Microfluidic whole genome amplification device for single cell sequencing

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 19, 2014, Pages 9386-9390

  Yu, Zhilong ^a   Lu, Sijia ^b   Huang, Yanyi ^a  

^a PEKING UNIVERSITY   (China)

^b Yikon Genomics   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

SINGLE CELLS; WHOLE GENOME AMPLIFICATIONS;

BAYSILON; DIMETICONE;

COPY NUMBER VARIATION; DEVICES; DNA BASE COMPOSITION; GENE LIBRARY; HIGH THROUGHPUT SEQUENCING; HUMAN; HUMAN GENOME; MICROFLUIDIC ANALYSIS; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION; PROCEDURES; REPRODUCIBILITY; SINGLE CELL ANALYSIS;

BASE COMPOSITION; DIMETHYLPOLYSILOXANES; DNA COPY NUMBER VARIATIONS; GENE LIBRARY; GENOME, HUMAN; HIGH-THROUGHPUT NUCLEOTIDE SEQUENCING; HUMANS; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION TECHNIQUES; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SINGLE-CELL ANALYSIS;

EID: 84907889523     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac5032176     Document Type: Article

References (31)

1. Blainey, P. C.; Quake, S. R. Nat. Methods 2014, 11, 19-21
2. Wang, J.; Fan, H. C.; Behr, B.; Quake, S. R. Cell 2012, 150, 402-412
3. Navin, N.; Kendall, J.; Troge, J.; Andrews, P.; Rodgers, L.; McIndoo, J.; Cook, K.; Stepansky, A.; Levy, D.; Esposito, D.; Muthuswamy, L.; Krasnitz, A.; McCombie, W. R.; Hicks, J.; Wigler, M. Nature 2011, 472, 90-94
4. Lu, S.; Zong, C.; Fan, W.; Yang, M.; Li, J.; Chapman, A. R.; Zhu, P.; Hu, X.; Xu, L.; Yan, L.; Bai, F.; Qiao, J.; Tang, F.; Li, R.; Xie, X. S. Science 2012, 338, 1627-1630
5. Xue, Z.; Huang, K.; Cai, C.; Cai, L.; Jiang, C.-y.; Feng, Y.; Liu, Z.; Zeng, Q.; Cheng, L.; Sun, Y. E.; Liu, J.-y.; Horvath, S.; Fan, G. Nature 2013, 500, 593-597
6. Yan, L.; Yang, M.; Guo, H.; Yang, L.; Wu, J.; Li, R.; Liu, P.; Lian, Y.; Zheng, X.; Yan, J.; Huang, J.; Li, M.; Wu, X.; Wen, L.; Lao, K.; Li, R.; Qiao, J.; Tang, F. Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20, 1131-1139
7. Hou, Y.; Fan, W.; Yan, L.; Li, R.; Lian, Y.; Huang, J.; Li, J.; Xu, L.; Tang, F.; Xie, X. S.; Qiao, J. Cell 2013, 155, 1492-1506
8. Ramskold, D.; Luo, S.; Wang, Y.-C.; Li, R.; Deng, Q.; Faridani, O. R.; Daniels, G. A.; Khrebtukova, I.; Loring, J. F.; Laurent, L. C.; Schroth, G. P.; Sandberg, R. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 777-782
9. Ni, X.; Zhuo, M.; Su, Z.; Duan, J.; Gao, Y.; Wang, Z.; Zong, C.; Bai, H.; Chapman, A. R.; Zhao, J.; Xu, L.; An, T.; Ma, Q.; Wang, Y.; Wu, M.; Sun, Y.; Wang, S.; Li, Z.; Yang, X.; Yong, J.; Su, X.-D.; Lu, Y.; Bai, F.; Xie, X. S.; Wang, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 21083-21088
10. Novarino, G.; Fenstermaker, A. G.; Zaki, M. S.; Hofree, M.; Silhavy, J. L.; Heiberg, A. D.; Abdellateef, M.; Rosti, B.; Scott, E.; Mansour, L.; Masri, A.; Kayserili, H.; Al-Aama, J. Y.; Abdel-Salam, G. M. H.; Karminejad, A.; Kara, M.; Kara, B.; Bozorgmehri, B.; Ben-Omran, T.; Mojahedi, F.; Mahmoud, I. G. E. D.; Bouslam, N.; Bouhouche, A.; Benomar, A.; Hanein, S.; Raymond, L.; Forlani, S.; Mascaro, M.; Selim, L.; Shehata, N.; Al-Allawi, N.; Bindu, P. S.; Azam, M.; Gunel, M.; Caglayan, A.; Bilguvar, K.; Tolun, A.; Issa, M. Y.; Schroth, J.; Spencer, E. G.; Rosti, R. O.; Akizu, N.; Vaux, K. K.; Johansen, A.; Koh, A. A.; Megahed, H.; Durr, A.; Brice, A.; Stevanin, G.; Gabriel, S. B.; Ideker, T.; Gleeson, J. G. Science 2014, 343, 506-511
11. Telenius, H. k.; Carter, N. P.; Bebb, C. E.; Nordenskjöld, M.; Ponder, B. A. J.; Tunnacliffe, A. Genomics 1992, 13, 718-725
12. Cheung, V. G.; Nelson, S. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14676-14679
13. Dean, F. B.; Nelson, J. R.; Giesler, T. L.; Lasken, R. S. Genome Res. 2001, 11, 1095-1099
14. Dean, F. B.; Hosono, S.; Fang, L.; Wu, X.; Faruqi, A. F.; Bray-Ward, P.; Sun, Z.; Zong, Q.; Du, Y.; Du, J.; Driscoll, M.; Song, W.; Kingsmore, S. F.; Egholm, M.; Lasken, R. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5261-5266
15. Paez, J. G.; Lin, M.; Beroukhim, R.; Lee, J. C.; Zhao, X.; Richter, D. J.; Gabriel, S.; Herman, P.; Sasaki, H.; Altshuler, D.; Li, C.; Meyerson, M.; Sellers, W. R. Nucleic Acids Res. 2004, 32 e71
16. Pugh, T. J.; Delaney, A. D.; Farnoud, N.; Flibotte, S.; Griffith, M.; Li, H. I.; Qian, H.; Farinha, P.; Gascoyne, R. D.; Marra, M. A. Nucleic Acids Res. 2008, 36 e80
17. Zong, C.; Lu, S.; Chapman, A. R.; Xie, X. S. Science 2012, 338, 1622-1626
18. Marcus, J. S.; Anderson, W. F.; Quake, S. R. Anal. Chem. 2006, 78, 956-958
19. White, A. K.; VanInsberghe, M.; Petriv, O. I.; Hamidi, M.; Sikorski, D.; Marra, M. A.; Piret, J.; Aparicio, S.; Hansen, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 13999-14004
20. Streets, A. M.; Zhang, X.; Cao, C.; Pang, Y.; Wu, X.; Xiong, L.; Yang, L.; Fu, Y.; Zhao, L.; Tang, F.; Huang, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2014, 111, 7048-7053
21. Marcy, Y.; Ishoey, T.; Lasken, R. S.; Stockwell, T. B.; Walenz, B. P.; Halpern, A. L.; Beeson, K. Y.; Goldberg, S. M. D.; Quake, S. R. PLoS Genet. 2007, 3, e155
22. Unger, M. A.; Chou, H.-P.; Thorsen, T.; Scherer, A.; Quake, S. R. Science 2000, 288, 113-116
23. Meyer, F.; Paarmann, D.; DSouza, M.; Olson, R.; Glass, E.; Kubal, M.; Paczian, T.; Rodriguez, A.; Stevens, R.; Wilke, A.; Wilkening, J.; Edwards, R. BMC Bioinf. 2008, 9, 386
24. Pollack, J. R.; Perou, C. M.; Alizadeh, A. A.; Eisen, M. B.; Pergamenschikov, A.; Williams, C. F.; Jeffrey, S. S.; Botstein, D.; Brown, P. O. Nat. Genet. 1999, 23, 41-46
25. Shlien, A.; Malkin, D. Genome Med. 2009, 1, 62
26. Zhang, F.; Gu, W.; Hurles, M. E.; Lupski, J. R. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2009, 10, 451-481
27. de Bourcy, C. F. A.; De Vlaminck, I.; Kanbar, J. N.; Wang, J.; Gawad, C.; Quake, S. R. PLoS One 2014, 9 e105585
28. Kovac, J. R.; Voldman, J. Anal. Chem. 2007, 79, 9321-9330
29. Shirasaki, Y.; Tanaka, J.; Makazu, H.; Tashiro, K.; Shoji, S.; Tsukita, S.; Funatsu, T. Anal. Chem. 2005, 78, 695-701
30. Sun, T.; Kovac, J.; Voldman, J. Anal. Chem. 2013, 86, 977-981
31. Lee, M. G.; Shin, J. H.; Bae, C. Y.; Choi, S.; Park, J.-K. Anal. Chem. 2013, 85, 6213-6218