Genomic DNA extraction from cells by electroporation on an integrated microfluidic platform

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 21, 2012, Pages 9632-9639

  Geng, Tao ^a   Bao, Ning ^b,c   Sriranganathanw, Nammalwar ^d   Li, Liwu ^d   Lu, Chang ^b,d  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

^b State University   (United States)

^c NANTONG UNIVERSITY   (China)

^d VIRGINIA POLYTECHNIC INSTITUTE AND STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL CELLS; CHEMICAL REAGENTS; CHINESE HAMSTER OVARY CELLS; DNA EXTRACTION; DNA MOLECULES; ELECTRIC PARAMETERS; ELECTRICAL PULSE; ELECTROPORATION; EUKARYOTIC CELLS; EXPERIMENTAL CONFIRMATION; GENETIC ANALYSIS; GENOMIC DNA; GENOMIC DNA EXTRACTION; INTEGRATED MICROFLUIDIC CHIPS; MICROFLUIDIC PLATFORMS; PHYSICAL NATURE; SALMONELLA TYPHIMURIUM; SIMPLE OPERATION; ULTRASENSITIVE;

ADSORPTION; CHEMICAL ANALYSIS; CYTOLOGY; DNA; GENES; MOLECULAR BIOLOGY; SALMONELLA;

CELLS;

BACTERIAL DNA;

ANIMAL; BACTERIAL GENOME; CHO CELL LINE; CRICETULUS; CYTOLOGY; ELECTROPORATION; GENETICS; HAMSTER; ISOLATION AND PURIFICATION; MICROFLUIDIC ANALYSIS; POLYMERASE CHAIN REACTION; PROCEDURES; SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM;

ANIMALS; CHO CELLS; CRICETINAE; CRICETULUS; DNA, BACTERIAL; ELECTROPORATION; GENOME, BACTERIAL; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; POLYMERASE CHAIN REACTION; SALMONELLA TYPHIMURIUM;

EID: 84868583441     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac3026064     Document Type: Article

References (62)

1. Pal, R.; Yang, M.; Lin, R.; Johnson, B. N.; Srivastava, N.; Razzacki, S. Z.; Chomistek, K. J.; Heldsinger, D. C.; Haque, R. M.; Ugaz, V. M.; Thwar, P. K.; Chen, Z.; Alfano, K.; Yim, M. B.; Krishnan, M.; Fuller, A. O.; Larson, R. G.; Burke, D. T.; Burns, M. A. Lab Chip 2005, 5, 1024-1032
2. Yager, P.; Edwards, T.; Fu, E.; Helton, K.; Nelson, K.; Tam, M. R.; Weigl, B. H. Nature 2006, 442, 412-418
3. Zhang, C.; Xing, D. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 4223-4237
4. Chen, L.; Manz, A.; Day, P. J. Lab Chip 2007, 7, 1413-1423
5. Agrawal, N.; Hassan, Y. A.; Ugaz, V. M. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 4316-4319
6. Liu, P.; Mathies, R. A. Trends Biotechnol. 2009, 27, 572-581
7. Price, C. W.; Leslie, D. C.; Landers, J. P. Lab Chip 2009, 9, 2484-2494
8. McCalla, S. E.; Tripathi, A. Annu. Rev. Biomed. Eng. 2011, 13, 321-343
9. Yeh, H. C.; Chao, S. Y.; Ho, Y. P.; Wang, T. H. Curr. Pharm. Biotechnol. 2005, 6, 453-461
10. Brewer, L. R.; Bianco, P. R. Nat. Methods 2008, 5, 517-525
11. Zhang, C.; Xing, D. Chem. Rev. 2010, 110, 4910-4947
12. Heyries, K. A.; Tropini, C.; VanInsberghe, M.; Doolin, C.; Petriv, O. I.; Singhal, A.; Leung, K.; Hughesman, C. B.; Hansen, C. L. Nat. Methods 2011, 8, 649-651
13. Men, Y.; Fu, Y.; Chen, Z.; Sims, P. A.; Greenleaf, W. J.; Huang, Y. Anal. Chem. 2012, 84, 4262-4266
14. Ottesen, E. A.; Hong, J. W.; Quake, S. R.; Leadbetter, J. R. Science 2006, 314, 1464-1467
15. Kalisky, T.; Blainey, P.; Quake, S. R. Annu. Rev. Genet. 2011, 45, 431-445
16. Lecault, V.; Vaninsberghe, M.; Sekulovic, S.; Knapp, D. J.; Wohrer, S.; Bowden, W.; Viel, F.; McLaughlin, T.; Jarandehei, A.; Miller, M.; Falconnet, D.; White, A. K.; Kent, D. G.; Copley, M. R.; Taghipour, F.; Eaves, C. J.; Humphries, R. K.; Piret, J. M.; Hansen, C. L. Nat. Methods 2011, 8, 581-586
17. White, A. K.; VanInsberghe, M.; Petriv, O. I.; Hamidi, M.; Sikorski, D.; Marra, M. A.; Piret, J.; Aparicio, S.; Hansen, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 13999-14004
18. Fan, H. C.; Wang, J. B.; Potanina, A.; Quake, S. R. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 51-57
19. Kim, J.; Johnson, M.; Hill, P.; Gale, B. K. Integr. Biol 2009, 1, 574-586
20. He, M. Y.; Edgar, J. S.; Jeffries, G. D. M.; Lorenz, R. M.; Shelby, J. P.; Chiu, D. T. Anal. Chem. 2005, 77, 1539-1544
21. Jeffries, G. D. M.; Edgar, J. S.; Zhao, Y. Q.; Shelby, J. P.; Fong, C.; Chiu, D. T. Nano Lett. 2007, 7, 415-420
22. Hong, J. W.; Studer, V.; Hang, G.; Anderson, W. F.; Quake, S. R. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 435-439
23. Marcus, J. S.; Anderson, W. F.; Quake, S. R. Anal. Chem. 2006, 78, 3084-3089
24. Easley, C. J.; Karlinsey, J. M.; Bienvenue, J. M.; Legendre, L. A.; Roper, M. G.; Feldman, S. H.; Hughes, M. A.; Hewlett, E. L.; Merkel, T. J.; Ferrance, J. P.; Landers, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 19272-19277
25. Bienvenue, J. M.; Duncalf, N.; Marchiarullo, D.; Ferrance, J. P.; Landers, J. P. J. Forensic Sci. 2006, 51, 266-273
26. Chen, X.; Cui da, F.; Liu, C. C. Electrophoresis 2008, 29, 1844-1851
27. Mahalanabis, M.; Al-Muayad, H.; Kulinski, M. D.; Altman, D.; Klapperich, C. M. Lab Chip 2009, 9, 2811-2817
28. Cady, N. C.; Stelick, S.; Batt, C. A. Biosens. Bioelectron. 2003, 19, 59-66
29. Chung, Y. C.; Jan, M. S.; Lin, Y. C.; Lin, J. H.; Cheng, W. C.; Fan, C. Y. Lab Chip 2004, 4, 141-147
30. Legendre, L. A.; Bienvenue, J. M.; Roper, M. G.; Ferrance, J. P.; Landers, J. P. Anal. Chem. 2006, 78, 1444-1451
31. Cao, W.; Easley, C. J.; Ferrance, J. P.; Landers, J. P. Anal. Chem. 2006, 78, 7222-7228
32. Kim, J.; Gale, B. K. Lab Chip 2008, 8, 1516-1523
33. Persat, A.; Marshall, L. A.; Santiago, J. G. Anal. Chem. 2009, 81, 9507-9511
34. Karle, M.; Miwa, J.; Czilwik, G.; Auwarter, V.; Roth, G.; Zengerle, R.; von Stetten, F. Lab Chip 2010, 10, 3284-3290
35. Goldenberger, D.; Perschil, I.; Ritzler, M.; Altwegg, M. PCR Methods Appl. 1995, 4, 368-370
36. Weaver, J. C.; Chizmadzhev, Y. A. Bioelectrochem. Bioenerg. 1996, 41, 135-160
37. McClain, M. A.; Culbertson, C. T.; Jacobson, S. C.; Allbritton, N. L.; Sims, C. E.; Ramsey, J. M. Anal. Chem. 2003, 75, 5646-5655
38. Han, F.; Wang, Y.; Sims, C. E.; Bachman, M.; Chang, R.; Li, G. P.; Allbritton, N. L. Anal. Chem. 2003, 75, 3688-3696
39. Gao, J.; Yin, X. F.; Fang, Z. L. Lab Chip 2004, 4, 47-52
40. Munce, N. R.; Li, J.; Herman, P. R.; Lilge, L. Anal. Chem. 2004, 76, 4983-4989
41. Lu, H.; Schmidt, M. A.; Jensen, K. F. Lab Chip 2005, 5, 23-29
42. Wang, H. Y.; Bhunia, A. K.; Lu, C. Biosens. Bioelectron. 2006, 22, 582-588
43. Wang, H. Y.; Lu, C. Chem. Commun. 2006, 3528-3530
44. Bao, N.; Lu, C. Appl. Phys. Lett. 2008, 92, 214103
45. Nakayama, T.; Namura, M.; Tabata, K. V.; Noji, H.; Yokokawa, R. Lab Chip 2009, 9, 3567-3573
46. Boukany, P. E.; Morss, A.; Liao, W. C.; Henslee, B.; Jung, H. C.; Zhang, X. L.; Yu, B.; Wang, X. M.; Wu, Y.; Li, L.; Gao, K. L.; Hu, X.; Zhao, X.; Hemminger, O.; Lu, W.; Lafyatis, G. P.; Lee, L. J. Nat. Nanotechnol. 2011, 6, 747-754
47. Henslee, B. E.; Morss, A.; Hu, X.; Lafyatis, G. P.; Lee, L. J. Anal. Chem. 2011, 83, 3998-4003
48. Cheng, J.; Sheldon, E. L.; Wu, L.; Uribe, A.; Gerrue, L. O.; Carrino, J.; Heller, M. J.; O'Connell, J. P. Nat. Biotechnol. 1998, 16, 541-546
49. Vitzthum, F.; Geiger, G.; Bisswanger, H.; Elkine, B.; Brunner, H.; Bernhagen, J. Nucleic Acids Res. 2000, 28, e37
50. Vulto, P.; Dame, G.; Maier, U.; Makohliso, S.; Podszun, S.; Zahn, P.; Urban, G. A. Lab Chip 2010, 10, 610-616
51. Zhan, Y. H.; Martin, V. A.; Geahlen, R. L.; Lu, C. Lab Chip 2010, 10, 2046-2048
52. Unger, M. A.; Chou, H. P.; Thorsen, T.; Scherer, A.; Quake, S. R. Science 2000, 288, 113-116
53. Thorsen, T.; Maerkl, S. J.; Quake, S. R. Science 2002, 298, 580-584
54. Geng, T.; Bao, N.; Litt, M. D.; Glaros, T. G.; Li, L.; Lu, C. Lab Chip 2011, 11, 2842-2848
55. Awwad, Y.; Geng, T.; Baldwin, A. S.; Lu, C. Anal. Chem. 2012, 84, 1224-1228
56. Hofmann, F.; Ohnimus, H.; Scheller, C.; Strupp, W.; Zimmermann, U.; Jassoy, C. J. Membr. Biol. 1999, 169, 103-109
57. Xu, X.; Nagarajan, H.; Lewis, N. E.; Pan, S. K.; Cai, Z. M.; Liu, X.; Chen, W. B.; Xie, M.; Wang, W. L.; Hammond, S.; Andersen, M. R.; Neff, N.; Passarelli, B.; Koh, W.; Fan, H. C.; Wang, J. B.; Gui, Y. T.; Lee, K. H.; Betenbaugh, M. J.; Quake, S. R.; Famili, I.; Palsson, B. O.; Wang, J. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 735-741
58. McClelland, M.; Sanderson, K. E.; Spieth, J.; Clifton, S. W.; Latreille, P.; Courtney, L.; Porwollik, S.; Ali, J.; Dante, M.; Du, F.; Hou, S.; Layman, D.; Leonard, S.; Nguyen, C.; Scott, K.; Holmes, A.; Grewal, N.; Mulvaney, E.; Ryan, E.; Sun, H.; Florea, L.; Miller, W.; Stoneking, T.; Nhan, M.; Waterston, R.; Wilson, R. K. Nature 2001, 413, 852-856
59. Wang, H. Y.; Lu, C. Anal. Chem. 2006, 78, 5158-5164
60. Wang, H. Y.; Lu, C. Biotechnol. Bioeng. 2006, 95, 1116-1125
61. Di Carlo, D.; Ionescu-Zanetti, C.; Zhang, Y.; Hung, P.; Lee, L. P. Lab Chip 2005, 5, 171-178
62. Lee, H. J.; Kim, J. H.; Lim, H. K.; Cho, E. C.; Huh, N.; Ko, C.; Park, J. C.; Choi, J. W.; Lee, S. S. Lab Chip 2010, 10, 626-633