Update 1 of: Proteases universally recognize beta strands in their active sites

Chemical Reviews

Volumn 110, Issue 6, 2010, Pages PR1-PR31

  Madala, Praveen K ^a   Tyndall, Joel D A ^a,b   Nall, Tessa ^a   Fairlie, David P ^a  

^a UNIVERSITY OF QUEENSLAND   (Australia)

^b UNIVERSITY OF OTAGO   (New Zealand)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASPARTIC PROTEINASE; CYSTEINE PROTEINASE; METALLOPROTEINASE; PEPTIDE HYDROLASE; PROTEINASE INHIBITOR; SERINE PROTEINASE;

CHEMISTRY; ENZYME ACTIVE SITE; METABOLISM; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; REVIEW;

ASPARTIC ACID PROTEASES; CATALYTIC DOMAIN; CYSTEINE PROTEASES; METALLOPROTEASES; PEPTIDE HYDROLASES; PROTEASE INHIBITORS; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SERINE PROTEASES;

EID: 79957944066     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr900368a     Document Type: Article

References (233)

1. Yousef, G. M.; Kopolovic, A. D.; Elliott, M. B.; Diamandis, E. P. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 305, 28.
2. Puente, X. S.; Sanchez, L. M.; Overall, C. M.; Lopez-Otin, C. Nat. ReV. Genet. 2003, 4, 544.
3. Rawlings, N. D.; O'Brien, E.; Barrett, A. J. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 343.
4. Hubbard, T.; Barker, D.; Birney, E.; Cameron, G.; Chen, Y.; Clark, L.; Cox, T.; Cuff, J.; Curwen, V.; Down, T.; Durbin, R.; Eyras, E.; Gilbert, J.; Hammond, M.; Huminiecki, L.; Kasprzyk, A.; Lehvaslaiho, H.; Lijnzaad, P.; Melsopp, C.; Mongin, E.; Pettett, R.; Pocock, M.; Potter, S.; Rust, A.; Schmidt, E.; Searle, S.; Slater, G.; Smith, J.; Spooner, W.; Stabenau, A.; Stalker, J.; Stupka, E.; Ureta- Vidal, A.; Vastrik, I.; Clamp, M. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 38.
5. Mulder, N. J.; Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Barrell, D.; Bateman, A.; Binns, D.; Biswas, M.; Bradley, P.; Bork, P.; Bucher, P.; Copley, R. R.; Courcelle, E.; Das, U.; Durbin, R.; Falquet, L.; Fleischmann, W.; Griffiths-Jones, S.; Haft, D.; Harte, N.; Hulo, N.; Kahn, D.; Kanapin, A.; Krestyaninova, M.; Lopez, R.; Letunic, I.; Lonsdale, D.; Silventoinen, V.; Orchard, S. E.; Pagni, M.; Peyruc, D.; Ponting, C. P.; Selengut, J. D.; Servant, F.; Sigrist, C. J.; Vaughan, R.; Zdobnov, E. M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 315.
6. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R. R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C. Science 2001, 291, 1304.
7. Abbenante, G.; Fairlie, D. P. Med. Chem. 2005, 1, 71-104.
8. Bernstein, P. R.; Edwards, P. D.; Williams, J. C. Prog. Med. Chem. 1994, 31, 59.
9. Tanaka, R. D.; Clark, J. M.; Warne, R. L.; Abraham, W. M.; Moore, W. R. Int. Arch. Allergy Immunol. 1995, 107, 408.
10. Hugli, T. E. Trends Biotechnol. 1996, 14, 409.
11. Fath, M. A.; Wu, X.; Hileman, R. E.; Linhardt, R. J.; Kashem, M. A.; Nelson, R. M.; Wright, C. D.; Abraham, W. M. J. Biol. Chem. 1998, 273, 13563.
12. Stubbs, M. T.; Bode, W. Thromb. Res. 1993, 69, 1.
13. Kim, T. W.; Pettingell, W. H.; Jung, Y. K.; Kovacs, D. M.; Tanzi, R. E. Science 1997, 277, 373.
14. Selkoe, D. J. Science 1997, 275, 630.
15. Maliar, T.; Balaz, S.; Tandlich, R.; Sturdik, E. Acta Virol. 2002, 46, 131.
16. Tong, L. Chem. ReV. 2002, 102, 4609.
17. Shuker, S. B.; Mariani, V. L.; Herger, B. E.; Dennison, K. J. Chem. Biol. 2003, 10, 373.
18. Dunn, B. M.; Goodenow, M. M.; Gustchina, A.; Wlodawer, A. Genome Biol. 2002, 3, REVIEWS3006.
19. Anand, K.; Ziebuhr, J.; Wadhwani, P.; Mesters, J. R.; Hilgenfeld, R. Science 2003, 300, 1763.
20. Bein, M.; Schaller, M.; Korting, H. C. Curr. Drug Targets 2002, 3, 351.
21. Leung, D.; Abbenante, G.; Fairlie, D. P. J. Med. Chem. 2000, 43, 305.
22. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
23. Hendlich, M. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1998, 54, 1178.
24. Laskowski, R. A.; Hutchinson, E. G.; Michie, A. D.; Wallace, A. C.; Jones, M. L.; Thornton, J. M. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 488.
25. Luscombe, N. M.; Laskowski, R. A.; Westhead, D. R.; Milburn, D.; Jones, S.; Karmirantzou, M.; Thornton, J. M. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1998, 54, 1132.
26. Laskowski, R. A. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 221.
27. Vondrasek, J.; van Buskirk, C. P.; Wlodawer, A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 8.
28. Orengo, C. A.; Michie, A. D.; Jones, S.; Jones, D. T.; Swindells, M. B.; Thornton, J. M. Structure 1997, 5, 1093.
29. Pearl, F. M.; Lee, D.; Bray, J. E.; Sillitoe, I.; Todd, A. E.; Harrison, A. P.; Thornton, J. M.; Orengo, C. A. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 277.
30. Murzin, A. G.; Brenner, S. E.; Hubbard, T.; Chothia, C. J. Mol. Biol. 1995, 247, 536.
31. Schechter, I.; Berger, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1967, 27, 157.
32. Tang, J.; James, M. N.; Hsu, I. N.; Jenkins, J. A.; Blundell, T. L. Nature 1978, 271, 618.
33. Davies, D. R. Annu. ReV. Biophys. Biophys. Chem. 1990, 19, 189.
34. Blundell, T. L.; Cooper, J. B.; Sali, A.; Zhu, Z. Y. AdV. Exp. Med. Biol. 1991, 306, 443.
35. Sali, A.; Veerapandian, B.; Cooper, J. B.; Moss, D. S.; Hofmann, T.; Blundell, T. L. Proteins 1992, 12, 158.
36. Silva, A. M.; Lee, A. Y.; Gulnik, S. V.; Maier, P.; Collins, J.; Bhat, T. N.; Collins, P. J.; Cachau, R. E.; Luker, K. E.; Gluzman, I. Y.; Francis, S. E.; Oksman, A.; Goldberg, D. E.; Erickson, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 10034.
37. Wlodawer, A.; Gustchina, A. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1477, 16.
38. Perona, J. J.; Craik, C. S. J. Biol. Chem. 1997, 272, 29987.
39. Tong, L.; Qian, C.; Massariol, M. J.; Bonneau, P. R.; Cordingley, M. G.; Lagace, L. Nature 1996, 383, 272.
40. Bode, W.; Gomis-Ruth, F. X.; Stockler, W. FEBS Lett. 1993, 331, 134.
41. Hooper, N. M. FEBS Lett. 1994, 354, 1.
42. Seemuller, E.; Lupas, A.; Stock, D.; Lowe, J.; Huber, R.; Baumeister, W. Science 1995, 268, 579.
43. Coux, O.; Tanaka, K.; Goldberg, A. L. Annu. ReV. Biochem. 1996, 65, 801.
44. Groll, M.; Ditzel, L.; Lowe, J.; Stock, D.; Bochtler, M.; Bartunik, H. D.; Huber, R. Nature 1997, 386, 463.
45. Groll, M.; Brandstetter, H.; Bartunik, H.; Bourenkow, G.; Huber, R. J. Mol. Biol. 2003, 327, 75.
46. Brandstetter, H.; Kim, J. S.; Groll, M.; Huber, R. Nature 2001, 414, 466.
47. Kim, J. S.; Groll, M.; Musiol, H. J.; Behrendt, R.; Kaiser, M.; Moroder, L.; Huber, R.; Brandstetter, H. J. Mol. Biol. 2002, 324, 1041.
48. Brandstetter, H.; Kim, J. S.; Groll, M.; Gottig, P.; Huber, R. Biol. Chem. 2002, 383, 1157.
49. Fulop, V.; Bocskei, Z.; Polgar, L. Cell 1998, 94, 161.
50. Polgar, L. Cell. Mol. Life Sci. 2002, 59, 349.
51. Holmquist, M. Curr. Protein Pept. Sci. 2000, 1, 209.
52. Vandeputte-Rutten, L.; Kramer, R. A.; Kroon, J.; Dekker, N.; Egmond, M. R.; Gros, P. EMBO J. 2001, 20, 5033.
53. Botos, I.; Melnikov, E. E.; Cherry, S.; Tropea, J. E.; Khalatova, A. G.; Rasulova, F.; Dauter, Z.; Maurizi, M. R.; Rotanova, T. V.; Wlodawer, A.; Gustchina, A. J. Biol. Chem. 2004, 279, 8140.
54. Fujinaga, M.; Cherney, M. M.; Oyama, H.; Oda, K.; James, M. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 3364.
55. Murao, S.; Oda, K. In Aspartic Proteinases and their Inhibitors; Kosta, V., Ed.; Walter de Gruyter: Berlin, 1985.
56. Prabu-Jeyabalan, M.; Nalivaika, E. A.; King, N. M.; Schiffer, C. A. J. Virol. 2003, 77, 1306.
57. Laco, G. S.; Schalk-Hihi, C.; Lubkowski, J.; Morris, G.; Zdanov, A.; Olson, A.; Elder, J. H.; Wlodawer, A.; Gustchina, A. Biochemistry 1997, 36, 10696.
58. Phan, J.; Zdanov, A.; Evdokimov, A. G.; Tropea, J. E.; Peters, H. K., III; Kapust, R. B.; Li, M.; Wlodawer, A.; Waugh, D. S. J. Biol. Chem. 2002, 277, 50564.
59. Turk, B. E.; Wong, T. Y.; Schwarzenbacher, R.; Jarrell, E. T.; Leppla, S. H.; Collier, R. J.; Liddington, R. C.; Cantley, L. C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2004, 11, 60.
60. Yamamoto, A.; Tomoo, K.; Doi, M.; Ohishi, H.; Inoue, M.; Ishida, T.; Yamamoto, D.; Tsuboi, S.; Okamoto, H.; Okada, Y. Biochemistry 1992, 31, 11305.
61. Prabu-Jeyabalan, M.; Nalivaika, E. A.; King, N. M.; Schiffer, C. A. J. Virol. 2004, 78, 12446.
62. Prabu-Jeyabalan, M.; Nalivaika, E. A.; Romano, K.; Schiffer, C. A. J. Virol. 2006, 80, 3607.
63. Bandaranayake, R. M.; Prabu-Jeyabalan, M.; Kakizawa, J.; Sugiura, W.; Schiffer, C. A. J. Virol. 2008, 82, 6762.
64. Xue, X.; Yu, H.; Yang, H.; Xue, F.; Wu, Z.; Shen, W.; Li, J.; Zhou, Z.; Ding, Y.; Zhao, Q.; Zhang, X. C.; Liao, M.; Bartlam, M.; Rao, Z. J. Virol. 2008, 82, 2515.
65. Wu, L.; Wang, L.; Hua, G.; Liu, K.; Yang, X.; Zhai, Y.; Bartlam, M.; Sun, F.; Fan, Z. J. Immunol. 2009, 183, 421.
66. Rose, R. B.; Craik, C. S.; Douglas, N. L.; Stroud, R. M. Biochemistry 1996, 35, 12933.
67. LaPlante, S. R.; Aubry, N.; Bonneau, P. R.; Cameron, D. R.; Lagace, L.; Massariol, M. J.; Montpetit, H.; Plouffe, C.; Kawai, S. H.; Fulton, B. D.; Chen, Z.; Ni, F. Biochemistry 1998, 37, 9793.
68. Nienaber, V. L.; Breddam, K.; Birktoft, J. J. Biochemistry 1993, 32, 11469.
69. Hanson, M. A.; Stevens, R. C. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 687.
70. Segelke, B.; Knapp, M.; Kadkhodayan, S.; Balhorn, R.; Rupp, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6888.
71. Holden, H. M.; Matthews, B. W. J. Biol. Chem. 1988, 263, 3256.
72. Holland, D. R.; Tronrud, D. E.; Pley, H. W.; Flaherty, K. M.; Stark, W.; Jansonius, J. N.; McKay, D. B.; Matthews, B. W. Biochemistry 1992, 31, 11310.
73. Betzel, C.; Singh, T. P.; Visanji, M.; Peters, K.; Fittkau, S.; Saenger, W.; Wilson, K. S. J. Biol. Chem. 1993, 268, 15854.
74. Saxena, A. K.; Singh, T. P.; Peters, K.; Fittkau, S.; Betzel, C. Protein Sci. 1996, 5, 2453.
75. Saxena, A. K.; Singh, T. P.; Peters, K.; Fittkau, S.; Visanji, M.; Wilson, K. S.; Betzel, C. Proteins 1996, 25, 195.
76. Das, A.; Prashar, V.; Mahale, S.; Serre, L.; Ferrer, J. L.; Hosur, M. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 18464.
77. Bihani, S.; Das, A.; Prashar, V.; Ferrer, J. L.; Hosur, M. V. Proteins 2009, 74, 594.
78. Fairlie, D. P.; Tyndall, J. D. A.; Reid, R. C.; Wong, A. K.; Abbenante, G.; Scanlon, M. J.; March, D. R.; Bergman, D. A.; Chai, C. L.; Burkett, B. A. J. Med. Chem. 2000, 43, 1271.
79. Abbenante, G.; March, D. R.; Bergman, D. A.; Hunt, P. A.; Garnham, B.; Dancer, R. J.; Martin, J. L.; Fairlie, D. P. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10220.
80. March, D. R.; Abbenante, G.; Bergman, D. A.; Brinkworth, R. I.; Wickramasinghe, W.; Begun, J.; Martin, J. L.; Fairlie, D. P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3375.
81. Reid, R. C.; March, D. R.; Dooley, M. J.; Bergman, D. A.; Abbenante, G.; Fairlie, D. P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8511.
82. Reid, R. C.; Kelso, M. J.; Scanlon, M. J.; Fairlie, D. P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5673.
83. Tyndall, J. D.; Pattenden, L. K.; Reid, R. C.; Hu, S. H.; Alewood, D.; Alewood, P. F.; Walsh, T.; Fairlie, D. P.; Martin, J. L. Biochemistry 2008, 47, 3736.
84. James, M. N. G.; Sielecki, A. R. In Biological Macromolecules and Assemblies: ActiVe Sites of Enzymes; Jurnak, F. A., McPherson, A., Eds.; John Wiley & Sons: New York, 1987; Vol. 3.
85. Dunn, B. M. Chem. ReV. 2002, 102, 4431.
86. Rutenber, E.; Fauman, E. B.; Keenan, R. J.; Fong, S.; Furth, P. S.; Ortiz de Montellano, P. R.; Meng, E.; Kuntz, I. D.; DeCamp, D. L.; Salto, R.; et al. J. Biol. Chem. 1993, 268, 15343.
87. Kovalevsky, A. Y.; Louis, J. M.; Aniana, A.; Ghosh, A. K.; Weber, I. T. J. Mol. Biol. 2008, 384, 178.
88. Majer, P.; Collins, J. R.; Gulnik, S. V.; Erickson, J. W. Protein Sci. 1997, 6, 1458.
89. Cooper, J. B. Curr. Drug Targets 2002, 3, 155.
90. Groves, M. R.; Dhanaraj, V.; Badasso, M.; Nugent, P.; Pitts, J. E.; Hoover, D. J.; Blundell, T. L. Protein Eng. 1998, 11, 833.
91. Hong, L.; Koelsch, G.; Lin, X.; Wu, S.; Terzyan, S.; Ghosh, A. K.; Zhang, X. C.; Tang, J. Science 2000, 290, 150.
92. Fruton, J. S. Q. ReV. Biol. 2002, 77, 127.
93. Ng, K. K.; Petersen, J. F.; Cherney, M. M.; Garen, C.; Zalatoris, J. J.; Rao-Naik, C.; Dunn, B. M.; Martzen, M. R.; Peanasky, R. J.; James, M. N. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 653.
94. Ostermann, N.; Eder, J.; Eidhoff, U.; Zink, F.; Hassiepen, U.; Worpenberg, S.; Maibaum, J.; Simic, O.; Hommel, U.; Gerhartz, B. J. Mol. Biol. 2006, 355, 249.
95. Li, M.; Phylip, L. H.; Lees, W. E.; Winther, J. R.; Dunn, B. M.; Wlodawer, A.; Kay, J.; Gustchina, A. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 113.
96. Borelli, C.; Ruge, E.; Schaller, M.; Monod, M.; Korting, H. C.; Huber, R.; Maskos, K. Proteins 2007, 68, 738.
97. Pisabarro, M. T.; Ortiz, A. R.; Palomer, A.; Cabre, F.; Garcia, L.; Wade, R. C.; Gago, F.; Mauleon, D.; Carganico, G. J. Med. Chem. 1994, 37, 337.
98. Bode, W.; Fernandez-Catalan, C.; Tschesche, H.; Grams, F.; Nagase, H.; Maskos, K. Cell. Mol. Life Sci. 1999, 55, 639.
99. Babine, R. E.; Bender, S. L. Chem. ReV. 1997, 97, 1359.
100. Massova, I.; Kotra, L. P.; Fridman, R.; Mobashery, S. FASEB J. 1998, 12, 1075.
101. Hege, T.; Feltzer, R. E.; Gray, R. D.; Baumann, U. J. Biol. Chem. 2001, 276, 35087.
102. Park, H. I.; Ming, L. J. J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 600.
103. Natesh, R.; Schwager, S. L.; Sturrock, E. D.; Acharya, K. R. Nature 2003, 421, 551.
104. Towler, P.; Staker, B.; Prasad, S. G.; Menon, S.; Tang, J.; Parsons, T.; Ryan, D.; Fisher, M.; Williams, D.; Dales, N. A.; Patane, M. A.; Pantoliano, M. W. J. Biol. Chem. 2004, 279, 17996.
105. Maskos, K.; Fernandez-Catalan, C.; Huber, R.; Bourenkov, G. P.; Bartunik, H.; Ellestad, G. A.; Reddy, P.; Wolfson, M. F.; Rauch, C. T.; Castner, B. J.; Davis, R.; Clarke, H. R.; Petersen, M.; Fitzner, J. N.; Cerretti, D. P.; March, C. J.; Paxton, R. J.; Black, R. A.; Bode, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 3408.
106. Grams, F.; Reinemer, P.; Powers, J. C.; Kleine, T.; Pieper, M.; Tschesche, H.; Huber, R.; Bode, W. Eur. J. Biochem. 1995, 228, 830.
107. Fernandez-Catalan, C.; Bode, W.; Huber, R.; Turk, D.; Calvete, J. J.; Lichte, A.; Tschesche, H.; Maskos, K. EMBO J. 1998, 17, 5238.
108. Gomis-Ruth, F. X.; Maskos, K.; Betz, M.; Bergner, A.; Huber, R.; Suzuki, K.; Yoshida, N.; Nagase, H.; Brew, K.; Bourenkov, G. P.; Bartunik, H.; Bode, W. Nature 1997, 389, 77.
109. Oefner, C.; D'Arcy, A.; Hennig, M.; Winkler, F. K.; Dale, G. E. J. Mol. Biol. 2000, 296, 341.
110. Kohno, T.; Hochigai, H.; Yamashita, E.; Tsukihara, T.; Kanaoka, M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 344, 315.
111. Ou, L.; Zhang, Q.; Ma, J.; Wu, W.; Wang, Z.; Zhang, F.; Ma, D.; Wu, H. J. Biomol. NMR 2004, 29, 537.
112. Campestre, C.; Agamennone, M.; Tortorella, P.; Preziuso, S.; Biasone, A.; Gavuzzo, E.; Pochetti, G.; Mazza, F.; Hiller, O.; Tschesche, H.; Consalvi, V.; Gallina, C. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006, 16, 20.
113. Pochetti, G.; Montanari, R.; Gege, C.; Chevrier, C.; Taveras, A. G.; Mazza, F. J. Med. Chem. 2009, 52, 1040.
114. Mannino, C.; Nievo, M.; Machetti, F.; Papakyriakou, A.; Calderone, V.; Fragai, M.; Guarna, A. Bioorg. Med. Chem. 2006, 14, 7392.
115. Markus, M. A.; Dwyer, B.; Wolfrom, S.; Li, J.; Li, W.; Malakian, K.; Wilhelm, J.; Tsao, D. H. J. Biomol. NMR 2008, 41, 55.
116. Blagg, J. A.; Noe, M. C.; Wolf-Gouveia, L. A.; Reiter, L. A.; Laird, E. R.; Chang, S. P.; Danley, D. E.; Downs, J. T.; Elliott, N. C.; Eskra, J. D.; Griffiths, R. J.; Hardink, J. R.; Haugeto, A. I.; Jones, C. S.; Liras, J. L.; Lopresti-Morrow, L. L.; Mitchell, P. G.; Pandit, J.; Robinson, R. P.; Subramanyam, C.; Vaughn-Bowser, M. L.; Yocum, S. A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 1807.
117. Wu, J.; Rush, T. S., III; Hotchandani, R.; Du, X.; Geck, M.; Collins, E.; Xu, Z. B.; Skotnicki, J.; Levin, J. I.; Lovering, F. E. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 4105.
118. Engel, C. K.; Pirard, B.; Schimanski, S.; Kirsch, R.; Habermann, J.; Klingler, O.; Schlotte, V.; Weithmann, K. U.; Wendt, K. U. Chem. Biol. 2005, 12, 181.
119. Johnson, A. R.; Pavlovsky, A. G.; Ortwine, D. F.; Prior, F.; Man, C. F.; Bornemeier, D. A.; Banotai, C. A.; Mueller, W. T.; McConnell, P.; Yan, C.; Baragi, V.; Lesch, C.; Roark, W. H.; Wilson, M.; Datta, K.; Guzman, R.; Han, H. K.; Dyer, R. D. J. Biol. Chem. 2007, 282, 27781.
120. Cirilli, M.; Gallina, C.; Gavuzzo, E.; Giordano, C.; Gomis-Ruth, F. X.; Gorini, B.; Kress, L. F.; Mazza, F.; Paradisi, M. P.; Pochetti, G.; Politi, V. FEBS Lett. 1997, 418, 319.
121. Oefner, C.; Pierau, S.; Schulz, H.; Dale, G. E. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2007, 63, 975.
122. Schulz, H.; Dale, G. E.; Karimi-Nejad, Y.; Oefner, C. J. Mol. Biol. 2009, 385, 178.
123. Govinda Rao, B.; Bandarage, U. K.; Wang, T.; Come, J. H.; Perola, E.; Wei, Y.; Tian, S. K.; Saunders, J. O. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007, 17, 2250.
124. Niu, X.; Umland, S.; Ingram, R.; Beyer, B. M.; Liu, Y. H.; Sun, J.; Lundell, D.; Orth, P. Arch. Biochem. Biophys. 2006, 451, 43.
125. Powers, J. C.; Harper, J. W. In Protease Inhibitors; Barret, A. J. S., Salverson, G., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1986.
126. Rawlings, N. D.; Barrett, A. J. Methods Enzymol. 1994, 244, 19.
127. Barrett, A. J.; Rawlings, N. D. Arch. Biochem. Biophys. 1995, 318, 247.
128. Krem, M. M.; Di Cera, E. EMBO J. 2001, 20, 3036.
129. Powers, J. C.; Asgian, J. L.; Ekici, O. D.; James, K. E. Chem. ReV. 2002, 102, 4639.
130. Hedstrom, L. Chem. ReV. 2002, 102, 4501.
131. Ye, S.; Goldsmith, E. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 740.
132. Gettins, P. G. Chem. ReV. 2002, 102, 4751.
133. Pike, R. N.; Bottomley, S. P.; Irving, J. A.; Bird, P. I.; Whisstock, J. C. IUBMB Life 2002, 54, 1.
134. Robin, G.; Chappell, K.; Stoermer, M. J.; Hu, S. H.; Young, P. R.; Fairlie, D. P.; Martin, J. L. J. Mol. Biol. 2009, 385, 1568.
135. Stoermer, M. J.; Chappell, K. J.; Liebscher, S.; Jensen, C. M.; Gan, C. H.; Gupta, P. K.; Xu, W. J.; Young, P. R.; Fairlie, D. P. J. Med. Chem. 2008, 51, 5714.
136. Wlodawer, A.; Li, M.; Gustchina, A.; Oyama, H.; Dunn, B. M.; Oda, K. Acta Biochim. Pol. 2003, 50, 81.
137. Wlodawer, A.; Li, M.; Dauter, Z.; Gustchina, A.; Uchida, K.; Oyama, H.; Dunn, B. M.; Oda, K. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 442.
138. Sleat, D. E.; Donnelly, R. J.; Lackland, H.; Liu, C. G.; Sohar, I.; Pullarkat, R. K.; Lobel, P. Science 1997, 277, 1802.
139. Singh, T. P.; Sharma, S.; Karthikeyan, S.; Betzel, C.; Bhatia, K. L. Proteins 1998, 33, 30.
140. Paetzel, M.; Karla, A.; Strynadka, N. C.; Dalbey, R. E. Chem. ReV. 2002, 102, 4549.
141. Paetzel, M.; Dalbey, R. E.; Strynadka, N. C. Nature 1998, 396, 186.
142. Steinmetz, A. C.; Demuth, H. U.; Ringe, D. Biochemistry 1994, 33, 10535.
143. Greco, M. N.; Hawkins, M. J.; Powell, E. T.; Almond, H. R., Jr.; Corcoran, T. W.; de Garavilla, L.; Kauffman, J. A.; Recacha, R.; Chattopadhyay, D.; Andrade-Gordon, P.; Maryanoff, B. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3810.
144. MacSweeney, A.; Birrane, G.; Walsh, M. A.; O'Connell, T.; Malthouse, J. P.; Higgins, T. M. Acta Crystallogr, Sect. D: Biol. Crystallogr. 2000, 56 (Pt 3), 280.
145. Ohbayashi, H. IDrugs 2002, 5, 910.
146. Tremblay, G. M.; Janelle, M. F.; Bourbonnais, Y. Curr. Opin. InVest. Drugs 2003, 4, 556.
147. Liu, B.; Schofield, C. J.; Wilmouth, R. C. J. Biol. Chem. 2006, 281, 24024.
148. Kinoshita, T.; Kitatani, T.; Warizaya, M.; Tada, T. Acta Crystallogr., Sect. F: Struct. Biol. Cryst. Commun. 2005, 61, 808.
149. Froelich, C. J. In Nature Encyclopedia of Life Sciences; Nature Publishing Group: London, 1999.
150. Regoli, D.; Calo, G.; Gobeil, F. In Nature Encyclopedia of Life Sciences; Nature Publishing Group: London, 1999.
151. Yousef, G. M.; Diamandis, E. P. Biol. Chem. 2002, 383, 1045.
152. Mittl, P. R.; Di Marco, S.; Fendrich, G.; Pohlig, G.; Heim, J.; Sommerhoff, C.; Fritz, H.; Priestle, J. P.; Grutter, M. G. Structure 1997, 5, 253.
153. Zhou, A.; Webb, G.; Zhu, X.; Steiner, D. F. J. Biol. Chem. 1999, 274, 20745.
154. Holyoak, T.; Wilson, M. A.; Fenn, T. D.; Kettner, C. A.; Petsko, G. A.; Fuller, R. S.; Ringe, D. Biochemistry 2003, 42, 6709.
155. Oberst, M. D.; Williams, C. A.; Dickson, R. B.; Johnson, M. D.; Lin, C. Y. J. Biol. Chem. 2003, 278, 26773.
156. Johnson, M. D.; Oberst, M. D.; Lin, C. Y.; Dickson, R. B. Expert ReV. Mol. Diagn. 2003, 3, 331.
157. Deng, H.; Bannister, T. D.; Jin, L.; Babine, R. E.; Quinn, J.; Nagafuji, P.; Celatka, C. A.; Lin, J.; Lazarova, T. I.; Rynkiewicz, M. J.; Bibbins, F.; Pandey, P.; Gorga, J.; Meyers, H. V.; Abdel-Meguid, S. S.; Strickler, J. E. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006, 16, 3049.
158. Navaneetham, D.; Jin, L.; Pandey, P.; Strickler, J. E.; Babine, R. E.; Abdel-Meguid, S. S.; Walsh, P. N. J. Biol. Chem. 2005, 280, 36165.
159. Groebke Zbinden, K.; Banner, D. W.; Ackermann, J.; D'Arcy, A.; Kirchhofer, D.; Ji, Y. H.; Tschopp, T. B.; Wallbaum, S.; Weber, L. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 817.
160. Narayanan, A. S.; Thiagarajan, P. In Nature Encyclopedia of Life Sciences; Nature Publishing Group: London, 2000.
161. Van Aken, H.; Bode, C.; Darius, H.; Diehm, C.; Encke, A.; Gulba, D. C.; Haas, S.; Hacke, W.; Puhl, W.; Quante, M.; Riess, H.; Scharf, R.; Schellong, S.; Schror, T.; Schulte, K. L.; Tebbe, U. Clin. Appl. Thromb./Hemostasis 2001, 7, 195.
162. Powers, J. C.; Harper, J. W. In Protease Inhibitors; Barret, A. J. S., Salverson, G., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1986.
163. Berkner, K. L. In Nature Encyclopedia of Life Sciences; Nature Publishing Group: London, 2000.
164. Friedrich, T.; Kroger, B.; Bialojan, S.; Lemaire, H. G.; Hoffken, H. W.; Reuschenbach, P.; Otte, M.; Dodt, J. J. Biol. Chem. 1993, 268, 16216.
165. van de Locht, A.; Lamba, D.; Bauer, M.; Huber, R.; Friedrich, T.; Kroger, B.; Hoffken, W.; Bode, W. EMBO J. 1995, 14, 5149.
166. Weitz, J. I.; Crowther, M. Thromb. Res. 2002, 106, V275.
167. Vitali, J.; Martin, P. D.; Malkowski, M. G.; Robertson, W. D.; Lazar, J. B.; Winant, R. C.; Johnson, P. H.; Edwards, B. F. J. Biol. Chem. 1992, 267, 17670.
168. Mathews, I. I.; Padmanabhan, K. P.; Ganesh, V.; Tulinsky, A.; Ishii, M.; Chen, J.; Turck, C. W.; Coughlin, S. R.; Fenton, J. W., II Biochemistry 1994, 33, 3266.
169. Fokkens, J.; Klebe, G. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 985.
170. Gerlach, C.; Smolinski, M.; Steuber, H.; Sotriffer, C. A.; Heine, A.; Hangauer, D. G.; Klebe, G. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 8511.
171. Hanessian, S.; Therrien, E.; van Otterlo, W. A.; Bayrakdarian, M.; Nilsson, I.; Fjellstrom, O.; Xue, Y. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006, 16, 1032.
172. Potempa, J.; Korzus, E.; Travis, J. J. Biol. Chem. 1994, 269, 15957.
173. Silverman, G. A.; Bird, P. I.; Carrell, R. W.; Church, F. C.; Coughlin, P. B.; Gettins, P. G.; Irving, J. A.; Lomas, D. A.; Luke, C. J.; Moyer, R. W.; Pemberton, P. A.; Remold-O'Donnell, E.; Salvesen, G. S.; Travis, J.; Whisstock, J. C. J. Biol. Chem. 2001, 276, 33293.
174. Carrell, R. W.; Huntington, J. A. Biochem. Soc. Symp. 2003, 163.
175. Huber, R.; Bode, W. Acc. Chem. Res. 1978, 11, 114.
176. Huntington, J. A.; Read, R. J.; Carrell, R. W. Nature 2000, 407, 923.
177. Myerburg, M. M.; McKenna, E. E.; Luke, C. J.; Frizzell, R. A.; Kleyman, T. R.; Pilewski, J. M. Am. J. Physiol., Lung Cell. Mol. Physiol. 2008, 294, L932.
178. Tully, D. C.; Vidal, A.; Chatterjee, A. K.; Williams, J. A.; Roberts, M. J.; Petrassi, H. M.; Spraggon, G.; Bursulaya, B.; Pacoma, R.; Shipway, A.; Schumacher, A. M.; Danahay, H.; Harris, J. L. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008, 18, 5895.
179. Levell, J.; Astles, P.; Eastwood, P.; Cairns, J.; Houille, O.; Aldous, S.; Merriman, G.; Whiteley, B.; Pribish, J.; Czekaj, M.; Liang, G.; Maignan, S.; Guilloteau, J. P.; Dupuy, A.; Davidson, J.; Harrison, T.; Morley, A.; Watson, S.; Fenton, G.; McCarthy, C.; Romano, J.; Mathew, R.; Engers, D.; Gardyan, M.; Sides, K.; Kwong, J.; Tsay, J.; Rebello, S.; Shen, L.; Wang, J.; Luo, Y.; Giardino, O.; Lim, H. K.; Smith, K.; Pauls, H. Bioorg. Med. Chem. 2005, 13, 2859.
180. Rohr, K. B.; Selwood, T.; Marquardt, U.; Huber, R.; Schechter, N. M.; Bode, W.; Than, M. E. J. Mol. Biol. 2006, 357, 195.
181. Fodor, K.; Harmat, V.; Neutze, R.; Szilagyi, L.; Graf, L.; Katona, G. Biochemistry 2006, 45, 2114-21.
182. Braud, S.; Le Bonniec, B. F.; Bon, C.; Wisner, A. Biochemistry 2002, 41, 8478.
183. Rawlings, N. D.; Barrett, A. J. Methods Enzymol. 1994, 244, 461.
184. Rasnick, D. In PerspectiVes in Drug DiscoVery and Design; McKerrow, J. H., James, M. N. G., Eds.; ESCOM: Leiden, 1996; Vol. 6.
185. Otto, H. H.; Schirmeister, T. Chem. ReV. 1997, 97, 133.
186. Lecaille, F.; Kaleta, J.; Bromme, D. Chem. ReV. 2002, 102, 4459.
187. Denault, J. B.; Salvesen, G. S. Chem. ReV. 2002, 102, 4489.
188. Ryan, M. D.; Flint, M. J. Gen. Virol. 1997, 78 (Pt 4), 699.
189. Yang, H.; Yang, M.; Ding, Y.; Liu, Y.; Lou, Z.; Zhou, Z.; Sun, L.; Mo, L.; Ye, S.; Pang, H.; Gao, G. F.; Anand, K.; Bartlam, M.; Hilgenfeld, R.; Rao, Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13190.
190. Filipek, R.; Rzychon, M.; Oleksy, A.; Gruca, M.; Dubin, A.; Potempa, J.; Bochtler, M. J. Biol. Chem. 2003, 278, 40959.
191. Cazzulo, J. J. Curr. Top. Med. Chem. 2002, 2, 1261.
192. Maresso, A. W.; Wu, R.; Kern, J. W.; Zhang, R.; Janik, D.; Missiakas, D. M.; Duban, M. E.; Joachimiak, A.; Schneewind, O. J. Biol. Chem. 2007, 282, 23129.
193. Lee, C. C.; Kuo, C. J.; Ko, T. P.; Hsu, M. F.; Tsui, Y. C.; Chang, S. C.; Yang, S.; Chen, S. J.; Chen, H. C.; Hsu, M. C.; Shih, S. R.; Liang, P. H.; Wang, A. H. J. Biol. Chem. 2009, 284, 7646.
194. Ghosh, A. K.; Xi, K.; Ratia, K.; Santarsiero, B. D.; Fu, W.; Harcourt, B. H.; Rota, P. A.; Baker, S. C.; Johnson, M. E.; Mesecar, A. D. J. Med. Chem. 2005, 48, 6767.
195. Yang, H.; Xie, W.; Xue, X.; Yang, K.; Ma, J.; Liang, W.; Zhao, Q.; Zhou, Z.; Pei, D.; Ziebuhr, J.; Hilgenfeld, R.; Yuen, K. Y.; Wong, L.; Gao, G.; Chen, S.; Chen, Z.; Ma, D.; Bartlam, M.; Rao, Z. PLoS Biol. 2005, 3, e324.
196. Wang, S. X.; Pandey, K. C.; Scharfstein, J.; Whisstock, J.; Huang, R. K.; Jacobelli, J.; Fletterick, R. J.; Rosenthal, P. J.; Abrahamson, M.; Brinen, L. S.; Rossi, A.; Sali, A.; McKerrow, J. H. Structure 2007, 15, 535.
197. Stennicke, H. R.; Salvesen, G. S. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1387, 17.
198. Thornberry, N. A.; Lazebnik, Y. Science 1998, 281, 1312.
199. Wei, Y.; Fox, T.; Chambers, S. P.; Sintchak, J.; Coll, J. T.; Golec, J. M.; Swenson, L.; Wilson, K. P.; Charifson, P. S. Chem. Biol. 2000, 7, 423.
200. Schweizer, A.; Briand, C.; Grutter, M. G. J. Biol. Chem. 2003, 278, 42441.
201. Riedl, S. J.; Renatus, M.; Schwarzenbacher, R.; Zhou, Q.; Sun, C.; Fesik, S. W.; Liddington, R. C.; Salvesen, G. S. Cell 2001, 104, 791.
202. Xu, G.; Cirilli, M.; Huang, Y.; Rich, R. L.; Myszka, D. G.; Wu, H. Nature 2001, 410, 494.
203. Turk, D.; Guncar, G. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2003, 59, 203.
204. Turk, D.; Podobnik, M.; Popovic, T.; Katunuma, N.; Bode, W.; Huber, R.; Turk, V. Biochemistry 1995, 34, 4791.
205. Jenko, S.; Dolenc, I.; Guncar, G.; Dobersek, A.; Podobnik, M.; Turk, D. J. Mol. Biol. 2003, 326, 875.
206. Guncar, G.; Pungercic, G.; Klemencic, I.; Turk, V.; Turk, D. EMBO J. 1999, 18, 793.
207. Scheer, J. M.; Romanowski, M. J.; Wells, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2006, 103, 7595.
208. Ekici, O. D.; Li, Z. Z.; Campbell, A. J.; James, K. E.; Asgian, J. L.; Mikolajczyk, J.; Salvesen, G. S.; Ganesan, R.; Jelakovic, S.; Grutter, M. G.; Powers, J. C. J. Med. Chem. 2006, 49, 5728.
209. Asaad, N.; Bethel, P. A.; Coulson, M. D.; Dawson, J. E.; Ford, S. J.; Gerhardt, S.; Grist, M.; Hamlin, G. A.; James, M. J.; Jones, E. V.; Karoutchi, G. I.; Kenny, P. W.; Morley, A. D.; Oldham, K.; Rankine, N.; Ryan, D.; Wells, S. L.; Wood, L.; Augustin, M.; Krapp, S.; Simader, H.; Steinbacher, S. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2009, 19, 4280.
210. Stock, D.; Ditzel, L.; Baumeister, W.; Huber, R.; Lowe, J. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1995, 60, 525.
211. Groll, M.; Kim, K. B.; Kairies, N.; Huber, R.; Crews, C. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1237.
212. Kisselev, A. F.; Songyang, Z.; Goldberg, A. L. J. Biol. Chem. 2000, 275, 14831.
213. Sousa, M. C.; Kessler, B. M.; Overkleeft, H. S.; McKay, D. B. J. Mol. Biol. 2002, 318, 779.
214. Pickart, C. M.; Cohen, R. E. Nat. ReV. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 177.
215. Bochtler, M.; Ditzel, L.; Groll, M.; Hartmann, C.; Huber, R. Annu. ReV. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 295.
216. Voorhees, P. M.; Dees, E. C.; O'Neil, B.; Orlowski, R. Z. Clin. Cancer Res. 2003, 9, 6316.
217. Lara, P. N., Jr.; Davies, A. M.; Mack, P. C.; Mortenson, M. M.; Bold, R. J.; Gumerlock, P. H.; Gandara, D. R. Semin. Oncol. 2004, 31, 40.
218. Groll, M.; Berkers, C. R.; Ploegh, H. L.; Ovaa, H. Structure 2006, 14, 451.
219. Clerc, J.; Groll, M.; Illich, D. J.; Bachmann, A. S.; Huber, R.; Schellenberg, B.; Dudler, R.; Kaiser, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2009, 106, 6507.
220. Groll, M.; Schellenberg, B.; Bachmann, A. S.; Archer, C. R.; Huber, R.; Powell, T. K.; Lindow, S.; Kaiser, M.; Dudler, R. Nature 2008, 452, 755.
221. Groll, M.; Gotz, M.; Kaiser, M.; Weyher, E.; Moroder, L. Chem. Biol. 2006, 13, 607.
222. Burgen, A. S.; Roberts, G. C.; Feeney, J. Nature 1975, 253, 753.
223. Jencks, W. P. In Chemistry and Enzymology; Dover Publications: New York, 1987.
224. Loughlin, W. A.; Glenn, M. P.; Tyndall, J. D. A.; Fairlie, D. P. Chem. ReV. 2004, 104, 6085.
225. Tyndall, J. D. A.; Fairlie, D. P. J. Mol. Recognit. 1999, 12, 363.
226. Tyndall, J. D. A.; Fairlie, D. P. Curr. Med. Chem. 2001, 8, 893.
227. Glenn, M. P.; Pattenden, L. K.; Reid, R. C.; Tyssen, D. P.; Tyndall, J. D. A.; Birch, C. J.; Fairlie, D. P. J. Med. Chem. 2002, 45, 371.
228. Kraulis, P. J. J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 946.
229. Merritt, E. A.; Bacon, D. J. Methods Enzymol. 1997, 277, 505.
230. Accelrys: San Diego, CA, 2004.
231. Eron, J. J., Jr. Top. HIV Med. 2009, 17, 146.
232. West, M. L.; Fairlie, D. P. Trends Pharmacol. Sci. 1995, 16, 67.
233. Leung, D.; Abbenante, G.; Fairlie, D. P J. Med. Chem. 2000, 43, 305.