Homology modeling of G-Protein-Coupled receptors and implications in drug design

Current Medicinal Chemistry

Volumn 13, Issue 14, 2006, Pages 1667-1691

  Patny, Akshay ^a,b   Desai, Prashant V ^a,b   Avery, Mitchell A ^a,b  

^a UNIVERSITY OF MISSISSIPPI   (United States)

^b UNIVERSITY OF MISSISSIPPI   (United States)

Author keywords

Drug design; G protein coupled receptors; Homology modeling; Transmembrane domain

Indexed keywords

11 CIS RETINAL; 2 BENZHYDRYL 3 (2 METHOXYBENZYLAMINO) 1 AZABICYCLO[2.2.2]OCTANE; 8 (2,3,3A,4,5,6 HEXAHYDRO 1H PHENALEN 1 YL) 1 PHENYL 1,3,8 TRIAZASPIRO[4.5]DECAN 4 ONE; ADENOSINE A1 RECEPTOR; ADENOSINE A1 RECEPTOR AGONIST; ADENOSINE A2A RECEPTOR; ADENOSINE A3 RECEPTOR; ADENOSINE A3 RECEPTOR ANTAGONIST; ALPHA 1 ADRENERGIC RECEPTOR BLOCKING AGENT; ALPHA 1A ADRENERGIC RECEPTOR; ANGIOTENSIN 1 RECEPTOR; BACTERIORHODOPSIN; CANNABINOID 1 RECEPTOR; CANNABINOID 2 RECEPTOR; DOPAMINE 2 RECEPTOR; DOPAMINE 3 RECEPTOR BLOCKING AGENT; G PROTEIN COUPLED RECEPTOR; HEXAPEPTIDE; L 264930; L 363377; MELATONIN 1 RECEPTOR; MELATONIN 2 RECEPTOR; MU OPIATE RECEPTOR; NEUROKININ 1 RECEPTOR; NEUROKININ 1 RECEPTOR ANTAGONIST; PURINE P2Y1 RECEPTOR; RHODOPSIN; UNCLASSIFIED DRUG; VASOPRESSIN V2 RECEPTOR;

ARTICLE; BINDING SITE; BIOINFORMATICS; CRYSTAL STRUCTURE; DRUG DESIGN; DRUG IDENTIFICATION; DRUG POTENCY; DRUG PROTEIN BINDING; DRUG RESEARCH; DRUG SELECTIVITY; DRUG TARGETING; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; LIGAND BINDING; LIPID BILAYER; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MODEL; MONTE CARLO METHOD; NONHUMAN; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN MOTIF; PROTEIN STRUCTURE; QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION; SEQUENCE ALIGNMENT; SEQUENCE HOMOLOGY; SIGNAL TRANSDUCTION; THREE DIMENSIONAL IMAGING; VALIDATION PROCESS;

AMINO ACID SEQUENCE; DRUG DESIGN; HUMANS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; RECEPTORS, G-PROTEIN-COUPLED; SIGNAL TRANSDUCTION; STRUCTURAL HOMOLOGY, PROTEIN;

EID: 33744761830     PISSN: 09298673     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/092986706777442002     Document Type: Article

References (201)

1. Massotte, D.; Kieffer, B. L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 287.
2. Bockaert, J.; Claeysen, S.; Becamel, C.; Pinloche, S.; Dumuis, A. Int. Rev. Cytol. 2002, 212, 63.
3. Drews, J. Science 2000, 287, 1960.
4. Lundstrom, K. Trends Biotechnol. 2005, 23, 103.
5. Wise, A.; Gearing, K.; Rees, S. Drug Discov. Today 2002, 7, 235.
6. Takeda, S.; Kadowaki, S.; Haga, T.; Takaesu, H.; Mitaku, S. FEBS Lett. 2002, 520, 97.
7. Dunlop, J.; Eglen, R. M. Drug Discov. Today: Technol. 2004, 1, 61.
8. Oliveira, L.; Hulsen, T.; Lutje Hulsik, D.; Paiva, A. C.; Vriend, G. FEBS Lett. 2004, 564, 269.
9. Horn, F.; Bettler, E.; Oliveira, L.; Campagne, F.; Cohen, F. E.; Vriend, G. Nucl. Acids Res. 2003, 31, 294.
10. Horn, F.; Weare, J.; Beukers, M. W.; Horsch, S.; Bairoch, A.; Chen, W.; Edvardsen, O.; Campagne, F.; Vriend, G. Nucl. Acids Res. 1998, 26, 275.
11. Beukers, M. W.; Kristiansen, I.; AP, I. J.; Edvardsen, I. Trends Pharmacol. Sci. 1999, 20, 475.
12. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C. A.; Motoshima, H.; Fox, B. A.; Le Trong, I.; Teller, D. C.; Okada, T.; Stenkamp, R. E.; Yamamoto, M.; Miyano, M. Science 2000, 289, 739.
13. Gether, U. Endocr. Rev. 2000, 21, 90.
14. Fredriksson, R.; Lagerstrom, M. C.; Lundin, L. G.; Schioth, H. B. Mol. Pharmacol. 2003, 63, 1256.
15. Bissantz, C.; Logean, A.; Rognan, D. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 1162.
16. Ulrich, C. D., 2nd; Holtmann, M.; Miller, L. J. Gastroenterology 1998, 114, 382.
17. Kolakowski, L. F., Jr. Recept. Channels 1994, 2, 1.
18. O'Hara, P. J.; Sheppard, P. O.; Thogersen, H.; Venezia, D.; Haldeman, B. A.; McGrane, V.; Houamed, K. M.; Thomsen, C.; Gilbert, T. L.; Mulvihill, E. R. Neuron 1993, 11, 41.
19. Gasparini, F.; Kuhn, R.; Pin, J. P. Curr. Opin. Pharmacol. 2002, 2, 43.
20. Frimurer, T. M.; Bywater, R. P. Proteins 1999, 35, 375.
21. Sheikh, S. P.; Vilardarga, J. P.; Baranski, T. J.; Lichtarge, O.; Iiri, T.; Meng, E. C.; Nissenson, R. A.; Bourne, H. R. J. Biol. Chem. 1999, 274, 17033.
22. Lanyi, J. K. Nature 1995, 375, 461.
23. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
24. Ballesteros, J.; Palczewski, K. Curr. Opin. Drug Discov. Devel. 2001, 4, 561.
25. Becker, O. M.; Shacham, S.; Marantz, Y.; Noiman, S. Curr. Opin. Drug Discov. Devel. 2003, 6, 353.
26. Filipek S.; Teller, D. C.; Palczewski, K.; Stenkamp, R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 375.
27. Klabunde, T.; Hessler, G. Chembiochem 2002, 3, 928.
28. Okada, T.; Palczewski, K. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 420.
29. Visiers, I.; Ballesteros, J. A.; Weinstein, H. Methods Enzymol. 2002, 343, 329.
30. Henderson, R.; Schertler, G. F. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 1990, 326, 379.
31. Lanyi, J. K.; Luecke, H. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 415.
32. Baldwin, J. M. EMBO J. 1993, 12, 1963.
33. Schertler, G. F.; Villa, C.; Henderson, R. Nature 1993, 362, 770.
34. Unger, V. M.; Hargrave, P. A.; Baldwin, J. M.; Schertler, G. F. Nature 1997, 389, 203.
35. Unger, V. M.; Schertler, G. F. Biophys. J. 1995, 68, 1776.
36. Bramblett, R. D.; Panu, A. M.; Ballesteros, J. A.; Reggio, P. H. Life Sci. 1995, 56, 1971.
37. Filizola, M.; Perez, J. J.; Carteni-Farina, M. J. Comput. Aided Mol. Des. 1998, 12, 111.
38. Prusis, P.; Schioth, H. B.; Muceniece, R.; Herzyk, P.; Afshar, M.; Hubbard, R. E.; Wikberg, J. E. J. Mol. Graph. Model. 1997, 15, 307.
39. Teller, D. C.; Okada, T.; Behnke, C. A.; Palczewski, K.; Stenkamp, R. E. Biochemistry 2001, 40, 7761.
40. Archer, E.; Maigret, B., Escrieut, C.; Pradayrol, L.; Fourmy, D. Trends Pharmacol. Sci. 2003, 24, 36.
41. Bissantz, C.; Bernard, P.; Hibert, M.; Rognan, D. Proteins 2003, 50, 5.
42. Chambers, J. J.; Nichols, D. E. J. Comput. Aided Mol. Des. 2002, 16, 511.
43. Okada, T.; Fujiyoshi, Y.; Silow, M.; Navarro, J.; Landau, E. M.; Shichida, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 5982.
44. Okada, T.; Sugihara, M.; Bondar, A. N.; Elstner, M.; Entel, P.; Buss, V. J. Mol. Biol. 2004, 342, 571.
45. Ballesteros, J. A.; Weinstein, H., Methods in Neurosci. Integrated methods for the construction of three-dimensional models and computational probing of structure-function relations in G protein-coupled receptoprs. Academic Press, Inc.: San Diego, 1994; Vol. 25, pp. 366.
46. Stenkamp, R. E.; Teller, D. C.; Palczewski, K. Chembiochem 2002, 3, 963.
47. Visiers, I.; Braunheim, B. B.; Weinstein, H. Protein Eng. 2000, 13, 603.
48. Hwa, J.; Reeves, P. J.; Klein-Seetharaman, J.; Davidson, F.; Khorana, H. G. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 1932.
49. Kim, J. M.; Altenbach, C.; Thurmond, R. L.; Khorana, H. G.; Hubbell, W. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 14273.
50. Rao, V. R.; Oprian, D. D. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 287.
51. Hillisch, A.; Pineda, L. F.; Hilgenfeld, R. Drug Discov. Today 2004, 9, 659.
52. Godzik, A., Fold Recognition Methods. In Structural Bioinformatics (Bourne, P. E., Weissig, H.). 1st ed.; Wiley, John & Sons, Incorporated: 2003; pp. 525.
53. Lo Conte, L.; Brenner, S. E.; Hubbard, T. J.; Chothia, C.; Murzin, A. G. Nucl. Acids Res. 2002, 30, 264.
54. Holm, L.; Sander, C. Nucl. Acids Res. 1999, 27, 244.
55. Orengo, C. A.; Bray, J. E.; Buchan, D. W., Harrison, A.; Lee, D.; Pearl, F. M.; Sillitoe, I.; Todd, A. E.; Thornton, J. M. Proteomics 2002, 2, 11.
56. Marti-Renom, M. A.; Fiser, A.; Madhusudhan, M. S.; John, B.; Stuart, A.; Eswar, N.; Pieper, P.; Shen, M.-Y.; Sali, A. Current Protocols in Bioinformatics John Wiley & Sons, Inc. 2003, V. 5, 5.1.1.
57. Apostolico, A.; Giancarlo, R. J. Comput. Biol. 1998, 5, 173.
58. Pearson, W. R. Methods Enzymol. 1990, 183, 63.
59. Altschul, S. F.; Gish, W.; Miller, W.; Myers, E. W.; Lipman, D. J. J. Mol. Biol. 1990, 215, 403.
60. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucl. Acids Res. 1997, 25, 3389.
61. Karplus, K.; Barrett, C.; Hughey, R. Bioinformatics 1998, 14, 846.
62. Jones, D. T.; Taylor, W. R.; Thornton, J. M. Nature 1992, 358, 86.
63. Kelley, L. A.; MacCallum, R. M.; Sternberg, M. J. J. Mol. Biol. 2000, 299, 499.
64. Chothia, C.; Lesk, A. M. EMBO J. 1986, 5, 823.
65. Baker, D.; Sali, A. Science 2001, 294, 93.
66. Boeckler, F.; Lanig, H.; Gmeiner, P. J. Med. Chem. 2005, 48, 694.
67. Baldwin, J. M.; Schertler, G. F.; Unger, V. M. J. Mol. Biol. 1997, 272, 144.
68. Broer, B. M.; Gurrath, M.; Holtje, H. D. J. Comput. Aided Mol. Des. 2003, 17, 739.
69. Gutierrez-de-Teran, H.; Centeno, N. B.; Pastor, M.; Sanz, F. Proteins 2004, 54, 705.
70. Xie, X. Q.; Chen, J. Z.; Billings, E. M. Proteins 2003, 53, 307.
71. Thompson, J. D.; Gibson, T. J.; Plewniak, F.; Jeanmougin, F.; Higgins, D. G. Nucl. Acids Res. 1997, 25, 4876.
72. Costanzi, S.; Mamedova, L.; Gao, Z. G.; Jacobson, K. A. J. Med. Chem. 2004, 47, 5393.
73. Galtier, N.; Gouy, M.; Gautier, C. Comput. Appl. Biosci. 1996, 12, 543.
74. Mizuguchi, K.; Deane, C. M.; Blundell, T. L.; Johnson, M. S.; Overington, J. P. Bioinformatics 1998, 14, 617.
75. Montero, C.; Campillo, N. E.; Goya, P.; Paez, J. A. Eur. J. Med. Chem. 2005, 40, 75.
76. Nicholas, K. B.; Nicholas, H. B. J.; Deerfield, D. W. I., Genedoc, (http://www.psc.edu/biomed/genedoc/).
77. http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html Nucleic Acids Symp. Ser. 1999, 41, 95.
78. Persson, B.; Argos, P. J. Protein Chem. 1997, 16, 453.
79. http://us.expasy.org
80. http.//ch.embnet.org
81. Rost, B.; Sander, C. J. Mol. Biol. 1993, 232, 584.
82. Rost, B.; Sander, C. Proteins 1994, 20, 216.
83. Frishman, D.; Argos, P. Protein Eng. 1996, 9, 133.
84. Frishman, D.; Argos, F. Proteins 1997, 27, 329.
85. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157, 105.
86. Smith, R. F.; Wiese, B. A.; Wojzynski, M. K.; Davison, D. B.; Worley, K. C. Genome Res. 1996, 6, 454.
87. Henikoff, S.; Henikoff, J. G.; Alford, W.J.; Pietrokovski, S. Gene 1995, 163, GC17.
88. Thompson, J. D.; Higgins, D. G.; Gibson, T. J. Nucl. Acids Res. 1994, 22, 4673.
89. Corpet, F. Nucl. Acids Res. 1988, 16, 10881.
90. Bockaert, J.; Pin, J. P. EMBO J. 1999, 18, 1723.
91. Lavecchia, A.; Cosconati, S.; Novellino, E. J. Med. Chem. 2005, 48, 2480.
92. Baldwin, J. M. Curr. Opin. Cell Biol. 1994, 6, 180.
93. Schwartz, T. W. Curr. Opin. Biatechnol. 1994, 5, 434.
94. van Rhee, A. M.; Jacobson, K. A. Drug Dev. Res. 1996, 37, 1.
95. Perlman, J. H.; Colson, A. O.; Wang, W.; Bence, K.; Osman, R.; Gershengorn, M. C. J. Biol. Chem. 1997, 272, 11937.
96. Sealfon, S. C.; Chi, L.; Ebersole, B. J.; Rodic, V.; Zhang, D.; Ballesteros, J. A.; Weinstein, H. J. Biol. Chem. 1995, 270, 16683.
97. Zhou, W.; Flanagan, C.; Ballesteros, J. A.; Konvicka, K.; Davidson, J. S.; Weinstein, H.; Millar, R. P.; Sealfon, S. C. Mol. Pharmacol. 1994, 45, 165.
98. Javitch, J. A.; Fu, D.; Chen, J. Biochemistry 1995, 34, 16433.
99. Javitch, J. A.; Fu, D.; Liapakis, G.; Chen, J. J. Biol Chem. 1997, 272, 18546.
100. Javitch, J. A.; Li, X.; Kaback, J.; Karlin, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 10355.
101. Xu, W.; Li, J.; Chen, C.; Huang, P.; Weinstein, H.; Javitch, J. A.; Shi, L.; de Riel, J. K.; Liu-Chen, L. Y. Biochemistry 2001, 40, 8018.
102. Carrieri, A.; Centeno, N. B.; Rodrigo, J.; Sanz, F.; Carotti, A. Proteins 2001, 43, 382.
103. Sutcliffe, M. J.; Haneef, I.; Carney, D.; Blundell, T. L. Protein Eng. 1987, 1, 377.
104. Bruccoleri, R. E.; Karplus, M. Biopolymers 1990, 29, 1847.
105. Molsoft Inc., San Diego, CA, USA.
106. Accelrys Inc., San Diego, CA, USA.
107. Sali, A.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 234, 779.
108. Tripos Inc., St. Louis, MO, USA.
109. Bower, M. J.; Cohen, F. E.; Dunbrack, R. L., Jr. J. Mol. Biol. 1997, 267, 1268.
110. Mirkovic, N.; Marti-Renom, M. A.; Weber, B. L.; Sali, A.; Monteiro, A. N. Cancer Res. 2004, 64, 3790.
111. Vriend, G. J. Mol. Graph. Model. 1990, 8, 52.
112. Peitsch, M. C.; Jongeneel, C. V. Int. Immunol. 1993, 5, 233.
113. Schwede, T.; Kopp, J.; Guex, N.; Peitsch, M. C. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3381.
114. Moult, J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 285.
115. Peitsch, M. C.; Herzyk, P.; Wells, T. N.; Hubbard, R. E. Recept. Channels 1996, 4, 161.
116. Weber, I. T. Proteins 1990, 7, 172.
117. Fritze, O.; Filipek, S.; Kuksa, V.; Palczewski, K.; Hofmann, K. P.; Ernst, O. P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 2290.
118. Rosendorff, A.; Ebersole, B. J.; Sealfon, S. C. Brain Res. Mol. Brain Res. 2000, 84, 90.
119. Mirzadegan, T.; Benko, G.; Filipek, S.; Palczewski, K. Biochemistry 2003, 42, 2759.
120. Vriend, G. 7TM 1995, 5, (http://www.gpcr.org).
121. Rost, B.; Sander, C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 113.
122. Sankararamakrishnan, R.; Weinstein, H. Biophys. J. 2000, 79, 2331.
123. Fiser, A.; Do, R. K.; Sali, A. Protein Sci. 2000, 9, 1753.
124. Czaplewski, C.; Kazmierkiewicz, R.; Ciarkowski, J. J. Comput. Aided Mol. Des. 1998, 12, 275.
125. Rivara, S.; Lorenzi, S.; Mor, M.; Plazzi, P. V.; Spadoni, G.; Bedini, A.; Tarzia, G. J. Med. Chem. 2005, 48, 4049.
126. Shenkin, P. S.; Yarmush, D. L.; Fine, R. M.; Wang, H. J.; Levinthal, C. Biopolymers 1987, 26, 2053.
127. Salo, O. M.; Lahtela-Kakkonen, M.; Gynther, J.; Jarvinen, T.; Poso, A. J. Med. Chem. 2004, 47,3048.
128. Major, D. T.; Fischer, B. J. Med. Chem. 2004, 47, 4391.
129. Chothia, C.; Lesk, A. M.; Levitt, M.; Amit, A. G., Mariuzza, R. A.; Phillips, S. E.; Poljak, R. J. Science 1986, 233, 755.
130. Janin, J.; Chothia, C. Biochemistry 1978, 17, 2943.
131. Jacobson, M.; Sali, A. Annu. Rep. in Med Chem. 2004, 39, 259.
132. Chung, S. Y.; Subbiah, S. Pac. Symp. Biocomput. 1996, 126.
133. Miedlich, S. U.; Gama, L.; Seuwen, K.; Wolf, R. M.; Breitwieser, G. E. J. Biol. Chem. 2004, 279, 7254.
134. Kim, S. K.; Gao, Z. G.; Van Rompaey, P.; Gross, A. S.; Chen, A.; Van Calenbergh, S.; Jacobson, K. A. J. Med. Chem. 2003, 46, 4847.
135. Zhang, Y.; Sham, Y. Y.; Rajamani, R.; Gao, J.; Portoghese, P. S. Chembiochem 2005, 6, 853.
136. Czaplewski, C.; Pasenkiewicz-Gierula, M.; Ciarkowski, J. Intern. J. Quantum Chem. 1999, 73, 61.
137. Gao, Z. G.; Kim, S. K.; Biadatti, T.; Chen, W.; Lee, K.; Barak, D.; Kim, S. G.; Johnson, C. R.; Jacobson, K. A. J. Med. Chem. 2002, 45, 4471.
138. Jacobson, K. A.; Gao, Z. G.; Chen, A.; Barak, D.; Kim, S. A.; Lee, K.; Link, A.; Rompaey, P. V.; van Calenbergh, S.; Liang, B. T. J. Med. Chem. 2001, 44, 4125.
139. Patny, A.; Desai, P. V.; Avery, M. A. Abstracts of Papers, 230th ACS National Meeting, Washington, DC, United States, Aug. 28-Sept. 1, 2005 2005, MEDI.
140. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
141. Strahs, D.; Weinstein, H. Protein Eng. 1997, 10, 1019.
142. Ponder, J. W.; Case, D. A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27.
143. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; DeBolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comp. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
144. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comp. Chem. 1983, 4, 187.
145. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
146. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
147. Dauber-Osguthorpe, P.; Roberts, V. A.; Osguthorpe, D. J.; Wolff, J.; Genest, M.; Hagler, A. T. Proteins 1988, 4, 31.
148. Maple, J. R.; Dinur, U.; Hagler, A. T. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988, 85, 5350.
149. Schlegel, B.; Sippl, W.; Holtje, H. D. J. Mol. Model. (Online) 2005, 12, 49.
150. Wilson, M. H.; Highfield, H. A.; Limbird, L. E. Mol. Pharmacol. 2001, 59, 929.
151. Clark, M., Cramer, R. D., III; Van Opdenbosch, N. J. Comp. Chem. 1989, 10, 982.
152. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comp. Phys. 1977, 23, 327.
153. Andersen, H. C. J. Comput. Phys. 1983, 52, 24.
154. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
155. Halgren, T. A. J. Comp. Chem. 1996, 17, 490.
156. Mohamadi, F.; Richards, N. G. J.; Guida, W. C.; Liskamp, R.; Lipton, M.; Caufield, C.; Chang, G.; Hendrickson, T.; Still, W. C. J. Comp. Chem. 1990, 11, 440.
157. Kate, L.; Skeel, R.; Bhandarkar, M.; Brunner, R.; Gursoy, A.; Krawetz, N.; Phillips, J.; Shinozaki, A.; Varadarajan, K.; Schulten, K. J. Comp. Phys. 1999, 151, 283.
158. Pedretti, A.; Elena Silva, M.; Villa, L.; Vistoli, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004, 319, 493.
159. Laskowski, R. A.; MacArthur, M. W.; Thornton, J. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 631.
160. Laskowski, R. A.; Rullmannn, J. A.; MacArthur, M. W.; Kaptein, R.; Thornton, J. M. J. Biomol. NMR 1996, 8, 477.
161. Oldfield, T. J. J. Mol. Graph. Model. 1992, 10, 247.
162. Hooft, R. W.; Sander, C.; Vriend, G. Proteins 1996, 26, 363.
163. Luthy, R.; Bowie, J. U.; Eisenberg, D. Nature 1992, 356, 83.
164. Ramachandran, G. N.; Ramakrishnan, C.; Sasisekkharan, V. J. Mol. Biol. 1963, 7, 95.
165. Laskowski, R. A. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 221.
166. Walther, D. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 274.
167. Lovell, S. C.; Davis, I. W.; Arendall, W. B., 3rd; de Bakker, P. I.; Word, J. M.; Prisant, M. G.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Proteins 2003, 50, 437.
168. Sheik, S. S.; Sundararajan, P.; Hussain, A. S.; Sekar, K. Bioinformatics 2002, 18, 1548.
169. Botelho, A. V.; Gibson, N. J.; Thurmond, R. L.; Wang, Y.; Brown, M. F. Biochemistry 2002, 41, 6354.
170. Efremov, R. G.; Nolde, D. E.; Vergoten, G.; Arseniev, A. S. Biophys. J. 1999, 76, 2460.
171. Iadanza, M.; Holtje, M.; Ronsisvalle, G.; Holtje, H. D. J. Med. Chem. 2002, 45, 4838.
172. Trent, J. O.; Wang, Z. X.; Murray, J. L.; Shao, W.; Tamamura, H.; Fujii, N.; Peiper, S. C. J. Biol. Chem. 2003, 278, 47136.
173. Varady, J.; Wu, X.; Fang, X.; Min, J.; Hu, Z.; Levant, B.; Wang, S. J. Med. Chem. 2003, 46, 4377.
174. Mehler, E. L.; Periole, X.; Hassan, S. A.; Weinstein, H. J. Comput. Aided Mol. Des. 2002, 16, 841.
175. Mander, T. Drug Discov. Today 2000, 5, 223.
176. Fox, S.; Farr-Jones, S.; Yund, M. A. J. Biomol. Screen. 1999, 4, 183.
177. Young, S.; Li, J. Innov. Pharm. Tech. 2000, 00, 24.
178. Mason, J. S.; Hermsmeier, M. A. Curr. Opin. Chem. Biol. 1999, 3, 342.
179. Felder, C. C.; Bymaster, F. P.; Ward, J.; DeLapp, N. J. Med. Chem. 2000, 43, 4333.
180. Evers, A.; Gohlke, H.; Klebe, G. J. Mol. Biol. 2003, 334, 327.
181. Evers, A.; Klebe, G. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2004, 43, 248.
182. Evers, A.; Klabunde, T. J. Med. Chem. 2005, 48, 1088.
183. Chemical Computing Group, Montreal, Canada.
184. Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C. J. Mol. Biol. 1995, 245, 43.
185. Verdonk, M. L.; Cole, J. C.; Hartshorn, M. J.; Murray, C. W.; Taylor, R. D. Proteins 2003, 52, 609.
186. Rohrer, S. P.; Birzin, E. T.; Mosley, R. T.; Berk, S. C.; Hutchins, S. M.; Shen, D. M.; Xiong, Y.; Hayes, E. C.; Parmar, R. M.; Foor, F.; Mitra, S. W.; Degrado, S. J.; Shu, M.; Klopp, J. M.; Cai, S. J.; Blake, A.; Chan, W. W.; Pasternak, A.; Yang, L.; Patchett, A. A.; Smith, R. G.; Chapman, K. T.; Schaeffer, J. M. Science 1998, 282, 737.
187. Flohr, S.; Kurz, M.; Kostenis, E.; Brkovich, A.; Fournier, A.; Klabunde, T. J. Med. Chem. 2002, 45, 1799.
188. Bromidge, S. M.; Dabbs, S.; Davies, D. T.; Duckworth, D. M.; Forbes, I. T.; Ham, P.; Jones, G. E.; King, F. D.; Saunders, D. V.; Starr, S.; Thewlis, K. M.; Wyman, P. A.; Blaney, F. E.; Naylor, C. B.; Bailey, F.; Blackburn, T. P.; Holland, V.; Kennett, G. A.; Riley, G. J.; Wood, M. D. J. Med. Chem. 1998, 41, 1598.
189. Moro, S.; Spalluto, G.; Jacobson, K. A. Trends Pharmacol. Sci. 2005, 26, 44.
190. Nikiforovich, G. V.; Galaktionov, S.; Balodis, J.; Marshall, G. R. Acta Biochim. Pol. 2001, 48, 53.
191. Vaidehi, N.; Floriano, W. B.; Trabanino, R.; Hall, S. E.; Freddolino, P.; Choi, E. J.; Zamanakos, G.; Goddard, W. A., 3rd Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 12622.
192. Shacham, S.; Topf, M.; Avisar, N.; Glaser, F.; Marantz, Y.; Bar-Haim, S.; Noiman, S.; Naor, Z.; Becker, O. M. Med. Res. Rev. 2001, 21, 472.
193. Pogozheva, I. D.; Lomize, A. L.; Mosberg, H. I. Biophys. J. 1998, 75, 612.
194. Bissantz, C. J. Recept. Signal Transduct. Res. 2003, 23, 123.
195. Nikiforovich, G. V.; Marshall, G. R. Biochemistry 2003, 42, 9110.
196. Furse, K. E.; Lybrand, T. P. J. Med. Chem. 2003, 46, 4450.
197. Gouldson, P. R.; Kidley, N. J.; Bywater, R. P.; Psaroudakis, G.; Brooks, H. D.; Diaz, C.; Shire, D.; Reynolds, C. A. Proteins 2004, 56, 67.
198. Daniels, D. J.; Lenard, N. R.; Etienne, C. L.; Law, P. Y.; Roerig, S. C.; Portoghese, P. S. Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102, 19208.
199. Waldhoer, M.; Fong, J.; Jones, R. M.; Lunzer, M. M.; Sharma, S. K.; Kostenis, E.; Portoghese, P. S.; Whistler, J. L. Proc. Natl Acad Sci USA 2005, 102, 9050.
200. Filizola, M.; Weinstein, H. FEBS J. 2005, 272, 2926.
201. Kim, S. K.; Jacobson, K. A. Abstracts of Papers, 230th ACS National Meeting, Washington, DC, United States, Aug. 28-Sept. 1, 2005 2005, COMP.