An Alternative to Tandem Mass Spectrometry: Isoelectric Point and Accurate Mass for the Identification of Peptides

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 2, 2004, Pages 267-275

  Cargile, Benjamin J ^a   Stephenson Jr , James L ^a  

^a RTI INTERNATIONAL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; ESCHERICHIA COLI; MASS SPECTROMETRY; NUMERICAL METHODS;

ISOELECTRIC POINTS (IP); TANDEM MASS SPECTROMETRY;

PROTEINS;

PEPTIDE;

ACCURACY; ALGORITHM; ARTICLE; ESCHERICHIA COLI; ISOELECTRIC POINT; MASS; MATHEMATICAL ANALYSIS; METHODOLOGY; NONHUMAN; PEPTIDE ANALYSIS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; RAT; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ALGORITHMS; AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; COMPUTER SIMULATION; DATABASES, PROTEIN; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; ISOELECTRIC FOCUSING; ISOELECTRIC POINT; MASS SPECTROMETRY; MODELS, THEORETICAL; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MOLECULAR WEIGHT; PEPTIDE FRAGMENTS; PEPTIDES; PROTEINS; PROTEOME; RATS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 0347758353     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0352070     Document Type: Article

References (44)

1. Wu, S. L.; Amato, H.; Biringer, R.; Choudhary, G.; Shieh, P.; Hancock, W. S. J Proteome Res. 2002, 1, 459-465.
2. McDonald, W. H.; Yates, J. R., III. Dis. Markers 2002, 18, 99-105.
3. Hancock, W. S.; Wu, S. L.; Shieh, P. Proteomics 2002, 2, 352-359.
4. McDonald, W. H.; Yates, J. R., III. Curr. Opin. Mol. Ther. 2003, 5, 302-309.
5. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 376-386.
6. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
7. Kindy, J. M.; Taraszka, J. A.; Regnier, F. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2002, 74, 950-958.
8. Regnier, F. E.; Riggs, L.; Zhang, R.; Xiong, L.; Liu, P.; Chakraborty, A.; Seeley, E.; Sioma, C.; Thompson, R. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 133-145.
9. Yao, X.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-2842.
10. Moseley, M. A. Trends Biotechnol. 2001, 19, S10-S16.
11. Cagney, G.; Emili, A. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 163-170.
12. Conrads, T. P.; Alving, K.; Veenstra, T. D.; Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Udseth, H. R.; Chrisler, W. B.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2132-2139.
13. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2002, 74, 1650-1657.
14. Goshe, M. B.; Smith, R. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14, 101-109.
15. Ficarro, S.; Chertihin, O.; Westbrook, V. A.; White, F.; Jayes, F.; Kalab, P.; Marto, J. A.; Shabanowitz, J.; Herr, J. C.; Hunt, D. F.; Visconti, P. E. J. Biol. Chem. 2003, 278, 11579-11589.
16. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
17. Zhou, H.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 375-378.
18. Oda, Y.; Nagasu, T.; Chait, B. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 379-382.
19. Jung, E.; Heller, M.; Sanchez, J. C.; Hochstrasser, D. F. Electrophoresis 2000, 21, 3369-3377.
20. Cronshaw, J. M.; Krutchinsky, A. N.; Zhang, W.; Chait, B. T.; Matunis, M. J. J. Cell. Biol. 2002, 158, 915-927.
21. Schirmer, E. C.; Gerace, L. Genome Biol. 2002, 3, 1008.
22. Dreger, M. Mass Spectrom. Rev. 2003, 22, 27-56.
23. Huber, L. A.; Pfaller, K.; Vietor, I. Circ. Res. 2003, 92, 962-968.
24. Dreger, M. Eur. J. Biochem. 2003, 270, 589-599.
25. Taylor, S. W.; Fahy, E.; Ghosh, S. S. Trends Biotechnol. 2003, 21, 82-88.
26. Pratt, J. M.; Petty, J.; Riba-Garcia, I.; Robertson, D. H.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G.; Beynon, R. J. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 579-591.
27. Gerner, C.; Vejda, S.; Gelbmann, D.; Bayer, E.; Gotzmann, J.; Schulte-Hermann, R.; Mikulits, W. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 528-537.
28. Cargile, B.; Bundy, J.; Grunden, A.; Stephenson, J. L. J. Anal. Chem. 2003, in press.
29. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature 2002, 415, 180-183.
30. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M. ; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-147.
31. Jessani, N.; Liu, Y.; Humphrey, M.; Cravatt, B. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 10335-10340.
32. Adam, G. C.; Sorensen, E. J.; Cravatt, B. F. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 805-809.
33. Kelleher, N. L.; Nicewonger, R. B.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Biol. Chem. 1997, 272, 32215-32220.
34. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
35. Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Veenstra, T. D.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 3349-3354.
36. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5011-5015.
37. Palmblad, M.; Ramstrom, M.; Markides, K. E.; Hakansson, P.; Bergquist, J. Anal. Chem. 2002, 74, 5826-5830.
38. Petritis, K.; Kangas, L. J.; Ferguson, P. L.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Auberry, K. J.; Strittmatter, E. F.; Shen, Y.; Zhao, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 1039-1048.
39. Cargile, B.; Bundy, J.; Freeman, T.; Stephenson, J. L. J. J. Proteome Res., in press.
40. Shen, Y.; Zhao, R.; Belov, M. E.; Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Tang, K.; Pasa-Tolic, L.; Veenstra, T. D.; Lipton, M. S.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 1766-1775.
41. Cargile, B.; Talley, D.; Stephenson, J. L. J. Electrophoresis, in press.
42. Bjellqvist, B.; Hughes, G. J.; Pasquali, C.; Paquet, N.; Ravier, F.; Sanchez, J. C.; Frutiger, S.; Hochstrasser, D. Electrophoresis 1993, 14, 1023-1031.
43. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
44. Wierenga, S. K.; Zocher, M. J.; Mirus, M. M.; Conrads, T. P.; Goshe, M. B.; Veenstra, T. D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 1404-1408.