A Microfluidic Device with Integrated Sonication and Immunoprecipitation for Sensitive Epigenetic Assays

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 3, 2016, Pages 1965-1972

  Cao, Zhenning ^a   Lu, Chang ^a  

^a Virginia Polytechnic Institute and State University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMOSOMES; DNA; FLUIDIC DEVICES; MICROFLUIDICS; ULTRASONIC TRANSDUCERS;

CHROMATIN IMMUNOPRECIPITATION; GENOMIC DNA; IMMUNOPRECIPITATIONS; METHYLATED DNAS; MICRO-FLUIDIC DEVICES; MICROFLUIDIC CHAMBERS; ON-CHIP PROCESS;

SONICATION;

DNA;

CELL LINE; DNA METHYLATION; EPIGENETICS; GENETIC EPIGENESIS; GENETICS; HUMAN; IMMUNOPRECIPITATION; LAB ON A CHIP; POLYMERASE CHAIN REACTION; PROCEDURES; ULTRASOUND;

CELL LINE; DNA; DNA METHYLATION; EPIGENESIS, GENETIC; EPIGENOMICS; HUMANS; IMMUNOPRECIPITATION; LAB-ON-A-CHIP DEVICES; POLYMERASE CHAIN REACTION; SONICATION; ULTRASONICS;

EID: 84957595417     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b04707     Document Type: Article

References (42)

1. Goldberg, A. D.; Allis, C. D.; Bernstein, E. Cell 2007, 128, 635 10.1016/j.cell.2007.02.006
2. Massie, C. E.; Mills, I. G. EMBO Rep. 2008, 9, 337 10.1038/embor.2008.44
3. Park, P. J. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 669 10.1038/nrg2641
4. Farnham, P. J. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 605 10.1038/nrg2636
5. Collas, P. Mol. Biotechnol. 2010, 45, 87 10.1007/s12033-009-9239-8
6. Weber, M.; Davies, J. J.; Wittig, D.; Oakeley, E. J.; Haase, M.; Lam, W. L.; Schubeler, D. Nat. Genet. 2005, 37, 853 10.1038/ng1598
7. Chavez, L.; Jozefczuk, J.; Grimm, C.; Dietrich, J.; Timmermann, B.; Lehrach, H.; Herwig, R.; Adjaye, J. Genome Res. 2010, 20, 1441 10.1101/gr.110114.110
8. Grimm, C.; Chavez, L.; Vilardell, M.; Farrall, A. L.; Tierling, S.; Bohm, J. W.; Grote, P.; Lienhard, M.; Dietrich, J.; Timmermann, B.; Walter, J.; Schweiger, M. R.; Lehrach, H.; Herwig, R.; Herrmann, B. G.; Morkel, M. PLoS Genet. 2013, 9, e1003250 10.1371/journal.pgen.1003250
9. Down, T. A.; Rakyan, V. K.; Turner, D. J.; Flicek, P.; Li, H.; Kulesha, E.; Graf, S.; Johnson, N.; Herrero, J.; Tomazou, E. M.; Thorne, N. P.; Backdahl, L.; Herberth, M.; Howe, K. L.; Jackson, D. K.; Miretti, M. M.; Marioni, J. C.; Birney, E.; Hubbard, T. J. P.; Durbin, R.; Tavare, S.; Beck, S. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 779 10.1038/nbt1414
10. Adli, M.; Zhu, J.; Bernstein, B. E. Nat. Methods 2010, 7, 615 10.1038/nmeth.1478
11. Shankaranarayanan, P.; Mendoza-Parra, M. A.; Walia, M.; Wang, L.; Li, N.; Trindade, L. M.; Gronemeyer, H. Nat. Methods 2011, 8, 565 10.1038/nmeth.1626
12. Taiwo, O.; Wilson, G. A.; Morris, T.; Seisenberger, S.; Reik, W.; Pearce, D.; Beck, S.; Butcher, L. M. Nat. Protoc. 2012, 7, 617 10.1038/nprot.2012.012
13. Jakobsen, J. S.; Bagger, F. O.; Hasemann, M. S.; Schuster, M. B.; Frank, A. K.; Waage, J.; Vitting-Seerup, K.; Porse, B. T. BMC Genomics 2015, 16, 46 10.1186/s12864-014-1195-4
14. Lara-Astiaso, D.; Weiner, A.; Lorenzo-Vivas, E.; Zaretsky, I.; Jaitin, D. A.; David, E.; Keren-Shaul, H.; Mildner, A.; Winter, D.; Jung, S.; Friedman, N.; Amit, I. Science 2014, 345, 943 10.1126/science.1256271
15. Wu, A. R.; Hiatt, J. B.; Lu, R.; Attema, J. L.; Lobo, N. A.; Weissman, I. L.; Clarke, M. F.; Quake, S. R. Lab Chip 2009, 9, 1365 10.1039/b819648f
16. Geng, T.; Bao, N.; Litt, M. D.; Glaros, T. G.; Li, L.; Lu, C. Lab Chip 2011, 11, 2842 10.1039/c1lc20253g
17. Wu, A. R.; Kawahara, T. L.; Rapicavoli, N. A.; van Riggelen, J.; Shroff, E. H.; Xu, L.; Felsher, D. W.; Chang, H. Y.; Quake, S. R. Lab Chip 2012, 12, 2190 10.1039/c2lc21290k
18. Cao, Z.; Chen, C.; He, B.; Tan, K.; Lu, C. Nat. Methods 2015, 12, 959 10.1038/nmeth.3488
19. Flavin, M.; Cappabianca, L.; Kress, C.; Thomassin, H.; Grange, T. Mol. Cell. Biol. 2004, 24, 7891 10.1128/MCB.24.18.7891-7901.2004
20. Tseng, Q.; Lomonosov, A. M.; Furlong, E. E.; Merten, C. A. Lab Chip 2012, 12, 4677 10.1039/c2lc40595d
21. Rotem, A.; Ram, O.; Shoresh, N.; Sperling, R. A.; Goren, A.; Weitz, D. A.; Bernstein, B. E. Nat. Biotechnol. 2015, 33, 1165 10.1038/nbt.3383
22. Cao, Z.; Chen, F.; Bao, N.; He, H.; Xu, P.; Jana, S.; Jung, S.; Lian, H.; Lu, C. Lab Chip 2013, 13, 171 10.1039/C2LC40950J
23. Dahl, J. A.; Collas, P. Nat. Protoc. 2008, 3, 1032 10.1038/nprot.2008.68
24. Fanelli, M.; Amatori, S.; Barozzi, I.; Minucci, S. Nat. Protoc. 2011, 6, 1905 10.1038/nprot.2011.406
25. Adli, M.; Bernstein, B. E. Nat. Protoc. 2011, 6, 1656 10.1038/nprot.2011.402
26. Aurelle, N.; Guyomar, D.; Richard, C.; Gonnard, P.; Eyraud, L. Ultrasonics 1996, 34, 187 10.1016/0041-624X(95)00077-G
27. Ahmed, D.; Mao, X.; Shi, J.; Juluri, B. K.; Huang, T. J. Lab Chip 2009, 9, 2738 10.1039/b903687c
28. Elsner, H. I.; Lindblad, E. B. DNA 1989, 8, 697 10.1089/dna.1989.8.697
29. Hawley, S. A.; Macleod, R.; Dunn, F. J. Acoust. Soc. Am. 1963, 35, 1285 10.1121/1.1918685
30. Tandiono; Ohl, S.-W.; Ow, D. S.-W.; Klaseboer, E.; Wong, V. V.; Camattari, A.; Ohl, C.-D. Lab Chip 2010, 10, 1848 10.1039/c002363a
31. Belova, V.; Gorin, D. A.; Shchukin, D. G.; Möhwald, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 7129 10.1002/anie.201002069
32. Belova, V.; Shchukin, D. G.; Gorin, D. A.; Kopyshev, A.; Möhwald, H. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 8015 10.1039/c1cp20218a
33. Bremond, N.; Arora, M.; Ohl, C.-D.; Lohse, D. J. Phys.: Condens. Matter 2005, 17, S3603 10.1088/0953-8984/17/45/054
34. Huang, P.-H.; Xie, Y.; Ahmed, D.; Rufo, J.; Nama, N.; Chen, Y.; Chan, C. Y.; Huang, T. J. Lab Chip 2013, 13, 3847 10.1039/c3lc50568e
35. Nama, N.; Huang, P.-H.; Huang, T. J.; Costanzo, F. Lab Chip 2014, 14, 2824 10.1039/c4lc00191e
36. Fernandez Rivas, D.; Prosperetti, A.; Zijlstra, A. G.; Lohse, D.; Gardeniers, H. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 9699 10.1002/anie.201005533
37. Bortz, P. D. S.; Wamhoff, B. R. PLoS One 2011, 6, e26015 10.1371/journal.pone.0026015
38. Haring, M.; Offermann, S.; Danker, T.; Horst, I.; Peterhansel, C.; Stam, M. Plant Methods 2007, 3, 11 10.1186/1746-4811-3-11
39. Hough, R.; Rechsteiner, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1984, 81, 90 10.1073/pnas.81.1.90
40. Maunakea, A. K.; Nagarajan, R. P.; Bilenky, M.; Ballinger, T. J.; D'Souza, C.; Fouse, S. D.; Johnson, B. E.; Hong, C.; Nielsen, C.; Zhao, Y. Nature 2010, 466, 253 10.1038/nature09165
41. Meyer, G. D.; Morán-Mirabal, J. M.; Branch, D. W.; Craighead, H. G. IEEE Sens. J. 2006, 6, 254 10.1109/JSEN.2006.870172
42. Hsu, W.-T.; Feng, G.-H.; Cho, C.-L.; Chau, L.-K. RSC Adv. 2013, 3, 16159 10.1039/c3ra42368a