Functional genomics and NMR spectroscopy

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 10, Issue 8, 2007, Pages 676-697

  Powers, Robert ^a  

^a UNIVERSITY OF NEBRASKA LINCOLN   (United States)

Author keywords

Chemical proteomics; Functional genomics; Hypothetical proteins; NMR; NMR high throughput screens; NMR metabolomics; Protein structure initiative; Protein ligand binding; Protein ligand co structures; Structural biology; Structural genomics

Indexed keywords

BINDING AFFINITY; FUNCTIONAL GENOMICS; FUNCTIONAL PROTEOMICS; GENE OVEREXPRESSION; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN GENOME PROJECT; LIGAND BINDING; MASS SPECTROMETER; METABOLOMICS; NITROGEN NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTON NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; REVIEW; STRUCTURAL GENOMICS;

BASE SEQUENCE; BINDING SITES; COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; GENE EXPRESSION PROFILING; GENOMICS; LIGANDS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; PROTEIN ARRAY ANALYSIS; PROTEINS; SEQUENCE ANALYSIS, PROTEIN;

EID: 36048970476     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620707782507331     Document Type: Review

References (274)

1. Lander, E.S.; Linton, L.M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, M.C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; FitzHugh, W.; Funke, R.; Gage, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; LeVine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, J.P.; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; Sougnez, C.; Stange-Thomann, N.; Stojanovic, N.; Subramanian, A.; Wyman, D.; Rogers, J.; Sulston, J.; Ainscough, R.; Beck, S.; Bentley, D.; Burton, J.; Clee, C.; Carter, N.; Coulson, A.; Deadman, R.; Deloukas, P.; Dunham, A.; Dunham, I.; Durbin, R.; French, L.; Grafham, D.; Gregory, S.; Hubbard, T.; Humphray, S.; Hunt, A.; Jones, M.; Lloyd, C.; McMurray, A.; Matthews, L.; Mercer, S.; Milne, S.; Mullikin, J.C.; Mungall, A.; Plumb, R.; Ross, M.; Shownkeen, R.; Sims, S.; Waterston, R.H.; Wilson, R.K.; Hillier, L.W.; McPherson, J.D.; Marra, M.A.; Mardis, E.R.; Fulton, L.A.; Chinwalla, A.T.; Pepin, K.H.; Gish, W.R.; Chissoe, S.L.; Wendl, M.C.; Delehaunty, K.D.; Miner, T.L.; Delehaunty, A.; Kramer, J.B.; Cook, L.L.; Fulton, R.S.; Johnson, D.L.; Minx, P.J.; Clifton, S.W.; Hawkins, T.; Branscomb, E.; Predki, P.; Richardson, P.; Wenning, S.; Slezak, T.; Doggett, N.; Cheng, J.F.; Olsen, A.; Lucas, S.; Elkin, C.; Uberbacher, E.; Frazier, M.; Gibbs, R.A.; Muzny, D.M.; Scherer, S.E.; Bouck, J.B.; Sodergren, E.J.; Worley, K.C.; Rives, C.M.; Gorrell, J.H.; Metzker, M.L.; Naylor, S.L.; Kucherlapati, R.S.; Nelson, D.L.; Weinstock, G.M.; Sakaki, Y.; Fujiyama, A.; Hattori, M.; Yada, T.; Toyoda, A.; Itoh, T.; Kawagoe, C.; Watanabe, H.; Totoki, Y.; Taylor, T.; Weissenbach, J.; Heilig, R.; Saurin, W.; Artiguenave, F.; Brottier, P.; Bruls, T.; Pelletier, E.; Robert, C.; Wincker, P.; Smith, D.R.; Doucette-Stamm, L.; Rubenfield, M.; Weinstock, K.; Lee, H.M.; Dubois, J.; Rosenthal, A.; Platzer, M.; Nyakatura, G.; Taudien, S.; Rump, A.; Yang, H.; Yu, J.; Wang, J.; Huang, G.; Gu, J.; Hood, L.; Rowen, L.; Madan, A.; Qin, S.; Davis, R.W.; Federspiel, N.A.; Abola, A.P.; Proctor, M.J.; Myers, R.M.; Schmutz, J.; Dickson, M.; Grimwood, J.; Cox, D.R.; Olson, M.V.; Kaul, R.; Raymond, C.; Shimizu, N.; Kawasaki, K.; Minoshima, S.; Evans, G.A.; Athanasiou, M.; Schultz, R.; Roe, B.A.; Chen, F.; Pan, H.; Ramser, J.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; McCombie, W.R.; de la Bastide, M.; Dedhia, N.; Blocker, H.; Hornischer, K.; Nordsiek, G.; Agarwala, R.; Aravind, L.; Bailey, J.A.; Bateman, A.; Batzoglou, S.; Birney, E.; Bork, P.; Brown, D.G.; Burge, C.B.; Cerutti, L.; Chen, H.C.; Church, D.; Clamp, M.; Copley, R.R.; Doerks, T.; Eddy, S.R.; Eichler, E.E.; Furey, T.S.; Galagan, J.; Gilbert, J.G.; Harmon, C.; Hayashizaki, Y.; Haussler, D.; Hermjakob, H.; Hokamp, K.; Jang, W.; Johnson, L.S.; Jones, T.A.; Kasif, S.; Kaspryzk, A.; Kennedy, S.; Kent, W.J.; Kitts, P.; Koonin, E.V.; Korf, I.; Kulp, D.; Lancet, D.; Lowe, T.M.; McLysaght, A.; Mikkelsen, T.; Moran, J.V.; Mulder, N.; Pollara, V.J.; Ponting, C.P.; Schuler, G.; Schultz, J.; Slater, G.; Smit, A.F.; Stupka, E.; Szustakowski, J.; Thierry-Mieg, D.; Thierry-Mieg, J.; Wagner, L.; Wallis, J.; Wheeler, R.; Williams, A.; Wolf, Y.I.; Wolfe, K.H.; Yang, S.P.; Yeh, R.F.; Collins, F.; Guyer, M.S.; Peterson, J.; Felsenfeld, A.; Wetterstrand, K.A.; Patrinos, A.; Morgan, M.J.; Szustakowki, J.; de Jong, P.; Catanese, J.J.; Osoegawa, K.; Shizuya, H.; Choi, S.; Chen, Y. J.; Consortium, I.H.G.S. Nature, 2001, 409, 860.
2. Venter, C.; Adams, M.D.; Myers, E.W.; Li, P.W.; Mural, R.J.; Sutton, G.G.; Smith, H.O.; Yandell, M.; Evans, C.A.; Holt, R.A.; Gocayne, J.D.; Amanatides, P.; Ballew, R.M.; Huson, D.H.; Wortman, J.R.; Zhang, Q.; Kodira, C.D.; Zheng, X.H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P.D.; Zhang, J.; Miklos, G.L.G.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A.G.; Nadeau, J.; McKusick, V.A.; Zinder, N.; Levine, A.J.; Roberts, R.J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T.J.; Higgins, M.E.; Ji, R.-R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G.V.; Milshina, N.; Moore, H.M.; Naik, A.K.; Narayan, V.A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D.B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z. Y.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.-H.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C.; Yao, A.; Ye, J.; Zhan, M.; Zhang, W.; Zhang, H.; Zhao, Q.; Zheng, L.; Zhong, F.; Zhong, W.; Zhu, S.C.; Zhao, S.; Gilbert, D.; Baumhueter, S.; Spier, G.; Carter, C.; Cravchik, A.; Woodage, T.; Ali, F.; An, H.; Awe, A.; Baldwin, D.; Baden, H.; Barnstead, M.; Barrow, I.; Beeson, K.; Busam, D.; Carver, A.; Center, A.; Cheng, M.L.; Curry, L.; Danaher, S.; Davenport, L.; Desilets, R.; Dietz, S.; Dodson, K.; Doup, L.; Ferriera, S.; Garg, N.; Gluecksmann, A.; Hart, B.; Haynes, J.; Haynes, C.; Heiner, C.; Hladun, S.; Hostin, D.; Houck, J.; Howland, T.; Ibegwam, C.; Johnson, J.; Kalush, F.; Kline, L.; Koduru, S.; Love, A.; Mann, F.; May, D.; McCawley, S.; McIntosh, T.; McMullen, I.; Moy, M.; Moy, L.; Murphy, B.; Nelson, K.; Pfannkoch, C.; Pratts, E.; Puri, V.; Qureshi, H.; Reardon, M.; Rodriguez, R.; Rogers, Y.-H.; Romblad, D.; Ruhfel, B.; Scott, R.; Sitter, C.; Smallwood, M.; Stewart, E.; Strong, R.; Suh, E.; Thomas, R.; Tint, N.N.; Tse, S.; Vech, C.; Wang, G.; Wetter, J.; Williams, S.; Williams, M.; Windsor, S.; Winn-Deen, E.; Wolfe, K.; Zaveri, J.; Zaveri, K.; Abril, J. F.; Guigó, R.; Campbell, M. J.; Sjolander, K.V.; Karlak, B.; Kejariwal, A.; Mi, H.; Lazareva, B.; Hatton, T.; Narechania, A.; Diemer, K.; Muruganujan, A.; Guo, N.; Sato, S.; Bafna, V.; Istrail, S.; Lippert, R.; Schwartz, R.; Walenz, B.; Yooseph, S.; Allen, D.; Basu, A.; Baxendale, J.; Blick, L.; Caminha, M.; Carnes-Stine, J.; Caulk, P.; Chiang, Y.-H.; Coyne, M.; Dahlke, C.; Mays, A.D.; Dombroski, M.; Donnelly, M.; Ely, D.; Esparham, S.; Fosler, C.; Gire, H.; Glanowski, S.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gorokhov, M.; Graham, K.; Gropman, B.; Harris, M.; Heil, J.; Henderson, S.; Hoover, J.; Jennings, D.; Jordan, C.; Jordan, J.; Kasha, J.; Kagan, L.; Kraft, C.; Levitsky, A.; Lewis, M.; Liu, X.; Lopez, J.; Ma, D.; Majoros, W.; McDaniel, J.; Murphy, S.; Newman, M.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nodell, M.; Pan, S.; Peck, J.; Peterson, M.; Rowe, W.; Sanders, R.; Scott, J.; Simpson, M.; Smith, T.; Sprague, A.; Stockwell, T.; Turner, R.; Venter, E.; Wang, M.; Wen, M.; Wu, D.; Wu, M.; Xia, A.; Zandieh, A.; Zhu, X. Science, 2001, 291, 1304.
3. Mikkelsen, T.S.; Hillier, L.W.; Eichler, E.E.; Zody, M.C.; Jaffe, D.B.; Yang, S.-P.; Enard, W.; Hellnann, I.; Lindbladd-Toh, K.; Altheide, T.K.; Archidiacono, N.; Bork, P.; Butler, J.; Chang, J.L.; Cheng, Z.; Chinwalla, A.T.; de Jong, P.; Delehaunty, K.D.; Fronick, C.C.; Fulton, L.L.; Gilad, Y.; Glusman, G.; Gneere, S.; Graves, T.A.; Hayakawa, T.; Hayden, K.E.; Huang, X.; Ji, H.; Kent, W.J.; King, M.-C.; Kulbokaslll, E.J.; Lee, M.K.; Liu, G.; Lopez-Otin, C.; Makova, K.D.; Man, O.; Mardis, E.R.; Mauceli, E.; Miner, T.L.; Nash, W.E.; Nelson, J.O.; Paeaebo, S.; Patterson, N.J.; Pohl, C.S.; Pollard, K.S.; Pruefer, K.; Puente, X.S.; Reich, D.; Rocchi, M.; Rosenbloom, K.; Ruvolo, M.; Richter, D.J.; Schaffner, S.F.; Smit, A.F. A.; Smith, S.M.; Suyama, M.; Taylor, J.; Torrents, D.; Tuzun, E.; Varki, A.; Velasco, G.; Ventura, M.; Wallis, J.W.; Wendl, M.C.; Wilson, R.K.; Lander, E.S.; Waterston, R. H. Nature, 2005, 437, 69.
4. Lindblad-Toh, K.; Wade, C.M.; Mikkelsen, T.S.; Karlsson, E.K.; Jaffe, D.B.; Kamal, M.; Clamp, M.; Chang, J.L.; Kulbokas, E.J.; Zody, M.C.; Mauceli, E.; Xie, X.; Breen, M.; Wayne, R.K.; Ostrander, E.A.; Ponting, C.P.; Galibert, F.; Smith, D.R.; de Jong, P.J.; Kirkness, E.; Alvarez, P.; Biagi, T.; Brockman, W.; Butler, J.; Chin, C.-W.; Cook, A.; Cuff, J.; Daly, M.J.; DeCaprio, D.; Gnerre, S.; Grabherr, M.; Kellis, M.; Kleber, M.; Bardeleben, C.; Goodstadt, L.; Heger, A.; Hitte, C.; Kim, L.; Koepfli, K.-P.; Parker, H.G.; Pollinger, J.P.; Searle, S.M.J.; Sutter, N.B.; Thomas, R.; Webber, C.; Baldwin, J.; Abebe, A.; Abouelleil, A.; Aftuck, L.; Ait-zahra, M.; Aldredge, T.; Allen, N.; An, P.; Anderson, S.; Antoine, C.; Arachchi, H.; Aslam, A.; Ayotte, L.; Bachantsang, P.; Barry, A.; Bayul, T.; Benamara, M.; Berlin, A.; Bessette, D.; Blitshteyn, B.; Bloom, T.; Blye, J.; Boguslavskiy, L.; Bonnet, C.; Boukhgalter, B.; Brown, A.; Cahill, P.; Calixte, N.; Camarata, J.; Cheshatsang, Y.; Chu, J.; Citroen, M.; Collymore, A.; Cooke, P.; Dawoe, T.; Daza, R.; Decktor, K.; DeGray, S.; Dhargay, N.; Dooley, K.; Dooley, K.; Dorje, P.; Dorjee, K.; Dorris, L.; Duffey, N.; Dupes, A.; Egbiremolen, O.; Elong, R.; Falk, J.; Farina, A.; Faro, S.; Ferguson, D.; Ferreira, P.; Fisher, S.; FitzGerald, M.; Foley, K.; Foley, C.; Franke, A.; Friedrich, D.; Gage, D.; Garber, M.; Gearin, G.; Giannoukos, G.; Goode, T.; Goyette, A.; Graham, J.; Grandbois, E.; Gyaltsen, K.; Hafez, N.; Hagopian, D.; Hagos, B.; Hall, J.; Healy, C.; Hegarty, R.; Honan, T.; Horn, A.; Houde, N.; Hughes, L.; Hunnicutt, L.; Husby, M.; Jester, B.; Jones, C.; Kamat, A.; Kanga, B.; Kells, C.; Khazanovich, D.; Kieu, A.C.; Kisner, P.; Kumar, M.; Lance, K.; Landers, T.; Lara, M.; Lee, W.; Leger, J.-P.; Lennon, N.; Leuper, L.; LeVine, S.; Liu, J.; Liu, X.; Lokyitsang, Y.; Lokyitsang, T.; Lui, A.; Macdonald, J.; Major, J.; Marabella, R.; Maru, K.; Matthews, C.; McDonough, S.; Mehta, T.; Meldrim, J.; Melnikov, A.; Meneus, L.; Mihalev, A.; Mihova, T.; Miller, K.; Mittelman, R.; Mlenga, V.; Mulrain, L.; Munson, G.; Navidi, A.; Naylor, J.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nguyen, C.; Nguyen, T.; Nicol, R.; Norbu, N.; Norbu, C.; Novod, N.; Nyima, T.; Olandt, P.; O'Neill, B.; O'Neill, K.; Osman, S.; Oyono, L.; Patti, C.; Perrin, D.; Phunkhang, P.; Pierre, F.; Priest, M.; Rachupka, A.; Raghuraman, S.; Rameau, R.; Ray, V.; Raymond, C.; Rege, F.; Rise, C.; Rogers, J.; Rogov, P.; Sahalie, J.; Settipalli, S.; Sharpe, T.; Shea, T.; Sheehan, M.; Sherpa, N.; Shi, J.; Shih, D.; Sloan, J.; Smith, C.; Sparrow, T.; Stalker, J.; Stange-Thomann, N.; Stavropoulos, S.; Stone, C.; Stone, S.; Sykes, S.; Tchuinga, P.; Tenzing, P.; Tesfaye, S.; Thoulutsang, D.; Thoulutsang, Y.; Topham, K.; Topping, I.; Tsamla, T.; Vassiliev, H.; Venkataraman, V.; Vo, A.; Wangchuk, T.; Wangdi, T.; Weiand, M.; Wilkinson, J.; Wilson, A.; Yadav, S.; Yang, S.; Yang, X.; Young, G.; Yu, Q.; Zainoun, J.; Zembek, L.; Zimmer, A.; Lander, E. S. Nature, 2005, 438, 803.
5. Waterston, R.H.; Lindblad-Toh, K.; Birney, E.; Rogers, J.; Abril, J.F.; Agarwal, P.; Agarwala, R.; Ainscough, R.; Alexandersson, M.; An, P.; Antonarakis, S.E.; Attwood, J.; Baertsch, R.; Bailey, J.; Barlow, K.; Beck, S.; Berry, E.; Birren, B.; Bloom, T.; Bork, P.; Botcherby, M.; Bray, N.; Brent, M.R.; Brown, D.G.; Brown, S.D.; Bult, C.; Burton, J.; Butler, J.; Campbell, R.D.; Carninci, P.; Cawley, S.; Chiaromonte, F.; Chinwalla, A.T.; Church, D.M.; Clamp, M.; Clee, C.; Collins, F.S.; Cook, L.L.; Copley, R.R.; Coulson, A.; Couronne, O.; Cuff, J.; Curwen, V.; Cutts, T.; Daly, M.; David, R.; Davies, J.; Delehaunty, K.D.; Deri, J.; Dermitzakis, E.T.; Dewey, C.; Dickens, N.J.; Diekhans, M.; Dodge, S.; Dubchak, I.; Dunn, D.M.; Eddy, S.R.; Elnitski, L.; Emes, R.D.; Eswara, P.; Eyras, E.; Felsenfeld, A.; Fewell, G.A.; Flicek, P.; Foley, K.; Frankel, W.N.; Fulton, L.A.; Fulton, R.S.; Furey, T.S.; Gage, D.; Gibbs, R.A.; Glusman, G.; Gnerre, S.; Goldman, N.; Goodstadt, L.; Grafham, D.; Graves, T.A.; Green, E.D.; Gregory, S.; Guigo, R.; Guyer, M.; Hardison, R.C.; Haussler, D.; Hayashizaki, Y.; Hillier, L.W.; Hinrichs, A.; Hlavina, W.; Holzer, T.; Hsu, F.; Hua, A.; Hubbard, T.; Hunt, A.; Jackson, I.; Jaffe, D.B.; Johnson, L. S.; Jones, M.; Jones, T.A.; Joy, A.; Kamal, M.; Karlsson, E.K.; Karolchik, D.; Kasprzyk, A.; Kawai, J.; Keibler, E.; Kells, C.; Kent, W.J.; Kirby, A.; Kolbe, D.L.; Korf, I.; Kucherlapati, R.S.; Kulbokas, E.J.; Kulp, D.; Landers, T.; Leger, J.P.; Leonard, S.; Letunic, I.; Levine, R.; Li, J.; Li, M.; Lloyd, C.; Lucas, S.; Ma, B.; Maglott, D.R.; Mardis, E.R.; Matthews, L.; Mauceli, E.; Mayer, J.H.; McCarthy, M.; McCombie, W.R.; McLaren, S.; McLay, K.; McPherson, J.D.; Meldrim, J.; Meredith, B.; Mesirov, J.P.; Miller, W.; Miner, T.L.; Mongin, E.; Montgomery, K.T.; Morgan, M.; Mott, R.; Mullikin, J.C.; Muzny, D.M.; Nash, W.E.; Nelson, J.O.; Nhan, M.N.; Nicol, R.; Ning, Z.; Nusbaum, C.; O'Connor, M.J.; Okazaki, Y.; Oliver, K.; Overton-Larty, E.; Pachter, L.; Parra, G.; Pepin, K.H.; Peterson, J.; Pevzner, P.; Plumb, R.; Pohl, C.S.; Poliakov, A.; Ponce, T.C.; Ponting, C.P.; Potter, S.; Quail, M.; Reymond, A.; Roe, B.A.; Roskin, K.M.; Rubin, E.M.; Rust, A.G.; Santos, R.; Sapojnikov, V.; Schultz, B.; Schultz, J.; Schwartz, M.S.; Schwartz, S.; Scott, C.; Seaman, S.; Searle, S.; Sharpe, T.; Sheridan, A.; Shownkeen, R.; Sims, S.; Singer, J.B.; Slater, G.; Smit, A.; Smith, D.R.; Spencer, B.; Stabenau, A.; Stange-Thomann, N.; Sugnet, C.; Suyama, M.; Tesler, G.; Thompson, J.; Torrents, D.; Trevaskis, E.; Tromp, J.; Ucla, C.; Ureta-Vidal, A.; Vinson, J.P.; von Niederhausern, A.C.; Wade, C.M.; Wall, M.; Weber, R.J.; Weiss, R.B.; Wendl, M.C.; West, A.P.; Wetterstrand, K.; Wheeler, R.; Whelan, S.; Wierzbowski, J.; Willey, D.; Williams, S.; Wilson, R.K.; Winter, E.; Worley, K.C.; Wyman, D.; Yang, S.; Yang, S.-P.; Zdobnov, E.M.; Zody, M.C.; Lander, E.S. Nature, 2002, 420, 520.
6. Poinar, H.N.; Schwarz, C.; Qi, J.; Shapiro, B.; MacPhee, R.D.E.; Buigues, B.; Tikhonov, A.; Huson, D.H.; Tomsho, L.P.; Auch, A.; Rampp, M.; Miller, W.; Schuster, S.C. Science, 2006, 311, 392.
7. Frishman, D.; Mokrejs, M.; Kosykh, D.; Kastenmuller, G.; Kolesov, G.; Zubrzycki, I.; Gruber, C.; Geier, B.; Kaps, A.; Albermann, K.; Volz, A.; Wagner, C.; Fellenberg, M.; Heumann, K.; Mewes, H.-W. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 207.
8. Mewes, H.W.; Frishman, D.; Gueldener, U.; Mannhaupt, G.; Mayer, K.; Mokrejs, M.; Morgenstern, B.; Muensterkoetter, M.; Rudd, S.; Weil, B. Nucleic Acids Res., 2002, 30, 31.
9. Thomas, P.D.; Kejariwal, A.; Campbell, M.J.; Mi, H.; Diemer, K.; Guo, N.; Ladunga, I.; Ulitsky-Lazareva, B.; Muruganujan, A.; Rabkin, S.; Vandergriff, J.A.; Doremieux, O. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 334.
10. Bernal, A.; Ear, U.; Kyrpides, N. Nucleic Acids Res., 2001, 29, 126.
11. Wheeler, D.L.; Barrett, T.; Benson, D.A.; Bryant, S.H.; Canese, K.; Chetvernin, V.; Church, D.M.; DiCuccio, M.; Edgar, R.; Federhen, S.; Geer, L.Y.; Kapustin, Y.; Khovayko, O.; Landsman, D.; Lipman, D.J.; Madden, T.L.; Maglott, D.R.; Ostell, J.; Miller, V.; Pruitt, K.D.; Schuler, G.D.; Sequeira, E.; Sherry, S.T.; Sirotkin, K.; Souvorov, A.; Starchenko, G.; Tatusov, R.L.; Tatusova, T.A.; Wagner, L.; Yaschenko, E. Nucleic Acids Res., 2007, 35, D5.
12. Caskey, C.T.; Rossiter, B.J.F. J. Pharm. Pharmacol., 1992, 44, 198.
13. Jensen, L.J.; Gupta, R.; Staerfeldt, H.H.; Brunak, S. Bioinformatics, 2003, 19, 635.
14. Pouliot, Y.; Gao, J.; Su, Q.J.; Liu, G.G.; Ling, X.B. Genome Res., 2001, 11, 1766.
15. Brenner, S.E. Nat. Struct. Biol., 2000, 7, 967.
16. Burley, S.K.; Almo, S.C.; Bonanno, J.B.; Capel, M.; Chance, M.R.; Gaasterland, T.; Lin, D.; Sali, A.; Studier, F.W.; Swaminathan, S. Nat. Genet., 1999, 23, 151.
17. Burley, S.K. Nat. Struct. Biol., 2000, 7, 932.
18. Shin, D.H.; Yokota, H.; Kim, R.; Kim, S.-H. J. Struct. Func. Genomics, 2002, 2, 53.
19. Shin, D.H.; Yokota, H.; Kim, R.; Kim, S.-H. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 7980.
20. Pineda-Lucena, A.; Liao, J.; Wu, B.; Yee, A.; Cort, J.R.; Kennedy, M.A.; Edwards, A.M.; Arrowsmith, C.H. Proteins: Struct. Funct. Genet., 2002, 47, 572.
21. Schulze-Gahmen, U.; Pelaschier, J.; Yokota, H.; Kim, R.; Kim, S.-H. Proteins: Struct. Funct. Genet., 2003, 50, 526.
22. Kumaran, D.; Eswaramoorthy, S.; Gerchman, S.E.; Kycia, H.; Studier, F.W.; Swaminathan, S. Proteins: Struct. Funct. Genet., 2003, 52, 283.
23. Das, K.; Xiao, R.; Wahlberg, E.; Hsu, F.; Arrowsmith, C.H.; Montelione, G.T.; Arnold, E. Proteins: Struct. Funct. Genet., 2001, 45, 486.
24. von Grotthuss, M.; Plewczynski, D.; Ginalski, K.; Rychlewski, L.; Shakhnovich, E. I. BMC Bioinformatics, 2006, 7, 53.
25. Friedberg, I.; Jambon, M.; Godzik, A. Protein Sci., 2006, 15, 1527.
26. Bonanno, J.B.; Almo, S.C.; Bresnick, A.; Chance, M.R.; Fiser, A.; Swaminathan, S.; Jiang, J.; Studier, F.W.; Shapiro, L.; Lima, C.D.; Gaasterland, T.M.; Sali, A.; Bain, K.; Feil, I.; Gao, X.; Lorimer, D.; Ramos, A.; Sauder, J.M.; Wasserman, S.R.; Emtage, S.; D'Amico, K.L.; Burley, S.K. J. Struct. Funct. Genomics, 2005, 6, 225.
27. Anon Proteins: Struct. Funct. Bioinformatics, 2004, 56, 181.
28. Lattman, E. Proteins: Struct. Funct. Bioinformatics, 2004, 54, 611.
29. White, R.H. J. Bacteriol., 2006, 188, 3431.
30. Pan, Y. Frontiers of Biotechnol. Pharmac., 2001, 2, 1.
31. Auffray, C.; Imbeaud, S.; Roux-Rouquie, M.; Hood, L. Comptes Rendus Biologies 2003, 326, 879.
32. Friedman, A.; Perrimon, N. Curr. Opin. Genet. Devel., 2004, 14, 470.
33. Hughes, T.R.; Robinson, M.D.; Mitsakakis, N.; Johnston, M. Curr. Opin. Microbiol., 2004, 7, 546.
34. Sauer, S.; Konthur, Z.; Lehrach, H. Comb. Chem. High Throughput Screen., 2005, 8, 659.
35. Brown, P.O.; Botstein, D. Nat. Genet., 1999, 21, 33.
36. Giot, L.; Bader, J.S.; Brouwer, C.; Chaudhuri, A.; Kuang, B.; Li, Y.; Hao, Y.L.; Ooi, C.E.; Godwin, B.; Vitols, E.; Vijayadamodar, G.; Pochart, P.; Machineni, H.; Welsh, M.; Kong, Y.; Zerhusen, B.; Malcolm, R.; Varrone, Z.; Collis, A.; Minto, M.; Burgess, S.; McDaniel, L.; Stimpson, E.; Spriggs, F.; Williams, J.; Neurath, K.; Ioime, N.; Agee, M.; Voss, E.; Furtak, K.; Renzulli, R.; Aanensen, N.; Carrolla, S.; Bickelhaupt, E.; Lazovatsky, Y.; DaSilva, A.; Zhong, J.; Stanyon, C.A.; Finley, R.L., Jr.; White, K.P.; Braverman, M.; Jarvie, T.; Gold, S.; Leach, M.; Knight, J.; Shimkets, R.A.; McKenna, M.P.; Chant, J.; Rothberg, J.M. Science, 2003, 302, 1727.
37. Kang, S.-H.; Lim, W.-S.; Kim, K.-H. Mol. Cells, 2004, 18, 122.
38. Phizicky, E.; Bastiaens, P.I.H.; Zhu, H.; Snyder, M.; Fields, S. Nature, 2003, 422, 208.
39. Jensen, O.N. Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2006, 7, 391.
40. Kim, T.H.; Ren, B. Annu. Rev. Genom. Hum. Genet., 2006, 7, 81.
41. Solomon, M.J.; Varshavsky, A. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1985, 82, 6470.
42. Durick, K.; Mendlein, J.; Xanthopoulos, K.G. Genome Res., 1999, 9, 1019.
43. Parinov, S.; Sundaresan, V. Curr. Opin. Biotechnol., 2000, 11, (2), 157.
44. Vidan, S.; Snyder, M. Curr. Opin. Biotechnol., 2001, 12, 28.
45. Vanhecke, D.; Janitz, M. Drug Discov. Today, 2005, 10, 205.
46. Forster, J.; Gombert, A.K.; Nielsen, J. Biotechnol. Bioengin., 2002, 79, 703.
47. Mendes, P. Brief Bioinformatics, 2002, 3, 134.
48. Maercker, C. Biosci. Rep., 2005, 25, 57.
49. Schweitzer, B.; Predki, P.; Snyder, M. Proteomics, 2003, 3, 2190.
50. Altschul, S.F.; Madden, T.L.; Schaffer, A.A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D.J. Nucleic Acid Res., 1997, 25, 3389.
51. Thompson, J.D.; Higgins, D.G.; Gibson, T.J. Nucleic. Acid Res., 1994, 22, 4673.
52. Pearson, W.R. Methods Mol. Biol., 2000, 132, 185.
53. He, J.; Dai, X.; Zhao, X. BMC Bioinformatics, 2007, 8, 53.
54. Devos, D.; Valencia, A. Trends Genet., 2001, 17, 429.
55. Brenner, S.E. Trends Genet., 1999, 15, 132.
56. Rost, B. J. Mol. Biol., 2002, 318, 595.
57. Orengo, C.A.; Michie, A.D.; Jones, S.; Jones, D.T.; Swindells, M.B.; Thornton, J.M. Structure, 1997, 5, 1093.
58. Andreeva, A.; Howorth, D.; Brenner, S.E.; Hubbard, T.J.P.; Chothia, C.; Murzin, A.G. Nucleic Acid Res., 2004, 32, D226.
59. Selengut, J.D.; Haft, D.H.; Davidsen, T.; Ganapathy, A.; Gwinn-Giglio, M.; Nelson, W.C.; Richter, A.R.; White, O. Nucleic Acid Res., 2007, 35, D260.
60. Watson, J.D.; Laskowski, R.A.; Thornton, J.M. Curr. Opin. Struct. Biol., 2005, 15, 275.
61. Dietmann, S.; Park, J.; Notredame, C.; Heger, A.; Lappe, M.; Holm, L. Nucleic Acid Res., 2001, 29, 55.
62. Orengo, C.A.; Taylor, W.R. Methods Enzymol., 1996, 266, 617.
63. Shindyalov, I.N.; Bourne, P.E. Protein Engin., 1998, 11, 739.
64. Zhang, Y.; Skolnick, J. Nucleic Acid Res., 2005, 33, 2302.
65. Gibrat, J.-F.; Madej, T.; Bryant, S.H. Curr. Opin. Struct. Biol.,1996, 6, 377.
66. Koehl, P. Curr. Opin. Struct. Biol., 2001, 11, (3), 348.
67. Mirny, L.A.; Shakhnovich, E.I. J. Mol. Biol., 1999, 291, 177.
68. Bauer, F.; Schweimer, K.; Kluver, E.; Conejo-Garcia, J.-R.; Forssmann, W.-G.; Rosch, P.; Adermann, K.; Sticht, H. Protein Sci., 2001, 10, 2470.
69. Moy, F.J.; Diblasio, E.; Wilhelm, J.; Powers, R. J. Mol. Biol., 2001, 310, (1), 219.
70. Powers, R.; Garrett, D.S.; March, C.J.; Frieden, E.A.; Gronenborn, A.M.; Clore, G.M. Biochemistry, 1993, 32, 6744.
71. Powers, R.; Garrett, D.S.; March, C.J.; Frieden, E.A.; Gronenborn, A.M.; Clore, G.M. Science (Washington, DC, United States), 1992, 256, 1673.
72. Gajiwala, K.S.; Chen, H.; Cornille, F.; Roques, B.P.; Reith, W.; Mach, B.; Burley, S.K. Nature, 2000, 403, 916.
73. Wu, R.; Skaar, E.P.; Zhang, R.; Joachimiak, G.; Gornicki, P.; Schneewind, O.; Joachimiak, A. J. Biol. Chem., 2005, 280, 2840.
74. Zvelebil, M.J.; Barton, G.J.; Taylor, W.R.; Sternberg, M.J.E. J. Mol. Biol., 1987, 195, 957.
75. Livingstone, C.D.; Barton, G.J. CABIOS, 1993, 9, 745.
76. Powers, R.; Mirkovic, N.; Goldsmith-Fischman, S.; Acton, T.B.; Chiang, Y.; Huang, Y.J.; Ma, L.; Rajan, P.K.; Cort, J.R.; Kennedy, M.A.; Liu, J.; Rost, B.; Honig, B.; Murray, D.; Montelione, G.T. Protein Sci., 2005, 14, 2849.
77. de Pereda, J.M.; Waas, W.F.; Jan, Y.; Ruoslahti, E.; Schimmel, P.; Pascual, J. J. Biol. Chem., 2004, 279, 8111.
78. Schmitt, E.; Mechulam, Y.; Fromant, M.; Plateau, P.; Blanquet, S. EMBO J., 1997, 16, 4760.
79. Kleywegt, G.J. J. Mol. Biol., 1999, 285, (4), 1887.
80. Barker, J.A.; Thornton, J. M. Bioinformatics, 2003, 19, 1644.
81. Wallace, A.C.; Borkakoti, N.; Thornton, J.M. Protein Sci., 1997, 6, (11), 2308.
82. Cammer, S.A.; Hoffman, B.T.; Speir, J.A.; Canady, M.A.; Nelson, M.R.; Knutson, S.; Gallina, M.; Baxter, S.M.; Fetrow, J.S. J. Mol. Biol., 2003, 334, 387.
83. Goldman, B.B.; Wipke, W.T. J. Chem. Info. Comp. Sci., 2000, 40, 644.
84. Kinoshita, K.; Nakamura, H. Protein Sci., 2003, 12, 1589.
85. Fetrow, J.S.; Skolnick, J. J. Mol. Biol., 1998, 281, 949.
86. Guo, T.; Shi, Y.; Sun, Z. Protein Engin. Des. Sel., 2005, 18, 65.
87. Kitson, D.H.; Badretdinov, A.; Zhu, Z.-Y.; Velikanov, M.; Edwards, D.J.; Olszewski, K.; Szalma, S.; Yan, L. Briefings in Bioinformatics, 2002, 3, 32.
88. Fetrow, J.S.; Godzik, A.; Skolnick, J. J. Mol. Biol., 1998, 282, 703.
89. Johnson, J.M.; Church, G.M. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 3965.
90. Gutteridge, A.; Thornton, J.M. Trends Biochemi. Sci., 2005, 30, 622.
91. Laskowski, R.A.; Watson, J.D.; Thornton, J.M. J. Mol. Biol., 2005, 351, 614.
92. Tian, W.; Arakaki, A.K.; Skolnick, J. Nucleic Acid Res., 2004, 32, 6226.
93. Panchenko, A.R.; Kondrashov, F.; Bryant, S. Protein Sci., 2004, 13, 884.
94. Burgoyne, N.J.; Jackson, R.M. Bioinformatics, 2006, 22, 1335.
95. Laurie, A.T.R.; Jackson, R.M. Bioinformatics, 2005, 21, 1908.
96. Pazos, F.; Sternberg, M. J. E. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 2004, 101, 14754.
97. Huang, B.; Schroeder, M. BMC Struct. Biol., 2006, 6, No pp given.
98. Brady, G.P., Jr.; Stouten, P.F.W. J. Comp.-Aided Mol. Des., 2000, 14, 383.
99. Schmitt, S.; Kuhn, D.; Klebe, G. J. Mol. Biol., 2002, 323, 387.
100. Naumann, T.; Matter, H. J. Med. Chem., 2002, 45, 2366.
101. Ko, J.; Murga, L.F.; Wei, Y.; Ondrechen, M.J. Bioinformatics, 2005, 21, i258.
102. Morris, G.M.; Goodsell, D.S.; Halliday, R.S.; Huey, R.; Hart, W.E.; Belew, R.K.; Olson, A.J. J. Comp. Chem., 1998, 19, 1639.
103. Chakrabarti, R.; Klibanov, A.M.; Friesner, R.A. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 10153.
104. Halperin, I.; Ma, B.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Proteins: Struct. Funct. Genetics, 2002, 47, 409.
105. Greaves, R.; Warwicker, J. J. Mol. Biol., 2005, 349, 547.
106. Ringe, D.; Wei, Y.; Boino, K.R.; Ondrechen, M.J. Cell. Mol. Life Sci., 2004, 61, 387.
107. Gutteridge, A.; Bartlett, G.J.; Thornton, J.M. J. Mol. Biol., 2003, 330, 719.
108. La, D.; Sutch, B.; Livesay, D. R. Proteins: Struct. Funct. Bioinformatics, 2004, 58,309.
109. Lopez-Romero, P.; Gomez, M.J.; Gomez-Puertas, P.; Valencia, A. Methods in Proteome and Protein Anal., 2004, 319.
110. Pupko, T.; Bell Rachel, E.; Mayrose, I.; Glaser, F.; Ben-Tal, N. Bioinformatics, 2002, 18, S71.
111. Glaser, F.; Pupko, T.; Paz, I.; Bell, R.E.; Bechor-Shental, D.; Martz, E.; Ben-Tal, N. Bioinformatics, 2003, 19, 163.
112. Hasson, M.S.; Schlichting, I.; Moulai, J.; Taylor, K.; Barrett, W.; Kenyon, G.L.; Babbitt, P.C.; Gerlt, J.A.; Petsko, G.A.; Ringe, D. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1998, 95, 10396.
113. Holm, L.; Sander, C. Proteins, 1997, 28, 72.
114. Montelione, G.T.; Zheng, D.; Huang, Y.J.; Gunsalus, K.C.; Szyperski, T. Nat. Struct. Biol., 2000, 7, 982.
115. Staunton, D.; Owen, J.; Campbell, I.D. Acc. Chem. Res., 2003, 36, 207.
116. Kennedy, M.A.; Montelione, G.T.; Arrowsmith, C.H.; Markley, J. L. J. Str. Funct. Genomics, 2002, 2, 155.
117. Yee, A.; Gutmanas, A.; Arrowsmith, C.H. Curr. Opin. Struct. Biol., 2006, 16, 611.
118. Moy, F.J.; Chanda, P.K.; Chen, J.M.; Cosmi, S.; Edris, W.; Skotnicki, J.S.; Wilhelm, J.; Powers, R. Biochemistry, 1999, 38, 7085.
119. Huang, X.; Moy, F.; Powers, R. Biochemistry, 2000, 39, 13365.
120. Chen, J.M.; Nelson, F.C.; Levin, J.I.; Mobilio, D.; Moy, F.J.; Nilakantan, R.; Zask, A.; Powers, R. J. Amer. Chem. Soc., 2000, 122, 9648.
121. Mercier, K.A.; Baran, M.; Ramanathan, V.; Revesz, P.; Xiao, R.; Montelione, G.T.; Powers, R. J. Amer. Chem. Soc., 2006, 128, 15292.
122. Stockman, B.J.; Dalvit, C. Prog. Nucleic. Magn. Reson. Spectr., 2002, 41, 187.
123. Hajduk, P.J.; Betz, S.F.; Mack, J.; Ruan, X.; Towne, D.L.; Lerner, C.G.; Beutel, B.A.; Fesik, S.W. J. Biomol. Screen., 2002, 7, 429.
124. Modi, S.; Paine, M.J.; Sutcliffe, M.J.; Lian, L.Y.; Primrose, W.U.; Wolf, C.R.; Roberts, G.C.K. Biochemistry, 1996, 35, 4540.
125. Sem, D.S. Exp. Rev. Proteomics, 2004, 1, 165.
126. Pullela, P.K.; Sem, D.S. Separation Methods in Proteomics, 2006, 467.
127. Griffin, J.L.; Bonney, S.A.; Mann, C.; Hebbachi, A.M.; Gibbons, G. F.; Nicholson, J.K.; Shoulders, C.C.; Scott, J. Physiol. Genom., 2004, 17, 140.
128. Moing, A.; Maucourt, M.; Renaud, C.; Gaudillere, M.; Brouquisse, R.; Lebouteiller, B.; Gousset-Dupont, A.; Vidal, J.; Granot, D.; Denoyes-Rothan, B.; Lerceteau-Koehler, E.; Rolin, D. Funct. Plant Biol., 2004, 31, 889.
129. Forgue, P.; Halouska, S.; Werth, M.; Xu, K.; Harris, S.; Powers, R. J. Proteome Res., 2006, 5, 1916.
130. Bartlett, G.J.; Todd, A.E.; Thornton, J.M. Methods Biochem. Anal., 2003, 44, 387.
131. Wishart, D. Curr. Pharmaceut. Biotechnol. 2005, 6, 105.
132. Nietlispach, D.; Mott, H.R.; Stott, K.M.; Nielsen, P.R.; Thiru, A.; Laue, E.D. Methods Mol. Biol., 2004, 278, 255.
133. Huang, Y.J.; Moseley, H.N.B.; Baran, M.C.; Arrowsmith, C.; Powers, R.; Tejero, R.; Szyperski, T.; Montelione, G.T. Methods Enzymol., 2005, 394, 111.
134. Kanelis, V.; Forman-Kay, J.D.; Kay, L.E. IUBMB Life, 2001, 52, 291.
135. Clore, G.M.; Gronenborn, A.M. Biol. Magn. Reson., 1998, 16, 3.
136. Ferentz, A.E.; Wagner, G. Quart. Rev. Biophys., 2000, 33, 29.
137. Clore, G.M.; Gronenborn, A.M. Trends Biotechnol., 1998, 16, 22.
138. Clore, G.M.; Gronenborn, A.M. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem., 1991, 20, 29.
139. Spera, S.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc., 1991, 113, 5490.
140. Marion, D.; Driscoll, P.C.; Kay, L.E.; Wingfield, P.T.; Bax, A.; Gronenborn, A.M.; Clore, G.M. Biochemistry, 1989, 28, 6150.
141. Zuiderweg, E.R.P.; Fesik, S. W. Biochemistry, 1989, 28, 2387.
142. Zuiderweg, E.R.P.; McIntosh, L.P.; Dahlquist, F.W.; Fesik, S.W. J. Magn. Reson., 1990, 86, 210.
143. Ikura, M.; Kay, L.E.; Tschudin, R.; Bax, A. J. Magn. Reson., 1990, 86, 204.
144. Cornilescu, G.; Delaglio, F.; Bax, A. J. Biomol. NMR, 1999, 13, 289.
145. Vuister, G.W.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc., 1993, 115, 7772.
146. Garrett, D.S.; Kuszewski, J.; Hancock, T.J.; Lodi, P.J.; Vuister, G.W.; Gronenborn, A.M.; Clore, G.M. J. Magn. Reson., Ser. B, 1994, 104, 99.
147. Kuszewski, J.; Gronenborn, A.M.; Clore, G.M. J. Magn. Reson. Ser. B, 1995, 107, 293.
148. Kuszewski, J.; Gronenborn, A.M.; Clore, G.M. J. Am. Chem. Soc., 1999, 121, 2337.
149. Kuszewski, J.; Gronenborn, A.M.; Clore, G.M. Protein Sci., 1996, 5, 1067.
150. Kuszewski, J.; Gronenborn, A.M.; Clore, G.M. J. Magn. Reson., 1997, 125, 171.
151. Kuszewski, J.; Clore, G.M. J. Magn. Reson., 2000, 146, 249.
152. Chen, L.; Oughtred, R.; Berman, H.M.; Westbrook, J. Bioinformatics, 2004, 20, 2860.
153. Powers, R.; Acton Thomas, B.; Chiang, Y.; Rajan, P. K.; Cort John, R.; Kennedy Michael, A.; Liu, J.; Ma, L.; Rost, B.; Montelione Gaetano, T. J. Biomol. NMR, 2004, 30, 107.
154. Meinnel, T.; Mechulam, Y.; Blanquet, S. Biochimie, 1993, 75, 1061.
155. Schmitt, E.; Guillon, J.M.; Meinnel, T.; Mechulam, Y.; Dardel, F.; Blanquet, S. Biochimie, 1996, 78, 543.
156. Menninger, J.R. J. Bacteriol., 1979, 137, 694.
157. Heurgue-Hamard, V.; Mora, L.; Guarneros, G.; Buckingham, R.H. EMBO J., 1996, 15, 2826.
158. Menez, J.; Buckingham Richard, H.; de Zamaroczy, M.; Campelli Celine, K. Mol. Microbiol., 2002, 45, 123.
159. Thornton, J.M.; Todd, A.E.; Milburn, D.; Borkakoti, N.; Orengo, C.A. Nat. Struct. Biol., 2000, 7, 991.
160. Takai-Igarashi, T.; Kaminuma, T. In Silico Biol., 1999, 1, 129.
161. Kanehisa, M.; Goto, S.; Kawashima, S.; Okuno, Y.; Hattori, M. Nucleic Acid Res., 2004, 32, D277.
162. Krieger, C.J.; Zhang, P.; Mueller, L.A.; Wang, A.; Paley, S.; Arnaud, M.; Pick, J.; Rhee, S.Y.; Karp, P.D. Nucleic Acid Res., 2004, 32, D438.
163. Gubernator, K.; Boehm, H.J. Methods Princ. Med. Chem., 1998, 6, 15.
164. Kubinyi, H. Curr. Opin. Drug Discov. Dev., 1998, 1, 4.
165. Sintchak, M.D.; Nimmesgern, E. Immunopharmacol., 2000, 47, 163.
166. Mihelich, E.D.; Schevitz, R.W. Biochimica et Biophysica Acta, 1999, 1441, 223.
167. Dalvit, C.; Caronni, D.; Mongelli, N.; Veronesi, M.; Vulpetti, A. Curr. Drug Discov. Technol., 2006, 3, 115.
168. Pellecchia, M. Chem. Biol., 2005, 12, 961.
169. Peng, J.W.; Moore, J.; Abdul-Manan, N. Progr. Nucleic. Magn. Reson. Spectr., 2004, 44, 225.
170. Lepre, C.A. Methods Princip. Med. Chem., 2003, 16, 391.
171. Powers, R. J. Struct. Funct. Genom., 2002, 2, 113.
172. Mestres, J.; Veeneman, G.H. J. Med. Chem., 2003, 46, 3441.
173. Rossi, C.; Donati, A.; Sansoni, M.R. Chem. Phys. Lett., 1992, 189, 278.
174. Hajduk, P.J.; Olejniczak, E.T.; Fesik, S.W. J. Am. Chem. Soc., 1997, 119, 12257.
175. Lin, M.; Shapiro, M.J.; Wareing, J.R. J. Am. Chem. Soc., 1997, 119, 5249.
176. Lin, M.; Shapiro, M.J.; Wareing, J.R. J. Org. Chem., 1997, 62, 8930.
177. Waldeck, A. R.; Kuchel, P. W.; Lennon, A. J.; Chapman, B. E. Prog. Nucleic Magn. Reson. Spectrosc., 1997, 30, 39.
178. Wüthrich, K., NMR of proteins and nucleic acids. ed.; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 1986; pp. 292.
179. Otting, G. Curr. Opin. Struct. Biol., 1993, 3, 760.
180. Shirakawa, M.; Lee, S.J.; Takimoto, M.; Matsuo, H.; Akutsu, H.; Kyogoku, Y. J. Mol. Struct., 1991, 242, 355.
181. Ni, F. Prog. Nucleic Magn. Reson. Spectrosc., 1994, 26, 517.
182. Vogtherr, M.; Peters, T. J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 6093.
183. Leone, M.; Freeze, H.H.; Chan, C.S.; Pellecchia, M. Curr. Drug Discov. Technol., 2006, 3, (2), 91.
184. Mayer, M.; Meyer, B. Angewandte Chemie, Int. Ed., 1999, 38, 1784.
185. Dalvit, C.; Pevarello, P.; Tato, M.; Veronesi, M.; Vulpetti, A.; Sundstrom, M. J. Biomol. NMR, 2000, 18, 65.
186. Hajduk, P.J.; Mack, J.C.; Olejniczak, E.T.; Park, C.; Dandliker, P.J.; Beutel, B.A. J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 2390.
187. Chen, A.; Shapiro, M.J. J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 10258.
188. Shuker, S.B.; Hajduk, P.J.; Meadows, R.P.; Fesik, S.W. Science (Washington, DC), 1996, 274, 1531.
189. Erlanson, D.A. Curr. Opin. Biotechnol., 2006, 17, 643.
190. Huth, J.R.; Sun, C.; Sauer, D.R.; Hajduk, P.J. Methods Enzymol., 2005, 394, 549.
191. Shuker, S.B.; Hajduk, P.J.; Meadows, R.P.; Fesik, S.W. Science, 1996, 274, 1531.
192. Hajduk, P.J.; Dinges, J.; Miknis, G.F.; Merlock, M.; Middleton, T.; Kempf, D.J.; Egan, D.A.; Walter, K.A.; Robins, T.S.; Shuker, S.B.; Holzman, T.F.; Fesik, S. W. J. Med. Chem., 1997, 40, 3144.
193. Hajduk, P.J.; Sheppard, G.; Nettesheim, D.G.; Olejniczak, E.T.; Shuker, S.B.; Meadows, R.P.; Steinman, D.H.; Carrera, G.M., Jr.; Marcotte, P.A.; Severin, J.; Walter, K.; Smith, H.; Gubbins, E.; Simmer, R.; Holzman, T.F.; Morgan, D.W.; Davidsen, S.K.; Summers, J.B.; Fesik, S.W. J. Am. Chem. Soc., 1997, 119, 5818.
194. Hajduk, P.J.; Gerfin, T.; Boehlen, J.-M.; Haeberli, M.; Marek, D.; Fesik, S.W. J. Med. Chem., 1999, 42, 2315.
195. Hajduk, P.J.; Augeri, D.J.; Mack, J.; Mendoza, R.; Yang, J.; Betz, S.F.; Fesik, S.W. J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 7898.
196. Moseley, H.N.B.; Monleon, D.; Montelione, G.T. Methods Enzymol., 2001, 339, 91.
197. Petros, A.M.; Dinges, J.; Augeri, D.J.; Baumeister, S.A.; Betebenner, D.A.; Bures, M.G.; Elmore, S.W.; Hajduk, P.J.; Joseph, M.K.; Landis, S.K.; Nettesheim, D.G.; Rosenberg, S.H.; Shen, W.; Thomas, S.; Wang, X.; Zanze, I.; Zhang, H.; Fesik, S.W. J. Med. Chem., 2006, 49, 656.
198. Zartler, E.R.; Hanson, J.; Jones, B.E.; Kline, A.D.; Martin, G.; Mo, H.; Shapiro, M.J.; Wang, R.; Wu, H.; Yan, J. J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 10941.
199. Liu, G.; Xin, Z.; Pei, Z.; Hajduk, P. J.; Abad-Zapatero, C.; Hutchins, C.W.; Zhao, H.; Lubben, T.H.; Ballaron, S.J.; Haasch, D.L.; Kaszubska, W.; Rondinone, C.M.; Trevillyan, J.M.; Jirousek, M.R. J. Med. Chem., 2003, 46, 4232.
200. Liu, G.; Xin, Z.; Liang, H.; Abad-Zapatero, C.; Hajduk, P.J.; Janowick, D.A.; Szczepankiewicz, B.G.; Pei, Z.; Hutchins, C.W.; Ballaron, S.J.; Stashko, M.A.; Lubben, T.H.; Berg, C.E.; Rondinone, C.M.; Trevillyan, J.M.; Jirousek, M.R. J. Med. Chem., 2003, 46, 3437.
201. Hajduk, P.J.; Augeri, D.J.; Mack, J.; Mendoza, R.; Yang, J.; Betz, S.F.; Fesik, S.W. J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 7898.
202. Yamazaki, T.; Otomo, T.; Oda, N.; Kyogoku, Y.; Uegaki, K.; Ito, N.; Ishino, Y.; Nakamura, H. J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 5591.
203. Xu, R.; Ayers, B.; Cowburn, D.; Muir, T.W. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 388.
204. Jahnke, W.; Ruedisser, S.; Zurini, M. J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 3149.
205. Moore, J.; Abdul-Manan, N.; Fejzo, J.; Jacobs, M.; Lepre, C.; Peng, J.; Xie, X. J. Synchr. Rad., 2004, 11, 97.
206. Lepre, C.A.; Peng, J.; Fejzo, J.; Abdul-Manan, N.; Pocas, J.; Jacobs, M.; Xie, X.; Moore, J.M. Comb. Chem. High Throughput Screen., 2002, 5, 583.
207. Fejzo, J.; Lepre, C.A.; Peng, J.W.; Bemis, G.W.; Ajay; Murcko, M.A.; Moore, J.M. Chem. Biol., 1999, 6, 755.
208. Matsuzawa, A.; Ichijo, H. J. Biochem., 2001, 130, 1.
209. Fejzo, J.; Lepre, C.A.; Peng, J.W.; Bemis, G.W.; Ajay; Murcko, M.A.; Moore, J.M. Chem. Biol., 1999, 6, 755.
210. Siegel, M.M. Curr. Top. Med. Chem., 2002, 2, 13.
211. Moy, F.J.; Haraki, K.; Mobilio, D.; Walker, G.; Tabei, K.; Tong, H.; Siegel, M.M.; Powers, R. Anal. Chem., 2001, 73, 571.
212. Dohlman, H.G.; Thorner, J. J. Biol. Chem., 1997, 272, 3871.
213. Kehrl, J.H. Immunity, 1998, 8, 1.
214. Arshavsky, V.Y.; Pugh, E.N., Jr. Neuron, 1998, 20, 11.
215. De Vries, L.; Farquhar, M.G. Trends Cell Biol., 1999, 9, 138.
216. Powers, R.; Moy, F.; Chanda, P.K.; Cockett, M.I.; Jones, P.; Mason, K.; Semus, S.; Young, K.H.; Shuey, D. Structure of free regulator of G-protein signaling (RGS4) and methods of identifying agonists and antagonists using same. WO 2001085769 A2 20011115 WO 2001-US15100 20010509 US 2000-569836 A 20000511, 2001.
217. Moy, F.J.; Chanda, P.K.; Cosmi, S.; Edris, W.; Levin, J.I.; Powers, R. J. Biomol. NMR, 2000, 17, 269.
218. Lee, W.; Revington, M.J.; Arrowsmith, C.; Kay, L.E. FEBS Lett., 1994, 350, 87.
219. Petros, A.M.; Kawai, M.; Luly, J.R.; Fesik, S.W. FEBS Lett., 1992, 308, 309.
220. Gemmecker, G.; Olejniczak, E.T.; Fesik, S.W. J. Magn. Reson., 1992, 96, 199.
221. Ikura, M.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc., 1992, 114, 2433.
222. Nilges, M.; O'Donoghue, S.I. Prog. Nucleic. Magn. Reson. Spectrosc., 1998, 32, 107.
223. Pellecchia, M.; Meininger, D.; Dong, Q.; Chang, E.; Jack, R.; Sem, D.S. J. Biomol. NMR, 2002, 22, 165.
224. Medek, A.; Hajduk, P.J.; Mack, J.; Fesik, S.W. J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 1241.
225. Dominguez, C.; Boelens, R.; Bonvin, A.M.J.J. J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 1731.
226. Schieborr, U.; Vogtherr, M.; Elshorst, B.; Betz, M.; Grimme, S.; Pescatore, B.; Langer, T.; Saxena, K.; Schwalbe, H. ChemBio-Chem., 2005, 6, 1891.
227. Daub, H. Biochimica et Biophysica Acta, Proteins and Proteomics, 2005, 1754, 183.
228. Hu, Y.; Huang, X.; Chen, G.Y.J.; Yao, S.Q. Mol. Biotechnol., 2004, 28, 63.
229. Gygi, S.P.; Rist, B.; Gerber, S.A.; Turecek, F.; Gelb, M.H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol.,1999, 17, 994.
230. Griffin, T.J.; Lock, C.M.; Li, X.-j.; Patel, A.; Chervetsova, I.; Lee, H.; Wright, M.E.; Ranish, J.A.; Chen, S.S.; Aebersold, R. Anal. Chem., 2003, 75, 867.
231. Cherubini, A.; Bifone, A. Prog. Nucleic. Magn. Reson. Spectrosc., 2003, 42, 1.
232. Oros, A.-M.; Shah, N.J. Phys. Med. Biol., 2004, 49, R105.
233. Spence, M.M.; Rubin, S.M.; Dimitrov, I. E.; Ruiz, E. J.; Wemmer, D. E.; Pines, A.; Yao, S.Q.; Tian, F.; Schultz, P.G. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 2001, 98, 10654.
234. Jaeschke, A.; Karasarides, M.; Ventura, J.-J.; Ehrhardt, A.; Zhang, C.; Flavell, R.A.; Shokat, K.M.; Davis, R.J. Mol. Cell, 2006, 23, 899.
235. Mercier, K.A.; Germer, K.; Powers, R. Comb. Chem. High Throughput Screen., 2006, 9, 515.
236. Cort, J.R.; Yee, A.; Edwards, A.M.; Arrowsmith, C.H.; Kennedy, M.A. J. Mol. Biol., 2000, 302, (1), 189.
237. Parsons, L.; Bonander, N.; Eisenstein, E.; Gilson, M.; Kairys, V.; Orban, J. Biochemistry, 2003, 42, (1), 80.
238. Greenbaum, D.C.; Arnold, W.D.; Lu, F.; Hayrapetian, L.; Baruch, A.; Krumrine, J.; Toba, S.; Chehade, K.; Bromme, D.; Kuntz, I. D.; Bogyo, M. Chem. Biol., 2002, 9, 1085.
239. Kauvar, L.M.; Higgins, D.L.; Villar, H.O.; Sportsman, J.R.; Engqvist-Goldstein, A.; Bukar, R.; Bauer, K.E.; Dilley, H.; Rocke, D.M. Chem. Biol., 1995, 2, 107.
240. Lian, L.-Y.; Middleton, D. A. Prog. Nucleic. Magn. Reson. Spectrosc., 2001, 39, 171.
241. Powers, R.; Copeland, J.C.; Germer, K.; Mercier, K.A.; Ramanathan, V.; Revesz, P. PROTEINS: Struct. Funct. Bioinformatics, 2006, 65, 124.
242. Berman, H.M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T.N.; Weissig, H.; Shindyalov, I.N.; Bourne, P.E. Nucleic Acid Res., 2000, 28, 235.
243. Henikoff, S.; Henikoff, J.G. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1992, 89, 10915.
244. Mercier, K.A.; Baran, M.; Xiao, R.; Powers, R.; Montelione, G.T. Abstracts, 39th Midwest Regional Meeting of the American Chemical Society, Manhattan, KS, United States, October 20-22 2004, MID04.
245. Baran, M.C.; Huang, J.; Acton, T.; Xiao, R.; Montelione, G.T. In NESG Rosetta Stones Unturned, 2004 International Conference on Structural Genomics, Washington, D.C., November 17-21.
246. Frazzon, J.; Dean, D.R. Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 166.
247. Dos Santos, P.C.; Smith, A.D.; Frazzon, J.; Cash, V.L.; Johnson, M.K.; Dean, D.R. J. Biol. Chem., 2004, 279, 19705.
248. Shockcor, J.P.; Holmes, E. Curr. Top. Med. Chem., 2002, 2, 35.
249. Robertson, D.G.; Reily, M.D.; Sigler, R.E.; Wells, D.F.; Paterson, D.A.; Braden, T.K. Toxicol. Sci., 2000, 57, 326.
250. Harrigan, G.G., Goodacre, R. (Eds.), Metabolic Profiling: Its Role in Biomarker Discovery and Gene Function Analysis, Kluwer Academic Publishers, Norwell, Mass, 2003..
251. Nicholson, J.K.; Connelly, J.; Lindon, J.C.; Holmes, E. Nat. Rev. Drug Discov., 2002, 1, 153.
252. Navon, G.; Burrows, H.; Cohen, J.S. FEBS Lett., 1983, 162, 320.
253. Pfeuffer, J.; Tkac, I.; Provencher, S. W.; Gruetter, R. J. Magn. Reson., 1999, 141, 104.
254. Keun, H.C.; Ebbels, T.M.D.; Antti, H.; Bollard, M.E.; Beckonert, O.; Holmes, E.; Lindon, J.C.; Nicholson, J.K. Analytica Chimica Acta, 2003, 490, 265.
255. Lamers, R.-J. A.N.; DeGroot, J.; Spies-Faber, E.J.; Jellema, R.H.; Kraus, V.B.; Verzijl, N.; TeKoppele, J.M.; Spijksma, G.K.; Vogels, J.T.W.E.; van der Greef, J.; van Nesselrooij, J.H.J. J. Nutr., 2003, 133, 1776.
256. Nicholson, J.K.; Lindon, J.C.; Holmes, E. Xenobiotica, 1999, 29, 1181.
257. Bundy, J.G.; Willey, T.L.; Castell, R.S.; Ellar, D.J.; Brindle, K.M. FEMS Microbiol. Lett., 2005, 242, 127.
258. Raamsdonk, L.M.; Teusink, B.; Broadhurst, D.; Zhang, N.; Hayes, A.; Walsh, M.C.; Berden, J.A.; Brindle, K.M.; Kell, D.B.; Rowland, J.J.; Westerhoff, H.V.; Van Dam, K.; Oliver, S.G. Nat. Biotechnol., 2001, 19, 45.
259. Mercier, K.A.; Powers, R. J. Biomol. NMR, 2005, 31, 243.
260. Moskau, D.; Ritcher, C.; Kovaks, H.; Salzmann, M.; Baselgia, L.; Haeberli, M.; Marek, D.; Schett, O. Spectra Analyse, 2003, 32, 39.
261. Atreya, H.S.; Szyperski, T. Methods Enzymol., 2005, 394, 78.
262. Riek, R.; Pervushin, K.; Wuthrich, K. Trends Biochem. Sci., 2000, 25, 462.
263. Gardner, K.H.; Kay, L.E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 1998, 27, 357.
264. Kay, L.E. NATO ASI Ser. Ser. C, 1998, 510, 285.
265. Sprangers, R.; Gribun, A.; Hwang, P.M.; Houry, W.A.; Kay, L.E. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 16678.
266. Jain, N.U.; Wyckoff, T.J.O.; Raetz, C.R.H.; Prestegard, J.H. J. Mol. Biol., 2004, 343, 1379.
267. Tugarinov, V.; Muhandiram, R.; Ayed, A.; Kay, L.E. J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 10025.
268. Tugarinov, V.; Kay, L.E. Biochemistry, 2005, 44, 15970.
269. Peterson, F.C.; Gettins, P.G.W. Biochemistry, 2001, 40, 6284.
270. Liu, D.; Wang, Y.-S.; Gesell, J.J.; Wilson, E.; Beyer, B.M.; Wyss, D.F. J. Biomol. NMR, 2004, 29, 425.
271. Revington, M.; Zuiderweg, E.R.P. J. Biomol. NMR, 2004, 30, 113.
272. Mokhonova, E.I.; Mokhonov, V.V.; Akama, H.; Nakae, T. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2005, 327, 650.
273. Kiefer, H. Biochimica et biophysica Acta, 2003, 1610, 57.
274. Yao, H.; Sem, D.S. FEBS Lett., 2005, 579, 661.