Abundance ratio-dependent proteomic analysis by mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 75, Issue 4, 2003, Pages 867-874

  Griffin, Timothy J ^a   Lock, Chris M ^b   Li, Xiao jun ^a   Patel, Alpesh ^c   Chervetsova, Iryna ^b   Lee, Hookeun ^a   Wright, Michael E ^a   Ranish, Jeffrey A ^a   Chen, Sharon S ^a,d   Aebersold, Ruedi ^a  

^a INSTITUTE FOR SYSTEMS BIOLOGY   (United States)

^b MDS SCIEX   (Canada)

^c APPLIED BIOSYSTEMS   (United States)

^d University of Washington   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; CELLS; CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; TUMORS;

PROTEOMIC ANALYSIS;

PROTEINS;

ACCURACY; ANALYTIC METHOD; ARTICLE; HUMAN; HUMAN CELL; MALE; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN EXPRESSION; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

HUMANS; MALE; PROSTATIC NEOPLASMS; PROTEOME; PROTEOMICS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; TUMOR CELLS, CULTURED;

EID: 0037442315     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac026127j     Document Type: Article

References (36)

1. Lander, E. S.; Linton, L. M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, M. C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; FitzHugh, W.; et al. Nature 2001, 409, 860-921.
2. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; et al. Science 2001, 291, 1304-1351.
3. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R. W.; Brown, P. O. Science 1995, 270, 467-470.
4. Lockhart, D. J.; Winzeler, E. A. Nature 2000, 405, 827-836.
5. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
6. Ideker, T.; Thorsson, V.; Ranish, J. A.; Christmas, R.; Buhler, J.; Eng, J. K.; Bumgarner, R.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Hood, L. Science 2001, 292, 929-934.
7. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-951.
8. Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Ideker, T.; Rist, B.; Eng, J.; Hood, L.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 323-333.
9. Alberts, B. Cell 1998, 92, 291-294.
10. Uetz, P.; Giot, L.; Cagney, G.; Mansfield, T. A.; Judson, R. S.; Knight, J. R.; Lockshon, D.; Narayan, V.; Srinivasan, M.; Pochart, P.; et al. Nature 2000, 403, 623-627.
11. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
12. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; et al. Nature 2002, 415, 141-147.
13. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; et al. Nature 2002, 415, 180-183.
14. Aebersold, R.; Hood, L. E.; Watts, J. D. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 359.
15. Gygi, S. P.; Aebersold, R. In Proteomics: A Trends Guide; Mann, M., Blackstock, W., Eds.; Elsevier: London, 2000; pp 32-37.
16. Griffin, T. J.; Han, D. K.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Lee, H.; Aebersold, R.; Parker, K. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 1238-1246.
17. Loboda, A. V.; Krutchinsky, A. N.; Bromirski, M.; Ens, W.; Standing, K. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1047-1057.
18. Shevchenko, A.; Loboda, A.; Shevchenko, A.; Ens, W.; Standing, K. G. Anal. Chem. 2000, 72, 2132-2141.
19. Griffin, T. J.; Loboda, A.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Jilkine, A.; Ens, W.; Standing, K. G.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2001, 73, 978-986.
20. Beardsley, R. L.; Reilly, J. P. Anal. Chem. 2002, 74, 1884-1890.
21. Dignam, J. D.; Lebovitz, R. M.; Roeder, R. G. Nucleic Acids Res. 1983, 11, 1475-1489.
22. Peters, E. C.; Horn, D. M.; Tully, D. C.; Brock, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2387-2392.
23. Knop, M.; Siegers, K.; Pereira, G.; Zachariae, W.; Winsor, B.; Nasmyth, K.; Schiebel, E. Yeast 1999, 15, 963-972.
24. Pfeifer, K.; Prezant, T.; Guarente, L. Cell 1987, 49, 19-27.
25. Kang, J. J.; Auble, D. T.; Ranish, J. A.; Hahn, S. Mol. Cell. Biol. 1995, 15, 1234-1243.
26. Smolka, M. B.; Zhou, H.; Purkayastha, S.; Aebersold, R. Anal. Biochem. 2001, 297, 25-31.
27. Zhang, R.; Sioma, C. S.; Wang, S.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2001, 73, 5142-5149.
28. Eng, J.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., 3rd. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
29. Vorm, O.; King, A.; Bennett, K. L.; Leber, T.; Mann, M. In Proteomics: A Trends Guide; Mann, M., Blackstock, W., Eds.; Elsevier: London, 2000; pp 43-47.
30. Thompson, C. M.; Koleske, A. J.; Chao, D. M.; Young, R. A. Cell 1993, 73, 1361-1375.
31. Hodges, P. E.; Payne, W. E.; Garrels, J. I. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 68-72.
32. Cramer, R.; Corless, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2058-2066.
33. Keough, T.; Lacey, M. P.; Strife, P. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2227-2239.
34. Zhou, H.; Ranish, J. A.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 512-515.
35. Griffin, T. J.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R. Curr. Opin. Biotechnol. 2001, 12, 607-612.
36. Goodlett, D. R.; Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Rist, B.; Pasa-Tolic, L.; Fiehn, O.; Smith, R. D.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2000, 72, 1112-1118.