa M. Inui H. Yukawa J. Bacteriol. 2006 188 2262 2274
159. T. Kosaka S. Kato T. Shimoyama S. Ishii T. Abe K. Watanabe Genome Res. 2008 18 442 448
160. K. G. Byrne-Bailey K. C. Wrighton R. A. Melnyk P. Agbo T. C. Hazen J. D. Coates J. Bacteriol. 2010 192 4078 4079
161. C. L. Hemme M. W. Fields Q. He Y. Deng L. Lin Q. Tu H. Mouttaki A. Zhou X. Feng Z. Zuo B. D. Ramsay Z. He L. Wu J. Van Nostrand J. Xu Y. J. Tang J. Wiegel T. J. Phelps J. Zhou Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 7998 8008
162. Q. Bao Y. Tian W. Li Z. Xu Z. Xuan S. Hu W. Dong J. Yang Y. Chen Y. Xue Y. Xu X. Lai L. Huang X. Dong Y. Ma L. Ling H. Tan R. Chen J. Wang J. Yu H. Yang Genome Res. 2002 12 689 700
163. I. A. Kataeva S. J. Yang P. Dam F. L. Poole, 2nd Y. Yin F. Zhou W. C. Chou Y. Xu L. Goodwin D. R. Sims J. C. Detter L. J. Hauser J. Westpheling M. W. Adams J. Bacteriol. 2009 191 3760 3761
164. H. J. van de Werken M. R. Verhaart A. L. VanFossen K. Willquist D. L. Lewis J. D. Nichols H. P. Goorissen E. F. Mongodin K. E. Nelson E. W. van Niel A. J. Stams D. E. Ward W. M. de Vos J. van der Oost R. M. Kelly S. W. Kengen Appl. Environ. Microbiol. 2008 74 6720 6729
165. J. G. Elkins A. Lochner S. D. Hamilton-Brehm K. W. Davenport M. Podar S. D. Brown M. L. Land L. J. Hauser D. M. Klingeman B. Raman L. A. Goodwin R. Tapia L. J. Meincke J. C. Detter D. C. Bruce C. S. Han A. V. Palumbo R. W. Cottingham M. Keller D. E. Graham J. Bacteriol. 2010 192 6099 6100
166. E. Pierce G. Xie R. D. Barabote E. Saunders C. S. Han J. C. Detter P. Richardson T. S. Brettin A. Das L. G. Ljungdahl S. W. Ragsdale Environ. Microbiol. 2008 10 2550 2573
167. M. Wu Q. Ren A. S. Durkin S. C. Daugherty L. M. Brinkac R. J. Dodson R. Madupu S. A. Sullivan J. F. Kolonay D. H. Haft W. C. Nelson L. J. Tallon K. M. Jones L. E. Ulrich J. M. Gonzalez I. B. Zhulin F. T. Robb J. A. Eisen PLoS Genet. 2005 1 e65
168. S. Pitluck M. Yasawong C. Munk M. Nolan A. Lapidus S. Lucas T. Glavina Del Rio H. Tice J. F. Cheng D. Bruce C. Detter R. Tapia C. Han L. Goodwin K. Liolios N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries M. Rohde S. Spring J. Sikorski M. Goker T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2010 3 108 116
169. J. Sikorski H. Teshima M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng S. Pitluck K. Liolios I. Pagani N. Ivanova M. Huntemann K. Mavromatis G. Ovchinikova A. Pati R. Tapia C. Han L. Goodwin A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser O. D. Ngatchou-Djao M. Rohde R. Pukall S. Spring B. Abt M. Goker J. C. Detter T. Woyke J. Bristow V. Markowitz P. Hugenholtz J. A. Eisen N. C. Kyrpides H. P. Klenk A. Lapidus Stand. Genomic Sci. 2011 4 331 341
170. B. Zhao N. M. Mesbah E. Dalin L. Goodwin M. Nolan S. Pitluck O. Chertkov T. S. Brettin J. Han F. W. Larimer M. L. Land L. Hauser N. Kyrpides J. Wiegel J. Bacteriol. 2011 193 4023 4024
171. S. D. Brown M. B. Begemann M. R. Mormile J. D. Wall C. S. Han L. A. Goodwin S. Pitluck M. L. Land L. J. Hauser D. A. Elias J. Bacteriol. 2011 193 3682 3683
172. N. Ivanova J. Sikorski O. Chertkov M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng R. Tapia C. Han L. Goodwin S. Pitluck M. Huntemann K. Liolios I. Pagani K. Mavromatis G. Ovchinikova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser E. M. Brambilla K. P. Kannan M. Rohde B. J. Tindall M. Goker J. C. Detter T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk A. Lapidus Stand. Genomic Sci. 2011 4 312 321
173. K. Mavromatis N. Ivanova I. Anderson A. Lykidis S. D. Hooper H. Sun V. Kunin A. Lapidus P. Hugenholtz B. Patel N. C. Kyrpides PLoS One 2009 4 e4192
174. J. Sikorski A. Lapidus O. Chertkov S. Lucas A. Copeland T. Glavina Del Rio M. Nolan H. Tice J. F. Cheng C. Han E. Brambilla S. Pitluck K. Liolios N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova A. Pati D. Bruce C. Detter R. Tapia L. Goodwin A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries M. Rohde M. Goker S. Spring T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2010 3 57 65
175. Y. J. Chang R. Pukall E. Saunders A. Lapidus A. Copeland M. Nolan T. Glavina Del Rio S. Lucas F. Chen H. Tice J. F. Cheng C. Han J. C. Detter D. Bruce L. Goodwin S. Pitluck N. Mikhailova K. Liolios A. Pati N. Ivanova K. Mavromatis A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser C. D. Jeffries T. Brettin M. Rohde M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2010 3 1 14
176. G. D'Auria J. C. Galan M. Rodriguez-Alcayna A. Moya F. Baquero A. Latorre J. Bacteriol. 2011 193 7008 7009
177. S. Gronow S. Welnitz A. Lapidus M. Nolan N. Ivanova T. Glavina Del Rio A. Copeland F. Chen H. Tice S. Pitluck J. F. Cheng E. Saunders T. Brettin C. Han J. C. Detter D. Bruce L. Goodwin M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries A. Pati K. Mavromatis N. Mikhailova A. Chen K. Palaniappan P. Chain M. Rohde M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk S. Lucas Stand. Genomic Sci. 2009 2 57 65
178. S. Patrick G. W. Blakely S. Houston J. Moore V. R. Abratt M. Bertalan A. M. Cerdeno-Tarraga M. A. Quail N. Corton C. Corton A. Bignell A. Barron L. Clark S. D. Bentley J. Parkhill Microbiology 2010 156 3255 3269
179. J. Xu M. K. Bjursell J. Himrod S. Deng L. K. Carmichael H. C. Chiang L. V. Hooper J. I. Gordon Science 2003 299 2074 2076
180. T. Kuwahara A. Yamashita H. Hirakawa H. Nakayama H. Toh N. Okada S. Kuhara M. Hattori T. Hayashi Y. Ohnishi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14919 14924
181. A. M. Cerdeno-Tarraga S. Patrick L. C. Crossman G. Blakely V. Abratt N. Lennard I. Poxton B. Duerden B. Harris M. A. Quail A. Barron L. Clark C. Corton J. Doggett M. T. Holden N. Larke A. Line A. Lord H. Norbertczak D. Ormond C. Price E. Rabbinowitsch J. Woodward B. Barrell J. Parkhill Science 2005 307 1463 1465
182. J. Xu M. A. Mahowald R. E. Ley C. A. Lozupone M. Hamady E. C. Martens B. Henrissat P. M. Coutinho P. Minx P. Latreille H. Cordum A. Van Brunt K. Kim R. S. Fulton L. A. Fulton S. W. Clifton R. K. Wilson R. D. Knight J. I. Gordon PLoS Biol. 2007 5 e156
183. A. Pati S. Gronow A. Zeytun A. Lapidus M. Nolan N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng R. Tapia C. Han L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios I. Pagani N. Ivanova K. Mavromatis A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries J. C. Detter E. Brambilla M. Rohde M. Goker T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk S. Lucas Stand. Genomic Sci. 2011 4 45 53
184. S. Gronow B. Held S. Lucas A. Lapidus T. G. Del Rio M. Nolan H. Tice S. Deshpande J. F. Cheng S. Pitluck K. Liolios I. Pagani N. Ivanova K. Mavromatis A. Pati R. Tapia C. Han L. Goodwin A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries E. M. Brambilla M. Rohde M. Goker J. C. Detter T. Woyke J. Bristow V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk J. A. Eisen Stand. Genomic Sci. 2011 4 191 199
185. M. Naito H. Hirakawa A. Yamashita N. Ohara M. Shoji H. Yukitake K. Nakayama H. Toh F. Yoshimura S. Kuhara M. Hattori T. Hayashi K. Nakayama DNA Res. 2008 15 215 225
186. T. Watanabe F. Maruyama T. Nozawa A. Aoki S. Okano Y. Shibata K. Oshima K. Kurokawa M. Hattori I. Nakagawa Y. Abiko J. Bacteriol. 2011 193 4259 4260
187. K. E. Nelson R. D. Fleischmann R. T. DeBoy I. T. Paulsen D. E. Fouts J. A. Eisen S. C. Daugherty R. J. Dodson A. S. Durkin M. Gwinn D. H. Haft J. F. Kolonay W. C. Nelson T. Mason L. Tallon J. Gray D. Granger H. Tettelin H. Dong J. L. Galvin M. J. Duncan F. E. Dewhirst C. M. Fraser J. Bacteriol. 2003 185 5591 5601
188. M. Goker S. Gronow A. Zeytun M. Nolan S. Lucas A. Lapidus N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng S. Pitluck K. Liolios I. Pagani N. Ivanova K. Mavromatis G. Ovchinikova A. Pati R. Tapia C. Han L. Goodwin A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser C. D. Jeffries E. M. Brambilla M. Rohde J. C. Detter T. Woyke J. Bristow V. Markowitz P. Hugenholtz J. A. Eisen N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2011 4 200 209
189. S. Gronow C. Munk A. Lapidus M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng R. Tapia C. Han L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries E. Brambilla M. Rohde M. Goker J. C. Detter T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2011 4 36 44
190. J. Purushe D. E. Fouts M. Morrison B. A. White R. I. Mackie P. M. Coutinho B. Henrissat K. E. Nelson Microb. Ecol. 2010 60 721 729
191. J. A. Eisen K. E. Nelson I. T. Paulsen J. F. Heidelberg M. Wu R. J. Dodson R. Deboy M. L. Gwinn W. C. Nelson D. H. Haft E. K. Hickey J. D. Peterson A. S. Durkin J. L. Kolonay F. Yang I. Holt L. A. Umayam T. Mason M. Brenner T. P. Shea D. Parksey W. C. Nierman T. V. Feldblyum C. L. Hansen M. B. Craven D. Radune J. Vamathevan H. Khouri O. White T. M. Gruber K. A. Ketchum J. C. Venter H. Tettelin D. A. Bryant C. M. Fraser Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 9509 9514
192. H. Okuyama Y. Orikasa T. Nishida K. Watanabe N. Morita Appl. Environ. Microbiol. 2007 73 665 670
193. U. Kaulmann C. Hertweck Angew. Chem., Int. Ed. 2002 41 1866 1869
194. D. J. Sukovich J. L. Seffernick J. E. Richman K. A. Hunt J. A. Gralnick L. P. Wackett Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 3842 3849
195. D. J. Sukovich J. L. Seffernick J. E. Richman J. A. Gralnick L. P. Wackett Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 3850 3862
196. A. W. Strittmatter H. Liesegang R. Rabus I. Decker J. Amann S. Andres A. Henne W. F. Fricke R. Martinez-Arias D. Bartels A. Goesmann L. Krause A. Puhler H. P. Klenk M. Richter M. Schuler F. O. Glockner A. Meyerdierks G. Gottschalk R. Amann Environ. Microbiol. 2009 11 1038 1055
197. M. Huntemann M. Lu M. Nolan A. Lapidus S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng R. Tapia C. Han L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios I. Pagani N. Ivanova G. Ovchinikova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser C. D. Jeffries J. C. Detter E. M. Brambilla M. Rohde S. Spring M. Goker T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk K. Mavromatis Stand. Genomic Sci. 2011 4 303 311
198. H. Sun S. Spring A. Lapidus K. Davenport T. G. Del Rio H. Tice M. Nolan A. Copeland J. F. Cheng S. Lucas R. Tapia L. Goodwin S. Pitluck N. Ivanova I. Pagani K. Mavromatis G. Ovchinnikova A. Pati A. Chen K. Palaniappan L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries J. C. Detter C. Han M. Rohde E. Brambilla M. Goker T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk M. Land Stand. Genomic Sci. 2010 3 276 284
199. H. T. Tran J. Krushkal F. M. Antommattei D. R. Lovley R. M. Weis BMC Genomics 2008 9 471
200. D. D. Wagner L. A. Hug J. K. Hatt M. A. Spitzmiller E. Padilla-Crespo K. M. Ritalahti E. A. Edwards K. T. Konstantinidis F. E. Loffler BMC Genomics 2012 13 200
201. M. Aklujkar N. D. Young D. Holmes M. Chavan C. Risso H. E. Kiss C. S. Han M. L. Land D. R. Lovley BMC Genomics 2010 11 490
202. H. Nagarajan J. E. Butler A. Klimes Y. Qiu K. Zengler J. Ward N. D. Young B. A. Methe B. O. Palsson D. R. Lovley C. L. Barrett PLoS One 2010 5 e10922
203. B. A. Methe K. E. Nelson J. A. Eisen I. T. Paulsen W. Nelson J. F. Heidelberg D. Wu M. Wu N. Ward M. J. Beanan R. J. Dodson R. Madupu L. M. Brinkac
204. J. E. Butler N. D. Young D. R. Lovley BMC Genomics 2010 11 40
205. M. J. McInerney L. Rohlin H. Mouttaki U. Kim R. S. Krupp L. Rios-Hernandez J. Sieber C. G. Struchtemeyer A. Bhattacharyya J. W. Campbell R. P. Gunsalus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 7600 7605
206. M. Goker H. Teshima A. Lapidus M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng R. Tapia C. Han L. Goodwin S. Pitluck M. Huntemann K. Liolios N. Ivanova I. Pagani K. Mavromatis G. Ovchinikova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser E. M. Brambilla M. Rohde S. Spring J. C. Detter T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2011 4 393 401
207. A. Copeland S. Spring M. Goker S. Schneider A. Lapidus T. G. Del Rio H. Tice J. F. Cheng F. Chen M. Nolan D. Bruce L. Goodwin S. Pitluck N. Ivanova K. Mavrommatis G. Ovchinnikova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. C. Jeffries L. Meincke D. Sims T. Brettin J. C. Detter C. Han P. Chain J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk S. Lucas Stand. Genomic Sci. 2009 1 29 37
208. C. B. Walker S. Stolyar D. Chivian N. Pinel J. A. Gabster P. S. Dehal Z. He Z. K. Yang H. C. Yen J. Zhou J. D. Wall T. C. Hazen A. P. Arkin D. A. Stahl Environ. Microbiol. 2009 11 2244 2252
209. H. Nakazawa A. Arakaki S. Narita-Yamada I. Yashiro K. Jinno N. Aoki A. Tsuruyama Y. Okamura S. Tanikawa N. Fujita H. Takeyama T. Matsunaga Genome Res. 2009 19 1801 1808
210. J. F. Heidelberg R. Seshadri S. A. Haveman C. L. Hemme I. T. Paulsen J. F. Kolonay J. A. Eisen N. Ward B. Methe L. M. Brinkac S. C. Daugherty R. T. Deboy R. J. Dodson A. S. Durkin R. Madupu W. C. Nelson S. A. Sullivan D. Fouts D. H. Haft J. Selengut J. D. Peterson T. M. Davidsen N. Zafar L. Zhou D. Radune G. Dimitrov M. Hance K. Tran H. Khouri J. Gill T. R. Utterback T. V. Feldblyum J. D. Wall G. Voordouw C. M. Fraser Nat. Biotechnol. 2004 22 554 559
211. L. J. Hauser M. L. Land S. D. Brown F. Larimer K. L. Keller B. J. Rapp-Giles M. N. Price M. Lin D. C. Bruce J. C. Detter R. Tapia C. S. Han L. A. Goodwin J. F. Cheng S. Pitluck A. Copeland S. Lucas M. Nolan A. L. Lapidus A. V. Palumbo J. D. Wall J. Bacteriol. 2011 193 4268 4269
212. S. Spring M. Nolan A. Lapidus T. Glavina Del Rio A. Copeland H. Tice J. F. Cheng S. Lucas M. Land F. Chen D. Bruce L. Goodwin S. Pitluck N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova A. Pati A. Chen K. Palaniappan L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries C. Munk H. Kiss P. Chain C. Han T. Brettin J. C. Detter E. Schuler M. Goker M. Rohde J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2010 2 38 48
213. A. V. Callaghan B. E. Morris I. A. Pereira M. J. McInerney R. N. Austin J. T. Groves J. J. Kukor J. M. Suflita L. Y. Young G. J. Zylstra B. Wawrik Environ. Microbiol. 2012 14 101 113
214. I. Pagani A. Lapidus M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng O. Chertkov K. Davenport R. Tapia C. Han L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios K. Mavromatis N. Ivanova N. Mikhailova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries J. C. Detter E. Brambilla K. P. Kannan O. D. Djao M. Rohde R. Pukall S. Spring M. Goker J. Sikorski T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2011 4 100 110
215. R. Rabus A. Ruepp T. Frickey T. Rattei B. Fartmann M. Stark M. Bauer A. Zibat T. Lombardot I. Becker J. Amann K. Gellner H. Teeling W. D. Leuschner F. O. Glockner A. N. Lupas R. Amann H. P. Klenk Environ. Microbiol. 2004 6 887 902
216. B. J. Campbell J. L. Smith T. E. Hanson M. G. Klotz L. Y. Stein C. K. Lee D. Wu J. M. Robinson H. M. Khouri J. A. Eisen S. C. Cary PLoS Genet. 2009 5 e1000362
217. G. S. Myers D. Parker K. Al-Hasani R. M. Kennan T. Seemann Q. Ren J. H. Badger J. D. Selengut R. T. Deboy H. Tettelin J. D. Boyce V. P. McCarl X. Han W. C. Nelson R. Madupu Y. Mohamoud T. Holley N. Fedorova H. Khouri S. P. Bottomley R. J. Whittington B. Adler J. G. Songer J. I. Rood I. T. Paulsen Nat. Biotechnol. 2007 25 569 575
218. D. R. Lovley D. E. Holmes K. P. Nevin Adv. Microb. Physiol. 2004 49 219 286
219. D. R. Lovley T. Ueki T. Zhang N. S. Malvankar P. M. Shrestha K. A. Flanagan M. Aklujkar J. E. Butler L. Giloteaux A. E. Rotaru D. E. Holmes A. E. Franks R. Orellana C. Risso K. P. Nevin Adv. Microb. Physiol. 2011 59 1 100
220. S. J. Waddell G. A. Chung K. J. Gibson M. J. Everett D. E. Minnikin G. S. Besra P. D. Butcher Lett. Appl. Microbiol. 2005 40 201 206
221. P. Saxena G. Yadav D. Mohanty R. S. Gokhale J. Biol. Chem. 2003 278 44780 44790
222. C. M. Sassetti D. H. Boyd E. J. Rubin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 12712 12717
223. M. G. Muller L. S. Forsberg D. H. Keating J. Bacteriol. 2009 191 6988 7000
224. J. Cuccui A. Easton K. K. Chu G. J. Bancroft P. C. Oyston R. W. Titball B. W. Wren Infect. Immun. 2007 75 1186 1195
225. D. E. Holmes R. A. O'Neil M. A. Chavan L. A. N'Guessan H. A. Vrionis L. A. Perpetua M. J. Larrahondo R. DiDonato A. Liu D. R. Lovley ISME J. 2009 3 216 230
226. S. J. Oude Elferink W. M. Akkermans-van Vliet J. J. Bogte A. J. Stams Int. J. Syst. Bacteriol. 1999 49 Pt 2 345 350
227. T. Sakaguchi A. Arakaki T. Matsunaga Int. J. Sys. Evol. Microbiol. 2002 52 215 221
228. D. R. Lovley E. J. Phillips Appl. Environ. Microbiol. 1992 58 850 856
229. W. P. Iverson Nature 1968 217 1265 1267
230. A. Dhillon A. Teske J. Dillon D. A. Stahl M. L. Sogin Appl. Environ. Microbiol. 2003 69 2765 2772
231. H. Shindou D. Hishikawa T. Harayama K. Yuki T. Shimizu J. Lipid Res. 2009 50 S46 51
232. M. Ventura S. O'Flaherty M. J. Claesson F. Turroni T. R. Klaenhammer D. van Sinderen P. W. O'Toole Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 61 71
233. M. O'Connell Motherway A. Zomer S. C. Leahy J. Reunanen F. Bottacini M. J. Claesson F. O'Brien K. Flynn P. G. Casey J. A. Munoz B. Kearney A. M. Houston C. O'Mahony D. G. Higgins F. Shanahan A. Palva W. M. de Vos G. F. Fitzgerald M. Ventura P. W. O'Toole D. van Sinderen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 11217 11222
234. L. Gorissen K. Raes S. Weckx D. Dannenberger F. Leroy L. De Vuyst S. De Smet Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010 87 2257 2266
235. E. Brzuszkiewicz J. Weiner A. Wollherr A. Thurmer J. Hupeden H. B. Lomholt M. Kilian G. Gottschalk R. Daniel H. J. Mollenkopf T. F. Meyer H. Bruggemann PLoS One 2011 6 e21581
236. H. B. Lomholt M. Kilian PLoS One 2010 5 e12277
237. D. Zhurina A. Zomer M. Gleinser V. F. Brancaccio M. Auchter M. S. Waidmann C. Westermann D. van Sinderen C. U. Riedel J. Bacteriol. 2011 193 301 302
238. F. Turroni F. Bottacini E. Foroni I. Mulder J. H. Kim A. Zomer B. Sanchez A. Bidossi A. Ferrarini V. Giubellini M. Delledonne B. Henrissat P. Coutinho M. Oggioni G. F. Fitzgerald D. Mills A. Margolles D. Kelly D. van Sinderen M. Ventura Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 19514 19519
239. S. Fukuda H. Toh K. Hase K. Oshima Y. Nakanishi K. Yoshimura T. Tobe J. M. Clarke D. L. Topping T. Suzuki T. D. Taylor K. Itoh J. Kikuchi H. Morita M. Hattori H. Ohno Nature 2011 469 543 547
240. C. Chervaux C. Grimaldi A. Bolotin B. Quinquis S. Legrain-Raspaud J. E. van Hylckama Vlieg G. Denariaz T. Smokvina J. Bacteriol. 193 5560 5561
241. M. A. Schell M. Karmirantzou B. Snel D. Vilanova B. Berger G. Pessi M. C. Zwahlen F. Desiere P. Bork M. Delley R. D. Pridmore F. Arigoni Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 14422 14427
242. J. H. Lee V. N. Karamychev S. A. Kozyavkin D. Mills A. R. Pavlov N. V. Pavlova N. N. Polouchine P. M. Richardson V. V. Shakhova A. I. Slesarev B. Weimer D. J. O'Sullivan BMC Genomics 2008 9 247
243. D. A. Sela J. Chapman A. Adeuya J. H. Kim F. Chen T. R. Whitehead A. Lapidus D. S. Rokhsar C. B. Lebrilla J. B. German N. P. Price P. M. Richardson D. A. Mills Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18964 18969
244. Y. X. Wei Z. Y. Zhang C. Liu Y. Z. Zhu Y. Q. Zhu H. Zheng G. P. Zhao S. Wang X. K. Guo J. Bacteriol. 2010 192 4076 4077
245. Y. Hao D. Huang H. Guo M. Xiao H. An L. Zhao F. Zuo B. Zhang S. Hu S. Song S. Chen F. Ren J. Bacteriol. 2011 193 787 788
246. J. S. Ham T. Lee M. J. Byun K. T. Lee M. K. Kim G. S. Han S. G. Jeong M. H. Oh D. H. Kim H. Kim J. Bacteriol. 2011 193 5044
247. J. F. Kim H. Jeong D. S. Yu S. H. Choi C. G. Hur M. S. Park S. H. Yoon D. W. Kim G. E. Ji H. S. Park T. K. Oh J. Bacteriol. 2009 191 678 679
248. R. Barrangou E. P. Briczinski L. L. Traeger J. R. Loquasto M. Richards P. Horvath A. C. Coute-Monvoisin G. Leyer S. Rendulic J. L. Steele J. R. Broadbent T. Oberg E. G. Dudley S. Schuster D. A. Romero R. F. Roberts J. Bacteriol. 2009 191 4144 4151
249. M. Ventura F. Turroni A. Zomer E. Foroni V. Giubellini F. Bottacini C. Canchaya M. J. Claesson F. He M. Mantzourani L. Mulas A. Ferrarini B. Gao M. Delledonne B. Henrissat P. Coutinho M. Oggioni R. S. Gupta Z. Zhang D. Beighton G. F. Fitzgerald P. W. O'Toole D. van Sinderen PLoS Genet. 2009 5 e1000785
250. C. Garrigues E. Johansen M. B. Pedersen J. Bacteriol. 2010 192 2467 2468
251. Z. Sun X. Chen J. Wang P. Gao Z. Zhou Y. Ren T. Sun L. Wang H. Meng W. Chen H. Zhang J. Bacteriol. 2010 192 4080 4081
252. F. Bottacini F. Dal Bello F. Turroni C. Milani S. Duranti E. Foroni A. Viappiani F. Strati D. Mora D. van Sinderen M. Ventura J. Bacteriol. 2011 193 6387 6388
253. J. R. Loquasto R. Barrangou E. G. Dudley R. F. Roberts J. Dairy Sci. 2011 94 5864 5870
254. H. Bruggemann A. Henne F. Hoster H. Liesegang A. Wiezer A. Strittmatter S. Hujer P. Durre G. Gottschalk Science 2004 305 671 673
255. H. Falentin S. M. Deutsch G. Jan V. Loux A. Thierry S. Parayre M. B. Maillard J. Dherbecourt F. J. Cousin J. Jardin P. Siguier A. Couloux V. Barbe B. Vacherie P. Wincker J. F. Gibrat C. Gaillardin S. Lortal PLoS One 2010 5 e11748
256. A. Voros B. Horvath J. Hunyadkurti A. McDowell E. Barnard S. Patrick I. Nagy J. Bacteriol. 2012 194 1621 1622
257. J. Hunyadkurti Z. Feltoti B. Horvath M. Nagymihaly A. Voros A. McDowell S. Patrick E. Urban I. Nagy J. Bacteriol. 2011 193 4561 4562
258. B. Horvath J. Hunyadkurti A. Voros C. Fekete E. Urban L. Kemeny I. Nagy J. Bacteriol. 2012 194 202 203
259. R. Pukall A. Lapidus M. Nolan A. Copeland T. Glavina Del Rio S. Lucas F. Chen H. Tice J. F. Cheng O. Chertkov D. Bruce L. Goodwin C. Kuske T. Brettin J. C. Detter C. Han S. Pitluck A. Pati K. Mavrommatis N. Ivanova G. Ovchinnikova A. Chen K. Palaniappan S. Schneider M. Rohde P. Chain P. D'Haeseleer M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz N. C. Kyrpides H. P. Klenk P. Hugenholtz Stand. Genomic Sci. 2009 1 234 241
260. E. Saunders R. Pukall B. Abt A. Lapidus T. Glavina Del Rio A. Copeland H. Tice J. F. Cheng S. Lucas F. Chen M. Nolan D. Bruce L. Goodwin S. Pitluck N. Ivanova K. Mavromatis G. Ovchinnikova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries P. Chain L. Meincke D. Sims T. Brettin J. C. Detter M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk C. Han Stand. Genomic Sci. 2009 1 174 182
261. K. Mavrommatis R. Pukall C. Rohde F. Chen D. Sims T. Brettin C. Kuske J. C. Detter C. Han A. Lapidus A. Copeland T. Glavina Del Rio M. Nolan S. Lucas H. Tice J. F. Cheng D. Bruce L. Goodwin S. Pitluck G. Ovchinnikova A. Pati N. Ivanova A. Chen K. Palaniappan P. Chain P. D'Haeseleer M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz M. Rohde H. P. Klenk N. C. Kyrpides Stand. Genomic Sci. 2009 1 93 100
262. A. Copeland J. Sikorski A. Lapidus M. Nolan T. G. Del Rio S. Lucas F. Chen H. Tice S. Pitluck J. F. Cheng R. Pukall O. Chertkov T. Brettin C. Han J. C. Detter C. Kuske D. Bruce L. Goodwin N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova A. Chen K. Palaniappan P. Chain M. Rohde M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk J. C. Detter Stand. Genomic Sci. 2009 1 166 173
263. M. Goker B. Held S. Lucas M. Nolan M. Yasawong T. Glavina Del Rio H. Tice J. F. Cheng D. Bruce J. C. Detter R. Tapia C. Han L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries M. Rohde J. Sikorski R. Pukall T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk A. Lapidus Stand. Genomic Sci. 2010 3 76 84
264. A. D. Frock J. S. Notey R. M. Kelly Environ. Technol. 2010 31 1169 1181
265. O. Zhaxybayeva K. S. Swithers P. Lapierre G. P. Fournier D. M. Bickhart R. T. DeBoy K. E. Nelson C. L. Nesbo W. F. Doolittle J. P. Gogarten K. M. Noll Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 5865 5870
266. E. A. Bonch-Osmolovskaya M. L. Miroshnichenko A. V. Lebedinsky N. A. Chernyh T. N. Nazina V. S. Ivoilov S. S. Belyaev E. S. Boulygina Y. P. Lysov A. N. Perov A. D. Mirzabekov H. Hippe E. Stackebrandt S. L'Haridon C. Jeanthon Appl. Environ. Microbiol. 2003 69 6143 6151
267. H. Dahle F. Garshol M. Madsen N. K. Birkeland Antonie van Leeuwenhoek 2008 93 37 49
268. K. S. Swithers J. L. DiPippo D. C. Bruce C. Detter R. Tapia S. Han E. Saunders L. A. Goodwin J. Han T. Woyke S. Pitluck L. Pennacchio M. Nolan N. Mikhailova A. Lykidis M. L. Land T. Brettin K. O. Stetter K. E. Nelson J. P. Gogarten K. M. Noll J. Bacteriol. 2011 193 5869 5870
269. A. D. Frock S. R. Gray R. M. Kelly Appl. Environ. Microbiol. 2012 78 1978 1986
270. K. E. Nelson J. A. Eisen C. M. Fraser Methods Enzymol. 2001 330 169 180
271. C. L. Nesbo E. Bapteste B. Curtis H. Dahle P. Lopez D. Macleod M. Dlutek S. Bowman O. Zhaxybayeva N. K. Birkeland W. F. Doolittle J. Bacteriol. 2009 191 1974 1978
272. A. Caro-Quintero K. M. Ritalahti K. D. Cusick F. E. Loffler K. T. Konstantinidis mBio 2012 3 10.1128/mBio.00025-12
273. P. Matejkova M. Strouhal D. Smajs S. J. Norris T. Palzkill J. F. Petrosino E. Sodergren J. E. Norton J. Singh T. A. Richmond M. N. Molla T. J. Albert G. M. Weinstock BMC Microbiol. 2008 8 76
274. L. Giacani B. M. Jeffrey B. J. Molini H. T. Le S. A. Lukehart A. Centurion-Lara D. D. Rockey J. Bacteriol. 2011 192 2645 2646
275. C. Han S. Gronow H. Teshima A. Lapidus M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng A. Zeytun R. Tapia L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios I. Pagani N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova M. Huntemann A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser E. M. Brambilla M. Rohde M. Goker T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk J. C. Detter Stand. Genomic Sci. 2011 4 361 370
276. A. Z. Rosenthal E. G. Matson A. Eldar J. R. Leadbetter ISME J. 2011 5 1133 1142
277. D. Smajs M. Zobanikova M. Strouhal D. Cejkova S. Dugan-Rocha P. Pospisilova S. J. Norris T. Albert X. Qin K. Hallsworth-Pepin C. Buhay D. M. Muzny L. Chen R. A. Gibbs G. M. Weinstock PLoS One 2012 6 e20415
278. D. Cejkova M. Zobanikova L. Chen P. Pospisilova M. Strouhal X. Qin L. Mikalova S. J. Norris D. M. Muzny R. A. Gibbs L. L. Fulton E. Sodergren G. M. Weinstock D. Smajs PLoS Neglected Trop. Dis. 2012 6 e1471
279. C. M. Fraser S. J. Norris G. M. Weinstock O. White G. G. Sutton R. Dodson M. Gwinn E. K. Hickey R. Clayton K. A. Ketchum E. Sodergren J. M. Hardham M. P. McLeod S. Salzberg J. Peterson H. Khalak D. Richardson J. K. Howell M. Chidambaram T. Utterback L. McDonald P. Artiach C. Bowman M. D. Cotton C. Fujii S. Garland B. Hatch K. Horst K. Roberts M. Sandusky J. Weidman H. O. Smith J. C. Venter Science 1998 281 375 388
280. R. Seshadri G. S. Myers H. Tettelin J. A. Eisen J. F. Heidelberg R. J. Dodson T. M. Davidsen R. T. DeBoy D. E. Fouts D. H. Haft J. Selengut Q. Ren L. M. Brinkac R. Madupu J. Kolonay S. A. Durkin S. C. Daugherty J. Shetty A. Shvartsbeyn E. Gebregeorgis K. Geer G. Tsegaye J. Malek B. Ayodeji S. Shatsman M. P. McLeod D. Smajs J. K. Howell S. Pal A. Amin P. Vashisth T. Z. McNeill Q. Xiang E. Sodergren E. Baca G. M. Weinstock S. J. Norris C. M. Fraser I. T. Paulsen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 5646 5651
281. K. Mavromatis M. Yasawong O. Chertkov A. Lapidus S. Lucas M. Nolan T. G. Del Rio H. Tice J. F. Cheng S. Pitluck K. Liolios N. Ivanova R. Tapia C. Han D. Bruce L. Goodwin A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries J. C. Detter M. Rohde E. Brambilla S. Spring M. Goker J. Sikorski T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz H. P. Klenk N. C. Kyrpides Stand. Genomic. Sci. 2010 3 136 144
282. A. Angelov S. Liebl M. Ballschmiter M. Bomeke R. Lehmann H. Liesegang R. Daniel W. Liebl J. Bacteriol. 2010 192 6492 6493
283. B. Abt C. Han C. Scheuner M. Lu A. Lapidus M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng R. Tapia L. A. Goodwin S. Pitluck K. Liolios I. Pagani N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova M. Huntemann A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser E. M. Brambilla M. Rohde S. Spring S. Gronow M. Goker T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk J. C. Detter Stand. Genomic Sci. 2012 6 194 209
284. M. I. Bellgard P. Wanchanthuek T. La K. Ryan P. Moolhuijzen Z. Albertyn B. Shaban Y. Motro D. S. Dunn D. Schibeci A. Hunter R. Barrero N. D. Phillips D. J. Hampson PLoS One 2009 4 e4641
285. P. Wanchanthuek M. I. Bellgard T. La K. Ryan P. Moolhuijzen B. Chapman M. Black D. Schibeci A. Hunter R. Barrero N. D. Phillips D. J. Hampson PLoS One 2010 5 e11455
286. T. Hafstrom D. S. Jansson B. Segerman BMC Genomics 2011 12 395
287. A. Pati J. Sikorski S. Gronow C. Munk A. Lapidus A. Copeland T. Glavina Del Tio M. Nolan S. Lucas F. Chen H. Tice J. F. Cheng C. Han J. C. Detter D. Bruce R. Tapia L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries S. Spring M. Rohde M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2012 2 260 269
288. M. Wagner M. Horn Curr. Opin. Biotechnol. 2006 17 241 249
289. M. Martinez-Garcia D. M. Brazel B. K. Swan C. Arnosti P. S. Chain K. G. Reitenga G. Xie N. J. Poulton M. Lluesma Gomez D. E. Masland B. Thompson W. K. Bellows K. Ziervogel C. C. Lo S. Ahmed C. D. Gleasner C. J. Detter R. Stepanauskas PLoS One 2012 7 e35314
290. M. W. van Passel R. Kant A. Palva A. Copeland S. Lucas A. Lapidus T. Glavina del Rio S. Pitluck E. Goltsman A. Clum H. Sun J. Schmutz F. W. Larimer M. L. Land L. Hauser N. Kyrpides N. Mikhailova P. P. Richardson P. H. Janssen W. M. de Vos H. Smidt J. Bacteriol. 2010 193 2367 2368
291. O. Geissinger D. P. Herlemann E. Morschel U. G. Maier A. Brune Appl. Environ. Microbiol. 2009 75 2831 2840
292. D. P. Herlemann O. Geissinger W. Ikeda-Ohtsubo V. Kunin H. Sun A. Lapidus P. Hugenholtz A. Brune Appl. Environ. Microbiol. 2009 75 2841 2849
293. D. Hoffmann J. M. Hevel R. E. Moore B. S. Moore Gene 2003 311 171 180
294. T. B. Rounge T. Rohrlack A. J. Nederbragt T. Kristensen K. S. Jakobsen BMC Genomics 2009 10 396
295. A. Tooming-Klunderud T. Rohrlack K. Shalchian-Tabrizi T. Kristensen K. S. Jakobsen Microbiology 2007 153 1382 1393
296. T. Nishizawa A. Ueda T. Nakano A. Nishizawa T. Miura M. Asayama K. Fujii K. Harada M. Shirai J. Biochem. 2011 149 475 485
297. D. A. Goldthwait G. R. Greenberg R. A. Peabody J. Biol. Chem. 1956 221 569 577
298. A. Aiba K. Mizobuchi J. Biol. Chem. 1989 264 21239 21246
299. R. Seshadri L. Adrian D. E. Fouts J. A. Eisen A. M. Phillippy B. A. Methe N. L. Ward W. C. Nelson R. T. Deboy H. M. Khouri J. F. Kolonay R. J. Dodson S. C. Daugherty L. M. Brinkac S. A. Sullivan R. Madupu K. E. Nelson K. H. Kang M. Impraim K. Tran J. M. Robinson H. A. Forberger C. M. Fraser S. H. Zinder J. F. Heidelberg Science 2005 307 105 108
300. M. Kube A. Beck S. H. Zinder H. Kuhl R. Reinhardt L. Adrian Nat. Biotechnol. 2005 23 1269 1273
301. P. J. McMurdie S. F. Behrens J. A. Muller J. Goke K. M. Ritalahti R. Wagner E. Goltsman A. Lapidus S. Holmes F. E. Loffler A. M. Spormann PLoS Genet. 2009 5 e1000714
302. S. Siddaramappa J. F. Challacombe S. F. Delano L. D. Green H. Daligault D. Bruce C. Detter R. Tapia S. Han L. Goodwin J. Han T. Woyke S. Pitluck L. Pennacchio M. Nolan M. Land Y. J. Chang N. C. Kyrpides G. Ovchinnikova L. Hauser A. Lapidus J. Yan K. S. Bowman M. S. da Costa F. A. Rainey W. M. Moe Stand. Genomic Sci. 2012 6 251 264
303. K. H. Tang K. Barry O. Chertkov E. Dalin C. S. Han L. J. Hauser B. M. Honchak L. E. Karbach M. L. Land A. Lapidus F. W. Larimer N. Mikhailova S. Pitluck B. K. Pierson R. E. Blankenship BMC Genomics 2011 12 334
304. Y. Takaki S. Shimamura S. Nakagawa Y. Fukuhara H. Horikawa A. Ankai T. Harada A. Hosoyama A. Oguchi S. Fukui N. Fujita H. Takami K. Takai DNA Res. 2010 17 123 137
305. S. Pitluck J. Sikorski A. Zeytun A. Lapidus M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng R. Tapia C. Han L. Goodwin K. Liolios I. Pagani N. Ivanova K. Mavromatis A. Pati A. Chen K. Palaniappan L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries J. C. Detter E. Brambilla O. D. Djao M. Rohde S. Spring M. Goker T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk M. Land Stand. Genomic Sci. 2011 4 54 62
306. H. Kiss E. Lang A. Lapidus A. Copeland M. Nolan T. Glavina Del Rio F. Chen S. Lucas H. Tice J. F. Cheng C. Han L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios A. Pati N. Ivanova K. Mavromatis A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries J. C. Detter T. Brettin S. Spring M. Rohde M. Goker T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2010 2 270 279
307. A. Lapidus O. Chertkov M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J. F. Cheng R. Tapia C. Han L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios I. Pagani N. Ivanova M. Huntemann K. Mavromatis N. Mikhailova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser E. M. Brambilla M. Rohde B. Abt S. Spring M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk T. Woyke Stand. Genomic Sci. 2011 5 86 96
308. I. Rauschenbach P. Narasingarao M. M. Haggblom Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2011 61 654 658
309. I. Anderson E. Saunders A. Lapidus M. Nolan S. Lucas H. Tice T. G. D. Rio J.-F. Cheng C. Han R. Tapia L. A. Goodwin S. Pitluck K. Liolios K. Mavromatis I. Pagani N. Ivanova N. Mikhailova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser C. D. Jeffries Y.-j. Chang E.-M. Brambilla M. Rohde S. Spring M. Göker J. C. Detter T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H.-P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2012 6 155 164
310. M. Chovatia J. Sikorski M. Schroder A. Lapidus M. Nolan H. Tice T. Glavina Del Rio A. Copeland J. F. Cheng S. Lucas F. Chen D. Bruce L. Goodwin S. Pitluck N. Ivanova K. Mavromatis G. Ovchinnikova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries P. Chain E. Saunders J. C. Detter T. Brettin M. Rohde M. Goker S. Spring J. Bristow V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk J. A. Eisen Stand. Genomic Sci. 2009 1 254 261
311. O. Chertkov J. Sikorski E. Brambilla A. Lapidus A. Copeland T. Glavina Del Rio M. Nolan S. Lucas H. Tice J. F. Cheng C. Han J. C. Detter D. Bruce R. Tapia L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios N. Ivanova K. Mavromatis G. Ovchinnikova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries S. Spring M. Rohde M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2010 2 280 289
312. M. Göker E. Saunders A. Lapidus M. Nolan S. Lucas N. Hammon S. Deshpande J.-F. Cheng C. Han R. Tapia L. A. Goodwin S. Pitluck K. Liolios K. Mavromatis I. Pagani N. Ivanova N. Mikhailova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land Y.-j. Chang C. D. Jeffries E.-M. Brambilla M. Rohde S. Spring J. C. Detter T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H.-P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2012 6 230 239
313. M. W. van Passel R. Kant E. G. Zoetendal C. M. Plugge M. Derrien S. A. Malfatti P. S. Chain T. Woyke A. Palva W. M. de Vos H. Smidt PLoS One 2011 6 e16876
314. N. Ivanova S. Gronow A. Lapidus A. Copeland T. Glavina Del Rio M. Nolan S. Lucas F. Chen H. Tice J. F. Cheng E. Saunders D. Bruce L. Goodwin T. Brettin J. C. Detter C. Han S. Pitluck N. Mikhailova A. Pati K. Mavrommatis A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries P. Chain C. Rohde M. Goker J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2009 1 126 132
315. M. Harmon-Smith L. Celia O. Chertkov A. Lapidus A. Copeland T. Glavina Del Rio M. Nolan S. Lucas H. Tice J. F. Cheng C. Han J. C. Detter D. Bruce L. Goodwin S. Pitluck A. Pati K. Liolios N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries T. Brettin M. Goker B. Beck J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk F. Chen Stand. Genomic Sci. 2010 2 220 227
316. J. Sikorski O. Chertkov A. Lapidus M. Nolan S. Lucas T. G. Del Rio H. Tice J. F. Cheng R. Tapia C. Han L. Goodwin S. Pitluck K. Liolios N. Ivanova K. Mavromatis N. Mikhailova A. Pati A. Chen K. Palaniappan M. Land L. Hauser Y. J. Chang C. D. Jeffries E. Brambilla M. Yasawong M. Rohde R. Pukall S. Spring M. Goker T. Woyke J. Bristow J. A. Eisen V. Markowitz P. Hugenholtz N. C. Kyrpides H. P. Klenk Stand. Genomic Sci. 2010 3 304 314
317. V. Kapatral I. Anderson N. Ivanova G. Reznik T. Los A. Lykidis A. Bhattacharyya A. Bartman W. Gardner G. Grechkin L. Zhu O. Vasieva L. Chu Y. Kogan O. Chaga E. Goltsman A. Bernal N. Larsen M. D'Souza T. Walunas G. Pusch R. Haselkorn M. Fonstein N. Kyrpides R. Overbeek J. Bacteriol. 2002 184 2005 2018
318. G. Suen P. J. Weimer D. M. Stevenson F. O. Aylward J. Boyum J. Deneke C. Drinkwater N. N. Ivanova N. Mikhailova O. Chertkov L. A. Goodwin C. R. Currie D. Mead P. J. Brumm PLoS One 2011 6 e18814
319. K. Gounder E. Brzuszkiewicz H. Liesegang A. Wollherr R. Daniel G. Gottschalk O. Reva B. Kumwenda M. Srivastava C. Bricio J. Berenguer E. van Heerden D. Litthauer BMC Genomics 2011 12 577
320. E. Pelletier A. Kreimeyer S. Bocs Z. Rouy G. Gyapay R. Chouari D. Riviere A. Ganesan P. Daegelen A. Sghir G. N. Cohen C. Medigue J. Weissenbach D. Le Paslier J. Bacteriol. 2008 190 2572 2579
321. K. F. Ettwig M. K. Butler D. Le Paslier E. Pelletier S. Mangenot M. M. Kuypers F. Schreiber B. E. Dutilh J. Zedelius D. de Beer J. Gloerich H. J. Wessels T. van Alen F. Luesken M. L. Wu K. T. van de Pas-Schoonen H. J. Op den Camp E. M. Janssen-Megens K. J. Francoijs H. Stunnenberg J. Weissenbach M. S. Jetten M. Strous Nature 2010 464 543 548
322. P. J. Huggan D. R. Murdoch J. Infect. 2008 57 283 289
323. E. Ransom-Jones D. L. Jones A. J. McCarthy J. E. McDonald Microb. Ecol. 2012 63 267 281