Evaluating multiplexed quantitative phosphopeptide analysis on a hybrid quadrupole mass filter/linear ion trap/orbitrap mass spectrometer

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 2, 2015, Pages 1241-1249

  Erickson, Brian K ^a   Jedrychowski, Mark P ^a   McAlister, Graeme C ^a   Everley, Robert A ^a   Kunz, Ryan ^a   Gygi, Steven P ^a  

^a HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

IONS; MASS SPECTROMETERS; MOLECULAR BIOLOGY; PHOSPHORYLATION; PROTEINS; SPECTROMETERS;

BIOLOGICAL PROCESS; EXPERIMENTAL APPROACHES; PHOSPHOPEPTIDE ANALYSIS; PHOSPHOPROTEOMICS; PHOSPHORYLATION SITES; QUADRUPOLE MASS FILTERS; QUANTITATIVE PROTEOMICS; RESEARCH INTERESTS;

MULTIPLEXING;

PHOSPHOPEPTIDE;

ANIMAL; BRAIN CHEMISTRY; CHEMISTRY; EVALUATION STUDY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; LIVER; MALE; MASS SPECTROMETRY; MOUSE; PHOSPHORYLATION; PROCEDURES; PROTEOMICS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY;

ANIMALS; BRAIN CHEMISTRY; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; CHROMATOGRAPHY, REVERSE-PHASE; LIVER; MALE; MASS SPECTROMETRY; MICE; PHOSPHOPEPTIDES; PHOSPHORYLATION; PROTEOMICS;

EID: 84922216168     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac503934f     Document Type: Article

References (40)

1. Graves, J. D.; Krebs, E. G. Pharmacol. Ther. 1999, 82, 111-121
2. Grimsrud, P. A.; Swaney, D. L.; Wenger, C. D.; Beauchene, N. A.; Coon, J. J. ACS Chem. Biol. 2010, 5, 105-119
3. Lemeer, S.; Heck, A. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 414-420
4. Ubersax, J. A.; Ferrell, J. E., Jr Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007, 8, 530-541
5. Beausoleil, S. A.; Villén, J.; Gerber, S. A.; Rush, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1285-1292
6. Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Gerber, S. A.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1488-1493
7. Molina, H.; Horn, D. M.; Tang, N.; Mathivanan, S.; Pandey, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2199-2204
8. Zhai, B.; Villén, J.; Beausoleil, S. A.; Mintseris, J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2008, 7, 1675-1682
9. Villén, J.; Gygi, S. P. Nat. Protoc. 2008, 3, 1630-1638
10. Holt, L. J.; Tuch, B. B.; Villén, J.; Johnson, A. D.; Gygi, S. P.; Morgan, D. O. Science 2009, 325, 1682-1686
11. Huttlin, E. L.; Jedrychowski, M. P.; Elias, J. E.; Goswami, T.; Rad, R.; Beausoleil, S. A.; Villén, J.; Haas, W.; Sowa, M. E.; Gygi, S. P. Cell 2010, 143, 1174-1189
12. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Færgeman, N. J.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 310-327
13. Olsen, J. V.; Blagoev, B.; Gnad, F.; Macek, B.; Kumar, C.; Mortensen, P.; Mann, M. Cell 2006, 127, 635-648
14. Dephoure, N.; Zhou, C.; Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Bakalarski, C. E.; Elledge, S. J.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 10762-10767
15. Daub, H.; Olsen, J. V.; Bairlein, M.; Gnad, F.; Oppermann, F. S.; Korner, R.; Greff, Z.; Kéri, G.; Stemmann, O.; Mann, M. Mol. Cell 2008, 31, 438-448
16. Olsen, J. V.; Vermeulen, M.; Santamaria, A.; Kumar, C.; Miller, M. L.; Jensen, L. J.; Gnad, F.; Cox, J.; Jensen, T. S.; Nigg, E. A.; Brunak, S.; Mann, M. Sci. Signal. 2010, 3, ra3
17. Lundby, A.; Secher, A.; Lage, K.; Nordsborg, N. B.; Dmytriyev, A.; Lundby, C.; Olsen, J. V. Nat. Commun. 2012, 3, 876
18. Hsu, P. P.; Kang, S. A.; Rameseder, J.; Zhang, Y.; Ottina, K. A.; Lim, D.; Peterson, T. R.; Choi, Y.; Gray, N. S.; Yaffe, M. B.; Marto, J. A.; Sabatini, D. M. Science 2011, 332, 1317-1322
19. Yu, Y.; Yoon, S.-O.; Poulogiannis, G.; Yang, Q.; Ma, X. M.; Villén, J.; Kubica, N.; Hoffman, G. R.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P.; Blenis, J. Science 2011, 332, 1322-1326
20. Wu, R.; Haas, W.; Dephoure, N.; Huttlin, E. L.; Zhai, B.; Sowa, M. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2011, 8, 677-683
21. Robitaille, A. M.; Christen, S.; Shimobayashi, M.; Cornu, M.; Fava, L. L.; Moes, S.; Prescianotto-Baschong, C.; Sauer, U.; Jenoe, P.; Hall, M. N. Science 2013, 339, 1320-1323
22. Zheng, Y.; Zhang, C.; Croucher, D. R.; Soliman, M. A.; St-Denis, N.; Pasculescu, A.; Taylor, L.; Tate, S. A.; Hardy, W. R.; Colwill, K.; Dai, A. Y.; Bagshaw, R.; Dennis, J. W.; Gingras, A.-C.; Daly, R. J.; Pawson, T. Nature 2013, 499, 166-171
23. Courcelles, M.; Frémin, C.; Voisin, L.; Lemieux, S.; Meloche, S.; Thibault, P. Mol. Syst. Biol. 2013, 9, n/a-n/a
24. Kim, J.-Y.; Welsh, E. A.; Oguz, U.; Fang, B.; Bai, Y.; Kinose, F.; Bronk, C.; Remsing Rix, L. L.; Beg, A. A.; Rix, U.; Eschrich, S. A.; Koomen, J. M.; Haura, E. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 12414-12419
25. Bantscheff, M.; Boesche, M.; Eberhard, D.; Matthieson, T.; Sweetman, G.; Kuster, B. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1702-1713
26. Ow, S. Y.; Salim, M.; Noirel, J.; Evans, C.; Rehman, I.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2009, 8, 5347-5355
27. Lu, R.; Markowetz, F.; Unwin, R. D.; Leek, J. T.; Airoldi, E. M.; MacArthur, B. D.; Lachmann, A.; Rozov, R.; Maayan, A.; Boyer, L. A.; Troyanskaya, O. G.; Whetton, A. D.; Lemischka, I. R. Nature 2009, 462, 358-362
28. Shirran, S. L.; Botting, C. H. J. Proteomics 2010, 73, 1391-1403
29. Karp, N. A.; Huber, W.; Sadowski, P. G.; Charles, P. D.; Hester, S. V.; Lilley, K. S. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 1885-1897
30. Wenger, C. D.; Lee, M. V.; Hebert, A. S.; McAlister, G. C.; Phanstiel, D. H.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Nat. Methods 2011, 8, 933-935
31. Vincent, C. E.; Rensvold, J. W.; Westphall, M. S.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2013, 85, 2079-2086
32. Ting, L.; Rad, R.; Gygi, S. P.; Haas, W. Nat. Methods 2011, 8, 937-940
33. McAlister, G. C.; Nusinow, D. P.; Jedrychowski, M. P.; Wuhr, M.; Huttlin, E. L.; Erickson, B. K.; Rad, R.; Haas, W.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2014, 86, 7150-7158
34. Kettenbach, A. N.; Gerber, S. A. Anal. Chem. 2011, 83, 7635-7644
35. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989
36. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2007, 4, 207-214
37. Benjamini, Y.; Hochberg, Y. J. R. Stat. Soc. Ser. B Methodol. 1995, 57, 289-300
38. Huang, D. W.; Sherman, B. T.; Lempicki, R. A. Nat. Protoc. 2008, 4, 44-57
39. Martin, D. B.; Eng, J. K.; Nesvizhskii, A. I.; Gemmill, A.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2005, 77, 4870-4882
40. Makarov, A.; Denisov, E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1486-1495