Phosphoproteomics in the Age of Rapid and Deep Proteome Profiling

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 1, 2016, Pages 74-94

  Riley, Nicholas M ^a   Coon, Joshua J ^a,b  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^b UNIVERSITY OF WISCONSIN SCHOOL OF MEDICINE AND PUBLIC HEALTH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PHOSPHOPEPTIDE; PROTEOME;

HUMAN; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; PROTEOMICS;

HUMANS; MASS SPECTROMETRY; PHOSPHOPEPTIDES; PROTEOME; PROTEOMICS;

EID: 84953713244     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b04123     Document Type: Article

References (284)

1. Cohen, P. Eur. J. Biochem. 2001, 268, 5001-5010 10.1046/j.0014-2956.2001.02473.x
2. Thorner, J.; Hunter, T.; Cantley, L. C.; Sever, R. Cold Spring Harbor Perspect. Biol. 2014, 6, a022913 10.1101/cshperspect.a022913
3. Johnson, L. N. Biochem. Soc. Trans. 2009, 37, 627-641 10.1042/BST0370627
4. Manning, G.; Plowman, G. D.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 514-520 10.1016/S0968-0004(02)02179-5
5. Moorhead, G. B. G.; De Wever, V.; Templeton, G.; Kerk, D. Biochem. J. 2009, 417, 401-409 10.1042/BJ20081986
6. Macek, B.; Mann, M.; Olsen, J. V. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2009, 49, 199-221 10.1146/annurev.pharmtox.011008.145606
7. Engholm-Keller, K.; Larsen, M. R. Proteomics 2013, 13, 910-931 10.1002/pmic.201200484
8. Solari, F. A.; Dell'Aica, M.; Sickmann, A.; Zahedi, R. P. Mol. BioSyst. 2015, 11, 1487-1493 10.1039/C5MB00024F
9. Olsen, J. V.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3444-3452 10.1074/mcp.O113.034181
10. Doll, S.; Burlingame, A. L. ACS Chem. Biol. 2015, 10, 63-71 10.1021/cb500904b
11. Nilsson, C. L. Anal. Chem. 2012, 84, 735-746 10.1021/ac202877y
12. Cohen, P. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 596-601 10.1016/S0968-0004(00)01712-6
13. Kanshin, E.; Tyers, M.; Thibault, P. J. Proteome Res. 2015, 14, 2998-3004 10.1021/acs.jproteome.5b00404
14. Mertins, P.; Yang, F.; Liu, T.; Mani, D. R.; Petyuk, V. A.; Gillette, M. A.; Clauser, K. R.; Qiao, J. W.; Gritsenko, M. A.; Moore, R. J.; Levine, D. A.; Townsend, R.; Erdmann-Gilmore, P.; Snider, J. E.; Davies, S. R.; Ruggles, K. V.; Fenyo, D.; Kitchens, R. T.; Li, S.; Olvera, N.; Dao, F.; Rodriguez, H.; Chan, D. W.; Liebler, D.; White, F.; Rodland, K. D.; Mills, G. B.; Smith, R. D.; Paulovich, A. G.; Ellis, M.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 1690-1704 10.1074/mcp.M113.036392
15. Loroch, S.; Dickhut, C.; Zahedi, R. P.; Sickmann, A. Electrophoresis 2013, 34, 1483-1492 10.1002/elps.201200710
16. Beltran, L.; Cutillas, P. R. Amino Acids 2012, 43, 1009-1024 10.1007/s00726-012-1288-9
17. Yang, C.; Zhong, X.; Li, L. Electrophoresis 2014, 35, 3418-3429 10.1002/elps.201400017
18. Wang, Z.-G.; Lv, N.; Bi, W.-Z.; Zhang, J.-L.; Ni, J.-Z. ACS Appl. Mater. Interfaces 2015, 7, 8377-8392 10.1021/acsami.5b01254
19. Batalha, I. L.; Lowe, C. R.; Roque, A. C. A. Trends Biotechnol. 2012, 30, 100-110 10.1016/j.tibtech.2011.07.004
20. Dickhut, C.; Feldmann, I.; Lambert, J.; Zahedi, R. P. J. Proteome Res. 2014, 13, 2761-2770 10.1021/pr401181y
21. Tran, B. Q.; Hernandez, C.; Waridel, P.; Potts, A.; Barblan, J.; Lisacek, F.; Quadroni, M. J. Proteome Res. 2011, 10, 800-811 10.1021/pr100951t
22. Wiśniewski, J. R.; Mann, M. Anal. Chem. 2012, 84, 2631-2637 10.1021/ac300006b
23. Bian, Y.; Ye, M.; Song, C.; Cheng, K.; Wang, C.; Wei, X.; Zhu, J.; Chen, R.; Wang, F.; Zou, H. J. Proteome Res. 2012, 11, 2828-2837 10.1021/pr300242w
24. Gilmore, J. M.; Kettenbach, A. N.; Gerber, S. A. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 402, 711-720 10.1007/s00216-011-5466-5
25. Glatter, T.; Ludwig, C.; Ahrné, E.; Aebersold, R.; Heck, A. J. R.; Schmidt, A. J. Proteome Res. 2012, 11, 5145-5156 10.1021/pr300273g
26. Bian, Y.; Song, C.; Cheng, K.; Dong, M.; Wang, F.; Huang, J.; Sun, D.; Wang, L.; Ye, M.; Zou, H. J. Proteomics 2014, 96, 253-262 10.1016/j.jprot.2013.11.014
27. Giansanti, P.; Aye, T. T.; van den Toorn, H.; Peng, M.; van Breukelen, B.; Heck, A. J. R. Cell Rep. 2015, 11, 1834-1843 10.1016/j.celrep.2015.05.029
28. Zhou, H.; Ye, M.; Dong, J.; Corradini, E.; Cristobal, A.; Heck, A. J. R.; Zou, H.; Mohammed, S. Nat. Protoc. 2013, 8, 461-480 10.1038/nprot.2013.010
29. Tsai, C.-F.; Hsu, C.-C.; Hung, J.-N.; Wang, Y.-T.; Choong, W.-K.; Zeng, M.-Y.; Lin, P.-Y.; Hong, R.-W.; Sung, T.-Y.; Chen, Y.-J. Anal. Chem. 2014, 86, 685-693 10.1021/ac4031175
30. Lai, A. C.-Y.; Tsai, C.-F.; Hsu, C.-C.; Sun, Y.-N.; Chen, Y.-J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 2186-2194 10.1002/rcm.6327
31. Sun, Z.; Hamilton, K. L.; Reardon, K. F. Anal. Biochem. 2014, 445, 30-37 10.1016/j.ab.2013.09.025
32. Abelin, J. G.; Trantham, P. D.; Penny, S. A.; Patterson, A. M.; Ward, S. T.; Hildebrand, W. H.; Cobbold, M.; Bai, D. L.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Nat. Protoc. 2015, 10, 1308-1318 10.1038/nprot.2015.086
33. Fukuda, I.; Hirabayashi-Ishioka, Y.; Sakikawa, I.; Ota, T.; Yokoyama, M.; Uchiumi, T.; Morita, A. J. Proteome Res. 2013, 12, 5587-5597 10.1021/pr400546u
34. Zhao, X.; Wang, Q.; Wang, S.; Zou, X.; An, M.; Zhang, X.; Ji, J. J. Proteome Res. 2013, 12, 2467-2476 10.1021/pr301061q
35. Kanshin, E.; Michnick, S. W.; Thibault, P. J. Proteome Res. 2013, 12, 2905-2913 10.1021/pr400198e
36. Vilasi, A.; Fiume, I.; Pace, P.; Rossi, M.; Pocsfalvi, G. J. Mass Spectrom. 2013, 48, 1188-1198 10.1002/jms.3254
37. Matheron, L.; van den Toorn, H.; Heck, A. J. R.; Mohammed, S. Anal. Chem. 2014, 86, 8312-8320 10.1021/ac501803z
38. Ruprecht, B.; Koch, H.; Medard, G.; Mundt, M.; Kuster, B.; Lemeer, S. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 205-215 10.1074/mcp.M114.043109
39. Yue, X.; Schunter, A.; Hummon, A. B. Anal. Chem. 2015, 87, 8837-8844 10.1021/acs.analchem.5b01833
40. Kettenbach, A. N.; Gerber, S. A. Anal. Chem. 2011, 83, 7635-7644 10.1021/ac201894j
41. Di Palma, S.; Zoumaro-Djayoon, A.; Peng, M.; Post, H.; Preisinger, C.; Munoz, J.; Heck, A. J. R. J. Proteomics 2013, 91, 331-337 10.1016/j.jprot.2013.07.024
42. Giansanti, P.; Stokes, M. P.; Silva, J. C.; Scholten, A.; Heck, A. J. R. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3350-3359 10.1074/mcp.O113.028456
43. Jackson, S. S.; Coughlin, E. E.; Coon, J. J.; Miyamoto, S. Protein Expression Purif. 2013, 92, 48-53 10.1016/j.pep.2013.08.020
44. Searleman, A. C.; Iliuk, A. B.; Collier, T. S.; Chodosh, L. A.; Tao, W. A.; Bose, R. Electrophoresis 2014, 35, 3463-3469 10.1002/elps.201400022
45. Iliuk, A.; Jayasundera, K.; Wang, W.-H.; Schluttenhofer, R.; Geahlen, R. L.; Tao, W. A. Int. J. Mass Spectrom. 2015, 377, 744-753 10.1016/j.ijms.2014.08.032
46. Hwang, L.; Ayaz-Guner, S.; Gregorich, Z. R.; Cai, W.; Valeja, S. G.; Jin, S.; Ge, Y. J. Am. Chem. Soc. 2015, 137, 2432-2435 10.1021/ja511833y
47. Liu, W.; Zheng, J.; Li, S.; Wang, R.; Lin, Z.; Yang, H. J. Mater. Chem. B 2015, 3, 6528-6535 10.1039/C5TB01055A
48. Hoehenwarter, W.; Thomas, M.; Nukarinen, E.; Egelhofer, V.; Röhrig, H.; Weckwerth, W.; Conrath, U.; Beckers, G. J. M. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 369-380 10.1074/mcp.M112.020560
49. Hennrich, M. L.; van den Toorn, H. W. P.; Groenewold, V.; Heck, A. J. R.; Mohammed, S. Anal. Chem. 2012, 84, 1804-1808 10.1021/ac203303t
50. Lombardi, B.; Rendell, N.; Edwards, M.; Katan, M.; Zimmermann, J. G. EuPa Open Proteomics 2015, 6, 10-15 10.1016/j.euprot.2015.01.002
51. Dong, M.; Ye, M.; Cheng, K.; Song, C.; Pan, Y.; Wang, C.; Bian, Y.; Zou, H. J. Proteome Res. 2012, 11, 4673-4681 10.1021/pr300503z
52. Zhou, H.; Di Palma, S.; Preisinger, C.; Peng, M.; Polat, A. N.; Heck, A. J. R.; Mohammed, S. J. Proteome Res. 2013, 12, 260-271 10.1021/pr300630k
53. Engholm-Keller, K.; Birck, P.; Størling, J.; Pociot, F.; Mandrup-Poulsen, T.; Larsen, M. R. J. Proteomics 2012, 75, 5749-5761 10.1016/j.jprot.2012.08.007
54. Zarei, M.; Sprenger, A.; Gretzmeier, C.; Dengjel, J. J. Proteome Res. 2012, 11, 4269-4276 10.1021/pr300375d
55. Loroch, S.; Zahedi, R. P.; Sickmann, A. Anal. Chem. 2015, 87, 1596-1604 10.1021/ac502708m
56. Alpert, A. J.; Hudecz, O.; Mechtler, K. Anal. Chem. 2015, 87, 4704-4711 10.1021/ac504420c
57. Loroch, S.; Schommartz, T.; Brune, W.; Zahedi, R. P.; Sickmann, A. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2015, 1854, 460-468 10.1016/j.bbapap.2015.01.006
58. Ye, X.; Li, L. Electrophoresis 2014, 35, 3479-3486 10.1002/elps.201300586
59. Wang, L.; Pan, L.; Tao, W. A. Anal. Chem. 2014, 86, 6741-6747 10.1021/ac501641u
60. Magdeldin, S.; Yamamoto, K.; Yoshida, Y.; Xu, B.; Zhang, Y.; Fujinaka, H.; Yaoita, E.; Yates, J. R.; Yamamoto, T. J. Proteome Res. 2014, 13, 1636-1646 10.1021/pr401122m
61. Batth, T. S.; Francavilla, C.; Olsen, J. V. J. Proteome Res. 2014, 13, 6176-6186 10.1021/pr500893m
62. Yue, X.-S.; Hummon, A. B. J. Proteome Res. 2013, 12, 4176-4186 10.1021/pr4005234
63. Fleitz, A.; Nieves, E.; Madrid-Aliste, C.; Fentress, S. J.; Sibley, L. D.; Weiss, L. M.; Angeletti, R. H.; Che, F.-Y. Anal. Chem. 2013, 85, 8566-8576 10.1021/ac401691g
64. Michalski, A.; Damoc, E.; Lange, O.; Denisov, E.; Nolting, D.; Müller, M.; Viner, R.; Schwartz, J.; Remes, P.; Belford, M.; Dunyach, J.-J.; Cox, J.; Horning, S.; Mann, M.; Makarov, A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, O111.013698 10.1074/mcp.O111.013698
65. Michalski, A.; Damoc, E.; Hauschild, J.-P.; Lange, O.; Wieghaus, A.; Makarov, A.; Nagaraj, N.; Cox, J.; Mann, M.; Horning, S. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M111.011015 10.1074/mcp.M111.011015
66. Syka, J. E. P.; Marto, J. A.; Bai, D. L.; Horning, S.; Senko, M. W.; Schwartz, J. C.; Ueberheide, B.; Garcia, B.; Busby, S.; Muratore, T.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. J. Proteome Res. 2004, 3, 621-626 10.1021/pr0499794
67. Zhang, Y.; Fonslow, B. R.; Shan, B.; Baek, M.-C.; Yates, J. R. Chem. Rev. 2013, 113, 2343-2394 10.1021/cr3003533
68. Senko, M. W.; Remes, P. M.; Canterbury, J. D.; Mathur, R.; Song, Q.; Eliuk, S. M.; Mullen, C.; Earley, L.; Hardman, M.; Blethrow, J. D.; Bui, H.; Specht, A.; Lange, O.; Denisov, E.; Makarov, A.; Horning, S.; Zabrouskov, V. Anal. Chem. 2013, 85, 11710-11714 10.1021/ac403115c
69. Hebert, A. S.; Richards, A. L.; Bailey, D. J.; Ulbrich, A.; Coughlin, E. E.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 339-347 10.1074/mcp.M113.034769
70. Richards, A. L.; Hebert, A. S.; Ulbrich, A.; Bailey, D. J.; Coughlin, E. E.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Nat. Protoc. 2015, 10, 701-714 10.1038/nprot.2015.040
71. Erickson, B. K.; Jedrychowski, M. P.; McAlister, G. C.; Everley, R. A.; Kunz, R.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2015, 87, 1241-1249 10.1021/ac503934f
72. Kelstrup, C. D.; Jersie-Christensen, R. R.; Batth, T. S.; Arrey, T. N.; Kuehn, A.; Kellmann, M.; Olsen, J. V. J. Proteome Res. 2014, 13, 6187-6195 10.1021/pr500985w
73. Scheltema, R. A.; Hauschild, J.-P.; Lange, O.; Hornburg, D.; Denisov, E.; Damoc, E.; Kuehn, A.; Makarov, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 3698-3708 10.1074/mcp.M114.043489
74. Beck, S.; Michalski, A.; Raether, O.; Lubeck, M.; Kaspar, S.; Goedecke, N.; Baessmann, C.; Hornburg, D.; Meier, F.; Paron, I.; Kulak, N. A.; Cox, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2014-2029 10.1074/mcp.M114.047407
75. Hendrickson, C. L.; Quinn, J. P.; Kaiser, N. K.; Smith, D. F.; Blakney, G. T.; Chen, T.; Marshall, A. G.; Weisbrod, C. R.; Beu, S. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2015, 26, 1626-1632 10.1007/s13361-015-1182-2
76. Shaw, J. B.; Lin, T.-Y.; Tolmachev, A. V.; Robinson, E. W.; Koppenaal, D. W.; Pasa-Toilic, L. In The 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, St. Louis, MO, May 31-June 4, 2015.
77. Law, K. P.; Lim, Y. P. Expert Rev. Proteomics 2013, 10, 551-566 10.1586/14789450.2013.858022
78. Peterson, A. C.; Russell, J. D.; Bailey, D. J.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1475-1488 10.1074/mcp.O112.020131
79. Gallien, S.; Duriez, E.; Crone, C.; Kellmann, M.; Moehring, T.; Domon, B. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1709-1723 10.1074/mcp.O112.019802
80. Gillet, L. C.; Navarro, P.; Tate, S.; Röst, H.; Selevsek, N.; Reiter, L.; Bonner, R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, O111.016717 10.1074/mcp.O111.016717
81. Weisbrod, C. R.; Eng, J. K.; Hoopmann, M. R.; Baker, T.; Bruce, J. E. J. Proteome Res. 2012, 11, 1621-1632 10.1021/pr2008175
82. Egertson, J. D.; Kuehn, A.; Merrihew, G. E.; Bateman, N. W.; MacLean, B. X.; Ting, Y. S.; Canterbury, J. D.; Marsh, D. M.; Kellmann, M.; Zabrouskov, V.; Wu, C. C.; MacCoss, M. J. Nat. Methods 2013, 10, 744-746 10.1038/nmeth.2528
83. Collins, B. C.; Gillet, L. C.; Rosenberger, G.; Röst, H. L.; Vichalkovski, A.; Gstaiger, M.; Aebersold, R. Nat. Methods 2013, 10, 1246-1253 10.1038/nmeth.2703
84. Parker, B. L.; Yang, G.; Humphrey, S. J.; Chaudhuri, R.; Ma, X.; Peterman, S.; James, D. E. Sci. Signaling 2015, 8, rs6 10.1126/scisignal.aaa3139
85. Rardin, M. J.; Schilling, B.; Cheng, L.-Y.; MacLean, B. X.; Sorenson, D. J.; Sahu, A. K.; MacCoss, M. J.; Vitek, O.; Gibson, B. W. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2405-2419 10.1074/mcp.O115.048181
86. Distler, U.; Kuharev, J.; Navarro, P.; Levin, Y.; Schild, H.; Tenzer, S. Nat. Methods 2014, 11, 167-170 10.1038/nmeth.2767
87. Distler, U.; Schmeisser, M. J.; Pelosi, A.; Reim, D.; Kuharev, J.; Weiczner, R.; Baumgart, J.; Boeckers, T. M.; Nitsch, R.; Vogt, J.; Tenzer, S. Proteomics 2014, 14, 2607-2613 10.1002/pmic.201300520
88. de Graaf, E. L.; Kaplon, J.; Mohammed, S.; Vereijken, L. A. M.; Duarte, D. P.; Redondo Gallego, L.; Heck, A. J. R.; Peeper, D. S.; Altelaar, A. F. M. J. Proteome Res. 2015, 14, 2906-2914 10.1021/acs.jproteome.5b00236
89. Bauer, M.; Ahrné, E.; Baron, A. P.; Glatter, T.; Fava, L. L.; Santamaria, A.; Nigg, E. A.; Schmidt, A. J. Proteome Res. 2014, 13, 5973-5988 10.1021/pr500860c
90. Narumi, R.; Murakami, T.; Kuga, T.; Adachi, J.; Shiromizu, T.; Muraoka, S.; Kume, H.; Kodera, Y.; Matsumoto, M.; Nakayama, K.; Miyamoto, Y.; Ishitobi, M.; Inaji, H.; Kato, K.; Tomonaga, T. J. Proteome Res. 2012, 11, 5311-5322 10.1021/pr3005474
91. Graumann, J.; Scheltema, R. A.; Zhang, Y.; Cox, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.013185 10.1074/mcp.M111.013185
92. Bailey, D. J.; McDevitt, M. T.; Westphall, M. S.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. J. Proteome Res. 2014, 13, 2152-2161 10.1021/pr401278j
93. Prakash, A.; Peterman, S.; Ahmad, S.; Sarracino, D.; Frewen, B.; Vogelsang, M.; Byram, G.; Krastins, B.; Vadali, G.; Lopez, M. J. Proteome Res. 2014, 13, 5415-5430 10.1021/pr5003017
94. Tsou, C.-C.; Avtonomov, D.; Larsen, B.; Tucholska, M.; Choi, H.; Gingras, A.-C.; Nesvizhskii, A. I. Nat. Methods 2015, 12, 258-264 10.1038/nmeth.3255
95. Pak, H.; Nikitin, F.; Gluck, F.; Lisacek, F.; Scherl, A.; Muller, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1862-1871 10.1007/s13361-013-0720-z
96. Röst, H. L.; Rosenberger, G.; Navarro, P.; Gillet, L.; Miladinović, S. M.; Schubert, O. T.; Wolski, W.; Collins, B. C.; Malmström, J.; Malmström, L.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2014, 32, 219-223 10.1038/nbt.2841
97. Sharma, K.; D'Souza, R. C. J.; Tyanova, S.; Schaab, C.; Wiśniewski, J. R.; Cox, J.; Mann, M. Cell Rep. 2014, 8, 1583-1594 10.1016/j.celrep.2014.07.036
98. Humphrey, S. J.; Yang, G.; Yang, P.; Fazakerley, D. J.; Stöckli, J.; Yang, J. Y.; James, D. E. Cell Metab. 2013, 17, 1009-1020 10.1016/j.cmet.2013.04.010
99. Lundby, A.; Secher, A.; Lage, K.; Nordsborg, N. B.; Dmytriyev, A.; Lundby, C.; Olsen, J. V. Nat. Commun. 2012, 3, 876 10.1038/ncomms1871
100. Huttlin, E. L.; Jedrychowski, M. P.; Elias, J. E.; Goswami, T.; Rad, R.; Beausoleil, S. A.; Villén, J.; Haas, W.; Sowa, M. E.; Gygi, S. P. Cell 2010, 143, 1174-1189 10.1016/j.cell.2010.12.001
101. Rigbolt, K. T. G.; Prokhorova, T. A.; Akimov, V.; Henningsen, J.; Johansen, P. T.; Kratchmarova, I.; Kassem, M.; Mann, M.; Olsen, J. V.; Blagoev, B. Sci. Signaling 2011, 4, rs3 10.1126/scisignal.2001570
102. de Graaf, E. L.; Giansanti, P.; Altelaar, A. F. M.; Heck, A. J. R. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2426-2434 10.1074/mcp.O113.036608
103. Humphrey, S. J.; Azimifar, S. B.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2015, 33, 990-995 10.1038/nbt.3327
104. Richardson, B. M.; Soderblom, E. J.; Thompson, J. W.; Moseley, M. A. J. Biomol. Technol. 2013, 24, 8-16 10.7171/jbt.13-2401-002
105. Tape, C. J.; Worboys, J. D.; Sinclair, J.; Gourlay, R.; Vogt, J.; McMahon, K. M.; Trost, M.; Lauffenburger, D. A.; Lamont, D. J.; Jørgensen, C. Anal. Chem. 2014, 86, 10296-10302 10.1021/ac5025842
106. Krahmer, J.; Hindle, M. M.; Martin, S. F.; Le Bihan, T.; Millar, A. J. Methods Enzymol. 2015, 551, 405-431 10.1016/bs.mie.2014.10.022
107. Lee, J. H.; Hyung, S.-W.; Mun, D.-G.; Jung, H.-J.; Kim, H.; Lee, H.; Kim, S.-J.; Park, K. S.; Moore, R. J.; Smith, R. D.; Lee, S.-W. J. Proteome Res. 2012, 11, 4373-4381 10.1021/pr3004166
108. Zarei, M.; Sprenger, A.; Gretzmeier, C.; Dengjel, J. J. Proteome Res. 2013, 12, 5989-5995 10.1021/pr4007969
109. Han, D.; Jin, J.; Yu, J.; Kim, K.; Kim, Y. Proteomics 2015, 15, 618-623 10.1002/pmic.201400102
110. Merrill, A. E.; Coon, J. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2013, 17, 779-786 10.1016/j.cbpa.2013.06.011
111. Cox, J.; Mann, M. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 273-299 10.1146/annurev-biochem-061308-093216
112. Bantscheff, M.; Lemeer, S.; Savitski, M. M.; Kuster, B. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 404, 939-965 10.1007/s00216-012-6203-4
113. Rauniyar, N.; Yates, J. R. J. Proteome Res. 2014, 13, 5293-5309 10.1021/pr500880b
114. Shenoy, A.; Geiger, T. Super-SILAC: current trends and future perspectives Expert Rev. Proteomics 2015, 12, 13 10.1586/14789450.2015.982538
115. Zanivan, S.; Meves, A.; Behrendt, K.; Schoof, E. M.; Neilson, L. J.; Cox, J.; Tang, H. R.; Kalna, G.; van Ree, J. H.; van Deursen, J. M.; Trempus, C. S.; Machesky, L. M.; Linding, R.; Wickström, S. A.; Fässler, R.; Mann, M. Cell Rep. 2013, 3, 552-566 10.1016/j.celrep.2013.01.003
116. Schweppe, D. K.; Rigas, J. R.; Gerber, S. A. J. Proteomics 2013, 91, 286-296 10.1016/j.jprot.2013.07.023
117. Monetti, M.; Nagaraj, N.; Sharma, K.; Mann, M. Nat. Methods 2011, 8, 655-658 10.1038/nmeth.1647
118. Oppermann, F. S.; Klammer, M.; Bobe, C.; Cox, J.; Schaab, C.; Tebbe, A.; Daub, H. J. Proteome Res. 2013, 12, 4089-4100 10.1021/pr400417g
119. Wilson-Grady, J. T.; Haas, W.; Gygi, S. P. Methods 2013, 61, 277-286 10.1016/j.ymeth.2013.03.031
120. Tsai, C.-F.; Wang, Y.-T.; Yen, H.-Y.; Tsou, C.-C.; Ku, W.-C.; Lin, P.-Y.; Chen, H.-Y.; Nesvizhskii, A. I.; Ishihama, Y.; Chen, Y.-J. Nat. Commun. 2015, 6, 6622 10.1038/ncomms7622
121. Kettenbach, A. N.; Sano, H.; Keller, S. R.; Lienhard, G. E.; Gerber, S. A. J. Proteomics 2015, 114, 48-60 10.1016/j.jprot.2014.11.001
122. Werner, T.; Becher, I.; Sweetman, G.; Doce, C.; Savitski, M. M.; Bantscheff, M. Anal. Chem. 2012, 84, 7188-7194 10.1021/ac301553x
123. McAlister, G. C.; Huttlin, E. L.; Haas, W.; Ting, L.; Jedrychowski, M. P.; Rogers, J. C.; Kuhn, K.; Pike, I.; Grothe, R. A.; Blethrow, J. D.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2012, 84, 7469-7478 10.1021/ac301572t
124. Paulo, J. A.; McAllister, F. E.; Everley, R. A.; Beausoleil, S. A.; Banks, A. S.; Gygi, S. P. Proteomics 2015, 15, 462-473 10.1002/pmic.201400154
125. Glibert, P.; Meert, P.; Van Steendam, K.; Van Nieuwerburgh, F.; De Coninck, D.; Martens, L.; Dhaenens, M.; Deforce, D. J. Proteome Res. 2015, 14, 839-849 10.1021/pr500889v
126. Curran, T. G.; Zhang, Y.; Ma, D. J.; Sarkaria, J. N.; White, F. M. Nat. Commun. 2015, 6, 5924 10.1038/ncomms6924
127. Mertins, P.; Udeshi, N. D.; Clauser, K. R.; Mani, D. R.; Patel, J.; Ong, S.; Jaffe, J. D.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.014423 10.1074/mcp.M111.014423
128. Wenger, C. D.; Lee, M. V.; Hebert, A. S.; McAlister, G. C.; Phanstiel, D. H.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Nat. Methods 2011, 8, 933-935 10.1038/nmeth.1716
129. Ting, L.; Rad, R.; Gygi, S. P.; Haas, W. Nat. Methods 2011, 8, 937-940 10.1038/nmeth.1714
130. McAlister, G. C.; Nusinow, D. P.; Jedrychowski, M. P.; Wühr, M.; Huttlin, E. L.; Erickson, B. K.; Rad, R.; Haas, W.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2014, 86, 7150-7158 10.1021/ac502040v
131. Hebert, A. S.; Merrill, A. E.; Bailey, D. J.; Still, A. J.; Westphall, M. S.; Strieter, E. R.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Nat. Methods 2013, 10, 332-334 10.1038/nmeth.2378
132. Merrill, A. E.; Hebert, A. S.; MacGilvray, M. E.; Rose, C. M.; Bailey, D. J.; Bradley, J. C.; Wood, W. W.; El Masri, M.; Westphall, M. S.; Gasch, A. P.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2503-2512 10.1074/mcp.M114.040287
133. Ulbrich, A.; Merrill, A. E.; Hebert, A. S.; Westphall, M. S.; Keller, M. P.; Attie, A. D.; Coon, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 6-9 10.1007/s13361-013-0765-z
134. Hebert, A. S.; Merrill, A. E.; Stefely, J. A.; Bailey, D. J.; Wenger, C. D.; Westphall, M. S.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3360-3369 10.1074/mcp.M113.032011
135. Minogue, C. E.; Hebert, A. S.; Rensvold, J. W.; Westphall, M. S.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2015, 87, 2570-2575 10.1021/ac503593d
136. Richards, A. L.; Vincent, C. E.; Guthals, A.; Rose, C. M.; Westphall, M. S.; Bandeira, N.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3812-3823 10.1074/mcp.M113.028951
137. Rhoads, T. W.; Rose, C. M.; Bailey, D. J.; Riley, N. M.; Molden, R. C.; Nestler, A. J.; Merrill, A. E.; Smith, L. M.; Hebert, A. S.; Westphall, M. S.; Pagliarini, D. J.; Garcia, B. A.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2014, 86, 2314-2319 10.1021/ac403579s
138. Rose, C. M.; Merrill, A. E.; Bailey, D. J.; Hebert, A. S.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2013, 85, 5129-5137 10.1021/ac400476w
139. Rhoads, T. W.; Prasad, A.; Kwiecien, N. W.; Merrill, A. E.; Zawack, K.; Westphall, M. S.; Schroeder, F. C.; Kimble, J.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2922 10.1074/mcp.M115.049684
140. Xue, L.; Wang, P.; Cao, P.; Zhu, J.-K.; Tao, W. A. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 3199-3210 10.1074/mcp.O114.038588
141. Molden, R. C.; Goya, J.; Khan, Z.; Garcia, B. A. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 1106-1118 10.1074/mcp.O113.036145
142. Neilson, K. A.; Ali, N. A.; Muralidharan, S.; Mirzaei, M.; Mariani, M.; Assadourian, G.; Lee, A.; van Sluyter, S. C.; Haynes, P. A. Proteomics 2011, 11, 535-553 10.1002/pmic.201000553
143. Schilling, B.; Rardin, M. J.; MacLean, B. X.; Zawadzka, A. M.; Frewen, B. E.; Cusack, M. P.; Sorensen, D. J.; Bereman, M. S.; Jing, E.; Wu, C. C.; Verdin, E.; Kahn, C. R.; Maccoss, M. J.; Gibson, B. W. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 202-214 10.1074/mcp.M112.017707
144. Cox, J.; Hein, M. Y.; Luber, C. A.; Paron, I.; Nagaraj, N.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2513-2526 10.1074/mcp.M113.031591
145. Zhang, Y.; Wen, Z.; Washburn, M. P.; Florens, L. Anal. Chem. 2015, 87, 4749-4756 10.1021/ac504740p
146. Webb-Robertson, B.-J. M.; Wiberg, H. K.; Matzke, M. M.; Brown, J. N.; Wang, J.; McDermott, J. E.; Smith, R. D.; Rodland, K. D.; Metz, T. O.; Pounds, J. G.; Waters, K. M. J. Proteome Res. 2015, 14, 1993-2001 10.1021/pr501138h
147. Egelhofer, V.; Hoehenwarter, W.; Lyon, D.; Weckwerth, W.; Wienkoop, S. Nat. Protoc. 2013, 8, 595-601 10.1038/nprot.2013.013
148. Sandin, M.; Ali, A.; Hansson, K.; Mansson, O.; Andreasson, E.; Resjo, S.; Levander, F. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 1407-1420 10.1074/mcp.O112.021907
149. Cox, J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1367-1372 10.1038/nbt.1511
150. Kauko, O.; Laajala, T. D.; Jumppanen, M.; Hintsanen, P.; Suni, V.; Haapaniemi, P.; Corthals, G.; Aittokallio, T.; Westermarck, J.; Imanishi, S. Y. Sci. Rep. 2015, 5, 13099 10.1038/srep13099
151. Boersema, P. J.; Mohammed, S.; Heck, A. J. R. J. Mass Spectrom. 2009, 44, 861-878 10.1002/jms.1599
152. Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Olsen, J. V.; Haselmann, K. F.; Zubarev, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1793-1800 10.1002/1097-0231(20001015)14:19<1793::AID-RCM95>3.0.CO;2-Q
153. Crowe, M. C.; Brodbelt, J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1581-1592 10.1016/j.jasms.2004.07.016
154. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 9528-9533 10.1073/pnas.0402700101
155. Diedrich, J. K.; Julian, R. R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 12212-12213 10.1021/ja8023719
156. Kim, T.-Y.; Reilly, J. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 2334-2341 10.1016/j.jasms.2009.08.021
157. Kalcic, C. L.; Gunaratne, T. C.; Jones, A. D.; Dantus, M.; Reid, G. E. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 940-942 10.1021/ja8089119
158. Misharin, A. S.; Silivra, O. A.; Kjeldsen, F.; Zubarev, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 2163-2171 10.1002/rcm.2038
159. Berkout, V. D.; Doroshenko, V. M. Int. J. Mass Spectrom. 2008, 278, 150-157 10.1016/j.ijms.2008.04.019
160. Smith, S. A.; Kalcic, C. L.; Safran, K. A.; Stemmer, P. M.; Dantus, M.; Reid, G. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 2031-2040 10.1016/j.jasms.2010.08.016
161. Cui, L.; Reid, G. E. Proteomics 2013, 13, 964-973 10.1002/pmic.201200384
162. Brown, R.; Stuart, S. S.; Houel, S.; Ahn, N. G.; Old, W. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2015, 26, 1128-1142 10.1007/s13361-015-1109-y
163. Lanucara, F.; Lee, D. C. H.; Eyers, C. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 214-225 10.1007/s13361-013-0770-2
164. Rayapuram, N.; Bonhomme, L.; Bigeard, J.; Haddadou, K.; Przybylski, C.; Hirt, H.; Pflieger, D. J. Proteome Res. 2014, 13, 2137-2151 10.1021/pr401268v
165. Collins, M. O.; Wright, J. C.; Jones, M.; Rayner, J. C.; Choudhary, J. S. J. Proteomics 2014, 103, 1-14 10.1016/j.jprot.2014.03.010
166. Wiese, H.; Kuhlmann, K.; Wiese, S.; Stoepel, N. S.; Pawlas, M.; Meyer, H. E.; Stephan, C.; Eisenacher, M.; Drepper, F.; Warscheid, B. J. Proteome Res. 2014, 13, 1128 10.1021/pr400402s
167. Bailey, D. J.; Rose, C. M.; McAlister, G. C.; Brumbaugh, J.; Yu, P.; Wenger, C. D.; Westphall, M. S.; Thomson, J. A.; Coon, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 8411-8416 10.1073/pnas.1205292109
168. Sarbu, M.; Ghiulai, R. M.; Zamfir, A. D. Amino Acids 2014, 46, 1625-1634 10.1007/s00726-014-1726-y
169. Coon, J. J. Anal. Chem. 2009, 81, 3208-3215 10.1021/ac802330b
170. Kim, M.-S.; Pandey, A. Proteomics 2012, 12, 530-542 10.1002/pmic.201100517
171. Earley, L.; Anderson, L. C.; Bai, D. L.; Mullen, C.; Syka, J. E. P.; English, A. M.; Dunyach, J.-J.; Stafford, G. C.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Compton, P. D. Anal. Chem. 2013, 85, 8385-8390 10.1021/ac401783f
172. Ledvina, A. R.; Rose, C. M.; McAlister, G. C.; Syka, J. E. P.; Westphall, M. S.; Griep-Raming, J.; Schwartz, J. C.; Coon, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1623-1633 10.1007/s13361-013-0621-1
173. Shaffer, C. J.; Slováková, K.; Tureček, F. Int. J. Mass Spectrom. 2015, 10.1016/j.ijms.2015.05.009
174. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Wirtala, M.; Schwartz, J. C.; Syka, J. E. P.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 477-485 10.1021/ac061457f
175. Liu, C.-W.; Lai, C.-C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 57-66 10.1007/s13361-010-0020-9
176. Domon, B.; Bodenmiller, B.; Carapito, C.; Hao, Z.; Huehmer, A.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2009, 8, 2633-2639 10.1021/pr800834e
177. Frese, C. K.; Altelaar, A. F. M.; van den Toorn, H.; Nolting, D.; Griep-Raming, J.; Heck, A. J. R.; Mohammed, S. Anal. Chem. 2012, 84, 9668-9673 10.1021/ac3025366
178. Frese, C. K.; Zhou, H.; Taus, T.; Altelaar, A. F. M.; Mechtler, K.; Heck, A. J. R.; Mohammed, S. J. Proteome Res. 2013, 12, 1520-1525 10.1021/pr301130k
179. Mommen, G. P. M.; Frese, C. K.; Meiring, H. D.; van Gaans-van den Brink, J.; de Jong, A. P. J. M.; van Els, C. A. C. M.; Heck, A. J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 4507-4512 10.1073/pnas.1321458111
180. Brunner, A. M.; Lossl, P.; Liu, F.; Huguet, R.; Mullen, C.; Yamashita, M.; Zabrouskov, V.; Makarov, A.; Altelaar, A. F. M.; Heck, A. J. R. Anal. Chem. 2015, 87, 4152-4158 10.1021/acs.analchem.5b00162
181. Riley, N. M.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2015, 87, 7109-7116 10.1021/acs.analchem.5b00881
182. Shaw, J. B.; Li, W.; Holden, D. D.; Zhang, Y.; Griep-Raming, J.; Fellers, R. T.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L.; Brodbelt, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 12646-12651 10.1021/ja4029654
183. Cannon, J. R.; Holden, D. D.; Brodbelt, J. S. Anal. Chem. 2014, 86, 10970-10977 10.1021/ac5036082
184. Madsen, J. A.; Kaoud, T. S.; Dalby, K. N.; Brodbelt, J. S. Proteomics 2011, 11, 1329-1334 10.1002/pmic.201000565
185. Shaw, J. B.; Madsen, J. A.; Xu, H.; Brodbelt, J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 1707-1715 10.1007/s13361-012-0424-9
186. Smith, S. A.; Kalcic, C. L.; Cui, L.; Reid, G. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013, 27, 2807-2817 10.1002/rcm.6750
187. Huzarska, M.; Ugalde, I.; Kaplan, D. A.; Hartmer, R.; Easterling, M. L.; Polfer, N. C. Anal. Chem. 2010, 82, 2873-2878 10.1021/ac9028592
188. Yoo, H. J.; Wang, N.; Zhuang, S.; Song, H.; Håkansson, K. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 16790-16793 10.1021/ja207736y
189. Riley, N. M.; Rush, M. J. P.; Rose, C. M.; Richards, A. L.; Kwiecien, N. W.; Bailey, D. J.; Hebert, A. S.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2644-2660 10.1074/mcp.M115.049726
190. Robinson, M. R.; Moore, K. L.; Brodbelt, J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 1461-1471 10.1007/s13361-014-0910-3
191. Flora, J. W.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2001, 73, 3305-3311 10.1021/ac010333u
192. Gunawardena, H. P.; Emory, J. F.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2006, 78, 3788-3793 10.1021/ac060164j
193. Nagaraj, N.; D'Souza, R. C. J.; Cox, J.; Olsen, J. V.; Mann, M. J. Proteome Res. 2010, 9, 6786-6794 10.1021/pr100637q
194. Marx, H.; Lemeer, S.; Schliep, J. E.; Matheron, L.; Mohammed, S.; Cox, J.; Mann, M.; Heck, A. J. R.; Kuster, B. Nat. Biotechnol. 2013, 31, 557-564 10.1038/nbt.2585
195. Hu, Y.; Lam, H. J. Proteome Res. 2013, 12, 5971-5977 10.1021/pr4007443
196. Suni, V.; Imanishi, S. Y.; Maiolica, A.; Aebersold, R.; Corthals, G. L. J. Proteome Res. 2015, 14, 2348-2359 10.1021/acs.jproteome.5b00050
197. Schubert, O. T.; Gillet, L. C.; Collins, B. C.; Navarro, P.; Rosenberger, G.; Wolski, W. E.; Lam, H.; Amodei, D.; Mallick, P.; MacLean, B.; Aebersold, R. Nat. Protoc. 2015, 10, 426-441 10.1038/nprot.2015.015
198. Taus, T.; Köcher, T.; Pichler, P.; Paschke, C.; Schmidt, A.; Henrich, C.; Mechtler, K. J. Proteome Res. 2011, 10, 5354-5362 10.1021/pr200611n
199. Beausoleil, S. A.; Villén, J.; Gerber, S. A.; Rush, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1285-1292 10.1038/nbt1240
200. Savitski, M. M.; Lemeer, S.; Boesche, M.; Lang, M.; Mathieson, T.; Bantscheff, M.; Kuster, B. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.003830 10.1074/mcp.M110.003830
201. Vaudel, M.; Breiter, D.; Beck, F.; Rahnenführer, J.; Martens, L.; Zahedi, R. P. Proteomics 2013, 13, 1036-1041 10.1002/pmic.201200408
202. Fermin, D.; Walmsley, S. J.; Gingras, A.-C.; Choi, H.; Nesvizhskii, A. I. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3409-3419 10.1074/mcp.M113.028928
203. Saeed, F.; Pisitkun, T.; Hoffert, J. D.; Rashidian, S.; Wang, G.; Gucek, M.; Knepper, M. A. Proteome Sci. 2013, 11, S14 10.1186/1477-5956-11-S1-S14
204. Kim, S.; Pevzner, P. A. Nat. Commun. 2014, 5, 5277 10.1038/ncomms6277
205. Chick, J. M.; Kolippakkam, D.; Nusinow, D. P.; Zhai, B.; Rad, R.; Huttlin, E. L.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2015, 33, 743-749 10.1038/nbt.3267
206. Shortreed, M. R.; Wenger, C. D.; Frey, B. L.; Sheynkman, G. M.; Scalf, M.; Keller, M. P.; Attie, A. D.; Smith, L. M. J. Proteome Res. 2015, 14, 4714 10.1021/acs.jproteome.5b00599
207. Söderholm, S.; Hintsanen, P.; Ohman, T.; Aittokallio, T.; Nyman, T. A. Proteome Sci. 2014, 12, 36 10.1186/1477-5956-12-36
208. Gallardo, Ó.; Ovelleiro, D.; Gay, M.; Carrascal, M.; Abian, J. Proteomics 2014, 14, 2275-2279 10.1002/pmic.201400124
209. Chen, X.; Shi, S.-P.; Suo, S.-B.; Xu, H.-D.; Qiu, J.-D. Bioinformatics 2015, 31, 194-200 10.1093/bioinformatics/btu598
210. Yang, P.; Zheng, X.; Jayaswal, V.; Hu, G.; Yang, J. Y. H.; Jothi, R. PLoS Comput. Biol. 2015, 11, e1004403 10.1371/journal.pcbi.1004403
211. Terfve, C. D. A.; Wilkes, E. H.; Casado, P.; Cutillas, P. R.; Saez-Rodriguez, J. Nat. Commun. 2015, 6, 8033 10.1038/ncomms9033
212. Zhang, Y.; Kweon, H. K.; Shively, C.; Kumar, A.; Andrews, P. C. PLoS Comput. Biol. 2013, 9, e1003077 10.1371/journal.pcbi.1003077
213. Hornbeck, P. V.; Kornhauser, J. M.; Tkachev, S.; Zhang, B.; Skrzypek, E.; Murray, B.; Latham, V.; Sullivan, M. Nucleic Acids Res. 2012, 40, D261-D270 10.1093/nar/gkr1122
214. Zhang, M.; Li, H.; He, Y.; Sun, H.; Xia, L.; Wang, L.; Sun, B.; Ma, L.; Zhang, G.; Li, J.; Li, Y.; Xie, L. J. Proteome Res. 2015, 14, 2745-2757 10.1021/acs.jproteome.5b00249
215. Raaijmakers, L. M.; Giansanti, P.; Possik, P. A.; Mueller, J.; Peeper, D. S.; Heck, A. J. R.; Altelaar, A. F. M. J. Proteome Res. 2015, 14, 4332-4341 10.1021/acs.jproteome.5b00529
216. Chaudhuri, R.; Sadrieh, A.; Hoffman, N. J.; Parker, B. L.; Humphrey, S. J.; Stöckli, J.; Hill, A. P.; James, D. E.; Yang, J. Y. H. BMC Genomics 2015, 16, 617 10.1186/s12864-015-1820-x
217. Ruprecht, B.; Lemeer, S. Expert Rev. Proteomics 2014, 11, 259-267 10.1586/14789450.2014.901156
218. Cutillas, P. R. Proteomics: Clin. Appl. 2015, 9, 383-395 10.1002/prca.201400104
219. Iliuk, A. B.; Tao, W. A. Clin. Chim. Acta 2013, 420, 23-27 10.1016/j.cca.2012.10.063
220. von Stechow, L.; Francavilla, C.; Olsen, J. V. Expert Rev. Proteomics 2015, 12, 469-487 10.1586/14789450.2015.1078730
221. Humphrey, S. J.; James, D. E.; Mann, M. Trends Endocrinol. Metab. 2015, 10.1016/j.tem.2015.09.013
222. Newman, R. H.; Zhang, J.; Zhu, H. Front. Genet. 2014, 5, 263 10.3389/fgene.2014.00263
223. Casado, P.; Alcolea, M. P.; Iorio, F.; Rodríguez-Prados, J.-C.; Vanhaesebroeck, B.; Saez-Rodriguez, J.; Joel, S.; Cutillas, P. R. Genome Biol. 2013, 14, R37 10.1186/gb-2013-14-4-r37
224. Casado, P.; Rodriguez-Prados, J.-C.; Cosulich, S. C.; Guichard, S.; Vanhaesebroeck, B.; Joel, S.; Cutillas, P. R. Sci. Signaling 2013, 6, rs6 10.1126/scisignal.2003573
225. Ali, N. A.; Wu, J.; Hochgräfe, F.; Chan, H.; Nair, R.; Ye, S.; Zhang, L.; Lyons, R. J.; Pinese, M.; Lee, H. C.; Armstrong, N.; Ormandy, C. J.; Clark, S. J.; Swarbrick, A.; Daly, R. J. Breast Cancer Res. 2014, 16, 437 10.1186/s13058-014-0437-3
226. Liu, P.; Gan, W.; Inuzuka, H.; Lazorchak, A. S.; Gao, D.; Arojo, O.; Liu, D.; Wan, L.; Zhai, B.; Yu, Y.; Yuan, M.; Kim, B. M.; Shaik, S.; Menon, S.; Gygi, S. P.; Lee, T. H.; Asara, J. M.; Manning, B. D.; Blenis, J.; Su, B.; Wei, W. Nat. Cell Biol. 2013, 15, 1340-1350 10.1038/ncb2860
227. Liu, P.; Begley, M.; Michowski, W.; Inuzuka, H.; Ginzberg, M.; Gao, D.; Tsou, P.; Gan, W.; Papa, A.; Kim, B. M.; Wan, L.; Singh, A.; Zhai, B.; Yuan, M.; Wang, Z.; Gygi, S. P.; Lee, T. H.; Lu, K.-P.; Toker, A.; Pandolfi, P. P.; Asara, J. M.; Kirschner, M. W.; Sicinski, P.; Cantley, L.; Wei, W. Nature 2014, 508, 541-545 10.1038/nature13079
228. So, J.; Pasculescu, A.; Dai, A. Y.; Williton, K.; James, A.; Nguyen, V.; Creixell, P.; Schoof, E. M.; Sinclair, J.; Barrios-Rodiles, M.; Gu, J.; Krizus, A.; Williams, R.; Olhovsky, M.; Dennis, J. W.; Wrana, J. L.; Linding, R.; Jorgensen, C.; Pawson, T.; Colwill, K. Sci. Signaling 2015, 8, rs3 10.1126/scisignal.2005700
229. Stefely, J. A.; Reidenbach, A. G.; Ulbrich, A.; Oruganty, K.; Floyd, B. J.; Jochem, A.; Saunders, J. M.; Johnson, I. E.; Minogue, C. E.; Wrobel, R. L.; Barber, G. E.; Lee, D.; Li, S.; Kannan, N.; Coon, J. J.; Bingman, C. A.; Pagliarini, D. J. Mol. Cell 2015, 57, 83-94 10.1016/j.molcel.2014.11.002
230. Chen, Y.; Hoover, M. E.; Dang, X.; Shomo, A. A.; Guan, X.; Marshall, A. G.; Freitas, M. A.; Young, N. L. Mol. Cell. Proteomics 2015, mcp.M114.046441 10.1074/mcp.M114.046441
231. Asghar, A.; Lajeunesse, A.; Dulla, K.; Combes, G.; Thebault, P.; Nigg, E. A.; Elowe, S. Nat. Commun. 2015, 6, 8364 10.1038/ncomms9364
232. Basnet, H.; Su, X. B.; Tan, Y.; Meisenhelder, J.; Merkurjev, D.; Ohgi, K. A.; Hunter, T.; Pillus, L.; Rosenfeld, M. G. Nature 2014, 516, 267-271 10.1038/nature13736
233. Breitkopf, S. B.; Yuan, M.; Helenius, K. P.; Lyssiotis, C. A.; Asara, J. M. Anal. Chem. 2015, 87, 10995 10.1021/acs.analchem.5b03040
234. Kirkpatrick, D. S.; Bustos, D. J.; Dogan, T.; Chan, J.; Phu, L.; Young, A.; Friedman, L. S.; Belvin, M.; Song, Q.; Bakalarski, C. E.; Hoeflich, K. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 19426-19431 10.1073/pnas.1309473110
235. Cesaro, L.; Pinna, L. A. Mol. BioSyst. 2015, 11, 2666-2679 10.1039/C5MB00337G
236. Mondal, A.; Potts, G. K.; Dawson, A. R.; Coon, J. J.; Mehle, A. PLoS Pathog. 2015, 11, e1004826 10.1371/journal.ppat.1004826
237. Grimsrud, P. A.; Carson, J. J.; Hebert, A. S.; Hubler, S. L.; Niemi, N. M.; Bailey, D. J.; Jochem, A.; Stapleton, D. S.; Keller, M. P.; Westphall, M. S.; Yandell, B. S.; Attie, A. D.; Coon, J. J.; Pagliarini, D. J. Cell Metab. 2012, 16, 672-683 10.1016/j.cmet.2012.10.004
238. Ferreira, R.; Vitorino, R.; Padrão, A. I.; Espadas, G.; Mancuso, F. M.; Moreira-Gonçalves, D.; Castro-Sousa, G.; Henriques-Coelho, T.; Oliveira, P. A.; Barros, A. S.; Duarte, J. A.; Sabidó, E.; Amado, F. J. Proteome Res. 2014, 13, 2045-2055 10.1021/pr4011926
239. Hoffman, N. J.; Parker, B. L.; Chaudhuri, R.; Fisher-Wellman, K. H.; Kleinert, M.; Humphrey, S. J.; Yang, P.; Holliday, M.; Trefely, S.; Fazakerley, D. J.; Stöckli, J.; Burchfield, J. G.; Jensen, T. E.; Jothi, R.; Kiens, B.; Wojtaszewski, J. F. P.; Richter, E. A.; James, D. E. Cell Metab. 2015, 22, 948 10.1016/j.cmet.2015.10.004
240. Tagliabracci, V. S.; Wiley, S. E.; Guo, X.; Kinch, L. N.; Durrant, E.; Wen, J.; Xiao, J.; Cui, J.; Nguyen, K. B.; Engel, J. L.; Coon, J. J.; Grishin, N.; Pinna, L. A.; Pagliarini, D. J.; Dixon, J. E. Cell 2015, 161, 1619-1632 10.1016/j.cell.2015.05.028
241. Minkoff, B. B.; Stecker, K. E.; Sussman, M. R. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 1169-1182 10.1074/mcp.M114.043307
242. Umezawa, T.; Sugiyama, N.; Takahashi, F.; Anderson, J. C.; Ishihama, Y.; Peck, S. C.; Shinozaki, K. Sci. Signaling 2013, 6, rs8 10.1126/scisignal.2003509
243. Haruta, M.; Sabat, G.; Stecker, K.; Minkoff, B. B.; Sussman, M. R. Science 2014, 343, 408-411 10.1126/science.1244454
244. Roitinger, E.; Hofer, M.; Köcher, T.; Pichler, P.; Novatchkova, M.; Yang, J.; Schlögelhofer, P.; Mechtler, K. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 556-571 10.1074/mcp.M114.040352
245. Choudhary, M. K.; Nomura, Y.; Wang, L.; Nakagami, H.; Somers, D. E. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2243-2260 10.1074/mcp.M114.047183
246. Nguyen, T. T.; Volkening, J. D.; Rose, C. M.; Venkateshwaran, M.; Westphall, M. S.; Coon, J. J.; Ané, J.-M.; Sussman, M. R. FEBS Lett. 2015, 589, 2186-2193 10.1016/j.febslet.2015.06.035
247. Rose, C. M.; Venkateshwaran, M.; Volkening, J. D.; Grimsrud, P. A.; Maeda, J.; Bailey, D. J.; Park, K.; Howes-Podoll, M.; den Os, D.; Yeun, L. H.; Westphall, M. S.; Sussman, M. R.; Ane, J.-M.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 724-744 10.1074/mcp.M112.019208
248. Rose, C. M.; Venkateshwaran, M.; Grimsrud, P. A.; Westphall, M. S.; Sussman, M. R.; Coon, J. J.; Ané, J.-M. Front. Plant Sci. 2012, 3, 122 10.3389/fpls.2012.00122
249. Venkateshwaran, M.; Jayaraman, D.; Chabaud, M.; Genre, A.; Balloon, A. J.; Maeda, J.; Forshey, K.; den Os, D.; Kwiecien, N. W.; Coon, J. J.; Barker, D. G.; Ané, J.-M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 112, 9781-9786 10.1073/pnas.1413762112
250. Rallis, C.; Codlin, S.; Bähler, J. Aging Cell 2013, 12, 563-573 10.1111/acel.12080
251. Oliveira, A. P.; Ludwig, C.; Zampieri, M.; Weisser, H.; Aebersold, R.; Sauer, U. Sci. Signaling 2015, 8, rs4 10.1126/scisignal.2005768
252. Kanshin, E.; Bergeron-Sandoval, L.-P.; Isik, S. S.; Thibault, P.; Michnick, S. W. Cell Rep. 2015, 10, 1202-1214 10.1016/j.celrep.2015.01.052
253. Carpy, A.; Krug, K.; Graf, S.; Koch, A.; Popic, S.; Hauf, S.; Macek, B. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 1925-1936 10.1074/mcp.M113.035824
254. Beltrao, P.; Bork, P.; Krogan, N. J.; van Noort, V. Mol. Syst. Biol. 2013, 9, 714 10.1002/msb.201304521
255. Soufi, B.; Soares, N. C.; Ravikumar, V.; Macek, B. Curr. Opin. Microbiol. 2012, 15, 357-363 10.1016/j.mib.2012.05.003
256. Venne, A. S.; Kollipara, L.; Zahedi, R. P. Proteomics 2014, 14, 513-524 10.1002/pmic.201300344
257. Mertins, P.; Qiao, J. W.; Patel, J.; Udeshi, N. D.; Clauser, K. R.; Mani, D. R.; Burgess, M. W.; Gillette, M. A.; Jaffe, J. D.; Carr, S. A. Nat. Methods 2013, 10, 634-637 10.1038/nmeth.2518
258. Swaney, D. L.; Beltrao, P.; Starita, L.; Guo, A.; Rush, J.; Fields, S.; Krogan, N. J.; Villén, J. Nat. Methods 2013, 10, 676-682 10.1038/nmeth.2519
259. Iesmantavicius, V.; Weinert, B. T.; Choudhary, C. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 1979-1992 10.1074/mcp.O113.035683
260. Parker, B. L.; Shepherd, N. E.; Trefely, S.; Hoffman, N. J.; White, M. Y.; Engholm-Keller, K.; Hambly, B. D.; Larsen, M. R.; James, D. E.; Cordwell, S. J. J. Biol. Chem. 2014, 289, 25890-25906 10.1074/jbc.M114.556035
261. Overmyer, K. A.; Evans, C. R.; Qi, N. R.; Minogue, C. E.; Carson, J. J.; Chermside-Scabbo, C. J.; Koch, L. G.; Britton, S. L.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J.; Burant, C. F. Cell Metab. 2015, 21, 468-478 10.1016/j.cmet.2015.02.007
262. Hart, G. W.; Slawson, C.; Ramirez-Correa, G.; Lagerlof, O. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 825-858 10.1146/annurev-biochem-060608-102511
263. Zhong, J.; Martinez, M.; Sengupta, S.; Lee, A.; Wu, X.; Chaerkady, R.; Chatterjee, A.; O'Meally, R. N.; Cole, R. N.; Pandey, A.; Zachara, N. E. Proteomics 2015, 15, 591-607 10.1002/pmic.201400339
264. Vaga, S.; Bernardo-Faura, M.; Cokelaer, T.; Maiolica, A.; Barnes, C. A.; Gillet, L. C.; Hegemann, B.; van Drogen, F.; Sharifian, H.; Klipp, E.; Peter, M.; Saez-Rodriguez, J.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2014, 10, 767 10.15252/msb.20145112
265. Dammer, E. B.; Lee, A. K.; Duong, D. M.; Gearing, M.; Lah, J. J.; Levey, A. I.; Seyfried, N. T. Proteomics 2015, 15, 508-519 10.1002/pmic.201400189
266. Kee, J.-M.; Muir, T. W. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 44-51 10.1021/cb200445w
267. Buchowiecka, A. K. Analyst 2014, 139, 4118-4123 10.1039/C4AN00724G
268. Sun, F.; Ding, Y.; Ji, Q.; Liang, Z.; Deng, X.; Wong, C. C. L.; Yi, C.; Zhang, L.; Xie, S.; Alvarez, S.; Hicks, L. M.; Luo, C.; Jiang, H.; Lan, L.; He, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 15461-15466 10.1073/pnas.1205952109
269. Schmidt, A.; Trentini, D. B.; Spiess, S.; Fuhrmann, J.; Ammerer, G.; Mechtler, K.; Clausen, T. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 537-550 10.1074/mcp.M113.032292
270. Azevedo, C.; Livermore, T.; Saiardi, A. Mol. Cell 2015, 58, 71-82 10.1016/j.molcel.2015.02.010
271. Ek, P.; Ek, B.; Zetterqvist, Ö. Upsala J. Med. Sci. 2015, 120, 20-27 10.3109/03009734.2014.996720
272. Gonzalez-Sanchez, M.-B.; Lanucara, F.; Hardman, G. E.; Eyers, C. E. Int. J. Mass Spectrom. 2014, 367, 28-34 10.1016/j.ijms.2014.04.015
273. Schmidt, A.; Ammerer, G.; Mechtler, K. Proteomics 2013, 13, 945-954 10.1002/pmic.201200240
274. Bertran-Vicente, J.; Serwa, R. A.; Schümann, M.; Schmieder, P.; Krause, E.; Hackenberger, C. P. R. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 13622-13628 10.1021/ja507886s
275. Bertran-Vicente, J.; Schümann, M.; Hackenberger, C. P. R.; Krause, E. Anal. Chem. 2015, 87, 6990-6994 10.1021/acs.analchem.5b01389
276. Kee, J.-M.; Oslund, R. C.; Perlman, D. H.; Muir, T. W. Nat. Chem. Biol. 2013, 9, 416-421 10.1038/nchembio.1259
277. Kee, J.-M.; Oslund, R. C.; Couvillon, A. D.; Muir, T. W. Org. Lett. 2015, 17, 187-189 10.1021/ol503320p
278. Fuhs, S. R.; Meisenhelder, J.; Aslanian, A.; Ma, L.; Zagorska, A.; Stankova, M.; Binnie, A.; Al-Obeidi, F.; Mauger, J.; Lemke, G.; Yates, J. R.; Hunter, T. Cell 2015, 162, 198-210 10.1016/j.cell.2015.05.046
279. Oslund, R. C.; Kee, J.-M.; Couvillon, A. D.; Bhatia, V. N.; Perlman, D. H.; Muir, T. W. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 12899-12911 10.1021/ja507614f
280. Dong, Y.-M.; Chien, K.-Y.; Chen, J.-T.; Lin, S.-J.; Wang, T.-C. V; Yu, J.-S. J. Sep. Sci. 2013, 36, 1582-1589 10.1002/jssc.201300054
281. Sun, L.; Hebert, A. S.; Yan, X.; Zhao, Y.; Westphall, M. S.; Rush, M. J. P.; Zhu, G.; Champion, M. M.; Coon, J. J.; Dovichi, N. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 13931-13933 10.1002/anie.201409075
282. Sarg, B.; Faserl, K.; Kremser, L.; Halfinger, B.; Sebastiano, R.; Lindner, H. H. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 2640-2656 10.1074/mcp.M112.024109
283. Noach-Hirsh, M.; Nevenzal, H.; Glick, Y.; Chorni, E.; Avrahami, D.; Barbiro-Michaely, E.; Gerber, D.; Tzur, A. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2824-2832 10.1074/mcp.M115.053512
284. Ludwig, K. R.; Sun, L.; Zhu, G.; Dovichi, N. J.; Hummon, A. B. Anal. Chem. 2015, 87, 9532-9537 10.1021/acs.analchem.5b02457