New applications for structure-based drug design

Comprehensive Medicinal Chemistry II

Volumn 4, Issue , 2006, Pages 775-806

  Murray, C W ^a   Hartshorn, M J ^a  

^a ASTEX PHARMACEUTICALS   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84876522343     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: None     Document Type: Chapter

References (165)

1. Campbell, S. F. Clin. Sei. 2000, 99, 255-260.
2. Kola, I.; Landis, J. Nat. Rev. Drug Disc. 2004, 3, 711-715.
3. Mestres, J.; Veeneman, G. H. J. Med. Chen. 2003, 46, 3441-3444.
4. Gribbon, P.; Andreas, S. Drug Disc. Today 2005, 10, 17-22.
5. Congreve, M.; Murray, C. W; Blundell, T L. Drug Disc. Today 2005, 10, 895-907.
6. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242.
7. Babine, R. E.; Bender, S. L. Chem. Rev. 1997, 97, 1359-1472.
8. Bohacek, R. S.; Mcmartin, C.; Guida, W C. Med. Res. Rev. 1996, 16, 3-50.
9. Edwards, P. D.; Andisik, D. W.; Bryant, C. A.; Ewing, B.; Gomes, B.; Lewis, J. J.; Rakiewicz, D.; Steelman, G.; Strimpler, A.; Trainor, D. A. et al. J. Med. Chem. 1997, 40, 1876-1885.
10. Abagyan, R.; Totrov, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 5, 375-382.
11. Bajorath, J. Nat. Rev. Drug Disc. 2002, 1, 882-894.
12. Jain, A. N. Curr. Opin. Drug Disc. Dev. 2004, 7, 396-403.
13. Kitchen, D. B.; Decornez, H.; Furr, J. R.; Bajorath, J. Nat. Rev. Drug Disc. 2004, 3, 935-949.
14. Lyne, P. D. Drug Disc. Today 2002, 7, 1047-1055.
15. Shoichet, B. K. Nature 2004, 432, 862-865.
16. Shoichet, B. K.; Stroud, R. M.; Santi, D. V; Kuntz, I. D.; Perry, K. M. Science 1993, 259, 1445-1450.
17. Kratochwil, N. A.; Huber, W.; Muller, F; Kansy, M.; Gerber, P. R. Curr. Opin. Drug Disc. Dev. 2004, 7, 507-512.
18. Smith, D. A.; Jones, B. C. Biochem. Pharmacol. 1992, 44, 2089-2098.
19. Carr, R. A. E.; Congreve, M.; Murray, C. W; Rees, D. C. Drug Disc. Today 2005, 10, 987-992.
20. Hopkins, A. L.; Groom, C. R.; Alex, A. Drug Disc. Today 2004, 9, 430-431.
21. Erlanson, D. A.; McDowell, R. S.; O'Brien, T. J. Med. Chem. 2004, 47, 3463-3482.
22. Rees, D. C.; Congreve, M.; Murray, C. W.; Carr, R. Nat. Rev. Drug Disc. 2004, 3, 660-672.
23. Kratochwil, N. A.; Huber, W.; Muller, F; Kansy, M.; Gerber, P. R. Biochem. Pharmacol. 2002, 64, 1355-1374.
24. Colmenarejo, G. Med. Res. Rev. 2003, 23, 275-301.
25. Koizumi, K.; Ikeda, C.; Ito, M.; Suzuki, J.; Kinoshita, T; Yasukawa, K.; Hanai, T Biomed. Chromatogr. 1998, 12, 203-210.
26. Deschamps-Labat, L.; Pehourcq, F; Jagou, M.; Bannwarth, B. J. Pharm. Biomed. Anal. 1997, 16, 223-229.
27. He, X. M.; Carter, D. C. Nature 1992, 358, 209-215.
28. Carter, D. C.; Ho, J. X. Adv. Protein Chem. 1994, 45, 153-203.
29. Sudlow, G.; Birkett, D. J.; Wade, D. N. Mol. Pharmacol. 1976, 12, 1052-1061.
30. Mao, H.; Hajduk, P. J.; Craig, R.; Bell, R.; Borre, T; Fesik, S.W J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10429-10435.
31. Mao, H.; Gunasekera, A. H.; Fesik, S. W Protein Expr. Purif. 2000, 20, 492-499.
32. Colmenarejo, G.; Alvarez-Pedraglio, A.; Lavandera, J. L. J. Med. Chem. 2001, 44, 4370-4378.
33. Hajduk, P. J.; Mendoza, R.; Petros, A. M.; Huth, J. R.; Bures, M.; Fesik, S. W.; Martin, Y C. J. Comput. Aided Mol. Des. 2003, 17, 93-102.
34. Hall, L. M.; Hall, L. H.; Kier, L. B. J. Chem. Inf. Comput. Sei. 2003, 43, 2120-2128.
35. Valko, K.; Nunhuck, S.; Bevan, C.; Abraham, M. H.; Reynolds, D. P. J. Pharm. Sei. 2003, 92, 2236-2248.
36. Xue, C. X.; Zhang, R. S.; Liu, H. X.; Yao, X. J.; Liu, M. C.; Hu, Z. D.; Fan, B. T J. Chem. Inf. Comput Sei. 2004, 44, 1693-1700.
37. Fournier, T; Medjoubi, N.; Porquet, D. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1482, 157-171.
38. Ghuman, J.; Zunszain, P. A.; Petitpas, I.; Bhattacharya, A. A.; Otagiri, M.; Curry, S. J. Mol. Biol. 2005, 353, 38-52.
39. Oltersdorf, T; Elmore, S. W; Shoemaker, A. R.; Armstrong, R. C.; Augeri, D. J.; Belli, B. A.; Bruncko, M.; Deckwerth, T. L.; Dinges, J.; Hajduk, P. J. et al. Nature 2005, 435, 677-681.
40. Shuker, S. B.; Hajduk, P. J.; Meadows, R. P.; Fesik, S. W Science 1996, 274, 1531-1534.
41. Schlichting, I.; Berendzen, J.; Chu, K.; Stock, A. M.; Maves, S. A.; Benson, D. E.; Sweet, R. M.; Ringe, D.; Petsko, G. A.; Sligar, S. G. Sdence 2000, 287, 1615-1622.
42. Lewis, D. F. Pharmacogenomics 2004, 5, 305-318.
43. de Groot, M. J.; Kirton, S. B.; Sutcliffe, M. J. Curr. Top. Med. Chem. 2004, 4, 1803-1824.
44. Van de Waterbeemd, H.; Smith, D. A.; Beaumont, K.; Walker, D. K. J. Med. Chem. 2001, 44, 1313-1333.
45. Lewis, D. F; Jacobs, M. N.; Dickins, M. Drug Disc. Today 2004, 9, 530-537.
46. Johnson, E. F; Stout, C. D. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005, 338, 331-336.
47. Johnson, E. F Drug Metab. Dispos. 2003, 31, 1532-1540.
48. Poulos, T. L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005, 338, 337-345.
49. Li, H.; Poulos, T. L. Curr. Top. Med. Chem. 2004, 4, 1789-1802.
50. Poulos, T. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 767-774.
51. Hasemann, C. A.; Kurumbail, R. G.; Boddupalli, S. S.; Peterson, J. A.; Deisenhofer, J. Structure 1995, 3, 41-62.
52. Williams, P A.; Cosme, J.; Sridhar, V; Johnson, E. F; McRee, D. E. J. Inorg. Biochem. 2000, 81, 183-190.
53. Williams, P. A.; Cosme, J.; Sridhar, V; Johnson, E. F; McRee, D. E. Mol. Cell 2000, 5, 121-131.
54. de Groot, M. J.; Alex, A. A.; Jones, B. C. J. Med. Chem. 2002, 45, 1983-1993.
55. Venhorst, J.; ter Laak, A. M.; Commandeur, J. N.; Funae, Y; Hiroi, T; Vermeulen, N. P J. Med. Chem. 2003, 46, 74-86.
56. Kirton, S. B.; Baxter, C. A.; Sutcliffe, M. J. Adv. Drug Deliv. Rev. 2002, 54, 385-406.
57. Williams, P. A.; Cosme, J.; Ward, A.; Angove, H. C.; Matak, V. D.; Jhoti, H. Nature 2003, 424, 464-468.
58. Wester, M. R.; Yano, J. K.; Schoch, G. A.; Yang, C.; Griffin, K. J.; Stout, C. D.; Johnson, E. F J. Biol. Chem. 2004, 279, 35630-35637.
59. Yano, J. K.; Wester, M. R.; Schoch, G. A.; Griffin, K. J.; Stout, C. D.; Johnson, E. F J. Biol. Chem. 2004, 279, 38091-38094.
60. Williams, P. A.; Cosme, J.; Vinkovic, D. M.; Ward, A.; Angove, H. C.; Day, P. J.; Vonrhein, C.; Tickle, I. J.; Jhoti, H. Science 2004, 305, 683-686.
61. Guengerich, F. P. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 1999, 39, 1-17.
62. Schoch, G. A.; Yano, J. K.; Wester, M. R.; Griffin, K. J.; Stout, C. D.; Johnson, E. F J. Biol. Chem. 2004, 279, 9497-9503.
63. Yano, J. K.; Hsu, M. H.; Griffin, K. J.; Stout, C. D.; Johnson, E. F Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 822-823.
64. Scott, E. E.; White, M. A.; He, Y A.; Johnson, E. F; Stout, C. D.; Halpert, J. R. J. Biol. Chem. 2004, 279, 27294-27301.
65. Scott, E. E.; He, Y A.; Wester, M. R.; White, M. A.; Chin, C. C.; Halpert, J. R.; Johnson, E. F; Stout, C. D. Proc. Natl. Acad. Sei. USA 2003,100, 13196-13201.
66. de Groot, M. J.; Ekins, S. Adv. Drug Deliv. Rev. 2002, 54, 367-383.
67. Ekins, S.; de Groot, M. J.; Jones, J. P. Drug Metab. Dispos. 2001, 29, 936-944.
68. de Graaf, C.; Vermeulen, N. P.; Feenstra, K. A. J. Med. Chem. 2005, 48, 2725-2755.
69. Jones, J. P; Mysinger, M.; Korzekwa, K. R. Drug Metab. Dispos. 2002, 30, 7-12.
70. Singh, S. B.; Shen, L. Q.; Walker, M. J.; Sheridan, R. P. J. Med. Chen. 2003, 46, 1330-1336.
71. Mancy, A.; Antignac, M.; Minoletti, C.; Dijols, S.; Mouries, V; Duong, N. T; Battioni, P.; Dansette, P M.; Mansuy, D. Biochemistry 1999, 38, 14264-14270.
72. Schoneboom, J. C.; Cohen, S.; Lin, H.; Shaik, S.; Thiel, W J. An. Chen. Soc. 2004, 126, 4017-4034.
73. Bathelt, C. M.; Zurek, J.; Mulholland, A. J.; Harvey, J. N. J. An. Chen. Soc. 2005, 127, 12900-12908.
74. Park, J. Y; Harris, D. J. Med. Chen. 2003, 46, 1645-1660.
75. van De, W H.; Smith, D. A.; Beaumont, K.; Walker, D. K. J. Med. Chen. 2001, 44, 1313-1333.
76. Chohan, K. K.; Paine, S. W; Mistry, J.; Barton, P.; Davis, A. M. J. Med. Chen. 2005, 48, 5154-5161.
77. Susnow, R. G.; Dixon, S. L. J. Chen. Inf. Conput. Sei. 2003, 43, 1308-1315.
78. Yap, C. W; Chen, Y Z. J. Chen. Inf. Model. 2005, 45, 982-992.
79. Borodina, Y.; Sadym, A.; Filimonov, D.; Blinova, V; Dmitriev, A.; Poroikov, V J. Chen. Inf. Conput. Sei. 2003, 43, 1636-1646.
80. Molnar, L.; Keseru, G. M. Bioorg. Med. Chen. Lett. 2002, 12, 419-421.
81. Korolev, D.; Balakin, K. V; Nikolsky, Y; Kirillov, E.; Ivanenkov, Y A.; Savchuk, N. P; Ivashchenko, A. A.; Nikolskaya, T J. Med. Chen. 2003, 46, 3631-3643.
82. Ridderstrom, M.; Zamora, I.; Fjellstrom, O.; Andersson, T B. J. Med. Chen. 2001, 44, 4072-4081.
83. Afzelius, L.; Zamora, I.; Ridderstrom, M.; Andersson, T B.; Karlen, A.; Masimirembwa, C. M. Mol. Pharnacol. 2001, 59, 909-919.
84. Korhonen, L. E.; Rahnasto, M.; Mahonen, N. J.; Wittekindt, C.; Poso, A.; Juvonen, R. O.; Raunio, H. J. Med. Chen. 2005, 48, 3808-3815.
85. Locuson, C. W; Suzuki, H.; Rettie, A. E.; Jones, J. P. J. Med. Chen. 2004, 47, 6768-6776.
86. Locuson, C. W; Rock, D. A.; Jones, J. P. Biochenistry 2004, 43, 6948-6958.
87. de Groot, M. J.; Ackland, M. J.; Horne, V A.; Alex, A. A.; Jones, B. C. J. Med. Chen. 1999, 42, 1515-1524.
88. Afzelius, L.; Zamora, I.; Masimirembwa, C. M.; Karlen, A.; Andersson, T B.; Mecucci, S.; Baroni, M.; Cruciani, G. J. Med. Chen. 2004, 47, 907-914.
89. Zamora, I.; Afzelius, L.; Cruciani, G. J. Med. Chen. 2003, 46, 2313-2324.
90. Cruciani, G.; Carosati, E.; De Boeck, B.; Ethirajulu, K.; Mackie, C.; Howe, T; Vianello, R. J. Med. Chen. 2005, 48, 6970-6979.
91. Goodford, P. J. J. Med. Chen. 1985, 28, 849-857.
92. Lewis, D. F; Dickins, M.; Lake, B. G.; Goldfarb, P. S. Drug Metab. Drug Interact. 2003, 19, 257-285.
93. Lewis, D. F. Curr. Drug Metab. 2003, 4, 331-340.
94. Lewis, D. F; Lake, B. G.; Dickins, M.; Goldfarb, P. S. Drug Metab. Drug Interact. 2002, 19, 115-135.
95. Lewis, D. F; Dickins, M. Drug Disc. Today 2002, 7, 918-925.
96. Lewis, D. F Arch. Biochen. Biophys. 2003, 409, 32-44.
97. Lewis, D. F. J. Inorg. Biochen. 2002, 91, 502-514.
98. Lewis, D. F. Biochen. Pharnacol. 2000, 60, 293-306.
99. Kemp, C. A.; Flanagan, J. U.; van Eldik, A. J.; Marechal, J. D.; Wolf, C. R.; Roberts, G. C.; Paine, M. J.; Sutcliffe, M. J. J. Med. Chen. 2004, 47, 5340-5346.
100. Kirton, S. B.; Kemp, C. A.; Tomkinson, N. P; St Gallay, S.; Sutcliffe, M. J. Proteins 2002, 49, 216-231.
101. Eldridge, M. D.; Murray, C. W; Auton, T. R.; Paolini, G. V; Mee, R. P. J. Conput. Aided Mol. Des. 1997, 11, 425-445.
102. Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C.; Leach, A. R.; Taylor, R. J. Mol Biol 1997, 267, 727-748.
103. Verdonk, M. L.; Cole, J. C.; Hartshorn, M.; Murray, C. W; Taylor, R. D. Proteins 2003, 52, 609-623.
104. Keizers, P. H.; de Graaf, C.; de Kanter, F J.; Oostenbrink, C.; Feenstra, K. A.; Commandeur, J. N.; Vermeulen, N. P. J. Med. Chen. 2005, 48, 6117-6127.
105. Kirton, S. B.; Murray, C. W; Verdonk, M. L.; Taylor, R. D. Proteins 2005, 58, 836-844.
106. de Graaf, C.; Pospisil, P.; Pos, W; Folkers, G.; Vermeulen, N. P. J. Med. Chen. 2005, 48, 2308-2318.
107. Keseru, G. M. J. Conput. Aided Mol. Des. 2001, 15, 649-657.
108. Verras, A.; Kuntz, I. D.; Ortiz De Montellano, P. R. J. Med. Chen. 2004, 47, 3572-3579.
109. Zhang, Z.; Sibbesen, O.; Johnson, R. A.; Ortiz De Montellano, P. R. Bioorg. Med. Chen. 1998, 6, 1501-1508.
110. De Voss, J. J.; Sibbesen, O.; Zhang, Z.; Ortiz De Montellano, P. R. J. An. Chen. Soc. 1997, 119, 5489-5498.
111. Rosenfeld, R. J.; Goodsell, D. S.; Musah, R. A.; Morris, G. M.; Goodin, D. B.; Olson, A. J. J. Conput. Aided Mol. Des 2003, 17, 525-536.
112. Wester, M. R.; Johnson, E. F; Marques-Soares, C.; Dijols, S.; Dansette, P. M.; Mansuy, D.; Stout, C. D. Biochenistry 2003, 42, 9335-9345.
113. Hann, M. M.; Leach, A. R.; Harper, G. J. Chen. Inf. Conput. Sei. 2001, 41, 856-864.
114. Oprea, T I.; Davis, A. M.; Teague, S. J.; Leeson, P. D. J. Chen. Inf. Conput. Sei. 2001, 41, 1308-1315.
115. Teague, S. J.; Davis, A. M.; Leeson, P. D.; Oprea, T Angew. Chen. Int. Ed. Engl. 1999, 38, 3743-3748.
116. Lipinski, C. A.; Lombardo, F; Dominy, B. W; Feeney, P.J. Adv. Drug Deliv. Rev. 2001, 46, 3-26.
117. Hajduk, P. J.; Meadows, R. P; Fesik, S. W Q. Rev. Biophys. 1999, 32, 211-240.
118. Verlinde, C. L. M. J.; Rudenko, G.; Hol, W G. J. Conput. Aided Mol. Des. 1992, 6, 131-147.
119. Nienaber, V L.; Richardson, P. L.; Klighofer, V; Bouska, J. J.; Giranda, V L.; Greer, J. Nat. Biotechnol 2000, 18, 1105-1108.
120. Sanders, W. J.; Nienaber, V L.; Lerner, C. G.; McCall, J. O.; Merrick, S. M.; Swanson, S. J.; Harlan, J. E.; Stoll, V S.; Stamper, G. F; Betz, S. F et al. J. Med. Chen. 2004, 47, 1709-1718.
121. Lesuisse, D.; Lange, G.; Deprez, P; Benard, D.; Schoot, B.; Delettre, G.; Marquette, J. P.; Broto, P.; Jean-Baptiste, V; Bichet, P. et al. J. Med. Chen. 2002, 45, 2379-2387.
122. Bohm, H. J. J. Conput. Aid. Mol. Des. 1992, 6, 61-78.
123. Lange, G.; Lesuisse, D.; Deprez, P; Schoot, B.; Loenze, P.; Benard, D.; Marquette, J. P.; Broto, P.; Sarubbi, E.; Mandine, E. J. Med. Chen. 2003, 46, 5184-5195.
124. Hajduk, P. J.; Meadows, R. P; Fesik, S. W Science 1997, 278, 497-499.
125. Hajduk, P. J.; Sheppard, G.; Nettesheim, D. G.; Olejniczak, E. T; Shuker, S. B.; Meadows, R. P; Steinman, D. H.; Carrera, G. M., Jr.; Marcotte, P. A.; Severin, J. et al. J. An. Chen. Soc. 2004, 119, 5818-5827.
126. Meyer, B.; Peters, T. Angew. Chen. Int. Ed. Engl. 2003, 42, 864-890.
127. Moy, F J.; Haraki, K.; Mobilio, D.; Walker, G.; Powers, R.; Tabei, K.; Tong, H.; Siegel, M. M. Anal. Chen. 2001, 73, 571-581.
128. Tsang, S. K.; Cheh, J.; Isaacs, L.; Joseph-McCarthy, D.; Choi, S. K.; Pevear, D. C.; Whitesides, G. M.; Hogle, J. M. Chen. Biol. 2001, 8, 33-45.
129. Swayze, E. E. ; Jefferson, E. A. ; Sannes-Lowery, K. A. ; Blyn, L. B. ; Risen, L. M. ; Arakawa, S. ; Osgood, S. A. ; Hofstadler, S. A. ; Griffey, R. H. J. Med. Chem. 2002, 45, 3816-3819.
130. Woods, V L., Jr.; Hamuro, Y J. Cell. Biochem. 2001, 84, 89-98.
131. Zhu, M. M.; Rempel, D. L.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 388-397.
132. Braisted, A. C.; Oslob, J. D.; DeLano, W L.; Hyde, J.; McDowell, R. S.; Waal, N.; Yu, C.; Arkin, M. R.; Raimundo, B. C. J. Am. Chem. Soc 2003, 125, 3714-3715.
133. Erlanson, D. A.; Braisted, A. C.; Raphael, D. R.; Randal, M.; Stroud, R. M.; Gordon, E. M.; Wells, J. A. Proc. Natl. Acad. Sei. USA 2000, 97, 9367-9372.
134. Erlanson, D. A.; Lam, J. W; Wiesmann, C.; Luong, T N.; Simmons, R. L.; DeLano, W L.; Choong, I. C.; Burdett, M. T; Flanagan, W M.; Lee, D. et al. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 308-314.
135. Erlanson, D. A.; Wells, J. A.; Braisted, A. C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 199-223.
136. Boehm, H. J.; Boehringer, M.; Bur, D.; Gmuender, H.; Huber, W; Klaus, W; Kostrewa, D.; Kuehne, H.; Luebbers, T; Meunier-Keller, N. et al. J. Med. Chem. 2000, 43, 2664-2674.
137. Fejzo, J.; Lepre, C. A.; Peng, J. W; Bemis, G. W; Ajay; Murcko, M. A.; Moore, J. M. Chem. Biol. 1999, 6, 755-769.
138. Meyer, B.; Peters, T. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2003, 42, 864-890.
139. van Dongen, M. J.; Uppenberg, J.; Svensson, S.; Lundback, T; Akerud, T.; Wikstrom, M.; Schultz, J. J. Am. Chem. Soc. 2002,124, 11874-11880.
140. Card, G. L.; Blasdel, L.; England, B. P; Zhang, C.; Suzuki, Y; Gillette, S.; Fong, D.; Ibrahim, P. N.; Artis, D. R.; Bollag, G. et al. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 201-207.
141. Jones, G.; Willett, P; Glen, R. C.; Leach, A. R.; Taylor, R. Further Development of a Genetic Algorithm for Ligand Docking and its Application to Screening Combinatorial Libraries. In Rational Drug Design, Novel Methodology and Practical Applications'; Parrill, A. L., Reddy, M. R., Eds.; American Chemical Society: Las Vegas, USA, 1999, pp 271-291.
142. Verdonk, M. L.; Berdini, V; Hartshorn, M.; Mooij, W T; Murray, C. W; Taylor, R. D.; Watson, P. J. Chem. Inf. Comput. Sei. 2004, 44, 793-806.
143. Pan, Y; Huang, N.; Cho, S.; MacKerrel, A. D. J. Chem. Inf. Comput. Sei. 2003, 43, 267-272.
144. Verdonk, M. L.; Berdini, V; Hartshorn, M. J.; Mooij, W T. M.; Murray, C. W; Taylor, R. D.; Watson, P. J. Chem. Inf. Comput. Sei. 2004, 44, 793-806.
145. Baurin, N.; Aboul-Ela, F; Barril, X.; Davis, B.; Drysdale, M.; Dymock, B.; Finch, H.; Fromont, C.; Richardson, C.; Simmonite, H. et al. J. Chem. Inf. Comput. Sei. 2004, 44, 2157-2166.
146. Baurin, N.; Baker, R.; Richardson, C.; Chen, I.; Foloppe, N.; Potter, A.; Jordan, A.; Roughley, S.; Parratt, M.; Greaney, P et al. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 643-651.
147. Hartshorn, M. J.; Murray, C. W; Cleasby, A.; Frederickson, M.; Tickle, I. J.; Jhoti, H. J. Med. Chem. 2005, 48, 403-413.
148. Bemis, G. W; Murcko, M. A. J. Med. Chem. 1996, 39, 2887-2893.
149. Bemis, G. W; Murcko, M. A. J. Med. Chem. 1999, 42, 5095-5099.
150. Congreve, M.; Carr, R.; Murray, C.; Jhoti, H. Drug Disc. Today 2003, 8, 876-877.
151. Schuffenhauer, A.; Floersheim, P.; Acklin, P; Jacoby, E. J. Chem. Inf. Comput. Sei. 2003, 43, 391-405.
152. Blundell, T. L.; Abell, C.; Cleasby, A.; Hartshorn, M. J.; Tickle, I. J.; Parasini, E.; Jhoti, H. High-Throughput X-Ray Crystallography for Drug Discovery. In Drug Design: Special Publication; Flower, D. R., Ed.; Royal Society of Chemistry: Cambridge, UK, 2002, pp 53-59.
153. Brunger, A. T; Adams, P. D.; Clore, G. M.; DeLano, W L.; Gros, P; Grosse-Kunstleve, R. W; Jiang, J. S.; Kuszewski, J.; Nilges, M.; Pannu, N. S. et al. Acta Crystallogr. D 1998, 54, 905-921.
154. The collaborative computational project number 4. Acta Crystallogr. D 1994, 50, 760-763.
155. Hartshorn, M. J. J. Comput. Aided Mol. Des. 2002, 16, 871-881.
156. Verdonk, M. L.; Cole, J. C.; Taylor, R. J. Mol. Biol. 1999, 289, 1093-1108.
157. Gill, A. L.; Frederickson, M.; Cleasby, A.; Woodhead, S. J.; Carr, M. G.; Woodhead, A. J.; Walker, M. T; Congreve, M. S.; Devine, L. A.; Tisi, D. et al. J. Med. Chem 2004, 48, 414-426.
158. Wang, Z.; Harkins, P. C.; Ulevitch, R. J.; Han, J.; Cobb, M. H.; Goldsmith, E. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 2327-2332.
159. Schulze-Gahmen, U.; De Bondt, H. L.; Kim, S. H. J. Med. Chem. 1996, 39, 4540-4546.
160. Jhoti, H.; Cleasby, A.; Reid, S.; Thomas, P. J.; Weir, M.; Wonacott, A. Biochemistry 1999, 38, 7969-7977.
161. Leonidas, D. D.; Shapiro, R.; Irons, L. I.; Russo, N.; Acharya, K. R. Biochemistry 1997, 36, 5578-5588.
162. Andersen, H. S.; Iversen, L. F; Jeppesen, C. B.; Branner, S.; Norris, K.; Rasmussen, H. B.; Moller, K. B.; Moller, N. P. J. Biol. Chem. 2000, 275, 7101-7108.
163. Wang, Z.; Canagarajah, B. J.; Boehm, J. C.; Kassisa, S.; Cobb, M. H.; Young, P. R.; Abdel-Meguid, S.; Adams, J. L.; Goldsmith, E. J. Structure 1998, 6, 1117-1128.
164. Rowland, P.; Blaney, F E.; Smyth, M. G.; Jones, J. J.; Leydon, V R.; Oxbrow, A. K.; Lewis, C. J.; Tennant, M. G.; Modi, S.; Eggleston, D. S. J. Biol. Chem. 2006, 281, 7614-7622.
165. Howard, N.; Abell, C.; Blakemore, W; Chessari, G.; Congreve, M.; Howard, S.; Jhoti, H.; Murray, C. W; Seavers, L. C.; van Montfort, R. L. J. Med. Chem. 2006, 49, 1346-1355.