Rapid and reproducible single-stage phosphopeptide enrichment of complex peptide mixtures: Application to general and phosphotyrosine-specific phosphoproteomics experiments

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 20, 2011, Pages 7635-7644

  Kettenbach, Arminja N ^a,b   Gerber, Scott A ^a,b  

^a DARTMOUTH MEDICAL SCHOOL   (United States)

^b NORRIS COTTON CANCER CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENOCARCINOMA CELLS; BIOMEDICAL RESEARCH; CELLULAR PROCESS; COMPLEX PEPTIDE MIXTURES; IMMUNOAFFINITY; LABEL FREE; LC-MS/MS; PEAK AREA; PHOSPHOPEPTIDE ENRICHMENT; PHOSPHOPEPTIDES; PHOSPHOPROTEOMICS; PHOSPHORYLATION ANALYSIS; PHOSPHOTYROSINE; PROTEIN PHOSPHORYLATION; REPRODUCIBILITIES; ROBUST APPROACHES; SINGLE STAGE; WHOLE CELL;

AIR PURIFICATION; ANTIGEN-ANTIBODY REACTIONS; PHOSPHORYLATION; TITANIUM; TITANIUM DIOXIDE;

PEPTIDES;

PHOSPHOPEPTIDE; PHOSPHOTYROSINE; TITANIUM; TITANIUM DIOXIDE;

AFFINITY CHROMATOGRAPHY; ARTICLE; CHEMISTRY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; IMMUNOLOGY; ISOLATION AND PURIFICATION; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TUMOR CELL LINE;

CELL LINE, TUMOR; CHROMATOGRAPHY, AFFINITY; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; HUMANS; PHOSPHOPEPTIDES; PHOSPHOTYROSINE; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TITANIUM;

EID: 80054698820     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac201894j     Document Type: Article

References (41)

1. Davies, H.; Hunter, C.; Smith, R.; Stephens, P.; Greenman, C.; Bignell, G.; Teague, J.; Butler, A.; Edkins, S.; Stevens, C.; Parker, A.; O'Meara, S.; Avis, T.; Barthorpe, S.; Brackenbury, L.; Buck, G.; Clements, J.; Cole, J.; Dicks, E.; Edwards, K.; Forbes, S.; Gorton, M.; Gray, K.; Halliday, K.; Harrison, R.; Hills, K.; Hinton, J.; Jones, D.; Kosmidou, V.; Laman, R.; Lugg, R.; Menzies, A.; Perry, J.; Petty, R.; Raine, K.; Shepherd, R.; Small, A.; Solomon, H.; Stephens, Y.; Tofts, C.; Varian, J.; Webb, A.; West, S.; Widaa, S.; Yates, A.; Brasseur, F.; Cooper, C. S.; Flanagan, A. M.; Green, A.; Knowles, M.; Leung, S. Y.; Looijenga, L. H.; Malkowicz, B.; Pierotti, M. A.; Teh, B. T.; Yuen, S. T.; Lakhani, S. R.; Easton, D. F.; Weber, B. L.; Goldstraw, P.; Nicholson, A. G.; Wooster, R.; Stratton, M. R.; Futreal, P. A. Cancer Res. 2005, 65, 7591-7595
2. Fedorov, O.; Muller, S.; Knapp, S. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 166-169
3. Kettenbach, A. N.; Schweppe, D. K.; Faherty, B. K.; Pechenick, D.; Pletnev, A. A.; Gerber, S. A. Sci. Signal 2011, 4, rs5
4. Janne, P. A.; Gray, N.; Settleman, J. Nat. Rev. Drug Discovery 2009, 8, 709-723
5. Nita-Lazar, A.; Saito-Benz, H.; White, F. M. Proteomics 2008, 8, 4433-4443
6. Janek, K.; Wenschuh, H.; Bienert, M.; Krause, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1593-1599
7. Kratzer, R.; Eckerskorn, C.; Karas, M.; Lottspeich, F. Electrophoresis 1998, 19, 1910-1919
8. Moritz, A.; Li, Y.; Guo, A.; Villen, J.; Wang, Y.; MacNeill, J.; Kornhauser, J.; Sprott, K.; Zhou, J.; Possemato, A.; Ren, J. M.; Hornbeck, P.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P.; Rush, J.; Comb, M. J. Sci. Signal 2010, 3, ra64
9. Rush, J.; Moritz, A.; Lee, K. A.; Guo, A.; Goss, V. L.; Spek, E. J.; Zhang, H.; Zha, X. M.; Polakiewicz, R. D.; Comb, M. J. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 94-101
10. Zhang, Y.; Wolf-Yadlin, A.; Ross, P. L.; Pappin, D. J.; Rush, J.; Lauffenburger, D. A.; White, F. M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1240-1250
11. Oda, Y.; Nagasu, T.; Chait, B. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 379-382
12. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12130-12135
13. McNulty, D. E.; Annan, R. S. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 971-980
14. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Faergeman, N. J.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 310-327
15. Larsen, M. R.; Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 873-886
16. Pinkse, M. W. H.; Uitto, P. M.; Hilhorst, M. J.; Ooms, B.; Heck, A. J. R. Anal. Chem. 2004, 76, 3935-3943
17. Bodenmiller, B.; Mueller, L. N.; Mueller, M.; Domon, B.; Aebersold, R. Nat. Methods 2007, 4, 231-237
18. Matsuoka, S.; Ballif, B. A.; Smogorzewska, A.; McDonald, E. R.; Hurov, K. E.; Luo, J.; Bakalarski, C. E.; Zhao, Z. M.; Solimini, N.; Lerenthal, Y.; Shiloh, Y.; Gygi, S. P.; Elledge, S. J. Science 2007, 316, 1160-1166
19. Li, W.; Backlund, P. S.; Boykins, R. A.; Wang, G.; Chen, H. C. Anal. Biochem. 2003, 323, 94-102
20. Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Gerber, S. A.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1488-1493
21. Villen, J.; Gygi, S. P. Nat. Protoc. 2008, 3, 1630-1638
22. Olsen, J. V.; Vermeulen, M.; Santamaria, A.; Kumar, C.; Miller, M. L.; Jensen, L. J.; Gnad, F.; Cox, J.; Jensen, T. S.; Nigg, E. A.; Brunak, S.; Mann, M. Sci. Signal 2010, 3, ra3
23. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305
24. Yu, L. R.; Zhu, Z.; Chan, K. C.; Issaq, H. J.; Dimitrov, D. S.; Veenstra, T. D. J. Proteome Res. 2007, 6, 4150-4162
25. Sugiyama, N.; Masuda, T.; Shinoda, K.; Nakamura, A.; Tomita, M.; Ishihama, Y. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1103-1109
26. Pinkse, M. W.; Mohammed, S.; Gouw, J. W.; van Breukelen, B.; Vos, H. R.; Heck, A. J. J. Proteome Res. 2008, 7, 687-697
27. Prisic, S.; Dankwa, S.; Schwartz, D.; Chou, M. F.; Locasale, J. W.; Kang, C. M.; Bemis, G.; Church, G. M.; Steen, H.; Husson, R. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 7521-7526
28. Thingholm, T. E.; Jorgensen, T. J.; Jensen, O. N.; Larsen, M. R. Nat. Protoc. 2006, 1, 1929-1935
29. Mueller, L. N.; Rinner, O.; Schmidt, A.; Letarte, S.; Bodenmiller, B.; Brusniak, M. Y.; Vitek, O.; Aebersold, R.; Muller, M. Proteomics 2007, 7, 3470-3480
30. Li, Q. R.; Ning, Z. B.; Tang, J. S.; Nie, S.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2009, 8, 5375-5381
31. Hunter, T. Curr. Opin. Cell Biol. 2009, 21, 140-146
32. Blagoev, B.; Ong, S. E.; Kratchmarova, I.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1139-1145
33. Thelemann, A.; Petti, F.; Griffin, G.; Iwata, K.; Hunt, T.; Settinari, T.; Fenyo, D.; Gibson, N.; Haley, J. D. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 356-376
34. Boersema, P. J.; Foong, L. Y.; Ding, V. M.; Lemeer, S.; van Breukelen, B.; Philp, R.; Boekhorst, J.; Snel, B.; den Hertog, J.; Choo, A. B.; Heck, A. J. Mol. Cell. Proteomics 2009, 9, 84-99
35. Iliuk, A. B.; Martin, V. A.; Alicie, B. M.; Geahlen, R. L.; Tao, W. A. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2162-2172
36. Zheng, H.; Hu, P.; Quinn, D. F.; Wang, Y. K. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 721-730
37. Schwartz, D.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1391-1398
38. Kruger, M.; Kratchmarova, I.; Blagoev, B.; Tseng, Y. H.; Kahn, C. R.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 2451-2456
39. Hanke, S.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 519-534
40. Ibarrola, N.; Molina, H.; Iwahori, A.; Pandey, A. J. Biol. Chem. 2004, 279, 15805-15813
41. Sano, H.; Peck, G. R.; Kettenbach, A. N.; Gerber, S. A.; Lienhard, G. E. J. Biol. Chem. 2011, 286, 16541-16545