NRPquest: Coupling mass spectrometry and genome mining for nonribosomal peptide discovery

Journal of Natural Products

Volumn 77, Issue 8, 2014, Pages 1902-1909

  Mohimani, Hosein ^a   Liu, Wei Ting ^b   Kersten, Roland D ^c   Moore, Bradley S ^c,d   Dorrestein, Pieter C ^b,d   Pevzner, Pavel A ^e  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^d UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^e UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE DERIVATIVE; ANTIINFECTIVE AGENT; BIOLOGICAL PRODUCT; DAPTOMYCIN; NONRIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASE; PEPTIDE; PEPTIDE SYNTHASE; VANCOMYCIN;

ALGORITHM; ARTICLE; BACTERIAL GENOME; DATA BASE; DATA MINING; GENOME ANALYSIS; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PEPTIDE ANALYSIS; BACILLUS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GENETICS; METABOLISM; PROTEOMICS; STREPTOMYCES;

ALGORITHMS; ANTI-BACTERIAL AGENTS; BACILLUS; BIOLOGICAL PRODUCTS; DAPTOMYCIN; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR STRUCTURE; PEPTIDE SYNTHASES; PEPTIDES; PROTEOMICS; STREPTOMYCES; VANCOMYCIN;

EID: 84906678559     PISSN: 01633864     EISSN: 15206025     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/np500370c     Document Type: Article

References (41)

1. Newman, D. J.; Cragg, G. M. J. Nat. Prod. 2007, 70, 461-477
2. Strieker, M.; Tanovi, A.; Marahiel, M. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 234-240
3. Arnison, P. G.; Bibb, M. J.; Bierbaum, G.; Bowers, A. A.; Bugni, T. S.; Bulaj, G.; Camarero, J. A.; Campopiano, D. J.; Challis, G. S.; Clardy, J.; Cotter, P. D.; Craik, D. J.; Dawson, M.; Dittmann, E.; Donadio, S.; Dorrestein, P. C.; Entian, K. D.; Fischbach, M. A.; Garavelli, J. S.; Gransson, U.; Gruber, C. W.; Haft, D. H.; Hemscheidt, T. K.; Hertweck, C.; Hill, C.; Horswill, A. R.; Jaspars, M.; Kelly, W. L.; Klinman, J. P.; Kuipers, O. P.; Link, A. J.; Liu, W.; Marahiel, M. A.; Mitchell, D. A.; Moll, G. L.; Moore, B. S.; Muller, R.; Nair, S. K.; Nes, I. F.; Norris, G. E.; Olivera, B. M.; Onaka, H.; Patchett, M. L.; Reaney, M. J. T.; Rebuffat, S.; Ross, R. P.; Sahl, H. G.; Schmidt, E. W.; Selsted, M. E.; Severinov, K.; Shen, B.; Sivonen, K.; Smith, L.; Stein, T.; Sussmuth, R. E.; Tagg, J. R.; Tang, G. L.; Truman, A. W.; Vederas, J. C.; Walsh, C. T.; Walton, J. D.; Wenzel, S. C.; Willey, J. M.; van der Donk, W. A. Nat. Prod. Rep. 2013, 30, 108-160
4. Sieber, S. A.; Marahiel, M. A. Chem. Rev. 2005, 105, 715-738
5. Stachelhaus, T.; Mootz, H. D.; Marahiel, M. A. Chem. Biol. 1999, 6, 493-505
6. Molinski, T. F. Curr. Opin. Biotechnol. 2010, 21, 819-826
7. Li, J. W.; Vederas, J. C. Science 2009, 325, 161-165
8. Ng, J.; Bandeira, N.; Liu, W. T.; Ghassemian, M.; Simmons, T. L.; Gerwick, W. H.; Linington, R.; Dorrestein, P. C.; Pevzner, P. A. Nat. Methods 2009, 6, 596-599
9. Leao, P. N.; Pereirab, A. R.; Liu, W. T.; Ng, J.; Pevzner, P. A.; Dorrestein, P. C.; Konig, G. M.; Teresa, M.; Vasconcelos, S. D.; Vasconcelos, V. M.; Gerwick, W. H. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 2010, 107, 11183-11188
10. Liu, W. T.; Yang, Y. L.; Xu, Y.; Lamsa, A.; Haste, N. M.; Yang, J. Y.; Ng, J.; Gonzalez, D.; Ellermeier, C. D.; Straight, P. D.; Pevzner, P. A.; Pogliano, J.; Nizet, V.; Pogliano, K.; Dorrestein, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 16286-16290
11. Mevers, E.; Liu, W. T.; Engene, N.; Mohimani, H.; Byrum, T.; Pevzner, P. A.; Dorrestein, P. C.; Spadafora, C.; Gerwick, W. H. J. Nat. Prod. 2011, 74, 928-936
12. Watrous, J.; Roach, P.; Alexandrov, T.; Heath, B.; Yang, J.; Kersten, R.; van der Voort, M.; Pogliano, K.; Gross, H.; Raaijmakers, J.; Moore, B.; Laskin, J.; Bandeira, N.; Dorrestein, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, E1743-1752
13. Mohimani, H.; Liu, W. T.; Liang, Y.; Gaudenico, S.; Fenical, W.; Dorrestein, P. C.; Pevzner, P. J. Comput. Biol. 2011, 18, 1371-1381
14. Mohimani, H.; Liang, Y.; Liu, W. T.; Hsieh, P. W.; Dorrestein, P. C.; Pevzner, P. J. Proteomics 2011, 11, 3642-3650
15. Caboche, S.; Pupin, M.; LeclÃ̈re, V.; Fontaine, A.; Jacques, P.; Kucherov, G. Nucleic Acids Res. 2008, 36, D326-D331
16. Ibrahim, A.; Yang, L.; Johnston, C.; Liu, X.; Ma, B.; Magarveya, N. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 19196-19201
17. Kersten, R.; Yang, Y.; Cimermancic, P.; Nam, S.; Fenical, W.; Fischbach, M.; Moore, B.; Dorrestein, P. C. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 794-802
18. Rausch, C.; Weber, T.; Kohlbacher, O.; Wohlleben, W.; Huson, D. H. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 5799-4808
19. Starcevic, A.; Zucko, J.; Simunkovic, J.; Long, P. F.; Cullum, J.; Hranueli, D. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 6882-6892
20. Li, M. H.; Ung, P. M.; Zajkowski, J.; Garneau-Tsodikova, S.; Sherman, D. H. Nucleic Acids Res. 2009, 10, 185
21. Medema, M. H.; Blin, K.; Cimermancic, P.; Jager, V.; Zakrzewski, P.; Fischbach, M. A.; Weber, T.; Takan, E.; Breitling, R. Nucleic Acids Res. 2011, 39, W339-W346
22. Rottig, M.; Medema, M. H.; Blin, K.; Weber, T.; Rausch, C.; Kohlbacher, O. Nucleic Acids Res. 2011, 39, W332-W367
23. Tsur, D.; Tanner, S.; Zandi, E.; Bafna, V.; Pevzner, P. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1562-1567
24. Na, S.; Bandeira, N.; Paek, E. Mol. Cell Proteomics 2012, 11, M111, DOI: 10.1074/mcp.M111.010199.
25. Dancik, V.; Addona, T. A.; Clauser, K. R.; Vath, J. E.; Pevzner, P. A. J. Comput. Biol. 1999, 6, 327-342
26. Mohimani, H.; Liu, W. T.; Mylne, J. S.; Poth, A. G.; Colgrave, M. L.; Tran, D.; Selsted, M. E.; Dorrestein, P. C.; Pevzner, P. J. Proteome Res. 2011, 10, 4505-4512
27. Gupta, N.; Bandeira, N.; Keich, U.; Pevzner, P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1111-1120
28. Mohimani, H.; Kim, S.; Pevzner, P. A. J. Proteome Res. 2013, 12, 1560-1568
29. Bandeira, N.; Tsur, D.; Frank, A.; Pevzner, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 6140-6145
30. Pevzner, P.; Dancik, V.; Tang, C. J. Comput. Biol. 2000, 7, 777-787
31. Tang, X.; Thibault, P.; Boyd, R. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1992, 122, 153-179
32. Debono, M.; Barnhart, M.; Carrell, C. B.; Hoffmann, J. A.; Occolowitz, J. L.; Abbott, B. J.; Fukuda, D. S.; Hamill, R. L.; Biemann, K.; Herlihy, W. C. J. Antibiot. 1987, 40, 761-777
33. Holtzel, A.; Schmid, D. G.; Nicholson, G. J.; Stevanovic, S.; Schimana, J.; Gebhardt, K.; Fiedler, H. P.; Jung, G. J. Antibiot. 2002, 55, 571-577
34. Arima, K.; Kakinuma, A.; Tamura, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1968, 31, 488-494
35. Umezawa, H.; Aoyagi, T.; Nishikiori, T.; Okuyama, A.; Yamagishi, Y.; Hamada, M.; Takeuchi, T. J. Antibiot. 1986, 39, 737-744
36. de Crecy-Lagard, V.; Saurin, W.; Thibaut, D.; Gil, P.; Naudin, L.; Crouzet, J.; Blanc, V. Antimicrob. Agents Chemother. 1997, 41, 1904-1909
37. Mootz, H. D.; Marahiel, M. A. J. Bacteriol. 1997, 197, 6843-6850
38. Roskoski, R.; Gevers, W.; Kleinkauf, H.; Lipmann, F. Biochemistry 1970, 9, 4839-4845
39. Smith, P. A.; Romesberg, F. E. Antimicrob. Agents Chemother. 2012, 56, 5054-5060
40. Mohimani, H.; Kersten, R.; Liu, W. T.; Wang, M.; Purvine, S. O.; Wu, S.; Brewer, H. M.; Pasa-Tolic, L.; Moore, B. S.; Pevzner, P. A.; Dorrestein, P. C. ACS Chem. Biol. 2014, 9, 1545-1551
41. Actinomycetales group database, Broad Institute of Harvard and MIT. http://www.broadinstitute.org/.