Serine protease mechanism and specificity

Chemical Reviews

Volumn 102, Issue 12, 2002, Pages 4501-4523

  Hedstrom, Lizbeth ^a  

^a BRANDEIS UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYTIC TRIAD; CHYMOTRYPSIN; SERINE PROTEASE MECHANISM;

CATALYSIS; CHEMICAL ACTIVATION; CRYSTAL STRUCTURE; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PHASE TRANSITIONS; PHYSIOLOGY; POLYPEPTIDES; X RAY ANALYSIS;

ENZYMES;

SERINE PROTEINASE;

ANIMAL; BINDING SITE; CATALYSIS; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; ENZYME SPECIFICITY; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN ENGINEERING; REVIEW;

ANIMALS; BINDING SITES; CATALYSIS; HUMANS; MODELS, CHEMICAL; PROTEIN ENGINEERING; SERINE ENDOPEPTIDASES; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 0036882394     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr000033x     Document Type: Article

References (267)

1. Blow, D. M. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 405-408.
2. Dodson, G.; Wlodawr, A. Trends Biochem. Sci. 1998, 23, 347-352.
3. Rawlings, N. D.; Barrett, A. J. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 323-325.
4. Neurath, H. Science 1984, 224, 350-357.
5. Johnson, D. E. Leukemia 2000, 1695-1703.
6. Joseph, K.; Ghebrehiwet, B.; Kaplan, A. P. Biol. Chem. 2001, 382, 71-75.
7. Coughlin, S. R. Nature 2000, 407, 258-264.
8. Barros, C.; Crosby, J. A.; Moreno, R. D. Cell Biol. Int. 1996, 20, 33-39.
9. Davidson, D. J.; Higgins, D. L.; Castellino, F. J. Biochemistry 1990, 29, 3585-3590.
10. Sim, R. B.; Laich, A. Biochem. Soc. Trans. 2000, 28, 545-50.
11. Collen, D.; Lijnen, H. R. CRC Crit. Rev. Oncol. Hematol. 1986, 4, 249-301.
12. LeMosy, E. K.; Hong, C. C.; Hashimoto, C. Trends Cell Biol. 1999, 9, 102-107.
13. Van den Steen, P. E.; Opdenakker, G.; Wormald, M. R.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1528, 61-73.
14. Selvarajan, S.; Lund, L. R.; Takeuch, T.; Craik, C. S.; Werb, Z. Nat. Cell Biol. 2001, 3, 267-275.
15. Perona, J. J.; Craik, C. S. Protein Sci. 1995, 4, 337-360.
16. Perona, J. J.; Hedstrom, L.; Rutter, W. J.; Fletterick, R. J. Biochemistry 1995, 34.
17. Czapinska, H.; Otlewski, J. Eur. J. Biochem. 1999, 260, 571-595.
18. Blow, D. M. In The Enzymes; 3rd ed.; Boyer, P. D., Ed.; Academic Press: Boca Raton, 1971; Vol. 3.
19. Kraut, J. Annu. Rev. Biochem. 1977, 46, 331-358.
20. Patthy, L. Methods Enzymol. 1993, 222, 10-21.
21. Bachovchin, W. W. Magn. Reson. Chem. 2001, 39, S199-S213.
22. Gandour, R. D. Bioorg. Chem. 1981, 10, 169-176.
23. Gandour, R. D.; Nabulsi, N. A. R.; Fronczek, F. R. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 7816-7817.
24. McGrath, M. E.; Vasquez, J. R.; Craik, C. S.; Yang, A. S.; Honig, B.; Fletterick, R. J. Biochemistry 1992, 31, 3059-3064.
25. Epstein, D. M.; Abeles, R. H. Biochemistry 1992, 31, 11216-11223.
26. Derewenda, Z. S.; Derewenda, U.; Kobos, P. M. J. Mol. Biol. 1994, 241, 83-93.
27. Ash, E. L.; Sudmeier, J. L.; DAy, R. M.; Vincent, M.; Torchilin, E. V.; Haddad, K. C.; Bradshaw, E. M.; Sanford, D. G.; Bachovchin, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10371-10376.
28. Matthews, D. A.; Alden, R. A.; Birktoft, J. J.; Freer, S. T.; Kraut, J. J. Biol. Chem. 250, 250, 7120-7126.
29. Schechter, I.; Berger, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1967, 27, 157-162.
30. Knowles, J. R. J. Theor. Biol. 1965, 9, 213-228.
31. Dorovskaya, V. N.; Varfolomeyev, S. D.; Kaznskaya, N. F.; Klyosov, A. A.; Martinek, K. FEBS Lett. 1972, 23, 122.
32. Huber, R.; Kukla, D.; Bode, W.; Schwager, P.; Bartels, K.; Deisenhofer, J.; Steigemann, W. J. Mol. Biol. 1974, 89, 73-101.
33. Kreiger, M.; Kay, L. M.; Stroud, R. M. J. Mol. Biol. 1974, 83, 209-230.
34. Shotton, D. M.; Watson, H. C. Nature 1969, 25, 811-816.
35. Waugh, S. M.; Harris, J. L.; Fletterick, R.; Craik, C. S. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 762-765.
36. Huber, H.; Bode, W. Acct. Chem. Res. 1978, 11, 114-122.
37. Bone, R.; Shenvi, A. B.; Kettner, C. A.; Agard, D. A. Biochemistry 1987, 26, 7609-7614.
38. Laskowski, M.; Qasim, M. A. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1477, 324-337.
39. Wilmouth, R. C.; Clifton, I. J.; Robnson, C. V.; Roach, P. L.; Aplin, R. T.; Westwood, N. J.; Hajdu, J.; Schofield, C. J. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 456-461.
40. Bode, W.; Huber, R. Eur. J. Biochem. 1992, 204, 433-451.
41. Dixon, M. M.; Matthews, B. W. Biochemistry 1989, 28, 7033-7038.
42. Blanchard, H.; James, M. N. G. J. Mol. Biol. 1994, 241, 574-587.
43. Bode, W.; Huber, R. Eur. J. Biochem. 1992, 204, 433-451.
44. Read, R. J.; James, M. N. G. Elsevier Science Publishing Co., Inc.: New York, 1986.
45. Bone, R.; Sampson, N. S.; Bartlett, P. A.; Agard, D. A. Biochemistry 1991, 30, 2263-2272.
46. Coombs, G. S.; Rao, M. S.; Olson, A. J.; Dawson, P. E.; Madison, E. L. J. Biol. Chem. 1999, 274, 24074-24079.
47. Thompson, R. C. Biochemistry 1973, 12, 47-51.
48. Kettner, C. A.; Bone, R.; Agard, D. A.; Bachovchin, W. W. Biochemistry 1988, 27, 7682-7688.
49. Brady, K.; Abeles, R. H. Biochemistry 1990, 29, 7608-7617.
50. Schellenberger, V.; Braune, K.; Hofmann, H. J.; Jakubke, H. D. Eur. J. Biochem. 1991, 199, 623-636.
51. Bode, W.; Turk, D.; Karshikov, A. Protein Sci. 1992, 1, 426-471.
52. Stein, R. L.; Strimpler, A. M.; Hori, H.; Powers, J. C. Biochemistry 1987, 26, 1301-1305.
53. Bode, W.; Meyer, E., Jr.; Powers, J. C. Biochemistry 1989, 28, 1951-1963.
54. Lu, D.; Futterer, K.; Korolev, S.; Zheng, X.; Tan, K.; Waksman, G.; Sadler, J. E. J. Mol. Biol. 1999, 292, 361-373.
55. Schellenberger, V.; Turck, C. W.; Rutter, W. J. Biochemistry 1994, 33, 4251-4257.
56. Hess, G. P.; McConn, J.; Ku, E.; McConkey, G. Philos. Trans. R. Soc. London 1970, B 257, 89-104.
57. Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1972, 64, 497-509.
58. Brayer, G. D.; Delbaere, L. T.; James, M. N. J. Mol. Biol. 1979, 131, 743-775.
59. Zerner, B.; Bond, R. P. M.; Bender, M. L. J. Am. Chem. Soc. 1964, 86, 3674-3679.
60. Bender, M. L.; Killhefer, J. V. Crit. Rev. Biochem. 1973, 1, 149.
61. Steitz, T. A.; Shulman, R. G. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1982, 11, 419-444.
62. Polgar, L. Mechanism of Protease Action; CRC Press: Boca Raton, 1989.
63. Jansen, E. F.; Nutting, M.-D. F.; Balls, A. K. J. Biol. Chem. 1949, 179, 201.
64. Schaffer, N. K.; May, S. C., Jr.; Summerson, W. H. J. Biol. Chem. 1953, 202, 67.
65. Oosterbaan, R. A.; Kunst, P.; van Rotterdam, J.; Cohen, J. A. Biochem. Biophys. Acta 1958, 27, 556.
66. Schoellman, G.; Shaw, E. Biochemistry 1963, 2, 252.
67. Blow, D. M.; Birktoft, J. J.; Hartley, B. S. Nature 1969, 221, 337-40.
68. Shotton, D. M.; Watson, H. C. Nature 1970, 25, 811-816.
69. Wright, C. S.; Alden, R. A.; Kraut, J. Nature 1969, 221, 235-42.
70. Drenth, J.; Hol, W. G.; Jansonius, J. N.; Koekoek, R. Eur. J. Biochem. 1972, 26, 177-81.
71. Henderson, R. J. Mol. Biol. 1970, 54, 341-354.
72. Powers, J. C. Methods Enzymol. 1977, 46, 197-208.
73. Bone, R.; Frank, D.; Kettner, C. A.; Agard, D. A. Biochemistry 1989, 28, 7600-7609.
74. Brady, K.; Wei, A.; Ringe, D.; Abeles, R. H. Biochemistry 1990, 29, 7600-7607.
75. Weiner, H.; White, W. N.; Hoare, D. G.; Koshland, D. E., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1966, 88, 3851-3859.
76. Nakagawa, T.; Bender, M. L. Biochemistry 1970, 9, 259.
77. Henderson, R. Biochem. J. 1971, 124, 13-18.
78. West, J. B.; Hennen, W. J.; Lalonde, J. L.; Bibbs, J. A.; Zhong, Z.; Meyer, E. F., Jr.; Wong, C.-H. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5313-5320.
79. Corey, D. R.; Craik, C. S. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 1784-1790.
80. Craik, C. S.; Roczniak, S.; Largman, C.; Rutter, W. J. Science 1987, 237, 909-913.
81. Sprang, S.; Standing, T.; Fletterick, R. J.; Stroud, R. M.; Finer-Moore, J.; Xuong, N.-H.; Hamlin, R.; Rutter, W. J.; Craik, C. S. Science 1987, 237, 905-909.
82. Carter, P.; Wells, J. A. Nature 1988, 332, 564-568.
83. Carter, P.; Wells, J. A. Science 1987, 237, 394-399.
84. Carter, P.; Abrahmsen, L.; Wells, J. A. Biochemistry 1991, 30, 6142-6148.
85. Dall'Acqua, W.; Halin, C.; Rodrigues, M. L.; Carter, P. Protein Eng. 1999, 12, 981-7.
86. Corey, D. R.; Willet, W. S.; Coombs, G. S.; Craik, C. S. Biochemistry 1995, 34, 11521-11527.
87. Bryan, P.; Pantoliano, M. W.; Quill, S. G.; Hsiao, H.-Y.; Poulos, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 3743-3745.
88. Braxton, S.; Wells, J. A. J. Biol. Chem. 1991, 266, 11797-11800.
89. Wells, J. A.; Cunningham, B. C.; Graycar, T. P.; Estell, D. A. Philos. Trans. R. Soc. London Ser. A 1986, 317, 415-423.
90. Carter, P.; Wells, J. A. Proteins Struct. Func. Genet. 1990, 7, 335-342.
91. Rao, S. N.; Singh, U. C.; Bash, P. A.; Kollman, P. A. Nature 1987, 328, 551-554.
92. Hartley, B. S.; Kilbey, B. A. Biochem. J. 1954, 56, 288-297.
93. Fastrez, J.; Fersht, A. R. Biochemistry 1973, 12, 2025-2034.
94. Bender, M. L.; Clement, G. E.; Gunter, C. R.; Kezdy, F. J. J. Am. Chem. Soc. 1964, 86, 3697-3703.
95. Fersht, A. R.; Blow, D. M.; Fastrez, J. Biochemistry 1973, 12, 2035-2041.
96. Stein, R. L.; Strimpler, A. M. Biochemistry 1987, 26, 2238-2242.
97. Schellenberger, V.; Jakubke, H.-D. Biochim. Biophys. Acta 1986, 869, 54-60.
98. Schellenberger, V.; Turck, C. W.; Hedstrom, L.; Rutter, W. J. Biochemistry 1993, 32, 4349-4353.
99. Kurth, T.; Ullman, D.; Jakubke, H.-D.; Hedstrom, L. Biochemistry 1997, 36, 10098-10104.
100. Dixon, M. M.; Brennan, R. G.; Matthews, B. W. Int. J. Biol. Macromol. 1991, 13, 89-96.
101. Harel, M.; Su, C. T.; Frolow, F.; Silman, I.; Sussman, J. L. Biochemistry 1991, 30, 5217-5225.
102. Wilmouth, R. C.; Edman, K.; Neutze, R.; Wright, P. A.; Clifton, I. J.; Schneider, T. R.; Schofield, C. J.; Hajdu, J. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 689-694.
103. Bender, M. L. Chem. Rev. 1960, 60, 53-113.
104. Bender, M. L.; Thomas, R. J. J. Am. Chem. Soc. 1961, 83, 4183.
105. Jencks, W. P. Catalysis in Chemistry and Enzymology; McGrraw-Hill: New York, 1969.
106. Ba-Saif, S.; Luthra, A. K.; Williams, A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 2647-2652.
107. Stefanidis, D.; Cho, S.; Dhe-Paganon, S.; Jencks, W. P. J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 1650-1656.
108. Hengge, A. C.; Hess, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11256-11263.
109. Cleland, W. W.; Hengge, A. C. FASEB J. 1995, 9, 1585-1594.
110. Fastrez, J.; Fersht, A. R. Biochemistry 1973, 12, 1067-1074.
111. Inward, P. W.; Jencks, W. P. J. Biol. Chem. 1965, 240, 1986.
112. Markley, J. L.; Travers, F.; Balny, C. Eur. J. Biochem. 1981, 120, 477.
113. Hunkapiller, M. W.; Forgac, M. D.; Yu, E. H.; Richards, J. H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1979, 87, 25-31.
114. Marquart, M.; Walter, J.; Deisenhofer, J.; Bode, W.; Huber, R. Acta Cryst. 1983, B39, 480-490.
115. Deisenhofer, J.; Steigemann, W. Acta Crystallogr. 1975, B31, 238-250.
116. Meyer, E.; Cole, G.; Radhakrishnan, R.; Epp, O. Acta Crystallogr. B 1988, 44 (Pt 1), 26-38.
117. Presnell, S. R.; Patil, G. S.; Mura, C.; Jude, K. M.; Conley, J. M.; Bertrand, J. A.; Kam, C. M.; Powers, J. C.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 17068-17081.
118. Yennawar, N. H.; Yennawar, H. P.; Farber, G. K. Biochemistry 1994, 33, 7326-7336.
119. Sampson, N. S.; Bartlett, P. A. Biochemistry 1991, 30, 2255-2263.
120. Powers, J. C.; Odake, S.; Oleksyszyn, J.; Hori, H.; Ueda, T.; Boduszek, B.; Kam, C. Agents Actions Suppl. 1993, 42, 3-18.
121. Poulos, T. L.; Alden, R. A.; Freer, S. Y.; Birktoft, J. J.; Kraut, J. J. Biol. Chem. 1976, 251, 1097.
122. James, M. N. G.; Brayer, G. D.; Delbaere, L. T. J.; Sielecki, A. R.; Gertler, A. J. Mol. Biol. 1980, 139, 423.
123. Scott, A. I.; Mackenzie, N. E.; Malthouse, J. P. G.; Preimrose, W. V.; Fagerness, P. E.; Brisson, A.; Qi, L. Z.; Bode, W.; Carter, C.; Jang, Y. J. Tetrahedron 1986, 42, 3269.
124. Stevens, C. L.; Chang, C. H. J. Org. Chem. 1962, 27, 4392-4396.
125. Goyu, B.; Rouessac, F. Bull. Soc. Chim. Fr. 1978, 590-592.
126. Kreutter, K.; Steinmetz, A. C.; Liang, T. C.; Prorok, M.; Abeles, R. H.; Ringe, D. Biochemistry 1994, 33, 13792-13800.
127. Prorok, M.; Albeck, A.; Foxman, B. M.; Abeles, R. H. Biochemistry 1994, 33, 9784-9790.
128. Bachovchin, W. W.; Wong, W. Y. L.; Farr-Jones, S.; Shenvi, A. B.; Kettner, C. A. Biochemistry 1988, 27, 7689-7697.
129. Ortiz, C.; Tellier, C.; Williams, H.; Stolowich, N. J.; Scott, I. A. Biochemistry 1991, 30, 10026-10034.
130. Kurinov, I. V.; Harrison, R. W. Protein Sci. 1996, 5, 752-758.
131. Neidhart, D.; wei, Y.; Cassidy, C.; Lin, J.; Cleland, W. E.; Frey, P. A. Biochemistry 2001, 40, 2439-2447.
132. Tsilikounas, E.; Kettner, C. A.; Bachovchin, W. W. Biochemistry 1993, 32, 12651-12655.
133. Tsilikounas, E.; Kettner, C. A.; Bachovchin, W. W. Biochemistry 1992, 31, 12839-12846.
134. Caplow, M.; Jencks, W. P. J. Biol. Chem. 1962, 1, 883-893.
135. Gupton, B. F.; Carroll, D. L.; Tuhy, P. M.; Kam, C. M.; Powers, J. C. J. Biol. Chem. 1984, 259, 4279-4287.
136. Robillard, G. T.; Powers, J. C.; Wilcox, P. E. Biochemistry 1972, 11, 1773-1784.
137. Chase, T. J.; Shaw, E. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1967, 29, 508.
138. Bender, M. L.; Schonbaum, G. R.; Zerner, B. J. Am. Chem. Soc. 1961, 84, 2540-2550.
139. Bernhard, S. A.; Tashjian, Z. H. J. Am. Chem. Soc. 1965, 87, 1806.
140. Tonge, P. J.; Carey, P. R. Biochemistry 1989, 28, 6701-6709.
141. Stoddard, B. L.; Bruhnke, J.; Porter, N.; Ringe, D.; Petsko, G. A. Biochemistry 1990, 29, 4871-4879.
142. Westkaemper, R. B.; Abeles, R. H. Biochemistry 1983, 22, 3256-3264.
143. Ringe, D.; Mottonen, J. M.; Gelb, M. H.; Abeles, R. H. Biochemistry 1986, 25, 5633-5638.
144. Huntington, J. A.; Read, R. J.; Carrell, R. W. Nature 2000, 407, 923-926.
145. Hunkapiller, M. W.; Smallcombe, S. H.; Witaker, D. R.; Richards, J. H. J. Biol. Chem. 1973, 248, 8306-8308.
146. Hunkapiller, M. W.; Smallcombe, S. H.; Whitaker, D. R.; Richards, J. H. Biochemistry 1973, 12, 4732-4743.
147. Robillard, G.; Schulman, R. G. J. Mol. Biol. 1974, 86, 541-558.
148. Bachovchin, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 7948-7951.
149. Liang, T.; Abeles, R. H. Biochemistry 1987, 26, 7603-7608.
150. Lin, J.; Westler, W. M.; Cleland, W. W.; Markley, J. L.; Frey, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 14664-14668.
151. Lin, J.; Cassidy, C. S.; Frey, P. A. Biochemistry 1998, 37, 11940-11948.
152. Kossiakoff, A. A.; Spencer, S. A. Nature 1980, 288, 414-416.
153. Gerlt, J. A.; Gassman, P. G. Biochemistry 1993, 32, 11943-11952.
154. Cleland, W. W.; Kreevoy, M. M. Science 1994, 264, 1887-1890.
155. Warshel, A.; Papazyan, A.; Kollman, P. A. Science 1995, 269, 102-106.
156. Guthrie, J. P. Chem. Biol. 1996, 3, 163-170.
157. Shan, S. O.; Loh, S.; Herschlag, D. Science 1996, 272, 97-101.
158. Ash, E. L.; Sudmeier, J. L.; De Fabo, E. C.; Bachovchin, W. W. Science 1997, 278, 1128-1132.
159. Shan, S.; Herschlag, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14474-14479.
160. Bach, R. D.; Dmitrenko, O.; Glukhovtsev, M. N. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7134-7145.
161. Hibbert, F.; Emsley, J. Adv. Phys. Org. Chem. 1990, 26, 255-279.
162. Frey, P. A.; Whitt, S. A.; Tobin, J. B. Science 1994, 264, 1927-1930.
163. Cassidy, C. S.; Lin, J.; Frey, P. A. Biochemistry 1997, 36, 4576-4584.
164. Cleland, W. W.; Frey, P. A.; Gerlt, J. A. J. Biol. Chem. 1998, 273, 25529-25532.
165. Cassidy, C. S.; Lin, J.; Frey, P. A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 273, 789-792.
166. Halkides, C. J.; Wu Y. Q.; Murray, C. J. Biochemistry 1996, 35, 15941-15948.
167. Warshel, A.; Naray-Szabo, G.; Sussman, F.; Hwang, J.-K. Biochemistry 1989, 28, 3629-3639.
168. Corey, D. R.; McGrath, M. E.; Vasquez, J. R.; Fletterick, R. J.; Craik, C. S. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4905-4907.
169. Stratton, J. R.; Pelton, J. G.; Kirsch, J. F. Biochemistry 2001, 40, 10411-10416.
170. O'Sullivan, D. B.; O'Connell, T. P.; Mahon, M. M.; Keonig, A.; Milne, J. J.; Fitzpatrick, T. B.; Malthouse, J. P. Biochemistry 1999, 38, 6187-6194.
171. Brady, K.; Liang, T.-C.; Abeles, R. H. Biochemistry 1989, 28, 9066-9077.
172. Bachovchin, W. W. Biochemistry 1986, 25, 7751-7759.
173. Dutler, H.; Bizzozero, S. A. Acc. Chem. Res. 1989, 22, 322-327.
174. Kidd, R. D.; Sears, P.; Huang, D. H.; Witte, K.; Wong, C. H.; Farber, G. K. Protein Sci. 1999, 8, 410-417.
175. Federov, A.; Shi, W.; Kicksa, G.; Federov, W.; Tyler, P. C.; Furneaux, R. H.; Hanson, J. C.; Gainsford, G. J.; Larese, J. Z.; Schramm, V. L.; Almo, S. C. Biochemistry 2001, 40, 853-860.
176. Perona, J. J.; Craik, C. S.; Fletterick, R. J. Science 1993, 261, 620-622.
177. Singer, P. T.; Smalas, A.; Carty, R. P.; Mangel, W. F.; Sweet, R. M. Science 1993, 259, 669-673.
178. Singer, P. T.; Smalas, A.; Carty, R. P.; Mangel, W. F.; Sweet, R. M. Science 1993, 261, 621-622.
179. Tonge, P. J.; Carey, P. R. Biochemistry 1990, 29, 10723-10727.
180. Tonge, P. J.; Pusztai, M.; White, A. J.; Wharton, A. J.; Wharton, C. W.; Carey, P. R. Biochemistry 1991, 30, 4790-4795.
181. Tonge, P. J.; Carey, P. R. Biochemistry 1992, 31, 9122-9125.
182. Whiting, A. K.; Petricolas, W. L. Biochemistry 1994, 33, 552-561.
183. White, A. J.; Wharton, C. W. Biochem. J. 1990, 270, 627-637.
184. Bender, M. L.; Hamilton, G. A. J. Am. Chem. Soc. 1962, 84, 2570.
185. Chang, T. K.; Chiang, Y. W.; Guo, H.-X.; Kresge, A. J.; Mathew, L.; Powell, M. F.; Wells, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8802-8807.
186. Riechmann, L.; Kasche, V. Biochem Biophys Res Commun 1984, 120, 686-691.
187. Riechmann, L.; Kasche, V. Biochim Biophys Acta 1985, 830, 164-172.
188. Gololobov, M. Y.; Stepanov, V. M.; Voyushina, T. J.; Aldercreutz, P. Eur. J. Biochem. 1993, 217, 955-963.
189. Brouwer, A. C.; Kirsch, J. F. Biochemistry 1982, 21, 1302-1307.
190. Stone, S. R.; Betz, A. Hofsteenge, J. Biochemistry 1991, 30, 9841-9848.
191. Ayala, Y. M.; Di Cera, E. Protein Sci. 2000, 9, 1589-1593.
192. Bauer, C.-A. Biochim. Biophys. Acta 1976, 438, 495-502.
193. Coombs, G. S.; Dang, A. T.; Madison, E. L.; Corey, D. R. J. Biol. Chem. 1996, 271, 4461-4467.
194. Wohl, R. C.; Summaria, L.; Robbins, K. G. J. Biol. Chem. 1980, 255, 2005-2013.
195. Gibbs, C. S.; Coutre, S. E.; Tsiang, M.; Li, W.-X.; Jain, A. K.; Dunn, K. E.; Law, V. S.; Mao, C. T. Matsumara, S. Y.; Mejza, S. J.; Paborsky, L. R.; Leung, L. L. K. Nature 1995, 378, 413-416.
196. Kam, C.-M.; McRae, B. J.; Harper, J. W.; Niemann, M. A.; Volankis, J. E.; Powers, J. C. J. Biol. Chem. 1987, 262, 3444-3451.
197. Taylor, F. R.; Bixler, S. A.; Budman, J. I.; Wen, D.; Karpusas, M.; Ryan, S. T.; Jaworski, G. J.; Safari-Fard, A.; Pollard, S.; Whitty, A. Biochemistry 1999, 38, 2849-2859.
198. Christensen, U.; Ipsen, H.-H. Biochim. Biophys. Acta 1979, 5569, 177-183.
199. Stein, R. L.; Viscarello, B. R.; Wildonger, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 796-798.
200. Hedstrom, L.; Szilagyi, L.; Rutter, W. J. Science 1992, 255, 1249-1253.
201. Wang, E. C. W.; Hung, S.-H.; Cahoon, M.; Hedstrom, L. Protein Eng. 1997, 10, 405-411.
202. Stein, R. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 5767-5775.
203. Brenner, S.; Fuller, R. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 922-926.
204. Bravo, D. A.; Gleason, J. B.; Sanchez, R. I.; Roth, R. A.; Fuller, R. S. J. Biol. Chem. 1994, 269, 25830-25837.
205. Rockwell, N. C.; Fuller, R. S. Biochemistry 2001, 40, 3657-3665.
206. Procter, P.; Gensmantel, N. P.; Page, M. I. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1982, 1185-1192.
207. Pollack, R. M.; Bender, M. L. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 7190-7194.
208. Himoe, A.; Brandt, K. G.; DeSa, R. J.; Hess, G. P. J. Biol. Chem. 1969, 244, 3483-3493.
209. Bender, M. L.; Kezdy, F. J.; Gunter, C. R. J. Am. Chem. Soc. 1964, 86, 3714-3721.
210. Bernhard, S. A.; Gutfreund, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1965, 53, 1238-1243.
211. Ascenzi, P.; Menegatti, E.; Guarneri, M.; Antonini, E. Mol Cell Biochem 1983, 56, 33-8.
212. Berezin, I. V.; Kazanskaya, N. F.; Klyosov, A. A. FEBS Lett. 1971, 15, 121-124.
213. Baggio, R.; Shi, Y.-Q.; Wu, Y.-Q.; Abeles, R. H. Biochemistry 1996, 35, 3351-3353.
214. Harper, J. W.; Cook, R. R.; Roberts, C. J.; McLaughlin, B. J.; Powers, J. C. Biochemistry 1984, 23, 2995-3002.
215. Stein, R. L. Arch. Biochem. Biophys. 1985, 236, 677-680.
216. Thompson, R. C.; Blout, E. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1970, 67, 1734-1740.
217. Tanizawa, K.; Kanaoka, Y.; Lawson, W. B. Acc. Chem. Res. 1987, 20, 337-343.
218. Graf, L.; Jancso, A.; Szilagyi, L.; Hegyi, G.; Pinter, K.; Naray-Szabo, G.; Hepp, J.; Medzihradsky, K.; Rutter, W. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 4961-4965.
219. Hedstrom, L. Biol. Chem. 1996, 377, 465-471.
220. Hedstrom, L.; Perona, J.; Rutter, W. J. Biochemistry 1994, 33, 3, 8757-8763.
221. Szabo, E.; Bocskei, Z.; Narray-Szabo, G.; Graf, L. Eur. J. Biochem. 1999, 263, 20-26.
222. Perona, J. J.; Hedstrom, L.; Wagner, R. L.; Rutter, W. J.; Craik, C. S.; Fletterick, R. Biochemistry 1994, 33, 3252-3259.
223. Willett, W. S.; Gillmore, S. A.; Perona, J. J.; Fletterick, R. J.; Craik, C. J. Biochemistry 1995, 34, 2172-2180.
224. Mace, J. E.; Wilk, B. J.; Agard, D. A. J. Mol. Biol. 195, 251, 116-34.
225. Mace, J. E.; Agard, D. A. J. Mol. Biol. 1995, 254, 720-736.
226. Venekei, I.; Szilagyi, L.; Graf, L.; W. J., R. FEBS Lett. 1996, 379, 143-147.
227. Hung, S.-H.; Hedstrom, L. Protein Eng. 1998, 11, 669-673.
228. Willett, W. S.; Brinen, L. S.; Fletterick, R. J.; Craik, C. J. Biochemistry 1996, 35, 5992-5998.
229. Kurth, T.; Grahn, S.; Thormann, M.; Ullman, D.; Hofman, H.-J.; Jakubke, H.-D.; Hedstrom, L. Biochemistry 1998, 37, 7.
230. Hedstrom, L.; Farr-Jones, S.; Kettner, C.; Rutter, W. J. Biochemistry 1994, 33, 8764-8769.
231. Caputo, A.; James, M. N. G.; Powers, J. C.; Hudig, D.; Bleackley, R. C. Nat. Struct. Biol 1994, 1, 364-367.
232. Tobin, J. B.; Whitt, S. A.; Cassidy, C. S.; Frey, P. A. Biochemistry 1995, 34, 6919-24.
233. Inagami, T.; Murachi, T. J. Biol. Chem. 1964, 239, 1395-1401.
234. Ascenzi, P.; Menegatti, E.; Guarneri, M.; Bortolotti, F.; Antonini, E. Biochemistry 1982, 21, 2483-2490.
235. Robertus, J. D.; Kraut, J.; Alden, R. A.; Birktoft, J. J. Biochemistry 1972, 11, 4293-4218.
236. Read, R. J.; Fujinaga, M.; Sielecki, A. R.; James, M. N. G. Biochemistry 1983, 22, 4420-4433.
237. Katz, B. A.; Finer-Moore, J.; Mortezaei, R.; Rich, D. H.; Stroud, R. M. Biochemistry 1995, 34, 8264-8280.
238. Satterthwait, A. C.; Jencks, W. P. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 7018-7031.
239. Dufton, M. J. FEBS Lett. 1990, 271, 9-13.
240. Fersht, A. R. Enzyme Structure and Mechanism; 2nd ed.; W. H. Freeman and Co.: New York, 1985.
241. Herschlag, D. Bioorg. Chem. 1988, 16, 62-96.
242. Pasternak, A.; White, A.; Jeffrey, C.; Medina, N.; Cahoon, M.; Ringe, D.; Hedstrom, L. Protein Sci. 2001. 10, 1331-1342.
243. Hedstrom, L.; Lin, T.-Y.; Fast, W. Biochemistry 1996, 35, 4515-4523.
244. Pasternak, A.; Liu, X.; Lin, T.-Y.; Hedstrom, L. Biochemistry 1998, 37, 16201-16210.
245. Volankis, J. E.; Narayana, S. V. L. Protein Sci. 1996, 5, 553-564.
246. Narayana, S. V.; Carson, M.; el-Kabbani, O.; Kilpatrick, J. M.; Moore, D.; Chen, X.; Bugg, C. E.; Volanakis, J. E.; DeLucas, L. J. J. Mol. Biol. 1994, 235, 695-708.
247. Kim, S.; Narayana, S. V.; Volanakis, J. E. J. Biol. Chem. 1995, 270, 24399-24405.
248. Post, C. B.; Ray, J. W. J. Biochemistry 1995, 34, 15881-15885.
249. Bone, R.; Silen, J. L.; Agard, D. A. Nature 1989, 339, 191-195.
250. Davis, J. H.; Agard, D. A. Biochemistry 1998, 37, 7696-7707.
251. Bone, R.; Fujishige, A.; Kettner, C. A.; Agard, D. A. Biochemistry 1991, 30, 10388-10398.
252. Rader, S. D.; Agard, D. A. Protein Sci. 1997, 6, 1375-1386.
253. Ota, N.; Agard, D. A. Protein Sci. 2001, 10, 1403-1414.
254. Miller, D. W.; Agard, D. A. J. Mol. Biol. 1999, 286, 267-278.
255. Dang, Q. D.; Vindigni, A.; Di Cera, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 5977-5981.
256. Di Cera, E.; Canwell, A. M. Ann. N. Y. Acad. Sci. 2001, 936, 133-146.
257. Wells, C. M.; Di Cera, E. Biochemistry 1992, 31, 11721-11730.
258. Dang, Q. D.; Di Cera, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 10653-10656.
259. Guinto, E. R.; Vindigni, A.; Ayala, Y. M.; Dang, Q. D.; Di Cera, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 11185-11189.
260. Thompson, R. C.; Blout, E. R. Biochemistry 1973, 12, 57-65.
261. Thompson, R. C.; Blout, E. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1967, 67, 1734-1740.
262. Cannon, W. R.; Benkovic, S. J. J. Biol. Chem. 1998, 273, 26257-26260.
263. Warshel, A. J. Biol. Chem. 1998, 273, 27035-27038.
264. Jencks, W. P. Adv. Enzymol. 1975, 43, 219-410.
265. Di Cera, E.; Dang, Q. D.; Ayala, Y. M. Cell Mol. Life Sci. 1997, 53, 701-730.
266. Esmon, C. T. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1477, 349-360.
267. Kraulis, P. J. J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 946-950.