Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 101, Issue 26, 2004, Pages 9528-9533

  Syka, John E P ^a,c   Coon, Joshua J ^b   Schroeder, Melanie J ^b   Shabanowitz, Jeffrey ^b   Hunt, Donald F ^b,d  

^a University of Virginia   (United States)

^b UNIVERSITY OF VIRGINIA   (United States)

^c Thermo Fisher Scientific   (United States)

^d UNIVERSITY OF VIRGINIA   (United States)

Author keywords

Charge transfer; Electron capture dissociation; Fragmentation; Ion trap; Ion ion reactions

Indexed keywords

PEPTIDE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; DISSOCIATION; ION CYCLOTRON RESONANCE MASS SPECTROMETRY; ION TRAP MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIONS; ANTHRACENES; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; ELECTRON TRANSPORT; ELECTRONS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PHOSPHOPROTEINS; SEQUENCE ANALYSIS, PROTEIN;

EID: 3042789073     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0402700101     Document Type: Article

References (55)

1. Zubarev, R. A., Kelleher, N. L. & McLafferty, F. W. (1998) J. Am. Chem. Soc. 120, 3265-3266.
2. Zubarev, R. A., Kruger, N. A., Fridriksson, E. K., Lewis, M. A., Horn, D. M., Carpenter, B. K. & McLafferty, F. W. (1999) J. Am. Chem. Soc. 121, 2857-2862.
3. Zubarev, R. A. (2003) Mass Spectrom. Rev. 22, 57-77.
4. Cerda, B. A., Horn, D. M., Breuker, K., Carpenter, B. K. & McLafferty, F. W. (1999) Eur. J. Mass Spectrom. (Chichester, England) 5, 335-338.
5. Zubarev, R. A., Haselmann, K. F., Budnik, B., Kjeldsen, F. & Jensen, F. (2002) Eur. J. Mass Spectrom. (Chichester, England) 8, 337-349.
6. McLafferty, F. W., Horn, D. M., Breuker, K., Ge, Y., Lewis, M. A., Cerda, B., Zubarev, R. A. & Carpenter, B. K. (2001) J. Am. Soc. Mass Spectrom. 12, 245-249.
7. Mirgorodskaya, E., Roepstorff, P. & Zubarev, R. A. (1999) Anal. Chem. 71, 4431-4436.
8. Kelleher, N. L., Zubarev, R. A., Bush, K., Furie, B., Furie, B. C., McLafferty, F. W. & Walsh, C. T. (1999) Anal. Chem. 71, 4250-4253.
9. Stensballe, A., Andersen, S. & Jensen, O. N. (2001) Proteomics 1, 207-222.
10. Mirgorodskaya, E., Hassan, H., Clausen, H. & Roepstorff, P. (2001) Anal. Chem. 73, 1263-1269.
11. Shi, S. D. H., Hemling, M. E., Carr, S. A., Horn, D. M., Lindh, I. & McLafferty, F. W. (2001) Anal. Chem. 73, 19-22.
12. Budnik, B. A., Haselmann, K. F., Elkin, Y. N., Gorbach, V. I. & Zubarev, R. A. (2003) Anal. Chem. 75, 5994-6001.
13. Emmett, M. R. (2003) J. Chromatogr. A 1013, 203-213.
14. Mann, M. & Jensen, O. N. (2003) Nat. Biotechnol. 21, 255-261.
15. Hakansson, K., Cooper, H. J., Emmett, M. R., Costello, C. E., Marshall, A. G. & Nilsson, C. L. (2001) Anal. Chem. 73, 4530-4536.
16. Hakansson, K., Emmett, M. R., Hendrickson, C. L. & Marshall, A. G. (2001) Anal. Chem. 73, 3605-3610.
17. Tsybin, Y. O., Witt, M., Baykut, G., Kjeldsen, F. & Hakansson, P. (2003) Rapid Commun. Mass Spectrom. 17, 1759-1768.
18. Hakansson, K., Chalmers, M. J., Quinn, J. P., McFarland, M. A., Hendrickson, C. L. & Marshall, A. G. (2003) Anal. Chem. 75, 3256-3262.
19. Mormann, M. & Peter-Katalinic, J. (2003) Rapid Commun. Mass Spectrom. 17, 2208-2214.
20. Tsybin, Y. O., Hakansson, P., Budnik, B. A., Haselmann, K. F., Kjeldsen, F., Gorshkov, M. & Zubarev, R. A. (2001) Rapid Comun. Mass Spectrom. 15, 1849-1854.
21. Haselmann, K. F., Budnik, B. A., Olsen, J. V., Nielsen, M. L., Reis, C. A., Clausen, H., Johnsen, A. H. & Zubarev, R. A. (2001) Anal. Chem. 73, 2998-3005.
22. Charlebois, J. P., Patrie, S. M. & Kelleher, N. L. (2003) Anal. Chem. 75, 3263-3266.
23. Fagerquist, C. K., Hudgins, R. R., Emmett, M. R., Hakansson, K. & Marshall, A. G. (2003) J. Am. Soc. Mass Spectrom. 14, 682-682.
24. Hakansson, K., Cooper, H. J., Hudgins, R. R. & Nilsson, C. L. (2003) Curr. Org. Chem. 7, 1503-1525.
25. Cooper, H. J., Case, M. A., McLendon, G. L. & Marshall, A. G. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 5331-5339.
26. Zabrouskov, V., Giacomelli, L., van Wijk, K. J. & McLafferty, F. W. (2003) Mol. Cell. Proteomics 2, 1253-1260.
27. Ge, Y., Lawhorn, B. G., Elnaggar, M., Sze, S. K., Begley, T. P. & McLafferty, F. W. (2003) Protein Sci. 12, 2320-2326.
28. Ge, Y., EINaggar, M., Sze, S. K., Bin Oh, H., Begley, T. P., McLafferty, F. W., Boshoff, H. & Barry, C. E. (2003) J. Am. Soc. Mass Spectrom. 14, 253-261.
29. Franzen, J. (2002) U.S. Patent Appl. 20,020,175,280.
30. Whitehouse, C. M., Welkie, D. G., Gholamreza, J., Cousins, L. & Rakov, S. (2003) International Patent Appl. PCT/US03/17436.
31. Park, M. A. (2002) U.S. Patent Appl. 20,020,092,980.
32. Hunt, D. F., Stafford, G. C., Crow, F. A. & Russell, J. W. (1976) Anal. Chem. 48, 2098-2105.
33. Hunt, D. F. & Crow, F. A. (1978) Anal. Chem. 50, 1781-1784.
34. Martin, S. E., Shabanowitz, J., Hunt, D. F. & Marto, J. A. (2000) Anal. Chem. 72, 4266-4274.
35. Ficarro, S. B., McCleland, M. L., Stukenberg, P. T., Burke, D. J., Ross, M. M., Shabanowitz, J., Hunt, D. F. & White, F. M. (2002) Nat. Biotechnol. 20, 301-305.
36. Hakansson, K., Hudgins, R. R. & Marshall, A. G. (2003) J. Am. Soc. Mass Spectrom. 14, 23-41.
37. Eng, J. K., McCormack, A. L. & Yates, J. R., III (1994) J. Am. Soc. Mass Spectrom. 5, 976-989.
38. MacCoss, M. J., Wu, C. C. & Yates, J. R., III (2002) Anal. Chem. 74, 5593-5599.
39. Schwartz, J. C., Senko, M. W. & Syka, J. E. P. (2002) J. Am. Soc. Mass Spectrom. 13, 659-669.
40. Stephenson, J. L. & McLuckey, S. A. (1997) Int. J. Mass Spectrom. 162, 89-106.
41. McLuckey, S. A. & Stephenson, J. L. (1998) Mass Spectrom. Rev. 17, 369-407.
42. Stephenson, J. L. & McLuckey, S. A. (1998) Anal. Chem. 70, 3533-3544.
43. McLuckey, S. A., Stephenson, J. L. & Asano, K. G. (1998) Anal. Chem. 70, 1198-1202.
44. Reid, G. E., Shang, H., Hogan, J. M., Lee, G. U. & McLuckey, S. A. (2002) J. Am. Chem. Soc. 124, 7353-7362.
45. McLuckey, S. A., Reid, G. E. & Wells, J. M. (2002) Anal. Chem. 74, 336-346.
46. Engel, B. J., Pan, P., Reid, G. E., Wells, J. M. & McLuckey, S. A. (2002) Int. J. Mass Spectrom. 219, 171-187.
47. Zubarev, R. A., Horn, D. M., Fridriksson, E. K., Kelleher, N. L., Kruger, N. A., Lewis, M. A., Carpenter, B. K. & McLafferty, F. W. (2000) Anal. Chem. 72, 563-573.
48. Sze, S. K., Ge, Y., Oh, H. & McLafferty, F. W. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99, 1774-1779.
49. Ge, Y., Lawhorn, B. G., ElNaggar, M., Strauss, E., Park, J. H., Begley, T. P. & McLafferty, F. W. (2002) J. Am. Chem. Soc. 124, 672-678.
50. Chrisman, P. A. & McLuckey, S. A. (2002) J. Proteome Res. 1, 549-557.
51. Reid, G. E. & McLuckey, S. A. (2002) J. Mass Spectrom. 37, 663-675.
52. Hogan, J. M. & McLuckey, S. A. (2003) J. Mass Spectrom. 38, 245-256.
53. Hogan, J. M., Pitteri, S. J. & McLuckey, S. A. (2003) Anal. Chem. 75, 6509-6516.
54. Amunugama, R., Hogan, J. M., Newton, K. A. & McLuckey, S. A. (2004) Anal. Chem. 76, 720-727.
55. Pitteri, S. J., Reid, G. E. & McLuckey, S. A. (2004) J. Proteome Res. 3, 46-54.