Microfluidics for genome-wide studies involving next generation sequencing

Biomicrofluidics

Volumn 11, Issue 2, 2017, Pages

  Ma, Sai ^a   Murphy, Travis W ^a   Lu, Chang ^a  

^a State University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GENES; MOLECULAR BIOLOGY;

MICROFLUIDIC TECHNOLOGIES; NEXT-GENERATION SEQUENCING; PRIMARY CELLS; RAPID GROWTH; RECENT PROGRESS; SINGLECELL ANALYSIS; TECHNICAL ASPECTS;

MICROFLUIDICS;

EID: 85016136048     PISSN: 19321058     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.4978426     Document Type: Article

References (203)

1. T. Kalisky and S. R. Quake, Nat. Methods 8(4), 311-314 (2011).
2. A.-E. Saliba, A. J. Westermann, S. A. Gorski, and J. Vogel, Nucl. Acids Res. 42(14), 8845-8860 (2014).
3. T. Nawy, Nat. Methods 11(1), 18 (2014).
4. A. R. Wu, N. F. Neff, T. Kalisky, P. Dalerba, B. Treutlein, M. E. Rothenberg, F. M. Mburu, G. L. Mantalas, S. Sim, M. F. Clarke, and S. R. Quake, Nat. Methods 11(1), 41-46 (2014).
5. T. Kalisky, P. Blainey, and S. R. Quake, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 45, 431-445 (2011).
6. C. Gawad, W. Koh, and S. R. Quake, Nat. Rev. Genet. 17(3), 175-188 (2016).
7. S. Ma, B. Schroeder, C. Sun, D. N. Loufakis, Z. Cao, N. Sriranganathan, and C. Lu, Integr. Biol. 6(10), 973-978 (2014).
8. C. Sun, M. Ouyang, Z. Cao, S. Ma, H. Alqublan, N. Sriranganathan, Y. Wang, and C. Lu, Chem. Commun. 50(78), 11536-11539 (2014).
9. T. Geng and C. Lu, Lab Chip 13(19), 3803-3821 (2013).
10. C. Sun, Y. P. Hsieh, S. Ma, S. Geng, Z. Cao, L. Li, and C. Lu, Sci. Rep. 7, 40632 (2017).
11. Z. Cao, S. Geng, L. Li, and C. Lu, Chem. Sci. 5(6), 2530-2535 (2014).
12. C. Sun, H. Hassanisaber, R. Yu, S. Ma, S. S. Verbridge, and C. Lu, Sci. Rep. 6, 29407 (2016).
13. D. N. Loufakis, Z. Cao, S. Ma, D. Mittelman, and C. Lu, Chem. Sci. 5(8), 3331-3337 (2014).
14. Y. Zhan, Z. Cao, N. Bao, J. Li, J. Wang, T. Geng, H. Lin, and C. Lu, J. Controlled Release 160(3), 570-576 (2012).
15. F. Chen, Y. Zhan, T. Geng, H. Lian, P. Xu, and C. Lu, Anal. Chem. 83(22), 8816-8820 (2011).
16. J. Wang, N. Bao, L. L. Paris, H.-Y. Wang, R. L. Geahlen, and C. Lu, Anal. Chem. 80(4), 1087-1093 (2008).
17. J. Lee, S. A. Soper, and K. K. Murray, J. Mass Spectrom. 44(5), 579-593 (2009).
18. D. Figeys and D. Pinto, Electrophoresis 22(2), 208-216 (2001).
19. D. L. DeVoe and C. S. Lee, Electrophoresis 27(18), 3559-3568 (2006).
20. J. Lee, S. A. Soper, and K. K. Murray, Anal. Chim. Acta 649(2), 180-190 (2009).
21. T.-C. Chao and N. Hansmeier, Proteomics 13(3-4), 467-479 (2013).
22. T. A. Duncombe, A. M. Tentori, and A. E. Herr, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 16(9), 554-567 (2015).
23. R. N. Zare and S. Kim, Annu. Rev. Biomed. Eng. 12, 187-201 (2010).
24. S. Hosic, S. K. Murthy, and A. N. Koppes, Anal. Chem. 88(1), 354-380 (2016).
25. S. Ma, Y. Tang, J. Liu, and J. Wu, Talanta 120, 135-140 (2014).
26. M. L. Metzker, Nat. Rev. Genet. 11(1), 31-46 (2010).
27. E. R. Mardis, Trends Genet. 24(3), 133-141 (2008).
28. C. F. de Bourcy, I. De Vlaminck, J. N. Kanbar, J. Wang, C. Gawad, and S. R. Quake, PLoS One 9(8), e105585 (2014).
29. H. Kuivaniemi, S. Yoon, H. Shibamura, M. Skunca, S. Vongpunsawad, and G. Tromp, Clin. Chem. 48(9), 1601-1603 (2002).
30. L. Zhang, X. Cui, K. Schmitt, R. Hubert, W. Navidi, and N. Arnheim, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89(13), 5847-5851 (1992).
31. K. Sermon, W. Lissens, H. Joris, A. Van Steirteghem, and I. Liebaers, Mol. Hum. Reprod. 2(3), 209-212 (1996).
32. H. Telenius, N. P. Carter, C. E. Bebb, M. Nordenskjold, B. A. Ponder, and A. Tunnacliffe, Genomics 13(3), 718-725 (1992).
33. Y.-m. Zheng, N. Wang, L. Li, and F. Jin, J. Zhejiang Univ., Sci., B 12(1), 1-11 (2011).
34. J. A. Nicklas and E. Buel, Anal. Bioanal. Chem. 376(8), 1160-1167 (2003).
35. R. S. Lasken, Curr. Opin. Microbiol. 10(5), 510-516 (2007).
36. S. Hosono, A. F. Faruqi, F. B. Dean, Y. Du, Z. Sun, X. Wu, J. Du, S. F. Kingsmore, M. Egholm, and R. S. Lasken, Genome Res. 13(5), 954-964 (2003).
37. F. B. Dean, S. Hosono, L. Fang, X. Wu, A. F. Faruqi, P. Bray-Ward, Z. Sun, Q. Zong, Y. Du, J. Du, M. Driscoll, W. Song, S. F. Kingsmore, M. Egholm, and R. S. Lasken, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99(8), 5261-5266 (2002).
38. J. P. Langmore, Pharmacogenomics 3(4), 557-560 (2002).
39. T. Kurihara, E. Kamberov, J. M'Mwirichia, T. Tesmer, D. Oldfield, and J. Langmore, J. Biomol. Tech. 22, 51 (2011).
40. T. Tesmer, S. Yerramilli, M. Carey, J. Langmore, M. Carroll, and E. Kamberov, J. Biomol. Tech. 25, 18 (2014).
41. S. Lu, C. Zong, W. Fan, M. Yang, J. Li, A. R. Chapman, P. Zhu, X. Hu, L. Xu, L. Yan, F. Bai, J. Qiao, F. Tang, R. Li, and X. S. Xie, Science 338(6114), 1627-1630 (2012).
42. C. Zong, S. Lu, A. R. Chapman, and X. S. Xie, Science 338(6114), 1622-1626 (2012).
43. L. Lovmar, M. Fredriksson, U. Liljedahl, S. Sigurdsson, and A.-C. Syvanen, Nucl. Acids Res. 31(21), e129 (2003).
44. R. S. Lasken and M. Egholm, Trends Biotechnol. 21(12), 531-535 (2003).
45. M. Chen, P. Song, D. Zou, X. Hu, S. Zhao, S. Gao, and F. Ling, PLoS One 9(12), e114520 (2014).
46. Y. Fu, C. Li, S. Lu, W. Zhou, F. Tang, X. S. Xie, and Y. Huang, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 112(38), 11923-11928 (2015).
47. L. Huang, F. Ma, A. Chapman, S. Lu, and X. S. Xie, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 16, 79-102 (2015).
48. Y. Marcy, T. Ishoey, R. S. Lasken, T. B. Stockwell, B. P. Walenz, A. L. Halpern, K. Y. Beeson, S. M. Goldberg, and S. R. Quake, PLoS Genet. 3(9), 1702-1708 (2007).
49. Y. Marcy, C. Ouverney, E. M. Bik, T. Losekann, N. Ivanova, H. G. Martin, E. Szeto, D. Platt, P. Hugenholtz, D. A. Relman, and S. R. Quake, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104(29), 11889-11894 (2007).
50. K. E. Szulwach, P. Chen, X. Wang, J. Wang, L. S. Weaver, M. L. Gonzales, G. Sun, M. A. Unger, and R. Ramakrishnan, PLoS One 10(8), e0135007 (2015).
51. C. Gawad, W. Koh, and S. R. Quake, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111(50), 17947-17952 (2014).
52. J. Gole, A. Gore, A. Richards, Y.-J. Chiu, H.-L. Fung, D. Bushman, H.-I. Chiang, J. Chun, Y.-H. Lo, and K. Zhang, Nat. Biotechnol. 31(12), 1126-1132 (2013).
53. L. Xu, I. L. Brito, E. J. Alm, and P. C. Blainey, Nat. Methods 13(9), 759-762 (2016).
54. K. Leung, H. Zahn, T. Leaver, K. M. Konwar, N. W. Hanson, A. P. Pagé, C.-C. Lo, P. S. Chain, S. J. Hallam, and C. L. Hansen, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109(20), 7665-7670 (2012).
55. Z. Yu, S. Lu, and Y. Huang, Anal. Chem. 86(19), 9386-9390 (2014).
56. E. A. Ottesen, J. W. Hong, S. R. Quake, and J. R. Leadbetter, Science 314(5804), 1464-1467 (2006).
57. A. D. Tadmor, E. A. Ottesen, J. R. Leadbetter, and R. Phillips, Science 333(6038), 58-62 (2011).
58. J. A. Esteban, M. Salas, and L. Blanco, J. Biol. Chem. 268(4), 2719-2726 (1993).
59. N. Shukla, N. Ameur, I. Yilmaz, K. Nafa, C.-Y. Lau, A. Marchetti, L. Borsu, F. G. Barr, and M. Ladanyi, Clin. Cancer Res. 18(3), 748-757 (2012).
60. M. A. Gitcho, R. H. Baloh, S. Chakraverty, K. Mayo, J. B. Norton, D. Levitch, K. J. Hatanpaa, C. L. White, E. H. Bigio, and R. Caselli, Ann. Neurol. 63(4), 535-538 (2008).
61. P. C. Blainey, A. C. Mosier, A. Potanina, C. A. Francis, and S. R. Quake, PLoS One 6(2), e16626 (2011).
62. J. Wang, H. C. Fan, B. Behr, and S. R. Quake, Cell 150(2), 402-412 (2012).
63. P. C. Blainey and S. R. Quake, Nucl. Acids Res. 39(4), e19 (2011).
64. H. C. Fan, J. Wang, A. Potanina, and S. R. Quake, Nat. Biotechnol. 29(1), 51-57 (2011).
65. S.-Y. Teh, R. Lin, L.-H. Hung, and A. P. Lee, Lab Chip 8(2), 198-220 (2008).
66. Y. Nishikawa, M. Hosokawa, T. Maruyama, K. Yamagishi, T. Mori, and H. Takeyama, PLoS One 10(9), e0138733 (2015).
67. A. M. Sidore, F. Lan, S. W. Lim, and A. R. Abate, Nucl. Acids Res. 44(7), e66 (2015).
68. M. Rhee, Y. K. Light, R. J. Meagher, and A. K. Singh, PLoS One 11(5), e0153699 (2016).
69. F. Lan, J. R. Haliburton, A. Yuan, and A. R. Abate, Nat. Commun. 7, 11784 (2016).
70. E. F. Kirkness, Nat. Biotechnol. 27(11), 998-999 (2009).
71. L. Mamanova, A. J. Coffey, C. E. Scott, I. Kozarewa, E. H. Turner, A. Kumar, E. Howard, J. Shendure, and D. J. Turner, Nat. Methods 7(2), 111-118 (2010).
72. D. Summerer, Genomics 94(6), 363-368 (2009).
73. R. Tewhey, J. B. Warner, M. Nakano, B. Libby, M. Medkova, P. H. David, S. K. Kotsopoulos, M. L. Samuels, J. B. Hutchison, and J. W. Larson, Nat. Biotechnol. 27(11), 1025-1031 (2009).
74. N. Blow, Nat. Methods 6(7), 539-544 (2009).
75. O. Harismendy, R. B. Schwab, L. Bao, J. Olson, S. Rozenzhak, S. K. Kotsopoulos, S. Pond, B. Crain, M. S. Chee, K. Messer, D. R. Link, and K. A. Frazer, Genome Biol. 12(12), R124-R124 (2011).
76. T. Forshew, M. Murtaza, C. Parkinson, D. Gale, D. W. Tsui, F. Kaper, S. J. Dawson, A. M. Piskorz, M. Jimenez-Linan, D. Bentley, J. Hadfield, A. P. May, C. Caldas, J. D. Brenton, and N. Rosenfeld, Sci. Transl. Med. 4(136), 136ra168 (2012).
77. J. B. Hiatt, C. C. Pritchard, S. J. Salipante, B. J. O'Roak, and J. Shendure, Genome Res. 23(5), 843-854 (2013).
78. L. G. Carrascosa, A. A. Sina, R. Palanisamy, B. Sepulveda, M. A. Otte, S. Rauf, M. J. Shiddiky, and M. Trau, Chem. Commun. 50(27), 3585-3588 (2014).
79. D. T. Okou, K. M. Steinberg, C. Middle, D. J. Cutler, T. J. Albert, and M. E. Zwick, Nat. Methods 4(11), 907-909 (2007).
80. E. Hodges, Z. Xuan, V. Balija, M. Kramer, M. N. Molla, S. W. Smith, C. M. Middle, M. J. Rodesch, T. J. Albert, G. J. Hannon, and W. R. McCombie, Nat. Genet. 39(12), 1522-1527 (2007).
81. A. Gnirke, A. Melnikov, J. Maguire, P. Rogov, E. M. LeProust, W. Brockman, T. Fennell, G. Giannoukos, S. Fisher, C. Russ, S. Gabriel, D. B. Jaffe, E. S. Lander, and C. Nusbaum, Nat. Biotechnol. 27(2), 182-189 (2009).
82. G. García-García, D. Baux, V. Faugére, M. Moclyn, M. Koenig, M. Claustres, and A.-F. Roux, Sci. Rep. 6, 20948 (2016).
83. K. Bodi, A. G. Perera, P. S. Adams, D. Bintzler, K. Dewar, D. S. Grove, J. Kieleczawa, R. H. Lyons, T. A. Neubert, A. C. Noll, S. Singh, R. Steen, and M. Zianni, J. Biomol. Tech. 24(2), 73-86 (2013).
84. R. C. Anderson, X. Su, G. J. Bogdan, and J. Fenton, Nucl. Acids Res. 28(12), E60 (2000).
85. A. K. White, M. VanInsberghe, O. I. Petriv, M. Hamidi, D. Sikorski, M. A. Marra, J. Piret, S. Aparicio, and C. L. Hansen, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108(34), 13999-14004 (2011).
86. P. Dalerba, T. Kalisky, D. Sahoo, P. S. Rajendran, M. E. Rothenberg, A. A. Leyrat, S. Sim, J. Okamoto, D. M. Johnston, D. Qian, M. Zabala, J. Bueno, N. F. Neff, J. Wang, A. A. Shelton, B. Visser, S. Hisamori, Y. Shimono, M. van de Wetering, H. Clevers, M. F. Clarke, and S. R. Quake, Nat. Biotechnol. 29(12), 1120-1127 (2011).
87. R. Zhang, X. Li, G. Ramaswami, K. S. Smith, G. Turecki, S. B. Montgomery, and J. B. Li, Nat. Methods 11(1), 51-54 (2014).
88. J. S. Marcus, W. F. Anderson, and S. R. Quake, Anal. Chem. 78(9), 3084-3089 (2006).
89. J. W. Hong, V. Studer, G. Hang, W. F. Anderson, and S. R. Quake, Nat. Biotechnol. 22(4), 435-439 (2004).
90. J. F. Zhong, Y. Chen, J. S. Marcus, A. Scherer, S. R. Quake, C. R. Taylor, and L. P. Weiner, Lab Chip 8(1), 68-74 (2008).
91. J. G. Kralj, A. Player, H. Sedrick, M. S. Munson, D. Petersen, S. P. Forry, P. Meltzer, E. Kawasaki, and L. E. Locascio, Lab Chip 9(7), 917-924 (2009).
92. N. Han, J. H. Shin, and K.-H. Han, RSC Adv. 4(18), 9160-9165 (2014).
93. J. Eberwine, H. Yeh, K. Miyashiro, Y. Cao, S. Nair, R. Finnell, M. Zettel, and P. Coleman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89(7), 3010-3014 (1992).
94. F. Tang, C. Barbacioru, Y. Wang, E. Nordman, C. Lee, N. Xu, X. Wang, J. Bodeau, B. B. Tuch, A. Siddiqui, K. Lao, and M. A. Surani, Nat. Methods 6(5), 377-382 (2009).
95. T. Hashimshony, F. Wagner, N. Sher, and I. Yanai, Cell Rep. 2(3), 666-673 (2012).
96. Y. Sasagawa, I. Nikaido, T. Hayashi, H. Danno, K. D. Uno, T. Imai, and H. R. Ueda, Genome Biol. 14(4), R31 (2013).
97. A. R. Chapman, Z. He, S. Lu, J. Yong, L. Tan, F. Tang, and X. S. Xie, PLoS One 10(3), e0120889 (2015).
98. X. Pan, R. E. Durrett, H. Zhu, Y. Tanaka, Y. Li, X. Zi, S. L. Marjani, G. Euskirchen, C. Ma, R. H. LaMotte, I.-H. Park, M. P. Snyder, C. E. Mason, and S. M. Weissman, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110(2), 594-599 (2013).
99. H. C. Fan, G. K. Fu, and S. P. A. Fodor, Science 347(6222), 1258367 (2015).
100. S. Bose, Z. Wan, A. Carr, A. H. Rizvi, G. Vieira, D. Pe'er, and P. A. Sims, Genome Biol. 16(1), 120 (2015).
101. A. Rotem, O. Ram, N. Shoresh, R. A. Sperling, M. Schnall-Levin, H. Zhang, A. Basu, B. E. Bernstein, and D. A. Weitz, PLoS One 10(5), e0116328 (2015).
102. A. M. Klein, L. Mazutis, I. Akartuna, N. Tallapragada, A. Veres, V. Li, L. Peshkin, D. A. Weitz, and M. W. Kirschner, Cell 161(5), 1187-1201 (2015).
103. E. Z. Macosko, A. Basu, R. Satija, J. Nemesh, K. Shekhar, M. Goldman, I. Tirosh, A. R. Bialas, N. Kamitaki, E. M. Martersteck, J. J. Trombetta, D. A. Weitz, J. R. Sanes, A. K. Shalek, A. Regev, and S. A. McCarroll, Cell 161(5), 1202-1214 (2015).
104. V. Nygaard and E. Hovig, Nucl. Acids Res. 34(3), 996-1014 (2006).
105. F. Ozsolak and P. M. Milos, Nat. Rev. Genet. 12(2), 87-98 (2011).
106. R. N. Van Gelder, M. E. von Zastrow, A. Yool, W. C. Dement, J. D. Barchas, and J. H. Eberwine, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87(5), 1663-1667 (1990).
107. A. M. Streets, X. Zhang, C. Cao, Y. Pang, X. Wu, L. Xiong, L. Yang, Y. Fu, L. Zhao, F. Tang, and Y. Huang, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111(19), 7048-7053 (2014).
108. W. M. Schmidt and M. W. Mueller, Nucl. Acids Res. 27(21), e31 (1999).
109. S. Islam, U. Kjallquist, A. Moliner, P. Zajac, J. B. Fan, P. Lonnerberg, and S. Linnarsson, Genome Res. 21(7), 1160-1167 (2011).
110. D. Ramskold, S. Luo, Y. C. Wang, R. Li, Q. Deng, O. R. Faridani, G. A. Daniels, I. Khrebtukova, J. F. Loring, L. C. Laurent, G. P. Schroth, and R. Sandberg, Nat. Biotechnol. 30(8), 777-782 (2012).
111. S. Picelli, A. K. Bjorklund, O. R. Faridani, S. Sagasser, G. Winberg, and R. Sandberg, Nat. Methods 10(11), 1096-1098 (2013).
112. S. Darmanis, S. A. Sloan, Y. Zhang, M. Enge, C. Caneda, L. M. Shuer, M. G. Hayden Gephart, B. A. Barres, and S. R. Quake, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 112(23), 7285-7290 (2015).
113. A. A. Pollen, T. J. Nowakowski, J. Shuga, X. Wang, A. A. Leyrat, J. H. Lui, N. Li, L. Szpankowski, B. Fowler, P. Chen, N. Ramalingam, G. Sun, M. Thu, M. Norris, R. Lebofsky, D. Toppani, D. W. Kemp Ii, M. Wong, B. Clerkson, B. N. Jones, S. Wu, L. Knutsson, B. Alvarado, J. Wang, L. S. Weaver, A. P. May, R. C. Jones, M. A. Unger, A. R. Kriegstein, and J. A. A. West, Nat. Biotechnol. 32(10), 1053-1058 (2014).
114. A. K. Shalek, R. Satija, J. Shuga, J. J. Trombetta, D. Gennert, D. Lu, P. Chen, R. S. Gertner, J. T. Gaublomme, and N. Yosef, Nature 510(7505), 363-369 (2014).
115. Y. Hu, K. Huang, Q. An, G. Du, G. Hu, J. Xue, X. Zhu, C.-Y. Wang, Z. Xue, and G. Fan, Genome Biol. 17(1), 1-11 (2016).
116. Y. Hou, H. Guo, C. Cao, X. Li, B. Hu, P. Zhu, X. Wu, L. Wen, F. Tang, Y. Huang, and J. Peng, Cell Res. 26(3), 304-319 (2016).
117. L. Han, X. Zi, L. X. Garmire, Y. Wu, S. M. Weissman, X. Pan, and R. Fan, Sci. Rep. 4, 6485 (2014).
118. I. C. Macaulay, W. Haerty, P. Kumar, Y. I. Li, T. X. Hu, M. J. Teng, M. Goolam, N. Saurat, P. Coupland, L. M. Shirley, M. Smith, N. Van der Aa, R. Banerjee, P. D. Ellis, M. A. Quail, H. P. Swerdlow, M. Zernicka-Goetz, F. J. Livesey, C. P. Ponting, and T. Voet, Nat. Methods 12(6), 519-522 (2015).
119. S. S. Dey, L. Kester, B. Spanjaard, M. Bienko, and A. van Oudenaarden, Nat. Biotechnol. 33(3), 285-289 (2015).
120. D. E. Handy, R. Castro, and J. Loscalzo, Circulation 123(19), 2145-2156 (2011).
121. R. Lister, E. A. Mukamel, J. R. Nery, M. Urich, C. A. Puddifoot, N. D. Johnson, J. Lucero, Y. Huang, A. J. Dwork, M. D. Schultz, M. Yu, J. Tonti-Filippini, H. Heyn, S. Hu, J. C. Wu, A. Rao, M. Esteller, C. He, F. G. Haghighi, T. J. Sejnowski, M. M. Behrens, and J. R. Ecker, Science 341(6146), 1237905 (2013).
122. S. Sharma, T. K. Kelly, and P. A. Jones, Carcinogenesis 31(1), 27-36 (2010).
123. H. J. Oh, J. Y. Park, S. E. Park, B. Y. Lee, J. S. Park, S.-K. Kim, T. J. Yoon, and S.-H. Lee, Anal. Chem. 81(8), 2832-2839 (2009).
124. A. R. Wu, J. B. Hiatt, R. Lu, J. L. Attema, N. A. Lobo, I. L. Weissman, M. F. Clarke, and S. R. Quake, Lab Chip 9(10), 1365-1370 (2009).
125. A. R. Wu, T. L. Kawahara, N. A. Rapicavoli, J. van Riggelen, E. H. Shroff, L. Xu, D. W. Felsher, H. Y. Chang, and S. R. Quake, Lab Chip 12(12), 2190-2198 (2012).
126. T. Geng, N. Bao, M. D. Litt, T. G. Glaros, L. Li, and C. Lu, Lab Chip 11(17), 2842-2848 (2011).
127. Z. Cao and C. Lu, Anal. Chem. 88(3), 1965-1972 (2016).
128. J. Shen, D. Jiang, Y. Fu, X. Wu, H. Guo, B. Feng, Y. Pang, A. M. Streets, F. Tang, and Y. Huang, Cell Res. 25(1), 143-147 (2015).
129. Z. Cao, C. Chen, B. He, K. Tan, and C. Lu, Nat. Methods 12(10), 959-962 (2015).
130. J. D. Buenrostro, B. Wu, U. M. Litzenburger, D. Ruff, M. L. Gonzales, M. P. Snyder, H. Y. Chang, and W. J. Greenleaf, Nature 523(7561), 486-490 (2015).
131. A. Rotem, O. Ram, N. Shoresh, R. A. Sperling, A. Goren, D. A. Weitz, and B. E. Bernstein, Nat. Biotechnol. 33(11), 1165-1172 (2015).
132. D. A. Khavari, G. L. Sen, and J. L. Rinn, Cell Cycle 9(19), 3880-3883 (2010).
133. K. L. Sheaffer, R. Kim, R. Aoki, E. N. Elliott, J. Schug, L. Burger, D. Schubeler, and K. H. Kaestner, Genes Dev. 28(6), 652-664 (2014).
134. A. B. Brinkman, H. Gu, S. J. Bartels, Y. Zhang, F. Matarese, F. Simmer, H. Marks, C. Bock, A. Gnirke, A. Meissner, and H. G. Stunnenberg, Genome Res. 22(6), 1128-1138 (2012).
135. A. L. Statham, M. D. Robinson, J. Z. Song, M. W. Coolen, C. Stirzaker, and S. J. Clark, Genome Res. 22(6), 1120-1127 (2012).
136. A. Meissner, A. Gnirke, G. W. Bell, B. Ramsahoye, E. S. Lander, and R. Jaenisch, Nucl. Acids Res. 33(18), 5868-5877 (2005).
137. D. Zilberman, M. Gehring, R. K. Tran, T. Ballinger, and S. Henikoff, Nat. Genet. 39(1), 61-69 (2007).
138. R. Lister, R. C. O'Malley, J. Tonti-Filippini, B. D. Gregory, C. C. Berry, A. H. Millar, and J. R. Ecker, Cell 133(3), 523-536 (2008).
139. H. Guo, P. Zhu, X. Wu, X. Li, L. Wen, and F. Tang, Genome Res. 23(12), 2126-2135 (2013).
140. S. A. Smallwood, H. J. Lee, C. Angermueller, F. Krueger, H. Saadeh, J. Peat, S. R. Andrews, O. Stegle, W. Reik, and G. Kelsey, Nat. Methods 11(8), 817-820 (2014).
141. S. J. Clark, H. J. Lee, S. A. Smallwood, G. Kelsey, and W. Reik, Genome Biol. 17(1), 72 (2016).
142. A. Stark, D. J. Shin, T. Pisanic, K. Hsieh, and T. H. Wang, Biomed. Microdevices 18(1), 5 (2016).
143. J. Yoon, M. K. Park, T. Y. Lee, Y.-J. Yoon, and Y. Shin, Lab Chip 15(17), 3530-3539 (2015).
144. H. K. Komori, S. A. LaMere, A. Torkamani, G. T. Hart, S. Kotsopoulos, J. Warner, M. L. Samuels, J. Olson, S. R. Head, P. Ordoukhanian, P. L. Lee, D. R. Link, and D. R. Salomon, Genome Res. 21(10), 1738-1745 (2011).
145. A. Herrmann, A. Haake, O. Ammerpohl, I. Martin-Guerrero, K. Szafranski, K. Stemshorn, M. Nothnagel, S. K. Kotsopoulos, J. Richter, J. Warner, J. Olson, D. R. Link, S. Schreiber, M. Krawczak, M. Platzer, P. Nurnberg, R. Siebert, and J. Hampe, PLoS One 6(7), e21332 (2011).
146. Y. Zhang, V. Bailey, C. M. Puleo, H. Easwaran, E. Griffiths, J. G. Herman, S. B. Baylin, and T.-H. Wang, Lab Chip 9(8), 1059-1064 (2009).
147. D. J. Weisenberger, B. N. Trinh, M. Campan, S. Sharma, T. I. Long, S. Ananthnarayan, G. Liang, F. J. Esteva, G. N. Hortobagyi, F. McCormick, P. A. Jones, and P. W. Laird, Nucl. Acids Res. 36(14), 4689-4698 (2008).
148. D. S. Gilmour and J. T. Lis, Mol. Cell. Biol. 5(8), 2009-2018 (1985).
149. T. Matsuoka, B. C. Kim, C. Moraes, M. Han, and S. Takayama, Biomicrofluidics 7(4), 041301 (2013).
150. M. T. Zhao, J. J. Whyte, G. M. Hopkins, M. D. Kirk, and R. S. Prather, Cell. Reprogram. 16(3), 175-184 (2014).
151. T. A. Down, V. K. Rakyan, D. J. Turner, P. Flicek, H. Li, E. Kulesha, S. Graf, N. Johnson, J. Herrero, E. M. Tomazou, N. P. Thorne, L. Backdahl, M. Herberth, K. L. Howe, D. K. Jackson, M. M. Miretti, J. C. Marioni, E. Birney, T. J. P. Hubbard, R. Durbin, S. Tavare, and S. Beck, Nat. Biotechnol. 26(7), 779-785 (2008).
152. K. A. Aberg, J. L. McClay, S. Nerella, L. Y. Xie, S. L. Clark, A. D. Hudson, J. Bukszar, D. Adkins, C. M. Hultman, P. F. Sullivan, P. K. Magnusson, and E. J. van den Oord, Epigenomics 4(6), 605-621 (2012).
153. T. Y. Lee, Y. Shin, and M. K. Park, Lab Chip 14(21), 4220-4229 (2014).
154. A. De, W. Sparreboom, A. van den Berg, and E. T. Carlen, Biomicrofluidics 8(5), 054119 (2014).
155. R. Kurita and O. Niwa, Lab Chip 16, 3631-3644 (2016).
156. C. S. Nelson, C. K. Fuller, P. M. Fordyce, A. L. Greninger, H. Li, and J. L. DeRisi, Nucl. Acids Res. 41(12), 5991-6004 (2013).
157. S. J. Maerkl and S. R. Quake, Science 315(5809), 233-237 (2007).
158. P. M. Fordyce, D. Gerber, D. Tran, J. Zheng, H. Li, J. L. DeRisi, and S. R. Quake, Nat. Biotechnol. 28(9), 970-975 (2010).
159. Y. Glick, Y. Orenstein, D. Chen, D. Avrahami, T. Zor, R. Shamir, and D. Gerber, Nucl. Acids Res. 44(6), e51 (2016).
160. S. Rockel, M. Geertz, and S. J. Maerkl, Methods Mol. Biol. 786, 97-114 (2012).
161. L. Warren, D. Bryder, I. L. Weissman, and S. R. Quake, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103(47), 17807-17812 (2006).
162. D. Chen, Y. Orenstein, R. Golodnitsky, M. Pellach, D. Avrahami, C. Wachtel, A. Ovadia-Shochat, H. Shir-Shapira, A. Kedmi, T. Juven-Gershon, R. Shamir, and D. Gerber, Sci. Rep. 6, 33351 (2016).
163. C. A. Meyer and X. S. Liu, Nat. Rev. Genet. 15(11), 709-721 (2014).
164. O. Hakim and T. Misteli, Cell 148(5), 1068.e1-1068.e2 (2012).
165. J. D. Buenrostro, P. G. Giresi, L. C. Zaba, H. Y. Chang, and W. J. Greenleaf, Nat. Methods 10(12), 1213-1218 (2013).
166. A. P. Boyle, S. Davis, H. P. Shulha, P. Meltzer, E. H. Margulies, Z. Weng, T. S. Furey, and G. E. Crawford, Cell 132(2), 311-322 (2008).
167. A. Barski, S. Cuddapah, K. Cui, T. Y. Roh, D. E. Schones, Z. Wang, G. Wei, I. Chepelev, and K. Zhao, Cell 129(4), 823-837 (2007).
168. P. G. Giresi, J. Kim, R. M. McDaniell, V. R. Iyer, and J. D. Lieb, Genome Res. 17(6), 877-885 (2007).
169. T. Nagano, Y. Lubling, T. J. Stevens, S. Schoenfelder, E. Yaffe, W. Dean, E. D. Laue, A. Tanay, and P. Fraser, Nature 502(7469), 59-64 (2013).
170. W. Jin, Q. Tang, M. Wan, K. Cui, Y. Zhang, G. Ren, B. Ni, J. Sklar, T. M. Przytycka, R. Childs, D. Levens, and K. Zhao, Nature 528(7580), 142-146 (2015).
171. E. C. Small, L. Xi, J.-P. Wang, J. Widom, and J. D. Licht, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111(24), E2462-E2471 (2014).
172. T. Geng, N. Bao, N. Sriranganathanw, L. Li, and C. Lu, Anal. Chem. 84(21), 9632-9639 (2012).
173. S. Ma, D. N. Loufakis, Z. Cao, Y. Chang, L. E. K. Achenie, and C. Lu, Lab Chip 14(16), 2905-2909 (2014).
174. E. W. Hall, S. Kim, V. Appadoo, and R. N. Zare, Micromachines 4(3), 321-332 (2013).
175. T. Geng, N. Bao, O. Z. Gall, and C. Lu, Chem. Commun. 2009(7), 800-802 (2009).
176. S. Ma, B. D. Bryson, C. Sun, S. M. Fortune, and C. Lu, Anal. Chem. 88(10), 5053-5057 (2016).
177. C. J. Liu, K. Y. Lien, C. Y. Weng, J. W. Shin, T. Y. Chang, and G. B. Lee, Biomed. Microdevices 11(2), 339-350 (2009).
178. D. Irimia, M. Mindrinos, A. Russom, W. Xiao, J. Wilhelmy, S. Wang, J. D. Heath, N. Kurn, R. G. Tompkins, R. W. Davis, and M. Toner, Integr. Biol. 1(1), 99-107 (2009).
179. M. J. Jebrail, A. Sinha, S. Vellucci, R. F. Renzi, C. Ambriz, C. Gondhalekar, J. S. Schoeniger, K. D. Patel, and S. S. Branda, Anal. Chem. 86(8), 3856-3862 (2014).
180. N. Bao, J. Wang, and C. Lu, Anal. Bioanal. Chem. 391(3), 933-942 (2008).
181. J. Wu, R. Kodzius, W. Cao, and W. Wen, Microchim. Acta 181(13), 1611-1631 (2014).
182. F. Cui, M. Rhee, A. Singh, and A. Tripathi, Annu. Rev. Biomed. Eng. 17, 267-286 (2015).
183. K. M. Horsman, J. M. Bienvenue, K. R. Blasier, and J. P. Landers, J. Forensic Sci. 52(4), 784-799 (2007).
184. R. Sista, Z. Hua, P. Thwar, A. Sudarsan, V. Srinivasan, A. Eckhardt, M. Pollack, and V. Pamula, Lab Chip 8(12), 2091-2104 (2008).
185. K. Choi, A. H. Ng, R. Fobel, and A. R. Wheeler, Annu. Rev. Anal. Chem. 5, 413-440 (2012).
186. Q. Tseng, A. M. Lomonosov, E. E. Furlong, and C. A. Merten, Lab Chip 12(22), 4677-4682 (2012).
187. K. Miyazaki, Nucl. Acids Res. 30(24), e139 (2002).
188. R. Kumar, Y. Ichihashi, S. Kimura, D. H. Chitwood, L. R. Headland, J. Peng, J. N. Maloof, and N. R. Sinha, Front. Plant Sci. 3, 202 (2012).
189. E. Knierim, B. Lucke, J. M. Schwarz, M. Schuelke, and D. Seelow, PLoS One 6(11), e28240 (2011).
190. H. J. Wook, C. Yan, W. F. Anderson, and R. Q. Stephen, J. Phys.: Condens. Matter 18(18), S691 (2006).
191. H.-C. Lin, Y.-J. Liu, and D.-J. Yao, J. Lab. Autom. 15(3), 210-215 (2010).
192. Y.-J. Ko, J.-H. Maeng, Y. Ahn, and S. Y. Hwang, Sens. Actuators, B 157(2), 735-741 (2011).
193. H. Kim, M. S. Bartsch, R. F. Renzi, J. He, J. L. Van de Vreugde, M. R. Claudnic, and K. D. Patel, J. Lab. Autom. 16(6), 405-414 (2011).
194. H. Kim, M. J. Jebrail, A. Sinha, Z. W. Bent, O. D. Solberg, K. P. Williams, S. A. Langevin, R. F. Renzi, J. L. Van De Vreugde, R. J. Meagher, J. S. Schoeniger, T. W. Lane, S. S. Branda, M. S. Bartsch, and K. D. Patel, PLoS One 8(7), e68988 (2013).
195. S. J. Tan, H. Phan, B. M. Gerry, A. Kuhn, L. Z. Hong, Y. Min Ong, P. S. Poon, M. A. Unger, R. C. Jones, S. R. Quake, and W. F. Burkholder, PLoS One 8(7), e64084 (2013).
196. R. A. White, P. C. Blainey, H. C. Fan, and S. R. Quake, BMC Genomics 10(1), 1-12 (2009).
197. F. Shen, W. Du, J. E. Kreutz, A. Fok, and R. F. Ismagilov, Lab Chip 10(20), 2666-2672 (2010).
198. B. J. Hindson, K. D. Ness, D. A. Masquelier, P. Belgrader, N. J. Heredia, A. J. Makarewicz, I. J. Bright, M. Y. Lucero, A. L. Hiddessen, T. C. Legler, T. K. Kitano, M. R. Hodel, J. F. Petersen, P. W. Wyatt, E. R. Steenblock, P. H. Shah, L. J. Bousse, C. B. Troup, J. C. Mellen, D. K. Wittmann, N. G. Erndt, T. H. Cauley, R. T. Koehler, A. P. So, S. Dube, K. A. Rose, L. Montesclaros, S. Wang, D. P. Stumbo, S. P. Hodges, S. Romine, F. P. Milanovich, H. E. White, J. F. Regan, G. A. Karlin-Neumann, C. M. Hindson, S. Saxonov, and B. W. Colston, Anal. Chem. 83(22), 8604-8610 (2011).
199. A. S. Whale, J. F. Huggett, S. Cowen, V. Speirs, J. Shaw, S. Ellison, C. A. Foy, and D. J. Scott, Nucl. Acids Res. 40(11), e82 (2012).
200. A. A. Morley, Biomol. Detect. Quantif. 1(1), 1-2 (2014).
201. G. Pohl and I.-M. Shih, Expert Rev. Mol. Diagn. 4(1), 41-47 (2004).
202. L. Dong, Y. Meng, Z. Sui, J. Wang, L. Wu, and B. Fu, Sci. Rep. 5, 13174 (2015).
203. N. Thaitrong, H. Kim, R. F. Renzi, M. S. Bartsch, R. J. Meagher, and K. D. Patel, Electrophoresis 33(23), 3506-3513 (2012).