Molecular dynamics study of bacteriorhodopsin and the purple membrane

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 105, Issue 5, 2001, Pages 916-918

  Baudry, Jérôme ^a   Tajkhorshid, Emad ^a   Molnar, Ferenc ^a   Phillips, James ^a,b   Schulten, Klaus ^a,b  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^b University of Illinois at Urbana Champaign   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MEMBRANES; COMPUTER SIMULATION; CRYSTAL STRUCTURE; CRYSTALLOGRAPHY; FREE ENERGY; ISOMERIZATION; LIPIDS; MATHEMATICAL MODELS; PERTURBATION TECHNIQUES; PROTEINS; PROTONS; SUPRAMOLECULAR CHEMISTRY;

BACTERIORHODOPSIN; HALOBACTERIUM SALINARUM; PURPLE MEMBRANE;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 0035249032     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp000898e     Document Type: Article

References (61)

1. Birge, R.; Cooper, T. M. Biophys. J. 1983, 42, 61.
2. Logunov, S.; EI-Sayed, M.; Song, L. J. Phys. Chem. 1996, 100. 2391.
3. Ebrey, T. Light energy transduction in bacteriorhodopsin. In Thermodynamics of Membranes, Receptors and Channels; Jacobson, M., Ed.; CRC Press: New York, 1993.
4. Lanyi, J. K. FEES Lett. 1999, 464, 103.
5. Schulten, K.; Humphrey, W.; Logunov, L; Sheves, M.; Xu, D. Isr. J. Chcm. 1995, 35, 447.
6. Song, L.; El-Sayed, M. A.; Lanyi, J. K. Science 1993, 261, 891.
7. Song, L.; El-sayed, M. A.; Lanyi, J. K. J. Pliys. Chem. 1996, 700, 10479.
8. Logunov, S.; El-Sayed, M.; Lanyi, J. Biophys. J. 1996, 70, 2875.
9. Logunov, S. L.; Song, L.; El-Sayed, M. A. J. Phys. Chem. 1996, 700, 18586.
10. Birge, R. R. Annu. Rev. Phys. Chem. 1990, 41, 683.
11. Birge, R. R.; Gillepsie, N. B.; Kusnetow, A.; E. W. I. a.; Lawrence, A. F.; Singh, D.; Song, Q. W.; Schmidt, E.; Stuart, J. A.; Seetharaman, S.; Wise, K. J. J. Phys. Chem. 1999, 103, 10746.
12. Henderson, R.; Baldwin, J. M.; Ceska, T. A.; Zemlin, F.; Beckmann, E.; Downing, K. H. J. Mol. Biol. 1990, 275, 899.
13. Grigorieff, K.; Ceska, T.; Downing, K.; Baldwin, J.; Henderson, R. J. Mol. Biol. 1996, 259, 393.
14. Kimura, Y.; Vassylyev, D. G.; Miyazawa, E.; Kidera, A.; Matsushima, M.; Mitsuokd, K.; Murata, K.; Hirai, T.; Fujiyoshi, Y. Nature 1997, 389, 206.
15. Mitsuoka, K.; Hirai, T.; Murata, K.; Miyazawa, A.; Kidera, A.; Kimura, Y.; Fujiyoshi, Y. J. Mol. Biol. 1999, 286, 861.
16. Pebay-Peyroula, E.; Rummel, G.; Rosenbusch, J. P.; Landau, E. M. Science 1997, 227, 1676.
17. Lücke, H.; Richter, H. T.; Lanyi, J. K. Science 1998, 280, 1934.
18. Essen, L.; Siegert, R.; Lehmann, W.; Oesterhelt, D. Proc. Nall. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 11673.
19. Belrhali, H.; Kollert, P.; Royant, A.; Menzel, C.; Rosenbusch, J. P.; Landau, E. M.; Pebay-Peyroula, E. Structure 1999, 7, 909.
20. Lücke, H.; Schobert, B.; Richter, H. T.; Cartailler, J. P.; Lanyi, J. K. J. Mol. Biol. 1999, 297, 899. .
21. Edman, K.; Kollert, P.; Royant, A.; Belrhali, H.; Pebay-Peyroula, E.; Hajdu, J.; Neutze, R.; Landau, E. M. Nature 1999, 401, 822.
22. Luecke, H.; Schobert, B.; Richter, H. T.; Cartailler, J. P.; Lanyi, J. K. Science 1999, 256. 255.
23. Royant, A.; Edman, K.; Ursby, T.; Pebay-Peyroula, E.; Landau, E. M. Nature 2000, 406, 645.
24. Subramaniam, S.; Henderson, R. Nature 2000, 406, 653.
25. Sass, H. J.; Büldt, G.; Gessenlich, R.; Hehn, D.; Keff, D.; Schlesinger, R.; Brendsen, J.; Ormos, P. Nature 2000, 406, 649.
26. Zhou, F.; Windemuth, A.; Schulten, K. Biochemistry 1993,32, 2291.
27. Humphrey, W.; Logunov, L; Schulten, K.; Sheves, M. Biochemistry 1994. 33, 3668.
28. Humphrey, W.; Xu, D.; Sheves, M.; Schulten, K. J. Phys. Chem. 1995. 99, 14549.
29. Xu, D.; Sheves, M.; Schulten, K. Biophys. J. 1995, 69, 2745.
30. Roux, B.; Kina, M.; Pomes, R.; Smith, J. C. Biophys. J. 1996, 77, 670.
31. Tajkhorshid, E.; Baudry, J.; Schulten, K.; Suhai, S. Biophys. J. 2000, 78, 683.
32. Kandori, H.; Yamazaki, Y.; Sasaki, J.; Keedleman, R.; Lanyi, J. K.; Maeda, A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 7/7, 2118.
33. Yamazaki, Y.; Hatanaka, M.; Kandori, H.; Sasaki, J.; Karstents, W. J.; Raofs, J.; Lugtenburg, J.; Bizarnok, M.; Herzfeld, J.; Needleman, R.; Lanyi, J.r Maeda, A. Biochemistry 1996, 35, 6308.
34. Hatanaka, M.; Sasalo, J.; Kandori, H.; Ebrey, T.; Needleman, R.; Lanyi, J.; Maeda, A. Biochemistry 1996, 35, 6308.
35. Hatanaka, M.; Kandori, H.; Maeda, A. Biophys. J. 1997, 73, 1001.
36. Garavelli, M.; Vreven, T.; Celani, P.; Bernardi, F.; Robb, M. A.; Olivucci, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 720, 1285.
37. Joshi, M. K.; Dracheva, S.; Mukhopadhyay, A. K.; Böse, S.; Hendler, R. W. Biochemistry 1998, 37, 14463.
38. Zaccaï, G. J. Mol. Biol. 1987, 194, 569.
39. Ferrand, M.; Zaccaï, G.; Nina, M.; Smith, J. C.; Etchesbest, C; Roux, B. FEBS Lett. 1993, 327, 256.
40. Fitter, J.; Lechner, R.; Dencher, N. Biophys. J. 1997, 73, 2126.
41. Lehnen, U.; Réat, V.; Weik, M.; Zaccaï, G.; Pfister, C. Biophys. J. 1998, 75, 1945.
42. Réat, V.; Patzelt, H.; Ferrand, M.; Pfister, C.; Oesterhelt,'D.; Zaccai, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 4970.
43. Edholm, O.; Berger, O.; Jehnig, F. J. Mol. Biol. 1995, 250, 95.
44. Hofacker, I.; Schulten, K. Proteins: Struct., Fund., Genet. 1998, 30, 100.
45. Yoshikawa, S.; Shinzawa-Itoh, K.; Nakashima, R.; Yaono, R.; Yamashita, E.; Inoue, N.; Yao, M.; Fei, M. J.; Libeu, C. P.; Mizushima, T.; Yamaguchi, H.; Tomizaki, T.; Tsukihara, T. Science 1998, 280. 1723.
46. Rothschild, K. J.; Braiman, M. S.; He, Y. W. J. Biol. Chem. 1990, 265, 16985.
47. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Compta. Chem. 1983, 4, 187.
48. Baudry, J.; Crouzy, S.; Roux, B.; Smith, J. C. Biophys. J. 1999, 76, 1909.
49. Crouzy, S.; Baudry, J.; Smith, J. C.; Roux, B. J. Comput. Chem. 1999, 20, 1644.
50. Hartmann, R.; Sickinger, H. D.; Oesterhelt, D. FEBS Lett. 1977, 82, 1.
51. Bamett, S. M.; Dracheva, S.; Hendler, R. W.; Levin, I. W. Biochemistry 1996, 35, 4558.
52. Henderson, R.; Jubb, J. S.; Whytock, S. J. Mol. Biol. 1978, 723, 259.
53. Kale, L.; Skeel, R.; Bhandarkar, M.; Brunner, R.; Gursoy, A.; Krawetz, N.; Phillips, J.; Shinozaki, A.; Varadarajan, K.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 151, 283.
54. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
55. Tuckerman, M.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990.
56. Watanabe, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 5680. .
57. Nina, M.; Roux, B.; Smith, J. C. Biophys. J. 1995, 68, 25.
58. Baudry, J.; Crouzy, S.; Roux, B.; Smith, J. C. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1996, 37, 1018.
59. Ben-Nun, M.; Molnar, F.; Lu, H.; Phillips, J. C.; Martinez, T. J.; Schulten, K. Faraday Discuss. 1998, No. 110, 447.
60. Molnar, F.; Ben-Nun, M.; Martinez, T. J.; Schulten, K. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2000, 506, 169.
61. Humphrey, W. F.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.