-
2
-
-
0028014642
-
-
Bhat, T. N.; Bentley, G. A.; Boulot, G.; Greene, M. I.; Tello, D.; Dall'Acqua, W.; Souchon, H.; Schwarz, F. P.; Mariuzza, R. A.; Poljak, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 1089-1093.
-
(1994)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
, vol.91
, pp. 1089-1093
-
-
Bhat, T.N.1
Bentley, G.A.2
Boulot, G.3
Greene, M.I.4
Tello, D.5
Dall'Acqua, W.6
Souchon, H.7
Schwarz, F.P.8
Mariuzza, R.A.9
Poljak, R.J.10
-
4
-
-
0028057975
-
-
Lam, P. Y. S.; Jadhav, P. K.; Eyermann, C. J.; Hodge, C. N.; Ru, Y.; Bacheler, L. T.; Meek, J. L.; Otto, M. J.; Rayner, M. M.; Wong, Y. N.; Chang, C.; Weber, P. C.; Jackson, D. A.; Sharpe, T. R.; Erickson-Viitanen, S. Science 1994, 263, 380-384.
-
(1994)
Science
, vol.263
, pp. 380-384
-
-
Lam, P.Y.S.1
Jadhav, P.K.2
Eyermann, C.J.3
Hodge, C.N.4
Ru, Y.5
Bacheler, L.T.6
Meek, J.L.7
Otto, M.J.8
Rayner, M.M.9
Wong, Y.N.10
Chang, C.11
Weber, P.C.12
Jackson, D.A.13
Sharpe, T.R.14
Erickson-Viitanen, S.15
-
6
-
-
0033587105
-
-
Minke, W. E.; Diller, D. J.; Hol, W. G. J.; Verlinde, C. L. M. J. J. Med. Chem. 1999, 42, 1778-1788.
-
(1999)
J. Med. Chem
, vol.42
, pp. 1778-1788
-
-
Minke, W.E.1
Diller, D.J.2
Hol, W.G.J.3
Verlinde, C.L.M.J.4
-
7
-
-
0032961895
-
-
Rarey, M.; Kramer, B.; Lengauer, T. Proteins 1999, 34, 17-28.
-
(1999)
Proteins
, vol.34
, pp. 17-28
-
-
Rarey, M.1
Kramer, B.2
Lengauer, T.3
-
8
-
-
17144368025
-
-
de Graaf, C.; Pospisil, P.; Pos, W.; Folkers, G.; Vermeulen, N. P. E. J. Med. Chem. 2005, 48, 2308-2318.
-
(2005)
J. Med. Chem
, vol.48
, pp. 2308-2318
-
-
de Graaf, C.1
Pospisil, P.2
Pos, W.3
Folkers, G.4
Vermeulen, N.P.E.5
-
9
-
-
26444586139
-
-
Verdonk, M. L.; Chessari, G.; Cole, J. C.; Hartshorn, M. J.; Murray, C. W.; Nissink, J. W. M.; Taylor, R. D.; Taylor, R. J. Med. Chem. 2005, 48, 6504-6515.
-
(2005)
J. Med. Chem
, vol.48
, pp. 6504-6515
-
-
Verdonk, M.L.1
Chessari, G.2
Cole, J.C.3
Hartshorn, M.J.4
Murray, C.W.5
Nissink, J.W.M.6
Taylor, R.D.7
Taylor, R.8
-
11
-
-
20444381685
-
-
Garcia-Sosa, A. T.; Firth-Clark, S.; Mancera, R. L. J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 624-633.
-
(2005)
J. Chem. Inf. Model
, vol.45
, pp. 624-633
-
-
Garcia-Sosa, A.T.1
Firth-Clark, S.2
Mancera, R.L.3
-
15
-
-
0031592453
-
-
Raymer, M. L.; Shanschagrin, P. C.; Punch, W. F.; Venkataraman, S.; Goodman, E. D.; Kuhn, L. A. J. Mol. Biol. 1997, 265, 445-464.
-
(1997)
J. Mol. Biol
, vol.265
, pp. 445-464
-
-
Raymer, M.L.1
Shanschagrin, P.C.2
Punch, W.F.3
Venkataraman, S.4
Goodman, E.D.5
Kuhn, L.A.6
-
16
-
-
0141907191
-
-
Garcia-Sosa, A. T.; Mancera, R. L.; Dean, P. M. J. Mol. Model. 2003, 9, 172-182.
-
(2003)
J. Mol. Model
, vol.9
, pp. 172-182
-
-
Garcia-Sosa, A.T.1
Mancera, R.L.2
Dean, P.M.3
-
17
-
-
0026292147
-
-
Kellogg, G. E.; Semus, S. F.; Abraham, D. J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1991, 5, 545-552.
-
(1991)
J. Comput.-Aided Mol. Des
, vol.5
, pp. 545-552
-
-
Kellogg, G.E.1
Semus, S.F.2
Abraham, D.J.3
-
19
-
-
33645106609
-
-
Amadasi, A.; Spyrakis, F.; Cozzini, P.; Abraham, D. J.; Kellogg, G. E.; Mozzarelli, A. J. Mol. Biol. 2006, 358, 289-309.
-
(2006)
J. Mol. Biol
, vol.358
, pp. 289-309
-
-
Amadasi, A.1
Spyrakis, F.2
Cozzini, P.3
Abraham, D.J.4
Kellogg, G.E.5
Mozzarelli, A.6
-
20
-
-
0037436333
-
-
Gunther, J.; Bergner, A.; Hendlich, M.; Klebe, G. J. Mol. Biol. 2003, 326, 621-636.
-
(2003)
J. Mol. Biol
, vol.326
, pp. 621-636
-
-
Gunther, J.1
Bergner, A.2
Hendlich, M.3
Klebe, G.4
-
21
-
-
0031058541
-
-
Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1997, 72, 1047-1069.
-
(1997)
Biophys. J
, vol.72
, pp. 1047-1069
-
-
Gilson, M.K.1
Given, J.A.2
Bush, B.L.3
McCammon, J.A.4
-
22
-
-
0346350789
-
-
Woods, C. J.; Essex, J. W.; King, M. A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13703-13710.
-
(2003)
J. Phys. Chem. B
, vol.107
, pp. 13703-13710
-
-
Woods, C.J.1
Essex, J.W.2
King, M.A.3
-
23
-
-
0346255348
-
-
Woods, C. J.; Essex, J. W.; King, M. A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 13711-13718.
-
(2003)
J. Phys. Chem. B
, vol.107
, pp. 13711-13718
-
-
Woods, C.J.1
Essex, J.W.2
King, M.A.3
-
24
-
-
0027287506
-
-
von Itzstein, M.; et al. Nature 1993, 363, 418-423.
-
(1993)
Nature
, vol.363
, pp. 418-423
-
-
von Itzstein, M.1
-
25
-
-
0035829469
-
-
Mackman, R. L.; Katz, B. A.; Breitenbucher, J. G.; Hui, H. C.; Verner, E.; Luong, C.; Liu, L.; Sprengeler, P. A. J. Med. Chem. 2001, 44, 3856-3871.
-
(2001)
J. Med. Chem
, vol.44
, pp. 3856-3871
-
-
Mackman, R.L.1
Katz, B.A.2
Breitenbucher, J.G.3
Hui, H.C.4
Verner, E.5
Luong, C.6
Liu, L.7
Sprengeler, P.A.8
-
27
-
-
0037142372
-
-
Matter, H.; Defossa, E.; Heinelt, U.; Blohm, P.; Schneider, D.; Muller, A.; Herok, S.; Schreuder, H.; Liesum, A.; Brachvogel, V.; Lonze, P.; Walser, A.; Al-Obeidi, F.; Wildgoose, P. J. Med. Chem. 2002, 45, 2749-2769.
-
(2002)
J. Med. Chem
, vol.45
, pp. 2749-2769
-
-
Matter, H.1
Defossa, E.2
Heinelt, U.3
Blohm, P.4
Schneider, D.5
Muller, A.6
Herok, S.7
Schreuder, H.8
Liesum, A.9
Brachvogel, V.10
Lonze, P.11
Walser, A.12
Al-Obeidi, F.13
Wildgoose, P.14
-
28
-
-
0037468471
-
-
Maignan, S.; Guilloteau, J. P.; Choi-Sledeski, Y. M.; Becker, M. R.; Ewing, W. R.; Pauls, H. W.; Spada, A. P.; Mikol, V. J. Med. Chem. 2003, 46, 685-690.
-
(2003)
J. Med. Chem
, vol.46
, pp. 685-690
-
-
Maignan, S.1
Guilloteau, J.P.2
Choi-Sledeski, Y.M.3
Becker, M.R.4
Ewing, W.R.5
Pauls, H.W.6
Spada, A.P.7
Mikol, V.8
-
29
-
-
0032558981
-
-
Chen, J. M.; Xu, S. L.; Wawrzak, Z.; Basarab, G. S.; Jordan, D. B. Biochemistry 1998, 37, 17735-17744.
-
(1998)
Biochemistry
, vol.37
, pp. 17735-17744
-
-
Chen, J.M.1
Xu, S.L.2
Wawrzak, Z.3
Basarab, G.S.4
Jordan, D.B.5
-
30
-
-
0032811591
-
-
Sleigh, S. H.; Seavers, P. R.; Wilkinson, A. J.; Ladbury, J. E.; Tame, J. R. H. J. Mol. Biol. 1999, 291, 393-415.
-
(1999)
J. Mol. Biol
, vol.291
, pp. 393-415
-
-
Sleigh, S.H.1
Seavers, P.R.2
Wilkinson, A.J.3
Ladbury, J.E.4
Tame, J.R.H.5
-
31
-
-
36549092795
-
-
Jorgensen, W. L.; Buckner, J. K.; Boudon, S.; Tirado-Rives, J. J. Chem. Phys. 1988, 89, 3742-3746.
-
(1988)
J. Chem. Phys
, vol.89
, pp. 3742-3746
-
-
Jorgensen, W.L.1
Buckner, J.K.2
Boudon, S.3
Tirado-Rives, J.4
-
35
-
-
0141682863
-
-
Boresch, S.; Tettinger, F.; Leitgeb, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9535-9551.
-
(2003)
J. Phys. Chem. B
, vol.107
, pp. 9535-9551
-
-
Boresch, S.1
Tettinger, F.2
Leitgeb, M.3
Karplus, M.4
-
37
-
-
0029757992
-
-
Roux, B.; Nina, M.; Pomes, R.; Smith, J. C. Biophys. J. 1996, 71, 670-681.
-
(1996)
Biophys. J
, vol.71
, pp. 670-681
-
-
Roux, B.1
Nina, M.2
Pomes, R.3
Smith, J.C.4
-
38
-
-
0004016501
-
-
Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
-
(1983)
J. Chem. Phys
, vol.79
, pp. 926-935
-
-
Jorgensen, W.L.1
Chandrasekhar, J.2
Madura, J.D.3
Impey, R.W.4
Klein, M.L.5
-
41
-
-
33748513468
-
-
Lu, Y.; Yang, C.-Y.; Wang, S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11830-11839.
-
(2006)
J. Am. Chem. Soc
, vol.128
, pp. 11830-11839
-
-
Lu, Y.1
Yang, C.-Y.2
Wang, S.3
-
43
-
-
0032898499
-
-
Trylska, J.; Antosiewicz, J.; Geller, M.; Hodge, C. N.; Klabe, R. M.; Head, M. S.; Gilson, M. K. Protein Sci. 1999, 8, 180-195.
-
(1999)
Protein Sci
, vol.8
, pp. 180-195
-
-
Trylska, J.1
Antosiewicz, J.2
Geller, M.3
Hodge, C.N.4
Klabe, R.M.5
Head, M.S.6
Gilson, M.K.7
-
44
-
-
0028114966
-
-
Yamazaki, T.; Nicholson, L. K.; Torchia, D. A.; Wingfield, P.; Stahl, S. J.; Kaufman, J. D.; Eyerman, C. J.; Hodge, C. N.; Lam, P. Y. S.; Ru, Y.; Jadhav, P. K.; Chang, C.; Weber, P. C. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 10791-10792.
-
(1994)
J. Am. Chem. Soc
, vol.116
, pp. 10791-10792
-
-
Yamazaki, T.1
Nicholson, L.K.2
Torchia, D.A.3
Wingfield, P.4
Stahl, S.J.5
Kaufman, J.D.6
Eyerman, C.J.7
Hodge, C.N.8
Lam, P.Y.S.9
Ru, Y.10
Jadhav, P.K.11
Chang, C.12
Weber, P.C.13
-
45
-
-
33847615072
-
-
Walters, M, Stahl, M. BABEL, version 1.6
-
Walters, M.; Stahl, M. BABEL, version 1.6. http://smog.com/chem/babel.
-
-
-
-
46
-
-
0001398008
-
-
Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 2l, 1049-1074.
-
(2000)
J. Comput. Chem
, vol.2 l
, pp. 1049-1074
-
-
Wang, J.1
Cieplak, P.2
Kollman, P.A.3
-
47
-
-
2942532422
-
-
Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174.
-
(2004)
J. Comput. Chem
, vol.25
, pp. 1157-1174
-
-
Wang, J.1
Wolf, R.M.2
Caldwell, J.W.3
Kollman, P.A.4
Case, D.A.5
-
48
-
-
0001041959
-
-
Jakalian, A.; Bush, B. L.; Jack, D. B.; Bayly, C. I. J. Comput. Chem. 2000, 21, 132-146.
-
(2000)
J. Comput. Chem
, vol.21
, pp. 132-146
-
-
Jakalian, A.1
Bush, B.L.2
Jack, D.B.3
Bayly, C.I.4
-
49
-
-
0036890178
-
-
Jakalian, A.; David, B. J.; Bayly, C. I. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1623-1641.
-
(2002)
J. Comput. Chem
, vol.23
, pp. 1623-1641
-
-
Jakalian, A.1
David, B.J.2
Bayly, C.I.3
-
50
-
-
33847664084
-
-
University of Southampton: Southampton, U.K
-
Woods, C. J. ProtoMC 1.0: University of Southampton: Southampton, U.K., 2003.
-
(2003)
ProtoMC 1.0
-
-
Woods, C.J.1
-
52
-
-
33847611413
-
-
DeLano Scientific: San Carlos, CA
-
DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System: DeLano Scientific: San Carlos, CA, 2002; http://www.pymol.org.
-
(2002)
-
-
DeLano, W.L.1
-
56
-
-
0033047007
-
-
Verdonk, M. L.; Cole, J. C.; Taylor, R. J. Mol. Biol. 1999, 289, 1093-1108.
-
(1999)
J. Mol. Biol
, vol.289
, pp. 1093-1108
-
-
Verdonk, M.L.1
Cole, J.C.2
Taylor, R.3
|