Genome-wide transcriptome analysis of 150 cell samples

Integrative Biology

Volumn 1, Issue 1, 2009, Pages 99-107

  Irimia, Daniel ^a   Mindrinos, Michael ^b   Russom, Aman ^a   Xiao, Wenzhong ^b   Wilhelmy, Julie ^b   Wang, Shenglong ^c   Heath, Joe Don ^c   Kurn, Nurith ^c   Tompkins, Ronald G ^a   Davis, Ronald W ^b   Toner, Mehmet ^a  

^a SHRINERS HOSPITALS FOR CHILDREN   (United States)

^b STANFORD UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^c NuGEN Technologies Inc   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

RNA;

ARTICLE; CELL SEPARATION; CHROMOSOME MAP; EQUIPMENT; EQUIPMENT DESIGN; EVALUATION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETICS; INSTRUMENTATION; ISOLATION AND PURIFICATION; METHODOLOGY; MICROFLUIDIC ANALYSIS; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION;

CELL SEPARATION; CHROMOSOME MAPPING; EQUIPMENT DESIGN; EQUIPMENT FAILURE ANALYSIS; GENE EXPRESSION PROFILING; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION TECHNIQUES; RNA;

EID: 77949316276     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b814329c     Document Type: Article

References (43)

1. M. Schena D. Shalon R. W. Davis P. O. Brown Science 1995 270 467 470
2. M. Chee R. Yang E. Hubbell A. Berno X. C. Huang D. Stern J. Winkler D. J. Lockhart M. S. Morris S. P. Fodor Science 1996 274 610 614
3. R. A. Heller M. Schena A. Chai D. Shalon T. Bedilion J. Gilmore D. E. Woolley R. W. Davis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 2150 2155
4. S. E. Calvano W. Xiao D. R. Richards R. M. Felciano H. V. Baker R. J. Cho R. O. Chen B. H. Brownstein J. P. Cobb S. K. Tschoeke C. Miller-Graziano L. L. Moldawer M. N. Mindrinos R. W. Davis R. G. Tompkins S. F. Lowry Nature 2005 437 1032 1037
5. J. P. Cobb M. N. Mindrinos C. Miller-Graziano S. E. Calvano H. V. Baker W. Xiao K. Laudanski B. H. Brownstein C. M. Elson D. L. Hayden D. N. Herndon S. F. Lowry R. V. Maier D. A. Schoenfeld L. L. Moldawer R. W. Davis R. G. Tompkins P. Bankey T. Billiar D. Camp I. Chaudry B. Freeman R. Gamelli N. Gibran B. Harbrecht W. Heagy D. Heimbach J. Horton J. Hunt J. Lederer J. Mannick B. McKinley J. Minei E. Moore F. Moore R. Munford A. Nathens G. O'Keefe G. Purdue L. Rahme D. Remick M. Sailors M. Shapiro G. Silver R. Smith G. Stephanopoulos G. Stormo M. Toner S. Warren M. West S. Wolfe V. Young Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 4801 4806
6. Q. T. Wang K. Piotrowska M. A. Ciemerych L. Milenkovic M. P. Scott R. W. Davis M. Zernicka-Goetz Dev. Cell 2004 6 133 144
7. L. D. Wood D. W. Parsons S. Jones J. Lin T. Sjoblom R. J. Leary D. Shen S. M. Boca T. Barber J. Ptak N. Silliman S. Szabo Z. Dezso V. Ustyanksky T. Nikolskaya Y. Nikolsky R. Karchin P. A. Wilson J. S. Kaminker Z. Zhang R. Croshaw J. Willis D. Dawson M. Shipitsin J. K. Willson S. Sukumar K. Polyak B. H. Park C. L. Pethiyagoda P. V. Pant D. G. Ballinger A. B. Sparks J. Hartigan D. R. Smith E. Suh N. Papadopoulos P. Buckhaults S. D. Markowitz G. Parmigiani K. W. Kinzler V. E. Velculescu B. Vogelstein Science 2007 318 1108 1113
8. T. Sorlie C. M. Perou R. Tibshirani T. Aas S. Geisler H. Johnsen T. Hastie M. B. Eisen M. van de Rijn S. S. Jeffrey T. Thorsen H. Quist J. C. Matese P. O. Brown D. Botstein P. Eystein Lonning A. L. Borresen-Dale Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 10869 10874
9. H. Y. Chen S. L. Yu C. H. Chen G. C. Chang C. Y. Chen A. Yuan C. L. Cheng C. H. Wang H. J. Terng S. F. Kao W. K. Chan H. N. Li C. C. Liu S. Singh W. J. Chen J. J. Chen P. C. Yang N. Engl. J. Med. 2007 356 11 20
10. B. Ryu D. S. Kim A. M. Deluca R. M. Alani PLoS One 2007 2 e594
11. A. A. Alizadeh M. B. Eisen R. E. Davis C. Ma I. S. Lossos A. Rosenwald J. C. Boldrick H. Sabet T. Tran X. Yu J. I. Powell L. Yang G. E. Marti T. Moore J. Hudson, Jr L. Lu D. B. Lewis R. Tibshirani G. Sherlock W. C. Chan T. C. Greiner D. D. Weisenburger J. O. Armitage R. Warnke R. Levy W. Wilson M. R. Grever J. C. Byrd D. Botstein P. O. Brown L. M. Staudt Nature 2000 403 503 511
12. A. J. Minn G. P. Gupta P. M. Siegel P. D. Bos W.Shu D. D. Giri A. Viale A. B. Olshen W. L. Gerald J. Massague Nature 2005 436 518 524
13. S. Nagrath L. V. Sequist S. Maheswaran D. W. Bell D. Irimia L. Ulkus M. R. Smith E. L. Kwak S. Digumarthy A. Muzikansky P. Ryan U. J. Balis R. G. Tompkins D. A. Haber M. Toner Nature 2007 450 1235 1239
14. J. M. Doherty M. J. Geske T. S. Stappenbeck J. C. Mills Stem Cells (Durham, NC, U. S.) 2008 26 2124 2130
15. L. Luo R. C. Salunga H. Guo A. Bittner K. C. Joy J. E. Galindo H. Xiao K. E. Rogers J. S. Wan M. R. Jackson M. G. Erlander Nature Med. (N. Y., US) 1999 5 117 122
16. C. Leethanakul V. Patel J. Gillespie M. Pallente J. F. Ensley S. Koontongkaew L. A. Liotta M. Emmert-Buck J. S. Gutkind Oncogene 2000 19 3220 3224
17. D. C. Sgroi S. Teng G. Robinson R. LeVangie J. R. Hudson, Jr A. G. Elkahloun Cancer Res. 1999 59 5656 5661
18. J. M. Levsky S. M. Shenoy R. C. Pezo R. H. Singer Science 2002 297 836 840
19. M. B. Elowitz A. J. Levine E. D. Siggia P. S. Swain Science 2002 297 1183 1186
20. M. Kenzelmann R. Klaren M. Hergenhahn M. Bonrouhi H. J. Grone W.Schmid G. Schutz Genomics 2004 83 550 558
21. M. K. Chiang D. A. Melton Dev. Cell 2003 4 383 393
22. F. Tang P. Hajkova S. C. Barton K. Lao M. A. Surani Nucleic Acids Res. 2006 34 e9
23. K. B. Jensen F. M. Watt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 11958 11963
24. J. S. Marcus W. F. Anderson S. R. Quake Anal. Chem. 2006 78 3084 3089
25. J. F. Zhong Y. Chen J. S. Marcus A. Scherer S. R. Quake C. R. Taylor L. P. Weiner Lab Chip 2008 8 68 74
26. J. W. Hong V. Studer G. Hang W. F. Anderson S. R. Quake Nat. Biotechnol. 2004 22 435 439
27. H. Tian A. F. Huhmer J. P. Landers Anal. Biochem. 2000 283 175 191
28. A. Bhattacharyya C. M. Klapperich Anal. Chem. 2006 78 788 792
29. D. S. Park M. L. Hupert M. A. Witek B. H. You P. Datta J. Guy J. B. Lee S. A. Soper D. E. Nikitopoulos M. C. Murphy Biomed. Microdevices 2008 10 21 33
30. C. A. Klein S. Seidl K. Petat-Dutter S. Offner J. B. Geigl O. Schmidt-Kittler N. Wendler B. Passlick R. M. Huber G. Schlimok P. A. Baeuerle G. Riethmuller Nat. Biotechnol. 2002 20 387 392
31. F. Kamme R. Salunga J. Yu D. T. Tran J. Zhu L. Luo A. Bittner H. Q. Guo N. Miller J. Wan M. Erlander J. Neurosci. 2003 23 3607 3615
32. K. Kurimoto Y. Yabuta Y. Ohinata Y. Ono K. D. Uno R. G. Yamada H. R. Ueda M. Saitou Nucleic Acids Res. 2006 34 e42
33. N. Bontoux L. Dauphinot T. Vitalis V. Studer Y. Chen J. Rossier M. C. Potier Lab Chip 2008 8 443 450
34. C. Li W. H. Wong Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 31 36
35. L. Shi L. H. Reid W. D. Jones R. Shippy J. A. Warrington S. C. Baker P. J. Collins F. de Longueville E. S. Kawasaki K. Y. Lee Y. Luo Y. A. Sun J. C. Willey R. A. Setterquist G. M. Fischer W. Tong Y. P. Dragan D. J. Dix F. W. Frueh F. M. Goodsaid D. Herman R. V. Jensen C. D. Johnson E. K. Lobenhofer R. K. Puri U. Schrf J. Thierry-Mieg C. Wang M. Wilson P. K. Wolber L. Zhang S. Amur W. Bao C. C. Barbacioru A. B. Lucas V. Bertholet C. Boysen B. Bromley D. Brown A. Brunner R. Canales X. M. Cao T. A. Cebula J. J. Chen J. Cheng T. M. Chu E. Chudin J. Corson J. C. Corton L. J. Croner C. Davies T. S. Davison G. Delenstarr X. Deng D. Dorris A. C. Eklund X. H. Fan H. Fang S. Fulmer-Smentek J. C. Fuscoe K. Gallagher W. Ge L. Guo X. Guo J. Hager P. K. Haje J. Han T. Han H. C. Harbottle S. C. Harris E. Hatchwell C. A. Hauser S. Hester H. Hong P. Hurban S. A. Jackson H. Ji C. R. Knight W. P. Kuo J. E. LeClerc S. Levy Q. Z. Li C. Liu Y. Liu M. J. Lombardi Y. Ma S. R. Magnuson B. Maqsodi T. McDaniel N. Mei O. Myklebost B. Ning N. Novoradovskaya M. S. Orr T. W. Osborn A. Papallo T. A. Patterson R. G. Perkins E. H. Peters R. Peterson K. L. Philips P. S. Pine L. Pusztai F. Qian H. Ren M. Rosen B. A. Rosenzweig R. R. Samaha M. Schena G. P. Schroth S. Shchegrova D. D. Smith F. Staedtler Z. Su H. Sun Z. Szallasi Z. Tezak D. Thierry-Mieg K. L. Thompson I. Tikhonova Y. Turpaz B. Vallanat C. Van S. J. Walker S. J. Wang Y. Wang R. Wolfinger A. Wong J. Wu C. Xiao Q. Xie J. Xu W. Yang S. Zhong Y. Zong W.Slikker, Jr Nat. Biotechnol. 2006 24 1151 1161
36. M. Mahadevappa J. A. Warrington Nat. Biotechnol. 1999 17 1134 1136
37. P. Chomczynski N. Sacchi Anal. Biochem. 1987 162 156 159
38. R. A. Cox Biochem. J. 1968 106 725 731
39. K. A. Melzak C. S. Sherwoo R. F. B. Turner C. A. Haynes J. Colloid Interface Sci. 1996 181 635 644
40. J. Auwerx Experientia 1991 47 22 31
41. S. Tsuchiya Y. Kobayashi Y. Goto H. Okumura S. Nakae T. Konno K. Tada Cancer Res. 1982 42 1530 1536
42. T. Kohro T. Tanaka T. Murakami Y. Wada H. Aburatani T. Hamakubo T. Kodama J. Atheroscler. Thromb. 2004 11 88 97
43. Q. Chen A. C. Ross Exp. Cell Res. 2004 297 68 81