Design and characterization of a functional library for NMR screening against novel protein targets

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 9, Issue 7, 2006, Pages 515-534

  Mercier, Kelly A ^a   Germer, Katherine ^a   Powers, Robert ^a  

^a UNIVERSITY OF NEBRASKA LINCOLN   (United States)

Author keywords

Chemical library design; FAST NMR; NMR functional library; NMR high throughput screen; Protein structure initiative; Protein ligand binding

Indexed keywords

ARTICLE; BIOLOGICAL ACTIVITY; DATA BASE; DRUG ANALYSIS; DRUG DESIGN; DRUG SCREENING; GENOMICS; HIGH THROUGHPUT SCREENING; LIBRARY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN TARGETING; PROTEOMICS;

BINDING SITES; COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; DATABASES; DRUG DESIGN; DRUG EVALUATION, PRECLINICAL; GENOMICS; LIGANDS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PEPTIDE LIBRARY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS;

EID: 33746586581     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620706777935342     Document Type: Article

References (66)

1. Fernandes, P.B. Curr. Opin. Chem. Biol., 1998, 2(5), 597.
2. Gonzalez, J.E.; Negulescu, P.A. Curr. Opin. Biotech., 1998, 9(6), 624.
3. Kenny, B.A.; Bushfield, M.; Parry-Smith, D.J.; Fogarty, S.; Treherne, J.M. Prog. Drug Res., 1998, 51, 245.
4. Oldenburg, K.R. Annu. Rep. Med. Chem., 1998, 33, 301.
5. Armstrong, J.W. Am. Biotech. Lab., 1999, 17(5), 26.
6. Koch, M.A.; Waldmann, H. Method Principle Med. Chem., 2005, 22, 377.
7. Messer, R.; Fuhrer, C.A.; Haener, R. Curr. Opin. Chem. Biol., 2005, 9(3), 259.
8. Golebiowski, A.; Klopfenstein, S.R.; Portlock, D.E. Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7(3), 308.
9. Nilakantan, R.; Nunn, D.S. Drug Discov. Today, 2003, 8(15), 668.
10. Geysen, H.M.; Schoenen, F.; Wagner, D.; Wagner, R. Nat. Rev. Drug Discov., 2003, 2(3), 222.
11. Lewis, R.A.; Pickett, S.D.; Clark, D.E. Rev. Comp. Chem., 2000, 16, 1.
12. Xue, L.; Bajorath, J. Comb. Chem. High Throughput Screen., 2000, 3, (5), 363.
13. Xu, J.; Stevenson, J. J. Chem. Inf. Comp. Sci., 2000, 40(5), 1177.
14. Willett, P. Curr. Opin. Biotechnol., 2000, 11(1), 85.
15. Spellmeyer, D.C.; Grootenhuis, P.D.J. Annu. Rep. Med. Chem., 1999, 34, 287.
16. Lipinski, C.A.; Lombardo, F.; Dominy, B.W.; Feeney, P.J. Adv. Drug Deliv. Rev., 1997, 23(1-3), 3.
17. Lipinski, C.A. J. Pharmacol. Toxicol. Method, 2001, 44(1), 235.
18. Gillet, V.J. Method Mol. Biol., 2004, 275, 335.
19. Brown, R.D.; Hassan, M.; Waldman, M. J. Mol. Graph. Model., 2000, 18(4/5), 427.
20. Fischer, P.M. Curr. Med. Chem., 2004, 11(12), 1563.
21. Matter, H.; Baringhaus, K.-H.; Naumann, T.; Klabunde, T.; Pirard, B. Comb. Chem. High Throughput Screen., 2001, 4, 453.
22. Stenberg, P.; Bergstrom, C.A.S.; Kthman, K.; Arthusson, P. Clin. Pharmacokinet., 2002, 41(11), 877.
23. Zartler, E.R.; Hanson, J.; Jones, B.E.; Kline, A.D.; Martin, G.; Mo, H.; Shapiro, M.J.; Wang, R.; Wu, H.; Yan, J. J. Am. Chem. Soc., 2003, 125(36), 10941.
24. Fejzo, J.; Lepre, C.; Xie, X. Curr. Top. Med. Chem., 2003, 3, 81.
25. Lepre, C.A.; Peng, J.; Fejzo, J.; Abdul-Manan, N.; Pcoas, J.; Jacobs, M.; Xie, X.; Moore, J.M. Comb. Chem. High Throughput Screen., 2002, 5, 583.
26. Baurin, N.; Aboul-Ela, F.; Barril, X.; Davis, B.; Drysdale, M.; Dymock, B.; Finch, H.; Fromont, C.; Richardson, C.; Simmonite, H.; Hubbard, R.E. J. Chem. Inf. Comp. Sci., 2004, 44(6), 2157.
27. Jacoby, E.; Davies, J.; Blommers, M.J.J. Curr. Top. Med. Chem., 2003, 3(1), 11.
28. Fernández, C.S.; Jahnke, W. Drug Discov. Today Tech., 2004, 3(1), 277.
29. Powers, R. J. Struct. Funct. Genomics, 2002, 2, 113.
30. Lepre, C.A.; Peng, J.; Fejzo, J.; Abdul-Manan, N.; Pocas, J.; Jacobs, M.; Xie, X.; Moore, J.M. Comb. Chem. High Throughput Screen., 2002, 5,(8), 583.
31. Stockman, B.J.; Dalvit, C. Prog. NMR, 2002, 41(3-4), 187.
32. Cragg, G.M.; Newman, D.J. PPSE, 2002, 47, 285.
33. Parsons, L.; Orban, J. Curr. Opin. Drug Discov., 2004, 7(1), 62.
34. Venter, C.; Adams, M.D.; Myers, E.W.; Li, P.W.; Mural, R.J.; Sutton, G.G.; Smith, H.O.; Yandell, M.; Evans, C.A.; Holt, R.A.; Gocayne, J.D.; Amanatides, P.; Ballew, R.M.; Huson, D.H.; Wortman, J.R.; Zhang, Q.; Kodira, C.D.; Zheng, X.H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P.D.; Zhang, J.; Miklos, G.L.G.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A.G.; Nadeau, J.; McKusick, V.A.; Zinder, N.; Levine, A.J.; Roberts, R.J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A.E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T.J.; Higgins, M.E.; Ji, R.-R.; Ke, Z.; Ketchum, K.A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G.V.; Milshina, N.; Moore, H.M.; Naik, A.K.; Narayan, V.A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D.B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.Y.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.-H.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C.; Yao, A.; Ye, J.; Zhan, M.; Zhang, W.; Zhang, H.; Zhao, Q.; Zheng, L.; Zhong, F.; Zhong, W.; Zhu, S.C.; Zhao, S.; Gilbert, D.; Baumhueter, S.; Spier, G.; Carter, C.; Cravchik, A.; Woodage, T.; Ali, F.; An, H.; Awe, A.; Baldwin, D.; Baden, H.; Barnstead, M.; Barrow, I.; Beeson, K.; Busam, D.; Carver, A.; Center, A.; Cheng, M.L.; Curry, L.; Danaher, S.; Davenport, L.; Desilets, R.; Dietz, S.; Dodson, K.; Doup, L.; Ferriera, S.; Garg, N.; Gluecksmann, A.; Hart, B.; Haynes, J.; Haynes, C.; Heiner, C.; Hladun, S.; Hostin, D.; Houck, J.; Howland, T.; Ibegwam, C.; Johnson, J.; Kalush, F.; Kline, L.; Koduru, S.; Love, A.; Mann, F.; May, D.; McCawley, S.; McIntosh, T.; McMullen, I.; Moy, M.; Moy, L.; Murphy, B.; Nelson, K.; Pfannkoch, C.; Pratts, E.; Puri, V.; Qureshi, H.; Reardon, M.; Rodriguez, R.; Rogers, Y.-H.; Romblad, D.; Ruhfel, B.; Scott, R.; Sitter, C.; Smallwood, M.; Stewart, E.; Strong, R.; Suh, E.; Thomas, R.; Tint, N.N.; Tse, S.; Vech, C.; Wang, G.; Wetter, J.; Williams, S.; Williams, M.; Windsor, S.; Winn-Deen, E.; Wolfe, K.; Zaveri, J.; Zaveri, K.; Abril, J.F.; Guigó, R.; Campbell, M.J.; Sjolander, K.V.; Karlak, B.; Kejariwal, A.; Mi, H.; Lazareva, B.; Hatton, T.; Narechania, A.; Diemer, K.; Muruganujan, A.; Guo, N.; Sato, S.; Bafna, V.; Istrail, S.; Lippert,R.; Schwartz, R.; Walenz, B.; Yooseph, S.; Allen, D.; Basu, A.; Baxendale, J.; Blick, L.; Caminha, M.; Carnes-Stine, J.; Caulk, P.; Chiang, Y.-H.; Coyne, M.; Dahlke, C.; Mays, A. D.; Dombroski, M.; Donnelly, M.; Ely, D.; Esparham, S.; Fosler, C.; Gire, H.; Glanowski, S.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gorokhov, M.; Graham, K.; Gropman, B.; Harris, M.; Heil, J.; Henderson, S.; Hoover, J.; Jennings, D.; Jordan, C.; Jordan, J.; Kasha, J.; Kagan, L.; Kraft, C.; Levitsky, A.; Lewis, M.; Liu, X.; Lopez, J.; Ma, D.; Majoros, W.; McDaniel, J.; Murphy, S.; Newman, M.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nodell, M.; Pan, S.; Peck, J.; Peterson, M.; Rowe, W.; Sanders, R.; Scott, J.; Simpson, M.; Smith, T.; Sprague, A.; Stockwell, T.; Turner, R.; Venter, E.; Wang, M.; Wen, M.; Wu, D.; Wu, M.; Xia, A.; Zandieh, A.; Zhu, X. Science, 2001, 291(5507), 1304.
35. Lander, E.S.; Linton, L.M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, M.C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; FitzHugh, W.; Funke, R.; Gage, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; LeVine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, J.P.; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; Sougnez, C.; Stange-Thomann, N.; Stojanovic, N.; Subramanian, A.; Wyman, D.; Rogers, J.; Sulston, J.; Ainscough, R.; Beck, S.; Bentley, D.; Burton, J.; Clee, C.; Carter, N.; Coulson, A.; Deadman, R.; Deloukas, P.; Dunham, A.; Dunham, I.; Durbin, R.; French, L.; Grafham, D.; Gregory, S.; Hubbard, T.; Humphray, S.; Hunt, A.; Jones, M.; Lloyd, C.; McMurray, A.; Matthews, L.; Mercer, S.; Milne, S.; Mullikin, J.C.; Mungall, A.; Plumb, R.; Ross, M.; Shownkeen, R.; Sims, S.; Waterston, R.H.; Wilson, R. K.; Hillier, L.W.; McPherson, J.D.; Marra, M.A.; Mardis, E.R.; Fulton, L.A.; Chinwalla, A.T.; Pepin, K.H.; Gish, W.R.; Chissoe, S.L.; Wendl, M.C.; Delehaunty, K.D.; Miner, T.L.; Delehaunty, A.; Kramer, J.B.; Cook, L.L.; Fulton, R.S.; Johnson, D.L.; Minx, P.J.; Clifton, S.W.; Hawkins, T.; Branscomb, E.; Predki, P.; Richardson, P.; Wenning, S.; Slezak, T.; Doggett, N.; Cheng, J.F.; Olsen, A.; Lucas, S.; Elkin, C.; Uberbacher, E.; Frazier, M.; Gibbs, R.A.; Muzny, D.M.; Scherer, S.E.; Bouck, J.B.; Sodergren, E.J.; Worley, K.C.; Rives, C.M.; Gorrell, J.H.; Metzker, M.L.; Naylor, S.L.; Kucherlapati, R.S.; Nelson, D.L.; Weinstock, G.M.; Sakaki, Y.; Fujiyama, A.; Hattori, M.; Yada, T.; Toyoda, A.; Itoh, T.; Kawagoe, C.; Watanabe, H.; Totoki, Y.; Taylor, T.; Weissenbach, J.; Heilig, R.; Saurin, W.; Artiguenave, F.; Brottier, P.; Bruls, T.; Pelletier, E.; Robert, C.; Wincker, P.; Smith, D.R.; Doucette-Stamm, L.; Rubenfield, M.; Weinstock, K.; Lee, H.M.; Dubois, J.; Rosenthal, A.; Platzer, M.; Nyakatura, G.; Taudien, S.; Rump, A.; Yang, H.; Yu, J.; Wang, J.; Huang, G.; Gu, J.; Hood, L.; Rowen, L.; Madan, A.; Qin, S.; Davis, R.W.; Federspiel, N.A.; Abola, A.P.; Proctor, M.J.; Myers, R.M.; Schmutz, J.; Dickson, M.; Grimwood, J.; Cox, D.R.; Olson, M.V.; Kaul, R.; Raymond, C.; Shimizu, N.; Kawasaki, K.; Minoshima, S.; Evans, G.A.; Athanasiou, M.; Schultz, R.; Roe, B.A.; Chen, F.; Pan, H.; Ramser, J.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; McCombie, W.R.; de la Bastide, M.; Dedhia, N.; Blocker, H.; Hornischer, K.; Nordsiek, G.; Agarwala, R.; Aravind, L.; Bailey, J.A.; Bateman, A.; Batzoglou, S.; Birney, E.; Bork, P.; Brown, D.G.; Burge, C.B.; Cerutti, L.; Chen, H.C.; Church, D.; Clamp, M.; Copley, R.R.; Doerks, T.; Eddy, S.R.; Eichler, E.E.; Furey, T.S.; Galagan, J.; Gilbert, J.G.; Harmon, C.; Hayashizaki, Y.; Haussler, D.; Hermjakob, H.; Hokamp, K.; Jang, W.; Johnson, L.S.; Jones, T.A.; Kasif, S.; Kaspryzk, A.; Kennedy, S.; Kent, W.J.; Kitts, P.; Koonin, E.V.; Korf, I.; Kulp, D.; Lancet, D.; Lowe, T.M.; McLysaght, A.; Mikkelsen, T.; Moran, J.V.; Mulder, N.; Pollara, V.J.; Ponting, C.P.; Schuler, G.; Schultz, J.; Slater, G.; Smit, A.F.; Stupka, E.; Szustakowski, J.; Thierry-Mieg, D.; Thierry-Mieg, J.; Wagner, L.; Wallis, J.; Wheeler, R.; Williams, A.; Wolf, Y.I.; Wolfe, K.H.; Yang, S.P.; Yeh, R.F.; Collins, F.; Guyer, M.S.; Peterson, J.; Felsenfeld, A.; Wetterstrand, K.A.; Patrinos, A.; Morgan, M.J.; Szustakowki, J.; de Jong, P.; Catanese, J.J.; Osoegawa, K.; Shizuya, H.; Choi, S.; Chen, Y.J.; Consortium, I.H.G.S. Nature, 2001, 409, 860.
36. Pouliot, Y.; Gao, J.; Su, Q.J.; Liu, G.G.; Ling, X.B. Genome Res., 2001, 11(10), 1766.
37. Brenner, S.E. Nat. Struct. Biol., 2000, 7(Suppl.), 967.
38. Jensen, L.J.; Gupta, R.; Staerfeldt, H.H.; Brunak, S. Bioinformatics, 2003, 19(5), 635.
39. Crawford, I.P. Ann. Rev. Microbiol., 1989, 43, 567.
40. Whisstock, J.C.; Lesk, A.M. Quart. Rev. Biophys., 2003, 36(3), 307.
41. Chakrabarti, R.; Klibanov, A.M.; Friesner, R.A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005, 102(29), 10153.
42. Baxter, S.M.; Fetrow, J.S. Curr. Opin. Drug Discov., 2001, 4(3), 291.
43. Lan, N.; Jansen, R.; Gerstein, M. Proc. IEEE, 2002, 90(12), 1848.
44. Brenner, S.E. Nat. Struct. Biol., 2000, 7(Suppl.), 967.
45. Schomburg, I.; Chang, A.; Ebeling, C.; Gremse, M.; Heldt, C.; Huhn, G.; Schomburg, D. Nucleic Acids Res., 2004, 32, D431.
46. Povolna, V.; Dixon, S.; Weininger, D. Meth. Principle Med. Chem., 2005, 23, 241.
47. Kanehisa, M.; Goto, S.; Kawashima, S.; Okuno, Y.; Hattori, M. Nucleic Acids Res., 2004, 32(Database), D277.
48. Zhang, P.; Foerster, H.; Tissier, C.P.; Mueller, L.; Paley, S.; Karp, P.D.; Rhee, S.Y. Plant Phys., 2005, 138(1), 27.
49. Berman, H.; Henrich, K.; Nakamura, H. Nat. Struct. Biol., 2003, 10(12), 980.
50. Olah, M.; Mracec, M.; Ostopovici, L.; Rad, R.; Bora, A.; Hadaruga, N.; Olah, I.; Banda, M.; Simon, Z.; Mracec, M.; Oprea, T.I. Meth. Principle Med. Chem., 2005, 23, 223.
51. Fielding, L. Curr. Top. Med. Chem. (Hilversum, Netherlands), 2003, 3(1), 39.
52. Lepre, C.A.; Moore, J.M.; Peng, J.W. Chem. Rev. (Washington, DC, United States), 2004, 104(8), 3641.
53. Pembroke, J.T. Biochem. Mol. Biol. Ed., 2000, 28(6), 297.
54. Zheng, S.; Luo, X.; Chen, G.; Zhu, W.; Shen, J.; Chen, K.; Jiang, H. J. Chem. Inf. Model., 2005, 45(4), 856.
55. Gangal, R. Molecules, 2002, 7(8), 657.
56. Menard, P.R.; Mason, J.S.; Morize, I.; Bauerschmidt, S. J. Chem. Inf. Comp. Sci., 1998, 38(6), 1204.
57. Tong, W.; Xie, Q.; Hong, H.; Shi, L.; Fang, H.; Perkins, R. Environ. Health Persp., 2004, 112(12), 1249.
58. Hajduk, P.; Betz, S.F.; Mack, J.; Ruan, X.; Towne, D.L.; Lerner, C.G.; Beutel, B.A.; Fesik, S.W. J. Biomol. Scr., 2002, 7(5), 429.
59. Eros, D.; Keri, G.; Kovesdi, I.; Szantai-Kis, C.; Meszaros, G.; Orfi, L. Mini Rev. Med. Chem., 2004, 4(2), 167.
60. Berman, H.M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T.N.; Weissig, H.; Shindyalov, I.N.; Bourne, P.E. Nucleic Acids Res., 2000, 28(1), 235.
61. Powers, R.; Copeland, J.C.; Germer, K.; Mercier, K.A.; Ramanathan, V.; Revesz, P. PROTEINS: Struct. Funct. Bioinformatics, 2006, in press.
62. Feher, M.; Schmidt Jonathan, M. J. Chem. Inf. Comp. Sci., 2003, 43(1), 218.
63. Mercier, K.A.; Powers, R. J. Biomol. NMR, 2005, 31(3), 243.
64. Jahnke, W.; Widmer, H. Cell Mol. Life Sci., 2004, 61(5), 580.
65. Lepre, C.A.; Peng, J.; Fejzo, J.; Abdul-Manan, N.; Pocas, J.; Jacobs, M.; Xie, X.; Moore, J.M. Comb. Chem. High Throughput Screen., 2002, 5(8), 583.
66. Dove, A.; Marshall, A. Nat. Biotech., 1999, 17(9), 859.