Multidimensional separations-based shotgun proteomics

Chemical Reviews

Volumn 107, Issue 8, 2007, Pages 3654-3686

  Fournier, Marjorie L ^a   Gilmore, Joshua M ^a   Martin Brown, Skylar A ^a   Washburn, Michael P ^a  

^a STOWERS INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AFFINITY CHROMATOGRAPHY; FOURIER TRANSFORMS; ION EXCHANGE; MASS SPECTROMETRY; PARTICLE SIZE; PHOSPHORYLATION; PLASMA (HUMAN);

PROTEIN IDENTIFICATION; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; SHOTGUN PROTEOMICS ANALYSIS;

PROTEINS;

AMINO ACID; PEPTIDE; PROTEOME;

ANIMAL; CHEMISTRY; HUMAN; INSTRUMENTATION; ISOLATION AND PURIFICATION; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METHODOLOGY; PROTEOMICS; REVIEW; TIME;

AMINO ACIDS; ANIMALS; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PROTEOME; PROTEOMICS; TIME FACTORS;

EID: 34548293752     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr068279a     Document Type: Review

References (362)

1. O'Farrell, P. H. J. Biol. Chem. 1975, 250, 4007.
2. Klose, J. Humangenetik 1975, 26, 231.
3. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299.
4. Whitehouse, C. M.; Dreyer, R. N.; Yamashita, M.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1985, 57, 675.
5. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64.
6. Eng, J.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., 3rd J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976.
7. Mann, M.; Wilm, M. Anal. Chem. 1994, 66, 4390.
8. Yates, J. R., 3rd; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67, 1426.
9. Yates, J. R., 3rd. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 297.
10. Gygi, S. P.; Corthals, G. L.; Zhang, Y.; Rochon, Y.; Aebersold, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9390.
11. Fountoulakis, M.; Takacs, M. F.; Takacs, B. J. Chromatogr., A 1999, 833, 157.
12. Fountoulakis, M.; Takacs, M. F.; Berndt, P.; Langen, H.; Takacs, B. Electrophoresis 1999, 20, 2181.
13. Santoni, V.; Molloy, M.; Rabilloud, T. Electrophoresis 2000, 21, 1054.
14. Corthals, G. L.; Wasinger, V. C.; Hochstrasser, D. F.; Sanchez, J. C. Electrophoresis 2000, 21, 1104.
15. Oh-Ishi, M.; Satoh, M.; Maeda, T. Electrophoresis 2000, 21, 1653.
16. Giddings, J. C. Anal. Chem. 1984, 56, 1258A.
17. Giddings, J. C. J. High Resolut. Chromatogr. Chromatogr. Commun. 1987, 10, 319.
18. Giddings, J. C. Anal. Chem. 1967, 39, 1027.
19. Davis, J. M.; Giddings, J. C. Anal. Chem. 1983, 55, 418.
20. Davis, J. M.; Giddings, J. C. Anal. Chem. 1985, 57, 2168.
21. Davis, J. M.; Giddings, J. C. Anal. Chem. 1985, 57, 2178.
22. Guiochon, G.; Beaver, L. A.; Gonnord, M. F.; Siouffi, A. M.; Zakaria, M. J. Chromatogr. Sci. 1983, 255, 415.
23. Consden, R.; Gordon, A. H.; Martin, A. J. Biochem. J. 1944, 38, 224.
24. Haugaard, G.; Kroner, T. D. J. Am. Chem. Soc. 1948, 70, 2135.
25. Durrum, E. L. J. Colloid Sci. 1951, 6, 274.
26. Jones, A. J.; Martin, A. J. P. Analyst 1952, 77, 915.
27. Brown, P. R. Anal. Chem. 1990, 62, 995A.
28. Deans, D. R. Chromatographia 1968, 1, 18.
29. Huber, J. F. K.; Van der Linden, R.; Ecker, E.; Oreans, M. J. Chromatogr. 1973, 83, 267.
30. Davis, G. C.; Kissinger, P. T. Anal. Chem. 1979, 51, 1960.
31. Majors, R. E. J. Chromatogr. Sci. 1980, 18, 571.
32. Johnson, E. L.; Gloor, R.; Majors, R. E. J. Chromatogr. 1978, 149, 571.
33. Huber, J. F. K.; Eisenbeiss, F. J. Chromatogr. 1978, 149, 127.
34. Furst, P.; Zimmerman, L.; Oules, R.; Yahiel, V.; Johnson, C.; Bergstrom, J. Anal. Biochem. 1982, 122, 394.
35. Dolphin, R. J.; Willmott, F. W.; Mills, A. D.; Hoogeveen, L. P. J. Chromatogr. 1976, 122, 259.
36. Freeman, D. H. Anal. Chem. 1981, 53, 2.
37. Erni, F.; Frei, R. W. J. Chromatogr. 1978, 149, 561.
38. Takahashi, N.; Takahashi, Y.; Putnam, F. W. J. Chromatogr. 1983, 266, 511.
39. Takahashi, N.; Ishioka, N.; Takahashi, Y.; Putnam, F. W. J. Chromatogr. 1985, 326, 407.
40. Takahashi, N.; Takahashi, Y.; Ishioka, N.; Blumberg, B. S.; Putnam, F. W. J. Chromatogr. 1986, 359, 181.
41. Matsuoka, K.; Taoka, M.; Isobe, T.; Okuyama, T.; Kato, Y. J. Chromatogr. 1990, 515, 313.
42. Isobe, T.; Uchida, K.; Taoka, M.; Shinkai, F.; Manabe, T.; Okuyama, T. J. Chromatogr. 1991, 588, 115.
43. Bushey, M. M.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1990, 62, 161.
44. Bushey, M. M.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1990, 62, 978.
45. Larmann, J. P.; Lemmo, A. V.; Moore, A. W.; Jorgenson, J. W. Electrophoresis 1993, 14.
46. Holland, L. A.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1995, 67, 3275.
47. Moore, A. W., Jr.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1995, 67, 3456.
48. Opiteck, G. J.; Lewis, K. C.; Jorgenson, J. W.; Anderegg, R. J. Anal. Chem. 1997, 69, 1518.
49. Dole, M.; Mach, L. L.; Hines, R. L.; Mobley, R. C.; Ferguson, L. P.; Alice, M. B. J. Chem. Phys. 1968, 49, 2240.
50. Taylor, G. I. Proc. R. Soc. London A 1964, 280, 383.
51. Wilm, M.; Shevchenko, A.; Houthaeve, T.; Breit, S.; Schweigerer, L.; Fotsis, T.; Mann, M. Nature 1996, 379, 466.
52. Wilm, M.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 1.
53. Wilm, M. a. M. M. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1994, 136, 167.
54. Davis, M. T.; Stahl, D. C.; Hefta, S. A.; Lee, T. D. Anal. Chem. 1995, 67, 4549.
55. Gatlin, C. L.; Kleemann, G. R.; Hays, L. G.; Link, A. J.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Biochem. 1998, 263, 93.
56. Evans, C. R.; Jorgenson, J. W. Anal. Bioanal. Chem. 2004, 378, 1952.
57. Nagele, E.; Vollmer, M.; Horth, P.; Vad, C. Expert Rev. Proteomics 2004, 1, 37.
58. Hattan, S. J.; Marchese, J.; Khainovski, N.; Martin, S.; Juhasz, P. J. Proteome Res. 2005, 4, 1931.
59. Vanrobaeys, F.; Van Coster, R.; Dhondt, G.; Devreese, B.; Van Beeumen, J. J. Proteome Res. 2005, 4, 2283.
60. Wolff, S.; Otto, A.; Albrecht, D.; Zeng, J. S.; Buttner, K.; Gluckmann, M.; Hecker, M.; Becher, D. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1183.
61. Saito, H.; Oda, Y.; Sato, T.; Kuromitsu, J.; Ishihama, Y. J. Proteome Res. 2006, 5, 1803.
62. Zhen, Y.; Xu, N.; Richardson, B.; Becklin, R.; Savage, J. R.; Blake, K.; Peltier, J. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 803.
63. Stapels, M. D.; Barofsky, D. F. Anal. Chem. 2004, 76, 5423.
64. Davis, M. T.; Beierle, J.; Bures, E. T.; McGinley, M. D.; Mort, J.; Robinson, J. H.; Spahr, C. S.; Yu, W.; Luethy, R.; Patterson, S. D. J. Chromatogr. B: Biomed. Sci. Appl. 2001, 752, 281.
65. Skipp, P.; Robinson, J.; O'Connor, C. D.; Clarke, I. N. Proteomics 2005, 5, 1558.
66. Chelius, D.; Huhmer, A. F.; Shieh, C. H.; Lehmberg, E.; Traina, J. A.; Slattery, T. K.; Pungor, E., Jr. J. Proteome Res. 2002, 1, 501.
67. Chao, C. C.; Chelius, D.; Zhang, T.; Daggle, L.; Ching, W. M. Proteomics 2004, 4, 1280.
68. Li, R. X.; Zhou, H.; Li, S. J.; Sheng, Q. H.; Xia, Q. C.; Zeng, R. J. Proteome Res. 2005, 4, 1256.
69. Ru, Q. C.; Zhu, L. A.; Silberman, J.; Shriver, C. D. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1095.
70. Mauri, P.; Scarpa, A.; Nascimbeni, A. C.; Benazzi, L.; Parmagnani, E.; Mafficini, A.; Della Peruta, M.; Bassi, C.; Miyazaki, K.; Sorio, C. FASEB J. 2005, 19, 1125.
71. Li, C.; Hong, Y.; Tan, Y. X.; Zhou, H.; Ai, J. H.; Li, S. J.; Zhang, L.; Xia, Q. C.; Wu, J. R.; Wang, H. Y.; Zeng, R. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 399.
72. Vollmer, M.; Nagele, E.; Horth, P. J. Biomol. Tech. 2003, 14, 128.
73. Nagele, E.; Vollmer, M.; Horth, P. J. Chromatogr., A 2003, 1009, 197.
74. Kang, D.; Nam, H.; Kim, Y. S.; Moon, M. H. J. Chromatogr., A 2005, 1070, 193.
75. Xiang, R.; Shi, Y.; Dillon, D. A.; Negin, B.; Horvath, C.; Wilkins, J. A. J. Proteome Res. 2004, 3, 1278.
76. Gu, S.; Du, Y.; Chen, J.; Liu, Z.; Bradbury, E. M.; Hu, C. A.; Chen, X. J. Proteome Res. 2004, 3, 1191.
77. Tyan, Y. C.; Wu, H. Y.; Lai, W. W.; Su, W. C.; Liao, P. C. J. Proteome Res. 2005, 4, 1274.
78. Tyan, Y. C.; Jong, S. B.; Liao, J. D.; Liao, P. C.; Yang, M. H.; Liu, C. Y.; Klauser, R.; Himmelhaus, M.; Grunze, M. J. Proteome Res. 2005, 4, 748.
79. Mitulovic, G.; Stingl, C.; Smoluch, M.; Swart, R.; Chervet, J. P.; Steinmacher, I.; Gerner, C.; Mechtler, K. Proteomics 2004, 4, 2545.
80. Panchaud, A.; Kussmann, M.; Affolter, M. Proteomics 2005, 5, 3836.
81. Allison, W. T.; Veldhoen, K. M.; Hawryshyn, C. W. Mol. Vis. 2006, 12, 655.
82. Lim, K. B.; Kassel, D. B. Anal. Biochem. 2006, 354, 213.
83. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676.
84. Dong, J.; Lai, R.; Jennings, J. L.; Link, A. J.; Hinnebusch, A. G. Mol. Cell. Biol. 2005, 25, 9859.
85. Fleischer, T. C.; Weaver, C. M.; McAfee, K. J.; Jennings, J. L.; Link, A. J. Genes Dev. 2006, 20, 1294.
86. Gerbasi, V. R.; Weaver, C. M.; Hill, S.; Friedman, D. B.; Link, A. J. Mol. Cell. Biol. 2004, 24, 8276.
87. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242.
88. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2001, 73, 5683.
89. McDonald, W. H.; Ohi, R.; Miyamoto, D. T.; Mitchison, T. J.; Yates, J. R. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 245.
90. Florens, L.; Washburn, M. P. Methods Mol. Biol. 2006, 328, 159.
91. Koller, A.; Washburn, M. P.; Lange, B. M.; Andon, N. L.; Deciu, C.; Haynes, P. A.; Hays, L.; Schieltz, D.; Ulaszek, R.; Wei, J.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11969.
92. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, R. M.; Grainger, M.; Haynes, J. D.; Moch, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. L.; Witney, A. A.; Wolters, D.; Wu, Y.; Gardner, M. J.; Holder, A. A.; Sinden, R. E.; Yates, J. R.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 520.
93. Carlton, J. M.; Angiuoli, S. V.; Suh, B. B.; Kooij, T. W.; Pertea, M.; Silva, J. C.; Ermolaeva, M. D.; Allen, J. E.; Selengut, J. D.; Koo, H. L.; Peterson, J. D.; Pop, M.; Kosack, D. S.; Shumway, M. F.; Bidwell, S. L.; Shallom, S. J.; van Aken, S. E.; Riedmuller S. B.; Feldblyum, T. V.; Cho, J. K.; Quackenbush, J.; Sedegah, M.; Shoaibi, A.; Cummings, L. M.; Florens, L.; Yates, J. R.; Raine, J. D.; Sinden, R. E.; Harris, M. A.; Cunningham, D. A.; Preiser, P. R.; Bergman, L. W.; Vaidya, A. B.; van Lin, L. H.; Janse, C. J.; Waters, A. P.; Smith, H. O.; White, O. R.; Salzberg, S. L.; Venter, J. C.; Fraser, C. M.; Hoffman, S. L.; Gardner, M. J.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 512.
94. Doolan, D. L.; Southwood, S.; Freilich, D. A.; Sidney, J.; Graber, N. L.; Shatney, L.; Bebris, L.; Florens, L.; Dobano, C.; Witney, A. A.; Appella, E.; Hoffman, S. L.; Yates, J. R., 3rd; Carucci, D. J.; Sette, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 9952.
95. Ling, I. T.; Florens, L.; Dluzewski, A. R.; Kaneko, O.; Grainger, M.; Yim Lim, B. Y.; Tsuboi, T.; Hopkins, J. M.; Johnson, J. R.; Torii, M.; Bannister, L. H.; Yates, J. R., 3rd; Holder, A. A.; Mattei, D. Mol. Microbiol. 2004, 52, 107.
96. Sam-Yellowe, T. Y.; Florens, L.; Wang, T.; Raine, J. D.; Carucci, D. J.; Sinden, R.; Yates, J. R., 3rd. J. Proteome Res. 2004, 3, 995.
97. Sam-Yellowe, T. Y.; Florens, L.; Johnson, J. R.; Wang, T.; Drazba, J. A.; Le Roch, K. G.; Zhou, Y.; Batalov, S.; Carucci, D. J.; Winzeler, E. A.; Yates, J. R., 3rd. Genome Res. 2004, 14, 1052.
98. Le Roch, K. G.; Johnson, J. R.; Florens, L.; Zhou, Y.; Santrosyan, A.; Grainger, M.; Yan, S. F.; Williamson, K. C.; Holder, A. A.; Carucci, D. J.; Yates, J. R., 3rd; Winzeler, E. A. Genome Res. 2004, 14, 2308.
99. Hall, N.; Karras, M.; Raine, J. D.; Carlton, J. M.; Kooij, T. W.; Berriman, M.; Florens, L.; Janssen, C. S.; Pain, A.; Christophides, G. K.; James, K.; Rutherford, K.; Harris, B.; Harris, D.; Churcher, C.; Quail, M. A.; Ormond, D.; Doggett, J.; Trueman, H. E.; Mendoza, J.; Bidwell, S. L.; Rajandream, M. A.; Carucci, D. J.; Yates, J. R., 3rd; Kafatos, F. C.; Janse, C. J.; Barrell, B.; Turner, C. M.; Waters, A. P.; Sinden, R. E. Science 2005, 307, 82.
100. Choi, K. S.; Song, L.; Park, Y. M.; Marshall, J.; Lund, A. L.; Shion, H.; Park, E. M.; Chae, H. Z.; Park, J. H. Prep. Biochem. Biotechnol. 2006, 36, 3.
101. Bayer, E. M.; Bottrill, A. R.; Walshaw, J.; Vigouroux, M.; Naldrett, M. J.; Thomas, C. L.; Maule, A. J. Proteomics 2006, 6, 301.
102. Pan, Y.; Kislinger, T.; Gramolini, A. O.; Zvaritch, E.; Kranias, E. G.; MacLennan, D. H.; Emili, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 2241.
103. Cooper, B.; Garrett, W. M.; Campbell, K. B. Proteomics 2006, 6, 2477.
104. Wenner, B. R.; Lovell, M. A.; Lynn, B. C. J. Proteome Res. 2004, 3, 97.
105. Cagney, G.; Park, S.; Chung, C.; Tong, B.; O'Dushlaine, C.; Shields, D. C.; Emili, A. J. Proteome Res. 2005, 4, 1757.
106. Ru, Q. C.; Katenhusen, R. A.; Zhu, L. A.; Silberman, J.; Yang, S.; Orchard, T. J.; Brzeski, H.; Liebman, M.; Ellsworth, D. L. J. Chromatogr., A 2006, 1111, 166.
107. Ru, Q. C.; Zhu, L. A.; Katenhusen, R. A.; Silberman, J.; Brzeski, H.; Liebman, M.; Shriver, C. D. J. Chromatogr., A 2006, 1111, 175.
108. Sandhu, C.; Connor, M.; Kislinger, T.; Slingerland, J.; Emili, A. J. Proteome Res. 2005, 4, 674.
109. Ram, R. J.; Verberkmoes, N. C.; Thelen, M. P.; Tyson, G. W.; Baker, B. J.; Blake, R. C., 2nd; Shah, M.; Hettich, R. L.; Banfield, J. F. Science 2005, 308, 1915.
110. Kislinger, T.; Cox, B.; Kannan, A.; Chung, C.; Hu, P.; Ignatchenko, A.; Scott, M. S.; Gramolini, A. O.; Morris, Q.; Hallett, M. T.; Rossant, J.; Hughes, T. R.; Frey, B.; Emili, A. Cell 2006, 125, 173.
111. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Mardones, G.; Finnigan, C.; Mogelsvang, S.; Yates, J. R., 3rd; Howell, K. E. Mol. Biol. Cell 2004, 15, 2907.
112. Skop, A. R.; Liu, H.; Yates, J., 3rd; Meyer, B. J.; Heald, R. Science 2004, 305, 61.
113. Chu, D. S.; Liu, H.; Nix, P.; Wu, T. F.; Ralston, E. J.; Yates, J. R., 3rd; Meyer, B. J. Nature 2006, 443, 101.
114. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 532.
115. Schirmer, E. C.; Florens, L.; Guan, T.; Yates, J. R., 3rd; Gerace, L. Science 2003, 301, 1380.
116. Durr, E.; Yu, J.; Krasinska, K. M.; Carver, L. A.; Yates, J. R.; Testa, J. E.; Oh, P.; Schnitzer, J. E. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 985.
117. Huang, J. K.; Phillips, G. R.; Roth, A. D.; Pedraza, L.; Shan, W.; Belkaid, W.; Mi, S.; Fex-Svenningsen, A.; Florens, L.; Yates, J. R., 3rd; Colman, D. R. Science 2005, 310, 1813.
118. Fischer, F.; Wolters, D.; Rogner, M.; Poetsch, A. Mol. Cell Proteomics 2006, 5, 444.
119. Oh, P.; Li, Y.; Yu, J.; Durr, E.; Krasinska, K. M.; Carver, L. A.; Testa, J. E.; Schnitzer, J. E. Nature 2004, 429, 629.
120. Puig, O.; Caspary, F.; Rigaut, G.; Rutz, B.; Bouveret, E.; Bragado-Nilsson, E.; Wilm, M.; Seraphin, B. Methods 2001, 24, 218.
121. Einhauer, A.; Jungbauer, A. J. Biochem. Biophys. Methods 2001, 49, 455.
122. Tornomori-Sato, C.; Sato, S.; Parmely, T. J.; Banks, C. A.; Sorokina, I.; Florens, L.; Zybailov, B.; Washburn, M. P.; Brower, C. S.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W. J. Biol. Chem. 2004, 279, 5846.
123. Sato, S.; Tomomori-Sato, C.; Parmely, T. J.; Florens, L.; Zybailov, B.; Swanson, S. K.; Banks, C. A.; Jin, J.; Cai, Y.; Washburn, M. P.; Conaway, J. W.; Conaway, R. C. Mol. Cell 2004, 14, 685.
124. Powell, D. W.; Weaver, C. M.; Jennings, J. L.; McAfee, K. J.; He, Y.; Weil, P. A.; Link, A. J. Mol. Cell. Biol. 2004, 24, 7249.
125. Kobor, M. S.; Venkatasubrahmanyam, S.; Meneghini, M. D.; Gin, J. W.; Jennings, J. L.; Link, A. J.; Madhani, H. D.; Rine, J. PLoS Biol. 2004, 2, E131.
126. Graumann, J.; Dunipace, L. A.; Seol, J. H.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd; Wold, B. J.; Deshaies, R. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 226.
127. Lee, K. K.; Prochasson, P,; Florens, L.; Swanson, S. K.; Washburn, M. P.; Workman, J. L. Biochem. Soc. Trans. 2004, 32, 899.
128. Lee, K. K.; Florens, L.; Swanson, S. K.; Washburn, M. P.; Workman, J. L. Mol. Cell. Biol. 2005, 25, 1173.
129. Schneider, J.; Wood, A.; Lee, J. S.; Schuster, R.; Dueker, J.; Maguire, C.; Swanson, S. K.; Florens, L.; Washburn, M. P.; Shilatifard, A. Mol. Cell 2005, 19, 849.
130. Carrozza, M. J.; Florens, L.; Swanson, S. K.; Shia, W. J.; Anderson, S.; Yates, J.; Washburn, M. P.; Workman, J. L. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1731, 77.
131. Carrozza, M. J.; Li, B.; Florens, L.; Suganuma, T.; Swanson, S. K.; Lee, K. K.; Shia, W. J.; Anderson, S.; Yates, J.; Washburn, M. P.; Workman, J. L. Cell 2005, 123, 581.
132. Cai, Y.; Jin, J.; Florens, L.; Swanson, S. K.; Kusch, T.; Li, B.; Workman, J. L.; Washburn, M. P.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W. J. Biol. Chem. 2005, 280, 13665.
133. Jin, J.; Cai, Y.; Yao, T.; Gottschalk, A. J.; Florens, L.; Swanson, S. K.; Gutierrez, J. L.; Coleman, M. K.; Workman, J. L.; Mushegian. A.; Washburn, M. P.; Conaway, R. C.; Conaway, J. W. J. Biol. Chem. 2005, 280, 41207.
134. Pebernard, S.; Wohlschlegel, J.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd; Boddy, M. N. Mol. Cell. Biol. 2006, 26, 1617.
135. Duchaine, T. F.; Wohlschlegel, J. A.; Kennedy, S.; Bei, Y.; Conte, D.; Jr.; Pang, K.; Brownell, D. R.; Harding, S.; Mitani, S.; Ruvkun, G.; Yates, J. R., 3rd; Mello, C. C. Cell 2006, 124, 343.
136. MacCoss, M. J.; McDonald, W. H.; Saraf, A.; Sadygov, R.; Clark, J. M.; Tasto, J. J.; Gould, K. L.; Wolters, D.; Washburn, M.; Weiss, A.; Clark, J. I.; Yates, J. R., 3rd. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 7900.
137. Sedgwick, C.; Rawluk, M.; Decesare, J.; Raithatha, S.; Wohlschlegel, J.; Semchuk, P.; Ellison, M.; Yates, J., 3rd; Stuart, D. Biochem. J. 2006, 399, 151.
138. Wolfe, B. A.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd; Gould, K. L. Dev. Cell 2006, 11, 423.
139. Widlund, P. O.; Lyssand, J. S.; Anderson, S.; Niessen, S.; Yates, J. R., 3rd; Davis, T. N. Mol. Biol. Cell 2006, 17, 1065.
140. Kesti, T.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd; Wittenberg, C. J. Biol. Chem. 2004, 279, 14245.
141. de Bruin, R. A.; McDonald, W. H.; Kalashnikova, T. I.; Yates, J., 3rd; Wittenberg, C. Cell 2004, 117, 887.
142. Flick, K.; Ouni, I.; Wohlschlegel, J. A.; Capati, C.; McDonald, W. H.; Yates, J. R.; Kaiser, P. Nat. Cell Biol. 2004, 6, 634.
143. Raffa, G. D.; Wohlschlegel, J.; Yates, J. R., 3rd; Boddy, M. N. J. Biol. Chem. 2006, 281, 27973.
144. Wohlschlegel, J. A.; Johnson, E. S.; Reed, S. I.; Yates, J. R., 3rd. J. Proteome Res. 2006, 5, 761.
145. Wohlschlegel, J. A.; Johnson, E. S.; Reed, S. I.; Yates, J. R., 3rd. J. Biol. Chem. 2004, 279, 45662.
146. Willert, K.; Brown, J. D.; Danenberg, E.; Duncan, A. W.; Weissman, I. L.; Reya, T.; Yates, J. R., 3rd; Nusse, R. Nature 2003, 423, 448.
147. Beausoleil, S. A.; Villen, J.; Gerber, S. A.; Rush, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1285.
148. Schwartz, D.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1391.
149. Pedrioli, P. G.; Raught, B.; Zhang, X. D.; Rogers, R.; Aitchison, J.; Matunis, M.; Aebersold, R. Nat. Methods 2006, 3, 533.
150. Tsur, D.; Tanner, S.; Zandi, E.; Bafna, V.; Pevzner, P. A. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1562.
151. Washburn, M. P.; Ulaszek, R. R.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2003, 75, 5054.
152. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2002, 74, 1650.
153. Washburn, M. P.; Koller, A.; Oshiro, G.; Ulaszek, R. R.; Plouffe, D.; Deciu, C.; Winzeler, E.; Yates, J. R., 3rd. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3107.
154. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Liu, H.; Sadygov, R.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2003, 75, 6912.
155. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2004, 76, 4193.
156. Old, W. M.; Meyer-Arendt, K.; Aveline-Wolf, L.; Pierce, K. G.; Mendoza, A.; Sevinsky, J. R.; Resing, K. A.; Ahn, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1487.
157. Zybailov, B.; Coleman, M. K.; Florens, L.; Washburn, M. P. Anal. Chem. 2005, 77, 6218.
158. Zybailov, B.; Mosley, A. L.; Sardiu, M. E.; Coleman, M. K.; Florens, L.; Washburn, M. P. J. Proteome Res. 2006, 5, 2339.
159. Paoletti, A. C.; Parmely, T. J.; Tomomori-Sato, C.; Sato, S.; Zhu, D.; Conaway, R. C.; Weliky, Conaway, J.; Florens, L.; Washburn, M. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 18928.
160. Breci, L.; Hattrup, E.; Keeler, M.; Letarte, J.; Johnson, R.; Haynes, P. A. Proteomics 2005, 5, 2018.
161. Barnea, E.; Sorkin, R.; Ziv, T.; Beer, I.; Admon, A. Proteomics 2005, 5, 3367.
162. Li, X.; Gong, Y.; Wang, Y.; Wu, S.; Cai, Y.; He, P.; Lu, Z.; Ying, W.; Zhang, Y.; Jiao, L.; He, H.; Zhang, Z.; He, F.; Zhao, X.; Qian, X. Proteomics 2005, 5, 3423.
163. Licklider, L. J.; Thoreen, C. C.; Peng, J.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2002, 74, 3076.
164. Guzzetta, A. W.; Chien, A. S. J. Proteome Res. 2005, 4, 2412.
165. Ballif, B. A.; Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Schwartz, D.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1093.
166. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12130.
167. DeSouza, L.; Diehl, G.; Rodrigues, M. J.; Guo, J.; Romaschin, A. D.; Colgan, T. J.; Siu, K. W. J. Proteome Res. 2005, 4, 377.
168. Fujii, K.; Nakano, T.; Kawamura, T.; Usui, F.; Bando, Y.; Wang, R.; Nishimura, T. J. Proteome Res. 2004, 3, 712.
169. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43.
170. Wilmarth, P. A.; Riviere, M. A.; Rustvold, D. L.; Lauten, J. D.; Madden, T. E.; David, L. L. J. Proteome Res. 2004, 3, 1017.
171. Gaucher, S. P.; Taylor, S. W.; Fahy, E.; Zhang, B.; Warnock, D. E.; Ghosh, S. S.; Gibson, B, W. J. Proteome Res. 2004, 3, 495.
172. America, A. H.; Cordewener, J. H.; van Geffen, M. H.; Lommen, A.; Vissers, J. P.; Bino, R. J.; Hall, R. D. Proteomics 2006, 6, 641.
173. Noben, J. P.; Dumont, D.; Kwasnikowska, N.; Verhaert, P.; Somers, V.; Hupperts, R.; Stinissen, P.; Robben, J. J. Proteome Res. 2006, 5, 1647.
174. Vitali, B.; Wasinger, V.; Brigidi, P.; Guilhaus, M. Proteomics 2005, 5, 1859.
175. Vollmer, M.; Horth, P.; Nagele, E. Anal. Chem. 2004, 76, 5180.
176. Adkins, J. N.; Varnum, S. M.; Auberry, K. J.; Moore, R. J.; Angell, N. H.; Smith, R. D.; Springer, D. L.; Pounds, J. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 947.
177. Blonder, J.; Rodriguez-Galan, M. C.; Chan, K. C.; Lucas, D. A.; Yu, L. R.; Conrads, T. P.; Issaq, H. J.; Young, H. A.; Veenstra, T. D. J. Proteome Res. 2004, 3, 862.
178. Qian, W. J.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G., 2nd; Monroe, M. E.; Moore, R. J.; Gritsenko, M. A.; Calvano, S. E.; Lowry, S. F.; Xiao, W.; Moldawer, L. L.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G.; Smith, R. D. Proteomics 2005, 5, 572.
179. Qian, W. J.; Liu, T.; Monroe, M. E.; Strittmatter, E. F.; Jacobs, J. M.; Kangas, L. J.; Petritis, K.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2005, 4, 53.
180. Yu, L. R.; Conrads, T. P.; Uo, T.; Kinoshita, Y.; Morrison, R. S.; Lucas, D. A.; Chan, K. C.; Blonder, J.; Issaq, H. J.; Veenstra, T. D. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 896.
181. Wang, H.; Qian, W. J.; Chin, M. H.; Petyuk, V. A.; Barry, R. C.; Liu, T.; Gritsenko, M. A.; Mottaz, H. M.; Moore, R. J.; Camp, Ii, D. G.; Khan, A. H.; Smith, D. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2006, 5, 361.
182. Le Bihan, T.; Gob, T.; Stewart, I. I.; Salter, A. M.; Bukhman, Y. V.; Dharsee, M.; Ewing, R.; Wisniewski, J. R. J. Proteome Res. 2006, 5, 2701.
183. Coldham, N. G.; Woodward, M. J. J. Proteome Res. 2004, 3, 595.
184. Cutillas, P. R.; Norden, A. G.; Cramer, R.; Burlingame, A. L.; Unwin, R. J. Clin. Sci. (London) 2003, 104, 483.
185. Atwood, J. A., 3rd; Weatherly, D. B.; Minning, T. A.; Bundy, B.; Cavola, C.; Opperdoes, F. R.; Orlando, R.; Tarleton, R. L. Science 2005, 309, 473.
186. Hood, B. L.; Zhou, M.; Chan, K. C.; Lucas, D. A.; Kim, G. J.; Issaq, H. J.; Veenstra, T. D.; Conrads, T. P. J. Proteome Res. 2005, 4, 1561.
187. Weatherly, D. B.; Astwood, J. A., 3rd; Minning, T. A.; Cavola, C.; Tarleton, R. L.; Orlando, R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 762.
188. Jacobs, J. M.; Mottaz, H. M.; Yu, L. R.; Anderson, D. J.; Moore, R. J.; Chen, W. N.; Auberry, K. J.; Strittmatter, E. F.; Monroe, M. E.; Thrall, B. D.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2004, 3, 68.
189. Gilar, M.; Olivova, P.; Daly, A. E.; Gebler, J. C. Anal. Chem. 2005, 77, 6426.
190. Bodnar, W. M.; Blackburn, R. K.; Krise, J. M.; Moseley, M. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 971.
191. Zhang, B.; McDonald, C.; Li, L. Anal. Chem. 2004, 76, 992.
192. Chen, H. S.; Rejtar, T.; Andreev, V.; Moskovets, E.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2005, 77, 2323.
193. Chen, H. S.; Rejtar, T.; Andreev, V.; Moskovets, E.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2005, 77, 7816.
194. Scholten, A.; Visser, N. F.; van den Heuvel, R. H.; Heck, A. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 983.
195. Li, L.; Wang, A. P. L.; Coulson, L. D. Anal. Chem. 1993, 65, 493.
196. Whittal, R. M.; Russon, L. M.; Li, L. J. Chromatogr., A 1998, 794, 367.
197. Murray, K. K.; Russel, D. H. Anal. Chem. 1993, 65, 2534.
198. Murray, K. K.; Russel, D. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 1 .
199. Murray, K. K.; Lewis, T. M.; Beeson, M. D.; Russel, D. H. Anal. Chem. 1994, 66.
200. Fei, X.; Wei, G.; Murray, K. K. Anal. Chem. 1996, 68, 1143.
201. Fei, X.; Murray, K. K. Anal. Chem. 1997, 68, 3555.
202. He, L.; Murray, K. K. Anal. Chem. 1997, 69, 3613.
203. Orsnes, H.; Graf, T.; Degn, H.; Murray, K. K. Anal. Chem. 2000, 72, 251.
204. Preisler, J.; Foret, F.; Karger, B. L. Anal. Chem. 1998, 70, 5278.
205. Mawuenyega, K. G.; Kaji, H.; Yamauchi, Y.; Shinkawa, T.; Saito, H.; Taoka, M.; Takahashi, N.; Isobe, T. J. Proteome Res. 2003, 2, 23.
206. Taoka, M.; Yamauchi, Y.; Shinkawa, T.; Kaji, H.; Motohashi, W.; Nakayama, H.; Takahashi, N.; Isobe, T. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 780.
207. Nagano, K.; Taoka, M.; Yamauchi, Y.; Itagaki, C.; Shinkawa, T.; Nunomura, K.; Okamura, N.; Takahashi, N.; Izumi, T.; Isobe, T. Proteomics 2005, 5, 1346.
208. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301.
209. Posewitz, M. C.; Tempst, P. Anal. Chem. 1999, 71, 2883.
210. Kim, J. E.; Tannenbaum, S. R.; White, F. M. J. Proteome Res. 2005, 4, 1339.
211. Moser, K.; White, F. M. J. Proteome Res. 2006, 5, 98.
212. Ruse, C. I.; Tan, F. L.; Kinter, M.; Bond, M. Proteomics 2004, 4, 1505.
213. Trinidad, J. C.; Thalhammer, A.; Specht, C. G.; Schoepfer, R.; Burlingame, A. L. J. Neurochem. 2005, 92, 1306.
214. Salomon, A. R.; Ficarro, S. B.; Brill, L. M.; Brinker, A.; Phung, Q. T.; Ericson, C.; Sauer, K.; Brock, A.; Horn, D. M.; Schultz, P. G.; Peters, E. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 443.
215. Brill, L. M.; Salomon, A. R.; Ficarro, S. B.; Mukherji, M.; Stettler-Gill, M.; Peters, E. C. Anal. Chem. 2004, 76, 2763.
216. Ficarro, S.; Chertihin, O.; Westbrook, V. A.; White, F.; Jayes, F.; Kalab, P.; Marto, J. A.; Shabanowitz, J.; Herr, J. C.; Hunt, D. F.; Visconti, P. E. J. Biol. Chem. 2003, 278, 11579.
217. He, T.; Alving, K.; Feild, B.; Norton, J.; Joseloff, E. G.; Patterson, S. D.; Domon, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 363.
218. Zheng, H.; Hu, P.; Quinn, D. F.; Wang, Y. K. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 721.
219. Huang, S. Y.; Tsai, M. L.; Wu, C. J.; Hsu, J. L.; Ho, S. H.; Chen, S. H. Proteomics 2006, 6, 1722.
220. Collins, M. O.; Yu, L.; Coba, M. P.; Husi, H.; Campuzano, I.; Blackstock, W. P.; Choudhary, J. S.; Grant, S. G. J. Biol. Chem. 2005, 280, 5972.
221. Giorgianni, F.; Beranova-Giorgianni, S.; Desiderio, D. M. Proteomics 2004, 4, 587.
222. Shu, H.; Chen, S.; Bi, Q.; Mumby, M.; Brekken, D. L. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 279.
223. Puente, L. G.; Voisin, S.; Lee, R. E.; Megeney, L. A. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 2244.
224. Nuhse, T. S.; Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Peck, S. C. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1234.
225. Trinidad, J. C.; Specht, C. G.; Thalhammer, A.; Schoepfer, R.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 914.
226. Munton, R. P.; Tweedie-Cullen, R.; Livingstone-Zatchej, M.; Weinandy, F.; Waidelich, M.; Longo, D.; Gehrig, P.; Potthast, F.; Rutishauser, D.; Gerrits, B.; Panse, C.; Schlapbach, R.; Mansuy, I. M. Mol. Cell. Proteomics 2006.
227. Hoffert, J. D.; Pisitkun, T.; Wang, G.; Shen, R. F.; Knepper, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 7159.
228. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Faergeman, N. J.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 310.
229. Wang, J.; Zhang, Y.; Jiang, H.; Cai, Y.; Qian, X. Proteomics 2006, 6, 404.
230. Pinkse, M. W.; Uitto, P. M.; Hilhorst, M. J.; Ooms, B.; Heck, A. J. Anal. Chem. 2004, 76, 3935.
231. Larsen, M. R.; Thingholm, T. E.; Jensen, O. N.; Roepstorff, P.; Jorgensen, T. J. Mol. Cell Proteomics 2005, 4, 873.
232. Mann, K.; Olsen, J. V.; Macek, B.; Gnad, F.; Mann, M. Proteomics 2007, 7, 106.
233. Oda, Y.; Nagasu, T.; Chait, B. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 379.
234. Zhou, H.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 375.
235. Zhang, H.; Li, X. J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660.
236. Liu, T.; Qian, W. J.; Gritsenko, M. A.; Camp, D. G., 2nd; Monroe, M. E.; Moore, R. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2005, 4, 2070.
237. Sun, B.; Ranish, J. A.; Utleg, A. G.; White, J. T.; Yan, X.; Lin, B.; Hood, L. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 141.
238. Geng, M.; Zhang, X.; Bina, M.; Regnier, F. J. Chromatogr., B: Biomed. Sci. Appl. 2001, 752, 293.
239. Xiong, L.; Regnier, F. E. J. Chromatogr., B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2002, 782, 405.
240. Xiong, L.; Andrews, D.; Regnier, F. J. Proteome Res. 2003, 2, 618.
241. Atwood, J. A., 3rd; Minning, T.; Ludolf, F.; Nuccio, A.; Weatherly, D. B.; Alvarez-Manilla, G.; Tarleton, R.; Orlando, R. J. Proteome Res. 2006, 5, 3376.
242. Kaji, H.; Saito, H.; Yamauchi, Y.; Shinkawa, T.; Taoka, M.; Hirabayashi, J.; Kasai, K.; Takahashi, N.; Isobe, T. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 667.
243. Vosseller, K.; Trinidad, J. C.; Chalkley, R. J.; Specht, C. G.; Thalhammer, A.; Lynn, A. J.; Snedecor, J. O.; Guan, S.; Medzihradszky, K. F.; Maltby, D. A.; Schoepfer, R.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 923.
244. Hayes, B. K.; Greis, K. D.; Hart, G. W. Anal. Biochem. 1995, 228, 115.
245. Durham, M.; Regnier, F. E. J. Chromatogr., A 2006.
246. Qiu, R.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2005, 77, 7225.
247. Hirabayashi, J.; Hayama, K.; Kaji, H.; Isobe, T.; Kasai, K. J. Biochem. (Tokyo) 2002, 132, 103.
248. Wells, L.; Vosseller, K.; Cole, R. N.; Cronshaw, J. M.; Matunis, M. J.; Hart, G. W. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 791.
249. Khidekel, N.; Ficarro, S. B.; Peters, E. C.; Hsieh-Wilson, L. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 13132.
250. Cargile, B. J.; Talley, D. L.; Stephenson, J. L., Jr. Electrophoresis 2004, 25, 936.
251. Cargile, B. J.; Bundy, J. L.; Freeman, T. W.; Stephenson, J. L., Jr. J. Proteome Res. 2004, 3, 112.
252. Cargile, B. J.; Sevinsky, J. R.; Essader, A. S.; Stephenson, J. L., Jr.; Bundy, J. L. J. Biomol. Tech. 2005, 16, 181.
253. Essader, A. S.; Cargile, B. J.; Bundy, J. L.; Stephenson, J. L., Jr. Proteomics 2005, 5, 24.
254. Cargile, B. J.; Stephenson, J. L., Jr. Anal. Chem. 2004, 76, 267.
255. Chen, J.; Lee, C. S.; Shen, Y.; Smith, R. D.; Baehrecke, E. H. Electrophoresis 2002, 23, 3143.
256. Chen, J.; Gao, J.; Lee, C. S. J. Proteome Res. 2003, 2, 249.
257. Chen, J.; Balgley, B. M.; DeVoe, D. L.; Lee, C. S. Anal. Chem. 2003, 75, 3145.
258. Wang, Y.; Rudnick, P. A.; Evans, E. L.; Li, J.; Zhuang, Z.; Devoe, D. L.; Lee, C. S.; Balgley, B. M. Anal. Chem. 2005, 77, 6549.
259. Guo, T.; Rudnick, P. A.; Wang, W.; Lee, C. S.; Devoe, D. L.; Balgley, B. M. J. Proteome Res. 2006, 5, 1469.
260. Xie, H.; Bandhakavi, S.; Griffin, T. J. Anal. Chem. 2005, 77, 3198.
261. Xie, H.; Rhodus, N. L.; Griffin, R. J.; Carlis, J. V.; Griffin, T. J. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1826.
262. Immler, D.; Greven, S.; Reinemer, P. Proteomics 2006, 6, 2947.
263. Malmstrom, J.; Lee, H.; Nesvizhskii, A. I.; Shteynberg, D.; Mohanty, S.; Brunner, E.; Ye, M.; Weber, G.; Eckerskorn, C.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2006, 5, 2241.
264. Lemmo, A. V.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1993, 65, 1576.
265. Hooker, T. F; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1997, 69, 4134.
266. Moore, A. W., Jr.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1995, 67, 3448.
267. Moore, A. W., Jr.; Larmann, J. P., Jr.; Lemmo, A. V.; Jorgenson, J. W. Methods Enzymol. 1996, 270, 401.
268. Bergstrom, S. K.; Dahlin, A. P.; Ramstrom, M.; Andersson, M.; Markides, K. E.; Bergquist, J. Analyst 2006, 131, 791.
269. Cao, P.; Stults, J. T. J. Chromatogr., A 1999, 853, 225.
270. Papayannopoulos, I. A. Mass Spectront. Rev. 1995, 14, 49.
271. Hunt, D. F.; Yates, J. R., 3rd; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6233.
272. Hunt, D. F.; Zhu, N. Z.; Shabanowitz, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1989, 3, 122.
273. Tabb, D. L.; Smith, L. L.; Breci, L. A.; Wysocki, V. H.; Lin, D.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2003, 75, 1155.
274. Schutz, F.; Kapp, E. A.; Simpson, R. J.; Speed, T. P. Biochem. Soc. Trans. 2003, 31, 1479.
275. van Dongen, W. D.; Ruijters, H. F.; Luinge, H. J.; Heerma, W.; Haverkamp, J. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 1156.
276. Bafna, V.; Edwards, N. Bioinformatics 2001, 17 (Suppl. 1), S13.
277. Chalkley, R. J.; Baker, P. R.; Hansen, K. C.; Medzihradszky, K. F.; Allen, N. P.; Rexach, M.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1189.
278. Chalkley, R. J.; Baker, P. R.; Huang, L.; Hansen, K. C.; Allen, N. P.; Rexach, M.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1194.
279. Clauser, K. R.; Baker, P.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 1999, 71, 2871.
280. Colinge, J.; Masselot, A.; Giron, M.; Dessingy, T.; Magnin, J. Proteomics 2003, 3, 1454.
281. Field, H. I.; Fenyo, D.; Beavis, R. C. Proteomics 2002, 2, 36.
282. Hansen, B. T.; Jones, J. A.; Mason, D. E.; Liebler, D. C. Anal. Chem. 2001, 73, 1676.
283. LeDuc, R. D.; Taylor, G. K.; Kim, Y. B.; Januszyk, T. E.; Bynum, L. H.; Sola, J. V.; Garavelli, J. S.; Kelleher, N. L. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W340.
284. Liebler, D. C.; Hansen, B. T.; Davey, S. W.; Tiscareno, L.; Mason, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 203.
285. Ma, B.; Zhang, K.; Hendrie, C.; Liang, C.; Li, M.; Doherty-Kirby, A.; Lajoie, G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2337.
286. Zhang, N.; Aebersold, R.; Schwikowski, B. Proteomics 2002, 2, 1406.
287. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551.
288. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X.; Shi, W.; Bryant, S. H. J. Proteome Res. 2004, 3, 958.
289. Craig, R.; Beavis, R. C. Bioinformatics 2004, 20, 1466.
290. Yates, J. R., 3rd; Morgan, S. F.; Gatlin, C. L.; Griffin, P. R.; Eng, J. K. Anal. Chem. 1998, 70, 3557.
291. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2002, 74, 5593.
292. Pappin, D. J.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327.
293. Craig, R.; Beavis, R. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2310.
294. Duncan, D. T.; Craig, R.; Link, A. J. J. Proteome Res. 2005, 4, 1842.
295. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389.
296. Keller, A.; Purvine, S.; Nesvizhskii, A. I.; Stolyar, S.; Goodlett, D. R.; Kolker, E. Omics 2002, 6, 207.
297. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383.
298. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 4646.
299. Choudhary, J. S.; Blackstock, W. P.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Proteomics 2001, 1, 651.
300. Rappsilber, J.; Mann, M. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 74.
301. Kolker, E.; Purvine, S.; Galperin, M. Y.; Stolyar, S.; Goodlett, D. R.; Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Xie, T.; Eng, J. K.; Yi, E.; Hood, L.; Picone, A. F.; Cherny, T.; Tjaden, B. C.; Siegel, A. F.; Reilly, T. J.; Makarova, K. S.; Palsson, B. O.; Smith, A. L. J. Bacteriol. 2003, 185, 4593.
302. Sadygov, R. G.; Liu, H.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2004, 76, 1664.
303. Moore, R. E.; Young, M. K.; Lee, T. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 378.
304. Higdon, R.; Hogan, J. M.; Van Belle, G.; Kolker, E. Omics 2005, 9, 364.
305. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2007, 4, 207.
306. Elias, J. E.; Haas, W.; Faherty, B. K.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2005, 2, 667.
307. Xie, H.; Griffin, T. J. J. Proteome Res. 2006, 5, 1003.
308. Yen, C. Y.; Russell, S.; Mendoza, A. M.; Meyer-Arendt, K.; Sun, S.; Cios, K. J.; Ahn, N. G.; Resing, K. A. Anal. Chem. 2006, 78, 1071.
309. Blackler, A. R.; Klammer, A. A.; MacCoss, M. J.; Wu, C. C. Anal. Chem. 2006, 78, 1337.
310. Kapp, E. A.; Schutz, F.; Connolly, L. M.; Chakel, J. A.; Meza, J. E.; Miller, C. A.; Fenyo, D.; Eng, J. K.; Adkins, J. N.; Omenn, G. S.; Simpson, R. J. Proteomics 2005, 5, 3475.
311. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd. J. Proteome Res. 2002, 1, 21.
312. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946.
313. McAfee, K. J.; Duncan, D. T.; Assink, M.; Link, A. J. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1497.
314. Kislinger, T.; Rahman, K.; Radulovic, D.; Cox, B.; Rossant, J.; Emili, A. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 96.
315. Listgarten, J.; Emili, A. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 419.
316. Radulovic, D.; Jelveh, S.; Ryu, S.; Hamilton, T. G.; Foss, E.; Mao, Y.; Emili, A. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 984.
317. Butland, G.; Peregrin-Alvarez, J. M.; Li, J.; Yang, W.; Yang, X.; Canadien, V.; Starostine, A.; Richards, D.; Beattie, B.; Krogan, N.; Davey, M.; Parkinson, J.; Greenblatt, J.; Emili, A. Nature 2005, 433, 531.
318. Krogan, N. J.; Cagney, G.; Yu, H.; Zhong, G.; Guo, X.; Ignatchenko, A.; Li, J.; Pu, S.; Datta, N.; Tikuisis, A. P.; Punna, T.; Peregrin-Alvarez, J. M.; Shales, M.; Zhang, X.; Davey, M.; Robinson, M. D.; Paccanaro, A.; Bray, J. E.; Sheung, A.; Beattie, B.; Richards, D. P.; Canadien, V.; Lalev, A.; Mena, F.; Wong, P.; Starostine, A.; Canete, M. M.; Vlasblom, J.; Wu, S.; Orsi, C.; Collins, S. R.; Chandran, S.; Haw, R.; Rilstone, J. J.; Gandi, K.; Thompson, N. J.; Musso, G.; St Onge, P.; Ghanny, S.; Lam, M. H.; Butland, G.; Altaf-Ul, A. M.; Kanaya, S.; Shilatifard, A.; O'Shea, E.; Weissman, J. S.; Ingles, C. J.; Hughes, T. R.; Parkinson, J.; Gerstein, M.; Wodak, S. J.; Emili, A.; Greenblatt, J. F. Nature 2006, 440, 637.
319. Orchard, S.; Hermjakob, H.; Taylor, C. F.; Potthast, F.; Jones, P.; Zhu, W.; Julian, R. K., Jr.; Apweiler, R. Proteomics 2005, 5, 3552.
320. Orchard, S.; Hermjakob, H.; Taylor, C.; Aebersold, R.; Apweiler, R. Proteomics 2005, 5, 4651.
321. Hermjakob, H.; Montecchi-Palazzi, L.; Bader, G.; Wojcik, J.; Salwinski, L.; Ceol, A.; Moore, S.; Orchard, S.; Sarkans, U.; von Mering, C.; Roechert, B.; Poux, S.; Jung, E.; Mersch, H.; Kersey, P.; Lappe, M.; Li, Y.; Zeng, R.; Rana, D.; Nikolski, M.; Husi, H.; Brun, C.; Shanker, K.; Grant, S. G.; Sander, C.; Bork, P.; Zhu, W.; Pandey, A.; Brazma, A.; Jacq, B.; Vidal, M.; Sherman, D.; Legrain, P.; Cesareni, G.; Xenarios, I.; Eisenberg, D.; Steipe, B.; Hogue, C.; Apweiler, R. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 177.
322. Omenn, G. S.; States, D. J.; Adamski, M.; Blackwell, T. W.; Menon, R.; Hermjakob, H.; Apweiler, R.; Haab, B. B.; Simpson, R. J.; Eddes, J. S.; Kapp, E. A.; Moritz, R. L.; Chan, D. W.; Rai, A. J.; Admon, A.; Aebersold, R.; Eng, J.; Hancock, W. S.; Hefta, S. A.; Meyer, H.; Paik, Y. K.; Yoo, J. S.; Ping, P.; Pounds, J.; Adkins, J.; Qian, X.; Wang, R.; Wasinger, V.; Wu, C. Y.; Zhao, X.; Zeng, R.; Archakov, A.; Tsugita, A.; Beer, I.; Pandey, A.; Pisano, M.; Andrews, P.; Tammen, H.; Speicher, D. W.; Hanash, S. M. Proteomics 2005 5, 5, 3226.
323. Adamski, M.; Blackwell, T.; Menon, R.; Martens, L.; Hermjakob, H.; Taylor, C.; Omenn, G. S.; States, D. J. Proteomics 2005, 5, 3246.
324. Hermjakob, H. Proteomics 2006, 6 (Suppl. 2), 34.
325. Jones, P.; Cote, R. G.; Martens, L.; Quinn, A. F.; Taylor, C. F.; Derache, W.; Hermjakob, H.; Apweiler, R. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D659.
326. Martens, L.; Hermjakob, H.; Jones, P.; Adamski, M.; Taylor, C.; States, D.; Gevaert, K.; Vandekerckhove, J.; Apweiler, R. Proteomics 2005, 5, 3537.
327. Hermjakob, H.; Apweiler, R. Expert Rev. Proteomics 2006, 3, 1.
328. McDonald, W. H.; Tabb, D. L.; Sadygov, R. G.; MacCoss, M. J.; Venable, J.; Graumann, J.; Johnson, J. R.; Cociorva, D.; Yates, J. R., 3rd. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2162.
329. Pedrioli, P. G.; Eng, J. K.; Hubley, R.; Vogelzang, M.; Deutsch, E. W.; Raught, B.; Pratt, B.; Nilsson, E.; Angeletti, R. H.; Apweiler, R.; Cheung, K.; Costello, C. E.; Hermjakob, H.; Huang, S.; Julian, R. K.; Kapp, E.; McComb, M. E.; Oliver, S. G.; Omenn, G.; Paton, N. W.; Simpson, R.; Smith, R.; Taylor, C. F.; Zhu, W.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1459.
330. Keller, A.; Eng, J.; Zhang, N.; Li, X. J.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2005, 1, 1.
331. Taylor, C. F.; Paton, N. W.; Garwood, K. L.; Kirby, P. D.; Stead, D. A.; Yin, Z.; Deutsch, E. W.; Selway, L.; Walker, J.; Riba-Garcia, I.; Mohammed, S.; Deery, M. J.; Howard, J. A.; Dunkley, T.; Aebersold, R.; Kell, D. B.; Lilley, K. S.; Roepstorff, P.; Yates, J. R., 3rd; Brass, A.; Brown, A. J.; Cash, P.; Gaskell, S. J.; Hubbard, S. J.; Oliver, S. G. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 247.
332. Garwood, K.; McLaughlin, T.; Garwood, C.; Joens, S.; Morrison, N.; Taylor, C. F.; Carroll, K.; Evans, C.; Whetton, A. D.; Hart, S.; Stead, D.; Yin, Z.; Brown, A. J.; Hesketh, A.; Chater, K.; Hansson, L.; Mewissen, M.; Ghazal, P.; Howard, J.; Lilley, K. S.; Gaskell, S. J.; Brass, A.; Hubbard, S. J.; Oliver, S. G.; Paton, N. W. BMC Genomics 2004, 5, 68.
333. Garwood, K. L.; Taylor, C. F.; Runte, K. J.; Brass, A.; Oliver, S. G.; Paton, N. W. Bioinformatics 2004, 20, 2463.
334. Levander, F.; Krogh, M.; Warell, K.; Garden, P.; James, P.; Hakkinen, J. Proteomics 2007, 7, 668.
335. Garden, P.; Alm, R.; Hakkinen, J. Bioinformatics 2005, 21, 2085.
336. Bellew, M.; Coram, M.; Fitzgibbon, M.; Igra, M.; Randolph, T.; Wang, P.; May, D.; Eng, J.; Fang, R.; Lin, C.; Chen, J.; Goodlett, D.; Whiteaker, J.; Paulovich, A.; McIntosh, M. Bioinformatics 2006, 22, 1902.
337. Rauch, A.; Bellew, M.; Eng, J.; Fitzgibbon, M.; Holzman, T.; Hussey, P.; Igra, M.; Maclean, B.; Lin, C. W.; Detter, A.; Fang, R.; Faca, V.; Gafken, P.; Zhang, H.; Whiteaker, J.; States, D.; Hanash, S.; Paulovich, A.; McIntosh, M. W. J. Proteome Res. 2006, 5, 112.
338. MacLean, B.; Eng, J. K.; Beavis, R. C.; McIntosh, M. Bioinformatics 2006, 22, 2830.
339. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 845.
340. Tirumalai, R. S.; Chan, K. C.; Prieto, D. A.; Issaq, H. J.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1096.
341. Davis, J. M.; Giddings, J. C. J. Chromatogr. 1984, 289, 277.
342. MacNair, J. E.; Patel, K. D.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1999, 71, 700.
343. MacNair, J. E.; Lewis, K. C.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1997, 69, 983.
344. Wu, N.; Lippert, J. A.; Lee, M. L. J. Chromatogr., A 2001, 911, 1.
345. Xiang, Y.; Yan, B.; Yue, B.; McNeff, C. V.; Carr, P. W.; Lee, M. L. J. Chromatogr., A 2003, 983, 83.
346. Xiang, Y.; Yan, B.; McNeff, C. V.; Carr, P. W.; Lee, M. L. J. Chromatogr., A 2003, 1002, 71.
347. Mellors, J. S.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 2004, 76, 5441.
348. Xiang, Y.; Liu, Y.; Stearns, S. D.; Plistil, A.; Brisbin, M. P.; Lee, M. L. Anal. Chem. 2006, 78, 858.
349. Eschelbach, J. W.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 2006, 78, 1697.
350. Motoyama, A.; Venable, J. D.; Ruse, C. I.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2006, 78, 5109.
351. Syka, J. E.; Marto, J. A.; Bai, D. L.; Horning, S.; Senko, M. W.; Schwartz, J. C.; Ueberheide, B.; Garcia, B.; Busby, S.; Muratore, T.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. J. Proteome Res. 2004, 3, 621.
352. Haas, W.; Faherty, B. K.; Gerber, S. A.; Elias, J. E.; Beausoleil, S. A.; Bakalarski, C. E.; Li, X.; Villen, J.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1326.
353. Everley, P. A.; Bakalarski, C. E.; Elias, J. E.; Waghorne, C. G.; Beausoleil, S. A.; Gerber, S. A.; Faherty, B. K.; Zetter, B. R.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2006, 5, 1224.
354. Garcia, B. A.; Joshi, S.; Thomas, C. E.; Chitta, R. K.; Diaz, R. L.; Busby, S. A.; Andrews, P. C.; Ogorzalek, Loo, R. R.; Shabanowitz, J.; Kelleher, N. L.; Mizzen, C. A.; Allis, C. D.; Hunt, D. F. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1593.
355. Makarov, A. Anal. Chem. 2000, 72, 1156.
356. Hardman, M.; Makarov, A. A. Anal. Chem. 2003, 75, 1699.
357. Hu, Q.; Noll, R. J.; Li, H.; Makarov, A.; Hardman, M.; Graham Cooks, R. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 430.
358. Olsen, J. V.; de Godoy, L. M.; Li, G.; Macek, B.; Mortensen, P.; Pesch, R.; Makarov, A.; Lange, 0.; Horning, S.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 2010.
359. Syka, J. E.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528.
360. Xia, Y.; Chrisman, P. A.; Erickson, D. E.; Liu, J.; X.; Londry, F. A.; Yang, M. J.; McLuckey, S. A. Anal. Chem 2006, 78, 4146.
361. Schroeder, M. J.; Webb, D. J.; Shabanowitz, J.; Horwitz, A. F.; Hunt, D. F. J. Proteome Res. 2005, 4, 1832.
362. Coon, J. J.; Ueeberheide, B.; Syka, J. E.; Dryhurst, D. D.; Ausio, J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 2005, 102, 9463.