Enhanced detection of multiply phosphorylated peptides and identification of their sites of modification

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 18, 2013, Pages 8566-8576

  Fleitz, Antoine ^a   Nieves, Edward ^b   Madrid Aliste, Carlos ^b   Fentress, Sarah J ^c   Sibley, L David ^c   Weiss, Louis M ^b   Angeletti, Ruth Hogue ^b   Che, Fa Yun ^b  

^a UNIV LILLE   (France)

^b ALBERT EINSTEIN COLLEGE OF MEDICINE   (United States)

^c WASHINGTON UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELLULAR EVENTS; FIBROBLAST CELLS; PHOSPHOPEPTIDE ANALYSIS; PHOSPHOPEPTIDES; PHOSPHORYLATED PEPTIDES; PHOSPHORYLATION SITES; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; TECHNICAL CHALLENGES;

CASEIN; CELL CULTURE; METAL IONS; PEPTIDES; SODIUM;

PHOSPHORYLATION;

PHOSPHOPEPTIDE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BINDING SITE; CELL CULTURE; CHEMISTRY; FIBROBLAST; GENETICS; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MALE; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; PHYSIOLOGY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; BINDING SITES; CELLS, CULTURED; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; FIBROBLASTS; HUMANS; MALE; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PHOSPHOPEPTIDES; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84884268081     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac401691g     Document Type: Article

References (49)

1. Hunter, T. Cell 2000, 100, 113-127
2. Cohen, P. Nat. Cell Biol. 2002, 4, E127-E130
3. Sickmann, A.; Meyer, H. E. Proteomics 2001, 1, 200-206
4. Hou, J.; Mckeehan, K.; Kan, M.; Carr, S. A.; Huddleston, M. J.; Crabb, J. W.; Mckeehan, W. L. Protein Sci. 1993, 2, 86-92
5. Carr, S. A.; Huddleston, M. J.; Annan, R. S. Anal. Biochem. 1996, 239, 180-192
6. Blagoev, B.; Ong, S.; Kratchmarova, I.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1139-1145
7. Yu, L.-R.; Zhu, Z.; Chan, K. C.; Issaq, H.; Dimitrov, D. S.; Veenstra, T. D. J. Proteome. Res. 2007, 6, 4150-4162
8. Glavy, J. S.; Krutchinsky, A. N.; Cristea, I. M.; Berke, I. C.; Boehmer, T.; Blobel, G.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 3811-3816
9. Woo, E. M.; Fenyo, D.; Kwok, B. H.; Funabiki, H.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2008, 80, 2419-2425
10. Ding, S.-J.; Wang, Y.; Jacobs, J. M.; Qian, W.-J.; Yang, F.; Tolmachev, A. V.; Du, X.; Wang, W.; Moore, R. J.; Monroe, M. E.; Purvine, S. O.; Waters, K.; Heibeck, T. H.; Adkins, J. N.; Camp, D. G., II; Klemke, R. L.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2008, 7, 4215-4224
11. Heibeck, T. H.; Ding, S.-J.; Opresko, L. K.; Zhao, R.; Schepmoes, A. A.; Yang, F.; Tolmachev, A. V.; Monroe, M. E.; Camp, D. G., II; Smith, R. D.; Wiley, H. S.; Qian, W.-J. J. Proteome Res. 2009, 8, 3852-3861
12. Du, J.; Bernasconi, P.; Clauser, K. R.; Mani, D. R.; Finn, S. P.; Beroukhim, R.; Burns, M.; Julian, B.; Peng, X. P.; Hieronymus, H.; Maglathlin, R. L.; Lewis, T. A.; Liau, L. M.; Nghiemphu, P.; Mellinghoff, I. K.; Louis, D. N.; Loda, M.; Carr, S. A.; Kung, A. L.; Golub, T. R. Nat. Biotechnol. 2008, 27, 77-92
13. Dephoure, N.; Zhou, C.; Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Bakalarski, C. E.; Elledge, S. J.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 10762-10767
14. Bodenmiller, B.; Wanka, S.; Kraft, C.; Urban, J.; Campbell, D.; Pedrioli, P. G.; Gerrits, B.; Picotti, P.; Lam, H.; Vitek, O.; Brusniak, M.-Y.; Roschitzki, B.; Zhang, C.; Shokat, K. M.; Schlapbach, R.; Colman-Lerbner, A.; Nolan, G. P.; Nesvizhskii, A. I.; Peter, M.; Loewith, R.; Mering, C.v.; Aebersold, R. Sci. Signaling 2010, 3, 153 rs4
15. Lau, E. K.; Trester-Zedlitz, M.; Trinidad, J. C.; Kotowski, S. J.; Krutchinsky, A. N.; Burlingame, A. L.; Zastrow, M. v. Sci. Signaling 2011, 4, 185 ra52
16. Rigbolt, K. T. G.; Prokhorova, T. A.; Akimov, V.; Henningsen, J.; Johansen, P. T.; Kratchmarova, I.; Kassem, M.; Mann, M.; Olesn, J. V.; Blagoev, B. Sci. Signaling 2011, 4, 164 rs3
17. Beltrao, P.; Albanese, V.; Kenner, L. R.; Swaney, D. L.; Burlingame, A.; Villen, J.; Lim, W. A.; Fraser, J. S.; Frydman, J.; Krogan, N. J. Cell 2012, 150, 413-425
18. Boersema, P. J.; Mohammed, S.; Heck, A. J. R. J. Mass. Spectrom. 2009, 44, 861-878
19. Huzarska, M.; Ugalde, I.; Kaplan, D. A.; Hartmer, R.; Easterling, M. L.; Polfer, N. C. Anal. Chem. 2010, 82, 2873-2878
20. Palumbo, A.; Reid, G. E. Anal. Chem. 2008, 80, 9735-9747
21. Rajagopal, C.; Stone, K. L.; Francone, V. P.; Mains, R. E.; Eipper, B. A. J. Biol. Chem. 2009, 18, 25723-25734
22. Ali, A. A. E.; Jukes, R. M.; Pearl, L. H.; Oliver, A. W. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 1701-1712
23. Lenz, P.; Swain, P. S. Curr. Biol. 2006, 16, 2150-2155
24. Wang, Y.; Guan, S.; Acharya, P.; Liu, Y.; Thirumaran, R. K.; Brandman, R.; Schuetz, E. G.; Burlingame, A. L.; Correia, M. A. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 2; DOI: M111.010132.
25. Yeung, Y.; Stanley, E. R. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2.11, 1143-1155
26. Lind, S. B.; Artemenko, K.; Elfineh, L.; Mayrhofer, C.; Zubarev, R.; Bergquist, J.; Pettersson, U. Cell. Signaling 2011, 23, 1387-1395
27. Tichy, A.; Salovska, B.; Rehulka, P.; Klimentova, J.; Vavrova, J.; Stulik, J.; Hernychova, L. J. Proteomics 2011, 74, 2786-2797
28. Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Robinson, P. J.; Larsen, M. R. Mol. Cell. Protoemics 2008, 661-671
29. Wu, H.; Hsu, C.; Tsai, C.; Lin, P.; Lin, C.; Chen, Y. Proteomics 2011, 11, 2639-2653
30. Iliuk, A. B.; Martin, V. A.; Alicie, B. M.; Geahlen, R. L.; Tao, W. A. Mol. Cell. Protoemics 2010, 9.10, 2162-2172
31. Villen, J.; Gygi, S. P. Nat. Protoc. 2008, 3, 1630-1638
32. Dephoure, N.; Gygi, S. P. Methods 2011, 54, 379-386
33. Dai, J.; Wang, L. S.; Wu, Y. B.; Sheng, Q. H.; Wu, J. R.; Shieh, C. H.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2009, 8, 133-141
34. Wu, Y. B.; Dai, J.; Yang, X. L.; Li, S. J.; Zhao, S. L.; Sheng, Q. H; Tang, J. S.; Zheng, G. Y.; Li, Y. X.; Wu, J. R.; Zeng, R. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2809-2826
35. McNulty, D. E.; Annan, R. S. Mol. Cell. Proteomics 2008, 971-980
36. Singer, D.; Kuhlmann, J.; Muschket, M.; Hoffmann, R. Anal. Chem. 2010, 82, 6409-6414
37. Wu, C.; Chen, Y.; Tai, J.; Chen, S. J. Proteome Res. 2011, 10, 1088-1097
38. Liu, S.; Zhang, C.; Campbell, J. L.; Hang, H.; Yeung, K. K.; Han, V. K. M.; Lajoie, G. A. Rapid Commun. Mass. Spectrom. 2005, 19, 2747-2756
39. Yu, Y. Q.; Campuzano, I.; Gilar, M. Waters Application Note; 2006; 720001458EN.
40. Winter, D.; Seidler, J.; Ziv, Y.; Shiloh, Y.; Lehmann, W. D. J. Proteome Res. 2009, 8, 418-424
41. Furia, T. E. Sequestrants in Foods. In CRC Handbook of Food Additives, 2 nd ed.; CRC Press: 1972.
42. Swartz, M. E. J. Liq. Chromatogr. Relat. Technol. 2005, 28, 1253-1263
43. Beausoleil, S. A; Villen, J.; Gerber, S. A.; Rush, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2006, 10, 1285-1292
44. Salek, M.; Alonso, A.; Pipkorn, R.; Lehmann, W. D. Anal. Chem. 2003, 75, 2724-2729
45. Song, C.; Ye, M.; Han, G.; Jiang, X.; Wang, F.; Yu, Z.; Chen, R.; Zou, H. Anal. Chem. 2010, 82, 53-56
46. Ficarro, S. B.; Zhang, Y.; Carrasco-Alfonso, M. J.; Garg, B.; Adelmant, G.; Webber, J. T.; Luckey, C. J.; Marto, J. A. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10:10.1074
47. Hegenauer, J.; Saltman, P.; Nace, G. Biochemistry 1979, 3865-3879
48. Nagaraj, N.; D'Souza, R. C. J.; Cox, J.; Olsen, J. V.; Mann, M. J. Proteome Res. 2010, 9, 6786-6794
49. Jedrychowski, M. P.; Huttlin, E. L.; Haas, W.; Sowa, M. E.; Rad, R.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10:M111.009910