Hot spot occlusion from bulk water: A comprehensive study of the complex between the lysozyme HEL and the antibody FVD1.3

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 10, 2007, Pages 2697-2706

  Moreira, Irina S ^a   Fernandes, Pedro A ^a   Ramos, Maria J ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; BINDING ENERGY; FREE ENERGY; HYDRATION; HYDROGEN BONDS; INTERFACES (MATERIALS); SOLVATION;

BINDING HOT SPOT; O-RING HYPOTHESIS; RADIAL DISTRIBUTION FUNCTION;

PROTEINS;

EID: 34047271259     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp067096p     Document Type: Article

References (47)

1. Hill, R. B.; Raleigh, D. P.; DeGrado, W. F. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 745.
2. DeGrado, W. F.; Summa, C. M.; Pavone, V.; Nastri, F.; Lombardi, A. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 779.
3. Kortemme, T.; Baker, D. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 91.
4. Glaser, F.; Steinberg, D. M.; Vakser, I. A. Proteins 2001, 43, 89.
5. Pal, G.; Ultsch, M. H.; Clark, K. P.; Currell, B.; Kossiakoff, A. A.; Sidhu, S. S. J. Mol. Biol. 2005, 347, 489.
6. Ma, B.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 364.
7. Clackson, T.; Ultsch, M. H.; Wells, J. A.; de Vos, J. A. J. Mol. Biol. 1998, 277, 1111.
8. Bogan, A. A.; Thorn, K. S. J. Mol. Biol. 1998, 280, 1.
9. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Proteins 2006, 63, 811.
10. DeLano, W. L.; Ultsch, M. H.; de Vos, A. M.; Wells, J. A. Science 2000, 287, 1279.
11. Barnett, P.; Bottger, G.; Klein, A. T.; Tabak, H. F.; Distel, B. EMBO J. 2000, 19, 6382.
12. Harris, B. Z.; Hillier, B. J.; Lim, W. A. Biochemistry 2001, 40, 5921.
13. Li, X.; Keskin, O.; Ma, B.; Nussinov, R.; Liang, J. J. Mol. Biol. 2004, 344, 781.
14. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Comput. Chem. 2007, 28, 644.
15. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 10962.
16. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Int. J. Quantum Chem. 2007, 107, 299.
17. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Theor. Chem. Acc. 2007, 117, 99.
18. Moreira, I. S.; Fernandas, P. A.; Ramos, M. J. Computational Determination of the Relative Free Energy of Binding -Application to Alanine Scanning Mutagenesis in Molecular Materials with Specific Interactions: Modeling and Design; Sokalski, W. A., Ed.; Springer New York, 2007.
19. Bhat, T. N.; Bentley, G. A.; Boulot, G.; Greene, M. I.; Tello, D.; Dall'Acqua, W.; Souchon, H.; Schwarz, F. P.; Mariuzza, R. A.; Poljak, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 9, 1089.
20. Dall'Acqua, W.; Goldman, E. R.; Eisenstein, E.; Mariuzza, R. A. Biochemistry 1996, 35, 9667.
21. Dall'Acqua, W.; Goldman, E. R.; Lin, W.; Teng, C.; Tsuchiya, D.; Li, H.; Ysern, X.; Braden, B. C.; Li, Y.; Smith-Gill, S. J.; Mariuzza, R. A. Biochemistry 1998, 37, 7981.
22. Davies, D. R.; Cohen, G. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 7.
23. Li, Y.; Urrutia, M.; Smith-Gill, S. J.; Mariuzza, R. A. Biochemistry 2003, 42, 11-22.
24. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. J. Comput. Phys. 1997, 23, 327.
25. Pastor, R. W.; Brooks, B. R.; Szabo, A. Mol. Phys. 1988, 65, 1409.
26. Loncharich, R. J.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. Biopolymers 1992, 32, 523.
27. Izaguirre, J. A.; Catarello, D. P.; Wozniak, J. M.; Skeel, R. D. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2090.
28. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California, San Francisco, 2004.
29. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. L; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
30. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
31. Essmann, U.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
32. Massova, I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8133.
33. Huo, S.; Massova, I.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2002, 23, 15.
34. Rocchia, W.; Sridharan, S.; Nicholls, A.; Alexov, E.; Chiabrera, A.; Honig, B. J. Comp. Chem. 2002, 23, 128.
35. Rocchia, W.; Alexov, E.; Honig, B. J. Phys. Chem. B. 2001, 105, 6507.
36. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Mol. Struct. (Theochem) 2005, 729, 11.
37. Connolly, M. L. J. Appl. Cryst. 1983, 16, 548.
38. Guo, J.; Gmeiner, W. H. Biophys. J. 2001, 81, 630.
39. Makarov, V. A.; Andrews, B. K.; Smith, P. E.; Pettitt, M. B. Biophys. J. 2000, 79, 2966.
40. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 33.
41. DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System. DeLano Scientific: San Carlos, CA, 2002; http://www.pymol.org
42. Lazaridis, T. Curr. Org. Chem. 2002, 6, 1319.
43. Eriksson, M.; Pitera, J.; Kollman, P. A. J. Med. Chem. 1999, 42, 868.
44. Archontis, G.; Simonson, T.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2001, 306, 307.
45. Wells, J. A. Methods Enzymol. 1991, 202, 390.
46. Wells, J. A. Curr. Opin. Cell Biol. 1994, 6, 163.
47. Wells, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. 1996, 93, 1.