Increasing the multiplexing capacity of TMTs using reporter ion isotopologues with isobaric masses

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 17, 2012, Pages 7469-7478

  McAlister, Graeme C ^a   Huttlin, Edward L ^a   Haas, Wilhelm ^a   Ting, Lily ^a   Jedrychowski, Mark P ^a   Rogers, John C ^b   Kuhn, Karsten ^c   Pike, Ian ^c   Grothe, Robert A ^b   Blethrow, Justin D ^b   Gygi, Steven P ^a  

^a HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

^b Thermo Fisher Scientific   (United States)

^c Proteome Sciences plc   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FRAGMENTATION PATHWAYS; HIGH RESOLUTION; ISOTOPIC SHIFT; ISOTOPOLOGUES; MASS ACCURACY; MASS DIFFERENCE; PARALLELIZATIONS; RELATIVE INTENSITY; STRAIGHT-FORWARD METHOD;

MASS SPECTROMETRY; MULTIPLEXING;

IONS;

2,4,5 TRIMETHYLTHIAZOLINE; CARBON; NITROGEN; PROTEOME; THIAZOLE DERIVATIVE;

ANIMAL; ARTICLE; BRAIN; CHEMISTRY; HELA CELL; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; METABOLISM; MOUSE; SPLEEN; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANIMALS; BRAIN; CARBON ISOTOPES; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; HELA CELLS; HUMANS; MICE; NITROGEN ISOTOPES; PROTEOME; SPLEEN; TANDEM MASS SPECTROMETRY; THIAZOLES;

EID: 84865718193     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac301572t     Document Type: Article

References (47)

1. Huttlin, E. L.; Jedrychowski, M. P.; Elias, J. E.; Goswami, T.; Rad, R.; Beausoleil, S. A.; Villen, J.; Haas, W.; Sowa, M. E.; Gygi, S. P. Cell 2010, 143 (7) 1174-1189
2. Nagaraj, N.; Wisniewski, J. R.; Geiger, T.; Cox, J.; Kircher, M.; Kelso, J.; Paabo, S.; Mann, M.. Mol. Syst. Biol. 2011, 7
3. Beck, M.; Schmidt, A.; Malmstroem, J.; Claassen, M.; Ori, A.; Szymborska, A.; Herzog, F.; Rinner, O.; Ellenberg, J.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2011, 7
4. Phanstiel, D. H.; Brumbaugh, J.; Wenger, C. D.; Tian, S. L.; Probasco, M. D.; Bailey, D. J.; Swaney, D. L.; Tervo, M. A.; Bolin, J. M.; Ruotti, V.; Stewart, R.; Thomson, J. A.; Coon, J. J. Nat. Methods 2011, 8 (10) 821-U84
5. de Godoy, L. M. F.; Olsen, J. V.; Cox, J.; Nielsen, M. L.; Hubner, N. C.; Frohlich, F.; Walther, T. C.; Mann, M. Nature 2008, 455 (7217) 1251-U60
6. DeSouza, L. V.; Taylor, A. M.; Li, W.; Minkoff, M. S.; Romaschin, A. D.; Colgan, T. J.; Siu, K. W. M. J. Proteome Res. 2008, 7 (8) 3525-3534
7. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17 (10) 994-999
8. Li, J. X.; Steen, H.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2 (11) 1198-1204
9. Hansen, K. C.; Schmitt-Ulms, G.; Chalkley, R. J.; Hirsch, J.; Baldwin, M. A.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2 (5) 299-314
10. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1 (5) 376-386
11. Hsu, J. L.; Huang, S. Y.; Chow, N. H.; Chen, S. H. Anal. Chem. 2003, 75 (24) 6843-6852
12. Hsu, J. L.; Huang, S. Y.; Chen, S. H. Electrophoresis 2006, 27 (18) 3652-3660
13. Morano, C.; Zhang, X.; Fricker, L. D. Anal. Chem. 2008, 80 (23) 9298-9309
14. Boersema, P. J.; Aye, T. T.; van Veen, T. A. B.; Heck, A. J. R.; Mohammed, S. Proteomics 2008, 8 (22) 4624-4632
15. Mertins, P.; Udeshi, N. D.; Clauser, K. R.; Mani, D. R.; Patel, J.; Ong, S.-e.; Jaffe, J. D.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11 (6) M111.014423
16. Thompson, A.; Schafer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75 (8) 1895-1904
17. Dayon, L.; Hainard, A.; Licker, V.; Turck, N.; Kuhn, K.; Hochstrasser, D. F.; Burkhard, P. R.; Sanchez, J. C. Anal. Chem. 2008, 80 (8) 2921-2931
18. Ross, P. L.; Huang, Y. L. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3 (12) 1154-1169
19. Choe, L.; D'Ascenzo, M.; Relkin, N. R.; Pappin, D.; Ross, P.; Williamson, B.; Guertin, S.; Pribil, P.; Lee, K. H. Proteomics 2007, 7 (20) 3651-3660
20. Sohn, C. H.; Lee, J. E.; Sweredoski, M. J.; Graham, R. L. J.; Smith, G. T.; Hess, S.; Czerwieniec, G.; Loo, J. A.; Deshaies, R. J.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134 (5) 2672-2680
21. Dephoure, N.; Gygi, S. P. Sci. Signal. 2012, 5, 217
22. Han, H. L.; Pappin, D. J.; Ross, P. L.; McLuckey, S. A. J. Proteome Res. 2008, 7 (9) 3643-3648
23. Phanstiel, D.; Zhang, Y.; Marto, J. A.; Coon, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19 (9) 1255-1262
24. Phanstiel, D.; Unwin, R.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2009, 81 (4) 1693-1698
25. Viner, R. I.; Zhang, T.; Second, T.; Zabrouskov, V. J. Proteomics 2009, 72 (5) 874-885
26. Makarov, A.; Denisov, E.; Lange, O. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20 (8) 1391-1396
27. Ting, L.; Rad, R.; Gygi, S. P.; Haas, W. Nat. Methods 2011, 8 (11) 937-940
28. Villen, J.; Gygi, S. P. Nat. Protocols 2008, 3 (10) 1630-1638
29. Rappsilber, J.; Ishihama, Y.; Mann, M. Anal. Chem. 2003, 75 (3) 663-670
30. McAlister, G. C.; Jedrychowski, M.; Yu, Y.; Ting, L.; Huttlin, E. L.; Rad, R.; Haas, W.; Gygi, S. P. Isolating multiple MS2 fragments using waveforms with multiple frequency notches improves MS3 sensitivity ∼8 fold over standard MS3-based TMT methods. Presented at the 60th Annual Conference of the American Society of Mass Spectrometry, Vancouver, Canada, May 20-24, 2012.
31. Wenger, C. D.; Lee, M. V.; Hebert, A. S.; McAlister, G. C.; Phanstiel, D. H.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Nat. Methods 2011, 8 (11) 933-935
32. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5 (11) 976-989
33. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2007, 4 (3) 207-214
34. Makarov, A.; Denisov, E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20 (8) 1486-1495
35. Benjamini, Y.; Hochberg, Y. J. R. Stat. Soc., Ser. B: Stat. Methodol. 1995, 57 (1) 289-300
36. Makarov, A.; Denisov, E.; Kholomeev, A.; Baischun, W.; Lange, O.; Strupat, K.; Horning, S. Anal. Chem. 2006, 78 (7) 2113-2120
37. Peterson, A. C.; McAlister, G. C.; Quarmby, S. T.; Griep-Raming, J.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2010, 82 (20) 8618-8628
38. Hofstadler, S. A.; Bruce, J. E.; Rockwood, A. L.; Anderson, G. A.; Winger, B. E.; Smith, R. D. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1994, 132 (1-2) 109-127
39. Easterling, M. L.; Amster, I. J.; van Rooij, G. J.; Heeren, R. M. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10 (11) 1074-1082
40. Bresson, J. A.; Anderson, G. A.; Bruce, J. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9 (8) 799-804
41. Xu, Y.; Heilier, J. F.; Madalinski, G.; Genin, E.; Ezan, E.; Tabet, J. C.; Junot, C. Anal. Chem. 2010, 82 (13) 5490-5501
42. Erve, J. C. L.; Gu, M.; Wang, Y. D.; DeMaio, W.; Talaat, R. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20 (11) 2058-2069
43. Weber, R. J. M.; Southam, A. D.; Sommer, U.; Viant, M. R. Anal. Chem. 2011, 83 (10) 3737-3743
44. Su, A. I.; Wiltshire, T.; Batalov, S.; Lapp, H.; Ching, K. A.; Block, D.; Zhang, J.; Soden, R.; Hayakawa, M.; Kreiman, G.; Cooke, M. P.; Walker, J. R.; Hogenesch, J. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101 (16) 6062-7
45. Kislinger, T.; Cox, B.; Kannan, A.; Chung, C.; Hu, P.; Ignatchenko, A.; Scott, M. S.; Gramolini, A. O.; Morris, Q.; Hallett, M. T.; Rossant, J.; Hughes, T. R.; Frey, B.; Emili, A. Cell 2006, 125 (1) 173-86
46. Xiang, F.; Ye, H.; Chen, R. B.; Fu, Q.; Li, L. J. Anal. Chem. 2010, 82 (7) 2817-2825
47. Pichler, P.; Kocher, T.; Holzmann, J.; Mazanek, M.; Taus, T.; Ammerer, G.; Mechtler, K. Anal. Chem. 2010, 82 (15) 6549-6558