Gates of enzymes

Chemical Reviews

Volumn 113, Issue 8, 2013, Pages 5871-5923

  Gora, Artur ^a   Brezovsky, Jan ^a   Damborsky, Jiri ^a,b  

^a MASARYK UNIVERSITY   (Czech Republic)

^b ST ANNE S UNIVERSITY HOSPITAL   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYTIC FUNCTIONS; DEGREE OF FLEXIBILITY; ENZYMATIC REACTION; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; ORGANIZED STRUCTURE; PROTEIN CHEMISTRY; SPATIAL LOCALIZATION;

CATALYSIS; ENZYMES; MOLECULAR DYNAMICS;

PROTEINS;

ENZYME; RECOMBINANT PROTEIN; SOLVENT;

CHEMISTRY; COENZYME; GENETICS; METABOLISM; METHODOLOGY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN ENGINEERING; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REVIEW;

COENZYMES; ENZYMES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN ENGINEERING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; RECOMBINANT PROTEINS; SOLVENTS;

EID: 84883875173     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr300384w     Document Type: Review

References (221)

1. Jiang, L.; Althoff, E. A.; Clemente, F. R.; Doyle, L.; Röthlisberger, D.; Zanghellini, A.; Gallaher, J. L.; Betker, J. L.; Tanaka, F.; Barbas, C. F.; Hilvert, D.; Houk, K. N.; Stoddard, B. L.; Baker, D. Science 2008, 319, 1387
2. Röthlisberger, D.; Khersonsky, O.; Wollacott, A. M.; Jiang, L.; DeChancie, J.; Betker, J.; Gallaher, J. L.; Althoff, E. A.; Zanghellini, A.; Dym, O.; Albeck, S.; Houk, K. N.; Tawfik, D. S.; Baker, D. Nature 2008, 453, 190
3. Nanda, V.; Koder, R. L. Nat. Chem. 2010, 2, 15
4. Richter, F.; Leaver-Fay, A.; Khare, S. D.; Bjelic, S.; Baker, D. PLoS One 2011, 6, e19230
5. Kamerlin, S. C. L.; Warshel, A. Proteins 2010, 78, 1339
6. Schwartz, S. D.; Schramm, V. L. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 551
7. Henzler-Wildman, K.; Kern, D. Nature 2007, 450, 964
8. Henzler-Wildman, K. A.; Thai, V.; Lei, M.; Ott, M.; Wolf-Watz, M.; Fenn, T.; Pozharski, E.; Wilson, M. A.; Petsko, G. A.; Karplus, M.; Hübner, C. G.; Kern, D. Nature 2007, 450, 838
9. Lee, J.; Goodey, N. M. Chem. Rev. 2011, 111, 7595
10. Lüdemann, S. K.; Lounnas, V.; Wade, R. C. J. Chem. Biol. 2000, 303, 797
11. Csermely, P.; Palotai, R.; Nussinov, R. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 539
12. McCammon, J. A.; Northrup, S. H. Nature 1981, 293, 316
13. Zhou, H.-X.; Wlodek, S. T.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 9280
14. Zhou, H. X.; McCammon, J. A. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 179
15. McCammon, J. A. BMC Biophys. 2011, 4, 4
16. Cojocaru, V.; Winn, P. J.; Wade, R. C. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1770, 390
17. Fischer, E. Ber. Dtsch. Chem. Ges. 1894, 27, 2985
18. Koshland, D. E. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1958, 44, 98
19. Tsai, C. J.; Kumar, S.; Ma, B.; Nussinov, R. Protein Sci. 1999, 8, 1181
20. Prokop, Z.; Gora, A.; Brezovsky, J.; Chaloupkova, R.; Stepankova, V.; Damborsky, J. Engineering of protein tunnels: Keyhole-lock-key model for catalysis by the enzymes with buried active sites. In Protein Engineering Handbook; Lutz, S.; Bornscheuer, U. T., Eds.; Wiley-VCH: Weinheim, 2012; p 421.
21. Liebgott, P. P.; Leroux, F.; Burlat, B.; Dementin, S.; Baffert, C.; Lautier, T.; Fourmond, V.; Ceccaldi, P.; Cavazza, C.; Meynial-Salles, I.; Soucaille, P.; Fontecilla-Camps, J. C.; Guigliarelli, B.; Bertrand, P.; Rousset, M.; Leger, C. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 63
22. Volbeda, A.; Martin, L.; Cavazza, C.; Matho, M.; Faber, B. W.; Roseboom, W.; Albracht, S. P.; Garcin, E.; Rousset, M.; Fontecilla-Camps, J. C. J. Biol. Inorg. Chem. 2005, 10, 239
23. Amara, P.; Andreoletti, P.; Jouve, H. M.; Field, M. J. Protein Sci. 2001, 10, 1927
24. Kalko, S. G.; Gelpí, J. L.; Fita, I.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9665
25. Winn, P. J.; Ludemann, S. K.; Gauges, R.; Lounnas, V.; Wade, R. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5361
26. Kotik, M.; Stepanek, V.; Kyslik, P.; Maresova, H. J. Biotechnol. 2007, 132, 8
27. Ko, T. P.; Chen, Y. K.; Robinson, H.; Tsai, P. C.; Gao, Y. G.; Chen, A. P. C.; Liang, P. H.; Wang, A. H. J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 47474
28. Szabo, A.; Shoup, D.; Northrup, S. H.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1982, 77, 4484
29. Zhou, H. X.; Szabo, A. Biophys. J. 1996, 71, 2440
30. Zhou, H.-X. J. Chem. Phys. 1998, 108, 8146
31. Xin, Y.; Gadda, G.; Hamelberg, D. Biochemistry 2009, 48, 9599
32. Kramers, H. A. Physica 1940, 7, 284
33. Case, D. Computer 1993, 26, 47
34. Smith, B. B. Biochem. Educ. 1989, 17, 220
35. Bui, J. M.; Henchman, R. H.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2003, 85, 2267
36. Fan, Y.; Lund, L.; Shao, Q.; Gao, Y. Q.; Raushel, F. M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 10211
37. Couture, J.-F.; Legrand, P.; Cantin, L.; Labrie, F.; Luu-The, V.; Breton, R. J. Mol. Biol. 2004, 339, 89
38. Amaro, R. E.; Myers, R. S.; Davisson, V. J.; Luthey-Schulten, Z. A. Biophys. J. 2005, 89, 475
39. Badet, B.; Vermoote, P.; Haumont, P. Y.; Lederer, F.; LeGoffic, F. Biochemistry 1987, 26, 1940
40. Lund, L.; Fan, Y.; Shao, Q.; Gao, Y. Q.; Raushel, F. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 3870
41. Miles, B. W.; Raushel, F. M. Biochemistry 2000, 39, 5051
42. Li, K. K.; Beeson; Ghiviriga, I.; Richards, N. G. J. Biochemistry 2007, 46, 4840
43. Myers, R. S.; Amaro, R. E.; Luthey-Schulten, Z. A.; Davisson, V. J. Biochemistry 2005, 44, 11974
44. Meyer, M. E.; Gutierrez, J. A.; Raushel, F. M.; Richards, N. G. J. Biochemistry 2010, 49, 9391
45. Floquet, N.; Mouilleron, S.; Daher, R.; Maigret, B.; Badet, B.; Badet-Denisot, M. A. FEBS Lett. 2007, 581, 2981
46. Van den Heuvel, R. H..; Svergun, D. I.; Petoukhov, M. V.; Coda, A.; Curti, B.; Ravasio, S.; Vanoni, M. A.; Mattevi, A. J. Chem. Biol. 2003, 330, 113
47. Brzovic, P. S.; Sawa, Y.; Hyde, C. C.; Miles, E. W.; Dunn, M. F. J. Biol. Chem. 1992, 267, 13028
48. Darnault, C.; Volbeda, A.; Kim, E. J.; Legrand, P.; VerneÌde, X.; Lindahl, P. A.; Fontecilla-Camps, J. C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2003, 10, 271
49. Von Ossowski, I.; StaÌŠhlberg, J.; Koivula, A.; Piens, K.; Becker, D.; Boer, H.; Harle, R.; Harris, M.; Divne, C.; Mahdi, S.; Zhao, Y.; Driguez, H.; Claeyssens, M.; Sinnott, M. L.; Teeri, T. T. J. Mol. Biol. 2003, 333, 817
50. Mouilleron, S.; Badet-Denisot, M.-A.; Badet, B.; Golinelli-Pimpaneau, B. Arch. Biochem. Biophys. 2011, 505, 1
51. Doig, A. J. Biophys. Chem. 1996, 61, 131
52. Endrizzi, J. A.; Kim, H.; Anderson, P. M.; Baldwin, E. P. Biochemistry 2005, 44, 13491
53. Sazinsky, M. H.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5814
54. Zhang, L.; Liu, W.; Hu, T.; Du, L.; Luo, C.; Chen, K.; Shen, X.; Jiang, H. J. Biol. Chem. 2008, 283, 5370
55. Oprea, T. I.; Hummer, G.; García, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 2133
56. Fishelovitch, D.; Shaik, S.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5964
57. Lario, P. I.; Sampson, N.; Vrielink, A. J. Mol. Biol. 2003, 326, 1635
58. Fishelovitch, D.; Shaik, S.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13018
59. Zawaira, A.; Coulson, L.; Gallotta, M.; Karimanzira, O.; Blackburn, J. J. Struct. Biol. 2011, 173, 282
60. Niu, C.; Xu, Y.; Xu, Y.; Luo, X.; Duan, W.; Silman, I.; Sussman, J. L.; Zhu, W.; Chen, K.; Shen, J.; Jiang, H. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23730
61. Lountos, G. T.; Mitchell, K. H.; Studts, J. M.; Fox, B. G.; Orville, A. M. Biochemistry 2005, 44, 7131
62. Vanoni, M. A.; Curti, B. Arch. Biochem. Biophys. 2005, 433, 193
63. Xu, L.; Zhao, W.; Wang, X. Eur. Biophys. J. 2010, 39, 327
64. Xu, Y.; Colletier, J.-P.; Weik, M.; Jiang, H.; Moult, J.; Silman, I.; Sussman, J. L. Biophys. J. 2008, 95, 2500
65. Wester, M. R.; Johnson, E. F.; Marques-Soares, C.; Dansette, P. M.; Mansuy, D.; Stout, C. D. Biochemistry 2003, 42, 6370
66. Sevostyanova, A.; Belogurov, G. A.; Mooney, R. A.; Landick, R.; Artsimovitch, I. Mol. Cell. 2011, 43, 253
67. Tan, X.; Loke, H.-K.; Fitch, S.; Lindahl, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5833
68. Biswal, B. K.; Morisseau, C.; Garen, G.; Cherney, M. M.; Garen, C.; Niu, C.; Hammock, B. D.; James, M. N. G. J. Mol. Biol. 2008, 381, 897
69. Da Silva Giotto, M. T.; Garratt, R. C.; Oliva, G.; Mascarenhas, Y. P.; Giglio, J. R.; Cintra, A. C. O.; De Azevedo, W. F.; Arni, R. K.; Ward, R. J. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1998, 30, 442
70. Park, E.; Rho, Y. M.; Koh, O.-J.; Ahn, S. W.; Seong, I. S.; Song, J.-J.; Bang, O.; Seol, J. H.; Wang, J.; Eom, S. H.; Chung, C. H. J. Biol. Chem. 2005, 280, 22892
71. Rhee, S.; Parris, K. D.; Ahmed, S. A.; Miles, E. W.; Davies, D. R. Biochemistry 1996, 35, 4211
72. Oakley, A. J.; Klvana, M.; Otyepka, M.; Nagata, Y.; Wilce, M. C. J.; Damborsky, J. Biochemistry 2004, 43, 870
73. Pawelek, P. D.; Cheah, J.; Coulombe, R.; Macheroux, P.; Ghisla, S.; Vrielink, A. EMBO J. 2000, 19, 4204
74. Sazinsky, M. H.; Bard, J.; Di Donato, A.; Lippard, S. J. J. Biol. Chem. 2004, 279, 30600
75. Fiorucci, S.; Golebiowski, J.; Cabrol-Bass, D.; Antonczak, S. Proteins 2006, 64, 845
76. Eisenmesser, E. Z.; Bosco, D. A.; Akke, M.; Kern, D. Science 2002, 295, 1520
77. Rozovsky, S.; Jogl, G.; Tong, L.; McDermott, A. E. J. Mol. Biol. 2001, 310, 271
78. Massi, F.; Wang, C.; Palmer, A. G., III Biochemistry 2006, 45, 10787
79. Katoh, E.; Louis, J. M.; Yamazaki, T.; Gronenborn, A. M.; Torchia, D. A.; Ishima, R. Protein Sci. 2003, 12, 1376
80. Osborne, M. J.; Schnell, J.; Benkovic, S. J.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Biochemistry 2001, 40, 9846
81. Boroujerdi, A. F. B.; Young, J. K. Biopolymers 2009, 91, 140
82. Brezovsky, J.; Chovancova, E.; Gora, A.; Pavelka, A.; Biedermannova, L.; Damborsky, J. Biotechnol. Adv. 2013, 31, 38
83. Chovancova, E.; Pavelka, A.; Benes, P.; Strnad, O.; Brezovsky, J.; Kozilkova, B.; Gora, A.; Sustr, V.; Klvana, M.; Medek, P.; Biedermannova, L.; Sochor, J.; Damborsky, J. PLoS Comput. Biol. 2012, 8, e1002708
84. Petrek, M.; Kosinova, P.; Koca, J.; Otyepka, M. Structure 2007, 15, 1357
85. Yaffe, E.; Fishelovitch, D.; Wolfson, H. J.; Halperin, D.; Nussinov, R. Proteins 2008, 73, 72
86. Lafaquiere, V.; Barbe, S.; Puech-Guenot, S.; Guieysse, D.; Cortes, J.; Monsan, P.; Simeon, T.; Andre, I.; Remaud-Simeon, M. ChemBioChem 2009, 10, 2760
87. Tina, K. G.; Bhadra, R.; Srinivasan, N. Nucleic Acids Res. 2007, 35, W473
88. Arroyo-Mañez, P.; Bikiel, D. E.; Boechi, L.; Capece, L.; Di Lella, S.; Estrin, D. A.; Martí, M. A.; Moreno, D. M.; Nadra, A. D.; Petruk, A. A. Biochim. Biophys. Acta: Proteins Proteomics 2011, 1814, 1054
89. Chang, C.-E.; Shen, T.; Trylska, J.; Tozzini, V.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2006, 90, 3880
90. Schleinkofer, K.; Sudarko; Winn, P. J.; Ludemann, S. K.; Wade, R. C. EMBO Rep. 2005, 6, 584
91. Murray, L. J.; García-Serres, R.; McCormick, M. S.; Davydov, R.; Naik, S. G.; Kim, S.-H.; Hoffman, B. M.; Huynh, B. H.; Lippard, S. J. Biochemistry 2007, 46, 14795
92. Sciara, G.; Kendrew, S. G.; Miele, A. E.; Marsh, N. G.; Federici, L.; Malatesta, F.; Schimperna, G.; Savino, C.; Vallone, B. EMBO J. 2003, 22, 205
93. Rowlett, R. S. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1804, 362
94. Kohls, D.; Sulea, T.; Purisima, E. O.; MacKenzie, R. E.; Vrielink, A. Structure 2000, 8, 35
95. Abe, I.; Morita, H. Nat. Prod. Rep. 2010, 27, 809
96. Manjasetty, B. A.; Powlowski, J.; Vrielink, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6992
97. Toth, K.; Sedlak, E.; Sprinzl, M.; Zoldak, G. Biochim. Biophys. Acta 2008, 1784, 789
98. Hiromoto, T.; Fujiwara, S.; Hosokawa, K.; Yamaguchi, H. J. Chem. Biol. 2006, 364, 878
99. Vrielink, A.; Ghisla, S. FEBS J. 2009, 276, 6826
100. Xu, Q.; Eguchi, T.; Mathews, I. I.; Rife, C. L.; Chiu, H.-J.; Farr, C. L.; Feuerhelm, J.; Jaroszewski, L.; Klock, H. E.; Knuth, M. W.; Miller, M. D.; Weekes, D.; Elsliger, M.-A.; Deacon, A. M.; Godzik, A.; Lesley, S. A.; Wilson, I. A. J. Mol. Biol. 2010, 404, 403
101. Vardar, G.; Wood, T. K. J. Bacteriol. 2005, 187, 1511
102. Ruvinov, S. B.; Yang, X. J.; Parris, K. D.; Banik, U.; Ahmed, S. A.; Miles, E. W.; Sackett, D. L. J. Biol. Chem. 1995, 270, 6357
103. Thoden, J. B.; Huang, X.; Raushel, F. M.; Holden, H. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 39722
104. Huang, X.; Raushel, F. M. Biochemistry 2000, 39, 3240
105. Brouk, M.; Derry, N. L.; Shainsky, J.; Zelas, Z. B. B.; Boyko, Y.; Dabush, K.; Fishman, A. J. Mol. Catal. B: Enzym. 2010, 66, 72
106. Morita, H.; Kondo, S.; Oguro, S.; Noguchi, H.; Sugio, S.; Abe, I.; Kohno, T. Chem. Biol. 2007, 14, 359
107. Schmitt, J.; Brocca, S.; Schmid, R. D.; Pleiss, J. Protein Eng. 2002, 15, 595
108. Chaloupkova, R.; Sykorova, J.; Prokop, Z.; Jesenska, A.; Monincova, M.; Pavlova, M.; Tsuda, M.; Nagata, Y.; Damborsky, J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 52622
109. Pavlova, M.; Klvana, M.; Prokop, Z.; Chaloupkova, R.; Banas, P.; Otyepka, M.; Wade, R. C.; Tsuda, M.; Nagata, Y.; Damborsky, J. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 727
110. Klvana, M.; Pavlova, M.; Koudelakova, T.; Chaloupkova, R.; Dvorak, P.; Prokop, Z.; Stsiapanava, A.; Kuty, M.; Kuta-Smatanova, I.; Dohnalek, J.; Kulhanek, P.; Wade, R. C.; Damborsky, J. J. Mol. Biol. 2009, 392, 1339
111. Li, Q.-A.; Mavrodi, D. V.; Thomashow, L. S.; Roessle, M.; Blankenfeldt, W. J. Biol. Chem. 2011, 286, 18213
112. Carere, J.; Baker, P.; Seah, S. Y. K. Biochemistry 2011, 50, 8407
113. Wang, J.; Ortiz-Maldonado, M.; Entsch, B.; Massey, V.; Ballou, D.; Gatti, D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 608
114. Faerman, C.; Ripoll, D.; Bon, S.; Le Feuvre, Y.; Morel, N.; Massoulie, J.; Sussman, J. L.; Silman, I. FEBS Lett. 1996, 386, 65
115. Alisaraie, L.; Fels, G. J. Mol. Model. 2006, 12, 348
116. Wlodek, S. T.; Clark, T. W.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9513
117. Xu, Y.; Shen, J.; Luo, X.; Silman, I.; Sussman, J. L.; Chen, K.; Jiang, H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11340
118. Rydberg, E. H.; Brumshtein, B.; Greenblatt, H. M.; Wong, D. M.; Shaya, D.; Williams, L. D.; Carlier, P. R.; Pang, Y.-P.; Silman, I.; Sussman, J. L. J. Med. Chem. 2006, 49, 5491
119. Tai, K.; Shen, T.; Börjesson, U.; Philippopoulos, M.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2001, 81, 715
120. Sanson, B.; Colletier, J.-P.; Xu, Y.; Lang, P. T.; Jiang, H.; Silman, I.; Sussman, J. L.; Weik, M. Protein Sci. 2011, 20, 1114
121. Greenblatt, H. M.; Guillou, C.; Guénard, D.; Argaman, A.; Botti, S.; Badet, B.; Thal, C.; Silman, I.; Sussman, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15405
122. Harel, M.; Schalk, I.; Ehret-Sabatier, L.; Bouet, F.; Goeldner, M.; Hirth, C.; Axelsen, P. H.; Silman, I.; Sussman, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9031
123. Dvir, H.; Jiang, H. L.; Wong, D. M.; Harel, M.; Chetrit, M.; He, X. C.; Jin, G. Y.; Yu, G. L.; Tang, X. C.; Silman, I.; Bai, D. L.; Sussman, J. L. Biochemistry 2002, 41, 10810
124. Harmat, V.; Domokos, K.; Menyhard, D. K.; Palló, A.; Szeltner, Z.; Szamosi, I.; Beke-Somfai, T.; Náray-Szabó, G.; Polgár, L. J. Biol. Chem. 2011, 286, 1987
125. Papaleo, E.; Renzetti, G.; Tiberti, M. PLoS One 2012, 7, e35686
126. Santos, C. R.; Tonoli, C. C. C.; Trindade, D. M.; Betzel, C.; Takata, H.; Kuriki, T.; Kanai, T.; Imanaka, T.; Arni, R. K.; Murakami, M. T. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011, 79, 547
127. Tesson, A. R.; Soper, T. S.; Ciustea, M.; Richards, N. G. Arch. Biochem. Biophys. 2003, 413, 23
128. Larsen, T. M.; Boehlein, S. K.; Schuster, S. M.; Richards, N. G. J.; Thoden, J. B.; Holden, H. M.; Rayment, I. Biochemistry 1999, 38, 16146
129. Wang, J.; Song, J. J.; Franklin, M. C.; Kamtekar, S.; Im, Y. J.; Rho, S. H.; Seong, I. S.; Lee, C. S.; Chung, C. H.; Eom, S. H. Structure 2001, 9, 177
130. Wang, J.; Song, J. J.; Seong, I. S.; Franklin, M. C.; Kamtekar, S.; Eom, S. H.; Chung, C. H. Structure 2001, 9, 1107
131. Kim, J.; Raushel, F. M. Biochemistry 2004, 43, 5334
132. Kim, J.; Raushel, F. M. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 425, 33
133. Huang, X.; Raushel, F. M. Biochemistry 2000, 39, 3240
134. Holden, H. M.; Thoden, J. B.; Raushel, F. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 679
135. Tan, X.; Volbeda, A.; Fontecilla-Camps, J. C.; Lindahl, P. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2006, 11, 371
136. Tan, X.; Lindahl, P. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2008, 13, 771
137. Volbeda, A.; Fontecilla-Camps, J. C. J. Biol. Inorg. Chem. 2004, 9, 525
138. Teng, Y.-B.; Jiang, Y.-L.; He, Y.-X.; He, W.-W.; Lian, F.-M.; Chen, Y.; Zhou, C.-Z. BMC Struct. Biol. 2009, 9, 67
139. Wierdl, M.; Morton, C. L.; Nguyen, N. K.; Redinbo, M. R.; Potter, P. M. Biochemistry 2004, 43, 1874
140. Yu, X.; Sigler, S. C.; Hossain, D.; Wierdl, M.; Gwaltney, S. R.; Potter, P. M.; Wadkins, R. M. J. Mol. Model. 2011, 18, 2869
141. Varrot, A.; Hastrup, S.; Schülein, M.; Davies, G. J. Biochem. J. 1999, 337, 297
142. Schülein, M. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1543, 239
143. Koivula, A.; Kinnari, T.; Harjunpää, V.; Ruohonen, L.; Teleman, A.; Drakenberg, T.; Rouvinen, J.; Jones, T. A.; Teeri, T. T. FEBS Lett. 1998, 429, 341
144. De Groeve, M. R. M.; Remmery, L.; Van Hoorebeke, A.; Stout, J.; Desmet, T.; Savvides, S. N.; Soetaert, W. Biotechnol. Bioeng. 2010, 107, 413
145. Fushinobu, S.; Mertz, B.; Hill, A. D.; Hidaka, M.; Kitaoka, M.; Reilly, P. J. Carbohydr. Res. 2008, 343, 1023
146. Morita, H.; Wanibuchi, K.; Nii, H.; Kato, R.; Sugio, S.; Abe, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 19778
147. Podzelinska, K.; Latimer, R.; Bhattacharya, A.; Vining, L. C.; Zechel, D. L.; Jia, Z. J. Mol. Biol. 2010, 397, 316
148. Chen, L.; Lyubimov, A. Y.; Brammer, L.; Vrielink, A.; Sampson, N. S. Biochemistry 2008, 47, 5368
149. Coulombe, R.; Yue, K. Q.; Ghisla, S.; Vrielink, A. J. Biol. Chem. 2001, 276, 30435
150. Piubelli, L.; Pedotti, M.; Molla, G.; Feindler-Boeckh, S.; Ghisla, S.; Pilone, M. S.; Pollegioni, L. J. Biol. Chem. 2008, 283, 24738
151. Huang, W.; Boju, L.; Tkalec, L.; Su, H.; Yang, H. O.; Gunay, N. S.; Linhardt, R. J.; Kim, Y. S.; Matte, A.; Cygler, M. Biochemistry 2001, 40, 2359
152. Johnson, B. J.; Cohen, J.; Welford, R. W.; Pearson, A. R.; Schulten, K.; Klinman, J. P.; Wilmot, C. M. J. Biol. Chem. 2007, 282, 17767
153. Wilmot, C. M.; Saysell, C. G.; Blessington, A.; Conn, D. A.; Kurtis, C. R.; McPherson, M. J.; Knowles, P. F.; Phillips, S. E. V. FEBS Lett. 2004, 576, 301
154. Wilmot, C. M.; Murray, J. M.; Alton, G.; Parsons, M. R.; Convery, M. A.; Blakeley, V.; Corner, A. S.; Palcic, M. M.; Knowles, P. F.; McPherson, M. J.; Phillips, S. E. Biochemistry 1997, 36, 1608
155. Mouilleron, S.; Golinelli-Pimpaneau, B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 653
156. Endrizzi, J. A.; Kim, H.; Anderson, P. M.; Baldwin, E. P. Biochemistry 2004, 43, 6447
157. Goto, M.; Omi, R.; Nakagawa, N.; Miyahara, I.; Hirotsu, K. Structure 2004, 12, 1413
158. Khan, K. K.; He, Y. Q.; Domanski, T. L.; Halpert, J. R. Mol. Pharmacol. 2002, 61, 495
159. Wade, R. C.; Winn, P. J.; Schlichting, I.; Sudarko J. Inorg. Biochem. 2004, 98, 1175
160. Bhabha, G.; Lee, J.; Ekiert, D. C.; Gam, J.; Wilson, I. A.; Dyson, H. J.; Benkovic, S. J.; Wright, P. E. Science 2011, 332, 234
161. Luo, J.; Bruice, T. C. J. Biomol. Struct. Dyn. 2009, 27, 245
162. Swanwick, R. S.; Shrimpton, P. J.; Allemann, R. K. Biochemistry 2004, 43, 4119
163. Zou, J.; Hallberg, B. M.; Bergfors, T.; Oesch, F.; Arand, M.; Mowbray, S. L.; Jones, T. A. Structure 2000, 8, 111
164. Kimber, M. S.; Martin, F.; Lu, Y.; Houston, S.; Vedadi, M.; Dharamsi, A.; Fiebig, K. M.; Schmid, M.; Rock, C. O. J. Biol. Chem. 2004, 279, 52593
165. Swarnamukhi, P. L.; Sharma, S. K.; Bajaj, P.; Surolia, N.; Surolia, A.; Suguna, K. FEBS Lett. 2006, 580, 2653
166. Mouilleron, S.; Badet-Denisot, M.-A.; Golinelli-Pimpaneau, B. J. Biol. Chem. 2006, 281, 4404
167. Teplyakov, A.; Obmolova, G.; Badet, B.; Badet-Denisot, M. A. J. Mol. Biol. 2001, 313, 1093
168. Dossena, L.; Curti, B.; Vanoni, M. A. Biochemistry 2007, 46, 4473
169. Kim, J. H.; Krahn, J. M.; Tomchick, D. R.; Smith, J. L.; Zalkin, H. J. Biol. Chem. 1996, 271, 15549
170. Krahn, J. M.; Kim, J. H.; Burns, M. R.; Parry, R. J.; Zalkin, H.; Smith, J. L. Biochemistry 1997, 36, 11061
171. Biedermannova, L.; Prokop, Z.; Gora, A.; Chovancova, E.; Kovacs, M.; Damborsky, J.; Wade, R. C. J. Biol. Chem. 2012, 287, 29062
172. Kalyaanamoorthy, S.; Chen, Y.-P. P. J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 589
173. Haider, S.; Joseph, C. G.; Neidle, S.; Fierke, C. A.; Fuchter, M. J. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2011, 21, 2129
174. Hornak, V.; Okur, A.; Rizzo, R. C.; Simmerling, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 915
175. Hornak, V.; Okur, A.; Rizzo, R. C.; Simmerling, C. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2812
176. Liu, F.; Kovalevsky, A. Y.; Louis, J. M.; Boross, P. I.; Wang, Y.-F.; Harrison, R. W.; Weber, I. T. J. Chem. Biol. 2006, 358, 1191
177. Torbeev, V. Y.; Raghuraman, H.; Mandal, K.; Senapati, S.; Perozo, E.; Kent, S. B. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 131, 884
178. Nicolet, Y.; Cavazza, C.; Fontecilla-Camps, J. C. J. Inorg. Biochem. 2002, 91, 1
179. Cohen, J.; Kim, K.; King, P.; Seibert, M.; Schulten, K. Structure 2005, 13, 1321
180. Cohen, J.; Kim, K.; Posewitz, M.; Ghirardi, M. L.; Schulten, K.; Seibert, M.; King, P. Biochem. Soc. Trans. 2005, 33, 80
181. Omi, R.; Mizuguchi, H.; Goto, M.; Miyahara, I.; Hayashi, H.; Kagamiyama, H.; Hirotsu, K. J. Biochem. 2002, 132, 759
182. Chaudhuri, B. N.; Lange, S. C.; Myers, R. S.; Chittur, S. V.; Davisson, V. J.; Smith, J. L. Structure 2001, 9, 987
183. Amaro, R.; Luthey-Schulten, Z. Chem. Phys. 2004, 307, 147
184. Myers, R. S.; Jensen, J. R.; Deras, I. L.; Smith, J. L.; Davisson, V. J. Biochemistry 2003, 42, 7013
185. Douangamath, A.; Walker, M.; Beismann-Driemeyer, S.; Vega-Fernandez, M. C.; Sterner, R.; Wilmanns, M. Structure 2002, 10, 185
186. Chaudhuri, B. N.; Lange, S. C.; Myers, R. S.; Davisson, V. J.; Smith, J. L. Biochemistry 2003, 42, 7003
187. Josephine, H. R.; Ravichandran, K. R.; Hedstrom, L. Biochemistry 2010, 49, 10674
188. Johansson, P.; Wiltschi, B.; Kumari, P.; Kessler, B.; Vonrhein, C.; Vonck, J.; Oesterhelt, D.; Grininger, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 12803
189. Moustafa, I. M.; Foster, S.; Lyubimov, A. Y.; Vrielink, A. J. Mol. Biol. 2006, 364, 991
190. Qian, Z.; Horton, J. R.; Cheng, X.; Lutz, S. J. Mol. Biol. 2009, 393, 191
191. Uppenberg, J.; Ohrner, N.; Norin, M.; Hult, K.; Kleywegt, G. J.; Patkar, S.; Waagen, V.; Anthonsen, T.; Jones, T. A. Biochemistry 1995, 34, 16838
192. Magnusson, A. O.; Rotticci-Mulder, J. C.; Santagostino, A.; Hult, K. ChemBioChem 2005, 6, 1051
193. Cha, S.-S.; An, Y. J.; Lee, C. R.; Lee, H. S.; Kim, Y.-G.; Kim, S. J.; Kwon, K. K.; De Donatis, G. M.; Lee, J.-H.; Maurizi, M. R.; Kang, S. G. EMBO J. 2010, 29, 3520
194. Klimacek, M.; Brunsteiner, M.; Nidetzky, B. J. Biol. Chem. 2012, 287, 6655
195. Murray, L. J.; Lippard, S. J. Acc. Chem. Res. 2007, 40, 466
196. Son, S.-Y.; Ma, J.; Kondou, Y.; Yoshimura, M.; Yamashita, E.; Tsukihara, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 5739
197. Wang, J.; Harris, J.; Mousseau, D. D.; Edmondson, D. E. FEBS J. 2009, 276, 4569
198. Milczek, E. M.; Binda, C.; Rovida, S.; Mattevi, A.; Edmondson, D. E. FEBS J. 2011, 278, 4860
199. Hritz, J.; Zoldak, G.; Sedlak, E. Proteins 2006, 64, 465
200. Feldman-Salit, A.; Wirtz, M.; Lenherr, E. D.; Throm, C.; Hothorn, M.; Scheffzek, K.; Hell, R.; Wade, R. C. Structure 2012, 20, 292
201. Oliaro-Bosso, S.; Caron, G.; Taramino, S.; Ermondi, G.; Viola, F.; Balliano, G. PLoS One 2011, 6, e22134
202. Arni, R. K.; Ward, R. J.; Gutierrez, J. M.; Tulinsky, A. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1995, 51, 311
203. Ullah, A.; Souza, T. A. C. B.; Betzel, C.; Murakami, M. T.; Arni, R. K. Int. J. Biol. Macromol. 2012, 51, 209
204. Goldstein, R.; Cheng, J.; Stec, B.; Roberts, M. F. Biochemistry 2012, 51, 2579
205. Scoble, J.; McAlister, A. D.; Fulton, Z.; Troy, S.; Byres, E.; Vivian, J. P.; Brammananth, R.; Wilce, M. C. J.; Le Nours, J.; Zaker-Tabrizi, L.; Coppel, R. L.; Crellin, P. K.; Rossjohn, J.; Beddoe, T. J. Mol. Biol. 2010, 398, 26
206. Jeudy, S.; Monchois, V.; Maza, C.; Claverie, J.-M.; Abergel, C. Proteins 2006, 62, 302
207. Leitgeb, S.; Petschacher, B.; Wilson, D. K.; Nidetzky, B. FEBS Lett. 2005, 579, 763
208. Kozma, E.; Brown, E.; Ellis, E. M.; Lapthorn, A. J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 16285
209. Xia, L.; Ruppert, M.; Wang, M.; Panjikar, S.; Lin, H.; Rajendran, C.; Barleben, L.; Stöckigt, J. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 226
210. Labonté, P.; Axelrod, V.; Agarwal, A.; Aulabaugh, A.; Amin, A.; Mak, P. J. Biol. Chem. 2002, 277, 38838
211. Tagami, S.; Sekine, S.; Kumarevel, T.; Hino, N.; Murayama, Y.; Kamegamori, S.; Yamamoto, M.; Sakamoto, K.; Yokoyama, S. Nature 2010, 468, 978
212. McCormick, M. S.; Sazinsky, M. H.; Condon, K. L.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15108
213. Notomista, E.; Cafaro, V.; Bozza, G.; Di Donato, A. Appl. Environ. Microbiol. 2009, 75, 823
214. Wang, Y.; Berlow, R. B.; Loria, J. P. Biochemistry 2009, 48, 4548
215. Malabanan, M. M.; Amyes, T. L.; Richard, J. P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 702
216. Wierenga, R. K.; Kapetaniou, E. G.; Venkatesan, R. Cell. Mol. Life Sci. 2010, 67, 3961
217. Schmitt, E.; Panvert, M.; Blanquet, S.; Mechulam, Y. Structure 2005, 13, 1421
218. Wu, J.; Bu, W.; Sheppard, K.; Kitabatake, M.; Kwon, S.-T.; Söll, D.; Smith, J. L. J. Mol. Biol. 2009, 391, 703
219. Oshikane, H.; Sheppard, K.; Fukai, S.; Nakamura, Y.; Ishitani, R.; Numata, T.; Sherrer, R. L.; Feng, L.; Schmitt, E.; Panvert, M.; Blanquet, S.; Mechulam, Y.; Söll, D.; Nureki, O. Science 2006, 312, 1950
220. Pompliano, D. L.; Peyman, A.; Knowles, J. R. Biochemistry 1990, 29, 3186
221. Dierkers, A. T.; Niks, D.; Schlichting, I.; Dunn, M. F. Biochemistry 2009, 48, 10997