Activated Ion Electron Transfer Dissociation for Improved Fragmentation of Intact Proteins

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 14, 2015, Pages 7109-7116

  Riley, Nicholas M ^a   Westphall, Michael S ^a   Coon, Joshua J ^a,b  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^b UNIVERSITY OF WISCONSIN SCHOOL OF MEDICINE AND PUBLIC HEALTH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISSOCIATION; ELECTRON TRANSITIONS; PROTEINS;

COLLISIONAL DISSOCIATION; ELECTRON TRANSFER; ELECTRON TRANSFER DISSOCIATION; FRAGMENT IONS; INFRARED PHOTONS; INTACT PROTEINS; PROTEIN CHARACTERIZATION; PROTEIN SEQUENCES;

IONS;

ION; PEPTIDE; PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; CHEMISTRY; ELECTRON; ELECTRON TRANSPORT; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; METABOLISM;

AMINO ACID SEQUENCE; ELECTRON TRANSPORT; ELECTRONS; IONS; PEPTIDES; PROTEINS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 84937714429     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b00881     Document Type: Article

References (58)

1. Zubarev, R.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266
2. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533
3. Coon, J. J.; Syka, J. E. P.; Shabanowitz, J.; Hunt, D.. Biotechniques 2005, 38, 519
4. Garcia, B. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 193-202
5. Zubarev, R. A. Curr. Opin. Biotechnol. 2004, 15, 12-16
6. Catherman, A. D.; Skinner, O. S.; Kelleher, N. L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2014, 445, 683-693
7. Smith, L. M.; Kelleher, N. L. Nat. Methods 2013, 10, 186-187
8. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815
9. Raspopov, S. A.; El-Faramawy, A.; Thomson, B. A.; Siu, K. W. M. Anal. Chem. 2006, 78, 4572-4577
10. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNaggar, M.; Strauss, E.; Park, J.-H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672-678
11. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563-573
12. Zhou, M.; Wysocki, V. H. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 1010-1018
13. Shaw, J. B.; Li, W.; Holden, D. D.; Zhang, Y.; Griep-Raming, J.; Fellers, R. T.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L.; Brodbelt, J. S. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 12646-12651
14. Chait, B. T. Science 2006, 314, 65-66
15. Siuti, N.; Kelleher, N. L. Nat. Methods 2007, 4, 817-821
16. Coon, J. J. Anal. Chem. 2009, 81, 3208-3215
17. Breuker, K.; Oh, H.; Horn, D. M.; Cerda, B. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6407-6420
18. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 954-961
19. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2240-2248
20. Good, D. M.; Wirtala, M.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1942-1951
21. Oh, H.; McLafferty, F. W. Bull. Korean Chem. Soc. 2006, 389-394
22. Horn, D. M.; Ge, Y.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 4778-4784
23. Mikhailov, V. A.; Cooper, H. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 763-771
24. Tsybin, Y. O.; Witt, M.; Baykut, G.; Kjeldsen, F.; HaÌŠkansson, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 1759-1768
25. Horn, D. M.; Breuker, K.; Frank, A. J.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9792-9799
26. Sze, S. K.; Ge, Y.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2003, 75, 1599-1603
27. Xia, Y.; Han, H.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2008, 80, 1111-1117
28. Pitteri, S. J.; Chrisman, P. A.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2005, 77, 5662-5669
29. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Wirtala, M.; Schwartz, J. C.; Syka, J. E. P.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 477-485
30. Ledvina, A. R.; McAlister, G. C.; Gardner, M. W.; Smith, S. I.; Madsen, J. a; Schwartz, J. C.; Stafford, G. C.; Syka, J. E. P.; Brodbelt, J. S.; Coon, J. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 8526-8528
31. Badman, E. R.; Hoaglund-Hyzer, C. S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 719-723
32. Ben Hamidane, H.; Chiappe, D.; Hartmer, R.; Vorobyev, A.; Moniatte, M.; Tsybin, Y. O. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 567-575
33. O'Connor, P. B.; Lin, C.; Cournoyer, J. J.; Pittman, J. L.; Belyayev, M.; Budnik, B. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 576-585
34. Sun, R.-X.; Dong, M.-Q.; Song, C.-Q.; Chi, H.; Yang, B.; Xiu, L.-Y.; Tao, L.; Jing, Z.-Y.; Liu, C.; Wang, L.-H.; Fu, Y.; He, S.-M. J. Proteome Res. 2010, 9, 6354-6367
35. McLuckey, S. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M. Anal. Chem. 2002, 74, 336-346
36. Reid, G. E.; Shang, H.; Hogan, J. M.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7353-7362
37. Chrisman, P. A.; Pitteri, S. J.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2006, 78, 310-316
38. Ledvina, A. R.; Beauchene, N. a; McAlister, G. C.; Syka, J. E. P.; Schwartz, J. C.; Griep- Raming, J.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2010, 82, 10068-10074
39. Ledvina, A. R.; Rose, C. M.; McAlister, G. C.; Syka, J. E. P.; Westphall, M. S.; Griep- Raming, J.; Schwartz, J. C.; Coon, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1623-1633
40. Bourgoin-Voillard, S.; Leymarie, N.; Costello, C. E. Proteomics 2014, 14, 1174-1184
41. Cannon, J. R.; Holden, D. D.; Brodbelt, J. S. Anal. Chem. 2014, 86, 10970-10977
42. Brunner, A. M.; Lossl, P.; Liu, F.; Huguet, R.; Mullen, C.; Yamashita, M.; Zabrouskov, V.; Makarov, A.; Altelaar, A. F. M.; Heck, A. J. R. Anal. Chem. 2015, 87, 4152-4158
43. Rose, C. M.; Russell, J. D.; Ledvina, A. R.; McAlister, G. C.; Westphall, M. S.; Griep- Raming, J.; Schwartz, J. C.; Coon, J. J.; Syka, J. E. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 816-827
44. Michalski, A.; Damoc, E.; Lange, O.; Denisov, E.; Nolting, D.; Müller, M.; Viner, R.; Schwartz, J.; Remes, P.; Belford, M.; Dunyach, J.-J.; Cox, J.; Horning, S.; Mann, M.; Makarov, A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, O111.013698
45. Chambers, M. C.; Maclean, B.; Burke, R.; Amodei, D.; Ruderman, D. L.; Neumann, S.; Gatto, L.; Fischer, B.; Pratt, B.; Egertson, J.; Hoff, K.; Kessner, D.; Tasman, N.; Shulman, N.; Frewen, B.; Baker, T. A.; Brusniak, M.-Y.; Paulse, C.; Creasy, D.; Flashner, L.; Kani, K.; Moulding, C.; Seymour, S. L.; Nuwaysir, L. M.; Lefebvre, B.; Kuhlmann, F.; Roark, J.; Rainer, P.; Detlev, S.; Hemenway, T.; Huhmer, A.; Langridge, J.; Connolly, B.; Chadick, T.; Holly, K.; Eckels, J.; Deutsch, E. W.; Moritz, R. L.; Katz, J. E.; Agus, D. B.; MacCoss, M.; Tabb, D. L.; Mallick, P. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 918-920
46. Liu, X.; Inbar, Y.; Dorrestein, P. C.; Wynne, C.; Edwards, N.; Souda, P.; Whitelegge, J. P.; Bafna, V.; Pevzner, P. A. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2772-2782
47. Fellers, R. T.; Greer, J. B.; Early, B. P.; Yu, X.; LeDuc, R. D.; Kelleher, N. L.; Thomas, P. M. Proteomics 2014, 11, 649-51
48. Wood, T. D.; Chorush, R. A.; Wampler, F. M.; Little, D. P.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2451-2454
49. Fabris, D.; Kelly, M.; Murphy, C.; Wu, Z.; Fenselau, C. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 652-661
50. Reid, G. E.; Wu, J.; Chrisman, P. A.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2001, 73, 3274-3281
51. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 1998, 70, 3533-3544
52. Coon, J. J.; Ueberheide, B.; Syka, J. E. P.; Dryhurst, D. D.; Ausio, J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 9463-9468
53. Ahlf, D. R.; Compton, P. D.; Tran, J. C.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. J. Proteome Res. 2012, 11, 4308-4314
54. Meier, S. M.; Tsybin, Y. O.; Dyson, P. J.; Keppler, B. K.; Hartinger, C. G. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 402, 2655-2662
55. Durbin, K. R.; Fellers, R. T.; Ntai, I.; Kelleher, N. L.; Compton, P. D. Anal. Chem. 2014, 86, 1485-1492
56. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M.; Wu, C.; Sweet, S. M. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; LeDuc, R. D.; Compton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011, 480, 254-258
57. Cannon, J. R.; Cammarata, M. B.; Robotham, S. A.; Cotham, V. C.; Shaw, J. B.; Fellers, R. T.; Early, B. P.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L.; Brodbelt, J. S. Anal. Chem. 2014, 86, 2185-2192
58. Zhao, Y.; Riley, N. M.; Sun, L.; Hebert, A. S.; Yan, X.; Westphall, M. S.; Rush, M. J. P.; Zhu, G.; Champion, M. M.; Medie, F. M.; Champion, P. A. D.; Coon, J. J.; Dovichi, N. J. Anal. Chem. 2015, 87, 5422-5429