Lumbar cerebrospinal fluid proteome in multiple sclerosis: Characterization by ultrafiltration, liquid chromatography, and mass spectrometry

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 7, 2006, Pages 1647-1657

  Noben, Jean Paul ^a   Dumont, Debora ^a   Kwasnikowska, Natalia ^a   Verhaert, Peter ^b   Somers, Veerle ^a   Hupperts, Raymond ^c   Stinissen, Piet ^a   Robben, Johan ^a  

^a HASSELT UNIVERSITY   (Belgium)

^b DELFT UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Netherlands)

^c MAASTRICHT UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (Netherlands)

Author keywords

Centrifugal ultrafiltration; Cerebrospinal fluid; Cystatin A; Gas phase fractionation; Liquid chromatography; Mass spectrometry; Multiple sclerosis; Proteomics; Validation

Indexed keywords

STEFIN A;

ADULT; ARTICLE; CEREBROSPINAL FLUID CYTOLOGY; CLINICAL ARTICLE; COMPUTER PROGRAM; DISEASE ASSOCIATION; ENDOTHELIUM CELL; ENZYME LINKED IMMUNOSORBENT ASSAY; EPITHELIUM CELL; FEMALE; HUMAN; ION EXCHANGE CHROMATOGRAPHY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MALE; MASS SPECTROMETRY; MULTIPLE SCLEROSIS; NEUROLOGIC DISEASE; NUCLEOTIDE SEQUENCE; ONLINE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; ULTRAFILTRATION; UNINDEXED SEQUENCE; VALIDATION PROCESS;

ADULT; AGED; CASE-CONTROL STUDIES; CEREBROSPINAL FLUID; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; FEMALE; HUMANS; LUMBAR VERTEBRAE; MALE; MASS SPECTROMETRY; MIDDLE AGED; MULTIPLE SCLEROSIS; PROTEOME; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; ULTRAFILTRATION;

EID: 33745850141     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0504788     Document Type: Article

References (86)

1. Wekerle, H.; Linington, C.; Lassmann, H.; Meyermann, R. Trends Neurosci. 1986, 9, 271-277.
2. Robinson, W. H.; Utz, P. J.; Steinman, L. Curr. Opin. Immunol. 2003, 15, 660-667.
3. Lucchinetti, C.; Bruck, W.; Parisi, J.; Scheithauer, B.; et al. Ann. Neurol. 2000, 47, 707-717.
4. Kornek, B.; Lassmann, H. Brain Res. Bull. 2003, 61, 321-326.
5. Bielekova, B.; Martin, R. Brain 2004, 127, 1463-1478.
6. Segal, M. B. Cell. Mol. Neurobiol. 2000, 20, 183-196.
7. Marchi, N.; Cavaglia, M.; Fazio, V.; Bhudia, S.; et al. Clin. Chim. Acta 2004, 342, 1-12.
8. Reiber, H. Mult. Scler. 1998, 4, 99-107.
9. Choe, L. H.; Dutt, M. J.; Relkin, N.; Lee, K. H. Electrophoresis 2002, 23, 2247-2251.
10. Davidsson, P.; Sjogren, M.; Andreasen, N.; Lindbjer, M.; et al. Mol. Brain Res. 2002, 109, 128-133.
11. Puchades, M.; Hansson, S. F.; Nilsson, C. L.; Andreasen, N.; et al. Mol. Brain Res. 2003, 118, 140-146.
12. Hsich, G.; Kenney, K.; Gibbs, C. J.; Lee, K. H.; et al. N. Engl. J. Med. 1998, 335, 924-930.
13. Guillaume, E.; Zimmermann, C; Burkhard, P. R.; Hochstrasser, D. F.; et al. Proteomics 2003, 3, 1495-1499.
14. Harrington, M. G.; Merril, C. R.; Torirey, E. F. Clin. Chem. 1985, 31, 722-726.
15. Dumont, D.; Noben, J. P.; Raus, J.; Stinissen, P.; et al. Proteomics 2004, 4, 2117-2124.
16. Hammack, B. N.; Fung, K. Y.; Hunsucker, S. W.; Duncan, M. W.; et al. Mult. Scler. 2004, 10, 245-260.
17. Stasyk, T.; Huber, L.-A. Proteomics 2004, 4, 3704-3716.
18. Wagner, K.; Miliotis, T.; Marko-Varga G.; Bischoff, R.; et al. Anal. Chem. 2002, 74, 809-820.
19. Chernokalskaya, E.; Gutierrez, S.; Pitt, A. M.; Leonard, J. T. Electrophoresis 2004, 25, 2461-2468.
20. Gretzer, M. B.; Chan, D. W.; van Rootselaar, C. L.; Rosenzweig, J. M.; et al. Prostate 2004, 60, 325-331.
21. Merrell, K.; Southwick, K.; Graves, S. W.; Esplin, M. S.; et al. J. Biomol. Technol. 2004, 15, 238-248.
22. Tirumalai, R. S.; Chan, K. C.; Prieto, D. A.; Issaq, H. J.; et al. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1096-1103.
23. Heine, G.; Zucht, H. D.; Schuhmann, M. U.; Burger, K.; et al. J. Chromatogr., B 2002, 782, 353-361.
24. Stark, M.; Danielsson, O.; Griffiths, W. J.; Jornvall, H.; et al. J. Chromatogr., B 2001, 754, 357-367.
25. Maccarrone, G.; Milfay, D.; Birg, I.; Rosenhagen, M.; et al. Electrophoresis 2004, 25, 2402-2412.
26. Wetterhall, M.; Palmblad, M.; Hakansson, P.; Markides, K. E.; et al. J. Proteome Res. 2002, 1, 361-366.
27. Ramstrom, M.; Palmblad, M.; Markides, K. E.; Hakansson, P.; et al. Proteomics 2003, 3, 184-190.
28. Romijn, E. P.; Krijgsveld, J.; Heck, A. J. J. Chromatogr., A 2003, 1000, 589-608.
29. Wang, H.; Hanash, S. J. Chromatogr., B 2003, 787, 11-18.
30. Bischoff, R.; Luider, T. M. J. Chromatogr., B 2004, 803, 27-40.
31. Peng, J.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; et al. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
32. Spahr, C. S.; Davis, M. T.; McGinley, M. D.; Robinson, J. H.; et al. Proteomics 2001, 1, 93-107.
33. Blonder, J.; Rodriguez-Galan, M. C.; Lucas, D. A.; Young, H. A.; et al. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1698, 87-95.
34. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., III J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
35. Taylor, J. A.; Johnson, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 1067-1075.
36. Carr, S.; Aebersold, R.; Baldwin, M.; Burlingame, A.; et al. Mol Cell. Proteomics 2004, 3, 531-533.
37. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 4646-4658.
38. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392.
39. Zhang, J.; Goodlett, D. R.; Peskind, E. R.; Quinn, J. F.; et al. Neurobiol. Aging 2005, 26, 207-227.
40. Trabandt, A.; Gay, R. E.; Fassbender, H. G.; Gay, S. Arthritis Rheum. 1991, 34, 1444-1451.
41. Nakamura, Y.; Takeda, M.; Suzuki, H.; Hattori, H.; Tada, K.; Hariguchi, S.; Hashimoto, S.; Nishimura, T. Neurosci. Lett. 1991, 130, 195-198.
42. Bever, C. T., Jr.; Garver, D. W. J. Neurol. Sci. 1995, 131, 71-73.
43. Henskens, Y. M.; Veerman, E. C.; Nieuw Amerongen, A. V. Biol. Chem. Hoppe-Seyler 1996, 377, 71-86.
44. Pirttila, T. J.; Manninen, A.; Jutila, L.; Nissinen, J.; Kalviainen, R.; Vapalahti, M.; Immonen, A.; Paljarvi, L.; Karkola, K.; Alafuzoff, I.; Mervaala, E.; Pitkanen, A. Ann. Neurol. 2005, 58, 211-223.
45. Cathcart, H. M.; Huang, R.; Lanham, I. S.; Corder, E. H.; Poduslo, S. E. Neurology 2005, 64, 755-757.
46. Olsson, T.; Nygren, J.; Hakansson, K.; Lundblad, C.; Grubb, A.; Smith, M. L.; Wieloch, T. Neuroscience 2004, 128, 65-71.
47. Sastre, M.; Calero, M.; Pawlik, M.; Mathews, P. M.; Kumar, A.; Danilov, V.; Schmidt, S. D.; Nixon, R. A.; Frangione, B.; Levy, E. Neurobiol. Aging 2004, 25, 1033-1043.
48. Irani, D. N.; Anderson, C.; Gundry, R.; Cotter, R.; Moore, S.; Kerr, D. A.; McArthur, J. C.; Sacktor, N.; Pardo, C. A.; Jones, M.; Calabresi, P. A.; Nath, A. Ann. Neurol. 2006, 59, 237-247.
49. Georgiou, H. M.; Rice, G. E.; Baker, M. S. Proteomics 2001, 1, 1503-1506.
50. Hansson, S. F.; Puchades, M.; Blennow, K.; Sjogren, M.; et al. Proteome Sci. 2004, 2, 7-17.
51. Nielsen, B. B.; Kastrup, J. S.; Rasmussen, H.; Holtet, T. L.; et al. FEBS Lett. 1997, 412, 388-396.
52. Finehout, E. J.; Franck, Z.; Lee, K. H. Electrophoresis 2004, 25, 2564-2575.
53. Yuan, X.; Desiderio, D. M. Proteomics 2005, 5, 541-550.
54. van Rensburg, S.J.; van Zyl, J.; Hon, D.; Daniels, W.; et al. Metab. Brain Dis. 2004, 19, 97-112
55. Radulovic, D.; Jelveh, S.; Ryu, S.; Hamilton, T. G.; et al. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 984-997.
56. van Kammen, D. P.; Guidotti, A.; Neylan, T.; Guarneri, P. et al.; Eur. Arch. Psychiatry Clin. Neurosci. 1994, 244, 216-222.
57. van Kammen, D. P.; Guidotti, A.; Kelley, M. E.; Gurklis, J.; et al. Biol. Psychiatry 1993, 34, 515-522.
58. Bergquist, J.; Palmblad, M.; Wetterhall, M.; Hakansson, P.; et al. Mass Spectrom. Rev. 2002, 2l, 2-15.
59. Davidsson, P.; Paulson, L.; Hesse, C.; Blennow, K.; et al. Proteomics 2001, 1, 444-452.
60. Sickmann, A.; Dormeyer, W.; Wortelkamp, S.; Woitalla, D.; et al. Electrophoresis 2000, 21, 2721-2728.
61. Sickmann, A.; Dormeyer, W.; Wortelkamp, S.; Woitalla, D.; et al. J. Chromatogr., B 2002, 771, 167-196.
62. Yuan, X.; Russell, T.; Wood, G.; Desiderio, D. M. Electrophoresis 2002, 23, 1185-1196.
63. Thibout, H.; Martinerie, C.; Creminon, C.; Godeau, F.; et al. J. Clin. Endocrinol. Metab 2003, 88, 327-336.
64. Lubec, G.; Krapfenbauer, K.; Fountoulakis, M. Prog. Neurobiol. 2003, 69, 193-211.
65. Davidsson, P.; Nilsson, C. L. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1473, 391-399.
66. Davidsson, P.; Folkesson, S.; Christiansson, M.; Lindbjer, M.; et al. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 2083-2088.
67. Fountoulakis, M. Mass Spectrom. Rev. 2004, 23, 231-258.
68. Lescuyer, P.; Allard, L.; Zimmermann-Ivol, C. G.; Burgess, J. A.; et al. Proteomics 2004, 4, 2234-2241.
69. Bartosik-Psujek, H.; Archelos, J. J. J. Neurol. 2004, 251, 414-420.
70. Satoh, J.; Yukitake, M.; Kurohara, K.; Takashima, H.; et al. J. Neurol Sci. 2003, 212, 11-20.
71. Van Everbroeck, B.; Boons, J.; Gras, P. Clin. Neurol. Neurosurg. 2005, 107, 355-360.
72. Newcombe, J.; Eriksson, B.; Ottervald, J.; Yang, Y.; et al. J. Chromatogr., B 2005, 815, 191-202.
73. Raymackers, J.; Daniels, A.; De Brabandere, V.; Missiaen, C.; et al. Electrophoresis 2000, 21, 2266-2283.
74. Vermes, I.; Steur, E. N.; Reutelingsperger, C.; Haanen, C. Mov. Disord. 1999, 14, 1008-1010.
75. Takayasu, M.; Shibuya, M.; Kanamori, M.; Suzuki, Y.; et al. J. Neurosurg. 1985, 63, 417-420.
76. Coplin, W. M.; Longstreth, W. T., Jr.; Lam, A. M.; Chandler, W. L.; et al. Arch. Neurol. 1999, 56, 1348-1352.
77. Kaukinen, L.; Porkkala, H.; Kaukinen, S.; Pehkonen, E.; et al. Acta Anaesthesiol. Scand. 2000, 44, 361-368.
78. Sherman, A. L.; Tirschwell, D. L.; Micklesen, P. J.; Longstreth, W. T., Jr.; et al. Neurology 2000, 54, 889-894.
79. Ando, K.; Hirata, Y.; Togashi, K.; Kawakami, M.; et al. J. Cardiovasc. Pharmacol. 1991, 17 (Suppl. 7), S434-S436.
80. Kraus, G. E.; Bucholz, R. D.; Yoon, K. W.; Knuepfer, M. M.; et al. Surg. Neurol. 1991, 35, 20-29.
81. Yamaji, T.; Johshita, H.; Ishibashi, M,; Takaku, F.; et al. J. Clin. Endocrinol. Metab. 1990, 71, 1611-1615.
82. Ehrenreich, H.; Lange, M.; Near, K. A.; Anneser, F.; et al. Res. Exp. Med. 1992, 192, 257-268.
83. Suzuki, H.; Sato, S.; Suzuki, Y.; Oka, M.; et al. Ann. Med. 1990, 22, 233-236.
84. Van Gool, S. W.; De Meyer, G.; Van, d.; V. Vanmechelen, E.; et al. Neurotoxicology 2004, 25, 471-480.
85. Li, C. Y.; Ziesmer, S. C.; Wong, Y. C.; Yam, L. T. Acta Cytol. 1989, 33, 667-673.
86. Oppermann, M.; Cols, N.; Nyman, T.; Helin, J.; et al. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 4713-4719.