Water as an active constituent in cell biology

Chemical Reviews

Volumn 108, Issue 1, 2008, Pages 74-108

  Ball, Philip ^a  

^a Nature   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; MOLECULAR INTERACTIONS; NUCLEIC ACIDS; PROTEINS; WATER;

BIOLOGICAL WATER; CELL BIOLOGY;

CELLS;

DNA; PROTEIN; SOLVENT; WATER;

CELL; CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; REVIEW;

CELLS; DNA; HUMANS; PROTEINS; SOLVENTS; WATER;

EID: 38849196324     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr068037a     Document Type: Review

References (445)

1. Szent-Györgyi, A. in Cell-Associated Water; Drost-Hansen, W, Clegg, J. S., Eds.; Academic Press: New York, 1979.
2. Jacobi, J., Ed. Paracelsus: Selected Writings; Princeton University Press, 1979; p 13.
3. Gerstein, M.; Levitt, M. Sci. Am. 1998, 279 (Nov), 101.
4. Marchand, P. J. Life in the Cold, 3rd ed.; University Press of New England: Hanover, NH, 1996.
5. Bowles, D. J.; Lillford, P. J.; Rees, D. A.; Shanks, I. A. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2002, 357, 827.
6. Block, W. Sci. Prog. 2003, 86, 77.
7. Lebreton, J.-P.; Witasse, O.; Sollazzo, C.; Blancquaert, T.; Couzin, P.; Schipper, A.-M.; Jones, J. B.; Matson, D. L.; Gurvits, L. I.; Atkinson, D. H.; Kazeminejad, B.; Pérez-Ayúcar, M. Nature 2005, 438, 758.
8. Enderby, J. E.; Neilson, G. W. In Water: A Comprehensive Treatise; Franks, F., Ed.; 1979; Vol. 6, p 1.
9. Wernet, Ph.; Nordlund, D.; Bergmann, U.; Cavalleri, M.; Odelius, M.; Ogasawara, H.; Näslund, L. Å.; Hirsch, T. K.; Ojamäe, L.; Glatzel, P.; Pettersson, L. G. M.; Nilsson, A. Science 2004, 304, 995.
10. Smith, J.; Cappa, C. D.; Wilson, K. R.; Messer, B. M.; Cohen, R. C.; Saykally, R. J. Science 2004, 306, 851.
11. Head-Gordon, T.; Johnson, M. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 7973.
12. Prendergast, D.; Galli, G. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 215502.
13. Smith, J. D.; Cappa, C. D.; Messer, B. M.; Drisdell, W. S.; Cohen, R. C.; Saykally, R. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 20038.
14. Smith, J. D.; Cappa, C. D.; Wilson, K. R.; Cohen, R. C.; Geissler, P. L.; Saykally, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 14171.
15. Sciortino, F.; Geiger, A.; Stanley, H. E. Nature 1991, 354, 218.
16. Mishima, O.; Stanley, H. E. Nature 1998, 396, 329.
17. Vedamuthu, M.; Singh, S.; Robinson, G. W. J. Phys. Chem. 1994, 98, 2222.
18. Frank, H. F.; Franks, F. J. Chem. Phys. 1968, 48, 4746.
19. Eaves, J. D.; Loparo, J. J.; Fecko, C. J.; Roberts, S. T.; Tokmakoff, A.; Geissler, P. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13019.
20. Soper, A. K.; Neilson, G. W.; Enderby, J. E.; Howe, R. A. J. Phys. C: Solid State Phys. 1977, 10, 1793.
21. Cappa, C. D.; Smith, J. D.; Wilson, K. R.; Messer, B. M.; Gilles, M. K.; Cohen, R. C.; Saykally, R. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7046.
22. Cappa, C. D.; Smith, J. D.; Messer, B. M.; Cohen, R. C.; Saykally, R. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5301.
23. Krekeler, C.; Delle Site, L. J. Phys.: Condens. Matter 2007, 19, 192101.
24. Omta, A. W.; Kropman, M. F.; Woutersen, S.; Bakker, H. J. Science 2003, 301, 347.
25. McLain, S. E.; Soper, A. K.; Watts, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 21251.
26. McLain, S. E.; Soper, A. K.; Terry, A. E.; Watts, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4568.
27. Soper, A. K.; Castner, E. W.; Luzar, A. Biophys. Chem. 2003, 105, 649.
28. Hayashi, Y.; Katsumoto, Y.; Omori, S.; Kishii, N.; Yasuda, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1076.
29. Rezus, Y. L. A.; Bakker, H. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 18417.
30. Wallqvist, A.; Covell, D. G.; Thirumalai, D. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 427.
31. Tobi, D.; Elber, R.; Thirumalai, D. Biopolymers 2003, 68, 359.
32. Mountain, R. D.; Thirumalai, D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1950.
33. Lee, M.-E.; van der Vegt, N. F. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4948.
34. Bennion, B. J.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5142.
35. Shulgin, I. L.; Ruckenstein, E. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3990.
36. Frank, H. S.; Franks, F. J. Chem. Phys. 1968, 48, 4746.
37. Kokubo, H.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5233.
38. Tanford, C. The Hydrophobic Effect, 2nd ed.; Wiley: New York, 1980.
39. Dixit, S.; Crain, J.; Poon, W. C. K.; Finney, J. L.; Soper, A. K. Nature 2002, 416, 829.
40. Kauzmann, W. Adv. Protein Chem. 1969, 14, 1.
41. Frank, H. S.; Evans, M. W. J. Chem. Phys. 1945, 13, 507.
42. Glew, D. N. J. Phys. Chem. 1962, 66, 605.
43. Cheng, Y.; Rossky, P. J. Nature 1998, 392, 696.
44. Pauling, L. In Hydrogen Bonding; Hadzi, D., Ed.; Pergamon: New York, 1959; p 1.
45. Sloan, E. D. Clathrate Hydrates of Natural Gases; Marcel Dekker: New York, 1998.
46. Blokzijl, W.; Engberts, J. B. F. N. Angew. Chem., Int. Ed. 1993, 32, 1545.
47. Ashbaugh, H. S.; Paulaitis, M. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10721.
48. Lucas, M. J. Phys. Chem. 1976, 80, 359.
49. Lee, B. Biopolymers 1985, 24, 813.
50. Lee, B. Biopolymers 1991, 31, 993.
51. Reiss, H.; Frisch, H.; Lebowitz, J. L. J. Chem. Phys. 1959, 31, 369.
52. Stillinger, F. H. J. Solution Chem. 1973, 2, 141.
53. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Paulaitis, M. E.; Pratt, L. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10469.
54. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Pratt, L. R. Chem. Phys. 2000, 258, 349.
55. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Pohorille, A.; Pratt, L. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8951.
56. Garde, S.; Hummer, G.; Garcia, A. E.; Paulaitis, M. E.; Pratt, L. R. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 4966.
57. Gomez, M. A.; Pratt, L. R.; Hummer, G.; Garde, S. J. Phys. Chem. 1999, 103, 3520.
58. Ashbaugh, H. S.; Pratt, L. R. Rev. Mod. Phys. 2006, 78, 159.
59. Rajamani, S.; Truskett, T. M.; Garde, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 9475.
60. Southall, N. T.; Dill, K. A.; Haymet, A. D. J. J. Phys. Chem. B 2001, 106, 521.
61. Huang, K.; Wu, C. W.; Sanborn, T. J.; Patch, J. A.; Kirshenbaum, K.; Zuckermann, R. N.; Barron, A. E.; Radhakrishnan, I. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1733.
62. Zuckermann, R. N.; Kerr, J. M.; Kent, S. B. H.; Moos, W. H. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10646.
63. de Jong, P. H. K.; Wilson, J. E.; Neilson, G. W.; Buckingham, A. D. Mol. Phys. 1997, 91, 99.
64. Filipponi, A.; Bowron, D. T.; Lobban, C.; Finney, J. L. Phys. Rev. Lett. 1997, 79, 1293.
65. Bowron, D. T.; Weigel, R.; Filipponi, A.; Roberts, M. A.; Finney, J. L. Mol. Phys. 2001, 99, 761.
66. Chau, P. L.; Mancera, R. L. Mol. Phys. 1999, 96, 109.
67. Ashbaugh, H. S.; Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Rempe, S. B. Biophys. Chem. 2003, 105, 321.
68. LaViolette, R.; Copeland, K. L.; Pratt, L. R. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 11267.
69. Bowron, D. T.; Filipponi, A.; Roberts, M. A.; Finney, J. L. Phys. Rev. Lett. 1998, 81, 4164.
70. Finney, J. L. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2004, 359, 1145.
71. Roduner, E.; Tregenna-Piggott, P.; Dilger, H.; Ehrensberger, K., Senba, M. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1995, 91, 1935.
72. Kirchner, B.; Stubbs, J.; Marx, D. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 215901.
73. Atwood, J. L.; Hamada, F.; Robinson, K. D.; Orr, G. W.; Vincent, R. L. Nature 1991, 349, 683.
74. Raschke, T. M.; Levitt, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6777.
75. Allesch, M.; Schwegler, E.; Galli, G. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1081.
76. Dixit, S.; Crain, J.; Poon, W. C. L.; Finney, J. L.; Soper, A. K. Nature 2002, 416, 829.
77. Dixit, S.; Soper, A. K.; Finney, J. L.; Crain, J. Europhys. Lett. 2002, 59, 377.
78. Soper, A. K.; Finney, J. L. Phys. Rev. Lett. 1993, 71, 4346.
79. Finney, J. L.; Bowron, D. T.; Daniel, R. M.; Timmis, P. A.; Roberts, M. A. Biophys. Chem. 2003, 105, 391.
80. Lum, K.; Chandler, D.; Weeks, J. D. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4570.
81. Wallqvist, A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2893.
82. Huang, X.; Margulis, C. J.; Berne, B. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 11953.
83. Koishi, T.; Yoo, S.; Yasuoka, K.; Zeng, X. C.; Narumi, T.; Susukita, R.: Kawai, A.; Furusawa, H.; Suenaga, A.; Okimoto, N.; Futasugi, N.; Ebisuzaki, T. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 185701.
84. ten Wolde, P. R.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6539.
85. Zhou, R.; Huang, X.; Margulis, C. J.; Berne, B. J. Science 2004, 305, 1605.
86. MacCullum, J. L.; Maghaddam, M. S.; Chan, H. S.; Tieleman, D. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 6206.
87. Liu, P.; Huang, X.; Zhou, R.; Berne, B. J. Nature 2005, 437, 159.
88. Hua, L.; Huang, X.; Liu, P.; Zhou, R.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9069.
89. Choudhury, N.; Pettitt, B. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3556.
90. Choudbury, N.; Pettitt, B. M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4847.
91. Evans, R.; Marini Bettolo Marconi, U.; Tarazona, P. J. Chem. Phys. 1986, 84, 2376.
92. Bresme, F.; Wynveen, A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 044501.
93. Ball, P. Nature 2003, 423, 25.
94. Jensen, T. R.; Jensen, M. Ø.; Reitzel, N.; alashev, K.; Peters, G. H.; Kjaer, K.; Bjørnholm, T. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 086101.
95. Mezger, M.; Reichert, H.; Schöder, S.; Okasinki, J.; Schröder, H.; Dosch, H.; Palms, D.; Ralston, J.; Honkimäki, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 18401.
96. Poynor, A.; Hong, L.; Robinson, I. K.; Granick, S.; Zhang, Z.; Fenter, P. A. Phys. Rev. Lett. 2006, 97, 266101.
97. Pertsin, A. J.; Hayashi, T.; Grunze, M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 12274.
98. Ashbaugh, H. S.; Pratt, L. R.; Paulaitis, M. E.; Clohecy, J.; Beck, T. L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2808.
99. Schwendel, D.; Hayashi, T.; Dahint, R.; Pertsin, A.; Grunze, M.; Steitz, R.; Schreiber, F. Langmuir 2003, 19, 2284.
100. Steitz, R.; Gutberlet, T.; Hauss, T.; Klösgen, B.; Krastev, R.; Schemmel, S.; Simonsen, A. C.; Findenegg, G. H. Langmuir 2003, 19, 2409.
101. Doshi, D. A.; Watkins, E. B.; Israelachvili, J. N.; Majewski, J. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 2005, 102, 9458.
102. Maccarini, M.; Steitz, R.; Himmelhaus, M.; Fick, J.; Tatur, S.; Wolff, M.; Grunze, M.; Janecek, J.; Netz, R. R. Langmuir 2007, 23, 598.
103. Dokter, A. M.; Woutersen, S.; Bakker, H. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15355.
104. Jensen, M. Ø.; Mouritsen, O. G.; Peters, G. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9729.
105. Wiggins, P. M. Microbiol. Rev. 1990, 54, 432.
106. Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11934.
107. Stuart, S.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 10300.
108. Höfft, O.; Borodin, A.; Kahnert, U.; Kempter, V.; Dang, L. X.; Jungwirth, P. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 11971.
109. Jungwirth, P.; Tobias, D. J. Chem. Rev. 2006, 106, 1259.
110. Petersen, P. B.; Saykally, R. J. Anna. Rev. Phys. Chem. 2006, 57, 333.
111. Pegram, L. M.; Record, M. T., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 14278.
112. Vaitheeswaran, S.; Thirumalai, D. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13490.
113. Petersen, M. K.; Iyengar, S. S.; Day, T. J. F.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 14804.
114. Mucha, M.; Frigato, T.; Levering, L. M.; Allen, H. C.; Tobias, D. J.; Dang, L. X.; Jungwirth, P. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7617.
115. Iyengar, S. S.; Day, T. J. F.; Voth, G. A. Int. J. Mass Spectrom. 2005, 241, 197.
116. Petersen, P. B.; Saykally, R. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7976.
117. Tarbuck, T. L.; Ota, S. R.; Richmond, G. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14519.
118. Buch, V.; Milet, A.; Vácha, R.; Jungwirth, P.; Devlin, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 7342.
119. Collins, K. D.; Washabaugh, M. W. Q. Rev. Biophys. 1985, 18, 323.
120. Kunz, W.; Henle, J.; Ninham, B. W. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2004, 9, 19.
121. Franks, F. Water; Royal Society of Chemistry: London, 1983.
122. Hribar, B.; Southall, N. T.; Vlachy, V.; Dill, K. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12302.
123. Pegram, L. M.; Record, M. T., Jr. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5411.
124. Pinna, M. C.; Salis, A.; Monduzzi, M.; Ninham, B. W. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5406.
125. Salis, A.; Bilanicová, D.; Ninham, B. W.; Monduzzi, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1149.
126. Sachs, J. N.; Woolf, T. B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8742.
127. Bowron, D. T.; Finney, J. L. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 215508.
128. Bowron, D. T.; Finney, J. L. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8357.
129. Finney, J. L.; Bowron, D. T. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2004, 9, 59.
130. Zangi, R.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22736.
131. Mayele, M.; Holz, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 2429.
132. Zangi, R.; Hagen, M.; Berne, B. J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4678.
133. Israelachvili, J. N.; Pashley, R. M. Colloids Surf. 1981, 2, 169.
134. Israelachvili, J. N.; Pashley, R. M. Nature 1982, 300, 341.
135. Blake, T. D.; Kitchener, J. A. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1 1972, 68, 1435.
136. Parker, J. L.; Claesson, P. M.; Attard, P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 8468.
137. Pashley, R. M.; McGuiggan, P. M.; Ninham, B.; Evans, D. F. Science 1985, 229, 1088.
138. Attard, P. J. Phys. Chem. 1989, 93, 6441.
139. Podgornik, R. J. Chem. Phys. 1989, 91, 5840.
140. Tsao, Y. H.; Evans, D. F.; Wennerström, H. Langmuir 1993, 9, 779.
141. Despa, F.; Berry, R. S. Biophys. J. 2007, 92, 373.
142. Despa, F; Fernández, A.; Berry, R. S. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 228104.
143. Attard, P. Langmuir 1996, 12, 1693.
144. Carambassis, A.; Jonker, L. C.; Attard, P.; Rutland, M. W. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 5357.
145. Tyrrell, J. W. G.; Attard, P. Phys. Rev. Lett. 2001, 87, 176104.
146. Tyrrell, J. W. G.; Attard, P. Langmuir 2002, 18, 160.
147. Simonsen, A. C.; Hansen, P. L.; Klösgen, B. J. Colloid Interface Sci. 2004, 273, 291.
148. Zhang, X. H.; Khan, A.; Ducker, W. A. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 136101.
149. Dammer, S. M.; Lohse, D. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 206101.
150. Craig, V. S. J.; Ninham, B. W.; Pashley, R. M. Langmuir 1999, 15, 1562.
151. Considine, R. F.; Hayes, R. A.; Horn, R. G. Langmuir 1999, 15, 1657.
152. Stevens, H.; Considine, R. F.; Drummond, C. J.; Hayes, R. A.; Attard, P. Langmuir 2005, 21, 6399.
153. Seo, H.; Yoo, M.; Jeon, S. Langmuir 2007, 23, 1623.
154. Pashley, R. M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 1714.
155. Snoswell, D. R. E.; Duan, J.; Fornasiero, D.; Ralston, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2986.
156. Meyer, E. E.; Lin, Q.; Israelachvili, J. N. Langmuir 2005, 21, 256.
157. Meyer, E. E.; Lin, Q.; Hassenkam, T.; Oroudjev, E.; Israelachvili, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6839.
158. Meyer, E. E.; Rosenberg, K. J.; Israelachvili, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15739.
159. Lessard, R. R.; Zieminski, S. A. Ind. Eng. Chem. Fundam. 1971, 10, 260.
160. Craig, V. S. J.; Ninham, B. W.; Pashley, R. M. Nature 1993, 364, 317.
161. Claesson, P. M.; Blom, C. E.; Herder, P. C.; Ninham, B. W. J. Colloid Interface Sci. 1986, 114, 234.
162. Christenson, H. K.; Fang, J.; Ninham, B. W.; Parker, J. L. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8004.
163. Rand, R. P.; Parsegian, V. A. Biochim. Biophys. Acta 1989, 988, 351.
164. Horn, R. G.; Smith, D. T.; Haller, W. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 404.
165. Israelachvili, J. N. Chem. Scr. 1985, 25, 7.
166. Marcelja, S.; Radic, N. Chem. Phys. Lett. 1976, 42, 129.
167. Attard, P.; Batchelor, M. T. Chem. Phys. Lett. 1988, 149, 206.
168. Kornyshev, A. A.; Leikin, S. Phys. Rev. A 1989, 40, 6431.
169. Israelachvili, J.; Wennerström, H. Nature 1996, 379, 219.
170. Leikin, S.; Parsegian, V. A.; Rau, D. C.; Rand, R. P. Annu. Rev. Phys. Chem. 1993, 44, 369.
171. McIntosh, T. J.; Simon, S. A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 27.
172. Saiz, L.; Klein, M. L. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 482.
173. Marrink, S.-J.; Berkowitz, M. In Permeability and Stability of Lipid Bilayers; Disalvo, E. A., Simon, S. A., Eds.; CRC: Boca Raton, FL, 1995.
174. Cheng, J.-X.; Pautot, S.; Weitz, D. A.; Xie, X. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 9826.
175. Rhykerd, C. L., Jr.; Schoen, M.; Diestler, D. J.; Cushman, J. H. Nature 1987, 330, 461.
176. Ellis, R. J.; Minton, A. P. Nature 2003, 425, 27.
177. Thompson, H.; Soper, A. K.; Ricci, M. A.; Bruni, F.; Skipper, N. T. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5610.
178. Tsukahara, T.; Hibara, A.; Ikeda, Y.; Kitamori, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 1180.
179. Major, R. C.; Houston, J. E.; McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; Zhu, X.-Y. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 177803.
180. Li, T.-D.; Gao, J.; Szoszkiewicz, R.; Landman, U.; Riedo, E. Phys. Rev. B 2007, 75, 115415.
181. Golding, I.; Cox, E. C. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 098102.
182. Cheung, M. S.; Klimov, D.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 4753.
183. Minh, D. D. L.; Chang, C.-E.; Trylska, J.; Tozzini, V.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6006.
184. Stradner, A.; Sedgwick, H.; Cardinaux, F.; Poon, W. C. K.; Egelhaaf, S. U.; Schurtenberger, P. Nature 2004, 432, 492.
185. Gliko, O.; Pan, W.; Katsonis, P.; Neumaier, N.; Galkin, O.; Weinkauf, S.; Velikov, P. G. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3106.
186. Hill, T. L. Thermodynamics of Small Systems; W. A. Benjamin: New York, 1963, 1964; Vols. 1 and 2.
187. Pollack, G. H.; Reitz, F. B. Cell. Mol. Biol. 2001, 47, 885.
188. Pollack, G..H. Cells, Gels, and the Engines of Life; Ebner & Sons: Seattle, WA, 2001.
189. Damadian, R. Science 1971, 171, 1151.
190. Fung, B. M.; Wassil, D. A.; Durham, D. L.; Chesnut, E. W.; Durham, N. N.; Berlin, K. D. Biochim. Biophys. Acta 1975, 385, 180.
191. Tehei, M.; Franzetti, B.; Wood, K.; Gabel, F.; Fabiani, E.; Jasnin, M.; Zamponi, M.; Oesterhelt, D.; Zaccai, G.; Ginzburg, M.; Ginzburg, B.-Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 766.
192. Mirsky, A. E.; Pauling, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1936, 22, 439.
193. Pauling, L.; Corey, R. B.; Branson, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 205.
194. Kohtani, M.; Jones, T. C.; Schneider, J. E.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7420.
195. Langmuir, I. Proc. R. Inst. G. B. 1938, 30, 483.
196. Bernal, J. D. Proc. R. Inst. G. B. 1939, 30, 541.
197. Lesser, G. J.; Rose, G. D. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1990, 8, 6.
198. Shea, J. E.; Onuchic, J. N.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16064.
199. Cheung, M. S.; Garcia, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 685.
200. Garcia, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13898.
201. Zhang, O.; Forman-Kay, J. D. Biochemistry 1997, 36, 3959.
202. Mok, Y.-K.; Kay, C. M.; Kay, L. E.; Forman-Kay, J. J. Mol. Biol. 1999, 289, 619.
203. Papoian, G. A.; Ulander, J.; Eastwood, M. P.; Luthey-Schulten, Z.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 3352.
204. Zong, C.; Papoian, G. A.; Ulander, J.; Wolynes, P. G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5168.
205. Harano, Y.; Kinoshita, M. Chem. Phys. Lett. 2004, 399, 342.
206. Harano, Y.; Kinoshita, M. Biophys. J. 2005, 89, 2701.
207. Otting, G.; Liepinsh, E.; Wüthrich, K. Science 1991, 254, 974.
208. Likic, V. A.; Prendergast, F. G. Proteins 2001, 43, 65.
209. Marakov, V.; Pettitt, B. M.; Feig, M. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 376.
210. Denisov, V. P.; Halle, B. J. Mol. Biol. 1995, 245, 698.
211. Denisov, V. P.; Halle, B. J. Mol. Biol. 1995, 245, 682.
212. Makarov, V. A.; Andrews, B. K.; Smith, P. E.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 2000, 76, 2966.
213. Luise, A.; Falconi, M.; Desideri, A. Proteins 2000, 39, 56.
214. Makarov, V. A.; Feig, M.; Andrews, B. K.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1998, 75, 150.
215. Smolin, N.; Winter, R. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15928.
216. Merzel, F.; Smith, J. C. Proc. Natl. Acad. Sci. 2002, 99, 5378.
217. Svergun, D. I.; Richard, S.; Koch, M. H. J.; Sayers, Z.; Kuprin, S.; Zaccai, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 2267.
218. Rand, R. P. Science 1992, 256, 618.
219. Colombo, M. F.; Rau, D. C.; Parsegian, V. A. Science 1992, 256, 655.
220. Kornblatt, J. A.; Hui Bon Hoa, G. Biochemistry 1990, 29, 9370.
221. Klibanov, A. M. Trends Biochem. Sci. 1989, 14, 141.
222. Dunn, R. V.; Daniel, R. M. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2004, 359, 1309.
223. Rupley, J. A.; Careri, G. Adv. Protein Chem. 1991, 41, 37.
224. Modig, K.; Liepinsh, E.; Otting, G.; Halle, B. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 102.
225. Pal, S. K.; Peon, J.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15297.
226. Li, T.; Hassanali, A. A.; Kao, Y.-T.; Zhong, D.; Singer, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 3376.
227. Bhattacharyya, S. M.; Wang, Z.-G.; Zewail, A. H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13218.
228. Russo, D.; Murarka, R. K.; Copley, J. R. D.; Head-Gordon, T. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 12966.
229. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598.
230. Mattos, C.; Ringe, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 761.
231. Olano, L. R.; Rick, S. W. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7991.
232. Dwyer, J. J.; Gittis, A. G.; Karp, D. A.; Lattman, E. E.; Spencer, D. S. Biophys. J. 2000, 79, 1610.
233. Okimoto, N.; Nakamura, T.; Suenaga, A.; Futatsugi, N.; Hirano, Y.; Yamaguchi, I.; Ebisuzaki, T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13132.
234. Bizzarri, A. R.; Cannistraro, S. J. Phys. Chem. B 2002, 106 ], 6617.
235. Russo, D.; Hura, G.; Head-Gordon, T. Biophys. J. 2004, 86, 1852.
236. Frauenfelder, H.; Fenimore, P. W.; Chen, G.; McMahon, B. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15469.
237. Knapp, E. W.; Fischer, S. F.; Parak, F. J. Am. Chem. Soc. 1982, 86, 5042.
238. Rasmussen, B. F.; Stock, A. M.; Ringe, D.; Petsko, G. A. Nature 1992, 357, 423.
239. Tilton, R. F.; Dewan, J. C.; Petsko, G. A. Biochemistry 1992, 31, 2469.
240. Borovykh, I. V.; Gast, P.; Dzuba, S. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7535.
241. Reat, V.; Dunn, R.; Ferrand, M.; Finney, J. L.; Daniel, R. M.; Smith, J. C. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 2000, 97, 9961.
242. Bizzarri, A. R.; Paciaroni, A.; Cannistraro, S. Phys. Rev. E 2000, 62, 3991.
243. Wong, C. F.; Zheng, C.; McCammon, J. A. Chem. Phys. Lett. 1989, 154, 151.
244. Arcangeli, C.; Bizzarri, A. R.; Cannistraro, S. Chem. Phys. Lett. 1998, 291, 7.
245. Tournier, A. L.; Xu, J.; Smith, J. C. Biophys. J. 2003, 85, 1871.
246. Hayward, J. A.; Smith, J. C. Biophys. J. 2002, 82, 1216.
247. Tarek, M.; Tobias, D. J. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 138101.
248. Tarek, M.; Tobias, D. J. Biophys. J. 2000, 79, 3244.
249. Daniel, R. M.; Smith, J. C.; Ferrand, M.; Hery, S.; Dunn, R.; Finney, J. L. Biophys. J. 1998, 75, 2504.
250. Dunn, R. V.; Réat, V.; Finney, J.; Ferrand, M.; Smith, J. C.; Daniel, R. M. Biochem. J. 2000, 346 (2), 355.
251. Fenimore, P. W.; Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Parak, F. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16047.
252. Chen, S.-H.; Liu, L.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Faraone, A.; Mamontov, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 9012.
253. Ito, K.; Moynihan, C. T.; Angell, C. A. Nature 1999, 398, 492.
254. Faraone, A.; Liu, L.; Mou, C.-Y.; Yen, C.-W.; Chen, S.-H. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10843.
255. Liu, L.; Chen, S.-H.; Faraone, A.; Yen, C.-W.; Mon, C.-Y. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 117802.
256. Kumar, P.; Yan, Z.; Xu, L.; Mazza, M. G.; Buldyrev, S. V.; Chen, S.-H.; Sastry, S.; Stanley, H. E. Phys. Rev. Lett. 2006, 97, 177802.
257. Chen, S.-H.; Liu, L.; Chu, X.; Zhang, Y.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Faraone, A.; Mamontov, E. 2006, arXiv:cond-mat/0605294. arXiv.org e-Print archive.
258. Chu, X.-Q.; Baglioni, P.; Faraone, A.; Chen, S.-H. 2007, arXiv: physics/ 0703166. arXiv.org e-Print archive.
259. Pizzitutti, F.; Bruni, F. Phys. Rev. E 2001, 64, 052905.
260. Russo, D.; Murarka, R. K.; Hura, G.; Verschell, E.; Copley, J. R. D.; Head-Gordon, T. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19885.
261. Oleinikova, A,; Smolin, N.; Brovchenko, I.; Geiger, A.; Winter, R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 1988.
262. Smolin, N.; Oleinikova, A.; Brovchenko, I.; Geiger, A.; Winter, R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 10995.
263. Kurkal, V.; Daniel, R. M.; Finney, J. L.; Tehei, M.; Dunn, R. V.; Smith, J. C. Biophys. J. 2005, 89, 1282.
264. Hamaneh, M. B.; Buck, M. Biophys. J. 2007, 92, L49.
265. Purkiss, A.; Skoulakis, S.; Goodfellow, J. M. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 2001, 359, 1515.
266. Marino, M.; Braun, L.; Cossart, P.; Ghosh, P. Mol. Cell 1999, i 4, 1063.
267. Papoian, G. A.; Ulander, J.; Wolynes, P. G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9170.
268. Fernández, A.; Scott, R. Biophys. J. 2003, 85, 1914.
269. Fernández, A.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 113.
270. Fernández, A. preprint.
271. Fernández, A.; Kardos, J.; Scott, L. R.; Goto, Y.; Berry, R. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6446.
272. De Simone, A.; Dodson, G. G.; Verma, C. S.; Zagari, A.; Fraternali, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 7535.
273. Clackson, T.; Ultsch, M. H.; Wells, J. A.; de Vos, J. A. J. Mol. Biol. 1998, 277, 1111.
274. Bogan, A. A.; Thorn, K. S. J. Mol. Biol. 1998, 280, 1.
275. Ma, B.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 364.
276. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2697.
277. Renzoni, D. A.; Zvelebil, M. J. J. M.; Lundbäck, T.; Ladbury, J. E. In Structure-Based Drug Design: Thermodynamics, Modeling and Strategy; Ladbury, J. E., Connelly, P. R., Eds.; Landes Bioscience: Georgetown, TX, 1997; p 161.
278. Tame, J. R. H.; Murshudov, G. N.; Dodson, E. J. Science 1994, 264, 1578.
279. Tame, J. R. H.; Sleigh, S. H.; Wilkinson, A. J.; Ladbury, J. E. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 998.
280. Chung, E.; Henriques, D.; Renzoni, D.; Zvelebil, M.; Bradshaw, J. M.; Waksman, G.; Robinson, C. V.; Ladbury, J. E. Structure 1998, 6, 1141.
281. McPhalen, C. A.; James, M. N. G. Biochemistry 1988, 27, 6582.
282. Bhat, T. N.; Bentley, G. A.; Fischmann, T. O.; Boulot, G.; Poljak, R. J. Nature 1990, 347, 483.
283. Bhat, T. N.; Bentley, G. A.; Boulot, G.; Greene, M. I.; Tello, D.; Dall' Acqua, W.; Souchon, H.; Schwarz, F. P.; Mariuzza, R. A.; Poljak, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 1089.
284. Quiocho, F. A.; Wilson, D. K.; Vyas, N. K. Nature 1989, 340, 404.
285. Lemieux, R. U. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 373.
286. Ladbury, J. E. Chem. Biol. 1996, 3, 973.
287. Clarke, C.; Woods, R. J.; Gluska, J.; Cooper, A.; Nutley, M. A.; Boons, G.J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12238.
288. Talhout, R.; Villa, A.; Mark, A. E.; Engberts, J. B. F. N. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10570.
289. Dunitz, J. D. Science 1994, 264, 670.
290. Dunitz, J. D. Chem. Biol. 1995, 2, 709.
291. Baldwin, E. T.; Bhat, T. N.; Gulnik, S.; Liu, B.; Topol, I. A.; Kiso, Y.; Mimoto, T.; Mitsu, H.; Erickson, J. W. Structure 1995, 3, 581.
292. Louis, J. M.; Dyda, F.; Nashed, N. T.; Kimmel, A. R.; Davies, D. R. Biochemistry 1998, 37, 2105.
293. Hong, L.; Zhang, X. J.; Foundling, S.; Hartsuck, J. A.; Tang, J. FEBS Lett. 1997, 420, 11.
294. Kervinen, J.; Thanki, N.; Zdanov, A.; Tina, J.; Barrish, J.; Lin, P. F.; Colonno, R.; Riccardi, K.; Samanta, H.; Wlodawer, A. Protein Pept. Lett. 1996, 3, 399.
295. Lam, P. Y. S.; Jadhav, P. K.; Eyermann, C. J.; Hodge, C. N.; Ru, Y.; Bacheler, L. T.; Meek, J. L.; Otto, M. J.; Rayner, M. M.; Wong, Y. N.; Chang, C.-H.; Weber, P. C.; Jackson, D. A.; Sharpe, T. R.; Erickson-Viitanen, S. Science 1994, 263, 380.
296. Li, Z.; Lazaridis, T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6636.
297. Bergqvist, S.; Williams, M. A.; O'Brien, R.; Ladbury, J. E. J. Mol. Biol. 2004, 336, 829.
298. Henriques, D. A.; Ladbury, J. E. Arch. Biochem. Biophys. 2001, 390, 158.
299. Wang, H.; Ben-Naim, A. J. Med. Chem. 1996, 39, 1531.
300. Barillari, C.; Taylor, J.; Viner, R.; Essex, J. W. J Am. Chem. Soc. 2007, 129, 2577.
301. Friesner, R. A.; Murphy, R. B.; Repasky, M. P.; Frye, L. L.; Halgren, T. A.; Sanschagrin, P. C.; Mainz, D. T. J. Med. Chem. 2006, 49, 6177.
302. Young, T.; Abel, R.; Kim, B.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2007, 104, 808.
303. Ohno, K.; Kamiya, N.; Asakawa, N.; Inoue, Y.; Sakurai, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8161.
304. Okada, T.; Fujiyoshi, Y.; Silow, M.; Navarro, J.; Landau, E. M.; Shichida, Y. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2002, 99, 5982.
305. Autenrieth, F.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K.; Luthey-Schulten, Z. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 20376.
306. Royer, W. E., Jr.; Pardanani, A.; Gibson, Q. H.; Peterson, E. S.; Friedman, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14526.
307. Collins, M. D.; Hummer, G.; Quillin, M. L.; Matthews, B. W.; Gruner, S. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 16668.
308. Stetefeld, J.; Jenny, M.; Schulthess, T.; Landwehr, R.; Engel, J.; Kammerer, R. A. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 772.
309. Yin, H.; Hummer, G.; Rasaiah, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7369.
310. Koga, K.; Gao, G. T.; Tanaka, H.; Zeng, X. C. Nature 2001, 412, 802.
311. Yoshizawa, M.; Kusukawa, T.; Kawano, M.; Ohhara, T.; Taaka, I.; Kurihara, K.; Niimura, N.; Fujita, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2798.
312. van Amsterdam, I. M. C.; Ubbink, M.; Einsle, O.; Messerschmidt, A.; Merli, A.; Cavazzini, D.; Rossi, G. L.; Canters, G. W. Nat. Struct. Biol. 2001, 9, 48.
313. Tezcan, F. A.; Crane, B. R.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5002.
314. Francisco, W. A.; Wille, G.; Smith, A. J.; Merkelr, D. J.; Klinman, J. P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13168.
315. Lin, J.; Balabin, I. A.; Beratan, D. N. Science 2005, 310, 1311.
316. Gray, H. B.; Winkler, J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 3534.
317. Liang, Z. X.; Kurnikov, I. V.; Nocek, J. M.; Mauk, A. G.; Beratan, D. N.; Hoffman, B. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2785.
318. Krauss, M.; Gilson, H. S. R.; Gresh, N. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 8040.
319. Erhardt, S.; Jaime, E.; Weston, J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3654.
320. Wang, L.; Yu, X.; Hu, P.; Broyde, S.; Zhang, Y. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4731.
321. Derat, E.; Shaik, S.; Rovira, C.; Vidossich, P.; Alfonso-Prieto, M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 6346.
322. de Grotthuss, C. J. T. Ann. Chim. 1806, 58, 54.
323. Agmon, N. Chem Phys. Lett. 1995, 244, 456.
324. Day, T. J. F.; Schmitt, U. W.; Voth, G. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12027.
325. Kornyshev, A. A.; Kuznetsov, A. M.; Spohr, E.; Ulstrup, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 3351.
326. Swanson, J. M. J.; Maupin, C. M.; Chen, H.; Petersen, M. K.; Xu, J.; Wu, Y.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4300.
327. Lapid, H.; Agnion, N.; Peterson, M. K.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014506.
328. Mezer, A.; Friedman, R.; Noivirt, O.; Nachliel, E.; Gutman, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11379.
329. Suzuki, T.; Sota, T. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 12603.
330. Saenger, W. Nature 1979, 279, 343.
331. Ermler, U.; Fritzsche, G.; Buchanan, S. K.; Michel, H. Structure 1994, 2, 925.
332. Seibold, S. A.; Mills, D. A.; Ferguson-Miller, S.; Cukier, R. I. Biochemistry 2005, 44, 10475.
333. Lu, D.; Voth, G. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4006.
334. Cui, Q.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 1071.
335. Martinez, S. E.; Huang, D.; Ponomarev, M.; Cramer, W. A.; Smith, J. L. Protein Sci. 1996, 5, 1081.
336. Schlichting, I.; Berendzen, J.; Chu, K.; Stock, A. M.; Maves, S. A.; Benson, D. E.; Sweet, R. M.; Ringe, D.; Petsko, G. A.; Sligar, S. G. Science 2000, 287, 1615.
337. Akeson, M.; Deamer, D. W. Biophys. J. 1991, 60, 101.
338. Xu, J.; Voth, G. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6795.
339. Taraphder, S.; Hummer, G. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3931.
340. Xu, J.; Sharpe, M. A.; Qin, L.; Ferguson-Miller, S.; Voth, G. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 2910.
341. Lamoureux, G.; Klein, M. L.; Bernèche, S. Biophys. J. 2007, 92, L82.
342. Pomès, R.; Roux, B. Biophys. J. 1996, 71, 19.
343. Mann, D. J.; Halls, M. D. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 195503.
344. Dellago, C.; Naor, M. M.; Hummer, G. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 105902.
345. Hummer, G.; Rasaiah, J. C.; Noworyta, J. P. Nature 2001, 414, 188.
346. Mashl, R. J.; Joseph, S.; Aluru, N. R.; Jakobsson, E. Nano Lett. 2004, 3, 589.
347. Byl, O.; Liu, J.-C.; Wang, Y.; Yim, W.-L.; Johnson, J. K.; Yates, J. T., Jr. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12090.
348. Brewer, M. L.; Schmitt, U. W.; Voth, G. A. Biophys. J. 2001, 80, 1691.
349. Luecke, H.; Scbobert, B.; Richter, H.-T.; Cartailler, J.-P.; Lanyi, J. K. J. Mol. Biol. 1999, 291, 899.
350. Sass, H. J.; Büldt, G.; Gessenich, R.; Hehn, D.; Neff, D.; Schlesinger, R.; Berendzen, J.; Ormos, P. Nature 2000, 406, 649.
351. Baudry, J.; Tajkhorshid, E.; Molnar, F.; Phillips, J.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 905.
352. Grudinin, S.; Büldt, G.; Gordeliy, V.; Baumgaertner, A. Biophys. J. 2005, 88, 3252.
353. Rammelsberg, R.; Huhn, G.; Lübben, M.; Gerwert, K. Biochemistry 1998, 37, 5001.
354. Garczarek, F.; Gerwert, K. Nature 2006, 439, 109.
355. Spassov, V. Z.; Luecke, H.; Gerwert, K.; Bashford, D. J. Mol. Biol. 2001, 312, 203.
356. Garczarek, F.; Brown, L. S.; Lanyi, J. K.; Gerwert, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 3633.
357. Rousseau, R.; Kleinschmidt, V.; Schmitt, U. W.; Marx, D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 1848.
358. Mathias, G.; Marx, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 6980.
359. Garczarek, F.; Wang, J.; El-Sayed, M. A.; Gerwert, K. Biophys. J. 2004, 87, 2676.
360. Lee, Y.-S.; Krauss, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2225.
361. Schobert, B.; Brown, L. S.; Lanyi, J. K. J. Mol. Biol. 2003, 330, 553.
362. Furutani, Y.; Shibata, M.; Kandori, H. Photochem. Photobiol. Sci. 2005, 4, 661.
363. Muneda, N.; Shibata, M.; Demura, M.; Kandori, H. J. Am Chem. Soc. 2006, 128, 6294.
364. Agre, P. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 4278.
365. Tajkhorshid, E.; Nollert, P.; Jensen, M. Ø.; Miercke, L. J. W.; O'Connell, J.; Stroud, R. M.; Schulten, K. Science 2002, 296, 525.
366. de Groot, B. L.; Grubmüller, H. Science 2001, 294, 2353.
367. Chakrabarti, N.; Tajkhorshid, E.; Roux, B.; Pomès, R. Structure 2004, 12, 65.
368. de Groot, B. L.; Frigato, T.; Grubmüller, H. J. Mol. Biol. 2003, 333, 279.
369. Warshel, A.; Burykin, A. Biophys. J. 2003, 85, 3696.
370. Chen, H.; Wu, Y.; Voth, G. A. Biophys. J. 2006, 90, L73.
371. Chen, H.; Ilan, B.; Wu, Y.; Zhu, F.; Schulten, K.; Voth, G. A. Biophys. J. 2007, 92, 46.
372. Savage, D. F.; Egea, P. F.; Robles Colmenares, Y.; O'Connell, J. D. PLoS Biol. 2003, 1 (3), e2.
373. Beitz, E.; Wu, B.; Holm, L. M.; Schultz, J. E.; Zeuthen, T. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2006, 103, 269.
374. Li, J.; Gong, X.; Lu, H.; Li, D.; Fang, H.; Zhou, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 3687.
375. Dellago, C.; Hummer, G. Phys. Rev. Lett. 2006, 97, 245901.
376. Smondyrev, A. M.; Voth, G. A. Biophys. J. 2002, 83, 1987.
377. Wu, Y.; Voth, G. A. FEBS Lett. 2003, 552, 23.
378. Wu, Y.; Voth, G. A. Biophys. J. 2005, 89, 2402.
379. Beckstein, O.; Biggin, P. C.; Sansom, M. S. P. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12902.
380. Sriraman, S.; Kevrekidis, I. G.; Hummer, G. 2005, arXiv:cond-mat/ 0503491. arXiv.org e-Print archive.
381. Wan, R.; Li, J.; Lu, H.; Fang, H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7166.
382. Zimmerli, U.; Gonnet, P. G.; Walther, J. H.; Koumoutsakos, P. Nano Lett. 2005, 5, 1017.
383. Jiang, Y.; Lee, A.; Chen, J.; Cadene, M.; Chait, B. T.; MacKinnon, R. Nature 2002, 417, 515.
384. Jiang, Y.; Ruta, V.; Chen, J.; Lee, A.; MacKinnon, R. Nature 2003, 423, 42.
385. Sukharev, S.; Betanzos, M.; Chiang, C.-S.; Guy, H. R. Nature 2001, 409, 720.
386. Anishkin, A.; Chiang, C. S.; Sukharev, S. J. Gen. Physiol. 2005, 125, 155.
387. Anishkin, A.; Sukharev, S. Biophys. J. 2004, 86, 2883.
388. Bass, R. B.; Strop, P.; Barclay, M.; Rees, D. C. Science 2002, 298, 1582.
389. Spronk, S. A.; Elmore, D. E.; Dougherty, D. A. Biophys. J. 2006, 90, 3555.
390. Herkovits, T. T.; Hattington, J. P. Biochemistry 1972, 11, 4800.
391. Turner, D. H. In Nucleic Acids. Structure, Properties and Functions; Bloomfield, V. A., Crothers, D. M., Tinoco, I., Eds.; University Science Books: Sausalito, CA, 2000; p 308.
392. Hofstadler, S. A.; Griffey, R. H. Chem. Rev. 2001, 101, 377.
393. Rueda, M.; Kalko, S. G.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8007.
394. Cui, S.; Albrecht, C.; Kühner, F.; Gaub, H. E. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6636.
395. Oesterhelt, F.; Rief, M.; Gaub, H. E. New J. Phys. 1999, 1, 6.1.
396. Wing, R.; Drew, H.; Takano, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Nature 1980, 287, 755.
397. Drew, H. R.; Wing, R. M.; Takano, T.; Broka, C.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 2179.
398. Kopka, M. L.; Fratini, A. V.; Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1983, 163, 129.
399. Liepinsh, E.; Otting, G.; Wuthrich, K. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 6549.
400. Shui, X.; Sines, C. C.; McFail-Isom, L.; VanDerveer, D.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 16877.
401. Shui, X.; McFail-Isom, L.; Hu, G. G.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 8541.
402. Tereshko, V.; Minasov, G.; Egli, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 3590.
403. Liepinsh, E.; Leupin, W.; Otting, G. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 2249.
404. Woods, K. K.; Lan, T.; McLaughlin, L. W.; Williams, L. D. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 1536.
405. Ha, J. H.; Capp, M. W.; Hohenwalter, M. D.; Baskerville, M.; Record, M. T., Jr. J. Mol. Biol. 1992, 228, 252.
406. Robinson, C. R.; Sligar, S. G. J. Mol. Biol. 1993, 234, 302.
407. Sidorova, N. Y.; Rau, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 12272.
408. Fuxreiter, M.; Mezei, M.; Simon, I.; Osman, R. Biophys. J. 2005, 89, 903.
409. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: Berlin, 1984.
410. Brovchenko, I.; Krukau, A.; Oleinikova, A.; Mazur, A. K. Phys. Rev. Lett. 2006, 97, 137801.
411. Brovchenko, I.; Krukau, A.; Oleinikova, A.; Mazur, A. K. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3258.
412. Mazur, A. K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7849.
413. Hud, N. V.; Feigon, J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5756.
414. Young, M. A.; Jayaram, B.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 59.
415. Spink, C. H.; Chaires, J. B. Biochemistry 1999, 38, 496.
416. McFail-Isom, L.; Sines, C. C.; Williams, L. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 298.
417. Woods, K.; McFail-Isom, L.; Sines, C. C.; Howerton, S. B.; Stephens, R. K.; Williams, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 1546.
418. Hud, N. V.; Sklenar, V.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 1999, 286, 651.
419. Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Mol. Biol. 1998, 281, 675.
420. Feig, M.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1999, 77, 1769.
421. Chiu, T. K.; Kaczor-Grzeskowiak, M.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1999, 292, 589.
422. Hamelberg, D.; McFail-Isom, L.; Williams, L. D.; Wilson, W. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10513.
423. Ponomarev, S. Y.; Thayer, K. M.; Beveridge, D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14771.
424. Egli, M.; Portmann, S.; Usman, N. Biochemistry 1996, 35, 8489.
425. Rozners, E.; Moulder, J. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 248.
426. Auffinger, P.; Westhof, E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 693.
427. Sorin, E. J.; Rhee, Y. M.; Pande, V. S. Biophys. J. 2005, 88, 2516.
428. Tjivikua, T.; Ballester, P.; Rebek, J., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 1249.
429. Benner, S. A.; Ricardo, A.; Carrigan, M. A. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 672.
430. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2004, 359, (No. 1448), 1 ff special issue.
431. Henderson, L. The Fitness of the Environment; Macmillan: London, 1913.
432. Benner, S. Nature 2003, 421, 118.
433. Ferber, D. Science 2004, 303, 158.
434. Benner, S. A., Ed. Redesigning the Molecules of Life; Springer-Verlag: Berlin, 1988.
435. Piccirilli, J. A.; Krauch, T.; Moroney, S. E.; Benner, S. A. Nature 1990, 343, 33.
436. Wang, L.; Brock, A.; Herberich, B.; Schultz, P. G. Science 2001, 292,498.
437. Chin, J. W.; Cropp, T. A.; Anderson, J. C.; Zhang, Z.; Schultz, P. G. Science 2003, 301, 964.
438. Kool, E. T. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 936.
439. Liu, H.; Gao, J.; Saito, D.; Maynard, L.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1102.
440. Mancinelli, R.; Botti, A.; Bruni, F.; Ricci, M. A.; Soper, A. K. J. Phys. Chem. 2007, 111, 13570.
441. Patel, B. A.; Debenedetti, P. G.; Stillinger, F. H.; Rossky, P. J. Biophys. J. 2007 93, 4116.
442. Dey, A.; Jenney, F. E., Jr.; Adams, M. W. W.; Babini, E.; Takahashi, Y.; Fukuyama, K.; Hodgson, K. O.; Hedman, B.; Solomon, E. I. Science 2007, 318, 1464.
443. Cui, S.; Yu, J.; Kuhner, F.; Schulten, K.; Gaub, H. E. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14710.
444. Wood, K.; Plazanet, M.; Gabel, F.; Kessler, B.; Oesterhelt, D.; Tobias, D. J.; Zaccai, G.; Weik, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 18049.
445. Maccarini, M. Biointerphases 2007, 2, MRI.